基于正交设计优化款冬花反向简单重复序列区间多态性分子标记(ISSR)反应体系 被引量：2

1

作者 李晓伟 李震宇 +4 位作者 何盼 张允娜 王东琴 秦雪梅 张福生 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第24期2107-2112,共6页

目的基于正交试验设计,优化款冬花(Tussilago farfara L.)的ISSR反应体系,并分析各因素及因素间二阶交互作用对整个体系的影响。方法采用含交互作用的正交表L27(313)进行4因素3水平正交试验,并采用方差法和极差法对实验结果进行分析。... 目的基于正交试验设计,优化款冬花(Tussilago farfara L.)的ISSR反应体系,并分析各因素及因素间二阶交互作用对整个体系的影响。方法采用含交互作用的正交表L27(313)进行4因素3水平正交试验,并采用方差法和极差法对实验结果进行分析。结果建立了稳定性高、重复性好的款冬花反向简单重复序列区间多态性分子标记(ISSR)反应体系,其中,Mg2+对款冬花反向简单重复序列区间多态性分子标记体系影响最显著(P<0.01),其次是Taq酶(P<0.05)、dNTPs(P<0.05);二阶交互作用中,Mg2+与dNTPs的交互作用对体系影响最大(P<0.1)。结论在ISSR反应体系的优化过程中,应要特别注意考察体系中各因素及因素间二阶交互作用对整个体系的影响。 展开更多

关键词 款冬花 正交设计 交互作用 反向简单重复序列区间多态性分子标记 4L4~

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应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究 被引量：2

2

作者 胡佳林 郑学礼 +2 位作者 王倩 陈晓光 黄勇平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期524-528,共5页

目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金... 目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。 展开更多

关键词 法医昆虫 中国不同地区 嗜尸蝇 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性

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红树植物海桑简单重复序列区间(ISSR)条件的优化 被引量：55

3

作者 李海生 陈桂珠 《广东教育学院学报》 2004年第2期80-83,共4页

海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海... 海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海桑ISSR PCR分析的最适条件:10μLPCR反应体积中,10×buffer(100mmol·L-1KCl,80mmol·L-1(NH4)2SO4,100mmol·L-1Tris HCl,pH9.0,0.5%NP 40)1μL,0.35UTaq酶,2～3.75mmol·L-1Mg2+,300μmol·L-1dNTP,0.3μmol·L-1引物,10ng模板DNA. 展开更多

关键词 红树植物 海桑 遗传多样性 ISSR “简单重复序列区间扩增多态DNA” 分子标记技术

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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析

4

作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页

为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多

关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性

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花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 被引量：15

5

作者 林珲 李永平 +3 位作者 薛珠政 陈敏氡 朱海生 温庆放 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2019年第3期85-93,共9页

【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花... 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 展开更多

关键词 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析

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高羊茅单株耐热性相关分子标记的筛选及其与越夏性的关系研究 被引量：10

6

作者 陈群 袁晓君 何亚丽 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期84-95,共12页

筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性... 筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性和越夏性鉴定。运用简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)分子标记技术,采用改良的集团分离分析法(modified bulked segregant analysis,BSA),从800个RAPD和100个ISSR分子标记中筛选与耐热性相关分子标记,并研究其与单株越夏性的关系。结果表明,单株的耐热性与越夏性的相关程度较低(决定系数为3.4%);引物351扩增的750bp条带(351-T750)与耐热性显著相关,而引物138扩增的950bp条带(138-T950)则与耐热性和越夏性均显著相关。可以推论,耐热性强和/或越夏性强单株材料需要分别在人工高温和夏季田间自然条件下加以鉴定筛选;351-T750可应用于耐热性强单株的辅助选择,而138-T950则可以用于耐热性强与越夏性强单株的辅助选择。 展开更多

关键词 高羊茅 耐热性 越夏性 简单重复序列区间分子标记(ISSR) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 集团分离分析法(BSA)

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SSR分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用 被引量：27

7

作者 周岚 陈殿元 《中国种业》 北大核心 2005年第6期51-52,共2页

关键词 分子标记技术 随机扩增多态性DNA(RAPD) SSR 应用 种子鉴定 玉米 限制性片段长度多态性 DNA分子标记 简单序列重复 种子真实性 纯度鉴定 特异扩增 可靠性 酶切

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DNA分子标记及其在甘蔗育种上的应用 被引量：5

8

作者 黄艳岚 张树珍 《分子植物育种》 CAS CSCD 2005年第3期409-414,共6页

DNA分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记,在甘蔗育种方面发挥了重要作用。DNA分子标记包括:限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重... DNA分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记,在甘蔗育种方面发挥了重要作用。DNA分子标记包括:限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)、染色体或基因组原位杂交(GISH)、荧光原位杂交(FISH)等。本文对植物DNA分子标记的原理、特点及其在甘蔗种属鉴定、遗传多样性分析、分子图谱构建及病害分子诊断等方面的研究进行简要的概述。 展开更多

关键词 DNA分子标记 甘蔗育种 随机扩增多态性DNA(RAPD) 限制性片段长度多态性 扩增片段长度多态性 基因组原位杂交 遗传多样性分析 应用 简单重复序列 荧光原位杂交 形态标记 遗传标记 生化标记 细胞标记 种属鉴定 分子诊断 图谱构建

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基于蛇足石杉转录组的SNP和SSR多态性分析 被引量：5

9

作者 张林甦 刘承贵 +1 位作者 蒙慧彤 夏亚兰 《黔南民族医专学报》 2018年第4期235-238,242,共5页

目的:对蛇足石杉的单核苷酸多态性(SNP)及微卫星短序列重复多态性(SSR)进行分析。方法:用HISAT、GATK、MISA等软件对蛇足石杉转录组筛选得到SNP和SSR并设计了SSR引物。结果:共发现50 388个SNP位点,转换占64. 2%,颠换占35. 8%。共筛选出1... 目的:对蛇足石杉的单核苷酸多态性(SNP)及微卫星短序列重复多态性(SSR)进行分析。方法:用HISAT、GATK、MISA等软件对蛇足石杉转录组筛选得到SNP和SSR并设计了SSR引物。结果:共发现50 388个SNP位点,转换占64. 2%,颠换占35. 8%。共筛选出11 934条SSR,分布在9 358个unigene中,其中含有两条以上SSR的unigene有1 786个。二核苷酸重复出现频率最多,占总SSR47. 6%,三核苷酸重复占31. 2%,六核苷酸重复占10%、单核苷酸重复占4. 2%、四核苷酸重复占3. 9%,最少的是五核苷酸重复占3. 1%。结论:蛇足石杉具有较丰富的SNP和SSR标记,为其品种鉴定、种质培育等研究奠定了基础。 展开更多

关键词 蛇足石杉 转录组 单核苷酸多态性 简单重复序列 分子标记

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中国5种家兔的微卫星DNA多态性研究

10

作者 樊兆斌 姜莉莉 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2007年第11期96-98,共3页

微卫星又称简单序列重复（SSR），是20世纪80年代末期发展起来的一种新型DNA分子标记，它因具有分布广泛，多态信息丰富，呈共显性遗传和检测快速、方便以及中性标记等优点，被广泛应用于遗传连锁图谱构建、系谱确认、数量性状位点定位... 微卫星又称简单序列重复（SSR），是20世纪80年代末期发展起来的一种新型DNA分子标记，它因具有分布广泛，多态信息丰富，呈共显性遗传和检测快速、方便以及中性标记等优点，被广泛应用于遗传连锁图谱构建、系谱确认、数量性状位点定位及遗传多样性评估等方面。文章选用了10个微卫星标记，分析了我国5种家兔的DNA遗传多样性，为正确评价各品种遗传多样性的价值制定合理可行的保种方案，开展配合力测定，预测杂种优势等提供了理论依据。 展开更多

关键词 微卫星DNA多态性 家兔 DNA分子标记 遗传多样性 中国 简单序列重复 微卫星标记 配合力测定

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药用植物研究中的分子标记技术应用进展 被引量：8

11

作者 陈红波 余金芮 +1 位作者 杨春先 钱刚 《湖北农业科学》 2017年第13期2401-2405,共5页

通过对近年来常用分子标记技术的原理、技术特点及其在药用植物研究领域中应用现状的总结,以期为药用植物资源开发与评价提供参考,也进一步为药用植物功能基因的筛选和验证提供思路。

关键词 分子标记 药用植物 简单序列重复(SSR) 扩增片段长度多态性(AFLP) 单核苷酸多态性分析技术(SNPs)

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分子标记技术在果树育种研究中的应用 被引量：1

12

作者 傅明洋 赵春生 +1 位作者 李德洪 朱学亮 《烟台果树》 2014年第3期3-5,共3页

1分子标记技术分子标记是一种以生物体内遗传物质——核酸（DNA）的多态性为基础的遗传标记，是随着各种生物技术的不断创新而进步和发展的，经历了从基于酶切的限制性片段长度多态性（Restrictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP）... 1分子标记技术分子标记是一种以生物体内遗传物质——核酸（DNA）的多态性为基础的遗传标记，是随着各种生物技术的不断创新而进步和发展的，经历了从基于酶切的限制性片段长度多态性（Restrictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP），到基于微卫星的简单重复序列（Simplesequencerepeat，SSR）， 展开更多

关键词 分子标记技术 限制性片段长度多态性 果树育种 应用 简单重复序列 遗传标记 遗传物质 生物体内

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蜜蜂遗传育种新技术(二)--分子遗传标记

13

作者 薛运波 《中国蜂业》 2022年第7期27-28,共2页

分子标记技术以其共显性、多态性和准确性等优点已广泛应用于动植物的遗传学研究,常用的分子标记包括以分子杂交为基础的RFLP标记和ISH标记,以简单重复序列为基础的SSR标记、ISSR标记,以PCR为基础的RAPD标记、AFLP标记和InDel标记,以单... 分子标记技术以其共显性、多态性和准确性等优点已广泛应用于动植物的遗传学研究,常用的分子标记包括以分子杂交为基础的RFLP标记和ISH标记,以简单重复序列为基础的SSR标记、ISSR标记,以PCR为基础的RAPD标记、AFLP标记和InDel标记,以单核苷酸多态性为基础的SNP标记等。这里简单介绍几种常用的分子标记技术。 展开更多

关键词 育种新技术 简单重复序列 分子遗传标记 SSR标记 RFLP标记 单核苷酸多态性 分子标记技术 共显性

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水稻中以遗传多样性分析为基础的分子标记

14

作者 谢国禄 《作物育种信息》 2005年第2期7-8,共2页

一系列分子标记系统的有效性允许我们比较其中两种标记系统在估计不同分类单位相互关系时的效率。本研究的目的是用简单序列重复(SSR)标记和随机扩增多态DNA(RAID)标记来评价40个水稻(Oryza sativa L)栽培品种和5个野生近缘种的遗传多... 一系列分子标记系统的有效性允许我们比较其中两种标记系统在估计不同分类单位相互关系时的效率。本研究的目的是用简单序列重复(SSR)标记和随机扩增多态DNA(RAID)标记来评价40个水稻(Oryza sativa L)栽培品种和5个野生近缘种的遗传多样性。用36个十体引物和38个SSR引物对扩增后评价了这些试样的多态性。在40个栽培品种和5个野生近缘种中产生了总共499个RAPD标记，具有90．0％多态性。在所使用的38个SSR引物对中，仅有1个位点即RM115是多态的。 展开更多

关键词 遗传多样性分析 分子标记 水稻 野生近缘种 SSR引物 基础 随机扩增多态 简单序列重复 RAPD标记 标记系统 栽培品种 相互关系 分类单位 多态性 后评价 位点

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微卫星标记在水稻遗传育种中的应用 被引量：6

15

作者 余守武 刘宜柏 尹建华 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2003年第2期157-163,共7页

微卫星标记或称简单序列重复 ,它是由 1～ 6个核苷酸为重复单位组成的串联重复序列 ,相同座位上的重复序列由于重复次数的不同而造成序列长度的多态性。综述了微卫星标记的类型、特点及其在遗传图谱构建、品种鉴定、种质资源保存和利用... 微卫星标记或称简单序列重复 ,它是由 1～ 6个核苷酸为重复单位组成的串联重复序列 ,相同座位上的重复序列由于重复次数的不同而造成序列长度的多态性。综述了微卫星标记的类型、特点及其在遗传图谱构建、品种鉴定、种质资源保存和利用、遗传多样性分析。 展开更多

关键词 水稻 遗传育种 微卫星标记 应用 简单序列重复 多态性 遗传图谱 遗传多样性 分子标记辅助选择

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遗传标记及其在园艺植物研究中的应用 被引量：10

16

作者 陈东明 《中国农学通报》 CSCD 2005年第7期66-69,215,共5页

评述了形态学标记(morphologicalmarkers)、细胞学标记(cytologicalmarkers)、生化标记(bio鄄chemicalmarkers)、DNA分子标记(DNAmolecularmarkers)等技术的发展现状,着重介绍了近年来DNA指纹图谱技术,即限制性片段长度多态性(Restricti... 评述了形态学标记(morphologicalmarkers)、细胞学标记(cytologicalmarkers)、生化标记(bio鄄chemicalmarkers)、DNA分子标记(DNAmolecularmarkers)等技术的发展现状,着重介绍了近年来DNA指纹图谱技术,即限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)、随机扩增片段长度多态性(RandomAmplifiedPolymophismicDNA,RAPD)、简单重复序列(simplesequencere鄄peats,SSR)、扩增片段长度多态性(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism,AFLP)、单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)等标记技术的特点及其在园艺植物品种的分类鉴定、纯度的分析检测及品种间亲缘关系等研究中的应用。 展开更多

关键词 植物研究 遗传标记 扩增片段长度多态性 应用 园艺 限制性片段长度多态性 DNA指纹图谱技术 DNA分子标记 单核苷酸多态性 简单重复序列 种间亲缘关系 形态学标记 细胞学标记 生化标记 RAPD 分类鉴定 植物品种 标记技术 分析检测

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微卫星DNA标记技术及其在昆虫学上的应用 被引量：4

17

作者 王定锋 陈小龙 尤民生 《华东昆虫学报》 2006年第2期89-95,共7页

微卫星DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术,目前已被广泛应用于昆虫学的研究中。本文介绍了微卫星DNA标记的基本原理和特点,并综述了近年来该技术在昆虫种群遗传结构及分化、生物学特性与习性、遗... 微卫星DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术,目前已被广泛应用于昆虫学的研究中。本文介绍了微卫星DNA标记的基本原理和特点,并综述了近年来该技术在昆虫种群遗传结构及分化、生物学特性与习性、遗传图谱的构建、基因定位以及系统发生等领域中的应用。 展开更多

关键词 微卫星DNA标记 简单序列重复 分子遗传标记 多态性 昆虫学

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基于ISSR标记的龙眼种质资源遗传多样性及亲缘关系分析 被引量：4

18

作者 刘小英 吴碧君 +2 位作者 张游南 黄飞龙 刘国强 《中国农学通报》 2022年第31期60-65,共6页

为明确收集的龙眼种质资源遗传多样性水平和亲缘关系,以20份龙眼种质资源为研究对象,采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。11条引物共扩增出113条DNA片段,其中多态性片段90条,占总扩增片段数的79.65%。供试龙眼材料的遗传相... 为明确收集的龙眼种质资源遗传多样性水平和亲缘关系,以20份龙眼种质资源为研究对象,采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。11条引物共扩增出113条DNA片段,其中多态性片段90条,占总扩增片段数的79.65%。供试龙眼材料的遗传相似系数介于0.5487~0.8673之间,平均遗传相似系数0.7758。20份龙眼资源材料的ISSR聚类结果表明,供试龙眼材料间的亲缘关系较近,聚类结果受亲本关系影响,一定程度上反映了品种的地理分布情况,与传统分类方法较为一致。研究结果为龙眼种质资源的分类、遗传进化研究及杂交组合选配提供一定的理论和技术支持。 展开更多

关键词 龙眼 简单序列重复区间 分子标记 遗传多样性 亲缘关系

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溪黄草药材基原植物及近缘植物ISSR-SCAR分子标记开发 被引量：1

19

作者 刘靖 孟爽爽 +6 位作者 刘军民 萧晓吉 古敬锋 龚彩玲 谢文波 赵双双 詹若挺 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第15期1400-1407,共8页

目的研究建立溪黄草药材基原植物及其近缘植物的特征性片段扩增区域(SCAR)分子标记技术,为溪黄草药材的基原鉴定提供新的分子鉴别手段。方法采集溪黄草药材的基原植物及其近缘植物共5种29个居群,采用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)... 目的研究建立溪黄草药材基原植物及其近缘植物的特征性片段扩增区域(SCAR)分子标记技术,为溪黄草药材的基原鉴定提供新的分子鉴别手段。方法采集溪黄草药材的基原植物及其近缘植物共5种29个居群,采用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记对代表居群的基因组DNA进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,获得ISSR特异性片段,经回收纯化、克隆、测序后,根据特异性片段测序结果设计可以直接用于它们高效鉴定的SCAR引物。结果采用14对ISSR引物对18个代表样本进行聚合酶链式反应PCR扩增,获得4条特异性片段并成功转化为ISSR-SCAR分子标记,可分别用于特异性识别线纹香茶菜Rabdosia lophanthoides(Buch.-Ham.ex D.Don)H.Hara、长叶香茶菜R.stracheyi(Benth.Ex Hook.f.)Hara、溪黄草R.serra(Maxim.)H.Hara和显脉香茶菜R.nervosa(Hemsl.)C.Y.Wu et H.W.Li。结论建立的ISSR-SCAR分子标记条带清晰明亮,结果稳定,能够准确、快速鉴别溪黄草药材的基原植物及其近缘植物,为溪黄草药材基原的分子鉴别提供了新的方法。 展开更多

关键词 溪黄草药材基原植物 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性 特异片段

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黄连转录组SSR位点信息分析及分子标记开发

20

作者 崔亚杰 史荷凤 +3 位作者 聂广楼 廖海迪 李学刚 庞蕾 《中草药》 CSCD 北大核心 2024年第19期6713-6720,共8页

目的 探究黄连Coptis chinensis转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,进而开发可用于黄连资源遗传多样性评价的SSR分子标记。方法 采用MISA软件对黄连叶片转录组获得的93 629条Unigene进行SSR位点数据挖掘,利用Pr... 目的 探究黄连Coptis chinensis转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,进而开发可用于黄连资源遗传多样性评价的SSR分子标记。方法 采用MISA软件对黄连叶片转录组获得的93 629条Unigene进行SSR位点数据挖掘,利用Primer 3.0软件进行引物设计,以64株不同形态的黄连作为分析样本,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选多态性引物。结果 黄连转录组中的12 848个SSR位点分布于10 016条Unigene序列中,SSR位点的出现频率为13.72%。单核苷酸和三核苷酸重复是SSR序列中最主要的重复类型,分别占SSR总数的53.81%和25.01%。SSR序列中共包含115种重复基元,优势重复基元为A/T、AG/CT、AAG/CTT。随机筛选的180对引物中,94对可扩增出清晰条带,其中的7对引物具有明显多态性,能够将64份黄连样本分成4个类群,其生物性状与遗传多样性聚类结果基本吻合。结论 黄连转录组中SSR位点出现频率较高,重复类型丰富,多态性较高,可为黄连资源研究提供候选分子标记。开发的7个SSR标记可用于黄连资源遗传多样性评价、种质鉴定、分子辅助育种等研究。 展开更多

关键词 黄连 转录组 简单重复序列 分子标记 多态性

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