甲型流感病毒(Influenza A virus,IAV)是一种通过消化道、呼吸道等途径传播且危害严重的人畜共患病原体。目前,接种疫苗仍是预防流感最有效的方法,但流感病毒极易发生基因重组和变异从而产生新型流感病毒,导致动物体无法获得对流感病毒...甲型流感病毒(Influenza A virus,IAV)是一种通过消化道、呼吸道等途径传播且危害严重的人畜共患病原体。目前,接种疫苗仍是预防流感最有效的方法,但流感病毒极易发生基因重组和变异从而产生新型流感病毒,导致动物体无法获得对流感病毒的持久免疫力,为疫苗的研制带来困难。对病毒与宿主因子之间的相互作用进行研究,可以为筛选出与病毒蛋白存在相互作用的宿主因子并深入研究其具体机制提供资料。因此,文章对IAV与宿主蛋白相互作用,这些相互作用促进病毒繁殖与复制的分子机制及激发宿主防御机制的研究进展进行了综述,以期为深入理解IAV感染的分子机制及机体的抗病毒机制提供参考。展开更多
EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)作为全球范围内高感染率的病毒之一,与鼻咽癌、胃癌、乳腺癌及宫颈癌等众多肿瘤的发生有关。Toll样受体(Toll like receptors,TLRs)作为先天免疫系统的组成成分,在机体抵御病毒的过程中发挥着重要作用。...EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)作为全球范围内高感染率的病毒之一,与鼻咽癌、胃癌、乳腺癌及宫颈癌等众多肿瘤的发生有关。Toll样受体(Toll like receptors,TLRs)作为先天免疫系统的组成成分,在机体抵御病毒的过程中发挥着重要作用。当机体受到EBV刺激,可通过激活TLRs信号通路引发固有免疫应答,从而控制EBV的进一步感染,但EBV也可通过一系列途径调控宿主免疫,维持其自身在宿主内的持续性感染。因此,研究EBV与固有免疫TLRs信号通路之间的相互作用机制,对于进一步阐明EBV的潜伏感染、裂解感染的调控机理及其致病性具有重要意义。主要阐述了EBV与TLRs信号通路之间相互作用的研究进展,以期为开发新的EBV治疗靶点以及完善TLRs激动剂的临床方案提供一定的参考。展开更多
抗生素的滥用导致细菌出现耐药性并严重阻碍了细菌感染治疗的发展,然而噬菌体的出现使得细菌耐药性的肆虐得到了缓解,噬菌体疗法逐步成为治疗细菌感染的重要手段.为了更高效地筛选用于治疗的噬菌体,需要采用比传统湿实验更快捷有效的筛...抗生素的滥用导致细菌出现耐药性并严重阻碍了细菌感染治疗的发展,然而噬菌体的出现使得细菌耐药性的肆虐得到了缓解,噬菌体疗法逐步成为治疗细菌感染的重要手段.为了更高效地筛选用于治疗的噬菌体,需要采用比传统湿实验更快捷有效的筛选方法 .传统的计算方法往往以宿主作为预测标签,忽视了两者序列间相互作用的本质.此外,现有的方法通常仅限于种和属的水平,种内预测方法非常少见.由于物种的完整基因组信息往往难以获取,现有数据库中大多数菌株仅包含部分基因组信息.在此背景下,提出一种新的噬菌体-宿主互作预测方法,通过K-means负采样,构建差值特征向量,用于筛选代表性的负样本进行模型训练,最终本研究开发了基于差值特征向量和XGBoost的预测工具DiffXGPBI.实验结果显示,各菌种的平均预测AUC(Area Under the Curve)达到0.92,外部验证集的总体预测AUC和AUPR(Area Under the Precision-Recall curve)达到0.91和0.88,优于其他预测工具.关于特征和模型的消融实验表明,DiffXGPBI的每个模块是必要的,并且的确对预测性能起到提升作用,证实了模型的合理性.此外,基于新的未知PHI(phage host interaction)和种内案例的预测实验,验证了DiffXGPBI的泛化性和种内预测的潜力.综上,本研究提出的特征工程和预测思路提高了互作预测的鲁棒性和稳定性,具有较高的泛化性,为噬菌体治疗的快速筛选提供了新方向和见解.展开更多
文摘甲型流感病毒(Influenza A virus,IAV)是一种通过消化道、呼吸道等途径传播且危害严重的人畜共患病原体。目前,接种疫苗仍是预防流感最有效的方法,但流感病毒极易发生基因重组和变异从而产生新型流感病毒,导致动物体无法获得对流感病毒的持久免疫力,为疫苗的研制带来困难。对病毒与宿主因子之间的相互作用进行研究,可以为筛选出与病毒蛋白存在相互作用的宿主因子并深入研究其具体机制提供资料。因此,文章对IAV与宿主蛋白相互作用,这些相互作用促进病毒繁殖与复制的分子机制及激发宿主防御机制的研究进展进行了综述,以期为深入理解IAV感染的分子机制及机体的抗病毒机制提供参考。
文摘EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)作为全球范围内高感染率的病毒之一,与鼻咽癌、胃癌、乳腺癌及宫颈癌等众多肿瘤的发生有关。Toll样受体(Toll like receptors,TLRs)作为先天免疫系统的组成成分,在机体抵御病毒的过程中发挥着重要作用。当机体受到EBV刺激,可通过激活TLRs信号通路引发固有免疫应答,从而控制EBV的进一步感染,但EBV也可通过一系列途径调控宿主免疫,维持其自身在宿主内的持续性感染。因此,研究EBV与固有免疫TLRs信号通路之间的相互作用机制,对于进一步阐明EBV的潜伏感染、裂解感染的调控机理及其致病性具有重要意义。主要阐述了EBV与TLRs信号通路之间相互作用的研究进展,以期为开发新的EBV治疗靶点以及完善TLRs激动剂的临床方案提供一定的参考。
文摘抗生素的滥用导致细菌出现耐药性并严重阻碍了细菌感染治疗的发展,然而噬菌体的出现使得细菌耐药性的肆虐得到了缓解,噬菌体疗法逐步成为治疗细菌感染的重要手段.为了更高效地筛选用于治疗的噬菌体,需要采用比传统湿实验更快捷有效的筛选方法 .传统的计算方法往往以宿主作为预测标签,忽视了两者序列间相互作用的本质.此外,现有的方法通常仅限于种和属的水平,种内预测方法非常少见.由于物种的完整基因组信息往往难以获取,现有数据库中大多数菌株仅包含部分基因组信息.在此背景下,提出一种新的噬菌体-宿主互作预测方法,通过K-means负采样,构建差值特征向量,用于筛选代表性的负样本进行模型训练,最终本研究开发了基于差值特征向量和XGBoost的预测工具DiffXGPBI.实验结果显示,各菌种的平均预测AUC(Area Under the Curve)达到0.92,外部验证集的总体预测AUC和AUPR(Area Under the Precision-Recall curve)达到0.91和0.88,优于其他预测工具.关于特征和模型的消融实验表明,DiffXGPBI的每个模块是必要的,并且的确对预测性能起到提升作用,证实了模型的合理性.此外,基于新的未知PHI(phage host interaction)和种内案例的预测实验,验证了DiffXGPBI的泛化性和种内预测的潜力.综上,本研究提出的特征工程和预测思路提高了互作预测的鲁棒性和稳定性,具有较高的泛化性,为噬菌体治疗的快速筛选提供了新方向和见解.
