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甘蓝型油菜开花期的QTL定位及候选基因鉴定
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作者 赵卫国 塔娜 +5 位作者 张立坚 李保军 赵小萍 尚丽平 王灏 穆建新 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1888-1900,共13页
为了解析油菜开花期性状的遗传机制,利用KN DH群体在冬性、半冬性和春性环境的开花期表型和KN高密度遗传连锁图谱,通过Wincart 2.5软件的符合区间作图法对油菜开花期性状进行QTL定位及候选基因鉴定。结果显示,共鉴定到119个开花期QTL,单... 为了解析油菜开花期性状的遗传机制,利用KN DH群体在冬性、半冬性和春性环境的开花期表型和KN高密度遗传连锁图谱,通过Wincart 2.5软件的符合区间作图法对油菜开花期性状进行QTL定位及候选基因鉴定。结果显示,共鉴定到119个开花期QTL,单个QTL解释表型变异最大是qFT-13DL16-4(25.96%),最小的是qFT-13ZY2-1(2.48%)。利用元分析的方法将初步鉴定的QTL整合为consensus QTL,共获得26个环境稳定表达QTL,包括7个开花期主效QTL。如cqFT-A2-3、cqFT-A2-4在春性环境稳定表达,cqFT-C6-4、cqFT-C6-7、cqFT-C6-12、cqFT-C6-13在冬性和半冬性环境稳定表达,cqFT-C6-14在冬性环境稳定表达QTL。主效QTL置信区间共鉴定到15个与成花诱导相关的候选基因,如 BnaA02g12260D(RGA1)、 BnaA02g15390D(AGL12)、 BnaA02g16710D(LKP2)和 BnaC06g19930D(NUA)等,这些候选基因主要涉及赤霉素、光周期、生物钟、春化作用响应和花发育等功能。可见,油菜开花期主效QTL及其候选基因的鉴定为开花期基因的精细定位和图位克隆奠定基础,也为培育早熟、高产油菜品种提供指导。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 双单倍体株系 开花期性状 QTL定位 候选基因鉴定
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二化螟味觉受体基因鉴定、克隆与表达模式分析
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作者 黄玉萱 沈忱 +3 位作者 鞠佳菲 杨磊 罗光华 方继朝 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第13期2504-2517,共14页
【背景】二化螟(Chilo suppressalis)是我国水稻上的重要害虫之一,味觉受体(gustatory receptor,GR)基因在昆虫取食、产卵等过程中发挥重要作用。【目的】基于组学数据鉴定并克隆二化螟GR基因序列,明确其在不同发育阶段和成虫不同组织... 【背景】二化螟(Chilo suppressalis)是我国水稻上的重要害虫之一,味觉受体(gustatory receptor,GR)基因在昆虫取食、产卵等过程中发挥重要作用。【目的】基于组学数据鉴定并克隆二化螟GR基因序列,明确其在不同发育阶段和成虫不同组织中的表达特性,为后续深入研究二化螟GR基因的功能打下基础。【方法】结合二化螟转录组数据和其他昆虫的GR基因序列,通过多重序列比对,鉴定二化螟GR基因。利用RT-PCR方法克隆获得二化螟GR基因的完整开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,运用生物信息学分析工具对二化螟GR基因编码的氨基酸序列进行分子生物学特征、结构域等分析;基于最大似然法构建二化螟GR基因蛋白序列与其他昆虫GR基因的系统进化树;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法分析GR基因在二化螟不同发育阶段(1—6龄幼虫和雌、雄成虫)和成虫不同组织(雌、雄成虫的触角、头、翅、腹、足)中的表达模式。【结果】鉴定并克隆得到5个二化螟GR基因,分别命名为CsupGR1—5,ORF长度为1122—1428 bp,编码氨基酸序列长度为373—475 aa,其中CsupGR2、CsupGR4、CsupGR5具有7个跨膜结构域,CsupGR1、CsupGR3具有8个跨膜结构域。系统进化分析显示,CsupGR1、CsupGR2与黑腹果蝇DmelGR63a及小菜蛾PxylGR7、PxylGR8亲缘关系较近,属于CO_(2)受体家族;CsupGR3与黑腹果蝇DmelGR43a及家蚕BmorGR9、BmorGR10亲缘关系较近,属于果糖/肌醇受体家族;CsupGR4、CsupGR5与黑腹果蝇DmelGR64及家蚕BmorGR5—8亲缘关系较近,属于糖受体家族。发育期表达谱分析表明,二化螟5个GR基因在不同发育时期均有表达,其中CsupGR1、CsupGR4均在雄成虫中高表达,CsupGR2在1龄幼虫和雄成虫中表达量最高,CsupGR3在成虫中高表达,CsupGR5在4龄幼虫中表达量最高;组织表达谱分析表明,5个GR基因在雌、雄成虫的各组织均有表达,其中CsupGR1、CsupGR5在成虫头部表达量高,CsupGR2—4在成虫触角部位高表达。【结论】鉴定克隆的5个二化螟GR基因均具有昆虫味觉受体基因的典型特征,且在成虫触角或头部高表达,推测这5个基因可能与二化螟识别和适应寄主植物有关。 展开更多
关键词 二化螟 味觉受体 基因鉴定 序列分析 表达谱
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陆地棉TCP家族基因鉴定及组织表达分析
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作者 胡文冉 赵准 +1 位作者 邵武奎 黄全生 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2627-2637,共11页
【目的】鉴定、分析陆地棉TCP家族基因,为进一步研究TCP基因在棉花植株内的生物学功能奠定基础。【方法】基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过Pfam网站获取TCP家族HMM模型文件,使用HMMER网站鉴定陆地棉TCP基因,CottonFGD网... 【目的】鉴定、分析陆地棉TCP家族基因,为进一步研究TCP基因在棉花植株内的生物学功能奠定基础。【方法】基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过Pfam网站获取TCP家族HMM模型文件,使用HMMER网站鉴定陆地棉TCP基因,CottonFGD网站获取陆地棉TCP基因组蛋白序列。利用MapInspect进行染色体定位、MEGA 7.0进行多序列比对聚类分析、MEME网站motif预测、TBtools软件鉴定基因结构以及陆地棉TCP基因组织特异性表达分析。【结果】共鉴定出63个陆地棉TCP基因,其中39个Class I亚族,24个ClassⅡ亚族;ClassⅡ亚族中包括17个CIN亚类,7个CYC/TB1亚类。染色体定位发现该63个TCP基因在陆地棉22条染色体上均有分布,其中A组染色体上分布有33个基因、D组上分布有30个基因。所有TCP蛋白均包含TCP结构域。TCP基因外显子、内含子结构及长度在同一亚家族内具有相似性。TCP家族基因中有12个基因在陆地棉纤维中优势表达,32个基因在花器官中优势表达,16个基因在营养器官:根、茎和叶中优势表达。【结论】获得了与陆地棉生长发育相关的TCP基因。 展开更多
关键词 陆地棉 TCP基因 基因家族鉴定 生物信息学 特异性表达
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鸭梨DHN3基因鉴定及在果心褐变中的表达分析
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作者 寇晓敏 李庆秀 +4 位作者 李玲 张陈云 闫师杰 梁丽雅 邓冰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第12期124-131,共8页
为探究脱水素(dehydrin,DHN)蛋白与晚采鸭梨(Pyrus bretschneideri Rehd.)果心褐变之间的关系,基于生物信息学方法对鸭梨PbDHN3基因进行鉴定和特性分析,并分析急速降温和缓慢降温条件下晚采鸭梨果心褐变发生过程中PbDHN3基因的表达模式... 为探究脱水素(dehydrin,DHN)蛋白与晚采鸭梨(Pyrus bretschneideri Rehd.)果心褐变之间的关系,基于生物信息学方法对鸭梨PbDHN3基因进行鉴定和特性分析,并分析急速降温和缓慢降温条件下晚采鸭梨果心褐变发生过程中PbDHN3基因的表达模式。结果表明,PbDHN3开放阅读框564 bp,编码187个氨基酸,且具有DHN的Dehydrin superfamily保守结构域,含有2个Y片段、1个S片段、3个K片段,属于Y_(2)SK_(3)型DHN。生物信息学分析表明Pb DHN3分子质量19.77 kDa,等电点7.98,为亲水性稳定蛋白;二级结构包含α-螺旋、无规卷曲、延伸链和β-转角,且定位于细胞核,不含信号肽与跨膜结构,为非分泌蛋白。同源性分析结果表明Pb DHN3与苹果等5种植物的DHN相似性达到89.74%以上,系统发育分析显示Pb DHN3和P. ussuriensis×P. communis的DHN亲缘关系最近。启动子分析结果表明PbDHN3含有基本启动子元件和其他顺式作用元件,与陆地棉GhDHN1及小麦TaDHN2启动子区预测结果一致,都包含激素响应元件、光响应元件等。实时聚合酶链式反应分析结果表明,急速降温条件下鸭梨果心部位DHN3基因在褐变过程中呈显著上调表达,与果心褐变紧密相关,为进一步探究该基因的功能,明确鸭梨果心褐变发生机制提供理论依据。 展开更多
关键词 鸭梨 褐变 脱水素 基因鉴定 生物信息学分析
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苹果PIN家族基因鉴定及在不定根形成中的表达分析
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作者 方森 宋雪莲 +6 位作者 韩轩轩 宋春晖 焦健 王苗苗 宋尚伟 郑先波 白团辉 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1789-1799,共11页
【目的】探究苹果PIN全基因组特征及在不定根形成过程中的表达分析,以便更深入地了解其结构特点与潜在功能,为研究不定根形成的分子机制奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和HMMER对苹果PIN基因家族成员进行鉴定并编号,用MEGA、... 【目的】探究苹果PIN全基因组特征及在不定根形成过程中的表达分析,以便更深入地了解其结构特点与潜在功能,为研究不定根形成的分子机制奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和HMMER对苹果PIN基因家族成员进行鉴定并编号,用MEGA、TBtools和MEME等生物信息学软件对其家族成员的基因定位、系统进化关系、基因结构、保守motif基序和蛋白保守结构域等进行分析,并采用qRT-PCR方法对PIN基因家族成员在不定根形成中的表达模式进行分析。【结果】苹果PIN基因家族有13个成员,分布于基因组8条染色体上,氨基酸数目在357~660个之间,蛋白质分子质量为38.84~71.61 ku,等电点在6.93~9.35之间。启动子作用元件分析表明,13个PIN启动子上含有响应激素、生长发育和逆境相关的顺式作用元件,其中有8个PIN基因含有生长素响应作用元件,暗示他们可能参与生长素调控不定根形成。转录组分析显示,13个PIN家族成员中,有6个基因(MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6、MdPIN7、Md-PIN11和MdPIN12)在吲哚丁酸(IBA)处理下表达上调。进一步通过qRT-PCR分析,发现MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6和MdPIN11在IBA处理下都有明显上升趋势,其中MdPIN4表达量变化最大。【结论】通过对苹果全基因组进行分析,共鉴定到13个PIN基因,分布在8条染色体上,通过转录组和qRT-PCR分析,推测MdPIN4可能在调控苹果砧木不定根形成中起着重要作用。 展开更多
关键词 苹果 PIN 基因鉴定 不定根形成 基因表达分析
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水稻穗退化突变体spd11的遗传分析及候选基因鉴定 被引量:5
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作者 钟萍 陈璞睿 +7 位作者 王迁 肖富良 张宽 马芙蓉 黄美菱 王平荣 邓晓建 孙昌辉 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1835-1843,共9页
【目的】对水稻穗退化突变体spd11进行遗传分析及候选基因鉴定,以便了解水稻穗发育的调控机制。【方法】用化学诱变剂甲基磺酸乙酯(EMS)处理粳稻品种中花11的直立密穗突变体dep2,从突变体库中筛选到一份穗退化突变体spd11。观察该突... 【目的】对水稻穗退化突变体spd11进行遗传分析及候选基因鉴定,以便了解水稻穗发育的调控机制。【方法】用化学诱变剂甲基磺酸乙酯(EMS)处理粳稻品种中花11的直立密穗突变体dep2,从突变体库中筛选到一份穗退化突变体spd11。观察该突变体表型,并调查其主要农艺性状。由于突变体不能结实,将可分离出spd11突变植株的株系分单株收种、种植,并对后代株系的分离情况进行调查统计,分析该突变性状的遗传行为。将spd11杂合植株与冈46B杂交的F2后代作为定位群体,对spd11突变体进行基因定位,遴选候选基因并进行DNA测序验证;同时,对不同物种中spd11候选基因的同源基因所编码蛋白进行进化树和序列比对分析。【结果】与其对照亲本相比,spd11植株剑叶长度增加23%;穗部一次枝梗明显缩短,且一次枝梗数量减少58%。小穗几乎完全退化为白色絮状物,偶尔可见个别退化不完全的颖花着生,且该颖花仅由一个完全闭合的颖壳组成,不能正常结实。除此以外,spd11的分蘖数及剑叶宽等农艺性状无显著差异。遗传分析表明,在可分离出spd11突变株的后代中,一部分株系无分离,全部植株均为正常株,而另一部分株系有突变株分离,并且正常植株与突变植株分离明显,分离比例经卡方(χ^2)测验符合3﹕1,表明spd11的突变性状由一对隐性核基因控制。利用分子标记将该突变基因定位于第1染色体长臂2个In/Del标记ch1-2295和ch1-2299之间约43.2 kb的区域内,遗传距离分别为0.23 cM和0.46 cM,该区间内共有8个预测基因。测序分析发现,spd11突变体中OsLOG编码区第116位碱基G突变为碱基A,造成编码蛋白的第39位半胱氨酸(C)突变为酪氨酸(Y)。同源蛋白比对和系统进化分析表明LOG蛋白在不同物种中都是高度保守的,并且spd11的突变发生在非常保守的氨基酸上。对已报道的多个log等位突变体的突变位点和突变表型严重程度的比对分析表明,spd11突变位点可能处于OsLOG蛋白功能的关键位点。【结论】SPD11可能是细胞分裂素激活酶基因OsLOG的等位基因,spd11在OsLOG外显子上一个关键位点发生了突变,导致OSLOG蛋白功能受损,使细胞分裂素的活化进程受阻,从而产生了穗退化的突变表型。 展开更多
关键词 水稻 穗退化突变体 遗传分析 候选基因鉴定 OsLOG
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信号肽生物信息学分析在Neurospora crassa phyA基因鉴定中的应用 被引量:9
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作者 孙平楠 周小玲 王正祥 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1098-1101,共4页
目的对Neurospora crassa基因组中与黑曲霉phyA具有46.85%相似性的EAA33149.1蛋白基因进行鉴定并确定其功能。方法利用信号肽预测软件SignalP 3.0 Server,真核蛋白序列中精氨酸和赖氨酸前导肽切割位点以及信号肽切割位点预测软件ProP 1.... 目的对Neurospora crassa基因组中与黑曲霉phyA具有46.85%相似性的EAA33149.1蛋白基因进行鉴定并确定其功能。方法利用信号肽预测软件SignalP 3.0 Server,真核蛋白序列中精氨酸和赖氨酸前导肽切割位点以及信号肽切割位点预测软件ProP 1.0 server,跨膜结构域预测软件Tmpred和TMHMM Server v.2.0,GP I锚定位点预测软件big-P I Predictor以及亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01对EAA33149.1蛋白基因进行预测分析,根据分析结果将该基因克隆到酿酒酵母中表达。结果确定了该蛋白的信号肽、信号肽切割位点以及分泌途径。重组酿酒酵母表达的54000重组蛋白,显示了植酸酶活性。结论初步确定该蛋白基因为N.crassa phyA基因。 展开更多
关键词 信号肽 生物信息学分析 基因鉴定
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中国李、杏S基因鉴定及其在远缘杂交中的应用(Ⅲ)——中国李、杏40个地方品种S基因型的确定 被引量:3
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作者 乌云塔娜 杜红岩 +1 位作者 李洪果 杨绍彬 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期78-84,共7页
用蔷薇科S基因4对引物对40个李、杏地方品种的S基因进行PCR扩增、测序确定了40个李、杏品种的S基因型。‘蜜李’、‘水晶李’、‘不祥李’的S基因型均为Sc/Se;‘空心李’、巴塘李’的S基因型均为S10/S11;‘绥棱红李’、‘早黄李’的S基... 用蔷薇科S基因4对引物对40个李、杏地方品种的S基因进行PCR扩增、测序确定了40个李、杏品种的S基因型。‘蜜李’、‘水晶李’、‘不祥李’的S基因型均为Sc/Se;‘空心李’、巴塘李’的S基因型均为S10/S11;‘绥棱红李’、‘早黄李’的S基因型均为S10/Sg;‘离核1号’、‘离核4号’的S基因型均为S11/Se。其他品种的S基因型如下:‘新疆1号’S17/S8、‘朱砂李’S11/S8、‘、‘平顶香’Sk/Se、‘大青稞’S10/S8、‘连平三花李’S10/S6、‘早李’S10/S15、‘李子梅’S10/S22、‘横道河子大红李’S17/S10、‘苹果李’S15/S16、‘紫云鸡血李’S17/S11、‘芙蓉李’Si/Se、‘早熟李’S9/S18、‘金沙李’S18/S10、‘大黄李’S10/Sg、‘秋红李’Sb/Sg、‘康什李’S10/Se、‘奉化李’S7/Sb、、‘灰子李’S17/S32、‘早熟红李砧’S18/S9、‘孔雀蛋实生’S10/S8、‘无名李’S17/S8、‘五香李’Sk/Se、‘奈曼晚熟’S22/S11、‘巴斗杏’S11/S26、‘黑叶杏’S8/S27、‘9803’S12/S3、‘金奎’S22/S17、‘五月李’S10/S8、‘晚熟黄李砧’S8/Sx。 展开更多
关键词 S基因 基因鉴定
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PCR衍生技术在刚地弓形虫基因鉴定和分型中的应用 被引量:3
9
作者 聂大平 尤英霞 +1 位作者 申丽洁 李伟 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期61-64,共4页
不同基因型刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)的致病力及对药物的敏感性等均存在较大的差异。运用PCR衍生技术对不同弓形虫株进行基因鉴定和分型,可为弓形虫病的临床诊断和治疗提供重要依据。本文就PCR衍生技术在弓形虫基因鉴定及分型中的... 不同基因型刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)的致病力及对药物的敏感性等均存在较大的差异。运用PCR衍生技术对不同弓形虫株进行基因鉴定和分型,可为弓形虫病的临床诊断和治疗提供重要依据。本文就PCR衍生技术在弓形虫基因鉴定及分型中的应用进展作一综述。 展开更多
关键词 刚地弓形虫 PCR衍生技术 基因鉴定 基因分型
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石化污泥优势菌群的高通量分析及16S rRNA基因鉴定 被引量:2
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作者 张满效 杨轩 +4 位作者 张威 周茹宝 陈拓 刘光琇 高天鹏 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期242-247,共6页
针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%~10... 针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%~10.0%的有9个属(占28.99%).这11个属被确定为优势菌群.通过对污泥优势菌群的分离培养,依据16S r RNA基因鉴定该11属有22个种,并用16S r RNA基因序列比对建立了优势菌株系统发育树.该优势菌群能分解石化污水污泥中的工业污染物,并以此污染物为营养和能源,进行相对旺盛的生命活动,成为对石化污染水体进行生物修复的宝贵菌种资源. 展开更多
关键词 石化污泥 优势菌群 高通量分析 16S rRNA基因鉴定 生物修复
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cDNA-AFLP技术在植物耐盐基因鉴定上的应用 被引量:2
11
作者 胡淑英 张春红 +3 位作者 王小敏 黄涛 吴文龙 李维林 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期254-259,共6页
cDNA-AFLP技术是近年来广泛应用于植物基因分离与表达研究的mRNA指纹图谱技术,在分离植物特异性基因等生物技术研究中发挥了巨大作用。在植物耐盐基因鉴定方面,该技术的应用处于新兴初始阶段,但已取得了诸多成效。本文在概述植物耐盐响... cDNA-AFLP技术是近年来广泛应用于植物基因分离与表达研究的mRNA指纹图谱技术,在分离植物特异性基因等生物技术研究中发挥了巨大作用。在植物耐盐基因鉴定方面,该技术的应用处于新兴初始阶段,但已取得了诸多成效。本文在概述植物耐盐响应机制的基础上,着重对利用cDNA-AFLP技术鉴定的植物耐盐相关基因及其相应作用机制进行了阐述,并对其在植物耐盐分子生物学研究上的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 cDNA—AFLP 耐盐基因 基因鉴定
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水稻白叶枯病抗性基因鉴定进展及其利用 被引量:90
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作者 章琦 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期453-459,共7页
1982~1987年,日本热带农业研究中心(TARC)和国际水稻研究所(IRRI)合作采取统一研究方案,创建了国际水稻白叶枯病抗性鉴别系统.统一了命名,删去了重复(包括与Xa3相同的Xa4 b、Xa6和xa9).截至2005年6月,经国际注册确认和期刊报道的水稻... 1982~1987年,日本热带农业研究中心(TARC)和国际水稻研究所(IRRI)合作采取统一研究方案,创建了国际水稻白叶枯病抗性鉴别系统.统一了命名,删去了重复(包括与Xa3相同的Xa4 b、Xa6和xa9).截至2005年6月,经国际注册确认和期刊报道的水稻白叶枯病抗性基因共30个,其中Xa22(t)、Xa26(t)、xa26(t)、Xa27(t)、xa28(t)、Xa29(t)和3个Xa25(t)为暂定名基因,有待订正.在30个基因中,21个为显性基因(Xa),9个为隐性基因(xa);13个表现全生育期抗性,15个为成株期抗性,Xa21和Xa25(t)(O.minuta)两个基因在分蘖后期表达抗性.已被定位的抗性基因有17个,即第11染色体上有7个,Xa3、Xa4、Xa10、Xa21、Xa22(t)、Xa23和Xa26;第4染色体上有4个,Xa1、Xa2、Xa12和Xa14;第5染色体上有2个,xa5和xa13;第6染色体上有Xa7和Xa27;第12染色上有Xa25(t);第1染色体上有Xa29(t).包括Xa1、xa5、Xa21、Xa26五个基因已被克隆.并讨论了合理利用抗性基因等问题. 展开更多
关键词 水稻 白叶枯病 抗性 基因鉴定
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西方蜜蜂的基因注释信息优化及新基因鉴定 被引量:3
13
作者 郭睿 张璐 +3 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2018年第3期39-44,共6页
西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行转... 西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行转录本重构,进而与参考转录本序列进行比较,共对4 177个已公布西方蜜蜂基因的测序结果进行了优化,其中5′端延长、3′端延长、5′和3′端都延长的基因分别有2 383、2 392和2 384个。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出197个西方蜜蜂新基因,随机挑选20个新基因进行RT-PCR验证,有18对引物成功扩增出符合预期的目的片段。GO分类结果显示这些新基因涉及运输和代谢、能量代谢和信号分子和交互等21个GO terms。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示这些新基因富集于13个pathways,其中基因富集数最多的是细胞进程、单一有机体和结合。本研究为西方蜜蜂基因组信息提供了有益的补充和完善,也为新基因的功能研究打下了基础。 展开更多
关键词 西方蜜蜂 意大利蜜蜂 幼虫肠道 基因结构优化 基因鉴定
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短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)基因鉴定及畜血Hb降解技术 被引量:4
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作者 张滨 马美湖 万佳蓉 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期68-72,共5页
从多年被畜禽血液污染的土样中分离筛选出一株降解Hb能力强的自然菌株,并对其进行连续5代定向诱变。利用PCR扩增法和Neighbor-joining方法测定和分析了诱变菌种16S rD-NA序列,对筛选出的自然菌株及诱变菌株进行了鉴定,为短小芽孢杆菌(B.... 从多年被畜禽血液污染的土样中分离筛选出一株降解Hb能力强的自然菌株,并对其进行连续5代定向诱变。利用PCR扩增法和Neighbor-joining方法测定和分析了诱变菌种16S rD-NA序列,对筛选出的自然菌株及诱变菌株进行了鉴定,为短小芽孢杆菌(B.pumilus);二阶导数红外光谱法探测到其分子结构具有短小芽孢杆菌(B.pumilus)典型分子结构特征;SDS-PAGE凝胶电泳中发现短小芽孢杆菌(B.pumilus)产蛋白酶对Hb降解的断裂位点发生了变化。对Hb降解产物及产蛋白酶活力的测定结果表明:经连续5代诱变的短小芽孢杆菌(B.pumilus)对Hb降解能力比筛选出的自然菌株强,其蛋白酶活力比自然菌株提高了近3倍,Hb降解产物中的可溶性蛋白质质量分数、游离氨基酸质量浓度分别从3.69%、14.4 mg/dL提高到4.12%、24.6 mg/dL。 展开更多
关键词 短小芽孢杆菌 基因鉴定 血红蛋白(Hb) 蛋白酶 游离氨基酸
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343株致病性念珠菌的基因鉴定及药物敏感性检测 被引量:9
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作者 罗振华 王和 《山东医药》 CAS 2012年第27期33-36,共4页
目的了解本地区常见致病性念珠菌的基因类型及其药物敏感性。方法采用PCR及ATB FUNGUS3酵母菌样药敏试剂,检测临床分离的343株念珠菌的内部转录问题(ITS)和25 rDNAⅠ型内含子序列及其对常用抗真菌药物敏感性。结果 343株致病性念珠菌的... 目的了解本地区常见致病性念珠菌的基因类型及其药物敏感性。方法采用PCR及ATB FUNGUS3酵母菌样药敏试剂,检测临床分离的343株念珠菌的内部转录问题(ITS)和25 rDNAⅠ型内含子序列及其对常用抗真菌药物敏感性。结果 343株致病性念珠菌的ITS序列鉴定以白假丝酵母菌检出率最高(61.2%),其他依次分别为光滑假丝酵母菌(13.1%)和热带假丝酵母菌(8.4%);210株白假丝酵母菌25S rDNAⅠ型内含子基因鉴定为A型115株(54.8%)、B型58株(27.6%)和C型37株(17.6%),光滑假丝酵母菌与热带假丝酵母菌25S rDNA序列不存在Ⅰ型内含子;白假丝酵母菌的5-氟胞嘧啶(5-FC)和两性霉素B(AMB)敏感率大于90%,唑类药物敏感率在17.1%~23.9%且存在交叉耐药。结论本地区临床分离的致病性念珠菌以白假丝酵母菌及其基因A型最常见,检测ITS序列和25S rDNAⅠ型内含子序列有助于致病性念珠菌的快速鉴定;白假丝酵母菌对唑类药物的高耐药性以及交叉耐药性是造成真菌感染患者临床治疗困难的一个重要因素。 展开更多
关键词 药物敏感性检测 基因鉴定 念珠菌 致病性 抗真菌药物敏感性 白假丝酵母菌 热带假丝酵母菌 ITS序列
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一株汉坦病毒的分离及基因鉴定 被引量:1
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作者 李欣 董雪 +4 位作者 赵常智 王冰 李继耀 连英姿 李宙 《中国预防医学杂志》 CAS 2004年第6期443-445,共3页
目的分离汉坦病毒并采用分子生物学方法进行基因鉴定。方法组织细胞培养法和RT-PCR法。结果在黑线姬鼠体内分离出一株汉坦病毒,分别用HTN型和SEO型的特异引物对其进行基因扩增,同时以76-118株和L99株作对照,结果分离株经HTN型引物扩增... 目的分离汉坦病毒并采用分子生物学方法进行基因鉴定。方法组织细胞培养法和RT-PCR法。结果在黑线姬鼠体内分离出一株汉坦病毒,分别用HTN型和SEO型的特异引物对其进行基因扩增,同时以76-118株和L99株作对照,结果分离株经HTN型引物扩增出一条明亮带并同76-118株结果一致。结论分离株经基因鉴定为HTN型病毒。 展开更多
关键词 汉坦病毒 分离 基因鉴定 基因扩增 细胞培养 RT-PCR法
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淋球菌L型的诱导与基因鉴定 被引量:3
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作者 康沛萍 王和 陈峥宏 《贵州医药》 CAS 1999年第4期245-247,共3页
用非高渗透压培养基培养具有多重耐药性的淋球菌菌株,观察其在培养基内自发或在抗生素作用下L型的形成情况以及淋球菌稳定L型的基因鉴定方法,探讨淋球菌L型的形成条件、生物学特性以及与慢性淋病的关系及其病原学诊断的问题。结果表... 用非高渗透压培养基培养具有多重耐药性的淋球菌菌株,观察其在培养基内自发或在抗生素作用下L型的形成情况以及淋球菌稳定L型的基因鉴定方法,探讨淋球菌L型的形成条件、生物学特性以及与慢性淋病的关系及其病原学诊断的问题。结果表明,淋球菌的多重耐药性菌株在不含血清的非高渗透压液体培养基内能够良好生长,并且能够自发形成L型或在高浓度羧苄青霉素的作用下形成L型。淋球菌L型的形态高度不规则、体积巨大但能够通过0.22μm孔径的滤菌器。淋球菌的稳定L型不能自发返祖,以致难以采用常规细菌学方法进行鉴定。但这些稳定L型能够与淋球菌特异性聚合酶链反应(PCR),因此可用非高渗透压分离培养的方法分离淋球菌及其L型和基因诊断的方法对其进行菌种或菌型的特异性鉴定。 展开更多
关键词 淋球菌 细菌L型 聚合酶链反应 基因鉴定
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人Ⅰ型醇脱氢酶基因的克隆及其等位基因鉴定 被引量:1
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作者 曾凡才 陈勤 +2 位作者 李爱玲 何涛 李洪 《现代预防医学》 CAS 北大核心 2007年第15期2822-2825,共4页
[目的]克隆人Ⅰ型醇脱氢酶基因,并对所克隆序列进行鉴定。[方法]用RT-PCR法获得Ⅰ型醇脱氢酶基因的cDNA,然后用双酶切得到目的基因并定向克隆到pUC19载体上。经蓝白筛选后,用限制性酶谱和DNA测序以及BLAST比对分析,并结合Internet数据... [目的]克隆人Ⅰ型醇脱氢酶基因,并对所克隆序列进行鉴定。[方法]用RT-PCR法获得Ⅰ型醇脱氢酶基因的cDNA,然后用双酶切得到目的基因并定向克隆到pUC19载体上。经蓝白筛选后,用限制性酶谱和DNA测序以及BLAST比对分析,并结合Internet数据库和相关文献对基因进行鉴定。[结果]证实从一位病人癌旁正常肝组织中克隆的序列有人Ⅰ型醇脱氢酶基因的ADH1B*2、ADH1C*2和ADH1C*2,3个等位基因。[结论]用一对引物成功克隆了人Ⅰ型醇脱氢酶基因的3个等位基因,为进一步研究和利用Ⅰ型醇脱氢酶奠定了基础。 展开更多
关键词 醇脱氢酶 Ⅰ型醇脱氢酶基因 基因克隆 等位基因鉴定
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乳酸杆菌基因鉴定技术研究进展 被引量:2
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作者 姚纲 张健鹏 《国际检验医学杂志》 CAS 2014年第18期2504-2506,共3页
乳酸杆菌广泛分布于环境,是人体正常菌群,具有改善调节肠道菌群、增强机体免疫功能、降低血清胆固醇水平以及抑制肿瘤细胞形成等生理功能[1],被广泛地应用于食品、医药及化工等领域。如何对乳酸杆菌进行准确、规范地鉴定分类具有... 乳酸杆菌广泛分布于环境,是人体正常菌群,具有改善调节肠道菌群、增强机体免疫功能、降低血清胆固醇水平以及抑制肿瘤细胞形成等生理功能[1],被广泛地应用于食品、医药及化工等领域。如何对乳酸杆菌进行准确、规范地鉴定分类具有重要的意义。由于乳酸菌形态易受培养条件的影响,而且生理生化特征差异较小,故对于许多乳酸杆菌,仅凭形态、生理生化特征等表型特征并不能准确地鉴定。目前对细菌的鉴定已深入到基因型性状,一些新的分子标记技术相继被用于乳酸杆菌的基因鉴定,如多位点序列分析(M ultilocus sequence analysis , MLSA)、随机扩增多态性DNA(Randomly amplified polymor-phic DNA ,RAPD)、限制性片段长度多态性(Restriction frag-ment length polymorphism ,RFLP )、扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism ,AFLP)、变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis ,DGGE)及温度梯度凝胶电泳(Temperature gradient gel electrophoresis , TGGE)等。本文就乳酸杆菌基因鉴定技术的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 乳酸杆菌 基因鉴定 综述
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应用rrf(5s)-(23s)间隔区扩增子的RFLP对伯氏疏螺旋体的基因鉴定 被引量:6
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作者 王春生 隋达伟 +8 位作者 宁涛 万康林 益明珠 辛生 王哲坤 张国芳 陈得贵 葛延辉 王平 《中国卫生检验杂志》 CAS 2005年第4期473-474,共2页
作者对吉林省9个地区,分离的12株伯氏疏螺旋体菌株,利用rrf(5s) -rrl(23s)间隔区扩增(RFLP)进行基因分型。同时应用特异性单抗对菌株进行菌株鉴定。结果表明: 12株菌株PCR检测都为B. garinii基因型,菌株鉴定同国内分离株M7相同。(B. gar... 作者对吉林省9个地区,分离的12株伯氏疏螺旋体菌株,利用rrf(5s) -rrl(23s)间隔区扩增(RFLP)进行基因分型。同时应用特异性单抗对菌株进行菌株鉴定。结果表明: 12株菌株PCR检测都为B. garinii基因型,菌株鉴定同国内分离株M7相同。(B. garinii基因型常从脑脊液分离出来,损伤神经系统,引起皮肤游走性红斑。该基因型菌株是北方疫苗研制的最佳选择。)该结果为吉林省莱姆病的发病机理、临床症状、诊断治疗、免疫诊断及疫苗制备提供了极有价值的技术性参考依据。 展开更多
关键词 伯氏疏螺旋体 间隔区 基因鉴定 RFLP 扩增子 菌株鉴定 PCR检测 游走性红斑 基因 基因分型 神经系统 疫苗研制 发病机理 临床症状 诊断治疗 参考依据 疫苗制备 免疫诊断 吉林省 特异性 分离株 脑脊液 莱姆病
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