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基于Image J软件对BALB/c突变卷毛鼠肝肿瘤的定量分析 被引量：1
1
作者 李晓娟 李兴杰 +6 位作者 孙慧伟 姜棋予 柴燕涛 高蓉 李润 李瑞生 汤紫荣 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第11期16-20,共5页
目的探讨BALB/c突变卷毛鼠与正常BALB/c小鼠构建经肝门静脉注射肿瘤模型间的差异,同时建立基于Image J软件的肿瘤图像定量分析方法。方法将H_(22)细胞分别经两组小鼠的肝门静脉注入肝,21 d后摘取肝。选择最大肝叶弥散病灶,首先拍照获得... 目的探讨BALB/c突变卷毛鼠与正常BALB/c小鼠构建经肝门静脉注射肿瘤模型间的差异,同时建立基于Image J软件的肿瘤图像定量分析方法。方法将H_(22)细胞分别经两组小鼠的肝门静脉注入肝,21 d后摘取肝。选择最大肝叶弥散病灶,首先拍照获得垂直视角肿瘤外观图进行比较,然后利用Image J软件对肝肿瘤进行图像定量分析比较。结果两组小鼠的肝均形成了多发性弥散性肿瘤。外观显示:卷毛鼠组肿瘤的多发和弥散程度显著高于正常小鼠组,且肿瘤与周边的正常肝组织浸润关系更加密切。Image J软件分析结果显示两组小鼠肝比例之间不具有显著性差异,但卷毛鼠的肿瘤比例和肿瘤占肝的比例均显著大于正常小鼠(P<0.01)。结论成功模拟了进展期肝肿瘤动物模型。BALB/c突变卷毛鼠在经门静脉注射肿瘤细胞成模能力显著优于正常BALB/c小鼠,同时建立了基于图像分析软件Image J的图像定量分析方法。 展开更多
关键词 卷毛鼠 肝进展期肿瘤模型 图像分析
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BALB/c突变卷毛小鼠基因组学测序差异的分析
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作者 汤紫荣 李晓娟 +3 位作者 姜棋予 李兴杰 孙慧伟 李瑞生 《实验动物科学》 2023年第5期33-37,共5页
目的利用全基因组测序方法比较BALB/c突变卷毛鼠与正常BALB/c小鼠基因组之间的差异。方法采用Illumina PE 150测序平台对BALB/c突变卷毛鼠与正常BALB/c小鼠进行全基因组测序并对遗传变异信息(SNP、INDEL、SV和CNV)进行对比分析。结果正... 目的利用全基因组测序方法比较BALB/c突变卷毛鼠与正常BALB/c小鼠基因组之间的差异。方法采用Illumina PE 150测序平台对BALB/c突变卷毛鼠与正常BALB/c小鼠进行全基因组测序并对遗传变异信息(SNP、INDEL、SV和CNV)进行对比分析。结果正常小鼠与卷毛小鼠产生的Raw Data分别为122.85 Gb和118.04 Gb,过滤后的Clean Data分别为119.82 Gb和112.18 Gb,表明测序质量合格。正常小鼠与卷毛小鼠的GC含量分别为40.63%和40.48%,说明GC分布正常。卷毛小鼠的杂合分型SNPs总数显著高于正常小鼠,同时正常小鼠与卷毛小鼠之间的累计SNPs深度分布也存在显著的差异。卷毛小鼠与正常小鼠插入缺失(Indels)以及累计Indels深度分布均存在差异。卷毛小鼠与正常小鼠的SV类型中大片段的插入卷毛小鼠大于正常小鼠,而其他类型则小于正常小鼠。而拷贝数变异(CNVs)结果显示正常小鼠和卷毛小鼠的拷贝数增加的个数分别为1270和967个;而拷贝数减少的个数分别为5027和3505个。结论本研究发现正常小鼠与突变卷毛鼠的基因组存在一定的差异。 展开更多
关键词 卷毛鼠 全基因组测序 遗传变异信息
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