目的:探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌(简称肝癌)中的表达及意义。方法:从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生...目的:探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌(简称肝癌)中的表达及意义。方法:从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生物钟相关基因进行差异表达分析,比较生物钟基因在肝癌患者及正常样本之间的表达情况。运用DAVID在线工具分析差异基因的GO及KEGG功能富集通路,并通过STRING数据库构建差异基因之间蛋白质相互作用网络。了解生物钟基因肝癌发生发展过程中的主要作用。结果:在374例肝癌患者样本的51个生物钟相关基因中,有21个基因在肝癌样本中表达上调(P<0.05),3个基因表达下调(P<0.05)。生物钟基因高表达样本主要富集于Wnt信号通路、Hedgehog信号通路及Hippo信号通路(P<0.001)。参与调节昼夜节律和细胞代谢的10个生物钟基因在蛋白质相互作用网络中相关性最为紧密(P<0.001)。GO分析差异基因集中作用于调节昼夜节律、细胞代谢过程、基因表达等通路(P<0.001)。结论:生物钟相关基因通过调节人体昼夜节律和细胞代谢参与原发性肝细胞癌的发生发展。展开更多
文摘目的:探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌(简称肝癌)中的表达及意义。方法:从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生物钟相关基因进行差异表达分析,比较生物钟基因在肝癌患者及正常样本之间的表达情况。运用DAVID在线工具分析差异基因的GO及KEGG功能富集通路,并通过STRING数据库构建差异基因之间蛋白质相互作用网络。了解生物钟基因肝癌发生发展过程中的主要作用。结果:在374例肝癌患者样本的51个生物钟相关基因中,有21个基因在肝癌样本中表达上调(P<0.05),3个基因表达下调(P<0.05)。生物钟基因高表达样本主要富集于Wnt信号通路、Hedgehog信号通路及Hippo信号通路(P<0.001)。参与调节昼夜节律和细胞代谢的10个生物钟基因在蛋白质相互作用网络中相关性最为紧密(P<0.001)。GO分析差异基因集中作用于调节昼夜节律、细胞代谢过程、基因表达等通路(P<0.001)。结论:生物钟相关基因通过调节人体昼夜节律和细胞代谢参与原发性肝细胞癌的发生发展。
