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益生菌基因组学在乳酸菌筛选和功能评价中的应用
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作者 刘文俊 张和平 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 2024年第1期1-11,共11页
乳杆菌和双歧杆菌是益生菌筛选的主要微生物类群,在促进人类、动物甚至植物健康方面都有重要的应用价值,被广泛应用于多种功能性食品、动物饲料和微生物菌肥。然而,这些细菌对宿主健康产生积极影响的分子机制还远未完全了解。另外,传统... 乳杆菌和双歧杆菌是益生菌筛选的主要微生物类群,在促进人类、动物甚至植物健康方面都有重要的应用价值,被广泛应用于多种功能性食品、动物饲料和微生物菌肥。然而,这些细菌对宿主健康产生积极影响的分子机制还远未完全了解。另外,传统的益生菌筛选技术主要依靠表型和生理生化特性的测定以及随机对照试验,这些方法不仅耗时、费力,而且数据难以重复。不同研究小组之间数据难以共享,不能实现菌株有益特性的均一性和标准化验证,严重制约了益生菌科学研究的发展和菌株的产业化开发利用。基于新的测序技术和强大的计算机分析方法,被称为益生菌基因组学新学科的出现,允许研究者在短时间内通过筛选大量的生物学和基因组数据,显著提高益生菌筛选的效率和准确性。本文综述了通过基因组数据的分析,帮助人们高效、快速地确定益生菌,开辟益生菌新功能的评价途径。总结益生菌基因组学在阐明益生特性功效评价的分子基础等方面的最新研究成果,以期为扩展研究人员对这些有益微生物生物学的认知,揭示益生菌促进健康特性的分子机制提供新视角。 展开更多
关键词 益生菌基因组学 乳酸菌 功能 筛选 人工智能
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“基因组学”教学建设的初步探索
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作者 商巾杰 《南京师范大学学报(工程技术版)》 CAS 2024年第1期80-85,共6页
基因组学是在人类基因组计划的实施影响下逐步形成的一门兼具理论性和实用性的交叉学科,具有很强的专业性和前沿性.结合作者从事基因组学教学的经验,从基因组学课程内容设置,包括讲述基因组学世界的故事,追踪学科前沿和课程思政的育人... 基因组学是在人类基因组计划的实施影响下逐步形成的一门兼具理论性和实用性的交叉学科,具有很强的专业性和前沿性.结合作者从事基因组学教学的经验,从基因组学课程内容设置,包括讲述基因组学世界的故事,追踪学科前沿和课程思政的育人理念与目标以及“基因组学”课程教学方式等方面展开探索,为提高“基因组学”课程教学质量和加强“基因组学”课程建设提供思路. 展开更多
关键词 基因组学 课程内容 科前沿 方式
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大豆灰斑病菌基因组学的研究进展
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作者 顾鑫 刘伟 +5 位作者 朱志国 徐礼英 孟雪 童婷婷 姜淑华 丁俊杰 《大豆科学》 CAS CSCD 2024年第1期114-119,共6页
由Cercospora sojina K.Hara引起的大豆灰斑病菌具有生理小种多、爆发性强等特点。近些年随着抗病品种选择压力的增大,大豆灰斑病菌也随之变异,导致了生产上品种抗性丧失,化学防治效果差等诸多问题。前期国内外科学家主要把研究焦点集... 由Cercospora sojina K.Hara引起的大豆灰斑病菌具有生理小种多、爆发性强等特点。近些年随着抗病品种选择压力的增大,大豆灰斑病菌也随之变异,导致了生产上品种抗性丧失,化学防治效果差等诸多问题。前期国内外科学家主要把研究焦点集中在大豆灰斑病菌的抗病亲本筛选、生理小种鉴定及病害发生规律等传统研究手段上,目前随着分子生物学技术的快速发展,越来越多的新技术、新手段应用到大豆灰斑病菌的研究中,但相较于其它作物的病原菌,其研究不仅少而且不够深入。本文综述了近几年国内外大豆灰斑病菌基因组、比较基因组学及转录组学等最新研究成果,以期对大豆灰斑病菌的进化、侵染机制及与寄主互作机制的进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 大豆灰斑病菌 基因组测序 比较基因组学 毒力差异基因
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弯曲乳杆菌与清酒乳杆菌的比较基因组学分析
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作者 何苗 赵雨晴 +8 位作者 李居行 葛佳琪 陈盼婷 应欣 张连慧 王昌禄 李贞景 郭庆彬 刘欢欢 《食品科学》 EI CAS CSCD 2024年第2期48-56,共9页
本研究对19株弯曲乳杆菌(Latilactobacillus curvatus)和40株清酒乳杆菌(L.sakei)的基因组进行了比较分析。平均核苷酸同一性及全基因组共线性分析表明,L.curvatus和L.sakei基因组间的核酸序列同源性较弱,可作为区分两个物种的指标。对... 本研究对19株弯曲乳杆菌(Latilactobacillus curvatus)和40株清酒乳杆菌(L.sakei)的基因组进行了比较分析。平均核苷酸同一性及全基因组共线性分析表明,L.curvatus和L.sakei基因组间的核酸序列同源性较弱,可作为区分两个物种的指标。对两个物种分别构建泛基因组,并对泛基因组中的核心基因功能进行注释。结果显示,L.curvatus和L.sakei各自的核心基因组主要涉及菌株的基础代谢。对菌株个体基因组的比对分析发现:1)L.curvatus与L.sakei均含有广泛的糖苷水解酶类编码基因,在分解和代谢膳食纤维类多糖、乳糖利用以及木质纤维素中具有丰富的基因资源;2)3个菌株含抗生素耐药性基因,且来源于基因横向转移;3)L.sakei特有的精氨酸脱亚胺酶途径、L.curvatus中的丝氨酸脱水酶途径及鸟嘌呤脱氨酶途径,以及个别菌株中谷氨酸脱羧酶的发掘,揭示了这两类菌不同的抗酸机制;4)冷应激蛋白编码基因的发现也赋予了这两类菌良好的冷加工特性。此外,部分L.sakei基因组中含有编码lactocin S及凝结素相关的基因簇。总之,本研究通过对L.curvatus及L.sakei进行基因组水平的比较和分析,提供了两个物种之间的分类标准以及菌株个体上的差异信息,为这两种乳酸菌的生理生化分子遗传机制研究以及工业应用奠定了基础。 展开更多
关键词 弯曲乳杆菌 清酒乳杆菌 基因组学 基因组 碳水化合物活性酶 抗生素耐药性
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表观基因组学在猪遗传育种中的研究进展
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作者 简耀邦 李京津 +2 位作者 李新云 齐晓龙 付亮亮 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 2024年第3期26-32,共7页
生猪产业是我国畜牧业的支柱产业,我国的生猪养殖和猪肉消费量均占全球50%以上,但种猪性能与国外差距较大。因此,培育拥有自主知识产权、性状优良的种猪是保障我国生猪养殖业可持续健康发展的关键,而揭示重要经济性状的遗传机制是猪遗... 生猪产业是我国畜牧业的支柱产业,我国的生猪养殖和猪肉消费量均占全球50%以上,但种猪性能与国外差距较大。因此,培育拥有自主知识产权、性状优良的种猪是保障我国生猪养殖业可持续健康发展的关键,而揭示重要经济性状的遗传机制是猪遗传改良的基础。表观基因组学是在核苷酸序列不发生改变的情况下,研究基因组上的化学修饰和空间结构变化影响基因表达调控和功能的一门学科,近年来在猪遗传育种领域逐步得到广泛应用。表观基因组学在解释分子功能机制、挖掘功能靶点、探究进化过程方面有着突出优势,为研究猪复杂性状和环境适应的生物分子调控机制提供新思路。本文分析和总结了表观基因组学在猪遗传育种领域的研究现状和发展趋势,为阐明猪重要经济性状形成机制提供参考。 展开更多
关键词 表观基因组学 基因表达调控 遗传育种
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鹅源副鸡禽杆菌全基因组重测序及比较基因组学分析
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作者 苏文楠 刘佳琪 +4 位作者 钟嘉诚 陈济铛 朱婉君 张溢珊 张济培 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 2024年第3期1208-1216,共9页
为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结... 为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结果显示,3株鹅源菌株和鸡源C-AP3株聚集在p4chr1株的小分支上,另外3株鸡源菌株分布在其它国内菌株分支上。基因同源性分析结果显示鹅源菌株特有基因76个,鸡源菌株特有基因37个。对鹅适应性基因的筛查共聚类出79个基因,其中编码已知蛋白的基因有22个,其余编码假定蛋白;对鸡适应性基因的筛查聚类出39个基因,其中10个编码已知蛋白,29个编码假定基因。通过比较基因组学发现与Apg宿主适应性有关的基因为118个,为进一步阐释Apg跨物种感染的分子生物学机制奠定了基础。 展开更多
关键词 副鸡禽杆菌 比较基因组学 基因重测序 跨物种传播
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哮喘药物基因组学的全基因组关联研究进展
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作者 王钦 任洛 刘恩梅 《临床医学进展》 2024年第3期1724-1732,共9页
支气管哮喘(简称哮喘)是一种复杂的多因素疾病。哮喘患者对药物的治疗反应具有个体差异,部分原因由遗传因素决定。药物基因组学主要是研究人类基因组信息与药物反应之间的关系。全基因组关联研究(GWAS)可以分析大样本量及复杂疾病与基... 支气管哮喘(简称哮喘)是一种复杂的多因素疾病。哮喘患者对药物的治疗反应具有个体差异,部分原因由遗传因素决定。药物基因组学主要是研究人类基因组信息与药物反应之间的关系。全基因组关联研究(GWAS)可以分析大样本量及复杂疾病与基因的关联,是药物基因组学研究的新方法。目前,哮喘的GWAS已经指出一些具有潜在希望的基因变异。本文就抗哮喘药物治疗反应性相关GWAS的研究进行综述,以介绍哮喘药物基因组学的进展。 展开更多
关键词 哮喘 药物基因组学 GWAS
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基因组学技术在生物多样性保护研究应用中面临的挑战及应对策略
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作者 李律瑄 李招应 《中阿科技论坛(中英文)》 2024年第1期89-93,共5页
基因组学是研究生物基因组结构与功能、基因组网络及其相互作用的遗传学分支学科,涉及基因作图、测序和整个基因组功能分析,提供基因组信息以及相关数据系统利用,试图解决生物、医学、工业领域的重大问题。近年来,基因组学技术在生物多... 基因组学是研究生物基因组结构与功能、基因组网络及其相互作用的遗传学分支学科,涉及基因作图、测序和整个基因组功能分析,提供基因组信息以及相关数据系统利用,试图解决生物、医学、工业领域的重大问题。近年来,基因组学技术在生物多样性保护研究中取得了令人瞩目的应用成效。文章在概述基因组学技术类型的基础上,综合分析了基因组学技术在种群遗传学研究、物种鉴定和保护、克隆与保护濒危物种和生态系统功能稳定性研究中的应用状况,并针对基因组学技术在生物多样性保护研究中面临的挑战,提出了若干针对性应对建议。 展开更多
关键词 基因组学技术 生物多样性 面临的挑战 应对策略
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牛肉源热杀索丝菌的致腐差异和比较基因组学研究
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作者 方金玉 张俊 +3 位作者 吴诗媛 施永清 石双妮 朱军莉 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 2024年第1期12-20,共9页
为探究牛肉中热杀索丝菌的致腐能力和致腐基因分布特点,经分离纯化、形态观察和PCR鉴定,获得29株热杀索丝菌。将其接种于4℃牛肉汁中,测定挥发性盐基氮(TVB-N)值和乙偶姻指标,评价分离菌株的致腐能力。采用比较基因组学技术分析热杀索... 为探究牛肉中热杀索丝菌的致腐能力和致腐基因分布特点,经分离纯化、形态观察和PCR鉴定,获得29株热杀索丝菌。将其接种于4℃牛肉汁中,测定挥发性盐基氮(TVB-N)值和乙偶姻指标,评价分离菌株的致腐能力。采用比较基因组学技术分析热杀索丝菌强、弱腐败株基因特点。结果表明,29株热杀索丝菌分离株的TVB-N含量形成较慢,仅有2株菌在第9天超过11.5 mg N/100 g,而产乙偶姻能力强,且有明显差异,其中菌株BT27和BT25含量分别为139.3μg/mL和59.5μg/mL。测定强、弱致腐菌株BT27和BT25的全基因组序列,结果发现,热杀索丝菌基因组中存在大量参与碳水化合物代谢的基因,其中编码糖苷水解酶的基因数量最多,糖基转移酶基因次之。比较基因组学显示,强致腐株BT27被注释到碳水化合物代谢和相应酶的编码基因数量均多于弱致腐株BT25,而两者在编码氨基酸代谢的基因数量相近。研究表明,热杀索丝菌致腐性强、弱与编码碳水化合物代谢基因数量密切相关,研究从基因层面为阐明肉源微生物的致腐机理奠定了良好的基础。 展开更多
关键词 牛肉 比较基因组学 热杀索丝菌 致腐能力
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种质资源学与基因组学相结合-破解基因发掘与育种利用的难题 被引量:1
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作者 张学勇 郝晨阳 +3 位作者 焦成智 李甜 毛龙 刘旭 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期11-21,共11页
2010年前后,随着各大作物模式品种基因组测序的完成,拟南芥、水稻、玉米等的重测序研究,突破了分子标记数量的限制,带动作物科学研究全面进入基因组时代,大量代表性品种、种质资源完成了重测序工作,数以百万甚至千万计的SNP标记,全基因... 2010年前后,随着各大作物模式品种基因组测序的完成,拟南芥、水稻、玉米等的重测序研究,突破了分子标记数量的限制,带动作物科学研究全面进入基因组时代,大量代表性品种、种质资源完成了重测序工作,数以百万甚至千万计的SNP标记,全基因组关联分析(GWAS,genome-wide association study)广泛应用于遗传资源研究,使近10年成为种质资源研究的黄金期,通过GWAS解析一些复杂重要农艺性状的遗传基础,成为Cell、Nature和Science及其子刊这一时期的主要内容,推动种质资源学迈入一个崭新时代。20世纪,遗传育种学的发展和完善推动了种质资源学科的萌芽和初步形成,而21世纪基因组学的发展和广泛应用,逐步形成了种质资源学推动育种学发展的新局面,一些长期困扰育种家的问题,通过GWAS分析得到了重要启示或答案(如番茄的驯化、育种史,品质与产量矛盾问题,小麦骨干亲本等)。而泛基因组研究的迅速发展,突破了单一参考基因组的局限性,使我们认识到品种间基因组结构变异的普遍性,为深度解析重大品种、骨干亲本的形成及突破性资源的创制提供了更加宽广的视野。巢式关联作图群体(NAM,nested association mapping)、多亲本互交群体(MAGIC,multi-parent advanced generation intercross)及以此为基础衍生的构建多亲本遗传群体的思路和实践,使研究群体的遗传背景水平达到同期育种要求,不仅加快了基因的精细定位,并为组装育种提供了平台,推动着种质资源学、基因组学和育种学的融合与互动,开启了以基因组信息为支撑的基因资源和分子设计育种新时代,也预示着大学科融合与调整时代的到来。 展开更多
关键词 种质资源 基因组学 基因发掘 作物育种
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基于宏基因组学的霍氏肠杆菌发酵解析及其烟叶品质提升机制研究 被引量:2
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作者 王文婷 宋凯 +5 位作者 杨晨 臧志鹏 王祯 陈梦月 刘晨 翟玉俊 《轻工学报》 北大核心 2023年第1期79-89,共11页
利用宏基因组学技术分析霍氏肠杆菌F8-1(Enterobacter hormaechei F8-1)发酵烟叶期间表面微生物的动态变化,结合烟叶中性香味成分分析及感官分析,探究霍氏肠杆菌F8-1提升发酵烟叶品质的机制。结果表明:发酵后烟叶香气质提高、润甜感突... 利用宏基因组学技术分析霍氏肠杆菌F8-1(Enterobacter hormaechei F8-1)发酵烟叶期间表面微生物的动态变化,结合烟叶中性香味成分分析及感官分析,探究霍氏肠杆菌F8-1提升发酵烟叶品质的机制。结果表明:发酵后烟叶香气质提高、润甜感突出、杂气和刺激性降低;巨豆三烯酮、茄酮、(E)-β-大马酮和二氢大马酮含量较发酵前分别提高37.40%、59.87%、53.02%和46.61%;烟叶发酵过程中霍氏肠杆菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌为优势菌;糖苷水解酶类数量最多,占发酵期间烟叶表面微生物碳水化合物活性酶的78.3%;肠杆菌属的相对丰度与茄酮、巨豆三烯酮、(E)-β-大马酮、二氢大马酮等中性香味成分含量呈正相关,糖苷水解酶1(GH1)家族的相对丰度与茄酮、法尼基丙酮、巨豆三烯酮等含量呈正相关;GH1家族中的糖苷水解酶可能是烟叶发酵后感官品质提升的关键因素。 展开更多
关键词 基因组学 中性香味成分 霍氏肠杆菌F8-1 糖苷水解酶
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猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学分析 被引量:2
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作者 蒋增海 滕霖 +3 位作者 贺安文 刘言言 乐敏 何启盖 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期1199-1209,共11页
旨在探究鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学特征。采用Illumina NovaSeq 6000平台对91株河南省猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-分离菌进行全基因组测序,通过生物信息学分析,进行其血清型的预测、多位... 旨在探究鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学特征。采用Illumina NovaSeq 6000平台对91株河南省猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-分离菌进行全基因组测序,通过生物信息学分析,进行其血清型的预测、多位点序列的分型以及质粒类型、耐药基因和毒力基因分析。结果表明,在河南省猪产业链中沙门菌4,[5],12:i:-的流行率(1.58%,50/3173)已经超过鼠伤寒沙门菌的流行率(1.29%,41/3173);91株沙门菌的序列型分为ST34(71.42%,65/91)和ST19(28.57%,26/91);鼠伤寒沙门菌/ST34菌株和4,[5],12:i:-/ST34菌株都是IncHI2A_1、IncHI2_1和Col440I_1质粒的偏好宿主;沙门菌血清型4,[5],12:i:-携带率较高的耐药基因是blaTEM-1B_1(72%)、tet(B)_2(90%)、sul2_3(66%)、blaOXA-1_1(34%)等;相比鼠伤寒沙门菌菌株,沙门菌血清型4,[5],12:i:-菌株中质粒的携带率更高,且携带更多种类的耐药基因和毒力基因。本研究首次证实,河南省猪产业链中沙门菌血清型4,[5],12:i:-的流行已经超过鼠伤寒沙门菌,在一定程度上解释了该血清型在河南省病人中主要流行的原因。 展开更多
关键词 沙门菌血清型4 [5] 12:i:- 鼠伤寒沙门菌单相变种 猪产业链 基因组学 耐药基因 毒力基因
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芸薹属植物基因组学研究进展 被引量:2
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作者 李柱刚 崔崇士 +2 位作者 马荣才 曹鸣庆 王广金 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期30-34,共5页
芸薹属是十字花科植物300多个属中最为重要的一个属,是我国栽培面积最大的蔬菜作物。拟南芥和芸薹属在十字花科中两者的亲缘关系最近,通过它们之间的比较作图,两者之间的共线性被大量发现。模式植物拟南芥全基因组测序已经完成,这为芸... 芸薹属是十字花科植物300多个属中最为重要的一个属,是我国栽培面积最大的蔬菜作物。拟南芥和芸薹属在十字花科中两者的亲缘关系最近,通过它们之间的比较作图,两者之间的共线性被大量发现。模式植物拟南芥全基因组测序已经完成,这为芸薹属作物的基因组研究提供了便利条件。芸薹属作物的功能基因组学能够进一步明确不同发育时期基因的功能,为解释芸薹属的进化提供基因证据。就芸薹属植物在比较基因组学、功能基因组学最新进展,特别是芸薹属与模式植物拟南芥在基因组之间的相互关系进行了综述。 展开更多
关键词 芸薹属 拟南芥 基因组学 表达序列标签 植物基因组学 芸薹属作物 十字花科植物 功能基因组学 基因组测序 比较基因组学
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基因组学方法在植物抗逆性研究中的应用 被引量:8
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作者 贺超英 陈受宜 《生物工程进展》 CSCD 2001年第1期29-32,22,共5页
由于植物抗逆性遗传极其复杂 ,因而植物抗逆性能 (包括抗非生物胁迫如盐碱、干旱、低温等的能力和抗生物协迫如真菌、细菌、病毒和线虫的能力等 )的提高受到了极大限制。近年来 ,基因组学的兴起对我们全面理解植物抗逆性起着革命性作用... 由于植物抗逆性遗传极其复杂 ,因而植物抗逆性能 (包括抗非生物胁迫如盐碱、干旱、低温等的能力和抗生物协迫如真菌、细菌、病毒和线虫的能力等 )的提高受到了极大限制。近年来 ,基因组学的兴起对我们全面理解植物抗逆性起着革命性作用。结构基因组学将会使我们挖掘大量全新的抗逆基因 ,并能揭示各抗逆性基因的详细结构以及抗逆性遗传进化机理。功能基因组学将会阐明植物抗逆中的复杂的调控网络 ,揭示涉及抗逆蛋白的多样性。通过比较基因学的研究 ,可以把从模式植物上获得的抗逆遗传信息推广到基因组较复杂的植物上去。大规模的全新基因的发现及其在抗逆反应中的表达模式的研究和它们在抗逆应中作用的理解将会为利用遗传工程进行植物抗逆育种提供广阔的前景。 展开更多
关键词 植物抗逆性 基因组学 结构基因组学 功能基因组学 比较基因组学
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整合宏基因组学分析生猪养殖粪污发酵过程中耐药基因的动态变化
15
作者 赵素君 曹冶 +4 位作者 李江凌 张金灵 刘锐 王秋实 于吉锋 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期655-664,共10页
【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料,进行有氧堆肥处理,在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天,进行上、中、下分层多点采样,提取总DNA构建文库,经定量和检测合格后,进行宏基因组测... 【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料,进行有氧堆肥处理,在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天,进行上、中、下分层多点采样,提取总DNA构建文库,经定量和检测合格后,进行宏基因组测序分析。通过宏基因组学方法对堆肥过程中耐药基因的动态变化进行分析。【结果】堆肥期间共发现613个耐药基因,分别对32类抗生素产生耐药。其中,丰度较高的抗生素分别为青霉烷类抗生素(Penam)、头孢菌素类抗生素(Cephalosporin)、氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside antibiotic)、磷霉素类抗生素(Fosfomycin)、糖肽类抗生素(Glycopeptide antibiotic)和四环素类抗生素(Tetracycline antibiotic),这与现实中常用的抗生素种类相吻合。分析发现耐药基因的消减出现2个峰值,第一个峰值出现在试验起始时,在第4天迅速下降,然后在第12天(对照组)和第8天(实验组)达到第二个峰值,随着细菌的自然凋亡,耐药基因的丰度又下降到低值,慢慢消减下去。【结论】在堆肥过程中,生猪养殖粪污中耐药基因丰度呈现波动式消减。 展开更多
关键词 基因组学 粪污 发酵 耐药基因
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整合宏基因组学分析生猪养殖粪污堆肥发酵过程中微生物群落动态变化
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作者 赵素君 曹冶 +4 位作者 李江凌 张金灵 刘锐 王秋实 于吉锋 《动物医学进展》 北大核心 2023年第6期84-90,共7页
以猪粪和菌渣为发酵原料,进行有氧堆肥处理,在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天,进行上、中、下分层多点采样,提取总DNA构建文库,经定量和检测合格后,利用宏基因组测序分析堆肥过程中微生物区系变化与致病微生物动态变化。结果表明,堆... 以猪粪和菌渣为发酵原料,进行有氧堆肥处理,在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天,进行上、中、下分层多点采样,提取总DNA构建文库,经定量和检测合格后,利用宏基因组测序分析堆肥过程中微生物区系变化与致病微生物动态变化。结果表明,堆肥期间微生物丰度发生明显变化,其中细菌丰度先升后降,病毒丰度变化平稳,真菌丰度稍有增长,古细菌丰度则稍有下降。在堆肥初始时,变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等微生物群落为优势菌门;变形菌门在堆肥的第4天迅速达到高点,然后迅速下降并维持在原始水平,其中试验组的变化比对照组更为平稳;厚壁菌门在堆肥的前4 d,丰度急速下降,然后缓慢下降;拟杆菌门在堆肥期间,丰度持续上升。同时,大肠埃希氏菌、沙眼衣原体、肠道沙门氏菌、化脓性链球菌、停乳链球菌等强致病微生物,随着堆肥的进行,其丰度均逐渐下降。试验组和对照组的菌群结构和丰度变化趋势均无显著差异。 展开更多
关键词 基因组学 微生物群落 粪污 堆肥发酵
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2001—2020年湿疹基因组学的研究状况和热点趋势分析
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作者 来丽霞 陈瑛 +2 位作者 王晏美 白彦萍 魏莹 《中国临床保健杂志》 CAS 2023年第3期412-418,共7页
目的分析20年来研究的热点问题和其发展历程,总结概括其发展状况并对该领域未来的发展进行一定预测。方法以Web of Science和中国知网上2001年至2020年这20年世界各地发表的与湿疹的基因组学相关的文献为基础,对这些文章进行更深一步的... 目的分析20年来研究的热点问题和其发展历程,总结概括其发展状况并对该领域未来的发展进行一定预测。方法以Web of Science和中国知网上2001年至2020年这20年世界各地发表的与湿疹的基因组学相关的文献为基础,对这些文章进行更深一步的归类、整理。选择使用针对文献的分析软件Citespace对20年来Web of Science核心合集数据库发表的与湿疹基因组学相关的文献的发文国家、发文机构、发文作者、纳文期刊、文献共被词等数项领域进行数据统计以及可视化建模,以可视化图片和数据表格的形式记录各项要点并对结果进行整合分析。结果通过筛选,本次研究共纳入529篇与湿疹基因组学相关的文献。该种文献每年的发文量总体上呈现波动上升的趋势。其20年来的研究热点主要集中在发现新的易感基因和风险位点上,并且正处于不断完善的过程中,目前湿疹基因组学的研究主要向着在基因组不断健全的基础上找到致病因素,治疗和预防疾病上靠拢。结论虽然经历了20多年的发展,但湿疹基因组学的研究仍有许多新的内容与研究方向尚待开发。该研究对目前湿疹基因组学的发展状况做出总结,对后续的研究也起到一定的指导作用。 展开更多
关键词 湿疹 基因组学 META分析 数据可视化
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畜牧兽医基因组学领域技术空白中外对比研究
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作者 吴蕾 李小杰 +2 位作者 丁倩 孙巍 周正奎 《农业图书情报学报》 2023年第8期88-97,共10页
[目的 /意义]为了挖掘中国在农业重点领域的技术空白,并预测空白点的未来发展趋势,为科技管理决策者提供有效的科技发展技术机会咨询建议。[方法 /过程]首先,使用关键句嵌入方法和句向量聚类方法,对论文和专利的摘要信息进行挖掘;然后... [目的 /意义]为了挖掘中国在农业重点领域的技术空白,并预测空白点的未来发展趋势,为科技管理决策者提供有效的科技发展技术机会咨询建议。[方法 /过程]首先,使用关键句嵌入方法和句向量聚类方法,对论文和专利的摘要信息进行挖掘;然后进行主题聚类对比分析,发现技术空白;其次,构建语义相似性网络和分类相似性网络,发现容易与空白点形成交叉融合的主题方向。[结果 /结论]在畜牧兽医领域对基因组学技术进行了实证分析。结果表明,该方法能够发现技术空白,并结合专家分析,可以对畜牧兽医领域基因组学技术进行发展现状解读和未来趋势预测,并为中国畜牧兽医领域基因组学技术智库咨询提供方法和数据支撑。 展开更多
关键词 技术空白发现 关键句抽取 句向量聚类 基因组学 知识产权
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基于基因组学CRKP的RND外排泵分布及生物膜研究
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作者 曹敬荣 魏思雨 +3 位作者 杨文硕 陈典典 王岩 李颖 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第23期2835-2841,共7页
目的探讨耐药结节细胞分化(RND)外排泵在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)中的分布情况及与生物膜形成的作用。方法收集该院临床分离的CRKP菌株,采用Whonet5.6软件分析其标本来源、科室分布等;采用生物膜形成试验观察不同培养时间生物膜... 目的探讨耐药结节细胞分化(RND)外排泵在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)中的分布情况及与生物膜形成的作用。方法收集该院临床分离的CRKP菌株,采用Whonet5.6软件分析其标本来源、科室分布等;采用生物膜形成试验观察不同培养时间生物膜形成情况;采用二代测序数据分析RND外排泵基因、耐药基因、分子分型等;采用PCR扩增RND外排泵基因。结果63株CRKP中87.3%来源于痰液,77.5%分离自重症监护室(ICU)。二代测序显示,多数菌株携带10余种耐药基因,55.6%菌株耐药基因与表型匹配;携带RND外排泵基因的61株菌株中,PCR扩增阳性23株(37.7%),荚膜血清型主要为KL64(95.7%);PCR扩增阴性38株(62.3%),荚膜血清型较分散,包括KL64(77.5%)、KL47(10.0%)、K50(7.5%)和K20(5.0%)这4种;24 h生物膜阳性31株(49.2%),36 h生物膜阳性48株(76.2%);RND阳性与阴性菌株的生物膜形成能力差异无统计学意义(P>0.05)。结论CRKP主要分离自ICU老年患者,多数菌株存在RND外排泵基因但未表达,与生物膜形成无明显相关,其在多重耐药中的作用有待进一步探讨。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 外排泵 基因组学 生物膜 耐药机制
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药学专业全英文课程思政建设的思考——以药物基因组学和精准治疗课程为例
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作者 陆晓燕 沈丽娟 +2 位作者 朱卡林 张翔南 范骁辉 《中国高等医学教育》 2023年第7期3-4,共2页
全英文药学专业课程体系构建是加快“双一流”建设,培养高层次、国际化、创新型药学人才的重要举措。但是,课程思政建设是其薄弱环节。从药学专业全英文课程思政建设面临的问题切入,以全英文专业课程药物基因组学和精准治疗为例,介绍了... 全英文药学专业课程体系构建是加快“双一流”建设,培养高层次、国际化、创新型药学人才的重要举措。但是,课程思政建设是其薄弱环节。从药学专业全英文课程思政建设面临的问题切入,以全英文专业课程药物基因组学和精准治疗为例,介绍了课程思政建设的目标、优化策略,分析了实施效果,提出了展望。 展开更多
关键词 课程思政 专业全英文课程 药物基因组学 精准治疗
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