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猪卵泡液外泌体处理卵巢颗粒细胞的SNP/Indel筛选分析
1
作者
刘阳光
章会斌
+6 位作者
文浩宇
谢帆
赵世明
丁月云
郑先瑞
殷宗俊
张晓东
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期576-586,共11页
旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响,了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程中的调控机理,为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料,屠宰后收集卵巢150枚,利用梯度离心法获取卵泡液...
旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响,了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程中的调控机理,为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料,屠宰后收集卵巢150枚,利用梯度离心法获取卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞(porcine ovarian granulosa cells,POGCs),并在体外将卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞共培养。通过RNA-seq技术对猪卵巢颗粒细胞(granulosa cell samples,GC,n=3)和与外泌体共培养的猪卵巢颗粒细胞(granulosa-exosome co-culture samples,GCE,n=3)进行测序。结果显示,在GC和GCE组中平均每个样品获得5.54×10^(7)条clean reads,Q20和Q30质量得分均在92%以上。在GC和GCE组的6个样品中共获得1310979个SNPs突变和104498个InDel突变,其中纯合型SNP/Indel突变数量为170426个,杂合型SNP/Indel突变数量为1245052个,突变杂合子数目明显高于纯合子且SNP的发生率较高。另外,在突变类型中,转换类型共计973003个,颠换类型339974个,转换的类型显著高于颠换类型。经基因注释,突变主要发生在基因3′UTR、5′UTR、内含子区域,其次为外显子和基因间隔区。另外,通过与差异基因对比后,够筛选出1583个候选基因,经GO和KEGG功能富集发现,候选基因主要与细胞周期以及细胞增殖/凋亡过程相关。此外,共发现14个与细胞周期、增殖/凋亡通路相关的关键候选基因,其中11个基因存在互作关系。本研究获得的这些SNP/Indel信息可为后续研究外泌体在母猪生殖上的调控奠定科学基础。
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关键词
猪
卵泡液外泌体
卵巢颗粒细胞
SNP
RNA-SEQ
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职称材料
卵巢功能减退患者卵泡液外泌体差异表达miRNA筛选及生物学功能分析
2
作者
沈开元
曲晓力
+4 位作者
代小丽
黄萍
邹乾兴
梁媛媛
罗平
《现代检验医学杂志》
CAS
2023年第5期17-22,共6页
目的 筛选卵巢功能减退(diminished ovarian reserve,DOR)患者卵泡液外泌体差异表达微小核糖核酸(micro RNA,mi RNA),探索其与DOR相关的潜在分子机制。方法 收集2021年12月~2022年3月于柳州市人民医院生殖医学科辅助生殖助孕18例患者的...
目的 筛选卵巢功能减退(diminished ovarian reserve,DOR)患者卵泡液外泌体差异表达微小核糖核酸(micro RNA,mi RNA),探索其与DOR相关的潜在分子机制。方法 收集2021年12月~2022年3月于柳州市人民医院生殖医学科辅助生殖助孕18例患者的卵泡液为研究样本,根据卵巢功能评估结果分为卵巢功能正常(Normal)组和卵巢功能减退(DOR)组。miRNA PCR阵列芯片法检测两组卵泡液外泌体miRNA的表达,实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证芯片结果,最后通过生物信息学分析差异表达miRNA的靶基因及其富集的相关生物学功能和分子通路。结果 DOR组筛选出5条差异表达miRNA:let-7d-3p,let-7e-5p,miR-25-3p和miR-30c-5p表达下调,miR-483-3p表达上调;qRT-PCR验证结果显示与Normal组比较,DOR组let-7d-3p,let-7e-5p,miR-25-3p和miR-30c-5p表达降低,miR-483-3p的表达升高,差异具有统计学意义(t=3.147,4.405,3.95,3.147,-3.198,均P<0.05);差异表达miRNA的靶基因主要富集于p53信号通路和FoxO信号通路,靶基因CDKN1A, RRM2, CCND1, SESN3, MDM4, BCL2L11,SMAD4, IGF1及IGF1R参与p53信号通路和FoxO信号通路,靶基因METTL3,METTL6及METTL8参与RNA m6A甲基化。结论 DOR患者卵泡液外泌体中的差异表达miRNA参与p53和FoxO信号通路及RNA m6A甲基化的调控,是DOR发生机制和诊疗的潜在标靶。
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关键词
PCR阵列芯片法
卵巢功能减退
卵泡液外泌体
微小核糖核酸
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职称材料
题名
猪卵泡液外泌体处理卵巢颗粒细胞的SNP/Indel筛选分析
1
作者
刘阳光
章会斌
文浩宇
谢帆
赵世明
丁月云
郑先瑞
殷宗俊
张晓东
机构
安徽农业大学动物科技学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期576-586,共11页
基金
国家自然科学基金(31972531)
安徽省高校协同创新项目(GXXT-2021-055)
+1 种基金
国家重点研发计划(2021YFD1301200)
安徽省科技重大专项(202103a06020013)。
文摘
旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响,了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程中的调控机理,为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料,屠宰后收集卵巢150枚,利用梯度离心法获取卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞(porcine ovarian granulosa cells,POGCs),并在体外将卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞共培养。通过RNA-seq技术对猪卵巢颗粒细胞(granulosa cell samples,GC,n=3)和与外泌体共培养的猪卵巢颗粒细胞(granulosa-exosome co-culture samples,GCE,n=3)进行测序。结果显示,在GC和GCE组中平均每个样品获得5.54×10^(7)条clean reads,Q20和Q30质量得分均在92%以上。在GC和GCE组的6个样品中共获得1310979个SNPs突变和104498个InDel突变,其中纯合型SNP/Indel突变数量为170426个,杂合型SNP/Indel突变数量为1245052个,突变杂合子数目明显高于纯合子且SNP的发生率较高。另外,在突变类型中,转换类型共计973003个,颠换类型339974个,转换的类型显著高于颠换类型。经基因注释,突变主要发生在基因3′UTR、5′UTR、内含子区域,其次为外显子和基因间隔区。另外,通过与差异基因对比后,够筛选出1583个候选基因,经GO和KEGG功能富集发现,候选基因主要与细胞周期以及细胞增殖/凋亡过程相关。此外,共发现14个与细胞周期、增殖/凋亡通路相关的关键候选基因,其中11个基因存在互作关系。本研究获得的这些SNP/Indel信息可为后续研究外泌体在母猪生殖上的调控奠定科学基础。
关键词
猪
卵泡液外泌体
卵巢颗粒细胞
SNP
RNA-SEQ
Keywords
pig
follicular fluid exosomes
ovarian granulosa cells
SNP
RNA-seq
分类号
S828.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
卵巢功能减退患者卵泡液外泌体差异表达miRNA筛选及生物学功能分析
2
作者
沈开元
曲晓力
代小丽
黄萍
邹乾兴
梁媛媛
罗平
机构
柳州市人民医院生殖医学科
柳州市人民医院科研科
柳州市生殖与遗传代谢性疾病重点实验室
出处
《现代检验医学杂志》
CAS
2023年第5期17-22,共6页
基金
广西自然科学基金项目(2018GXNSFBA281048):人卵泡液外泌体对小鼠卵母细胞体外成熟及胚胎发育的影响
柳州市科技计划项目(2022SB004):卵巢功能减退卵泡液外泌体miRNA靶点筛选及其对辅助生殖治疗结局相关性的研究
+2 种基金
广西壮族自治区卫生健康委员会自筹经费科研课题(Z20180308):人卵泡液来源外泌体对小鼠卵母细胞体外成熟影响的研究
Z20190175:不同冷冻保护剂对牛体外成熟卵母细胞玻璃化冷冻的影响
Z20200270:HBV-DNA病毒载量对体外受精-胚胎移植夫妻生育力与妊娠结局的影响。
文摘
目的 筛选卵巢功能减退(diminished ovarian reserve,DOR)患者卵泡液外泌体差异表达微小核糖核酸(micro RNA,mi RNA),探索其与DOR相关的潜在分子机制。方法 收集2021年12月~2022年3月于柳州市人民医院生殖医学科辅助生殖助孕18例患者的卵泡液为研究样本,根据卵巢功能评估结果分为卵巢功能正常(Normal)组和卵巢功能减退(DOR)组。miRNA PCR阵列芯片法检测两组卵泡液外泌体miRNA的表达,实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证芯片结果,最后通过生物信息学分析差异表达miRNA的靶基因及其富集的相关生物学功能和分子通路。结果 DOR组筛选出5条差异表达miRNA:let-7d-3p,let-7e-5p,miR-25-3p和miR-30c-5p表达下调,miR-483-3p表达上调;qRT-PCR验证结果显示与Normal组比较,DOR组let-7d-3p,let-7e-5p,miR-25-3p和miR-30c-5p表达降低,miR-483-3p的表达升高,差异具有统计学意义(t=3.147,4.405,3.95,3.147,-3.198,均P<0.05);差异表达miRNA的靶基因主要富集于p53信号通路和FoxO信号通路,靶基因CDKN1A, RRM2, CCND1, SESN3, MDM4, BCL2L11,SMAD4, IGF1及IGF1R参与p53信号通路和FoxO信号通路,靶基因METTL3,METTL6及METTL8参与RNA m6A甲基化。结论 DOR患者卵泡液外泌体中的差异表达miRNA参与p53和FoxO信号通路及RNA m6A甲基化的调控,是DOR发生机制和诊疗的潜在标靶。
关键词
PCR阵列芯片法
卵巢功能减退
卵泡液外泌体
微小核糖核酸
Keywords
PCR array chip method
ovarian dysfunction
follicularfluid derived exosomes
microRNA
分类号
R711.75 [医药卫生—妇产科学]
R392.11 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猪卵泡液外泌体处理卵巢颗粒细胞的SNP/Indel筛选分析
刘阳光
章会斌
文浩宇
谢帆
赵世明
丁月云
郑先瑞
殷宗俊
张晓东
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
卵巢功能减退患者卵泡液外泌体差异表达miRNA筛选及生物学功能分析
沈开元
曲晓力
代小丽
黄萍
邹乾兴
梁媛媛
罗平
《现代检验医学杂志》
CAS
2023
0
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