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实时定量PCR应用于研讨式分组实验教学实践
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作者 李欣 张伟英 +2 位作者 陈容容 赵玉红 石建党 《实验室科学》 2024年第2期160-165,共6页
实时定量PCR作为一项生命科学及其相关领域的重要技术,已成为高校生物实验教学中不可或缺的知识内容。以分子生物学实验基础教学内容为依托,围绕实时定量PCR技术面向本科生开设了综合性实验。在充分考虑学生的理论和操作水平以及本科实... 实时定量PCR作为一项生命科学及其相关领域的重要技术,已成为高校生物实验教学中不可或缺的知识内容。以分子生物学实验基础教学内容为依托,围绕实时定量PCR技术面向本科生开设了综合性实验。在充分考虑学生的理论和操作水平以及本科实验教学特点的基础上,对实验设计和实验方法进行了优化,并采取研讨式分组教学模式,提高教学效率与教学质量的同时,更突出了学生在实验教学中的主体地位,有助于培养学生的科学思维、科学素养以及综合实践能力。 展开更多
关键词 实时定量pcr 分子生物学 研讨式分组 实验教学
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实时定量PCR测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数
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作者 陈孟璋 何星垚 林汉森 《广东药科大学学报》 CAS 2023年第5期87-92,共6页
目的 比较不同的定量方法和总DNA制备方法对实时定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数(plasmid copy number, PCN)的影响,为建立快速简便的治疗性HBV DNA疫苗工程菌的PCN测定方法提供参... 目的 比较不同的定量方法和总DNA制备方法对实时定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数(plasmid copy number, PCN)的影响,为建立快速简便的治疗性HBV DNA疫苗工程菌的PCN测定方法提供参考。方法 通过试剂盒提取法、Triton X-100煮沸法和培养基煮沸法分别制备总DNA样品用于qPCR检测,使用绝对定量方法和相对定量方法计算不同制备方法样品的PCN,并对测定结果进行统计学分析。结果 试剂盒提取法制备的样品经绝对定量和相对定量计算PCN,结果分别为43.10±4.02和42.92±3.98,显著低于Triton X-100煮沸法的结果(69.32±6.51和68.58±6.42)以及培养基煮沸法的结果(75.73±7.46和76.15±7.50)。任一样品制备方法,比较其绝对定量和相对定量结果,差异均无统计学意义。结论 qPCR的绝对定量和相对定量计算方法都适用于治疗性HBV DNA疫苗工程菌PCN测定,Triton X-100煮沸法更适合于总DNA模板制备。 展开更多
关键词 HBV疫苗 DNA疫苗 实时定量pcr 质粒拷贝数
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2种微小RNA实时定量PCR检测方法的比较 被引量:9
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作者 时宿妹 张越 +1 位作者 张传宇 孙奋勇 《生物技术通讯》 CAS 2010年第3期377-384,共8页
目的:对目前最常用的检测微小RNA(miRNA)的茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法进行比较。方法:分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法检测人乳腺癌细胞MCF-7中U6和23种miRNA的表达,利用定量PCR分析软件和琼脂糖凝胶电泳方法,将2... 目的:对目前最常用的检测微小RNA(miRNA)的茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法进行比较。方法:分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法检测人乳腺癌细胞MCF-7中U6和23种miRNA的表达,利用定量PCR分析软件和琼脂糖凝胶电泳方法,将2种方法在引物设计难度、特异性与灵敏度,以及检测通量方面进行比较。结果:茎环法的特异性和灵敏度比PAP法高,但引物设计难度大,检测通量低;PAP法引物设计难度较低,检测通量较高,但特异性和灵敏度较差。结论:茎环法实时定量PCR适于有针对性地检测小规模miRNA,而PAP法则适于大规模miRNA筛选实验。 展开更多
关键词 微小RNA 茎环实时定量pcr PAP实时定量pcr 检测
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扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用
4
作者 张真真 蒋礼玲 +3 位作者 李婉炘 王谨凡 贾举庆 黄胜雄 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第2期261-267,共7页
实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-... 实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。 展开更多
关键词 内参基因 扩展青霉菌 RNA-seq数据 实时定量聚合酶链式反应(pcr) 稳定性
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一种细胞中HBV闭合环状DNA含量的快速实时定量PCR方法
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作者 卞广兴 周侠 吕秋军 《中国药理通讯》 2005年第3期65-65,共1页
目的 基于实时实时定量PCR技术建立一种快速测定HepG2.2.15细胞中HBV闭合环状DNA(HBV cccDNA)的方法。方法 与结果利用正常HBV基因组松驰环状DNA(HBV rcDNA)与HBV cccDNA在结构上的差异,即HBV rcDNA负链有缺口而HBV cccDNA是完... 目的 基于实时实时定量PCR技术建立一种快速测定HepG2.2.15细胞中HBV闭合环状DNA(HBV cccDNA)的方法。方法 与结果利用正常HBV基因组松驰环状DNA(HBV rcDNA)与HBV cccDNA在结构上的差异,即HBV rcDNA负链有缺口而HBV cccDNA是完整闭合环状DNA的特点而设计-对跨过此缺口的引物,从而区分HBV rcDNA与HBV cccDNA;同时利用实时定量PCR技术作为定量的手段,定量检测HepG2.2.15细胞中的HBV cccD—NA的浓度。由HBV基因组中扩增相应的片段M,以此片段构建pGEM/M—T质粒作为标准品模板。 展开更多
关键词 实时定量pcr方法 DNA含量 HBV HEPG2.2.15细胞 环状 闭合 实时定量pcr技术 种细胞 CCCDNA
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Bt毒素诱导下小菜蛾实时定量PCR内参基因的筛选 被引量:21
6
作者 符伟 谢文 +3 位作者 张卓 吴青君 王少丽 张友军 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1406-1412,共7页
【目的】筛选出Bt毒素诱导后的小菜蛾Plutella xylostella(L.)的实时定量PCR最适内参基因。【方法】选取核糖体18S rRNA(18S rRNA)、肌动蛋白(ACTB)、延伸因子(EF1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、核糖体蛋白L32(RPL32)、核糖体蛋白S13(R... 【目的】筛选出Bt毒素诱导后的小菜蛾Plutella xylostella(L.)的实时定量PCR最适内参基因。【方法】选取核糖体18S rRNA(18S rRNA)、肌动蛋白(ACTB)、延伸因子(EF1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、核糖体蛋白L32(RPL32)、核糖体蛋白S13(RPS13)、核糖体蛋白S20(RPS20)和β-微管蛋白(TUB)基因作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder和BestKeeper软件分析这8个基因在Bt毒素诱导后的小菜蛾不同品系中肠组织中的表达稳定性。并应用筛选出来的内参基因分析小菜蛾氨肽酶2(aminopeptidase N2,APN2)基因的表达水平。【结果】geNorm软件以RPS13和EF1为最稳定内参基因,NormFinder和BestKeeper软件均以RPS13和RPL32为最稳定基因。使用3种不同内参基因分析Bt毒素诱导后的小菜蛾Bt抗性和敏感品系中ANP2表达水平时,新的内参基因EF1和传统内参基因RPL32表现了良好的稳定性,二者作为标准化因子,ANP2表达量结果基本一致,而使用18S rRNA作为内参基因,却导致部分表达量分析结果有所误差。【结论】筛选出PRS13,RPL32和EF1可以作为小菜蛾某些试验条件下的内参基因,对小菜蛾基因表达研究奠定了一定基础,也对其他昆虫内参基因的筛选具有参考价值。 展开更多
关键词 小菜蛾 实时定量pcr 内参基因 抗药性 BT毒素
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柑橘黄化花叶病毒的实时定量PCR检测及其在寄主植株中的时空分布规律
7
作者 曹鹏 许建建 +4 位作者 李楚欣 王新亮 王春庆 宋晨虎 宋震 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第18期3574-3584,共11页
【背景】柑橘黄化花叶病毒(citrus yellow mosaic virus,CYMV)是首先发现于印度并对其柑橘产业造成严重危害的一种杆状DNA病毒。目前,CYMV已被美国、日本、新西兰、欧洲和地中海地区列入检疫性有害生物名单,具有传入我国的潜在风险。【... 【背景】柑橘黄化花叶病毒(citrus yellow mosaic virus,CYMV)是首先发现于印度并对其柑橘产业造成严重危害的一种杆状DNA病毒。目前,CYMV已被美国、日本、新西兰、欧洲和地中海地区列入检疫性有害生物名单,具有传入我国的潜在风险。【目的】建立CYMV的实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)检测体系;筛选CYMV敏感柑橘品种;明确CYMV在寄主植株中的时空分布规律,为该病毒的监控提供技术支持。【方法】根据NCBI中CYMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因保守序列,利用软件Primer Premier 5设计qPCR检测引物8对,通过常规PCR筛选扩增效果好、特异性强的引物。通过对引物浓度、退火温度等反应条件优化,建立CYMV的qPCR检测体系,并进一步通过对不同柑橘病原的检测评价所建体系的特异性;以梯度稀释的1.98×109—1.98 copies/μL的质粒标准品平行进行常规PCR及qPCR检测,评价所建方法的灵敏度;随机采集田间柑橘样品,平行进行常规PCR及qPCR检测,评价所建方法的适用性。将CYMV接种到玉环柚(Citrus grandis)、强德勒柚(C.grandis)、22号枳(Poncirus trifoliata)等15个柑橘品种,进行症状观察和分子检测以筛选敏感指示植物。在接种后不同时间,分别自MV甜橙(C.sinensis)植株不同组织部位取样,以柑橘生长因子1α基因为内参基因,利用所建体系进行qPCR检测,从而明确CYMV在寄主植株中的时空分布规律。【结果】建立了CYMV的qPCR检测体系,其最佳引物为CYMV-qF7/R7,最佳引物浓度为200 nmol·L^(-1),最佳退火温度为63℃。该检测体系的特异性强,检测灵敏度是常规PCR的1000倍。对来自不同地区的660个田间柑橘样品的检测结果表明,qPCR检测与常规PCR检测结果一致,除阳性对照外均未检测到CYMV阳性植株。不同柑橘品种接种试验结果表明,15个柑橘品种中,玉环柚和强德勒柚最早表现出强烈的黄化花叶典型侵染症状,可以作为敏感指示植物。qPCR检测结果表明,老叶中的CYMV滴度最高,老皮和根病毒滴度较高,嫩皮中的滴度较低。CYMV在植株中的相对含量,7—9月最高,此后逐月下降,并在次年1月达到最低值,从次年2月开始,CYMV的相对含量开始上升,与环境温度变化趋势一致。【结论】建立了特异性强、灵敏度高的CYMV实时荧光定量PCR检测方法,利用该方法明确了CYMV在寄主植株中的时空分布规律。此外,玉环柚和强德勒柚可作为CYMV敏感指示植物。 展开更多
关键词 柑橘黄化花叶病毒 实时荧光定量pcr 时空分布
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茶树新梢不同叶片中β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因表达的实时定量PCR分析 被引量:29
8
作者 赵丽萍 陈亮 +1 位作者 王新超 姚明哲 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期11-16,共6页
在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>... 在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>第五叶>第二叶>一芽一叶;而β-樱草糖苷酶基因在一芽一叶中最高,为4.31E+06拷贝/μl,一芽一叶>第二叶>第三叶>第四叶>第五叶。与茶叶香气密切相关两个基因在茶树不同部位的叶片中表达量和表达类型存在明显差异。本实验建立的实时荧光定量PCR可有效地用于茶树基因表达的定量分析。 展开更多
关键词 茶树 Β-葡萄糖苷酶 β-樱草糖苷酶 实时定量pcr
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西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量:16
9
作者 马璐琳 崔光芬 +5 位作者 王祥宁 贾文杰 段青 杜文文 王继华 陈发棣 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1707-1716,共10页
为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照... 为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照内参基因,在西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾的花蕾组织中,分别通过反转录PCR(RT-PCR)初筛和RT-qPCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行评价。RT-PCR初筛结果显示,7个候选内参基因引物的特异性均较好,在6个样品间没有明显差异;RT-qPCR分析表明,7个候选内参基因的表达量存在一定差异,其中18S表达量最高,UBQ最低;geNorm、NormFinder和BestKeeper分析结果表明,ACT表现最稳定,最适合做为内参基因,β-TUB相对稳定性最低;以Actin为内参对西南鸢尾类黄酮/花青素和类胡萝卜素2类色素合成途径中部分相关基因的RT-qPCR分析结果与转录组测序结果相一致。本研究为鸢尾属植物花色素合成相关基因表达分析内参基因的筛选以及鸢尾属植物资源利用和花色育种研究提供了理论参考。 展开更多
关键词 西南鸢尾 花色变异 实时定量pcr 内参基因
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地黄实时定量PCR内参基因的筛选 被引量:37
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作者 侯维海 孙鹏 +1 位作者 陈全家 李先恩 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第17期76-82,共7页
笔者通过RT-qPCR分析了地黄中7个传统内参基因18S、EF-1a、ACT11、UBQ10、UBQ5、TUB5、GAPDH和4个新报道的内参基因PP2A、RPⅡ、HSP90、TIP41的mRNA表达差异情况,分别利用Ct值比较,Ge Norm、Norm Finer和BestKeeper软件分析它们在2个发... 笔者通过RT-qPCR分析了地黄中7个传统内参基因18S、EF-1a、ACT11、UBQ10、UBQ5、TUB5、GAPDH和4个新报道的内参基因PP2A、RPⅡ、HSP90、TIP41的mRNA表达差异情况,分别利用Ct值比较,Ge Norm、Norm Finer和BestKeeper软件分析它们在2个发育时期、8种不同组织器官中表达稳定性。结果表明:在地黄花器官中(花瓣、花托、雄蕊、雌蕊、子房),TIP41和UB Q10表达稳定;在地黄生殖生长期和营养生长期不同器官中(根、茎、叶),TIP41和UB Q5表达稳定。因此,以上2组基因分别适宜作为不同营养器官的内参基因。 展开更多
关键词 实时定量pcr 内参基因 GeNorm程序 地黄
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鸭病毒性肠炎病毒荧光实时定量PCR检测方法的建立和应用 被引量:14
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作者 郭宇飞 程安春 +4 位作者 汪铭书 贾仁勇 文明 周伟光 陈孝跃 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期444-448,共5页
根据已发表的鸭病毒性肠炎病毒(DEV)基因保守序列设计TaqMan探针,建立了检测 DEV的荧光实时定量PCR方法,用该法对DEV在鸭胚成纤维细胞(DEF)中的增殖进行了检测。结果显示,DEV接种DEF 22 h后开始释放,第50 h病毒在细胞和上清中的含量增... 根据已发表的鸭病毒性肠炎病毒(DEV)基因保守序列设计TaqMan探针,建立了检测 DEV的荧光实时定量PCR方法,用该法对DEV在鸭胚成纤维细胞(DEF)中的增殖进行了检测。结果显示,DEV接种DEF 22 h后开始释放,第50 h病毒在细胞和上清中的含量增幅均为1×103 左右,病毒主要存在于细胞中,其含量是上清的1×102-1×103倍。 展开更多
关键词 鸭病毒性肠炎病毒 荧光实时定量pcr TAQMAN
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猪细小病毒SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法的建立 被引量:20
12
作者 李明凤 魏战勇 +3 位作者 王学斌 张红英 王亚宾 崔保安 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2009年第3期220-224,共5页
利用PCR技术扩增出猪细小病毒VP2保守区基因194 bp片段,并克隆到pGEMT载体上,纯化质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪细小病毒的荧光定量PCR检测方法。... 利用PCR技术扩增出猪细小病毒VP2保守区基因194 bp片段,并克隆到pGEMT载体上,纯化质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪细小病毒的荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达1.0×102拷贝/μL,与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒和猪流感病毒不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性;对10份疑似病料和阴性病料进行了检测,发现10份均为荧光定量PCR阳性,而常规PCR只能检测出7份阳性。结果表明,建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床猪细小病毒(PPV)的检测。 展开更多
关键词 猪细小病毒 实时定量pcr 标准曲线
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实时定量PCR在乙型肝炎(HBV)诊断中的应用 被引量:15
13
作者 林灼锋 李校坤 +1 位作者 吴帆 许华 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 2002年第3期68-70,共3页
随着对乙型肝炎治疗的深入研究 ,对乙型肝炎病毒 (HBV DNA)数量的确诊显得尤其重要。本文采用RealTimeQuantitativePCR(简称RQ PCR)方法 ,对 2 84例经ELISA检定的乙型肝炎患者血清标本进行HBV DNA定量检测。结果有 96例HBsAg(+ ) HBeAg... 随着对乙型肝炎治疗的深入研究 ,对乙型肝炎病毒 (HBV DNA)数量的确诊显得尤其重要。本文采用RealTimeQuantitativePCR(简称RQ PCR)方法 ,对 2 84例经ELISA检定的乙型肝炎患者血清标本进行HBV DNA定量检测。结果有 96例HBsAg(+ ) HBeAg(+ ) HBcAb(+ )的血清标本RQ PCR阳性率为 10 0 % ,病毒平均量 5 0 2× 10 5拷贝 μl;87例HBsAg(+ ) HBeAb(+ ) HBcAb(+ )的血清标本RQ PCR阳性率为 4 4% (38例 ) ,病毒平均量 1 0 2× 10 3 拷贝 μl,5 3例HBsAg(+ ) HBcAb(+ )的血清标本RQ PCR阳性率为 5 8% (31例 ) ,病毒平均量 6 6 9× 10 4拷贝 μl;而 4 6例正常对照组经检测全为阴性。可见RQ PCR的检测结果反映了不同患者的病情 ,对乙型肝炎的诊断、治疗具有临床指导价值。 展开更多
关键词 实时定量pcr 乙型肝炎 诊断 应用 RQ-pcr 乙肝免疫标志物 HBV-DNA
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在发育性变化相关基因表达特性检测中内参基因的有效性和实时定量PCR解析方法的适用性 被引量:11
14
作者 胡艳 宋迟 +2 位作者 徐文娟 章双杰 李慧芳 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期216-226,共11页
实时定量PCR技术(quantitative real-time PCR assay,rtQ-PCR)是一种快速检测核酸水平的方法。在多数相对定量法的运用过程中,会同时引入内参基因用以校正由于采样和操作误差所带来的样本之间核酸总量的差别。一个理想的内参基因的表达... 实时定量PCR技术(quantitative real-time PCR assay,rtQ-PCR)是一种快速检测核酸水平的方法。在多数相对定量法的运用过程中,会同时引入内参基因用以校正由于采样和操作误差所带来的样本之间核酸总量的差别。一个理想的内参基因的表达水平必须维持恒定或至少不受实际试验条件和机体发育变化的影响。由于作为候选内参基因的看家基因也可能会随着试验条件改变呈现出发育性变化和/或差异表达,故在相关研究中,内参基因的选择就成为试验的关键和难点。本研究采用rtQ-PCR技术,以鸭胚胎期和出雏早期肝脏中IGF-Ⅰ mRNA表达的发育性变化检测为例,探讨涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择,并评估绝对和相对定量两种解析方法的适用性。我们认为涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择时,采用2-ΔCt法对内参基因的有效性进行的组间评价,比Genorm等方法对内参基因的有效性进行的整体评价更为科学;涉及发育性变化的基因表达解析过程中,如果难以找到一个理想的内参基因时,绝对rtQ-PCR解析方法将比随意选取一种内参基因作为内标的相对rtQ-PCR解析方法更为简单和适用,结果的解析也更为直观和可靠。 展开更多
关键词 基因表达 内参基因有效性 实时定量pcr适用性
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荧光实时定量PCR的研究进展 被引量:14
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作者 张驰宇 成婧 +2 位作者 李全双 曹威 孙金燕 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2006年第3期268-271,共4页
关键词 荧光实时定量pcr 相对定量 绝对定量 扩增效率
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实时定量PCR法分析白桦中一花发育相关基因BpHEN的时序表达 被引量:7
16
作者 杨传平 魏继承 +2 位作者 李同华 王超 姜静 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期1-2,6,共3页
对白桦花序进行分期取材,以CTAB法提取各期材料的总RNA,应用SMART(Switching Mechanism At5′end of RNA Transcript)策略合成cDNA。根据BpHEN序列片段设计引物,通过特异扩增、产物纯化、梯度稀释,制备出系列标准样。通过实时定量PCR分... 对白桦花序进行分期取材,以CTAB法提取各期材料的总RNA,应用SMART(Switching Mechanism At5′end of RNA Transcript)策略合成cDNA。根据BpHEN序列片段设计引物,通过特异扩增、产物纯化、梯度稀释,制备出系列标准样。通过实时定量PCR分析BpHEN在各取材时期的表达情况表明,BpHEN在雌花序中的表达要高于雄花序,且在雌花序中有3个表达高峰,分别对应于授粉期、胚珠发育期、果实发育期。 展开更多
关键词 白桦 BpHEN 表达 实时定量pcr
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大灰象甲实时定量PCR内参基因的筛选 被引量:8
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作者 李晓 李建文 +8 位作者 成波 李伟 孙文秀 高华援 鞠倩 姜晓静 杜龙 曲春娟 曲明静 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1284-1294,共11页
【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成... 【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成虫触角、头、胸、腹和足中的表达量;并利用geNorm, NormFinder和BestKeeper软件及在线工具RefFinder评价候选基因的表达稳定性。以大灰象甲气味结合蛋白1(odorant bindng protein 1, OBP1)基因为目标基因验证候选基因在大灰象甲成虫不同组织中的表达稳定性。【结果】基于大灰象甲转录组数据首次鉴定得到β-肌动蛋白基因(ACT)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、60S核糖体蛋白L12基因(RPL12)、60S核糖体蛋白L32基因(RPL32)、40S核糖体蛋白S20基因(RPS20)、延伸因子2基因(EF2)、α-微管蛋白基因(TUA)和β-微管蛋白基因(TUB)共9个管家基因序列。geNorm分析结果显示,RPL12和RPS20是最稳定表达的内参基因,而BestKeeper和NormFinder分析结果显示最稳定表达的内参基因分别是TUA和TUB。综合各分析方法得出9个候选基因中TUB,TUA,RPS20和RPL12是最稳定表达的内参基因,而18S rRNA,ACT和GAPDH这3个广泛应用的内参基因则表现出最低的表达稳定性。最后以OBP1为目标基因对稳定性不同的4个候选基因进行稳定性验证,发现以TUB和RPL12为内参基因,OBP1在成虫不同组织之间的表达模式基本一致;而以RPL32为内参基因,表达模式与应用TUB作为内参基因时稍有不同,使用18S rRNA作为内参基因得到的OBP1表达模式则与应用TUB作为内参基因时的完全不一致。【结论】TUB,TUA,RPS20和RPL12可以作为分析大灰象甲成虫不同组织中基因表达水平的内参基因,为后续基因表达研究奠定了基础。 展开更多
关键词 大灰象甲 实时定量pcr 内参基因 基因表达分析 表达稳定性
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实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌HER2基因的过表达 被引量:11
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作者 奉水东 谭红专 +1 位作者 凌宏艳 袁秀琴 《中国肺癌杂志》 CAS 2011年第12期938-942,共5页
背景与目的正确评价HER2基因表达的状况对于肿瘤的施治具有重要的指导意义。以往的评价大多基于免疫组织化学法,但结果变异性大。本研究旨在探讨实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌(non-small celllung cancer,NSCLC)HER2基因... 背景与目的正确评价HER2基因表达的状况对于肿瘤的施治具有重要的指导意义。以往的评价大多基于免疫组织化学法,但结果变异性大。本研究旨在探讨实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌(non-small celllung cancer,NSCLC)HER2基因表达的可行性。方法采用实时定量PCR 2^(-△△Ct)法同时检测212例肺癌组织和与其匹配的非肿瘤组织HER2基因的表达,评价过表达水平。结果肺癌组织中HER2基因的表达水平高于非肿瘤组织(T=67,P<0.05),HER2基因的过表达率为34.0%。结论实时定量PCR2^(-△△Ct) 展开更多
关键词 实时定量pcr HER2基因 肺肿瘤 表达
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基于gyrB基因的SYBR Green I实时定量PCR检测病原灿烂弧菌 被引量:7
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作者 于永翔 王印庚 +5 位作者 刘智超 廖梅杰 张正 荣小军 李彬 战文斌 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2014年第3期134-142,共9页
灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR... 灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。 展开更多
关键词 gyrB基因 灿烂弧菌 实时定量pcr SYBR Green I
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基于表型症状和实时定量PCR鉴定不同香蕉品种对枯萎病的抗病性 被引量:8
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作者 徐胜涛 白亭亭 +10 位作者 张磊 番华彩 杨佩文 尹可锁 曾莉 李迅东 郭志祥 杨宝明 黄玉玲 李永平 郑泗军 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1997-2002,共6页
【目的】香蕉枯萎病已成为香蕉产业可持续发展的最主要限制因素之一,通过室内建立不同香蕉品种对枯萎病快速鉴定方法,为大田香蕉抗病品种鉴定和品种改良提供依据。【方法】本研究对巴西蕉(B)、桂蕉1号(GV)和笔者自主选育的品系云蕉1号(Y... 【目的】香蕉枯萎病已成为香蕉产业可持续发展的最主要限制因素之一,通过室内建立不同香蕉品种对枯萎病快速鉴定方法,为大田香蕉抗病品种鉴定和品种改良提供依据。【方法】本研究对巴西蕉(B)、桂蕉1号(GV)和笔者自主选育的品系云蕉1号(Y)进行枯萎病病菌4号生理小种热带型(Fusarium oxysporum f.sp.cubense Tropic Race 4,Foc TR4)野生型菌株(15-1)温室接种,通过叶片表型和球茎解剖2种病情指数调查并结合实时定量PCR分析,鉴定供试材料的抗感差异并筛选出对枯萎病抗性较好的香蕉材料。【结果】经过3次独立温室接种试验,结果显示云蕉1号病情指数最低,其他品种在接种后枯萎病抗性强弱的表现为Y>GV>B。检测接种后土壤中病原菌含量发现,3个品种之间未达到显著性差异,表明接种条件相对一致。不同香蕉品种在接种25 d后,云蕉1号的球茎病原菌含量较低,与巴西蕉相比达到了显著性差异(P<0.05),但是与桂蕉1号差异不显著,说明云蕉1号抗病性较好。【结论】本研究通过香蕉枯萎病的室内速鉴定方法表明,云蕉1号对枯萎有较好的耐病性,适合进一步大田筛选。 展开更多
关键词 枯萎病 香蕉 实时定量pcr 抗病性 病情指数
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