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基于生物信息学辨认阿尔茨海默病关键基因及通路的改变 被引量：1
1
作者 许灿坤 刘久煜 +2 位作者 郑英伟 牛海晨 杨荣礼 《徐州医科大学学报》 CAS 2022年第7期484-490,共7页
目的使用生物信息学数据处理方法,初步探讨阿尔茨海默病(AD)潜在的分子机制。方法通过GEO2R筛选GSE5281和GSE132903数据集中的差异表达基因(DEGs),利用Metascape、STRING和Cytoscape软件对DEGs进行系统的生物信息学分析,并通过qPCR方法... 目的使用生物信息学数据处理方法,初步探讨阿尔茨海默病(AD)潜在的分子机制。方法通过GEO2R筛选GSE5281和GSE132903数据集中的差异表达基因(DEGs),利用Metascape、STRING和Cytoscape软件对DEGs进行系统的生物信息学分析,并通过qPCR方法在AD模型小鼠中对筛选到的关键基因进行验证。结果在2个数据集中共筛选出250个重叠的DEGs,主要富集于突触传递、神经系统等条目。通过构建蛋白-蛋白作用网络(PPI),筛选关键基因并验证,最终选出4个关键基因,分别为突触相关蛋白25(SNAP25)、突触蛋白Ⅰ(SYN1)、γ-氨基丁酸A型受体γ2亚基(GABRG2)、突触结合蛋白Ⅳ(SYT4)。结论AD的发病与SNAP25、SYN1、GABRG2、SYT4基因密切相关,主要涉及突触神经递质释放过程。这些发现将有助于深入了解AD发病的分子机制,为未来新药物开发提供潜在的作用靶点,为疾病早期诊断及治疗提供新思路。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 生物信息学 差异表达基因 化学突触传递 关键基因
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成年自发性高血压大鼠肠系膜动脉蛋白组学分析
2
作者 王庭俊 肖根发 +2 位作者 蔡晓琪 李金泽 谢良地 《中华高血压杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期338-346,共9页
目的应用蛋白组学研究成年自发性高血压大鼠(SHR)肠系膜动脉血管重塑过程中的蛋白表达情况。方法20周龄雄性Wistar-Kyoto(WKY)大鼠和SHR各15只,各随机选取6只进行三级肠系膜动脉的形态学检测,剩余各9只进行肠系膜三级动脉的蛋白组学分... 目的应用蛋白组学研究成年自发性高血压大鼠(SHR)肠系膜动脉血管重塑过程中的蛋白表达情况。方法20周龄雄性Wistar-Kyoto(WKY)大鼠和SHR各15只,各随机选取6只进行三级肠系膜动脉的形态学检测,剩余各9只进行肠系膜三级动脉的蛋白组学分析。采用液相色谱串联质谱进行蛋白鉴定和定量,通过生物信息学分析差异表达蛋白。结果与WKY大鼠相比,SHR肠系膜动脉的管壁厚度/管腔半径(0.21±0.02比0.17±0.02,t=3.286,P=0.008)及管壁面积/管腔面积(0.46±0.06比0.37±0.04,t=3.272,P=0.009)明显增高。两种成年大鼠肠系膜动脉中有277个差异表达蛋白,SHR中143个蛋白表达上调,134个蛋白表达下调。化学突触传递、肽抗原结合和质膜分别是最显著富集的基因本体(GO)生物学过程、分子功能和细胞成分条目。细胞色素P450对异源物质的代谢是最显著富集的京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路。在蛋白相互作用网络分析中,核糖体蛋白L26(RPL26)、还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(磷酸)醌脱氢酶1(NQO1)、钙黏蛋白2(CDH2)、谷胱甘肽S-转移酶mu4(GSTM4)、胎盘碱性磷酸酶(ALPP)、von Willebrand因子(vWF)、丝氨酸家族C成员1(SERPINC1)与其他差异表达蛋白关联度最高。结论蛋白组学分析显示,在成年SHR肠系膜动脉血管重塑过程中,化学突触传递和细胞色素P450对异源物质的代谢等相关蛋白表达发生了变化,这可能为高血压阻力血管重塑机制的深入研究提供新思路。 展开更多
关键词 蛋白组学 高血压 肠系膜动脉 化学突触传递 细胞色素P450
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