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miR-23a/27a/24基因簇g.65307469G>A突变对大白猪产仔数和启动子活性的影响
1
作者 王思琪 李玉琦 +5 位作者 周春雪 杨柳 杜星 吴望军 潘增祥 李齐发 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期334-341,共8页
[目的]本文旨在研究大白猪miR-23a/27a/24基因簇启动子突变位点多态性与产仔数性状的关系及潜在机制,为母猪繁殖性状的分子育种提供新的潜在遗传标记。[方法]利用混池测序技术筛选猪miR-23a/27a/24基因簇启动子突变位点,直接测序法对大... [目的]本文旨在研究大白猪miR-23a/27a/24基因簇启动子突变位点多态性与产仔数性状的关系及潜在机制,为母猪繁殖性状的分子育种提供新的潜在遗传标记。[方法]利用混池测序技术筛选猪miR-23a/27a/24基因簇启动子突变位点,直接测序法对大白猪群体(n=345)miR-23a/27a/24基因簇突变位点进行基因分型,计算遗传多样性;用线性模型对突变位点多态性与产仔数性状进行关联性分析;构建不同等位基因类型启动子载体,转染猪卵巢颗粒细胞,通过检测荧光素酶活性分析突变对启动子活性的影响;用生物信息学方法预测不同等位基因类型启动子潜在结合的差异转录因子,用荧光素酶活性分析差异转录因子对不同等位基因类型启动子活性的影响。[结果]在猪miR-23a/27a/24基因簇启动子-648 nt(Chr.2,65307469 nt)处发现1个新的G/A突变,命名为g.65307469G>A。在大白猪群体中发现3种基因型(GG、GA和AA),其中GG为优势基因型(89.57%),G等位基因为优势等位基因(94.64%)。关联性分析发现,GA基因型母猪的总产仔数(TNB)比GG基因型母猪每胎高0.56头(P<0.05)。荧光素酶活性分析结果显示G等位基因类型启动子活性显著高于A等位基因类型(P<0.05)。在不同等位基因类型启动子间发现1个潜在结合的差异转录因子死亡相关蛋白1(THAP1),成功构建猪THAP1基因过表达载体,共转试验结果显示转录因子THAP1对不同等位基因类型启动子活性均无显著影响(P>0.05)。[结论]miR-23a、miR-27a和miR-24是大白猪产仔数性状的候选基因,g.65307469G>A突变抑制miR-23a/27a/24基因簇的启动子活性,但与转录因子THAP1无关。 展开更多
关键词 大白猪 miR-23a/27a/24基因簇 变异位点 产仔数性状 启动子活性
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基于同源重组原理快速验证fim家族基因簇对鲍曼不动杆菌蹭动的影响
2
作者 孙千姿 宁年智 王慧 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第1期8-14,共7页
目的旨在利用含有抗生素耐药盒的线性PCR片段对鲍曼不动杆菌靶基因片段进行同源重组替换,实现基因的快速敲除及功能验证。方法以鲍曼不动杆菌Ab4294菌株为研究对象,PCR分别扩增fim基因簇(全长4980 bp)上游901 bp、下游1028 bp的序列作... 目的旨在利用含有抗生素耐药盒的线性PCR片段对鲍曼不动杆菌靶基因片段进行同源重组替换,实现基因的快速敲除及功能验证。方法以鲍曼不动杆菌Ab4294菌株为研究对象,PCR分别扩增fim基因簇(全长4980 bp)上游901 bp、下游1028 bp的序列作为重组的同源臂;从pUC57质粒中扩增获得卡那霉素抗生素耐药盒(KanR);利用重叠延伸PCR技术将上述3个片段连接,并将连接片段转化至鲍曼不动杆菌Ab4294中,筛选获得基因缺失突变株,构建质粒回补株,对所得菌株进行表型鉴定,探究fim基因簇的功能。结果利用含有抗生素耐药盒的线性PCR片段同源替换的方法成功构建了fim基因簇缺失的鲍曼不动杆菌Ab4294突变菌株;缺失菌株与野生株相比生长速率无明显差异,蹭动运动能力明显下降,回补该基因簇后表型恢复。结论利用含有抗性耐药盒的线性PCR片段同源替换的方法成功敲除鲍曼不动杆菌Ab4294的fim家族基因簇,该基因簇编码产物参与鲍曼不动杆菌的蹭动运动。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 基因敲除 fim基因簇 蹭动运动
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链霉菌TRM SA0054 Tubercidin合成基因簇挖掘
3
作者 张萍 罗晓霞 +1 位作者 万传星 张利莉 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2806-2815,共10页
【目的】评估菌株TRM SA0054的代谢潜力,解析其基因组信息研究该菌株次级代谢产物基因资源。【方法】采用Illumina Hiseq测序平台对菌株TRM SA0054进行全基因组测序,并进行生物信息学分析,采用现代分离纯化方法检测鉴定其代谢产物。【... 【目的】评估菌株TRM SA0054的代谢潜力,解析其基因组信息研究该菌株次级代谢产物基因资源。【方法】采用Illumina Hiseq测序平台对菌株TRM SA0054进行全基因组测序,并进行生物信息学分析,采用现代分离纯化方法检测鉴定其代谢产物。【结果】菌株TRM SA0054基因组大小为7.2 Mb,共有6410个蛋白编码基因,GC含量为73.16%;预测到26个次级代谢基因簇,其中Region 36.1基因簇与Tubercidin(杀结核菌素)基因簇相似性为81%,菌株TRM SA0054发酵能够产生Tubercidin。【结论】基于基因组挖掘和LC-MS检测验证菌株TRM SA0054具有产生Tubercidin的能力。 展开更多
关键词 Streptomyces carminius TRM SA0054 基因组注释 Tubercidin基因簇
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HOXA基因簇在胶质瘤中的表达分析
4
作者 董成亚 黄永进 +4 位作者 史明明 霍续磊 王燚 李子瑞 李奇 《临床肿瘤学杂志》 CAS 2023年第3期207-217,共11页
目的探讨HOXA基因簇各蛋白编码基因mRNA表达水平及与预后的关系。方法采用生物信息学方法分析癌症基因组图谱(TCGA)_GBMLGG数据库中669例不同级别胶质瘤和TCGA_GBM数据库中489例胶质母细胞瘤组织HOXA基因簇编码基因mRNA的表达情况,分析... 目的探讨HOXA基因簇各蛋白编码基因mRNA表达水平及与预后的关系。方法采用生物信息学方法分析癌症基因组图谱(TCGA)_GBMLGG数据库中669例不同级别胶质瘤和TCGA_GBM数据库中489例胶质母细胞瘤组织HOXA基因簇编码基因mRNA的表达情况,分析其与胶质瘤临床病理分级和预后的关系。纳入2011年1月至2015年12月经术后病理证实的70例胶质瘤组织和手术切除的正常脑组织20例,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测HOXA基因簇各蛋白编码基因在胶质瘤中的表达水平,并分析其与总生存时间(OS)的关系。结果HOXA基因簇由HOXA1、HOXA2、HOXA3、HOXA4、HOXA5、HOXA6、HOXA7、HOXA9、HOXA10、HOXA11、HOXA13共11个蛋白编码基因组成。TCGA_GBMLGG数据库分析显示,HOXA基因簇中11个编码基因的相对表达量随胶质瘤级别的升高而升高,在Ⅳ级胶质瘤中的相对表达量高于Ⅱ~Ⅲ级(P<0.001)。在胶质母细胞瘤组织中,除HOXA6基因外,其他10个基因的相对表达量均高于正常脑组织(P<0.001)。HOXA基因表达水平在胶质母细胞瘤组织中最高,其次为星形细胞瘤,最少为少突星形细胞瘤和少突神经胶质瘤。HOXA基因簇在IDH1野生型胶质瘤中的表达水平均高于IDH1突变型胶质瘤(P<0.001)。HOXA基因簇高表达与较短的OS有关(P<0.001)。在70例临床胶质瘤组织中,Ⅱ~Ⅲ级、Ⅳ级胶质瘤组织中HOXA基因簇的相对表达量高于20例正常脑组织,其表达水平随胶质瘤级别的升高而升高(P<0.05)。70例临床胶质瘤患者的中位OS为20.9个月,HOXA基因低表达组患者的中位OS明显优于高表达组(P<0.001)。结论胶质瘤组织中HOXA编码基因表达水平升高,可能参与了胶质瘤的发生、发展过程;HOXA基因簇高表达是预后不良因素,可作为预测预后的生物标志物。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 HOXA基因簇 癌症基因组图谱 预后
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木薯细菌性萎蔫病菌2个候选抗铜基因簇的克隆和分析
5
作者 徐春华 李超萍 +4 位作者 时涛 王国芬 蔡吉苗 李博勋 黄贵修 《热带生物学报》 2023年第5期499-505,共7页
为对木薯细菌性萎蔫病菌2个候选抗铜基因簇的功能进行验证和对病原菌抗铜机理进行分析,在进一步评价不同来源菌株抗铜性水平的基础上,开展2个基因簇的克隆工作。结果表明,来自国内及密克罗尼西亚、马来西亚等国家的供试菌株对铜离子同... 为对木薯细菌性萎蔫病菌2个候选抗铜基因簇的功能进行验证和对病原菌抗铜机理进行分析,在进一步评价不同来源菌株抗铜性水平的基础上,开展2个基因簇的克隆工作。结果表明,来自国内及密克罗尼西亚、马来西亚等国家的供试菌株对铜离子同样具有较高水平的抗性,不同国家的代表性菌株均编码有copTAB和XmeRSA两个抗铜基因簇。不同菌株的2个基因簇具有高度同源性,分析其除参与抗铜代谢外,可能还和致病等其他保守功能相关。 展开更多
关键词 木薯细菌性萎蔫病 抗铜基因簇 copTAB XmeRSA
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Brevibacillus brevis B011次级代谢物中抗青枯菌活性物质的纯化鉴定及生物合成基因簇分析 被引量：1
6
作者 周向平 陈武 +5 位作者 刘天波 王运生 王凯歌 刘峰 李小慧 袁志辉 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期927-935,共9页
青枯病是世界上最为严重的植物细菌性病害之一,生物防治是防控其危害的热点研究领域,而分泌抑菌活性物质被认为是生防菌抑制病原菌的主要作用机制。本研究在前期筛选到对青枯菌有良好拮抗活性的短短芽孢杆菌B011(Brevibacillus brevis B... 青枯病是世界上最为严重的植物细菌性病害之一,生物防治是防控其危害的热点研究领域,而分泌抑菌活性物质被认为是生防菌抑制病原菌的主要作用机制。本研究在前期筛选到对青枯菌有良好拮抗活性的短短芽孢杆菌B011(Brevibacillus brevis B011)基础上,采用色谱法分离纯化到抗青枯菌的主要活性物质,通过串联质谱和核磁波谱分析方法鉴定了其结构,并根据B011菌株全基因组序列,预测了活性化合物生物合成相关基因及其合成途径。结果表明,B.brevis B011次生代谢物中抑制青枯菌的主效活性物质为伊短菌素A(edeine A),次效活性物质为N-乙酰基色胺[N-(2-(1H-indol-3-yl)ethyl)acetamide]。这两种化合物对青枯菌的抑制活性为首次报道。基因簇预测结果表明,B011菌株基因组中存在完整的edeine合成基因簇,共包括17个基因,即edeA~edeQ,且基因簇中的基因结构完整,基因序列高度保守。B011基因组中有多个N-乙酰基色胺的生物合成相关基因,包括17个脱羧酶编码基因和54个乙酰转移酶编码基因,可能分别参与色氨酸脱羧反应和色胺的乙酰基转移反应,但具体由哪些基因参与还需进一步的研究。研究结果可为该生防菌的应用提供理论指导,也可为后续解析其生物合成途径及通过合成生物学方法进行定向改造奠定基础。 展开更多
关键词 短短芽孢杆菌 伊短菌素A N-乙酰基色胺 生物合成基因簇
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海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组新颖PKS和NRPS基因簇的发掘 被引量：5
7
作者 房耀维 刘姝 +5 位作者 王淑军 吕明生 焦豫良 陈国强 潘建梅 牛军 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期48-57,共10页
利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。... 利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。在利用anti SMASH对S.arenicola CNS 205和S.arenicola CNP193次级代谢产物基因簇进行预测,并经过NRPS-PKS knowledgebase验证的基础上,以S.arenicola CNS 205基因簇为对照,初步选择新颖基因簇;进一步用NCBI Blast和Nap Dos分析判断基因簇的新颖性后获得3个新颖基因簇:基因簇7,基因簇10和基因簇20。结合anti SMASH对基因簇核心结构的预测和与已知功能同源性基因簇,NCBI Blast比对的同源序列,以及Nap Dos对个基因簇中KS domain和C domain的进化分析等信息,初步表明基因簇7和基因簇20的对应产物分别为烯二炔类和有半胱氨酸及其他氨基酸参与合成的肽类化合物。由于基因簇10得到的信息较少,不能预测其代谢产物。 展开更多
关键词 基因簇发掘 新颖PKS基因簇 新颖NRPS基因簇 产物预测
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调控山羊绒生长mRNA和lncRNA基因簇及关键信号通路的生物信息学分析
8
作者 贾纯琰 孙燕勇 +1 位作者 包永红 张文广 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4311-4324,共14页
【目的】分析绒山羊皮肤中受外源褪黑素诱导的调控山羊绒生长mRNA和lncRNA基因簇及关键信号通路,为从基因簇角度解析外源褪黑素促山羊绒生长的分子机制提供参考。【方法】选取6只罕山白绒山羊,随机分为对照组和埋植组(褪黑素处理),每组... 【目的】分析绒山羊皮肤中受外源褪黑素诱导的调控山羊绒生长mRNA和lncRNA基因簇及关键信号通路,为从基因簇角度解析外源褪黑素促山羊绒生长的分子机制提供参考。【方法】选取6只罕山白绒山羊,随机分为对照组和埋植组(褪黑素处理),每组3个重复。以自然年为试验周期,每月采集皮肤样本进行RNA测序,使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析差异表达mRNA(differentially expressed mRNA,DE-mRNA)和差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DE-lncRNA),利用Mfuzz程序包挖掘调控山羊绒生长的基因簇,利用GSVA和GGally程序包分析调控山羊绒生长的信号通路。【结果】筛选得到组间DE-mRNAs 2024个和DE-lncRNAs 329个,获得对照组和褪黑素处理组各8组不同动力学模式的基因簇。对照组基因簇通过Hippo信号通路、对白细胞介素-1的应答、角蛋白纤维、中间纤维、黑色素生成、细胞周期、FoxO信号通路、Wnt信号通路、Hh信号通路和p53信号通路等参与调控山羊绒生长;褪黑素处理组基因簇通过中间纤维、PI3K-Akt信号通路、聚合细胞骨架纤维、TGF-beta信号通路、生长因子活性、Wnt信号通路、Hippo信号通路、ECM与受体相互作用、p53信号通路和间隙连接等参与调控山羊绒生长。DE-mRNA和DE-lncRNA的相关性研究结果显示,外源褪黑素诱导下55个mRNAs和10个lncRNAs协调互作(PCC>0.960),调控山羊绒生长的共表达网络关系。基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)可视化了FoxO、p53、PI3K-Akt、Wnt、Hh、Hippo和TGF-beta信号通路在绒山羊皮肤次级毛囊发育不同时期调控山羊绒生长的动态矩阵。外源褪黑素诱导下p53信号通路与FoxO信号通路呈极显著正相关(r=0.843,P<0.01);Hh信号通路与Hippo(r=0.836,P<0.01)、TGF-beta(r=0.868,P<0.01)、Wnt(r=0.790,P<0.01)、PI3K-Akt(r=0.630,P<0.05)等信号通路均呈极显著或显著正相关;Hippo信号通路与Wnt(r=0.846,P<0.01)、TGF-beta(r=0.806,P<0.05)信号通路均呈极显著或显著正相关;Wnt信号通路与TGF-beta信号通路呈极显著正相关(r=0.866,P<0.01)。【结论】本研究在组学水平从基因簇角度揭示了外源褪黑素诱导下绒山羊皮肤中调控山羊绒生长的55个mRNAs和10个lncRNAs的共表达调控关系,确定了调控山羊绒生长的FoxO、p53、PI3K-Akt、Wnt、Hh、Hippo和TGF-beta共7条关键信号通路,为进一步研究外源褪黑素促山羊绒生长的机制提供参考。 展开更多
关键词 绒山羊 皮肤 褪黑素 RNA测序 基因簇 信号通路
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桔梗科rps2基因簇断裂对进化速率的影响
9
作者 栗锦烨 平晶耀 +2 位作者 崔贵峰 苏应娟 王艇 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期333-342,共10页
保守的rps2基因簇(rps2-atpI-atpH-atpF-atpA)在桔梗科的叶绿体基因组中发生了断裂。为探究该基因簇断裂后,相关基因的进化速率是否发生变化,本研究选取50种桔梗科植物和2种睡菜科植物的叶绿体基因组序列进行系统发育关系的构建,对rps2... 保守的rps2基因簇(rps2-atpI-atpH-atpF-atpA)在桔梗科的叶绿体基因组中发生了断裂。为探究该基因簇断裂后,相关基因的进化速率是否发生变化,本研究选取50种桔梗科植物和2种睡菜科植物的叶绿体基因组序列进行系统发育关系的构建,对rps2基因簇相关基因的进化速率、选择压力以及适应性进化过程进行分析。结果显示,桔梗科中rps2基因簇发生断裂的物种均来自风铃草亚科,且在系统发育树上组成单系分支;与未断裂物种相比,断裂物种中相关基因的进化速率均值降低;基因间的非同义替换速率存在显著差异。适应性进化分析中,位点模型在atpI和rps2基因中检测到正选择位点。本研究结果表明基因簇断裂可能具有系统发育意义,基因簇断裂后进化速率会发生改变,不同基因也经历了不同的进化历程。 展开更多
关键词 rps2基因簇 桔梗科 进化速率 选择压力 适应性进化
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长双歧杆菌A17胞外多糖合成基因簇的分析
10
作者 张文丽 王英 +2 位作者 石莹 呼鑫荣 旭日花 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期9-15,共7页
为探究长双歧杆菌A17胞外多糖(exopolysaccharides,EPS)生物合成途径,作者依托全基因组测序,利用eggNOG-mapper、KEGG、GO数据注释和局部序列比对等方法对EPS合成相关的基因进行注释与同源性分析。根据同源性分析得到一个长度约为20 kb... 为探究长双歧杆菌A17胞外多糖(exopolysaccharides,EPS)生物合成途径,作者依托全基因组测序,利用eggNOG-mapper、KEGG、GO数据注释和局部序列比对等方法对EPS合成相关的基因进行注释与同源性分析。根据同源性分析得到一个长度约为20 kb由19个基因组成的A17 eps基因簇,预测到EPS前体糖核苷酸合成途径,同时发现该途径中的关键基因pgm并进行了异源表达。eps基因簇负责eps单体重复单元合成以及输出相关的EPS合成过程,在EPS前体糖核苷酸合成途径中双歧杆菌A17利用葡萄糖、乳糖形成UDP-Gal、UDP-Glc两种前体糖核苷酸。其中,pgm编码1→6葡萄糖磷酸变位酶,该酶的产量和活性与EPS合成有关。 展开更多
关键词 双歧杆菌 胞外多糖 基因簇 异源表达
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微生物组生物合成基因簇发掘方法及应用前景 被引量：1
11
作者 赖奇龙 姚帅 +2 位作者 查毓国 白虹 宁康 《合成生物学》 CSCD 2023年第3期611-627,共17页
生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功... 生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功能上来说,一个BGC中的基因通常共同负责一类通路,生成特定的化合物小分子。因此,BGC作为极具潜力的元件来源,在合成生物学研究中极为重要。然而从序列模式上来说,一个BGC中的基因数量众多且序列差异度大,很难通过序列同源性发掘新类型的BGC。因此,建立生物合成基因簇的智能发掘策略,系统性地发掘BGC并进行验证和转化研究,不论在理论方面还是实际应用方面,都具有非常重要的价值。本文主要基于微生物组大数据,较全面地介绍了BGC挖掘的意义和瓶颈问题,系统性地总结了当前BGC发掘中的数据资源和挖掘方法,尤其是人工智能方法,指出了干湿结合方法对于验证新发掘BGC的重要价值,同时展示了新发掘BGC的多样性和广泛应用领域。最后,展望了结合现有BGC挖掘方法和合成生物学转化,将如何在广度和宽度方面扩展目前的合成生物学研究。 展开更多
关键词 生物合成基因簇 人工智能 合成生物学 微生物组
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日本学者发现新颖环状肽化合物KK-1的生物合成基因簇
12
《世界农药》 CAS 2023年第2期37-37,共1页
日本研究人员研究发现了丝状真菌Curvularia clavata产生的具有植物病原菌抑制活性的环状肽化合物(KK-1)的生物合成基因簇,并发现可通过基因改造使该化合物的产率提高约2倍。环状肽化合物在医药领域广受关注,但由于这类化合物结构复杂,... 日本研究人员研究发现了丝状真菌Curvularia clavata产生的具有植物病原菌抑制活性的环状肽化合物(KK-1)的生物合成基因簇,并发现可通过基因改造使该化合物的产率提高约2倍。环状肽化合物在医药领域广受关注,但由于这类化合物结构复杂,难以通过化学合成廉价生产,目前还未作为农药进行开发。已知KK-1对多种植物病原菌,特别是灰霉病菌具有很高的生物活性。该研究通过对构建的基因缺失和过表达菌株进行分析,成功鉴定出参与KK-1生物合成的基因簇,为未来实现KK-1的大规模生产提供了新途径。 展开更多
关键词 植物病原菌 灰霉病菌 基因改造 生物合成基因簇 基因缺失 丝状真菌 化学合成
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木薯细菌性萎蔫病菌抗铜性评价及抗铜相关基因簇分子分析 被引量：4
13
作者 时涛 蔡吉苗 +2 位作者 李超萍 黄洁 黄贵修 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期529-540,共12页
细菌性萎蔫病是世界范围内木薯种植中的重要病害,也是中国木薯种植中为害最严重的病害。前期研究发现铜基杀菌剂对国内木薯细菌性萎蔫病防效欠佳,随即开展了病菌抗铜性评价及抗铜相关基因簇的分子分析工作。评价了42个不同来源病原菌菌... 细菌性萎蔫病是世界范围内木薯种植中的重要病害,也是中国木薯种植中为害最严重的病害。前期研究发现铜基杀菌剂对国内木薯细菌性萎蔫病防效欠佳,随即开展了病菌抗铜性评价及抗铜相关基因簇的分子分析工作。评价了42个不同来源病原菌菌株对硫酸铜的抗性,发现其抑菌最低有效浓度均在1.35~1.75 mmol/L之间。通过和已报道黄单胞菌类抗铜相关基因的比对分析,发现来自广西的菌株GX11携带有cop TAB和Xme RSA2个抗铜基因簇。对来自南美州、非洲和亚洲67个菌株的基因组序列分析发现绝大多数菌株均带有这2个基因簇,聚类分析发现相关基因在菌株之间具高度的同源性。 展开更多
关键词 木薯 细菌性萎蔫病菌 copTAB基因簇 XmeRSA基因簇
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中国农业科学院组装马铃薯基因组完成图,提示了高度重复序列区域中存在调控重要农艺性状的大量串联复制的基因簇
14
《蔬菜》 2023年第1期25-25,共1页
中国农业科学院蔬菜花卉研究所与山东省农业科学院蔬菜研究所马铃薯研究团队共同完成了马铃薯单倍型DM的基因组全序列组装,获得了包含24个端粒和12个着丝粒完整序列的端粒到端粒(T2T)基因组完成图(DM8.1),并在马铃薯基因组中之前未能完... 中国农业科学院蔬菜花卉研究所与山东省农业科学院蔬菜研究所马铃薯研究团队共同完成了马铃薯单倍型DM的基因组全序列组装,获得了包含24个端粒和12个着丝粒完整序列的端粒到端粒(T2T)基因组完成图(DM8.1),并在马铃薯基因组中之前未能完成组装的高度重复序列区域中,发现了调控重要农艺性状的大量串联复制的基因簇。 展开更多
关键词 蔬菜研究所 中国农业科学院 高度重复序列 马铃薯研究 复制 基因簇 端粒
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病原菌多糖基因簇在大肠杆菌中的克隆
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作者 王雯 孙鹏 +2 位作者 徐敏锐 徐威 吴军 《生物技术通讯》 CAS 2014年第6期753-759,共7页
目的：构建稳定的外源病原菌多糖基因簇克隆载体，为在糖基工程大肠杆菌中利用外源性多糖O-糖基化修饰靶标蛋白奠定基础。方法：PCR扩增大肠杆菌O157、甲型副伤寒沙门菌CMCC50973和铜绿假单胞杆菌CMCC10110的O-多糖合成基因簇，将多糖... 目的：构建稳定的外源病原菌多糖基因簇克隆载体，为在糖基工程大肠杆菌中利用外源性多糖O-糖基化修饰靶标蛋白奠定基础。方法：PCR扩增大肠杆菌O157、甲型副伤寒沙门菌CMCC50973和铜绿假单胞杆菌CMCC10110的O-多糖合成基因簇，将多糖基因簇与细菌人工染色体pCC1BAC连接后，分别转化O-多糖合成缺陷的大肠杆菌W3110，并用相应多糖抗血清ELISA检测重组大肠杆菌是否利用外源O-多糖生成脂多糖（LPS），从而验证外源多糖基因簇克隆载体在大肠杆菌内是否能够生成相应的O-多糖；在此基础上，将构建的3种外源多糖基因簇克隆载体分别转化表达O-寡糖转移酶和蛋白底物菌毛蛋白PilE的糖基工程大肠杆菌，用相应的抗血清进行Western印迹检测，以验证克隆的O-多糖能否修饰蛋白底物PilE。结果：与阴性对照菌相比，带有大肠杆菌O157的O-多糖合成基因簇克隆载体和带有甲型副伤寒沙门菌CMCC50973的O-多糖合成基因簇克隆载体的重组菌ELISA呈阳性，提示大肠杆菌O157和甲型副伤寒沙门菌CMCC50973的O-多糖合成基因簇在大肠杆菌中被利用生成了相应的LPS；而带有铜绿假单胞杆菌CMCC10110的O-多糖合成基因簇克隆载体的重组菌W3110/BAC-10110则ELISA呈阴性。West？ern印迹结果显示，只有带有O157型大肠杆菌O-多糖合成基因簇克隆载体的糖基工程大肠杆菌CLM24/pMMB66EH-pilE-his/pETtac28-pglL/BAC-O157在相对分子质量40×103~58×103处出现了特异条带，表明菌毛蛋白PilE被大肠杆菌O157型O-多糖O-糖基化修饰。结论：建立了大肠杆菌O157、甲型副伤寒沙门菌CMCC50973的O-多糖合成基因簇大片段的克隆载体，克隆的O157型O-多糖合成基因簇可实现O157型多糖对菌毛蛋白PilE的修饰，从而为在大肠杆菌中建立稳定的利用外源病原菌多糖修饰靶标蛋白的糖基工程大肠杆菌提供了技术基础。 展开更多
关键词 细菌人工染色体 O-157型大肠杆菌O-多糖合成基因簇 甲型副伤寒沙门菌O-多糖合成基因簇 铜绿假单胞杆菌O-多糖合成基因簇 糖基工程大肠杆菌
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建立α与β珠蛋白基因簇转基因鼠模型及β基因族反式因子研究
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作者 刘德培 梁植权 +14 位作者 黄粤 冯东晓 纪新军 吴林 徐冬冬 李政 唐晓彬 李铁昌 吴敏 詹惠春 李兴国 吕湘 李磊 沈伟 唐毅 《医学研究通讯》 2003年第6期18-19,共2页
随着人类功能基因组研究的广泛开展,理解基因组中的遗传信息如何协调、有序地调控细胞分化与个体发育的时空过程成为研究的基本问题,阐明这一机制是真核基因表达调控研究的根本任务.
关键词 β珠蛋白基因簇 α珠蛋白基因簇 转基因鼠 β基因族反式因子
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miR-17～92基因簇在宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中的表达及意义 被引量：15
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作者 接智慧 吴建磊 +2 位作者 陶陶 史春雪 王敏 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期209-213,227,共6页
目的检测宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中miR-17～92基因簇的表达，初步探讨miR-17～92基因簇与妇科肿瘤发生的关系。方法利用实时定量PCR方法配对检测Hela／Siha、Ishikawa／HEC-1A、H0—8910／HO．8910PM、SKOV3／SK0v3．TR30... 目的检测宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中miR-17～92基因簇的表达，初步探讨miR-17～92基因簇与妇科肿瘤发生的关系。方法利用实时定量PCR方法配对检测Hela／Siha、Ishikawa／HEC-1A、H0—8910／HO．8910PM、SKOV3／SK0v3．TR30／SKOV3-DDP、COCl／COCl-DDP和CAOV3、OVCAR3中miR-17—92基因簇的表达水平；应用miRWalk数据库、nfiR2Subpath数据库和KEGGpathway功能聚类分析miR-17～92基因簇调控的靶基因及参与的与肿瘤相关的信号通路。结果与人脐静脉血管内皮细胞系ECV-304相比，miR-17～92基因簇在宫颈癌细胞系Hela与Siha中均呈下调表达（F=9．86，P〈0．001）；在子宫内膜癌细胞系Ishikawa与HEC-1A中均呈上调表达（F=10-35，P〈0．005）；与人正常卵巢细胞系IOSE386相比，miR-17～92基因簇在卵巢癌细胞系HO-8910、HO-8910PM、COCl、COCl／DDP、CAOV3、OVCAR3、SKOV3、SKOV3-TR30、SKOV3／DDP均呈上调表达（F=12．64，P〈0．001）。，预测得出miR-17～92基因簇的靶基因为ABCAJ、ARHGAP21、BAP1、C100ff46、CCND1、CD4等共30个；通过miR2Subpath数据库富集分析得出miR-17—92基因簇参与的生物学过程共8个，KEGGpathway分析得出miR-17～92基因簇参与的信号通路共11条。结论miR-17～92基因簇在宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中表达，且在生物学行为不同的同一肿瘤细胞系中存在差异表达。miR-17～92基因簇可能通过相关的靶基因和信号通路参与宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌的发生、发展并影响其生物学行为。 展开更多
关键词 miR-17~92基因簇 妇科肿瘤 靶基因 信号通路
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miR-17-92基因簇与肿瘤血管生成关系的研究进展 被引量：2
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作者 齐小娟 杨万勇 李涛 《广东医学》 CAS 北大核心 2016年第6期942-944,共3页
血管生成（angiogenesis）是指从已有的血管发展而形成新的血管的动态过程。在肿瘤的生长、侵袭、转移等过程中起着关键作用,针对肿瘤血管生成机制的研究可以为肿瘤治疗提供新的线索。肿瘤血管生成是一个复杂的多因素参与调节的过程,目... 血管生成（angiogenesis）是指从已有的血管发展而形成新的血管的动态过程。在肿瘤的生长、侵袭、转移等过程中起着关键作用,针对肿瘤血管生成机制的研究可以为肿瘤治疗提供新的线索。肿瘤血管生成是一个复杂的多因素参与调节的过程,目前对肿瘤血管生成的机制了解的还不够全面,对于肿瘤血管生成机制的揭示是现阶段肿瘤研究中的热点之一。 展开更多
关键词 肿瘤血管生成机制 基因簇 肿瘤研究 miR-17-92基因簇
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昆虫病原线虫共生菌BP品系杀虫毒素基因簇中各基因与杀虫活性的关系 被引量：15
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作者 崔龙 邱礼鸿 +2 位作者 辛智海 房媛媛 庞义 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期747-752,共6页
昆虫病原线虫共生菌XenorhabdusnematophilusBP的多个杀虫毒素基因集中在一起形成一个约 40kb的基因簇。为研究这个基因簇中各基因与杀虫活性的关系 ,对该共生菌粘粒文库中 5个粘粒克隆XnBP76、XnBP83、XnBP2 0 3、XnBPp378和XnBP41 4及... 昆虫病原线虫共生菌XenorhabdusnematophilusBP的多个杀虫毒素基因集中在一起形成一个约 40kb的基因簇。为研究这个基因簇中各基因与杀虫活性的关系 ,对该共生菌粘粒文库中 5个粘粒克隆XnBP76、XnBP83、XnBP2 0 3、XnBPp378和XnBP41 4及XnBP83的 3个亚克隆插入DNA片段的基因结构和它们对棉铃虫的杀虫活性进行了比较 ,结果显示 ,xptB1 ,xptC1和xptA2 3个基因或后两者的联合表达产物具有最强的杀虫效果 ,缺失其中的任何 1个或 2个会使杀虫活力大幅度地下降或完全消失 ;而xptD1和xptA1的缺失对毒素基因簇的表达产物的杀虫活力影响很小 ;杀虫毒素的物理混合没有明显的增效作用。 展开更多
关键词 杀虫毒素基因簇 杀虫活性 昆虫病原线虫共生菌 杀虫毒素
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家蚕蛹和成虫期GOBP/PBP亚家族基因簇基因定位与表达分析 被引量：8
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作者 张升祥 张瑶 +4 位作者 徐世清 王更先 胡增娟 赵春晓 崔为正 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1069-1076,共8页
昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding p... 昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding protein,GOBP/PBP)是鳞翅目昆虫OBP家族的一个重要单系群。为进一步明确家蚕Bombyx moriGOBP/PBP基因的结构、表达及功能,本研究利用染色体定位及半定量表达分析方法对其进行了分析。染色体定位分析显示,这些基因以基因簇的形式存在于第19染色体的nscaf3052上,基因结构相似,转录方向一致,表明这些基因可能由同源基因复制产生,并具有类似功能。对家蚕蛹和成虫不同发育阶段的雌、雄虫多种组织中进行表达分析发现,这些基因的表达在不同发育时期和不同组织间差异明显(P<0.05),相对表达量均以触角中为最高,其他非嗅觉组织中也多有表达,性别间差异不大,说明了该基因簇基因除了具有嗅觉相关的功能外,很可能具有其他尚未被发现的功能。 展开更多
关键词 家蚕 气味结合蛋白 PBP1-GOBP2亚家族 基因簇 表达分析 染色体定位
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