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基于简化基因组测序宽鳍鱲的微卫星分子标记及遗传多样性分析
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作者 覃宁 张桂蓉 +1 位作者 马徐发 魏开建 《贵州农业科学》 CAS 2024年第8期78-83,共6页
【目的】建立基于简化基因组测序(2b-RAD)宽鳍鱲(Zacco platypus)的微卫星分子标记,并进行遗传多样性分析,为有效开展宽鳍鱲品种间遗传多样性分析和分子育种,挖掘和利用宽鳍鱲种质资源提供参考。【方法】利用限制性内切酶EcoRⅠ打断基因... 【目的】建立基于简化基因组测序(2b-RAD)宽鳍鱲(Zacco platypus)的微卫星分子标记,并进行遗传多样性分析,为有效开展宽鳍鱲品种间遗传多样性分析和分子育种,挖掘和利用宽鳍鱲种质资源提供参考。【方法】利用限制性内切酶EcoRⅠ打断基因组DNA,每个样本分别进行物理打碎,选取300~700 bp插入片段文库,利用Illumina HiSeq PE150测序平台进行双末端(Paired-End)测序获得海量遗传多态性标签序列。【结果】2b-RAD筛选宽鳍鱲的微卫星位点得到两端各留100 bp作为引物的SSR数量为41018个,带有引物片段的SSR数量为1522个,片段引物的设计率为37.1%,构建的文库质量较高,测序深度达高准确度下的分型标准。在筛选的64个微卫星位点中,有14个位点(21.88%)具有多态性,由于存在无效等位基因,有3个位点(Zpla08、Zpla09和Zpla10)显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),因此选用其中的11个微卫星位点分析宽鳍鱲群体遗传多样性。基于11个微卫星DNA位点的分析表明,宽鳍鱲7个群体的平均等位基因数(N_(A))为3.66,平均Shannon;s信息指数(I)为0.689,平均观测杂合度(H_(O))为0.315,平均期望杂合度(H_(E))为0.354,平均多态信息含量(PIC)为0.409。【结论】基于简化基因组测序(2b-RAD)开发宽鳍鱲的微卫星分子标记可用于评估野生宽鳍鱲种群的遗传多样性、遗传结构和物种鉴定。宽鳍鱲基因组DNA 14个微卫星位点中有11个微卫星位点具有中高多态性,3个位点(Zpla08、Zpla09、Zpla10)偏离Hardy-Weinberg平衡,在群体遗传研究中应慎用。 展开更多
关键词 宽鳍鱲 简化基因组测序 微卫星分子标记 微卫星位点 遗传多样性 等位基因
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微卫星多态性和多位点序列分析技术在光滑念珠菌基因分型中的应用评估 被引量:3
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作者 姚冬婷 应春妹 郑冰 《检验医学》 CAS 2014年第6期593-596,共4页
目的评估微卫星多态性分析技术在临床光滑念珠菌基因分型中的作用。方法收集2011年1月至2012年12月仁济医院和东方医院临床分离的光滑念珠菌59株,采用多位点序列分析(MLST)和微卫星多态性分析技术进行基因分型,比较2种基因分型方法的结... 目的评估微卫星多态性分析技术在临床光滑念珠菌基因分型中的作用。方法收集2011年1月至2012年12月仁济医院和东方医院临床分离的光滑念珠菌59株,采用多位点序列分析(MLST)和微卫星多态性分析技术进行基因分型,比较2种基因分型方法的结果和分辨力。结果 59株光滑念珠菌经MLST分型得到6个序列型,其中ST-7型43株、ST-10型7株、ST-15型和ST-55型各3株、ST-3型2株、ST-43型1株,鉴别力指数(DP)为0.456;经微卫星多态性分析方法分为10型,其中A型25株、B型10株、C型8株、D型6株、E型3株、F型和G型各2株、H^J型各1株,DP为0.770。结论微卫星多态性分析方法简便、快速,分辨力高于MLST技术,可作为实验室基因分型的首选方法。 展开更多
关键词 光滑念珠菌 基因分型 多位点序列分析 微卫星多态性分析
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产酸克雷伯菌核心基因组多位点序列分型方案 被引量:1
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作者 陈胜林 康雨童 +5 位作者 梁一赫 徐帅 邱小彤 李芳 刘雪萍 李振军 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期912-919,926,共9页
目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集... 目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集群识别,以构建和验证产酸克雷伯菌的cgMLST方案。公开获得的21个完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的创建,386个不完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的验证。结果建立了一个针对3356个核心基因的cgMLST(简称3356-cgMLST)方案。提出的3356-cgMLST方案实现了针对98%以上(400/407)的产酸克雷伯菌分离株基因组序列的分型。根据提出的3356-cgMLST方案,最终纳入分型的400株产酸克雷伯菌基因组序列中共确定了130个CGs。基于3356-cgMLST方案获得的CGs分布情况可以看出产酸克雷伯菌呈现出明显的多国家多地区传播现象。结论本研究为产酸克雷伯菌提供一个公开的3356-cgMLST方案,并揭示产酸克雷伯菌基因组序列呈现高度的遗传多样性,CG26为优势克隆群。 展开更多
关键词 产酸克雷伯菌 核心基因多位点序列分型 基因分型 克隆群
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食管癌组织多种肿瘤抑制基因微卫星多态位点的杂合丢失和不稳定 被引量:2
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作者 吴孔明 王明荣 +6 位作者 王瑞林 韩亚玲 蔡岩 徐昕 晏梅 孙燕 吴晣 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1999年第4期361-363,共3页
目的:研究p53 ,p16, Rb , D C C, A P C 等多种已知抑癌基因在食管癌组织中的缺失及与临床病理的关系。方法:采用 P C R 银染技术,检测高发区36 例配对的食管癌标本14 个微卫星 D N A 多态位点的杂合丢... 目的:研究p53 ,p16, Rb , D C C, A P C 等多种已知抑癌基因在食管癌组织中的缺失及与临床病理的关系。方法:采用 P C R 银染技术,检测高发区36 例配对的食管癌标本14 个微卫星 D N A 多态位点的杂合丢失和不稳定性。结果:分别与p53 ,p16 及 Rb 连锁的 D17 S261 , D9 S162 、 D9 S171、 I F N A 和 D13 S170 均有高频率的杂合丢失( > 25 % ) ;两个以上的位点异常者占86% ,p T N M Ⅲ期患者微卫星 D N A 多态位点异常的频率显著高于Ⅱ期患者( P< 0.01) 。结论:同一病例有多个微卫星 D N A 多态位点异常提示食管上皮癌变涉及多个抑癌基因的失活。 展开更多
关键词 食管癌 杂合丢失 肿瘤抑制基因 微卫星多态位点
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燃煤型砷中毒患者皮损PTCH基因D9S287和D9S180位点微卫星不稳定性的观察 被引量:2
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作者 蒋玲 张信江 +2 位作者 吴淼 袁伟 郑庭铭 《中国地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期124-126,共3页
目的观察燃煤型砷中毒患者皮损组织中PTCH基因微卫星DNA不稳定性及杂合性丢失与临床病理、临床分度之间的关系。方法选取D9S287、D9S180两个微卫星多态性标记,采用PCR扩增-变性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染法检测不同病理类型的燃煤型砷中... 目的观察燃煤型砷中毒患者皮损组织中PTCH基因微卫星DNA不稳定性及杂合性丢失与临床病理、临床分度之间的关系。方法选取D9S287、D9S180两个微卫星多态性标记,采用PCR扩增-变性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染法检测不同病理类型的燃煤型砷中毒患者的微卫星的改变。结果34例患者皮损组织PTCH基因微卫星不稳定性的发生率为29.41%(10/34),杂合性丢失的发生率为14.7%(5/34),微卫星的改变与病理分型相关(P<0.01),与临床分度无关(P>0.05)。结论PTCH基因微卫星不稳定性和杂合性丢失可能在砷中毒患者皮损癌变的发生发展中起重要作用。 展开更多
关键词 患者 燃煤型砷中毒 皮损 微卫星不稳定性 杂合性丢失 基因 S180 位点 PCR扩增 微卫星多态性
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利用微卫星进行奶牛数量性状基因位点定位的研究 被引量:20
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作者 徐宁迎 H Thomsen +2 位作者 N Reinsch C Looft E Kalm 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第9期772-776,共5页
采用孙女设计法对德国奶牛的3个数量性状——产奶量、乳脂产量及乳蛋白产量进行了数量性状基因位点的定位研究。实验共有20个父系半同胞家系的1 130头种公牛,共测定了30对染色体上的229个微卫星,表型性状的育种值由孙代母牛估计得到... 采用孙女设计法对德国奶牛的3个数量性状——产奶量、乳脂产量及乳蛋白产量进行了数量性状基因位点的定位研究。实验共有20个父系半同胞家系的1 130头种公牛,共测定了30对染色体上的229个微卫星,表型性状的育种值由孙代母牛估计得到。连锁分析采用多重遗传标记回归法,临界F值由置换实验法计算得到。统计检验发现在某些染色体上存在着一些显著的QTL’s区域,特别是14号染色体上某一区域对所有3个产奶性状都有极显著的影响。进一步证实了Coppieters和Ron等人的实验结果。 展开更多
关键词 数量性状基因位点 微卫星 孙女设计法 奶牛
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微卫星位点AciG-35在中华鲟野生个体中不同等位基因的序列变异研究 被引量:2
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作者 邵科 史方 +2 位作者 闫书祥 徐念 朱滨 《水生态学杂志》 北大核心 2014年第1期1-6,共6页
本研究利用PCR扩增和序列测定得到了1个特殊4碱基重复微卫星位点AciG-35在中华鲟野生个体中的34个等位基因序列。根据序列测定的结果,初步研究了该位点的核心重复区序列以及两端侧翼序列的变异情况。该位点不同等位基因的核心序列和侧... 本研究利用PCR扩增和序列测定得到了1个特殊4碱基重复微卫星位点AciG-35在中华鲟野生个体中的34个等位基因序列。根据序列测定的结果,初步研究了该位点的核心重复区序列以及两端侧翼序列的变异情况。该位点不同等位基因的核心序列和侧翼序列都表现出一定程度的变异,其中核心重复序列主要表现为点突变,侧翼序列主要表现为各种碱基的替换、插入和缺失以及片段的插入缺失。此外,还发现了AciG-35引物在中华鲟中的多位点扩增现象。研究结果对于准确解释微卫星分子标记用于群体遗传分析时的数据结果具有重要意义,对在微卫星标记的应用过程中可能存在的一些问题一并进行了探讨。 展开更多
关键词 中华鲟 微卫星位点 等位基因 变异
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河北省两类奶牛场大肠杆菌耐药性检测及多位点序列分型分析
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作者 魏玉杰 李莹洁 +2 位作者 王旭丹 梁春彩 刘聚祥 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期82-90,96,共10页
为研究抗菌药物减量使用对细菌耐药性的影响,本试验从抗菌药物减量使用达标奶牛场和非达标奶牛场采集肛拭子样品,进行常规细菌分离鉴定,对分离株进行耐药表型、基因型检测和多位点序列分型(Multi-locus sequencetyping,MLST)。比较两类... 为研究抗菌药物减量使用对细菌耐药性的影响,本试验从抗菌药物减量使用达标奶牛场和非达标奶牛场采集肛拭子样品,进行常规细菌分离鉴定,对分离株进行耐药表型、基因型检测和多位点序列分型(Multi-locus sequencetyping,MLST)。比较两类奶牛场大肠杆菌的耐药表型和基因型的差异性。结果显示,从174个肛拭子样品中分离到了173株大肠杆菌,达标场84株,非达标场89株,总体分离率为99.4%。耐药性检测发现,达标场和非达标场大肠杆菌耐药率无显著性差异(P>0.05)。分离株中共有23株大肠杆菌具有多重耐药性,多数五重及以上耐药菌株来自于非达标场。除QnrB基因达标场检出率高于非达标场外(P<0.05),两类奶牛场其他耐药基因检出率差异不显著(P>0.05)。MLST分型发现25种ST类型,其中20种为已知ST型,5种新ST型。达标场大肠杆菌的优势型为ST109型,非达标场大肠杆菌的优势型为ST10和ST1307型。奶牛场大肠杆菌的耐药表型、基因型与ST型之间无相关性。 展开更多
关键词 大肠杆菌 耐药性 耐药基因 多位点序列分型
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新生隐球菌格鲁比变种国内菌株的多位点微卫星灶分型 被引量:3
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作者 朱键 刘莹 +1 位作者 大楠悦子 三上襄 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2009年第10期1054-1058,共5页
目的应用多位点微卫星灶分型(MLMT)对国内6个城市分离出的新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neo-formans var.grubii)进行基因分型,了解该变种的国内基因型分布特征。方法提取已鉴定的43株新生隐球菌格鲁比变种DNA,用PCR对3个微卫星位... 目的应用多位点微卫星灶分型(MLMT)对国内6个城市分离出的新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neo-formans var.grubii)进行基因分型,了解该变种的国内基因型分布特征。方法提取已鉴定的43株新生隐球菌格鲁比变种DNA,用PCR对3个微卫星位点(CNG1,CNG2,CNG3)的基因片段进行扩增后测序。再计算每一菌株位点基序重复数(CNG1对应TA重复,CNG2对应GA重复,CNG3对应CAT重复);据基序重复数判定各菌株的基因型。结果所有43株菌中,MLMT-17型占83.72%,该型在临床和环境的菌株中分别占86.67%和70%。MLMT-39、-40是新发现的基因型。结论在我国,MLMT-17是最常见的新生隐球菌格鲁比变种基因型,普遍存在于临床和环境菌株中,表明国内临床新生隐球菌病的感染菌株主要源于本土环境菌株。 展开更多
关键词 新生隐球菌变种格鲁比 多位点微卫星分型(MLMT)
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奶牛weaver基因连锁微卫星位点多态性分析 被引量:2
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作者 单雪松 张沅 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期208-210,214,共4页
根据小鼠与牛的遗传比较图谱选择了牛第1号染色体上与weaver基因连锁的7个微卫星位点,并在新疆褐牛和荷斯坦牛群体中对这些微卫星位点进行了群体遗传学特性分析。结果表明:7个微卫星位点中,BM6438、BMS2321和BMS711属于高度多态位点,TGL... 根据小鼠与牛的遗传比较图谱选择了牛第1号染色体上与weaver基因连锁的7个微卫星位点,并在新疆褐牛和荷斯坦牛群体中对这些微卫星位点进行了群体遗传学特性分析。结果表明:7个微卫星位点中,BM6438、BMS2321和BMS711属于高度多态位点,TGLA116为中度多态位点,INRA117、BMS4020和CA095属于低度多态位点。BM6438、BMS2321、BMS711和TGLA116可作为奶牛产奶性能分析的微卫星标记位点。 展开更多
关键词 奶牛 weaver基因 基因连锁 微卫星位点 多态性 群体遗传学 产奶性能
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白念珠菌三重保守基因微卫星快速分型 被引量:1
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作者 梅兴宇 施伟民 +3 位作者 霍克克 高飞 沈亮亮 陈德利 《同济大学学报(医学版)》 CAS 2005年第6期83-86,共4页
目的建立高效、快速、简便的白念珠菌三重保守基因微卫星分型技术。方法煮沸法处理71株白念珠菌野生株为模板,三色荧光分别标记保守基因CDC3、EF3和HIS3微卫星序列引物,PCR扩增,产物行聚丙烯酰胺凝胶电泳。GeneScan软件扫描获取片段精... 目的建立高效、快速、简便的白念珠菌三重保守基因微卫星分型技术。方法煮沸法处理71株白念珠菌野生株为模板,三色荧光分别标记保守基因CDC3、EF3和HIS3微卫星序列引物,PCR扩增,产物行聚丙烯酰胺凝胶电泳。GeneScan软件扫描获取片段精确长度,Genotype软件基因分型。结果71株白念珠菌野生株行CDC3、EF3和HIS3基因分型分别获得5、10、8种等位基因,7、8、9种基因型,三位点联合分析获得14种菌株基因型。结论白念珠菌多重保守基因微卫星分型能够从基因水平快速、精确地鉴定和区分临床分离株,对白念珠菌的流行病学和致病性研究有重要价值。 展开更多
关键词 白念珠菌 微卫星重复序列 基因分型 聚丙烯酰胺凝胶电泳 等位基因 流行病学
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多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较 被引量:1
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作者 李贞 董丹凤 +2 位作者 章黎华 江岑 彭奕冰 《检验医学》 CAS 2015年第10期1017-1020,共4页
目的比较多态性微卫星标记(PMM)技术与重复序列聚合酶链反应(PCR)在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析(ITS)进一步鉴定菌种,共有狭... 目的比较多态性微卫星标记(PMM)技术与重复序列聚合酶链反应(PCR)在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析(ITS)进一步鉴定菌种,共有狭义近平滑念珠菌43株,之后采用重复序列PCR和PMM技术进行基因分型,比较2种分型方法的结果和效率。结果 43株狭义近平滑念珠菌经重复序列PCR分型只有1种基因型;经PMM技术分型有22种基因型,以Ⅰ型(10株)、Ⅱ型(6株)为主,Ⅲ~Ⅶ型见于2或3株菌,其余15种基因型均只有1株菌。结论 PMM技术用于狭义近平滑念珠菌的基因分型,分辨率高、重复性好,适用于狭义近平滑念珠菌基因组微进化的监测,而重复序列PCR不适用于狭义近平滑念珠菌的基因分型。 展开更多
关键词 近平滑念珠菌 基因分型 多态性微卫星标记技术 重复序列聚合酶链反应
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柠檬酸杆菌基因组多位点序列分型(in silico MLST )研究 被引量:1
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作者 刘亚暖 姜肇旭 颜世敢 《齐鲁工业大学学报》 CAS 2023年第4期55-60,共6页
对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silic... 对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silico MLST分析,并基于MLST分型构建遗传进化树,分析分离株的遗传进化关系。全基因组测序分析结果表明,柠檬酸杆菌的基因组大小介于4.771~5.477 Mb之间,平均为5.03 Mb;基因数量在4591~5334之间,平均为4871个。16s rRNA分析结果表明,4株柠檬酸杆菌分离菌中有3株为布雷氏柠檬酸杆菌,1株为沃克曼氏柠檬酸杆菌。MLST分析结果表明,4株柠檬酸杆菌均是新的ST型。该研究分析了4株柠檬酸杆菌的基因组,基因组MLST分型分析表明4株分离菌均为新ST型,丰富了柠檬酸杆菌的菌种资源和遗传信息,为柠檬酸杆菌的防控、溯源奠定了基础。 展开更多
关键词 柠檬酸杆菌 基因组测序 多位点序列分型
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5-HT1A基因C-1019G多态位点的研究进展
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作者 钟从杰 何泽明 +1 位作者 何震宇 潘伟 《生物过程》 2024年第3期166-173,共8页
5-HT1A基因编码5-羟色胺(血清素)的G蛋白偶联受体(属于5-羟色胺受体亚家族)。C-1019G多态位点是5-HT1A基因启动子区一个重要的功能性多态位点,人群中存在3种基因型即CC、CG、GG,它与个体的恋爱关系及抑郁症、焦虑症等精神疾病密切相关... 5-HT1A基因编码5-羟色胺(血清素)的G蛋白偶联受体(属于5-羟色胺受体亚家族)。C-1019G多态位点是5-HT1A基因启动子区一个重要的功能性多态位点,人群中存在3种基因型即CC、CG、GG,它与个体的恋爱关系及抑郁症、焦虑症等精神疾病密切相关。本文对5-HT1A基因C-1019G多态位点的相关机制、检测方法、研究进展等进行综述。The 5-HT1A gene encodes a G protein-coupled receptor for serotonin, which belongs to the 5-hydroxytryptamine receptor subfamily. C-1019G polymorphism is an important functional poly-morphism in the promoter region of 5-HT1A gene. There are three genotypes (CC, CG and GG) in the population, which are closely related to individual’s romantic relationship and mental disorders such as depression and anxiety. In this paper, the mechanism, detection methods and research progress of C-1019G polymorphism of 5-HT1A gene were reviewed. 展开更多
关键词 5-HT1A基因 C-1019G多态位点 基因分型
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微卫星荧光标记基因分型实验误差控制
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作者 徐绯 袁俊霞 +1 位作者 赵致 潘锦 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第6期117-123,共7页
分子标记基因分型误差对研究结果的影响越来越为研究者们所关注。本研究以茄子(Solanum melongenaL.)野生和栽培类群为研究材料,从微卫星荧光基因分型中PCR扩增实验体系和荧光标记判读2个环节控制实验的误差率,总结出一套简便、快速的... 分子标记基因分型误差对研究结果的影响越来越为研究者们所关注。本研究以茄子(Solanum melongenaL.)野生和栽培类群为研究材料,从微卫星荧光基因分型中PCR扩增实验体系和荧光标记判读2个环节控制实验的误差率,总结出一套简便、快速的微卫星分子标记PCR扩增实验优化流程;并且,针对微卫星荧光标记基因分型中存在的各种误差,提出相应的分析方法和检测方案,为利用微卫星分子标记技术的研究提供实验操作依据和数据处理参考。 展开更多
关键词 基因分型误差 茄子 荧光微卫星基因分型
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MLMT与MLST在新生隐球菌基因分型中的应用研究
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作者 朱键 曹佳非 +2 位作者 康颖倩 三上襄 Wieland Meyer 《贵州医科大学学报》 CAS 2024年第1期84-89,共6页
目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序;计算各微卫星灶(CNG1... 目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序;计算各微卫星灶(CNG1、CNG2及CNG3)序列中简单重复序列的重复数,确定菌株MLMT的基因型;将本研究菌株的MLST中各位点序列和网上数据库相应序列进行对比,获取该菌株的MLST基因型;比较两种方法在分型中分辨能力。结果 在22株菌中,有16株的基因型为MLMT17/MLST5(16/22,72.73%),MLMT将所有菌株分为7型,而MLST分为4型;根据MLST分型,MLMT17、16、34及39的菌株为MLST5;MLMT2、14、29相对应MLST66、32及31;两种方法的分型分辨能力比较,差异无统计学意义(P=0.488)。结论 MLMT-17/MLST 5是我国和日本的新生隐球菌常见基因型,包含CNG1、CNG2及CNG3位点的MLMT可作为MLST的替代或补充。 展开更多
关键词 新生隐球菌 多位点微卫星分型 多位点序列分型
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微卫星位点检测在异基因干细胞移植中的应用研究
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作者 冯明亮 季芸 +4 位作者 陆琼 稽月华 马俊 杨颍 陈淑贤 《诊断学理论与实践》 2002年第1期31-32,共2页
目的:利用PE-377型DNA测序仪对来自不同染色体上的微卫星D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317和D7S820共9个位点及性别位点Amelogenin进行基因型检测,并探讨其在异基因造血干细胞移植中作为供者造血干细胞植... 目的:利用PE-377型DNA测序仪对来自不同染色体上的微卫星D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317和D7S820共9个位点及性别位点Amelogenin进行基因型检测,并探讨其在异基因造血干细胞移植中作为供者造血干细胞植活证据的可行性。方法:用多重PCR和四色荧光自动化检测技术分析9个微卫星位点,并比较供者和受者移植前、后的基因型。结果和结论:本研究所选用的9个微卫星位点可作为异基因造血干细胞移植中供者干细胞植活的证据。 展开更多
关键词 供者 微卫星位点 基因造血干细胞移植 基因干细胞移植 植活证据 DNA测序 自动化检测 研究所 结论 FGA
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喉癌三号染色体短臂(3p)抑癌基因微卫星多态位点的杂合性缺失检测
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作者 徐先发 李立 +4 位作者 张建军 高燕宁 张瑞华 唐平章 程书钧 《耳鼻咽喉(头颈外科)》 2002年第4期231-235,共5页
目的 :检测喉鳞癌组织在 3号染色体短臂上 (3p)三个区段 3p14 - cen、3p2 1- 2 2、3p2 5 - 2 6内相应抑癌基因FHIT,h ML H1及 VHL微卫星 (microsatellite,MS)的杂合性缺失 (loss of heterozygosity,L OH)。方法 :采用显微切割法从病理... 目的 :检测喉鳞癌组织在 3号染色体短臂上 (3p)三个区段 3p14 - cen、3p2 1- 2 2、3p2 5 - 2 6内相应抑癌基因FHIT,h ML H1及 VHL微卫星 (microsatellite,MS)的杂合性缺失 (loss of heterozygosity,L OH)。方法 :采用显微切割法从病理切片中挑取肿瘤组织 ,选取上述基因内含子或与其连锁的 7个 MS多态位点对 4 1例喉癌组织进行聚合酶链式反应和变性凝胶电泳。结果 :FHIT基因内含子三个 MS位点 D3S12 34、D3S130 0及 D3S4 10 3的 L OH发生率分别为77.4 2 %、6 8.97%和 6 9.70 %。与 h ML H1基因连锁的两个 MS位点 D3S15 6 1和 D3S16 12的 L OH发生率分别为 5 8.33%和 4 5 .16 %。与 VHL基因连锁的两个 MS位点 D3S10 38及 D3S12 83的 L OH发生率分别为 4 3.33%和 4 6 .88%。 FHIT基因内含子的 MS,与 h ML H1基因连锁的 MS,与 VHL基因连锁的 MS的 L OH发生率分别为 82 .93% (34/ 4 1) ,6 7.5 0 % (2 7/ 4 0 ) ,70 .0 % (2 8/ 4 0 )。同时在上述三个基因区域内发生某一或某些 MS多态位点 L OH者有 16例 ,占 39%。D3S12 34L OH在吸烟指数≥ 4 0 0的喉癌患者较吸烟指数 <4 0 0者明显频发 ,统计学有显著性差异 (P <0 .0 5 )。结论 :喉癌组织 3号染色体短臂上三个抑癌基因 FHIT,h ML H1及 VHL存在高频率的 L 展开更多
关键词 喉癌 三号染色体短臂 抑癌基因 微卫星多态位点 杂合性缺失 诊断
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刚地弓形虫非洲分离株的PCR-RFLP和微卫星基因分型研究进展(英文) 被引量:1
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作者 Faustina PAPPOE 王林 +6 位作者 Dorcas OBIRI-YEBOAH 陈鹤 程维晟 王晓玮 刘芳 罗庆礼 沈继龙 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期903-910,共8页
刚地弓形虫(T.gondii)的遗传多样性与地理区域相关。北美和欧洲的弓形虫基因型以II型和III型为主。南美洲以非典型基因型为主。亚洲弓形虫的优势基因型主要为Chinese 1型(ToxoDB#9)和I型。目前关于非洲弓形虫基因型的研究较少。本文对... 刚地弓形虫(T.gondii)的遗传多样性与地理区域相关。北美和欧洲的弓形虫基因型以II型和III型为主。南美洲以非典型基因型为主。亚洲弓形虫的优势基因型主要为Chinese 1型(ToxoDB#9)和I型。目前关于非洲弓形虫基因型的研究较少。本文对源于北非、西非、东非和中非地区弓形虫的多位点PCR-RFLP和微卫星分型以及非洲地区弓形虫群体遗传结构进行了综述。从17例患者中分离出弓形虫,非典型基因型13株(76.5%),主要为Africa 1 9株(69.2%);I型1株(5.9%)以及混合基因型3株(17.6%)。从1660饲养动物中分离出314株,其中II型134株(42.7%),III型103株(32.8%),非典型基因型61株(19.4%),I型6株(1.9%)和混合基因型10株(3.2%)。人畜弓形虫基因型的比例为分别为:II型40.5%(134/331),III型31.1%(103/331),非典型基因型22.3%(74/331),I型2.1%(7/331)和混合基因型3.9%(13/331)。典型基因型占73.7%。综上可知,非洲弓形虫基因型包括典型和非典型基因型,前者在非洲人群与动物中均有较高的感染率。 展开更多
关键词 刚地弓形虫 种群结构 非洲 PCR-RFLP 微卫星基因分型
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荧光标记通用引物在银狐微卫星基因分型中的应用
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作者 李文静 于佳鑫 +3 位作者 侯佳妮 白春艳 闫守庆 邢沈阳 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第8期38-40,共3页
微卫星又称短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),由侧翼序列和串联重复核心序列组成,一般其串联重复核心序列长度为1-6bp^[1]。由于微卫星遗传标记具有多态信息含量高、基因组内分布广泛及呈共显性遗传等优点,因而已被广泛... 微卫星又称短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),由侧翼序列和串联重复核心序列组成,一般其串联重复核心序列长度为1-6bp^[1]。由于微卫星遗传标记具有多态信息含量高、基因组内分布广泛及呈共显性遗传等优点,因而已被广泛应用于遗传图谱的构建^[2-3]、QTL定位^[4]、亲缘关系鉴定^[5]及遗传多样性评估等^[6]。微卫星标记的基因分型主要是基于激光检测系统的荧光标记,即将每个微卫星位点2条引物中的1条进行荧光染料标记,例如HEX、FAM、TET等。虽然采用荧光标记进行自动分型方便快捷,但需要对每个微卫星位点的引物进行荧光标记,成本较高。 展开更多
关键词 微卫星标记 荧光标记 基因分型 通用引物 应用 短串联重复序列 微卫星位点 银狐
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