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互作蛋白质与复合物亚基的基因表达相关性比较分析 被引量:1
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作者 王磊 郭政 +4 位作者 李霞 屠康 喻辉 李雪森 王辰光 《生物信息学》 2004年第4期1-4,29,共5页
利用在多种应激条件下酵母的基因表达谱数据 ,分别计算互作蛋白质及复合物亚基编码基因的表达相关性。结果发现 ,相对于随机对照组 ,互作蛋白质的编码基因与蛋白质复合物的编码基因表达相关性均显著 (P <0 .0 1) ,即互作蛋白质及复... 利用在多种应激条件下酵母的基因表达谱数据 ,分别计算互作蛋白质及复合物亚基编码基因的表达相关性。结果发现 ,相对于随机对照组 ,互作蛋白质的编码基因与蛋白质复合物的编码基因表达相关性均显著 (P <0 .0 1) ,即互作蛋白质及复合物亚基有共表达的倾向。通过比较 ,进一步发现蛋白质复合物亚基的基因表达相关性显著高于互作蛋白质的基因表达相关性 (P <0 .0 1) ,这与复合物亚基之间功能联系强于定义不甚确切的互作蛋白之间功能联系现象吻合。 展开更多
关键词 蛋白质互作 蛋白质复合物 基因表达相关性
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神经母细胞瘤中酪氨酸激酶受体和血管内皮生长因子基因表达相关性的研究
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作者 张继红 郑迎春 +4 位作者 马瑀 王韫秀 张君严 佟海侠 张锦华 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期113-117,共5页
目的探讨神经母细胞瘤(NB)中酪氨酸激酶受体(TrkA,TrkB)和血管内皮生长因子(VEGF)的基因表达相关性及临床意义。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法半定量检测51例NB肿瘤中TrkA,TrkB及VEGFmRNA的表达。结果TrkA的表达在低分期组明显... 目的探讨神经母细胞瘤(NB)中酪氨酸激酶受体(TrkA,TrkB)和血管内皮生长因子(VEGF)的基因表达相关性及临床意义。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法半定量检测51例NB肿瘤中TrkA,TrkB及VEGFmRNA的表达。结果TrkA的表达在低分期组明显大于高分期组(P<0.01),而VEGF的表达在低分期组明显小于高分期组(P<0.05),它们的表达水平呈明显负相关(r=-0.437,P<0.01),并与患者2年存活率之间具有明显的相关性(P<0.01);TrkB的表达在高分期组均明显大于低分期组(P<0.01),与VEGF的表达存在正的直线相关关系(r=0.342,P<0.05),也与患者2年存活率之间具有明显的相关性(P<0.01)。结论TrkA基因在预后较好的NB瘤中表达量高,TrkB与VEGF基因在预后差的NB瘤中表达量高;TrkA与VEGF基因表达成负相关,TrkB与VEGF基因表达成正相关。TrkA,TrkB与VEGF这3种基因的表达及其相关性对NB肿瘤的分期和预后评估具有重要的临床意义。 展开更多
关键词 神经母细胞瘤 酪氨酸激酶受体 血管内皮生长因子 基因表达相关性
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基于扩展起始节点和加权融合策略预测肺癌风险致病基因 被引量:3
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作者 王一斌 程咏梅 张绍武 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第2期176-186,共11页
肺癌风险致病基因预测有助于了解疾病发病机制、提高临床治疗效果.目前,以重启游走为框架的风险致病基因预测算法,普遍存在起始节点少、节点转移概率相同、信息源单一的问题.为此,本文提出一种基于扩展起始节点和加权融合策略的风险致... 肺癌风险致病基因预测有助于了解疾病发病机制、提高临床治疗效果.目前,以重启游走为框架的风险致病基因预测算法,普遍存在起始节点少、节点转移概率相同、信息源单一的问题.为此,本文提出一种基于扩展起始节点和加权融合策略的风险致病基因预测算法(命名为AFMFSC),并在肺癌中验证算法有效性.首先,基于增广模糊测量思想,计算疾病表型近似基因间的增广功能相似得分,从中选出重要基因与致病基因作为扩展起始节点;其次,采用节点拓扑相似度转移矩阵及基因表达差异相关性转移矩阵,分别在蛋白质网络中重启随机游走,并将两种结果加权融合排序;最后,通过富集分析排名靠前基因,得到有显著意义的风险致病基因.AFMFSC算法预测的73个肺癌风险致病基因,均与肺癌发生、发展有密切联系,生物学意义显著.与其他排序算法相比,AFMFSC算法的Top 1%、Top 5%和AUC值比较大,平均排名和受拓扑特性偏差影响程度小;融合策略排名性能优于单一转移矩阵或普通邻接矩阵游走排名.AFMFSC算法不仅能准确有效地预测肺癌风险致病基因,而且可推广预测其他疾病风险致病基因,为探索癌症致病机理提供新视角及依据. 展开更多
关键词 风险致病基因 扩展起始节点 拓扑相似度转移矩阵 基因表达差异相关性转移矩阵 重启随机游走
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Expression of Livin in tissues of lung cancer and its correlation with the expression of caspase-3 被引量:3
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作者 Hongru Li Yusheng Chen +2 位作者 Gang Chen Baosong Xie Lifang Lin 《The Chinese-German Journal of Clinical Oncology》 CAS 2008年第7期383-386,共4页
Objective: To study the expressions of two isoforms of Livin in tissues of lung cancer and their relations to histological types and chemotherapy, and to study their correlations to the expression of caspase-3 as wel... Objective: To study the expressions of two isoforms of Livin in tissues of lung cancer and their relations to histological types and chemotherapy, and to study their correlations to the expression of caspase-3 as well. Methods: Expressions of Livin isoforms a, 13 and caspase-3 were detected by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay in lung cancer tissues as well as in controls. Results: Livin isoforms a and ~ were expressed in 12 of 27, and 19 of 27 lung cancer tissues respectively, much more than those in lung para-cancereus [both were (0/6)] or benign disease lung tissues (0/12, 1/12; P 〈 0.01 and P 〈 0.01 ). Moreover, they were detected in 7/14, 9/14 lung adenocarcinomas and 4/12, 9/12 squamocallular and large call carcinomas, respectively, and both showed expressions in one small cell carcinoma. The levels of these two isoforms in lung cancer were significantly higher than those in controls by Gel imaging system (P 〈 0.05 and P 〈 0.05), the former was higher in adenocarcinoma than that in squamocellular carcinoma (P 〈 0.05), while the latter was the same in both (P 〉 0.05). Meanwhile, the levels of caspase-3 in lung cancer were significantly lower than those in controls, and it was suggested to be negatively associated with either each of two isoforms or their sum (P 〈 0.05, P 〈 0.01 and P 〈 0.01). Two isoforms of Livin expression seemed to increase'after chemotherapy but not related to clinical stages (P 〉 0.05). Conclusion: Two isoforms of Livin are differently expressed in different histological types of lung cancer and may contribute to corresponding cancerous development; the levels of Livin are negatively associated with those of caspase-3, this may be due to the fact that Livin could resist against apoptosis; high expression of Livin seems to be related to chemotherapy but not clinical stages. 展开更多
关键词 inhibitor of apoptosis protein LIVIN lung neoplasm gene expression
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