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酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析 被引量：3
1
作者 袁超 练庆海 +3 位作者 尼贝贝 许燕 张彤 张剑 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期90-101,共12页
目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。... 目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF),均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 酒精性肝炎 自噬 关键基因 生物信息学 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 基因本体(GO) 京都基因和基因组百科全书(KEGG) 蛋白质相互作用(PPI)
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铁蓄积大鼠食管黏膜组织差异表达基因的筛选及生物学功能分析
2
作者 刘国红 任雨轩 +2 位作者 邵谦毅 梁硕 王丽萍 《山东医药》 CAS 2024年第12期37-41,共5页
目的筛选铁蓄积大鼠食管黏膜组织差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。方法12只6周龄雄性SD大鼠随机分为铁蓄积组和对照组,每组6只,铁蓄积组隔天腹腔注射蔗糖铁溶液制备铁蓄积模型,对照组注射等量生理盐水,14周后取血和食管... 目的筛选铁蓄积大鼠食管黏膜组织差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。方法12只6周龄雄性SD大鼠随机分为铁蓄积组和对照组,每组6只,铁蓄积组隔天腹腔注射蔗糖铁溶液制备铁蓄积模型,对照组注射等量生理盐水,14周后取血和食管、肝等组织,应用血清学、组织学方法鉴定铁蓄积造模是否成功;剥离两组食管黏膜组织,采用转录组测序技术筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体(GO)功能富集分析及真核生物蛋白相邻类的聚簇(KOG)分类富集分析。结果筛选出9个差异表达基因,5个上调基因包括昼夜相关转录抑制因子(Ciart)、液泡蛋白质分选因子25(Vps25)、甲状腺激素应答蛋白(Thrsp)、UDP-N-乙酰氨基葡萄糖焦磷酸化酶1(Uap1)、血清解整合素—金属蛋白酶33(Adam33),4个下调基因包括过氧化物酶基因(Pxdn)、硫酸乙酰肝素蛋白多糖基因2(Hspg2)、中心体相关蛋白2(Cep2)、G蛋白信号转导调节因子4(Rgs4)。GO功能富集分析显示,上调基因的生物过程(BP)集中在节律过程、代谢过程、行为、生物过程调节、特定位置运动、生物过程的负调控、生物调节、定位、细胞过程、多细胞生物过程;细胞组成(CC)主要集中在膜封闭腔、细胞器部分、细胞器、膜、细胞外区域部分、膜部分、细胞部分、细胞;分子功能(MF)主要集中在结合、结构分子活性、催化活性。下调基因的BP主要集中在解毒、刺激反应、细胞组成或生物形成、信号、生物过程的负调控、生物过程的正调节、发育过程、细胞过程、生物过程调节、生物调节、代谢过程;CC主要集中在细胞外基质、细胞外基质组成、细胞外区域部分、细胞外区域、细胞器、膜、细胞部分、细胞;MF主要集中在酶调节活性、抗氧化活性、分子功能调节剂、受体调节活性、结构分子活性、结合、催化活性。KOG分类富集分析显示,表达上调的基因中有3个获得功能注释,Uap1被注释到细胞壁/膜/包膜生物形成,Adam33被注释到翻译后修饰,蛋白质折叠和伴侣蛋白,Vps25被注释到功能预测。表达下调的基因中有2个获得功能注释,Rgs4被注释到信号转导机制,Hspg2被注释到翻译后修饰,蛋白质折叠和伴侣蛋白。结论铁蓄积大鼠食管黏膜组织中共筛选出9个差异表达基因,包括5个表达上调基因和4个表达下调基因。GO功能富集分析显示差异表达基因主要参与的BP包括节律过程、代谢过程、细胞过程、生物过程调节等,主要参与的CC包括细胞器、膜、细胞外区域部分等,主要参与的MF包括结合、催化活性、结构分子活性。有5个差异基因获得KOG功能注释,包括翻译后修饰、蛋白质折叠和伴侣蛋白、信号转导等,主要参与细胞周期、细胞代谢、细胞增殖及氧化应激等通路。 展开更多
关键词 铁蓄积 差异表达基因 基因本体功能富集 真核生物蛋白相邻类的聚簇分类富集
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基于基因本体的语义相似度研究 被引量：4
3
作者 魏韡 向阳 陈千 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2010年第20期209-210,219,共3页
针对基因本体的有向无环图结构,提出一种新的计算基因本体中术语间语义相似度的方法。该方法通过计算2个术语的公共祖先及符合条件的不相交祖先,得到不相交祖先的信息量平均值和2个术语的信息量平均值,并将2个平均值的比值作为2个术语... 针对基因本体的有向无环图结构,提出一种新的计算基因本体中术语间语义相似度的方法。该方法通过计算2个术语的公共祖先及符合条件的不相交祖先,得到不相交祖先的信息量平均值和2个术语的信息量平均值,并将2个平均值的比值作为2个术语的语义相似度。实验结果证明该方法准确度较高。 展开更多
关键词 语义相似度 基因本体 不相交祖先
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结合受控词汇表的生物基因本体标注与分类 被引量：3
4
作者 崔舒宁 朱丹军 +1 位作者 冯博琴 昂正全 《西安交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期171-174,共4页
通过研究有关基因的生物学文献特征,提出了一种能对生物基因文献进行自动标注与分类的方法.在K最邻近算法的基础上,采用了Chi-Square特征选择方案,并且在加权算法中突出了Chi-Square的选择特点.另外,采用文档逻辑分块法,将额外的生物受... 通过研究有关基因的生物学文献特征,提出了一种能对生物基因文献进行自动标注与分类的方法.在K最邻近算法的基础上,采用了Chi-Square特征选择方案,并且在加权算法中突出了Chi-Square的选择特点.另外,采用文档逻辑分块法,将额外的生物受控词汇表中的信息所形成的向量直接引入到了分类算法中,以提高分类和标注的效果.实验表明,所提算法优于常用的单词频率/逆文档频率加权方法,其在文本检索大会(TREC)数据集上的分类、标注效果分别比TREC公布的最好结果提高了3.14%和4.12%. 展开更多
关键词 基因本体 分类标注 最邻近算法
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大鼠牙周炎正畸牙移动初期TNF信号通路的基因本体分析 被引量：14
5
作者 马遥 姜兆伟 +3 位作者 靳云轶 苗倩 张春香 张淋坤 《口腔疾病防治》 2019年第11期695-702,共8页
目的探究肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路在牙周炎正畸牙移动初期的表达和功能,为牙周炎正畸患者早期炎症反应的调控机制研究提供证据。方法SD大鼠16只随机分为4组,A组建立双侧上颌第一磨牙牙周炎正畸模型,加力12 h,... 目的探究肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路在牙周炎正畸牙移动初期的表达和功能,为牙周炎正畸患者早期炎症反应的调控机制研究提供证据。方法SD大鼠16只随机分为4组,A组建立双侧上颌第一磨牙牙周炎正畸模型,加力12 h,初始力为80 g;B组仅建立双侧上颌第一磨牙牙周炎模型,不加力;C组对双侧上颌第一磨牙建立健康牙周正畸模型,加力12 h,初始力为80 g;D组为正常大鼠,不作处理(为对照组)。建模及加力完成后,截取各组双侧上颌第一磨牙及牙周组织作为样本进行基因芯片检测,对TNF信号通路相关差异基因进行信号通路富集分析、基因本体(gene ontology,GO)分析和qRT-PCR验证。结果基因芯片结果显示,A、B、C组中TNF信号通路均显著性上调(P<0.01),参与通路的基因在A组有28个上调,5个下调,B组有12个上调,4个下调,C组有12个上调,1个下调(P<0.05)。GO分析中显著性最高的GO条目为“对脂多糖的应答”、“炎症反应”、“NF-κB转录因子活性的正调控”、“NF-κB进入细胞核的正调控”、“对缺氧的应答”(P<0.001)。qRT-PCR检测结果显示,相较于对照组,C组TNF-α表达量无差异(P>0.05),A组、B组显著性上调(P<0.01),A组>B组>C组(P<0.05);相较于对照组,A、B、C组前列腺素内过氧化物合成酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)表达量均上调,差异具有统计学意义(P<0.05),但A组PTGS2和IL-6的表达量低于B组(P<0.05)。结论大鼠牙周炎正畸牙移动早期激活TNF信号通路,参与多种生物学过程,并在炎症反应和骨吸收过程中起重要作用。 展开更多
关键词 正畸牙移动 牙周炎 大鼠 炎症反应 肿瘤坏死因子 NF-kB转录因子 信号通路 基因本体分析
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基因本体论研究进展及在生物信息数据库中的应用 被引量：7
6
作者 栾德琴 白云峰 +1 位作者 包文斌 陈国宏 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第4期14-16,共3页
随着cDNA微阵列等生物技术发展的日新月异,产生了大量丰富的生物信息资源,海量生物信息与知识的共享是当前生物学研究面临的瓶颈问题,相对于其他查询与搜索工具,由本体论发展而来的基因本体工具在解决海量生物W eb信息共享时具有独特优... 随着cDNA微阵列等生物技术发展的日新月异,产生了大量丰富的生物信息资源,海量生物信息与知识的共享是当前生物学研究面临的瓶颈问题,相对于其他查询与搜索工具,由本体论发展而来的基因本体工具在解决海量生物W eb信息共享时具有独特优势,从而有望实现世界范围内的知识共享和智能信息集成。本文概述本体论和基因本体论的概念、研究进展以及基因本体论在生物信息数据库中的应用等情况,并对基因本体论在海量生物信息处理中的应用与研究前景进行了展望。 展开更多
关键词 基因本体论 分子功能 生物信息数据库
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一种基因本体术语间的语义相似度计算方法 被引量：3
7
作者 魏韡 向阳 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2010年第26期114-116,共3页
计算基因本体中的术语的语义相似度是基因本体的一个重要应用。基于信息量和基于距离的语义相似度计算方法都只从各自的角度计算术语间语义相似度。提出了基于基因本体中术语所在有向无环图的计算方法。该方法既考虑了术语的祖先对其的... 计算基因本体中的术语的语义相似度是基因本体的一个重要应用。基于信息量和基于距离的语义相似度计算方法都只从各自的角度计算术语间语义相似度。提出了基于基因本体中术语所在有向无环图的计算方法。该方法既考虑了术语的祖先对其的信息量的影响,又考虑了术语所在的位置以及术语间的语义联系类型。实验结果表明该方法有较高的准确度。 展开更多
关键词 语义相似度 基因本体 有向无环图
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基于基因本体论的模式生物分子功能分布异同 被引量：2
8
作者 王巍 卢卫红 孙野青 《生物信息学》 2010年第3期228-232,236,共6页
基因本体论是关于基因和蛋白质知识的标准词汇,也是今后实现各种与基因相关的数据统一、数据转换、数据挖掘的基础。本文通过分子功能基因本体论比较了不同模式生物基因产物分子功能分布的异同。结果发现:在动物类、植物类以及真菌类模... 基因本体论是关于基因和蛋白质知识的标准词汇,也是今后实现各种与基因相关的数据统一、数据转换、数据挖掘的基础。本文通过分子功能基因本体论比较了不同模式生物基因产物分子功能分布的异同。结果发现:在动物类、植物类以及真菌类模式生物中,大部分已知功能基因的分布比例是基本一致的,存在一定的同源性;但在动物中结合类基因数量较多而在植物与真菌中反而催化类基因数量较多,信号传导相关基因在动物中的分布数量多间接证明了动物在进化上的高等性,而植物中特有的大分子传递相关编码基因,可能与植物的养分、水分在机体种的传输相关。 展开更多
关键词 模式生物 基因本体论 分子功能
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基于基因本体论的生物信息个人数据库平台 被引量：4
9
作者 高芸 《生命科学研究》 CAS CSCD 2004年第S2期65-70,共6页
论述了一个基于基因本体论(geneontology)的生物信息个人数据库平台BIO.该数据库平台根据自身研究的需要,用基因本体论中的相关的规范术语来对基因序列信息进行注释,从而可以让用户从基因本体论的角度对生物信息序列进行查询.由于因特... 论述了一个基于基因本体论(geneontology)的生物信息个人数据库平台BIO.该数据库平台根据自身研究的需要,用基因本体论中的相关的规范术语来对基因序列信息进行注释,从而可以让用户从基因本体论的角度对生物信息序列进行查询.由于因特网上生物数据库中大量的关于基因序列信息的术语不统一、不规范,存在大量的信息冗余,用此方式可最大限度地精确所要查找的结果.文中详细论述了该数据库平台的研究背景、查询功能以及维护. 展开更多
关键词 基因本体论 生物信息数据库 分子功能 生物学途径 细胞学组件
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基于加权基因共表达网络分析探讨新型冠状病毒感染相关脓毒症潜在的关键基因 被引量：3
10
作者 桑珍珍 杨栋梁 +4 位作者 饶欣 贾立群 郭杨 刘媛媛 高杰 《中国急救医学》 CAS CSCD 2023年第5期376-382,共7页
目的 识别2019新型冠状病毒感染(COVID-19)相关脓毒症的关键基因和信号通路。方法 从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载基因芯片数据。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)确定COVID... 目的 识别2019新型冠状病毒感染(COVID-19)相关脓毒症的关键基因和信号通路。方法 从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载基因芯片数据。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)确定COVID-19和脓毒症的枢纽模块,并将两个模块交叉确定与COVID-19相关脓毒症的共同基因。采用R软件筛选出COVID-19和脓毒症差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),同时结合WGCNA和差异分析的结果,得到与COVID-19和脓毒症相关的候选基因,最后将两者取交集得到COVID-19相关脓毒症的关键基因。对与COVID-19相关脓毒症的共同基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,得到基因功能和参与的信号通路。结果 通过WGCNA获得了COVID-19相关枢纽模块和脓毒症相关枢纽模块。将两个模块交叉,共获得49个共同基因。结合WGCNA和差异分析的结果,得出与COVID-19和脓毒症相关的候选基因,通过将候选基因交叉,共筛选出11个关键基因(CCD82、CEACAM8、G6PD、HLA-DMB、HLA-DPA1、IL-1β、LTB4R、LTF、MME、S100A9、TGF-β1)。根据功能富集分析,共同基因主要在免疫和炎症相关通路中增强。结论 本研究通过构建WGCNA方法筛选出COVID-19相关脓毒症的11个关键基因,可能成为潜在的COVID-19相关脓毒症诊疗相关候选靶点。 展开更多
关键词 关键基因 2019新型冠状病毒感染(COVID-19) 脓毒症 加权基因共表达网络(WGCNA) 差异基因表达(DEG) 基因本体论(GO) 京都基因与基因组百科(KEGG)
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基于Java的基因本体工具包
11
作者 张国庆 骆清铭 +1 位作者 鲁强 李亦学 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期735-739,共5页
针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块... 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析. 展开更多
关键词 基因本体 解析器 图模型 语义相似性
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在复杂网络条件中发现基因本体的隐藏信息 被引量：1
12
作者 孙臻 王磊 《计算机光盘软件与应用》 2011年第17期84-84,共1页
近年来，本体作为语义表示被广泛的应用到众多学科中。基因本体是本体优势的一个很好的例证，并作为共享控制性词汇被应用到实践当中。但是，随着本体的规模和复杂性的迅速增加，使得本体的结构变得越来越复杂而难以理解和使用。本文主... 近年来，本体作为语义表示被广泛的应用到众多学科中。基因本体是本体优势的一个很好的例证，并作为共享控制性词汇被应用到实践当中。但是，随着本体的规模和复杂性的迅速增加，使得本体的结构变得越来越复杂而难以理解和使用。本文主要研究发现隐藏信息，诸如复杂网络大型本体的拓扑特征和潜在的重要的术语等。通过研究说明基因本体显示出与复杂网络相同的拓扑特征，就像“smallworld”和“scale-free”。本文评价了中心化方法对于本体重要概念的识别非常合适，并且表明在所有评估的中心化测量中，Betweenness Centrality是最合适的方法。 展开更多
关键词 基因本体 复杂网络 网络分析 网络发现
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基因本体论的蟾蜍bHLH转录因子功能富集分布 被引量：1
13
作者 刘武艺 《生物信息学》 2011年第4期292-298,302,共8页
基因本体论是国际上标准的基因和蛋白质功能知识词汇。利用基因本体论的功能富集分布比较和分析了两种蟾蜍bHLH基因分子功能分布特点。结果发现,两种蟾蜍的bHLH基因均有显著富集分布的GO注释语句,其中转录调控活性(GO:0030528)、转录调... 基因本体论是国际上标准的基因和蛋白质功能知识词汇。利用基因本体论的功能富集分布比较和分析了两种蟾蜍bHLH基因分子功能分布特点。结果发现,两种蟾蜍的bHLH基因均有显著富集分布的GO注释语句,其中转录调控活性(GO:0030528)、转录调控(GO:0045449)、DNA结合(GO:0003677)、RNA代谢过程调控(GO:0051252)、DNA依赖的转录调控(GO:0006355)、转录(GO:0006350)和转录因子活性(GO:0003700)等频率很高,表明这些GO注释是蟾蜍bHLH基因常见的功能;此外,蟾蜍bHLH基因在肌肉器官发育、神经管和眼发育等一些重要的发育或生理过程的基因表达调控中发挥着重要的作用。 展开更多
关键词 蟾蜍 BHLH 基因本体论 功能注释
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基于集成学习和基因本体标注库的细胞凋亡蛋白亚细胞位置预测
14
作者 王晓 李辉 翟云清 《轻工学报》 CAS 2016年第4期95-101,共7页
针对目前凋亡蛋白的亚细胞定位预测精度不高的问题,提出了基于集成学习和基因本体(GO)标注库的细胞凋亡蛋白亚细胞位置预测方法.该方法采用凋亡蛋白及其同源蛋白的GO特征,结合两层集成策略,预测凋亡蛋白的亚细胞位置.在第一层,依据不同... 针对目前凋亡蛋白的亚细胞定位预测精度不高的问题,提出了基于集成学习和基因本体(GO)标注库的细胞凋亡蛋白亚细胞位置预测方法.该方法采用凋亡蛋白及其同源蛋白的GO特征,结合两层集成策略,预测凋亡蛋白的亚细胞位置.在第一层,依据不同同源蛋白个数生成多个特征向量集合,选取距离权重K近邻分类器作为个体分类器,训练多个子预测模型,并以多数投票的方式集成.在第二层,将第一层的集成模型作为子预测模型,以多数投票的方式集成不同近邻个数预测模型.Jackknife检验结果表明:该方法在CL317凋亡蛋白数据集上预测准确率达到96.2%,优于其他方法;此外,还有效降低了数据不均衡带来的影响. 展开更多
关键词 亚细胞定位 同源蛋白 基因本体特征 集成K近邻算法
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基于基因本体和核-附属的蛋白质复合物识别算法
15
作者 于杨 《计算机科学与应用》 2018年第8期1300-1308,共9页
蛋白质复合物由一组具有特定生物功能的蛋白质组成。使用计算方法从生物网络中预测蛋白质复合物对于理解生物活动的机制和疾病的发病机理具有重要的现实意义。传统的复合物识别算法通常仅基于网络拓扑结构,忽略生物特征和噪声数据对复... 蛋白质复合物由一组具有特定生物功能的蛋白质组成。使用计算方法从生物网络中预测蛋白质复合物对于理解生物活动的机制和疾病的发病机理具有重要的现实意义。传统的复合物识别算法通常仅基于网络拓扑结构,忽略生物特征和噪声数据对复合物识别性能的影响。针对该问题,本文提出一种基因本体和核-附属结构的蛋白质复合物识别算法,首先通过语义相似性融合蛋白质相互作用网络和基因本体信息构建有权图模型;其次,设计以局部子图直径和密度为聚类条件的核-附属结构的复合物识别算法GCA。最后,GCA和三个经典的方法在两个复合物数据集中进行比较和分析。实验结果表明,GCA在召回率、f度量和功能富集分析方面的表现均显著优于CFinder,MCode和MCL。 展开更多
关键词 基因本体 核-附属结构 有权网络
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多重生物信息学分析慢加急性肝衰竭关键基因及其调控网络
16
作者 王秀峰 陈桂容 林华明 《医学研究杂志》 2023年第12期83-88,共6页
目的通过多重生物信息学筛选慢加急性肝衰竭(acute-on-chronic liver failure,ACLF)关键基因及通路,为ACLF分子生物学研究和生物学标志物筛选提供理论依据。方法首先从基因表达数据集(Gene Expression Omnibus,GEO)下载ACLF转录组mRNA... 目的通过多重生物信息学筛选慢加急性肝衰竭(acute-on-chronic liver failure,ACLF)关键基因及通路,为ACLF分子生物学研究和生物学标志物筛选提供理论依据。方法首先从基因表达数据集(Gene Expression Omnibus,GEO)下载ACLF转录组mRNA微阵列数据集,利用R软件中limma包进行基因表达量差异分析,并通过David数据库对差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析;利用STRING数据库绘制蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络图,Cytoscape软件筛选关键差异基因。结果共筛选得到329个差异表达基因,其中上调基因185个,下调基因144个。GO功能富集分析得到条目385个,包含免疫受体活性、细胞因子受体活性、T细胞受体结合等生物学功能(P<0.05);KEGG通路富集分析筛选到36条信号通路,免疫和炎症相关的通路包括Th1和Th2细胞分化、Th17细胞分化通路、T细胞受体信号通路、原发性免疫缺陷、NF-κB信号通路和TNF信号通路等。进一步得到与ACLF相关的核心差异基因CD3G、CD3D、IL7R、LCK、IL1R2、IL18R1、IL1R1和MAPK14,这些基因可能成为ACLF潜在的生物标志物及治疗靶点。结论本研究发现,CD3G、CD3D、IL7R、LCK、IL1R2、IL18R1、IL1R1和MAPK14可能成为ACLF发生、发展相关核心基因和未来新的治疗靶点。 展开更多
关键词 慢加急性肝衰竭 生物信息学 GEO数据库 差异表达基因 基因本体论 京都基因与基因组百科全书
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基于关联基因本体论注释的蛋白质相互作用预测 被引量：1
17
作者 张茜 王敬泽 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期449-455,共7页
细胞中的生理活动主要是通过蛋白质-蛋白质之间的相互作用来调控完成.详尽细致的蛋白质-蛋白质相互作用网络的解析对于理解细胞中复杂的调控、代谢和信号通路有重要的意义.近年来,关于新的蛋白质-蛋白质相互作用预测领域进展快速,这里,... 细胞中的生理活动主要是通过蛋白质-蛋白质之间的相互作用来调控完成.详尽细致的蛋白质-蛋白质相互作用网络的解析对于理解细胞中复杂的调控、代谢和信号通路有重要的意义.近年来,关于新的蛋白质-蛋白质相互作用预测领域进展快速,这里,利用贝叶斯算法结合关联的GO(Gene Ontology),来预测蛋白质的相互作用.利用非冗余的蛋白质相互作用数据来观察GO对的特性,得到GO关联的概率.通过阳性的和阴性的标准对照数据证实这个新方法可以很好地区别这两类不同的数据,显示出较好的灵敏度和非常低的假阳性预测率.通过与已知的高通量的实验数据比较,这个方法具有灵敏度高、速度快的优点.而且,运用这个新方法可以提供一些新的关于细胞内蛋白质之间相互作用的信息,为进一步的实验提供理论依据. 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 关联的 基因本体论 贝叶斯(Bayesian)
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以位置特异性得分矩阵和基因本体为特征的蛋白质亚细胞定位预测 被引量：1
18
作者 刘冰静 郭红 《福州大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2017年第1期16-24,共9页
提出一种蛋白质亚细胞定位预测方法.该方法以位置特异性得分矩阵和基因本体抽取对应特征,结合支持向量机构建多标签分类模型.充分考虑了蛋白质进化信息对其亚细胞定位的影响,并基于文本分类中涉及到的卡方检验的对数变换思想,构建基因... 提出一种蛋白质亚细胞定位预测方法.该方法以位置特异性得分矩阵和基因本体抽取对应特征,结合支持向量机构建多标签分类模型.充分考虑了蛋白质进化信息对其亚细胞定位的影响,并基于文本分类中涉及到的卡方检验的对数变换思想,构建基因本体注释信息的加权系数对其进行加权处理,从而提高预测的准确率.采用支持向量机作为基分类器构建多标签分类模型,进一步提高预测的准确率.通过在目前该领域两个常用的真实数据集上进行的一系列测试结果表明,该方法能有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确率. 展开更多
关键词 定位预测 蛋白质亚细胞 位置特异性得分矩阵 基因本体 多标签分类
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基于基因本体的相似度计算方法 被引量：3
19
作者 荣河江 王亚东 《智能计算机与应用》 2019年第1期108-113,118,共7页
对基因或基因产物功能上的相似性的研究是生物信息学关注的热点。基因本体数据描述了基因和基因产物的属性,基于基因本体术语相似度的研究对基因功能的分析、比较和预测具有重要意义。本文研究了基于基因本体的语义相似度计算方法,基于... 对基因或基因产物功能上的相似性的研究是生物信息学关注的热点。基因本体数据描述了基因和基因产物的属性,基于基因本体术语相似度的研究对基因功能的分析、比较和预测具有重要意义。本文研究了基于基因本体的语义相似度计算方法,基于信息量的计算方法,结合最低和最近公共祖先节点,提出了一种改进的相似度计算方法。通过相似度值与专家打分结果相比较的方法进行评价,实验结果表明本方法比传统方法更有效。 展开更多
关键词 基因本体 语义相似性 信息量
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基于基因本体的语义相似度计算方法研究综述 被引量：2
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作者 彭佳杰 王亚东 《智能计算机与应用》 2016年第1期97-100,共4页
基因本体是一个被广泛使用的生物数据资源,主要用于描述基因和基因产物的属性,包括分子功能、生物过程和细胞组件三个方面。基于基因本体的术语相似度及基因功能相似度计算对基因功能分析、比较和预测等生物学研究热门领域具有非常重要... 基因本体是一个被广泛使用的生物数据资源,主要用于描述基因和基因产物的属性,包括分子功能、生物过程和细胞组件三个方面。基于基因本体的术语相似度及基因功能相似度计算对基因功能分析、比较和预测等生物学研究热门领域具有非常重要的意义。本文综述了基于基因本体的语义相似度算法,主要包括基因本体同一分支中的术语相似度计算法和基因本体跨分支术语相似度算法两大部分内容,并对这些方法的优缺点做了一定的分析总结。 展开更多
关键词 基因本体 语义相似度 术语相似度
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