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非小细胞肺癌同源重组修复通路基因与临床特征的相关性分析
1
作者 杨茜 赵洁 +4 位作者 唐海涛 廖鑫 牟康 李小松 沈依帆 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期871-876,共6页
目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特... 目的:采用基因组不稳定评分(genomic instability score,GIS)描述非小细胞肺癌患者的同源重组修复缺陷(homolo⁃gous recombination deficiency,HRD)状态,探讨HRD状态及同源重组通路基因(homologous recombination repair,HRR)与临床特征的相关性。方法:本研究纳入2020年1月至2022年1月在重庆医科大学附属第一医院接受治疗的335例非小细胞肺癌患者,采用二代测序法检测GIS评分及35个HRR基因,根据杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)、端粒等位基因失衡(telo⁃meric allelic imbalance,TAI)、大片段迁移(large-scale state transition,LST)综合评估GIS评分。GIS评分及HRR基因与临床特征之间的关系通过Mann-Whitney U检验,Kruskal-Wallis检验和Dunn-Bonferroni检验分析。GIS评分和肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)值的相关性采用Spearman分析。结果:在335例患者中,男性患者、年龄大、分期晚、有吸烟史、鳞癌均会导致GIS评分更高,GIS评分Md(P25,P75)分别是13(4,26.75),12(3,22.5),21.5(12,30),16(4,27)和24(18,38.25)(Z=-5.083,P<0.001;Z=2.973,P=0.003;Z=8.225,P<0.001;Z=4.655,P<0.001;Z=-7.082,P<0.001)。HRR体系基因突变组样本GIS评分高于野生组,2组GIS评分分别为18.5(5.25,28.75)和6(1,16)(Z=5.012,P<0.001)。共检测到33个HRR相关基因突变,主要集中在ATM、RECQL4、ATR、FANCM、BRCA1、FANCA、BRIP1、NBN、WRN等基因,其中BRCA2、FANCI、FANCA基因突变均会导致GIS评分升高,GIS评分Md(P25,P75)分别是34(25.25,51),31.5(14.5,50)和22(12,44)(Z=-2.805,P=0.005;Z=-2.216,P=0.027;Z=-2.478,P=0.013)。GIS评分和TMB值之间呈正相关(rs=0.504,P<0.001)。结论:揭示中国非小细胞肺癌患者GIS评分及HRR基因突变特征,提示基于二代测序的GIS评分及HRR基因检测可能成为非小细胞肺癌患者靶向治疗及免疫治疗新的生物标志物。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 同源重组修复缺陷 基因组不稳定评分 同源重组通路
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非小细胞肺癌组织EMSY、PIDD表达与同源重组修复基因的相关性及其临床意义
2
作者 陈丽萍 项保利 +3 位作者 王布 姬泽萱 郭志青 赵建清 《疑难病杂志》 CAS 2024年第2期186-191,共6页
目的研究非小细胞肺癌(NSCLC)组织中EMSY转录抑制因子(EMSY)、p53诱导的死亡结构域蛋白1(PIDD)表达与同源重组修复基因表达的相关性及临床意义。方法选择2022年1月—2023年4月河北北方学院附属第一医院呼吸与危重症医学科诊治NSCLC患者8... 目的研究非小细胞肺癌(NSCLC)组织中EMSY转录抑制因子(EMSY)、p53诱导的死亡结构域蛋白1(PIDD)表达与同源重组修复基因表达的相关性及临床意义。方法选择2022年1月—2023年4月河北北方学院附属第一医院呼吸与危重症医学科诊治NSCLC患者80例。采用实时荧光定量PCR检测癌组织及癌旁组织中EMSY、PIDD表达与同源重组修复基因人乳腺癌易感基因1(BRCA1)、切除修复交叉互补基因1(ERCC1),核糖核苷酸还原酶亚单位1(RRM1)表达。Pearson相关分析EMSY、PIDD表达与同源重组修复基因表达的相关性;分析EMSY、PIDD表达与NSCLC临床病理相关参数的关系及在NSCLC诊断中的价值。结果NSCLC癌组织中EMSY、PIDD、BRCA1、ERCC1、RRM1 mRNA相对表达量均高于癌旁组织(t/P=30.176/<0.001,27.821/<0.001,25.075/<0.001,16.680/<0.001,25.610/<0.001)。NSCLC癌组织中EMSY、PIDD mRNA与BRCA1、ERCC1、RRM1 mRNA表达均呈正相关(r/P=0.654/<0.001,0.712/<0.001,0.584/<0.001;0.724/<0.001,0.661/<0.001,0.563/<0.001)。低分化程度、有淋巴结转移及TNM分期Ⅲ期NSCLC癌组织EMSY、PIDD mRNA表达分别显著高于高中分化程度、无淋巴结转移及TNM分期Ⅰ~Ⅱ期NSCLC癌组织(t/P=13.693/<0.001,13.380/<0.001,12.197/<0.001;10.289/<0.001,11.130/<0.001,9.405/<0.001)。EMSY、PIDD mRNA及两项联合诊断NSCLC的AUC分别为0.834、0.802、0.906,两项联合诊断的AUC大于单一指标(Z=4.751、5.257,P均<0.001)。结论EMSY、PIDD在NSCLC癌组织中表达升高,与同源重组修复基因表达及不良临床病理特征有关,两者联合有助于NSCLC的诊断。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EMSY p53诱导的死亡结构域蛋白1 同源重组修复基因 诊断
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同源重组修复基因突变对晚期非小细胞肺癌患者免疫治疗疗效和预后的影响
3
作者 王文茜 李洁瑶 +4 位作者 陈飞帆 杨双宁 刘小玉 王丽萍 张毅 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期700-706,共7页
目的:探讨同源重组修复(HRR)基因突变对晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者免疫治疗疗效和预后的影响。方法:收集2018年3月至2023年4月间在郑州大学第一附属医院接受PD-1抑制剂治疗的124例晚期NSCLC患者的临床资料。根据有无HRR基因突变将患... 目的:探讨同源重组修复(HRR)基因突变对晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者免疫治疗疗效和预后的影响。方法:收集2018年3月至2023年4月间在郑州大学第一附属医院接受PD-1抑制剂治疗的124例晚期NSCLC患者的临床资料。根据有无HRR基因突变将患者分为突变组(n=57例)和野生组(n=67例),采用卡方检验或Fisher’s精确检验比较两组患者的临床特征及免疫治疗疗效差异,采用Kaplan-Meier方法比较两组患者的PFS,采用单因素和多因素Cox回归分析PFS的影响因素。结果:HRR基因突变组中鳞癌及肿瘤突变负荷(TMB)≥10 mut/Mb的占比显著多于野生组(54.4%vs 32.8%,61.4%vs 29.9%,均P<0.05)。HRR基因突变组与野生组患者的ORR分别为17.5%和10.4%(P=0.252),DCR分别为86.0%和73.1%(P=0.080)。HRR基因突变组与野生组的PFS比较差异具有统计学意义(6.8个月vs 3.9个月,P<0.001)。多因素分析结果显示,有无HRR基因突变[HR=0.550,95%CI(0.352,0.860),P=0.009]与免疫治疗线数[HR=0.468,95%CI(0.312,0.702),P<0.001]和PFS显著相关。结论:HRR基因突变组患者的免疫治疗疗效优于野生组患者,HRR基因突变是晚期NSCLC患者免疫治疗预后的独立保护因素。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 同源重组修复 免疫治疗 预后
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同源重组修复缺陷检测国家参考品
4
作者 张咪 张文新 +4 位作者 孙楠 于婷 胡泽斌 黄杰 曲守方 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第11期2112-2115,共4页
目的制备同源重组修复缺陷检测(HRD)国家参考品,并建立其标准集,用于HRD体外诊断试剂产品的性能评价。方法采用肿瘤组织永生化的细胞和配对白细胞永生化的细胞,制备不同DNA比例(50%,40%,30%,20%,10%)的HRD国家参考品。将其基因组DNA打断... 目的制备同源重组修复缺陷检测(HRD)国家参考品,并建立其标准集,用于HRD体外诊断试剂产品的性能评价。方法采用肿瘤组织永生化的细胞和配对白细胞永生化的细胞,制备不同DNA比例(50%,40%,30%,20%,10%)的HRD国家参考品。将其基因组DNA打断,进行全外显子测序(WES),将获得的测序数据进行分析。首先合并拷贝数变异(CNV)检测大于10 Mb区域,构建成区间树。然后将区间树拆分成最小节点,统计各节点检出频次及节点中各类型检出频次,建立等位基因特异性拷贝数(ASCNV)标准集。使用scarHRD软件建立LOH、LST及TAI标准集。结果ASCNV标准集包括节点检出频率≥50%的节点,且节点合并后长度≥3 Mb。建立了国家参考品的LOH、LST及TAI三个指标的标准集。结论HRD国家参考品和标准集,可以为同源重组修复缺陷检测试剂盒的性能评价提供技术支撑。 展开更多
关键词 同源重组修复缺陷 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂 生物标志物 下一代测序 全外显子测序 标准集 单核苷酸多态性
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自杀质粒同源重组介导阴沟肠杆菌adh基因缺失突变体构建及其生物学特性
5
作者 谢乐乐 何平 +2 位作者 唐小越 葛菁萍 凌宏志 《中国农学通报》 2024年第18期96-104,共9页
本研究旨在探究敲除阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)代谢通路上乙醇脱氢酶基因对乙偶姻代谢合成的影响,进一步提高乙偶姻产量。实验基于E.cloacae SDM中的乙醇脱氢酶adh基因序列设计特异性引物,并构建adh基因自杀质粒pKR6K-∆adh。利... 本研究旨在探究敲除阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)代谢通路上乙醇脱氢酶基因对乙偶姻代谢合成的影响,进一步提高乙偶姻产量。实验基于E.cloacae SDM中的乙醇脱氢酶adh基因序列设计特异性引物,并构建adh基因自杀质粒pKR6K-∆adh。利用热激法将自杀质粒转入E.cloacae∆budCldh,成功得到多基因缺失菌株E.cloaca∆budC-ldh-adh,并进行发酵性能测试。研究结果显示,与出发菌株相比,新构建的重组菌株在敲除了负责乙醇合成的关键酶乙醇脱氢酶adh基因后,其乙偶姻的生产强度提高了20.6%,产量提高了22.6%,同时乙醇产量提高了92.8%。此外,由于通过基因改造阻断了多条分支代谢路径,流向丁二酸代谢路径的碳通量明显变多,丁二酸产量提高101.3%。本研究成果不仅为构建高效乙偶姻生产菌株提供了有价值的参考,也为乙偶姻的大规模工业生产奠定了基础。 展开更多
关键词 乙偶姻 乙醇脱氢酶 同源重组 阴沟肠杆菌 基因缺失 基因敲除 代谢工程
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TRIP13通过同源重组通路提高肺腺癌细胞的放射抗性
6
作者 葛舒童 谷润川 +3 位作者 杨雄涛 许长丹 王诗杰 朱广迎 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页
背景与目的放疗是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)最常用的治疗手段之一。然而,一部分肿瘤细胞对放射线的不敏感是放疗疗效差、患者预后不良的重要原因之一,探究放射抵抗背后的深层机制是解决这一临床难题的关键。本研... 背景与目的放疗是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)最常用的治疗手段之一。然而,一部分肿瘤细胞对放射线的不敏感是放疗疗效差、患者预后不良的重要原因之一,探究放射抵抗背后的深层机制是解决这一临床难题的关键。本研究旨在寻找与肺腺癌(lungadenocarcinoma,LUAD)放射抵抗相关的分子,初步经数据库筛选锁定甲状腺素受体结合因子13(thyroid hormone receptor interactor 13,TRIP13)为主要研究对象,并探索TRIP13是否与LUAD的放射抵抗有关及具体机制,以期为临床接受放疗的LUAD患者的联合治疗提供理论依据和潜在靶点。方法选取基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的GSE18842、GSE19188和GSE33532共3个数据集,借助R 4.1.3软件分别筛选3个数据集中差异表达的基因(|logFC|>1.5,P<0.05),之后使用Venn diagram找出在3个数据集中共有的差异表达基因。随后,借助STRING在线工具和Cytoscape软件,对筛选出来的差异基因进行蛋白质相互作用分析和模块分析,借助Kaplan-Meier Plotter数据库对各基因进行生存预后分析,并确定TRIP13基因作为后续主要研究分子。随后,采用亚致死性剂量照射法对人LUAD细胞系H292进行多次X射线照射,以构建具有放射抗性的细胞系H292DR。采用细胞计数试剂盒-8(cell counting kit-8,CCK-8)实验和克隆形成实验验证H292DR细胞的放射抗性能力。Western blot检测H292细胞和H292DR细胞中TRIP13蛋白的表达水平。使用小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)沉默H292DR细胞中TRIP 13蛋白的表达并进行Western blot检测。观察TRIP13沉默后H292DR细胞的克隆形成能力和迁移能力,随后检测共济失调-毛细血管扩张突变(ataxia telangiectasia mutated,ATM)蛋白等与同源重组密切相关的蛋白的表达水平变化。结果经多个GEO数据集筛选、外部数据集的验证以及生存分析发现,TRIP13在LUAD中高表达,并与接受过放疗的LUAD患者的不良预后有关;并且,TRIP13基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)的结果提示,TRIP13可能通过促进放疗后的同源重组修复而与LUAD放射抵抗有密切关联。经实验检测发现,TRIP13的表达在H292DR中上调,而沉默TRIP13后能够增加H292DR细胞对放射线的敏感性。结论TRIP13与接受放疗后的LUAD患者的预后不良有关,可能是通过促进同源重组修复途径来介导LUAD细胞对放射线的抵抗。 展开更多
关键词 肺肿瘤 放射抵抗 TRIP13蛋白 同源重组
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Red/ET同源重组介导的基因克隆载体pBACS的构建、鉴定与应用
7
作者 侯少阳 李岚芳 +5 位作者 杜丽霞 孙林慧 李典 禚惠荣 姜莉莉 张大虎 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第5期590-597,共8页
目的通过Red/ET同源重组技术构建pBACS基因克隆及测序质粒载体。方法以质粒pBAC2015、pET28a为模板设计四对引物,PCR扩增得到四段彼此间有50 bp同源区域的基因片段,分别命名为bac-sop、bac-ori、bac-kan和bac-T7。利用Red/ET同源重组技... 目的通过Red/ET同源重组技术构建pBACS基因克隆及测序质粒载体。方法以质粒pBAC2015、pET28a为模板设计四对引物,PCR扩增得到四段彼此间有50 bp同源区域的基因片段,分别命名为bac-sop、bac-ori、bac-kan和bac-T7。利用Red/ET同源重组技术,将四段基因片段电转至E.coli GB05-dir感受态中进行线线重组。经酶切、测序验证阳性克隆质粒。此外,对重组质粒pBACS进行稳定性鉴定;利用pBACS分别进行细菌16S rDNA和真菌ITS基因克隆和基因测序。结果酶切和测序的验证结果显示,质粒的大小、元件方向及序列正确;pBACS具有较强的稳定性,适用于作为基因工程的克隆载体;可高效用于细菌16S rDNA和真菌ITS序列的克隆,阳性率为100%。结论成功利用Red/ET技术构建克隆载体pBACS,质粒载体具有稳定性强、重组效率高的特点,在基因克隆和基因测序等方面具有良好的应用潜力。 展开更多
关键词 pBACS 克隆 Red/ET技术 同源重组
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化学试剂对塔宾曲霉同源重组效率的影响
8
作者 梁丽存 刘文龙 +3 位作者 刘晓青 姚斌 黄火清 杨浩萌 《生物技术进展》 2024年第4期586-593,共8页
某些化学试剂可以通过调节细胞周期或胞内DNA修复途径来提高基因编辑效率。以塔宾曲霉作为研究对象,通过CRISPR/Cas9工具,对其孢子色素合成相关基因fwn进行基因编辑,在转化过程中分别加入8种化学试剂,最后通过统计孢子颜色和抗性基因PC... 某些化学试剂可以通过调节细胞周期或胞内DNA修复途径来提高基因编辑效率。以塔宾曲霉作为研究对象,通过CRISPR/Cas9工具,对其孢子色素合成相关基因fwn进行基因编辑,在转化过程中分别加入8种化学试剂,最后通过统计孢子颜色和抗性基因PCR验证,检测8种化学试剂对塔宾曲霉同源重组效率的影响。结果发现,与零添加对照组相比,在原生质体转化过程中,添加苯菌灵(benomyl)、RS-1、香草醛(vanillin)和氯丙嗪(chlorpromazine),同源重组效率分别达到85.45%、60.90%、59.45%、65.95%,比对照组提高了18.05%、9.35%、7.9%、14.4%;当苯菌灵与其他试剂叠加使用时,同源重组效率进一步提高,最高可达97.92%。因此,化学试剂在原生质体转化中的应用为提高丝状真菌的基因编辑效率提供了新的思路。 展开更多
关键词 化学试剂 同源重组效率 塔宾曲霉
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枯草芽孢杆菌同源重组表达外源基因在畜牧业应用的研究进展
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作者 赵荪琦 张明辉 高学军 《吉林畜牧兽医》 2024年第1期7-9,共3页
枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性益生菌,因其分布广泛、操作安全、易于培养、易遗传转化而被广泛用于畜牧业、农业、食品、工业和医药领域的异源蛋白生产。已报道了许多基于质粒的枯草芽孢杆菌表达系统,本文进一步介绍了枯草芽孢杆菌分泌... 枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性益生菌,因其分布广泛、操作安全、易于培养、易遗传转化而被广泛用于畜牧业、农业、食品、工业和医药领域的异源蛋白生产。已报道了许多基于质粒的枯草芽孢杆菌表达系统,本文进一步介绍了枯草芽孢杆菌分泌系统、启动子、质粒载体、转化方法,以及利用同源重组表达外源基因在畜牧业应用的研究进展,为畜牧科技工作者提供参考。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 外源基因 同源重组 畜牧业
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云南地区卵巢癌患者的基因同源重组缺陷状态和BRCA1/2基因突变频率及其临床意义 被引量：1
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作者 蔡静静 刘馨 +13 位作者 李卓颖 韩婷婷 郭银金 马露瑶 王晓雄 李鸿生 李权 杜亚茜 兰云意 沈绍聪 杨锐娇 吴顺先 刘俊熙 周永春 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CSCD 北大核心 2023年第12期1082-1087,共6页
目的:采用基于中国人群单核苷酸多态性位点开发的同源重组缺陷(HRD)检测工具评估云南地区卵巢癌患者的HRD状态和BRCA1/2基因突变频率并探讨其临床意义。方法:共纳入2021年1月至2023年5月间在云南省肿瘤医院收治的卵巢癌患者248例,HRD状... 目的:采用基于中国人群单核苷酸多态性位点开发的同源重组缺陷(HRD)检测工具评估云南地区卵巢癌患者的HRD状态和BRCA1/2基因突变频率并探讨其临床意义。方法:共纳入2021年1月至2023年5月间在云南省肿瘤医院收治的卵巢癌患者248例,HRD状态采用基因组瘢痕评分法(GSS)(主要依据拷贝数的长度、类型、位置及基因组断片)或HRD评分法(杂合性缺失、端粒等位基因失衡及大片段移位等基因组不稳定事件的总和)进行评估,当组织样本的GSS≥50分或HRD评分≥42分者或检测到有害的BRCA1/2基因突变时HRD被定义为阳性。分析患者HRD状态与临床病理特征的关系。结果:248名卵巢癌患者中70.97%的患者HRD呈阳性,其中BRCA1/2基因突变率为30.65%。Ⅲ~Ⅵ期、高级别浆液腺癌的卵巢癌患者具有更高的HRD阳性率(均P<0.01),HRD评分更高的患者其合并其他基因突变的频率也越高(P<0.05)。HRD状态与卵巢癌的病理类型、临床分期和其他基因突变均有关联(均P<0.01)。结论:云南地区卵巢癌患者HRD阳性率较高,HRD阳性的卵巢癌患者可以从聚ADP核糖聚合酶(PARP)抑制剂治疗中获得更大的收益。 展开更多
关键词 卵巢癌 云南地区 同源重组缺陷(HRD) 基因组瘢痕评分(GSS) HRD评分 BRCA1基因 BRCA2基因
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BRCA1/2突变和同源重组修复缺陷(HRD)检测在乳腺癌中的临床研究进展 被引量：2
11
作者 冯聪 张寅斌 +4 位作者 吴菲 李佳 李超凡 王维玮 张淑群 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2023年第10期1940-1943,共4页
乳腺癌已成为发病率最高的癌症。DNA修复缺陷是乳腺癌最重要的特征之一。先前的研究表明,乳腺癌易感基因1/2(breast cancer susceptibility gene 1/2,BRCA1/2)突变是预测乳腺癌同源重组修复缺陷(homologous recombination deficiency, H... 乳腺癌已成为发病率最高的癌症。DNA修复缺陷是乳腺癌最重要的特征之一。先前的研究表明,乳腺癌易感基因1/2(breast cancer susceptibility gene 1/2,BRCA1/2)突变是预测乳腺癌同源重组修复缺陷(homologous recombination deficiency, HRD)最主要的生物标志物,能识别铂类药物和多腺苷二磷酸核糖聚合酶(poly ADP ribose polymerase, PARP)抑制剂治疗的获益人群。美国食品药品监督管理局(FDA)已批准Olaparib和Talazoparib两种PARP抑制剂,用于BRCA1/2突变的早期和晚期乳腺癌的辅助治疗。但中国尚未获批。现有研究表明,一部分非BRCA1/2突变的乳腺癌患者也具有HRD特征,可以从铂类药物或PARP抑制剂中获益。本综述总结了涉及到BRCA1/2突变、同源重组修复(homologous recombination repair, HRR)基因突变和HRD状态检测的临床研究。阐明了各种检测方法在识别乳腺癌患者HRD状态和预测疗效方面的价值,并提出应尽快开发用于中国乳腺癌HRD的检测方法。 展开更多
关键词 乳腺癌 BRCA1/2 同源重组修复缺陷 临床研究 PARP抑制剂
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基于酵母同源重组的转录因子活性分析 被引量：1
12
作者 裴浩 李万通 +2 位作者 周逍灵 余敏 陶芳 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第3期544-549,共6页
转录因子的转录激活验证是分析其转录活性的有效手段之一。黄曲霉菌bZIP5基因广泛参与该菌的生长发育,因此拟进行该转录因子的体外活性检测,以pGBKT7为骨架载体,采用酵母同源重组法构建载体,与体外重组酶法进行比较,并考察不同长度同源... 转录因子的转录激活验证是分析其转录活性的有效手段之一。黄曲霉菌bZIP5基因广泛参与该菌的生长发育,因此拟进行该转录因子的体外活性检测,以pGBKT7为骨架载体,采用酵母同源重组法构建载体,与体外重组酶法进行比较,并考察不同长度同源序列对酵母同源重组法构建载体的影响。结果表明:采用外源重组酶法构建载体pGBKT7-bZIP5,需要经过片段的体外重组连接、转化大肠杆菌,再提取质粒转化酵母AH109进行激活验证;而酵母同源重组法只需将线性化载体和片段一起转化酵母AH109,载体构建与激活验证同步完成,且21~30 bp不同长度的同源序列对酵母同源重组法构建载体没有影响,目的基因bZIP5均显示有自激活能力,故基于酵母同源重组的载体构建方法可行。该方法无需提供外源重组酶,为基于酵母的载体构建提供了便捷的途径。 展开更多
关键词 载体构建 同源重组 酵母 bZIP5转录因子
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木犀草素对人胃癌细胞DNA双链断裂及同源重组修复的影响 被引量：2
13
作者 李冲慧 米阳 +4 位作者 任飞飞 孙向东 周潇潇 王万聪 夏兴洲 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2023年第4期385-391,共7页
目的探讨木犀草素对人胃癌细胞DNA双链断裂(DNA double-strand breaks,DSBs)及同源重组(homologous recombination,HR)修复的影响。方法采用流式细胞仪检测作用木犀草素后各组细胞内ROS水平变化及GFP阳性率;彗星实验检测木犀草素对DSBs... 目的探讨木犀草素对人胃癌细胞DNA双链断裂(DNA double-strand breaks,DSBs)及同源重组(homologous recombination,HR)修复的影响。方法采用流式细胞仪检测作用木犀草素后各组细胞内ROS水平变化及GFP阳性率;彗星实验检测木犀草素对DSBs的影响;Western blotting检测DNA损伤标志性蛋白γH2AX和HR修复蛋白Rad51的表达;免疫荧光检测DNA损伤修复相关蛋白表达的募集情况。结果木犀草素以剂量依赖性方式增加胃癌细胞内ROS含量;用I-Scel质粒转染DR-GFP后木犀草素处理组GFP阳性细胞比例明显少于未加木犀草素组;但彗星实验表明,木犀草素处理后人胃癌AGS细胞后增加彗星尾炬;经木犀草素处理后,胃癌细胞中DNA的γH2AX上调,修复关键蛋白Rad51的表达下调;免疫荧光结果表明,在木犀草素处理人胃癌AGS细胞后HR修复蛋白Rad51在DNA损伤位点的募集减少。结论木犀草素能够促进人胃癌细胞DSBs,并抑制其HR修复。 展开更多
关键词 木犀草素 DNA损伤 DNA双链断裂 同源重组修复 胃癌细胞
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基于基因瘢痕评分(GSS)探索乳腺癌中的同源重组修复缺陷(HRD)
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作者 冯聪 李佳 +7 位作者 张寅斌 吴菲 刘梦洁 陈曦 李超凡 王维玮 谭清华 张淑群 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2023年第5期855-860,共6页
目的:使用基因瘢痕评分(GSS)描述中国乳腺癌人群的HRD状态,并对乳腺癌的HRD状态和临床特征进行统计学分析。方法:使用AmoyDx HRD Panel检测我院诊断的79例乳腺癌患者。根据拷贝数长度(LCN)、拷贝数部位(SCN)和拷贝数类型(TCN)确定基因... 目的:使用基因瘢痕评分(GSS)描述中国乳腺癌人群的HRD状态,并对乳腺癌的HRD状态和临床特征进行统计学分析。方法:使用AmoyDx HRD Panel检测我院诊断的79例乳腺癌患者。根据拷贝数长度(LCN)、拷贝数部位(SCN)和拷贝数类型(TCN)确定基因组疤痕得分(GSS)。HRD阳性是指BRCA突变阳性和/或GSS得分≥50。HRD得分与临床特征之间的关系通过卡方检验和Fisher’s精确检验及Wilcoxon秩和检验进行统计分析。结果:在79例患者中,BRCA突变阳性率10.1%,HRD阳性率35.4%。在TNBC患者中,HRD阳性率为80%,BRCA突变阳性率26.7%。53.4%的TNBC患者BRCA突变阴性但HRD阳性。与HRD阴性的乳腺癌相比,HRD阳性乳腺癌明显更可能是Ki-67高(P<0.05)、ER阴性(P<0.05)和PR阴性(P<0.05)的肿瘤。HRD阳性率在TNBC(80%)中也明显高于Luminal A(7.7%,P<0.001)和Luminal B(27.7%,P<0.05)。结论:GSS是乳腺癌同源重组缺陷的重要检测工具,能帮助挖掘BRCA突变阴性但HRD阳性的乳腺癌人群。HRD状态与乳腺癌的ER、PR和Ki-67状态相关。 展开更多
关键词 乳腺癌 BRCA1/2 同源重组修复缺陷 PARP抑制剂 基因瘢痕评分 临床特征
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复发性卵巢癌两次手术基因同源重组修复缺陷状态变化与临床价值分析
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作者 张天歌 赵英姿 +3 位作者 李洪琦 李玉荣 刘敏 李长忠 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期711-713,共3页
目的:分析复发性卵巢癌患者两次手术基因同源重组修复缺陷(HRD)状态的改变,探讨卵巢癌复发时是否需要再次进行HRD检测。方法:收集2017年3月至2021年8月山东省3家三级甲等医院卵巢癌术后复发,再次行卵巢肿瘤减灭术并行HRD检测的9例上皮... 目的:分析复发性卵巢癌患者两次手术基因同源重组修复缺陷(HRD)状态的改变,探讨卵巢癌复发时是否需要再次进行HRD检测。方法:收集2017年3月至2021年8月山东省3家三级甲等医院卵巢癌术后复发,再次行卵巢肿瘤减灭术并行HRD检测的9例上皮性卵巢癌患者的临床资料,比较两次手术样本肿瘤乳腺癌易感基因(BRCA)突变情况、HRD评分以及HRD状态的变化。结果:9例晚期上皮性卵巢癌患者中位年龄为54.8岁,中位无进展生存期为12.4个月。二次手术BRCA突变状态较初次手术均无变化,其中3例患者BRCA突变均为胚系突变,突变位点未发生改变。9例患者中HRD状态阳性6例,阴性3例。所有患者二次手术HRD评分均发生改变,但根据预先设定的HRD状态判定标准,HRD状态无变化。结论:HRD状态在原发和复发样本之间保持不变。初始肿瘤的HRD评分对于接受过含铂治疗的复发性上皮性卵巢癌的治疗方案选择仍有参考价值,提示卵巢癌复发时无需再次进行HRD检测。 展开更多
关键词 复发性卵巢癌 两次手术 基因检测 同源重组修复缺陷
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幽门螺杆菌及其毒力因子空泡细胞毒素A对人胃腺癌细胞DNA同源重组修复和细胞周期的影响
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作者 莫慧 黄煌 +4 位作者 梅璐 米阳 刘斌 白利梅 于泳 《肿瘤基础与临床》 2023年第1期7-13,共7页
目的研究幽门螺杆菌(Hp)标准株Hp P12和其毒力因子空泡细胞毒素A(VacA)对人胃腺癌细胞DNA损伤、同源重组修复和细胞周期的影响。方法取对数生长期的人胃腺癌AGS细胞,应用Hp标准株(Hp P12)和其VacA基因敲除株(Hp P12ΔVacA)以感染复数(mu... 目的研究幽门螺杆菌(Hp)标准株Hp P12和其毒力因子空泡细胞毒素A(VacA)对人胃腺癌细胞DNA损伤、同源重组修复和细胞周期的影响。方法取对数生长期的人胃腺癌AGS细胞,应用Hp标准株(Hp P12)和其VacA基因敲除株(Hp P12ΔVacA)以感染复数(multiplicity of infection,MOI)100分别感染AGS细胞,使用Western Blot方法检测DNA损伤标记蛋白γH2AX、HR修复关键蛋白(Rad51、CtIP、pCtIP)、细胞周期检测点激酶2(pCHK2)的表达水平,进一步用流式细胞术检测细胞周期,验证Hp P12及其毒力因子VacA对HR修复和细胞周期的影响。结果DNA损伤标记蛋白γH2AX的表达,在Hp P12感染组较未感染组上调(6 h:t=4.870,P=0.001;12 h:t=4.118,P=0.003),在Hp P12ΔVacA感染组较Hp P12感染组下调(6 h:t=4.669,P=0.002;12 h:t=3.117,P=0.013)。Rad51、CtIP、pCtIP和pCHK2的表达在Hp P12感染12 h组较未感染组下调(Rad51:t=22.740,P<0.001;CtIP:t=31.970,P<0.001;pCtIP:t=3.777,P=0.020;pCHK2:t=10.740,P<0.001),而Rad51、pCHK2的表达在Hp P12ΔVacA感染12 h组均较Hp P12感染12 h组上调(Rad51:t=5.637,P=0.005;pCHK2:t=3.726,P=0.006)CtIP的表达在Hp P12ΔVacA感染6 h组较Hp P12感染6 h组上调(t=4.580,P=0.002)。进一步采用流式细胞术检测细胞周期发现Hp P12感染组G 1期细胞数较未感染组下调(t=11.530,P<0.001),S期细胞数上调(t=8.583,P=0.001)。而Hp P12ΔVacA感染组G 1期细胞数较Hp P12感染组上调(t=5.781,P=0.004),S期细胞数下调(t=5.481,P=0.005)。结论Hp P12标准株感染人胃腺癌细胞后引起DNA损伤,抑制了细胞HR修复,并引起细胞周期阻滞,其中VacA毒力因子起到了重要作用。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 同源重组修复 胃腺癌 空泡细胞毒素A
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携带同源重组修复相关基因突变的消化道肿瘤的临床特征研究
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作者 朱博慧 《中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生》 2023年第9期20-23,共4页
探讨消化道肿瘤当中的同源重组修复相关基因(Homologous recombination repair related gene,HRR)的突变情况及临床特征。方法 本次研究将2020年11月-2022年10月在本院治疗的92例消化道肿瘤患者作为研究对象,其中有79例的患者接受了同... 探讨消化道肿瘤当中的同源重组修复相关基因(Homologous recombination repair related gene,HRR)的突变情况及临床特征。方法 本次研究将2020年11月-2022年10月在本院治疗的92例消化道肿瘤患者作为研究对象,其中有79例的患者接受了同源重组修复相关基因的血液检测,53例患者接受了HRR的组织样本检测,40例患者同时接受了两种样本检测,对其中的检测结果进行分析。结果 在血液标本的检测过程中,有10例患者出现了基因突变,突变率为12.6%(10/79);在组织样本的检测当中,有9例患者出现了基因突变,突变率为17.0%(9/53);在同时接受组织样本与学哦样本的检测当中, 最常见的突变情况为CDK12突变(10.0%),ATM突变(7.5%)及BRCA1突变(5.0%)。对于出现了基因突变的患者而言,肿瘤突变符合(Tumor mutational burden,TMB)是6.17(2.24-11.52),未出现基因突变的患者为0.4(0-3.75),在数据的对比中具有统计学差异(P<0.05)。在异质性的检验中,Kappa值是0.333(P=0.031)。结论 具有临床意义HRR突变的患者在同源重组修复相关基因更高,且血液样本与组织样本在检测中也具有较好一致性。 展开更多
关键词 消化道肿瘤 临床特征 基因突变 同源重组修复相关基因
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一种酿酒酵母同源重组载体的筛选
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作者 郑文岭 江晓曦 +2 位作者 崔东 赵慧 马文丽 《华南理工大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第6期89-92,共4页
将携有mTn-3xHA/LacZ转座子的酿酒酵母文库质粒pHSS6转化大肠杆菌DH5α,挑取单菌落并提取其质粒.将纯化质粒分别用Not I酶切后,转化尿嘧啶缺陷型(ura-)酿酒酵母菌株INVSc1,使其同源重组到酿酒酵母基因组中,于SC/ura-平板上筛选.取长有... 将携有mTn-3xHA/LacZ转座子的酿酒酵母文库质粒pHSS6转化大肠杆菌DH5α,挑取单菌落并提取其质粒.将纯化质粒分别用Not I酶切后,转化尿嘧啶缺陷型(ura-)酿酒酵母菌株INVSc1,使其同源重组到酿酒酵母基因组中,于SC/ura-平板上筛选.取长有单菌落酵母的平板进一步筛选重组后上游有强启动子酿酒酵母文库质粒,用近300个质粒转化酵母菌株INVSc1,最终得到2株前端有强启动子的酿酒酵母质粒,这2个质粒可作为酿酒酵母同源重组载体广泛应用. 展开更多
关键词 酿酒酵母 同源重组 转座子 化学转化 同源重组载体
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同源重组修复检测的评价
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作者 许骏 曲守方 +1 位作者 黄传峰 黄杰 《分子诊断与治疗杂志》 2022年第2期338-341,345,共5页
目的使用人实体瘤多基因突变联合检测试剂盒,对国家参考品进行同源重组修复基因(HRR)检测,评价试剂盒的HRR检测能力。方法使用超声打断仪将参考品基因组DNA打断到180~220 bp。将片段化DNA进行末端修复、加接头和PCR扩增等步骤后制备预文... 目的使用人实体瘤多基因突变联合检测试剂盒,对国家参考品进行同源重组修复基因(HRR)检测,评价试剂盒的HRR检测能力。方法使用超声打断仪将参考品基因组DNA打断到180~220 bp。将片段化DNA进行末端修复、加接头和PCR扩增等步骤后制备预文库;然后杂交捕获后获得终文库;最后使用NextSeq550Dx测序仪进行测序。结果国家参考品标示的BRCA基因突变位点以及突变的外显子位置均能准确检出,而且没有检出其他非标示的致病性或疑似致病性突变位点。试剂盒虽然对部分BRCA基因突变位点的解读结果与标示的解读结果有差异,但是解读结果也符合国家参考品的准确性要求。试剂盒未对其他的HRR基因突变进行解读。结论HRR检测对BRCA基因突变按照BRCA基因解读规则进行解读,对其他的HRR基因突变的解读结果需要制定相应的解读规则。 展开更多
关键词 同源重组修复 同源重组缺陷 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂 胚系突变 体细胞突变
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同源重组法构建多功能农药降解基因工程菌研究 被引量：16
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作者 蒋建东 顾立锋 +3 位作者 孙纪全 代先祝 文阳 李顺鹏 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期884-891,共8页
构建遗传稳定的多功能农药降解基因工程菌可以为农药污染的生物修复提供良好的菌种资源,然而,构建遗传稳定且不带入外源抗性的基因工程菌是一个难点。通过以受体菌的16SrDNA为同源重组指导序列、sacB基因为双交换正筛选标记构建同源重... 构建遗传稳定的多功能农药降解基因工程菌可以为农药污染的生物修复提供良好的菌种资源,然而,构建遗传稳定且不带入外源抗性的基因工程菌是一个难点。通过以受体菌的16SrDNA为同源重组指导序列、sacB基因为双交换正筛选标记构建同源重组载体,二亲结合的方法将甲基对硫磷水解酶基因(mpd)整合到呋喃丹降解菌Sphingomonassp.CDS1染色体的16SrDNA位点,分别成功构建了含1个和2个mpd基因插入到rDNA位点且不带入外源抗性的基因工程菌株CDSmpd和CDS2mpd。同源重组单交换的效率为3.7×10-7～6.8×10-7。通过PCR和Southern杂交的方法验证了同源重组事件。基因工程菌遗传稳定,能同时降解甲基对硫磷和呋喃丹。甲基对硫磷水解酶(MPH)的比活在各生长时期均高于原始出发菌株,比活最高达6.22muμg。 展开更多
关键词 同源重组 RDNA sacB 基因工程菌 农药降解 生物修复
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