目的:基于网络药理学和分子对接探讨班氏促卵助孕汤对卵巢储备功能低下的影响。方法:通过中药系统药理学(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中药分子机制分析中药综合数据库(...目的:基于网络药理学和分子对接探讨班氏促卵助孕汤对卵巢储备功能低下的影响。方法:通过中药系统药理学(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中药分子机制分析中药综合数据库(traditional Chinese medicine integrative database for herb molecular mechanism analysis,TCMID)、借助中药分子机理的生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional chinese medicine,BATMAN-TCM)检索班氏促卵助孕汤的活性成分以及作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取卵巢储备功能低下的相关靶标。由Cytoscape软件和STRING数据库建立药物-化合物-靶标网络、靶标蛋白互作PPI网络。R语言的cluster Profiler工具包对于核心靶点展开基因本体(gene ontology,GO)功能富集以及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后,对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。结果:根据筛选条件得到245个化合物和250个药物相应靶点。PPI核心网络包含80个蛋白,关键蛋白涉及INS、IL6、APP、VEGFA、EGFR、MAPK8等。GO功能富集分析取得1296个条目(P<0.05),其中生物过程(biological process,BP)1094个,细胞组成(cell composition,CC)88个,分子功能(molecular function,MF)114个;KEGG通路富集有63条通路与卵巢储备功能低下相关(P<0.05),涉及cAMP信号通路、HIF-1信号通路、雌激素信号通路、催乳激素信号通路等。分子对接结果表明,班氏排卵促孕汤的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与核心靶点INS、IL6、APP具有较好的结合活性。结论:班氏促卵助孕汤中的活性化合物可通过多靶点、多通路治疗卵巢储备功能低下。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接探讨班氏促卵助孕汤对卵巢储备功能低下的影响。方法:通过中药系统药理学(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中药分子机制分析中药综合数据库(traditional Chinese medicine integrative database for herb molecular mechanism analysis,TCMID)、借助中药分子机理的生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional chinese medicine,BATMAN-TCM)检索班氏促卵助孕汤的活性成分以及作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取卵巢储备功能低下的相关靶标。由Cytoscape软件和STRING数据库建立药物-化合物-靶标网络、靶标蛋白互作PPI网络。R语言的cluster Profiler工具包对于核心靶点展开基因本体(gene ontology,GO)功能富集以及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后,对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。结果:根据筛选条件得到245个化合物和250个药物相应靶点。PPI核心网络包含80个蛋白,关键蛋白涉及INS、IL6、APP、VEGFA、EGFR、MAPK8等。GO功能富集分析取得1296个条目(P<0.05),其中生物过程(biological process,BP)1094个,细胞组成(cell composition,CC)88个,分子功能(molecular function,MF)114个;KEGG通路富集有63条通路与卵巢储备功能低下相关(P<0.05),涉及cAMP信号通路、HIF-1信号通路、雌激素信号通路、催乳激素信号通路等。分子对接结果表明,班氏排卵促孕汤的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与核心靶点INS、IL6、APP具有较好的结合活性。结论:班氏促卵助孕汤中的活性化合物可通过多靶点、多通路治疗卵巢储备功能低下。
