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基于主成分分析的多重定量PCR荧光串扰校正
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作者 王鹏 王振亚 +8 位作者 汪舜 张杰 张哲 杨天航 王弼陡 罗刚银 翁良飞 张翀宇 李原 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1151-1157,共7页
聚合酶链式反应(PCR)是分子生物学常用的检测手段,主要用于对生物的DNA或RNA进行检测。由于荧光光谱重叠和滤光片过滤带宽限制,检测时所获得的荧光数据通常会包含荧光通道之间的串扰,串扰的存在使PCR结果分析变得复杂,并可能影响最终的... 聚合酶链式反应(PCR)是分子生物学常用的检测手段,主要用于对生物的DNA或RNA进行检测。由于荧光光谱重叠和滤光片过滤带宽限制,检测时所获得的荧光数据通常会包含荧光通道之间的串扰,串扰的存在使PCR结果分析变得复杂,并可能影响最终的检测结果。选择合适的光学元件,并确定通道间的补偿矩阵,可以降低甚至消除荧光串扰。目前荧光补偿矩阵大多通过迭代计算获得,还没有一种简单的方法可以从混合的多通道荧光数据中找到荧光补偿矩阵。为了快速获得荧光补偿矩阵,减小计算量,采用主成分分析法(PCA)中确定主成分的方式,基于搭建的测试平台进行单一染料实验,获得染料的荧光信号在各个检测通道的分布情况,计算得到荧光补偿矩阵。通过分析补偿矩阵,发现对于搭建的硬件系统,Cy5染料对Cy5.5通道串扰较大,串扰比例为8.76%,同时Cy5.5染料对Cy5通道串扰影响也相对较大,比例约为6.2%;其次是ROX染料对HEX通道串扰,比例约为2.68%;HEX染料对FAM通道串扰,比例约为1.58%;FAM染料对HEX通道串扰相对较小,比例约为0.25%,其余通道无明显串扰,与荧光光谱反映的结果一致。采用得到的荧光补偿矩阵对单一染料实验得到的原始荧光数据进行处理,有效去除了非目标通道的荧光串扰,实现了荧光通道数据的解耦,验证了方法的可行性。最后设计了染料颜色分辨实验,将不同浓度的多种染料进行组合测试,并采用所提出的方法将得到的数据进行荧光补偿。实验结果表明,荧光通道各自的线性相关性较高,五个荧光通道的线性相关系数r均大于0.99,该结果进一步验证了该补偿方法的有效性。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应(PCR)检测 光谱分析 主成分分析 多重荧光检测 荧光串扰 荧光分离
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4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 高睿 徐伟 +3 位作者 罗艳 谢晓刚 李梦磊 张琪 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第10期20-28,共9页
【目的】建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛恶性卡他热病毒(MCFV)4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法,为BVDV、BCoV、BRV和MCFV的鉴别诊断提供技术支持。【方法】根据BVDV的5′UTR基因、BCoV的N... 【目的】建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛恶性卡他热病毒(MCFV)4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法,为BVDV、BCoV、BRV和MCFV的鉴别诊断提供技术支持。【方法】根据BVDV的5′UTR基因、BCoV的N基因、BRV的VP6基因和MCFV的ORF9基因的保守区域设计引物,克隆目的基因构建标准阳性重组质粒,建立可同时检测4种致牛腹泻病毒的多重荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评价。用建立的多重荧光定量PCR检测方法对76份临床样品进行检测,并与常规PCR检测方法的结果进行比较。【结果】建立了BVDV、BCoV、BRV和MCFV多重荧光定量PCR检测方法,该方法建立的标准曲线线性关系良好,仅可特异性扩增出4种目标基因片段;对BVDV、MCFV、BRV和BCoV的最低检出限分别为9.4×10^(1),1.4×10^(3),9.1×10^(1)和1.2×10^(2)拷贝/μL,与普通PCR相比,灵敏性高出10~1000倍;批内、批间差异均小于5%。76份临床样品检测结果显示,多重荧光定量PCR检测结果与普通PCR检测结果的符合率分别为98.7%(BCoV)、97.4%(BRV)、100.0%(BVDV)和100.0%(MCFV)。【结论】建立了BVDV、BCoV、BRV和MCFV多重荧光定量PCR检测方法,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于牛腹泻病毒病原的实验室检测。 展开更多
关键词 牛腹泻病 牛病毒性腹泻病毒 牛冠状病毒 牛恶性卡他热病毒 牛轮状病毒 多重荧光定量PCR检测
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三种食源性致病菌多重荧光PCR检测方法的建立 被引量：5
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作者 韩春来 《家禽科学》 2011年第8期11-14,共4页
根据沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的保守基因序列,设计特异性引物和以不同荧光素标记的探针。通过对荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了检测沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的三重荧光PCR检测方法... 根据沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的保守基因序列,设计特异性引物和以不同荧光素标记的探针。通过对荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了检测沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的三重荧光PCR检测方法。为了评价所建立的实时PCR检测体系的特异性,试验中选取了阳性菌株及干扰菌株进行特异性验证。同时对梯度稀释的纯化DNA和不同浓度引物探针进行检测以确定方法的灵敏度。结果表明,该方法有效、特异、敏感、稳定,对于动物产品中沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的快速检测具有重要应用价值。 展开更多
关键词 沙门氏菌 空肠弯曲杆菌 单核增生李斯特氏菌 多重荧光PCR检测
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多重TaqMan荧光定量PCR检测仔猪先天性震颤相关病毒方法的建立与应用 被引量：1
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作者 杨晓宇 陈世界 +3 位作者 林华 张婧 安微 朱玲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期971-977,共7页
旨在研究能够快速、准确、灵敏地鉴别、诊断引起仔猪先天性震颤的猪非典型瘟病毒(Atypical porcine pestivirus,APPV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒3型(Porcine circoviruses type 3,PCV-3)及猪捷申病毒1型... 旨在研究能够快速、准确、灵敏地鉴别、诊断引起仔猪先天性震颤的猪非典型瘟病毒(Atypical porcine pestivirus,APPV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒3型(Porcine circoviruses type 3,PCV-3)及猪捷申病毒1型(Porcine teschovirus 1,PTV-1)的方法。通过对GenBank中登录的APPV的NS3基因序列、CSFV的E2基因序列、PCV-3的ORF2基因序列和PTV-1的VP1基因序列进行分析,设计针对4种病毒的特异性引物和TaqMan水解探针。通过对反应条件和反应程序进行优化,拟建立针对仔猪先天性震颤相关病毒的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示,研究得到的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法能够特异性检测APPV、CSFV、PCV-3和PTV-1,而与其他病原无交叉反应;该研究方法对APPV、CSFV、PCV-3和PTV-1的最低检测量分别为1μl 9.2×10^2拷贝、48拷贝、56拷贝和17拷贝。重复性试验结果显示,组内、组间变异系数均小于2.10%,重复性和稳定性较为突出。用该方法对273份临床样品进行检测,结果显示,APPV、CSFV、PTV-1和PCV-3的阳性率分别为20.5%、2.9%、1.5%和10.6%,其中APPV、CSFV二者共同感染的检出率为1.5%,APPV、PCV-3二者共同感染的检出率为4.4%,APPV、PTV-1二者共同感染的检出率为1.5%,APPV、CSFV、PCV-3共同感染的检出率为1.1%。该检测方法操作简单、耗时短、不易对环境造成污染,检测结果灵敏、准确,基于该方法对四川地区仔猪先天性震颤相关病毒共感染情况进行的流行病学调查,可以为后期研究提供重要的数据基础。 展开更多
关键词 猪先天性震颤 猪非典型瘟病毒 猪瘟病毒 猪圆环病毒3型 猪捷申病毒1型 多重TaqMan荧光定量PCR检测
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宫颈癌筛查应用多重核酸扩增荧光检测的意义评估
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作者 李永赞 李磊邦 谢悦坚 《临床检验杂志（电子版）》 2018年第3期417-418,共2页
目的探讨宫颈癌筛查应用多重核酸扩增荧光检测的意义并进行评估。方法选取2017年9月-2018年3月期间在我院进行妇科检查的120例妇女纳入本研究,对其进行宫颈癌筛查。行多重核酸扩增荧光检测及第二代杂交捕获试验检测。结果120例妇女行多... 目的探讨宫颈癌筛查应用多重核酸扩增荧光检测的意义并进行评估。方法选取2017年9月-2018年3月期间在我院进行妇科检查的120例妇女纳入本研究,对其进行宫颈癌筛查。行多重核酸扩增荧光检测及第二代杂交捕获试验检测。结果120例妇女行多重核酸扩增荧光检测出27例高危型HPV。第二代杂交捕获试验检测出30例高危型HPV,两者具有高度一致性。结论宫颈癌筛查过程中采取多重核酸扩增荧光检测方法,检出率与常规方案具有较强一致性,应在临床中广泛使用。 展开更多
关键词 宫颈癌筛查 多重核酸扩增荧光检测 评估
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禽流感病毒检测技术获重大突破
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《畜牧市场》 2004年第5期40-40,共1页
关键词 禽流感病毒 检测技术 多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒 亚型 禽流感
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多重核酸扩增荧光检测技术在宫颈癌筛查中的效果评价 被引量：10
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作者 李晴 乌兰娜 +7 位作者 胡尚英 吴瑞芳 刘植华 谢建生 李瑞珍 陈汶 赵方辉 乔友林 《中国肿瘤》 CAS 2009年第4期315-318,共4页
[目的]评价高危型人乳头瘤病毒(HPV)多重核酸扩增(Multiplex PCR)荧光检测技术在宫颈癌筛查中的作用。[方法]2007年10月至2008年6月,对深圳市30～59岁两社区人群(上梅林社区、紫薇社区)和两医院人群(北京大学深圳医院、深圳市妇幼保健院... [目的]评价高危型人乳头瘤病毒(HPV)多重核酸扩增(Multiplex PCR)荧光检测技术在宫颈癌筛查中的作用。[方法]2007年10月至2008年6月,对深圳市30～59岁两社区人群(上梅林社区、紫薇社区)和两医院人群(北京大学深圳医院、深圳市妇幼保健院)中合格妇女进行宫颈癌筛查。对每位妇女同时取3份宫颈脱落细胞标本,分别用于第二代杂交捕获试验(HC-Ⅱ)、高危型HPV Multiplex PCR荧光检测和细胞学检查。对两种HPV检测方法任一阳性或细胞学结果异常的妇女行阴道镜下直接活检。以病理诊断为金标准,评价Multiplex PCR荧光检测筛查宫颈癌及宫颈鳞状上皮内高度病变(CINⅡ/Ⅲ)的准确性,并与HC-Ⅱ结果进行一致性比较。[结果]在1988例有效样本中,CINⅡ/Ⅲ和宫颈癌占4.0%。Multiplex PCR荧光检测和HC-Ⅱ的HPV阳性率分别为19.8%和17.8%。Multiplex PCR荧光检测的灵敏度、特异度、Yonden指数、阳性预测值和阴性预测值分别为92.3%、83.1%、75.4%、18.3%和99.6%,HC-Ⅱ的以上各指标分别为97.4%、85.5%、82.9%、21.5%和99.9%。两种方法的一致率为87.8%,Kappa值为0.60。两种检测方法测定的HPV病毒载量均随病变程度加重而增加(P<0.0001)。[结论]高危型HPV Multiplex PCR荧光检测技术的灵敏度和特异度高,与HC-Ⅱ相比两者具有较好的一致性,有较好的临床应用价值。 展开更多
关键词 宫颈肿瘤 人乳头状瘤病毒 多重核酸扩增荧光检测 第二代杂交捕获
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宫颈癌筛查应用多重核酸扩增荧光检测技术的效果观察 被引量：3
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作者 陈红虹 《辽宁医学杂志》 2015年第6期346-347,共2页
目的分析探讨高危型人乳头瘤病毒（HPV）多重核酸扩增荧光检测技术在宫颈癌筛查中的应用效果。方法将2013年2月至2014年4月期间本院中28～58岁的合格妇女210例纳入研究对象，对其进行宫颈癌筛查。结果本次研究中的210例妇女，宫颈癌及... 目的分析探讨高危型人乳头瘤病毒（HPV）多重核酸扩增荧光检测技术在宫颈癌筛查中的应用效果。方法将2013年2月至2014年4月期间本院中28～58岁的合格妇女210例纳入研究对象，对其进行宫颈癌筛查。结果本次研究中的210例妇女，宫颈癌及宫颈鳞状上皮内高度病变占总数的9．53％；多重核酸扩增荧光检测和第二代杂交捕获试验的准确性和有效性趋向一致；多重核酸扩增荧光检测和第二代杂交捕获试验的HPV阳性率具有较好的一致性。结论高危型HPV多重核酸扩增荧光检测技术具有较高灵敏度和特异度，与第二代杂交捕获试验相比具有良好的一致性，值得在临床中推广使用。 展开更多
关键词 宫颈癌 高危型人乳头瘤病毒 多重核酸扩增荧光检测 第二代杂交捕获
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