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双孢蘑菇中一种4R型MYB转录因子的基因克隆和生物信息学分析
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作者 刘翔 赵紫璇 +5 位作者 赵月盈 赵诗睿 贾子怡 姜含越 袁帅 孟德梅 《食品研究与开发》 CAS 2024年第2期185-194,共10页
MYB转录因子广泛存在于真核生物中,在植物的生长发育、逆境胁迫等过程中发挥重要作用。与植物相比,对食用菌中MYB转录因子的研究有限。为探究MYB转录因子在食用菌中的生物学功能,对前期转录组发现的一个编码双孢蘑菇(Agaricus bisporus)... MYB转录因子广泛存在于真核生物中,在植物的生长发育、逆境胁迫等过程中发挥重要作用。与植物相比,对食用菌中MYB转录因子的研究有限。为探究MYB转录因子在食用菌中的生物学功能,对前期转录组发现的一个编码双孢蘑菇(Agaricus bisporus)MYB转录因子的基因进行克隆和生物信息学分析。结果表明,该基因编码区长1209 bp,翻译402个氨基酸;编码的蛋白分子量为45.95 kDa,等电点9.17,是一种不存在跨膜结构、不含信号肽的亲水性蛋白,具有4个高度保守的SANT结构域,属于4R型MYB转录因子,与白环蘑(Leucoagaricus)中的4RMYB转录因子亲缘关系最近;二级结构预测显示以无规则卷曲和α-螺旋结构为主;亚细胞定位分析显示该转录因子位于细胞核中;此外启动子序列分析表明,该基因启动子区域含有多个与生物抗逆应答、激素响应等相关的顺式作用元件。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 MYB转录因子 基因克隆 生物信息学分析 保守结构域
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梅花鹿DLX5基因克隆及表达分析
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作者 王鹏 刘方政 +3 位作者 李萱博 王春花 于海浩 夏彦玲 《野生动物学报》 2024年第1期50-57,共8页
为研究梅花鹿(Cervus nippon)DLX5基因的结构和功能,进一步探究其与梅花鹿茸角骨化机制间的关系,采用RT-PCR技术对梅花鹿DLX5基因进行克隆,获得包含全部编码区的c DNA序列,对该基因的氨基酸序列进行生物信息学分析并构建系统进化树,通过... 为研究梅花鹿(Cervus nippon)DLX5基因的结构和功能,进一步探究其与梅花鹿茸角骨化机制间的关系,采用RT-PCR技术对梅花鹿DLX5基因进行克隆,获得包含全部编码区的c DNA序列,对该基因的氨基酸序列进行生物信息学分析并构建系统进化树,通过KEGG富集分析其信号通路,运用实时荧光定量RT-PCR检测该基因在鹿茸生长不同时期的表达情况。结果表明:梅花鹿DLX5基因编码区长为870 bp,共编码289个氨基酸。DLX5蛋白为可溶性的不稳定蛋白,有2个保守结构域,主要定位于细胞核。梅花鹿DLX5蛋白与许多不同物种来源的DLX5蛋白氨基酸序列有较高相似度,比较保守。DLX5蛋白二级结构中无规则卷曲占比最大(78.89%),其后依次是α-螺旋、延伸链,占比分别为16.96%和4.15%。DLX5基因主要的作用通路为TGFβ信号通路、MAPK信号通路和Wnt信号通路等。实时荧光定量RT-PCR结果表明,DLX5基因在鹿茸生长后期(三杈茸)表达量显著增高,这种上调表达暗示了其在鹿茸骨化过程中发挥重要作用,说明其可能是鹿茸骨化相关候选基因。 展开更多
关键词 梅花鹿 DLX5基因 基因克隆 生物信息学分析 实时荧光定量RT-PCR
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蓝莓不同硬度果实VcPLs基因克隆和功能研究
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作者 李晓谊 陆晓莹 +4 位作者 黄巧玉 李永强 宗宇 徐丽珊 郭卫东 《果树学报》 CSCD 2024年第1期1-11,共11页
【目的】探究果胶裂解酶基因在蓝莓硬肉品种和软肉品种果实硬度差异中的作用,为选育高硬度蓝莓品种提供参考。【方法】以蓝莓硬肉品种Star和软肉品种O’Neal不同发育时期的果实为材料,测定果实硬度、细胞壁物质含量和果胶裂解酶活力,分... 【目的】探究果胶裂解酶基因在蓝莓硬肉品种和软肉品种果实硬度差异中的作用,为选育高硬度蓝莓品种提供参考。【方法】以蓝莓硬肉品种Star和软肉品种O’Neal不同发育时期的果实为材料,测定果实硬度、细胞壁物质含量和果胶裂解酶活力,分析比较果肉细胞解剖结构,克隆果胶裂解酶基因并研究其表达模式,转化番茄验证VcPL的功能。【结果】S4(膨大期)到S6(红果期)时期是果实硬度快速下降关键时期,果肉细胞在发育初期细胞壁轮廓清晰,Star果肉细胞出现结构破损的时期晚于O’Neal,果实硬度与可溶性果胶含量、果胶裂解酶活力均呈极显著负相关,VcPL41和VcPL65编码区序列长度分别为1230 bp和1209 bp,Star和O’Neal中VcPL65氨基酸序列完全相同,VcPL41的序列在品种间有4个氨基酸差异。2个基因在Star中快速上调表达的时期晚于O’Neal。超表达VcPL41和VcPL65的番茄果实硬度显著小于对照组,可溶性果胶含量显著高于对照组。【结论】蓝莓硬肉品种Star和软肉品种O’Neal果实硬度差异受果胶裂解酶活力和可溶性果胶含量影响,VcPL41和VcPL65能够加速果实成熟软化进程。 展开更多
关键词 蓝莓 果实硬度 果胶 果胶裂解酶 VcPLs 基因克隆
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茶花鸡2号IFN-α基因克隆及生物信息学分析
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作者 刘琛 何永江 +5 位作者 豆腾飞 杨明华 潘洪彬 赵素梅 李永能 黄英 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 2024年第1期217-222,共6页
本研究旨在克隆茶花鸡2号α干扰素基因(IFN-α)CDS区序列并进行生物信息学分析,为后续研究IFN-α基因对茶花鸡2号免疫功能的影响提供参考。以茶花鸡2号为实验对象设计IFN-α引物,提取总RNA,反转录PCR扩增并克隆其编码区序列,进行生物信... 本研究旨在克隆茶花鸡2号α干扰素基因(IFN-α)CDS区序列并进行生物信息学分析,为后续研究IFN-α基因对茶花鸡2号免疫功能的影响提供参考。以茶花鸡2号为实验对象设计IFN-α引物,提取总RNA,反转录PCR扩增并克隆其编码区序列,进行生物信息学分析。结果显示茶花鸡2号IFN-α基因CDS序列全长582 bp,IFN-α蛋白等电点5.05,平均疏水指数-0.514,为酸性亲水蛋白,且存在信号肽和1个跨膜区,主要定位于细胞核。IFN-α蛋白被4个N糖基化位点、5个O糖基化位点和20个磷酸化位点修饰,主要由α-螺旋与无规卷曲构成。茶花鸡2号与固始鸡、海兰鸡、惠阳胡须鸡、罗曼鸡和乌骨鸡的氨基酸同源性分别为95.9%、97.9%、97.9%、97.9%和95.9%。IFN-α蛋白与IRF7、IFNAR1、IFNAR2和IFNK等蛋白存在互作关系。本研究结果可为进一步探讨IFN-α基因在茶花鸡2号病毒疾病防治中的作用提供理论依据。 展开更多
关键词 茶花鸡2号 IFN-α基因 基因克隆 生物信息学分析
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蒲公英TmRAV1基因克隆及其响应脱落酸信号表达分析
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作者 吴志清 亓希武 +5 位作者 房海灵 于盱 李莉 柏杨 刘群 梁呈元 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2024年第1期47-58,共12页
根据脱落酸处理的蒲公英(Taraxacum mongolicum Hand.-Mazz.)的转录组数据,在蒲公英中克隆获得1个编码RAV转录因子的基因序列,命名为TmRAV1。TmRAV1的开放阅读框(ORF)长度为1026 bp,编码342个氨基酸。TmRAV1的理论相对分子质量为38229,... 根据脱落酸处理的蒲公英(Taraxacum mongolicum Hand.-Mazz.)的转录组数据,在蒲公英中克隆获得1个编码RAV转录因子的基因序列,命名为TmRAV1。TmRAV1的开放阅读框(ORF)长度为1026 bp,编码342个氨基酸。TmRAV1的理论相对分子质量为38229,理论等电点为pI 9.20。TmRAV1为不稳定蛋白,具有亲水性,没有跨膜结构域和信号肽,含有44个磷酸化位点。氨基酸序列比对结果显示:TmRAV1与莴苣(Lactuca sativa Linn.)LsRAV1氨基酸序列的同源性最高(一致性为85.88%),具有高度保守的AP2和B3结构域。系统发育分析结果表明TmRAV1与其他5种植物的RAV转录因子聚在一起。TmRAV1在蒲公英叶中的相对表达量显著(P<0.05)高于根和花。TmRAV1受100μmol·L^(-1)脱落酸和250 mmol·L^(-1)NaCl的显著诱导。TmRAV1能够显著上调脱落酸敏感型转录因子基因TmAREB1的表达。TmRAV1是核定位转录因子,与脱落酸信号核心蛋白家族成员TmSnRK2.6互作。综上所述,蒲公英TmRAV1响应脱落酸等多种信号,其编码蛋白与TmSnRK2.6互作,并调控TmAREB1的表达。 展开更多
关键词 蒲公英 TmRAV1 基因克隆 表达 脱落酸信号响应
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芦笋皂苷合成相关糖基转移酶基因克隆及原核表达分析
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作者 钟匀 林春 +3 位作者 刘正杰 董陈文华 毛自朝 李兴玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 2024年第4期255-263,共9页
【目的】克隆芦笋(Asparagus officinalis)甾醇糖基转移酶基因AoSGT1,分析其潜在催化活性,为解析芦笋皂苷合成途径及代谢调控机制提供科学依据。【方法】基于芦笋转录组数据设计特异性引物,扩增AoSGT1基因的完整开放阅读框(open reading... 【目的】克隆芦笋(Asparagus officinalis)甾醇糖基转移酶基因AoSGT1,分析其潜在催化活性,为解析芦笋皂苷合成途径及代谢调控机制提供科学依据。【方法】基于芦笋转录组数据设计特异性引物,扩增AoSGT1基因的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),经测序验证获得目标基因序列并进行生物信息学分析;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RTqPCR)测定各组织基因表达量;构建pGEX-4T-3-AoSGT1原核表达载体,并转入大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(De3),随后诱导实现重组蛋白表达。【结果】AoSGT1长1800 bp,编码599个氨基酸,其相对分子质量为66.72 kD,属于亲水性蛋白,无跨膜域和信号肽。系统发育结果表明,AoSGT1与盾叶薯蓣(Dioscorea zingiberensis)Dz3GT_(2)有较高同源性,同属UGT80B1亚家族。多序列比对揭示了该蛋白序列包含甾醇糖基转移酶保守结构域PSBD Box和PSPG Box,预示其具有对甾体化合物3β-OH位点潜在糖基化活性。RT-qPCR结果显示,AoSGT1在芦笋根中高表达,而在茎和花中低表达。此外,SDS-PAGE结果表明,目标蛋白在大肠杆菌中以可溶性形式高效表达,其大小与预测值相符。【结论】成功克隆AoSGT1基因,并确认其在芦笋中呈现组织特异性表达,推测其可能参与芦笋甾体皂苷生物合成。同时,成功在大肠杆菌中实现了目标蛋白的异源表达。 展开更多
关键词 芦笋 甾体皂苷 甾醇糖基转移酶 基因克隆 生物信息学分析 RT-QPCR 原核表达 转录组
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杂交兰ChCAO基因克隆及其在叶艺品系中的表达特征
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作者 林榕燕 孔兰 +2 位作者 吴建设 林兵 钟淮钦 《西北植物学报》 CAS CSCD 2024年第3期421-429,共9页
【目的】叶绿素酸酯a加氧酶(CAO)是叶绿素b形成过程中的关键酶,对杂交兰CAO基因进行克隆及表达特征分析可为探究其在杂交兰叶艺形成中的调控作用奠定基础。【方法】以杂交兰‘紫妍氏’(K21)及其叶艺品系‘中透紫妍氏’(K21-3)为试验材料... 【目的】叶绿素酸酯a加氧酶(CAO)是叶绿素b形成过程中的关键酶,对杂交兰CAO基因进行克隆及表达特征分析可为探究其在杂交兰叶艺形成中的调控作用奠定基础。【方法】以杂交兰‘紫妍氏’(K21)及其叶艺品系‘中透紫妍氏’(K21-3)为试验材料,用RT-PCR和RACE技术从叶片中克隆获得ChCAO基因,对ChCAO进行结构特征、理化性质、序列比对以及系统进化关系等分析;用qRT-PCR法对ChCAO在不同组织及叶艺品系叶片中的表达特性进行分析;并用VIGS技术对ChCAO进行沉默表达。【结果】ChCAO基因编码区长1608 bp,编码535个氨基酸,ChCAO与墨兰CAO亲缘关系最近,并与其他兰科植物CAO聚为一类。qRT-PCR结果显示,ChCAO基因表达具有组织特异性,在叶中相对表达量最高,根中相对表达量最低;此外,ChCAO在K21绿叶和K21-3绿叶区域叶片中的相对表达量显著高于K21-3叶艺区域叶片中的相对表达量。构建该基因的VIGS沉默载体转化烟草,发现沉默ChCAO后烟草叶片呈黄化状态,叶片中的叶绿素含量及ChCAO基因的相对表达量也显著降低。【结论】克隆获得了杂交兰ChCAO基因,并对其功能进行了初步鉴定,为进一步研究杂交兰叶艺形成机理提供重要依据。 展开更多
关键词 杂交兰 ChCAO基因 基因克隆 表达分析
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杨树桑黄6-磷酸海藻糖合成酶基因克隆鉴定与表达分析
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作者 徐丛涛 李子豪 +5 位作者 潘晋龙 李海康 胡清秀 邹亚杰 陈晓华 弥春霞 《食用菌学报》 CSCD 2024年第1期45-52,共8页
对杨树桑黄(Sanghuangporus vaninii)6-磷酸海藻糖合成酶基因(SvTPS)进行克隆和生物信息学分析,并进行原核表达;采用荧光定量PCR方法研究SvTPS在杨树桑黄菌丝体和不同年份子实体中的表达情况,测定菌丝体和不同年份子实体中SvTPS活性。... 对杨树桑黄(Sanghuangporus vaninii)6-磷酸海藻糖合成酶基因(SvTPS)进行克隆和生物信息学分析,并进行原核表达;采用荧光定量PCR方法研究SvTPS在杨树桑黄菌丝体和不同年份子实体中的表达情况,测定菌丝体和不同年份子实体中SvTPS活性。结果表明:SvTPS DNA序列长度为1894 bp,编码576个氨基酸。SvTPS相对分子质量为65130,等电点为6.21,脂肪系数为88.14,平均亲水系数为-0.281,不稳定系数为42.41。SvTPS氨基酸序列与暴马桑黄(S.baumii)的相似性最高,仅有一个TPS单结构域;SvTPS二级结构中α-螺旋、β-折叠、延伸链、无规卷曲占比分别为48.61%、5.56%、15.62%、30.21%。三年生子实体SvTPS的表达量最高,菌丝体的表达量最低。菌丝体的SvTPS活性最低;随着栽培时间增加,SvTPS活性增加,三年生子实体的最高。研究结果为进一步探讨SvTPS在杨树桑黄生长发育过程中的功能提供参考。 展开更多
关键词 杨树桑黄 6-磷酸海藻糖合成酶 基因克隆 蛋白表达
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草地早熟禾PpSWEET1b基因克隆及功能研究
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作者 张然 李根 +2 位作者 牛奎举 钱永强 马晖玲 《中国草地学报》 CSCD 2024年第1期11-24,共14页
SWEETs糖转运蛋白是一类在真核生物和原核生物中均存在的促进糖通过细胞膜流动的转运蛋白之一,参与调控植物的生长发育和胁迫响应过程。以草地早熟禾品种蓝月为材料,以叶片cDNA为模板克隆PpSWEET1b基因,采用花序侵染法转化拟南芥,获得了... SWEETs糖转运蛋白是一类在真核生物和原核生物中均存在的促进糖通过细胞膜流动的转运蛋白之一,参与调控植物的生长发育和胁迫响应过程。以草地早熟禾品种蓝月为材料,以叶片cDNA为模板克隆PpSWEET1b基因,采用花序侵染法转化拟南芥,获得了PpSWEET1b拟南芥过表达株系,并研究干旱和低温胁迫对转基因和野生型拟南芥生长、生理及基因表达的影响。结果表明:干旱和低温胁迫下,PpSWEET1b过表达植株生长状态均优于野生型,叶片MDA含量显著低于野生型,但葡萄糖含量较野生型显著增加,抗旱性和抗寒性明显增强;PpSWEET1b过表达植株可能协同SWEET2和SWEET3共同参与了对低温的响应。此外,以叶片DNA为模板克隆了PpSWEET1b基因的启动子序列,顺式作用元件预测发现,其含有多个与胁迫和激素响应、光响应相关的元件。综合以上结果表明,草地早熟禾PpSWEET1b基因在耐旱和耐寒方面发挥着重要作用,可为草坪草抵抗非生物胁迫生物育种提供新的优异基因资源。 展开更多
关键词 草地早熟禾 基因克隆 遗传转化 功能验证 非生物胁迫
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苦瓜McPDS基因克隆及CRISPR/Cas9基因编辑载体构建
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作者 韩鑫 郭金菊 +2 位作者 张惠尧 吴廷全 张长远 《中国瓜菜》 CAS 2024年第3期20-27,共8页
以苦瓜八氢番茄红素脱氢酶(phytoene dehydrogenase,PDS)基因为靶标,构建其特异gRNA的CRISPR/Cas9基因编辑载体,以期为建立苦瓜CRISPR/Cas9基因编辑技术体系奠定基础。以苦瓜自交系B07叶片cDNA为模板,同源克隆苦瓜McPDS基因CDS序列。结... 以苦瓜八氢番茄红素脱氢酶(phytoene dehydrogenase,PDS)基因为靶标,构建其特异gRNA的CRISPR/Cas9基因编辑载体,以期为建立苦瓜CRISPR/Cas9基因编辑技术体系奠定基础。以苦瓜自交系B07叶片cDNA为模板,同源克隆苦瓜McPDS基因CDS序列。结果表明,McPDS基因CDS序列全长1731 bp,编码576个氨基酸,蛋白质相对分子质量为64.44 kD,理论等电点(PI)为7.09。跨膜结构分析结果表明,该蛋白为亲水性非跨膜蛋白。系统进化树分析结果表明,McPDS与黄瓜、甜瓜等葫芦科植物中的PDS蛋白同源性较高。此外,以McPDS为靶标基因,在5’端筛选2个高特异性靶点,经设计引物,成功构建1个双靶点CRISPR/Cas9基因编辑载体,为苦瓜基因编辑体系的建立奠定了技术基础。 展开更多
关键词 苦瓜 McPDS 基因克隆 载体构建 基因编辑
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灰毡毛忍冬MADS-box基因家族鉴定与CMB1基因克隆
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作者 付学森 刘紫璇 +4 位作者 王玲 龙雨青 曾娟 周日宝 刘湘丹 《湖南中医药大学学报》 CAS 2024年第3期383-394,共12页
目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,... 目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,并利用qRT-PCR验证MADS-box基因在不同品种中的表达模式,通过RT-PCR、RACE技术克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长。结果28个灰毡毛忍冬MADS-box蛋白长度为89~359 aa,碱性蛋白占比85.7%,不稳定蛋白占比96.4%,亲水性蛋白占比96.4%,均定位于细胞核,均为无跨膜结构的非分泌蛋白。转录组显示,与野生型比较,湘蕾型中28个MADS-box基因有17.86%表达下调,MIKCC型基因中有18.75%表达下调。克隆得到在两个品种的灰毡毛忍冬花中高度特异性表达的CMB1基因全长,均包含一个738 bp的ORF,编码245个氨基酸。CMB1基因在两个品种的花中表达量存在显著差异(P<0.01),且与茎、叶相比,在花中高度特异性表达(P<0.01)。结论基于灰毡毛忍冬转录组数据,鉴定了28个MADS-box家族基因,克隆得到湘蕾型与野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长,为进一步研究灰毡毛忍冬花发育、优良表型形成的分子机制提供研究基础与理论依据。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 MADS-box基因家族 表达分析 CMB1基因 基因克隆 表型变异
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女贞叶中一条糖基转移酶的基因克隆、生物信息学分析及原核表达
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作者 周洛兵 申甲一 +4 位作者 曾碧容 袁希伟 谭朝阳 蒋情 徐德宏 《化学与生物工程》 CAS 2024年第4期31-39,共9页
女贞叶化学成分复杂,糖苷类物质是其发挥药理活性的关键成分,糖苷的形成离不开糖基转移酶。利用cDNA末端快速扩增技术,对女贞叶中一条糖基转移酶编码基因LlUGT3进行了克隆;根据基因和蛋白质序列进行了生物信息学分析;通过基因工程技术使... 女贞叶化学成分复杂,糖苷类物质是其发挥药理活性的关键成分,糖苷的形成离不开糖基转移酶。利用cDNA末端快速扩增技术,对女贞叶中一条糖基转移酶编码基因LlUGT3进行了克隆;根据基因和蛋白质序列进行了生物信息学分析;通过基因工程技术使LlUGT3基因在大肠杆菌体内进行了异源表达。结果表明,LlUGT3基因cDNA全长1684 bp,由85 bp 5′-UTR、159 bp 3′-UTR、1440 bp ORF组成,其中ORF编码一条含479个氨基酸残基的酶蛋白,其相对分子质量、理论等电点和亲水性平均系数分别为54.8 kDa、5.86和-0.381;在LlUGT3酶蛋白一级结构中含有一段糖基转移酶高度保守的PSPG盒,但不含信号肽且无跨膜片段,在二级结构中含有α螺旋(42.59%)、β折叠(12.73%)和无规卷曲(44.68%),在三级结构中由肽链折叠形成α/β/α类Rossmann折叠区域,并且两者之间夹着一个底物结合腔;同源建模结果显示,LlUGT3酶蛋白与模板分子PaGT3序列相似度很高,而且系统发育树分析也表明两者亲缘关系最近;分子对接分析表明,LlUGT3酶蛋白的His17-Asp116对发挥催化功能,PSPG盒主要涉及结合UDPG,而LIUGT酶与辣椒素的结合方式与PaGT3相似;通过基因工程技术,实现了LlUGT3基因在大肠杆菌体内的异源表达。该研究为进一步深入研究LlUGT3酶蛋白的结构与功能奠定了基础。 展开更多
关键词 糖基转移酶 女贞叶 基因克隆 生物信息学分析 原核表达
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马尾松HDR基因克隆及其对旱与盐胁迫的响应
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作者 王嘉雯 姚圣 +3 位作者 苏欢 刘可欣 朱沛煌 季孔庶 《广西植物》 CAS CSCD 2024年第2期216-234,共19页
干旱和土地盐渍化是制约林业可持续发展的重要因素,植物在遭受生物或非生物胁迫时,会在叶片释放萜类等挥发性物质。1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶(HDR)是MEP途径的末端活性酶,具有提供前体萜类物质和主要限速作用。为探究... 干旱和土地盐渍化是制约林业可持续发展的重要因素,植物在遭受生物或非生物胁迫时,会在叶片释放萜类等挥发性物质。1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶(HDR)是MEP途径的末端活性酶,具有提供前体萜类物质和主要限速作用。为探究马尾松HDR基因是否参与干旱和盐胁迫条件下的胁迫响应,该研究克隆了马尾松HDR基因开放阅读框,并初步分析了其生物信息、组织特异性表达水平和初步功能。结果表明:(1)PmHDR基因编码区长度为1 458 bp,编码485个氨基酸,其编码蛋白包含LytB/IspH基因超家族的核心序列和PLN02821多功能结构域,属于HDR家族。(2)PmHDR密码子使用偏好性较弱,偏好使用A/U结尾的密码子,烟草、拟南芥与酿酒酵母更适合作为其异源表达受体。(3)qRT-PCR结果显示,PmHDR基因在马尾松老叶中表达量最高,其次为幼叶、幼茎和老茎,在根中表达量最低。(4)构建基因表达载体pBI121-PmHDR并转化拟南芥,转基因拟南芥对干旱和盐胁迫表现出更强的抗逆性。以上研究结果表明PmHDR参与了植物干旱和盐胁迫的响应和调节,并为马尾松抗逆育种提供了一定的理论支持。 展开更多
关键词 马尾松 PmHDR 萜类化合物 基因克隆 胁迫响应
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驴脂肪酸去饱和酶2基因克隆及组织表达规律的研究
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作者 黄飞 杜心怡 +2 位作者 刘桂芹 王长法 周苗苗 《动物营养学报》 CAS CSCD 2024年第2期1204-1212,共9页
本研究克隆了驴脂肪酸去饱和酶2(FADS2)基因并进行了生物信息学分析,检测了其在驴不同组织中的表达。通过设计FADS2基因引物,PCR克隆得到其CDS序列,然后对FADS2基因编码产物进行生物信息学预测,同时使用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测驴... 本研究克隆了驴脂肪酸去饱和酶2(FADS2)基因并进行了生物信息学分析,检测了其在驴不同组织中的表达。通过设计FADS2基因引物,PCR克隆得到其CDS序列,然后对FADS2基因编码产物进行生物信息学预测,同时使用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测驴心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪、乳腺内FADS2基因相对表达量。结果显示:驴FADS2基因CDS长1335 bp,可编码444个氨基酸,FADS2蛋白分子质量为52.43 ku,等电点为8.29,不稳定指数为37.22,疏水性总平均值为-0.231,属于稳定碱性亲水蛋白;FADS2蛋白二级结构主要由α-螺旋(51.80%)和无规则卷曲(37.61%)构成。FADS2基因在所检测驴组织中均有表达,其中在脂肪和乳腺中相对表达量最高,其次为脾脏、肺脏、肾脏、心脏和肝脏,肌肉中相对表达量最低。结果提示,FADS2可能在驴脂肪和乳腺等组织不饱和脂肪酸的合成过程中发挥重要作用。本研究可为进一步探究驴脂肪和驴乳中高不饱和脂肪酸的合成机理提供基础。 展开更多
关键词 FADS2 基因克隆 生物信息学分析 脂质代谢
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牦牛FABP3基因克隆及组织表达谱分析
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作者 戴荣凤 黄纯 +3 位作者 扎老 路建卫 唐月琴 梁春年 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 2024年第1期1-8,共8页
【目的】分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区... 【目的】分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区序列(CDS)进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR),检测FABP3基因在成年牦牛和胎牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织的表达水平。【结果】牦牛FABP3基因编码区序列长度为402 bp,编码133个氨基酸;蛋白质的高级结构主要是β-转角和延伸链;牦牛FABP3蛋白不存在跨膜区域和信号肽,属于具有一定亲水性的稳定蛋白;牦牛FABP3基因CDS区核苷酸及其编码氨基酸序列的同源性分析显示,FABP3基因在牛属动物中具有一定的保守性;系统进化树分析表明,牦牛与野牦牛和瘤牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,FABP3基因在成年牦牛和胎牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织中均有表达,但在胎牛肝脏、脾脏、肾脏和肌肉中的表达水平显著或极显著高于成年牦牛,在成年牦牛肺脏中的表达水平极显著高于胎牛。【结论】克隆了牦牛FABP3基因,探究了FABP3基因在牦牛中的组织表达规律,为进一步研究该基因在牦牛脂肪沉积中的作用提供了基础数据。 展开更多
关键词 美仁牦牛 FABP3 基因克隆 生物信息学 组织表达谱
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4株滑液囊支原体分离株P80脂蛋白的基因克隆及序列分析
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作者 田兴苗 郭磊 +4 位作者 王健霖 戴莎莎 司朵朵 龚振兴 李继东 《宁夏大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期60-68,共9页
为研究滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)P80家族脂蛋白的功能及其异同,通过PCR方法从4株滑液囊支原体分离株中分别扩增P80-1,P80-2,P80-3蛋白的基因序列并进行测序,通过生物信息学方法对P80家族脂蛋白的蛋白序列进行分析,寻找保守... 为研究滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)P80家族脂蛋白的功能及其异同,通过PCR方法从4株滑液囊支原体分离株中分别扩增P80-1,P80-2,P80-3蛋白的基因序列并进行测序,通过生物信息学方法对P80家族脂蛋白的蛋白序列进行分析,寻找保守结构域、抗原表位,并预测功能.结果表明,P80家族脂蛋白均为碱性亲水性稳定蛋白,在N端具有较强疏水性,只有P80-2蛋白具有跨膜螺旋区;P80家族脂蛋白信号肽的位置与疏水区结果相一致;3条P80蛋白具有12个相同的保守结构域及2~4个不同的结构域;有31~32个抗原表位;二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主;三级结构预测显示,P80-1蛋白具有ABC转运蛋白的功能,P80-2蛋白为周质结合蛋白Ⅱ型,P80-3蛋白具有细胞黏附功能.研究结果可为MS P80家族脂蛋白功能的深入研究以及MS致病机制、病原诊断和疫苗研制提供参考. 展开更多
关键词 滑液囊支原体 P80家族脂蛋白 基因克隆 序列分析
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牦牛TRIB3基因克隆、生物信息学及组织表达差异分析
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作者 MEHRAN Sidra 董宝霞 荆海霞 《畜牧与兽医》 CAS 2024年第5期1-9,共9页
旨在克隆牦牛毛球族同源蛋白3(TRIB3)基因并进行生物信息学分析,检测其在牦牛各组织中的表达情况,为后续探究该基因在牦牛中的功能提供理论依据。试验采集牦牛乳腺组织并以其cDNA为模板,克隆牦牛TRIB3基因序列,通过生物信息学分析了解... 旨在克隆牦牛毛球族同源蛋白3(TRIB3)基因并进行生物信息学分析,检测其在牦牛各组织中的表达情况,为后续探究该基因在牦牛中的功能提供理论依据。试验采集牦牛乳腺组织并以其cDNA为模板,克隆牦牛TRIB3基因序列,通过生物信息学分析了解其生物学特征和结构,运用荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测TRIB3基因在牦牛心脏、肝脏、肺脏、骨骼肌、乳腺及脂肪组织中的表达情况。结果显示:牦牛TRIB3基因CDS区全长为1074 bp,共编码357个氨基酸,为不稳定性亲水蛋白;同源性对比结果显示,牦牛TRIB3编码氨基酸与野牦牛的同源性最高;系统进化树显示,野牦牛和野牛与牦牛TRIB3基因亲缘关系最近,最远是小鼠;TRIB3蛋白属于不稳定亲水性蛋白,主要存在于细胞核中,不含信号肽和跨膜结构域;TRIB3蛋白二级结构含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规则卷曲,分别占35.85%、9.52%、448%和50.14%;蛋白互作分析结果显示,TRIB3与组成型光形态建成蛋白1(COP1)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、CCAAT增强子结合蛋白β(CEBPβ)、激活转录因子3(ATF3)、DNA损伤诱导转录因子3(DDIT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶2(AKT2)、AKT3和Twist相关蛋白1(TWIST1)之间均有紧密联系。RT-qPCR检测发现TRIB3基因在牦牛的不同组织中均有表达,乳腺组织中的表达量最高。研究结果为进一步探究TRIB3基因在牦牛乳腺中的作用和其生物功能提供一定的理论数据。 展开更多
关键词 牦牛 毛球族同源蛋白3 基因克隆 生物信息学分析 组织表达
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蓖麻PIP5K1基因克隆、生物信息学及功能分析
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作者 李明静 袁朴芳 +5 位作者 罗蕊 尹明达 王志妍 户雪妹 顾晓慧 黄风兰 《中国种业》 2024年第1期88-94,共7页
蓖麻PIP5K1基因在植物生长发育和抗逆过程中起重要作用。为探究蓖麻PIP5K1基因在蓖麻物种中的生物学功能和不同时期雌性植株中的表达情况,以aLmAB2品系的蓖麻花序为试验材料,克隆PIP5K1基因,对该基因编码的蛋白质进行生物信息学分析,并... 蓖麻PIP5K1基因在植物生长发育和抗逆过程中起重要作用。为探究蓖麻PIP5K1基因在蓖麻物种中的生物学功能和不同时期雌性植株中的表达情况,以aLmAB2品系的蓖麻花序为试验材料,克隆PIP5K1基因,对该基因编码的蛋白质进行生物信息学分析,并对PIP5K1基因在不同时期雌性系植株的表达模式进行分析。结果表明:从蓖麻花序轴顶端将总RNA提取出来,并将其反转录成cDNA,克隆后得到一个全长为2325bp的PIP5K1基因片段,经测序后比对这一基因序列和NCBI参考基因序列相同。对该基因所编码蛋白展开生物信息学分析,确定PIP5K1基因所编码蛋白质的氨基酸等电点为8.85,氨基酸数目为774,分子量大小为87967.37Da,是一种亲水性稳定蛋白;无跨膜螺旋区,属于非跨膜蛋白;蛋白质二级结构由α螺旋、β转角、伸展链及无规卷曲构成;三级结构与二级结构预测结果一致;与同属于大戟科的木薯亲缘关系较近,与其他科亲缘关系较远。qRT-PCR分析表明,PIP5K1在标雌系、单雌系、两性系花序中均有不同程度的上调和下调,推测PIP5K1基因参与蓖麻花序发育的调控。本研究为探究PIP5K1基因促进蓖麻植株的生长发育机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 蓖麻 PIP5K1 基因克隆 生物信息学分析 功能分析
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辣椒CcBBX20基因克隆和表达分析
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作者 邓巧灵 华玮 +4 位作者 王华素 张明先 张芮豪 吕俊恒 邓明华 《辣椒杂志》 2024年第1期1-8,共8页
锌指蛋白在植物生长发育和对非生物胁迫因子的响应中发挥着重要的调节作用。BBX蛋白属于锌指蛋白,CcBBX20基因是锌指蛋白家族的重要成员。为探讨CcBBX20在辣椒生长发育和响应非生物胁迫中的生物学功能,本研究利用基因克隆获得基因的编... 锌指蛋白在植物生长发育和对非生物胁迫因子的响应中发挥着重要的调节作用。BBX蛋白属于锌指蛋白,CcBBX20基因是锌指蛋白家族的重要成员。为探讨CcBBX20在辣椒生长发育和响应非生物胁迫中的生物学功能,本研究利用基因克隆获得基因的编码序列;应用生物信息学分析方法预测该基因编码蛋白质的结构和功能;根据PepperHub数据库相关数据分析该基因在10种非生物胁迫处理下辣椒幼苗根和叶的表达量模式。结果表明:辣椒CcBBX20所编码的蛋白有209个氨基酸残基,相对分子质量为23.12 kD,分子式为C984H1551N285O329S15,理论等电点为5.78,是不稳定的亲水性蛋白;有2个典型的Bbox-SF结构域,没有信号肽和跨膜结构域,主要定位在细胞核中;其二级结构主要由无规则卷曲组成(占58.85%),α螺旋占比22.01%,β-转角占比3.83%。辣椒CcBBX20和马铃薯、番茄、茄子BBX20的亲缘关系最近。基因表达分析表明CcBBX20在辣椒幼苗根和叶受到不同胁迫后表达差异显著,在脱落酸、赤霉素、生长素、水杨酸、茉莉酸甲酯以及高温处理下表现为促进作用,其中高温42℃,处理1.5 h后表达量最高;在过氧化氢、甘露醇和盐处理下表现为抑制作用。因此辣椒CcBBX20基因作为BBX基因家族成员,在响应高温胁迫中发挥作用,可能会提高幼苗对高温的耐受力,可为辣椒耐高温育种目标提供候选基因。 展开更多
关键词 辣椒 BBX基因家族 基因克隆 生物信息分析 表达分析 高温胁迫
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禾谷炭疽菌中剪接因子SR蛋白的生物信息学分析及基因克隆
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作者 张艺美 代亚锋 +2 位作者 叶云英 陈震 宫安东 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期72-80,共9页
Serine/arginine-rich(SR)蛋白参与前体mRNA剪接及mRNA代谢等多种生理生化活动。以裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中两个典型SR蛋白序列为基础,利用Blastp和关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对分析,明确该菌中具有2个SR蛋白C... Serine/arginine-rich(SR)蛋白参与前体mRNA剪接及mRNA代谢等多种生理生化活动。以裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中两个典型SR蛋白序列为基础,利用Blastp和关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对分析,明确该菌中具有2个SR蛋白CgSrp1和CgSrp2;通过SMART保守结构域分析,明确CgSrp1和CgSrp2蛋白的N端都含有RNA识别结构域,C端含有丝氨酸/精氨酸二肽序列;利用NCBI中BLASTp程序与其他物种进行相似性分析,构建系统进化树,并通过氨基酸序列比对发现SR蛋白在植物和真菌之间的差异性;同时,通过对CgSrp1和CgSrp2蛋白的理化性质、疏水性、亚细胞定位及二、三级结构等进行生物信息学分析,明确CgSrp1和CgSrp2都是亲水性蛋白质,二者均定位于细胞核,含有α螺旋、β折叠和无规则卷曲三种结构;以野生型禾谷炭疽菌CgM2为模板,成功克隆了CgSRP1和CgSRP2基因片段,明确CgM2存在CgSRP1和CgSRP2基因。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 SR蛋白 剪接因子 生物信息学 基因克隆
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