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新疆断裂带含硫冷泉泉水细菌群落结构的动态变化 被引量：1
1
作者 李慧 曾军 +4 位作者 高小其 张涛 杨晓芳 孙建 娄恺 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期724-727,共4页
【目的】了解新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构的动态变化。【方法】采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法,反映和分析10号冷泉泉水中细菌种群的16S rRNA基因V3区多样性及其种群基因组成随时间的变化。【结果... 【目的】了解新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构的动态变化。【方法】采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法,反映和分析10号冷泉泉水中细菌种群的16S rRNA基因V3区多样性及其种群基因组成随时间的变化。【结果】细菌种群的丰度(Shannon-Wiener指数(H′))和优势度(Simpson指数(D))随时间的变化均出现显著不规律的变化,且当细菌种群丰度较大时,优势度反而较小;由样品Sorenson相似距离系数形成的二维图谱中,不存在位置完全重合的样品。【结论】新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构表现出显著随机的动态变化。 展开更多
关键词 新疆断裂带 含硫冷泉 细菌群落结构动态变化 PCR-DGGE
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新疆断裂带含硫冷泉泉水细菌群落结构多样性 被引量：7
2
作者 李慧 曾军 +5 位作者 高小其 杨红梅 张涛 杨晓芳 孙建 娄恺 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期595-602,共8页
【目的】为了解新疆断裂带含硫冷泉泉水中细菌群落结构的组成和物种多样性。【方法】采用免培养法直接从冷泉水中提取环境总DNA,采用细菌通用引物对泉水中细菌的16S rRNA基因进行PCR扩增,构建16S rRNA基因克隆文库。使用限制性内切酶Ha... 【目的】为了解新疆断裂带含硫冷泉泉水中细菌群落结构的组成和物种多样性。【方法】采用免培养法直接从冷泉水中提取环境总DNA,采用细菌通用引物对泉水中细菌的16S rRNA基因进行PCR扩增,构建16S rRNA基因克隆文库。使用限制性内切酶HaeⅢ对随机挑选的阳性克隆子进行限制性片段长度多态性分析(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP),选出具有不同酶切图谱的序列进行测序、BLAST比对和构建16S rRNA基因系统发育树。【结果】共从细菌16S rRNA基因文库中筛选了228个阳性克隆,RFLP分型得到33个不同的操作分类单元(Operational Taxonomic Unites,OTUs),覆盖度(Coverage C)为92%。BLAST比对、RDP归类及系统发育分析将这33个OTUs归为:变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。变形菌门为绝对优势类群,占整个细菌克隆文库的98%,其中20%左右的类群与硫化物代谢相关的光合自养和化能自养类群纯培养菌具有高的相似性(>97%)。此外,还发现大量类群(总文库的64%,其中57%为军团菌属Legionella spp.,类群)与GenBank中已存细菌16SrRNA基因相似性小于96%。【结论】新疆断裂带含硫冷泉泉水中细菌类群的多样性较低,但可能存在大量潜在细菌新种和新分类。另外,该泉水可能是潜在的新军团菌病传播源,因而可能对下游人畜健康存在潜在威胁。 展开更多
关键词 新疆断裂带 含硫冷泉 细菌多样性 16SrRNA基因文库 系统发育树
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新疆乌鲁木齐10号冷泉古菌群落结构多样性 被引量：3
3
作者 李萍 曾军 +4 位作者 祖丽皮亚.玉努斯 高小其 董秀黄 薛娟 娄恺 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期230-240,共11页
【目的】探究新疆地震断裂带含硫冷泉泉水古菌群落组成及多样性。【方法】利用酶解法直接从冷泉泉水样品中提取环境总DNA,采用古菌通用引物对16S rRNA基因进行扩增,构建16S rRNA基因克隆文库,通过Alu I和Afa I两种限制性内切酶对随机挑... 【目的】探究新疆地震断裂带含硫冷泉泉水古菌群落组成及多样性。【方法】利用酶解法直接从冷泉泉水样品中提取环境总DNA,采用古菌通用引物对16S rRNA基因进行扩增,构建16S rRNA基因克隆文库,通过Alu I和Afa I两种限制性内切酶对随机挑选的115个阳性克隆子进行酶切分型,将不同酶切带型对应的克隆子送样测序,测序结果与GenBank序列进行比对并构建16S rRNA基因系统发育树。【结果】古菌克隆文库中共得到44个不同的酶切带型,BLAST序列比对和系统发育分析将它们划分于广古菌门(Euryarchaeota,94.78%)和奇古菌门(Thaumarchaeota,4.35%)。奇古菌门克隆与Nitrosopumilus.sp序列相似性达到了93%;而广古菌门类群较为多样,其中,42.61%的克隆子属于RC-V cluster,20.87%与13.91%的克隆子分别属于LDS cluster和Methanomicrobiales,4.35%的克隆子与甲烷厌氧氧化相关的类群(ANME-1a-FW)具有较高的的相似。另外,13.05%的克隆子属于广古菌门中的未知类群。【结论】乌鲁木齐10号泉水体中广古菌类群多样,可能蕴藏有大量潜在的古菌新类群。 展开更多
关键词 含硫冷泉 古菌 16SrRNA基因克隆文库 断裂带
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