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人乳头瘤病毒分型长链寡核苷酸芯片的制备 被引量：3
1
作者 危敏 马文丽 +3 位作者 张宝 李凌 孙朝晖 郑文岭 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期120-123,共4页
目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制... 目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制性显示技术对HPV样品进行荧光标记,并将标记好的样品与芯片杂交,以了解寡核苷酸基因芯片在HPV病毒检测和分型中的作用。结果荧光标记的HPV样品与多个型特异性HPV探针杂交有明显的荧光信号,可以根据杂交结果进行初步的分型检测。结论采用设计合理的60mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对HPV的检测和分型。 展开更多
关键词 乳头瘤状病毒 人 寡核苷酸序列分析 检测
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脑脊液病原菌16S rRNA微型寡核苷酸芯片检测方法的初步研究 被引量：4
2
作者 毕春霞 武静 +3 位作者 张德坤 苏维奇 刘成玉 闫志勇 《青岛大学医学院学报》 CAS 2006年第3期200-202,共3页
目的初步建立一种脑脊液标本中常见病原菌的快速检测方法。方法根据脑脊液标本中常见病原菌16S rRNA基因保守区的序列设计用于基因扩增的通用引物,制备细菌的通用探针、革兰阳性和阴性菌通用探针,以及肠杆菌科属、嗜血杆菌属和脑膜炎奈... 目的初步建立一种脑脊液标本中常见病原菌的快速检测方法。方法根据脑脊液标本中常见病原菌16S rRNA基因保守区的序列设计用于基因扩增的通用引物,制备细菌的通用探针、革兰阳性和阴性菌通用探针,以及肠杆菌科属、嗜血杆菌属和脑膜炎奈瑟菌、金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肺炎链球菌、产单核李斯特菌的属或种特异性探针,将探针加尾后固定于尼龙膜上制成寡核苷酸芯片。提取标本中病原菌DNA后用通用引物行PCR扩增,扩增过程中用生物素标记;将产物变性后分别与点有各种探针的尼龙膜反向杂交,检测脑脊液中细菌的感染情况。结果所有探针均只与其相应的细菌DNA扩增产物反应产生杂交信号。结论建立的脑脊夜病原菌寡核苷酸芯片能够准确、敏感、快速、高效地检测脑脊液标本中病原菌的感染情况。 展开更多
关键词 脑脊髓液 细菌 寡核苷酸芯片 寡核苷酸序列分析
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150例慢性丙型肝炎患者HCV基因型和NS3蛋白酶编码区序列的分析 被引量：1
3
作者 李筱涵 王琳 +5 位作者 叶海燕 李晓东 刘妍 李乐 毛远丽 徐东平 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1201-1204,共4页
目的对来源于我国不同地区的150例慢性丙型肝炎患者进行HCV基因分型和NS3蛋白激酶编码区序列分析。方法基因分型采用基因芯片法;NS3区序列扩增采用自行设计的型特异性引物介导巢式RT-PCR,序列分析采用PCR产物直接测序。结果 150例患者HC... 目的对来源于我国不同地区的150例慢性丙型肝炎患者进行HCV基因分型和NS3蛋白激酶编码区序列分析。方法基因分型采用基因芯片法;NS3区序列扩增采用自行设计的型特异性引物介导巢式RT-PCR,序列分析采用PCR产物直接测序。结果 150例患者HCV基因分型结果为1b占66.7%(100/150),2a占22.7%(34/150),3a占4%(6/150),3b占4%(6/150),6型占2%(3/150),1a占0.7%(1/150)。对NS3区序列采用进化树分析进行分型,其结果与基因芯片法分型结果高度一致,主要基因型(1a、2b)的NS3区序列无明显地区性聚集倾向。未检出与新型HCV蛋白酶抑制剂telaprevir耐药相关的V36M/A、T54A、R155K/T和A/156V/T变异。结论我国慢性丙型肝炎患者仍以1b型感染为主,采用NS3蛋白酶编码区序列分析可同时进行基因分型和针对蛋白酶抑制剂的耐药变异检测,我国天然存在的相对优势变异株发生telaprevir原发耐药的可能性很小。 展开更多
关键词 肝炎病毒 DNA指纹法 寡核苷酸序列分析
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诊断性传播疾病寡核苷酸芯片的研制 被引量：1
4
作者 梁浩 王凤山 +3 位作者 韩金祥 黄海南 刘毅 鲁艳芹 《山东大学学报（医学版）》 CAS 2004年第1期84-88,共5页
目的:探索寡核苷酸芯片的制备方法,并利用芯片技术进行性传播疾病的快速、平行诊断。方法:借助生物信息学方法,设计引物及特异性探针,制备芯片,与收集的性病阳性标本进行杂交,经显色,分析结果。结果:经过对收集到的19例性病的阳性标本... 目的:探索寡核苷酸芯片的制备方法,并利用芯片技术进行性传播疾病的快速、平行诊断。方法:借助生物信息学方法,设计引物及特异性探针,制备芯片,与收集的性病阳性标本进行杂交,经显色,分析结果。结果:经过对收集到的19例性病的阳性标本进行杂交分析,都能显出特异性的斑点。结论:本研究用生物信息学方法设计的引物、探针是合理的,芯片用于性传播疾病的诊断是可行的。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 计算生物学 性传播疾病
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全基因组寡核苷酸芯片筛选与胰腺癌相关的基因信号通路 被引量：1
5
作者 江华 沈晓莹 +7 位作者 宋振云 胡晔东 徐文 钟岚 张小燕 熊伍军 刘菲 郜恒骏 《胃肠病学》 2009年第6期343-346,共4页
背景:胰腺癌的发病率有所上升,且缺乏诊断标记物和治疗措施。近年研究表明,基因信号通路在胰腺癌发病中起重要作用。目的:探讨与胰腺癌相关的基因信号通路。方法:6例经病理证实的胰腺癌及其癌旁组织纳入研究。抽提总RNA,合成两种组织探... 背景:胰腺癌的发病率有所上升,且缺乏诊断标记物和治疗措施。近年研究表明,基因信号通路在胰腺癌发病中起重要作用。目的:探讨与胰腺癌相关的基因信号通路。方法:6例经病理证实的胰腺癌及其癌旁组织纳入研究。抽提总RNA,合成两种组织探针,探针荧光标记和纯化后,与Agilent全基因组寡核苷酸芯片进行杂交,对差异基因进行生物信息学分析,筛选与胰腺癌相关的信号通路。结果:差异基因的KEGG Pathway分析发现肾细胞癌通路分类对胰腺癌最具生物学意义,其中TGFβ3、EPAS1、PIK3R3、EGLN1、PGF、ETS1、VEGFB、CREBBP和PIK3R5九个关键基因的表达有显著差异(P<0.05)。结论:胰腺癌发病与肾细胞癌通路激活密切相关,可能为胰腺癌的研究提供新的思路。 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 肾细胞癌通路 寡核苷酸序列分析 差异表达 基因表达谱
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HCMV 60-mer寡核苷酸诊断芯片的探针与微阵列设计
6
作者 张亚莉 马文丽 +2 位作者 赵海全 莫小阳 郑文岭 《山东医药》 CAS 北大核心 2006年第8期17-18,共2页
目的设计用于人巨细胞病毒(HCM V)诊断的60-m er长链寡核苷酸探针及微阵列。方法利用生物学软件A rray D es igner2.0,针对HCM V特异且保守的序列设计60-m er探针,利用BLA ST功能将设计探针在G enB ank数据库进行序列比对分析,筛选得到H... 目的设计用于人巨细胞病毒(HCM V)诊断的60-m er长链寡核苷酸探针及微阵列。方法利用生物学软件A rray D es igner2.0,针对HCM V特异且保守的序列设计60-m er探针,利用BLA ST功能将设计探针在G enB ank数据库进行序列比对分析,筛选得到HCM V特异性O ligo探针,根据各探针的属性特点设计芯片阵列。结果设计得到24条解链温度(Tm值)相近、长度均一的60-m er O ligo探针及其芯片阵列,拟打印成DNA芯片用于HCM V检测。结论利用病原体的生物信息学资料及A rray D es igner2.0生物软件,能有效的进行病毒检测芯片的设计。 展开更多
关键词 人巨细胞病毒 寡核苷酸序列分析 基因芯片 Oligo探针 微阵列设计
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RASSF1B基因的克隆及序列分析
7
作者 陈吉祥 陈明军 张尤历 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第10期8-9,共2页
目的克隆RASSF1B基因并观察其序列。方法采用RT-PCR从胃腺癌细胞AGS、肝癌细胞HEPG2、高转移肺癌细胞95D、肺腺癌细胞LTEP-a-2、白血病细胞U937中克隆RASSF1B基因,用生物信息学方法对克隆基因的序列进行分析。结果RASSF1B在5种肿瘤细胞... 目的克隆RASSF1B基因并观察其序列。方法采用RT-PCR从胃腺癌细胞AGS、肝癌细胞HEPG2、高转移肺癌细胞95D、肺腺癌细胞LTEP-a-2、白血病细胞U937中克隆RASSF1B基因,用生物信息学方法对克隆基因的序列进行分析。结果RASSF1B在5种肿瘤细胞中均有表达。序列分析显示,该基因中有一个Ras结合区域和一个SARAH区域。结论在胃腺癌、肝癌、高转移肺癌、肺腺癌、白血病细胞中成功克隆出RASSF1B基因,该基因序列中含有一个Ras结合区域和一个SARAH区域。 展开更多
关键词 RASSF1B基因 基因克隆 寡核苷酸序列分析
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线粒体多态性检测寡核苷酸芯片的构建
8
作者 何群 林子清 +3 位作者 张玉魁 王天胶 潘忠诚 赵雨杰 《中国医药生物技术》 CSCD 2009年第2期96-101,共6页
目的构建用于线粒体DNA(mtDNA)D-环控制区(D-LOOP区)多态性多个位点集成检测的寡核苷酸芯片。方法根据GenBank中人mtDNA D-LOOP区序列设计2组引物[普通引物和N,N’-对羧苄基吲哚三菁(Cy5)标记引物]和55种寡核苷酸探针。将探针固定于醛... 目的构建用于线粒体DNA(mtDNA)D-环控制区(D-LOOP区)多态性多个位点集成检测的寡核苷酸芯片。方法根据GenBank中人mtDNA D-LOOP区序列设计2组引物[普通引物和N,N’-对羧苄基吲哚三菁(Cy5)标记引物]和55种寡核苷酸探针。将探针固定于醛基修饰载玻片表面,制备mtDNA多态性检测芯片。提取40例健康人外周血标本mtDNA,应用Cy5标记引物不对称PCR扩增mtDNA D-LOOP区片段。取未变性和变性后扩增产物分别与芯片进行杂交,观察二者杂交信号强度差异,并将芯片检测结果与DNA测序结果进行比较。观察等倍稀释的不对称PCR扩增产物的杂交信号强度,检测芯片的灵敏度;将DNA测序结果与探针进行BLAST2比对,找出与PCR扩增产物完全匹配和仅1个碱基不匹配的探针,分析二者在芯片上相应位点杂交信号强度的差异,观察芯片的特异性;以放置6个月后的芯片检测外周血mtDNA,观察杂交信号强度的变化。结果不对称PCR扩增获得的mtDNA D-LOOP区片段(466bp)与预期表达片段大小一致。不对称PCR扩增产物直接杂交和变性后杂交的信号强度无明显差异,40例健康人外周血标本mtDNA的芯片杂交检测结果均与DNA测序结果完全吻合。灵敏度检测结果显示,杂交信号强度随扩增产物稀释程度的增加而减弱,芯片检测靶分子的灵敏度为0.1ng;与DNA测序结果完全匹配的探针174和仅相差1个碱基"C"的探针174c的杂交信号强度具有明显差异;而保存6个月后的芯片杂交信号强度基本保持不变。结论构建的寡核苷酸芯片可满足对mtDNA D-LOOP区多态性进行多个位点快速通量检测的需要,具有较高的灵敏度和特异性,适用于法医鉴定及线粒体疾病的检测。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 DNA 线粒体 多态性 单核苷酸
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高性价比寡核苷酸基因表达谱芯片的制备方法 被引量：1
9
作者 任永红 张科 +3 位作者 孙清岚 王亚辉 庄远红 张亮 《中国医药生物技术》 CSCD 2010年第1期38-43,共6页
目的探讨探针长度对寡核苷酸(Oligo)基因芯片杂交信号的影响。方法以大肠杆菌基因表达信息作为实验模型,根据已有大肠杆菌全基因组芯片数据选择覆盖高、中、低杂交信号强度的20个大肠杆菌基因,针对该20个基因分别设计59-mer和70-mer长度... 目的探讨探针长度对寡核苷酸(Oligo)基因芯片杂交信号的影响。方法以大肠杆菌基因表达信息作为实验模型,根据已有大肠杆菌全基因组芯片数据选择覆盖高、中、低杂交信号强度的20个大肠杆菌基因,针对该20个基因分别设计59-mer和70-mer长度Oligo探针,并将2种探针点制在同一张芯片中,同时设阳性对照探针和阴性对照点样液。提取大肠杆菌RNA,经过反转录、扩增、荧光标记后与芯片进行杂交反应,采用激光共聚焦扫描仪扫描芯片,利用数据分析软件提取探针的杂交信号值并进行显著性分析。结果大肠杆菌28SrRNA和18SrRNA条带清晰,无降解带出现,质量合格。芯片杂交结果显示59-mer和70-mer长度探针的杂交效率和杂交信号差异无统计学意义(P=0.9810),阳性对照探针出现阳性杂交信号,阴性对照点样液未检测到杂交信号,符合质控要求。结论59-mer长度探针可用来制备Oligo基因芯片,这不仅降低了基因芯片制作成本,而且将推动基因芯片技术更为普及的应用。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 寡核苷酸探针 基因表达谱
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PCR引物浓度对寡核苷酸液相杂交的影响 被引量：2
10
作者 李义良 易进华 +2 位作者 夏佳慧 周文艳 范丽丽 《中国医药生物技术》 CSCD 2010年第2期122-127,共6页
目的考察PCR引物浓度配比对液相微珠杂交效率的影响,寻求具有较强杂交信号和较好稳定性的PCR引物浓度配比。方法建立HLA-DRB1等位基因的相关数据库,选择在HLA-DRB1位点的第二外显子上设计探针,并且选择其保守序列作为阳性对照探针(DPC2)... 目的考察PCR引物浓度配比对液相微珠杂交效率的影响,寻求具有较强杂交信号和较好稳定性的PCR引物浓度配比。方法建立HLA-DRB1等位基因的相关数据库,选择在HLA-DRB1位点的第二外显子上设计探针,并且选择其保守序列作为阳性对照探针(DPC2),DPC2探针中间位点T突变成A作为阴性对照探针(DNC)。分别针对标本C2-008、C2-024、C2-025的等位基因序列设计出6条约21bp的寡核苷酸探针,各探针5’端用氨基(NH2)修饰。通过引物浓度梯度配比(1:100、1:50、1:20、1:8、1:4、1:2、1:1),对型别已知的细胞株DNA进行PCR扩增并得到目的片段(1:100配比除外),在相同条件下将PCR产物与寡核苷酸探针进行液相杂交检测。结果浓度配比为1:1的对称式扩增产物杂交结果不理想,而浓度配比分别为1:20、1:8、1:4、1:2的不对称扩增均得到了待检单链、双链DNA混合物,其中1:4浓度配比具有最好的扩增效率和稳定性。根据阳性信号与阳性标本是否相符表明:引物浓度配比为1:100的不对称PCR和1:1的对称PCR检测效果差,易出现假阴性;1:2、1:4、1:8、1:20配比检测效果较好,比较稳定。结论PCR引物浓度配比影响液相微珠杂交效率,不对称PCR产物有利于提高杂交效率,为快速成功配制PCR试剂奠定了基础,有利于寡核苷酸液相芯片的应用。 展开更多
关键词 聚合酶链反应 寡核苷酸序列分析 核酸杂交
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小鼠脑微血管内皮细胞株bEnd.3的细胞特征及基因表达谱分析 被引量：13
11
作者 乐飞 张国平 +2 位作者 金惠铭 史连国 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第8期1340-1344,共5页
目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;... 目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;ELISA定量检测PGE2 ;流式细胞术、MTT法研究增殖和凋亡、血管内皮细胞基因芯片研究正常培养bEnd 3基因表达谱。结果 :bEnd 3具备多种典型的微血管内皮细胞 (MVEC)特征 :细胞呈多边形或梭型、呈铺路石样生长 ;存在管腔样结构 (TLS)和毛细血管样网络 ,细胞表面有丰富的微绒毛 ;vW因子、CD34阳性 ;CD31、CD36、CD10 5等也有不同程度的表达 ;细胞高水平分泌前列腺素E2 (PGE2 ) ;多种与正常血管功能密切相关的基因也有不同程度的表达。结论 :bEnd .3保留了MVEC的基本特性 ,可用于心脑血管疾病。 展开更多
关键词 bEnd.3细胞 内皮 von WILLEBRAND因子 抗原 CD34 寡核苷酸序列分析
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自然临产及缩宫素诱导临产子宫体部平滑肌差异基因表达谱分析 被引量：11
12
作者 张卫社 吴新华 +2 位作者 伍招娣 马薇 周昌菊 《现代妇产科进展》 CSCD 北大核心 2007年第3期206-209,共4页
目的:探讨自然临产及缩宫素诱导临产(OT引产)子宫体部平滑肌基因表达谱的差异。方法:应用8064条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,分别筛选自然临产与OT引产活跃期比未临产子宫体部平滑肌组织的差异基因表达谱,并用RT-PCR验证HSPA1B基因的... 目的:探讨自然临产及缩宫素诱导临产(OT引产)子宫体部平滑肌基因表达谱的差异。方法:应用8064条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,分别筛选自然临产与OT引产活跃期比未临产子宫体部平滑肌组织的差异基因表达谱,并用RT-PCR验证HSPA1B基因的表达。结果:(1)分娩活跃期子宫体部与未临产相比,显著性差异表达基因,自然临产时有469条,OT引产时有539条。二者差异基因表达谱中相同表达趋势的基因为338,占总差异基因数的54%,但多数基因在OT引产时上调的比值高于自然临产;(2)HSPA1B基因在未临产组、自然临产组及OT引产组子宫体部的相对表达量分别为0.40±0.39、0.80±0.75和1.11±0.78。自然临产组及OT引产组均明显高于未临产组(P<0.05),与芯片实验结果一致。结论:自然临产与OT引产子宫体部平滑肌组织差异基因表达谱具有相似性,但OT引产时多数基因上调的比值高于自然临产,对共同差异表达基因的深入研究,可能为揭示分娩动因、监测产程和设计相关药物提供新的思路。 展开更多
关键词 子宫平滑肌 寡核苷酸序列分析 分娩发动 缩宫素
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大鼠心肌微血管内皮细胞的培养及基因芯片分析的研究 被引量：11
13
作者 宁艳霞 王新红 +2 位作者 金惠铭 赵凤娣 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2295-2300,共6页
目的:用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究培养的大鼠心肌微血管内皮细胞特征。方法:用植块法培养大鼠心肌微血管内皮细胞,利用倒置显微镜、扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察培养细胞的形态学特征;利用免疫细胞化学方法显示血管内... 目的:用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究培养的大鼠心肌微血管内皮细胞特征。方法:用植块法培养大鼠心肌微血管内皮细胞,利用倒置显微镜、扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察培养细胞的形态学特征;利用免疫细胞化学方法显示血管内皮细胞特异性表面标志;用细胞计数方法绘制细胞生长曲线;用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究细胞基因表达谱,并比较原代细胞和传代细胞基因表达的变化。结果:利用植块法培养的大鼠心肌微血管内皮细胞具备多种典型微血管内皮细胞(MVEC)特征:细胞呈多边形或梭形并呈铺路石样生长; 存在管腔样结构(TLS)和毛细血管网络,细胞表面有丰富的微绒毛;CD34、CD31、CD105、VW因子和TIE-2阳性;多种与正常血管功能密切相关的基因不同程度表达,前2代细胞特征稳定。结论:用植块法培养的大鼠心肌微血管内皮细胞,具备微血管内皮细胞的特征,原代和第2代培养细胞特征稳定,可用于心血管疾病的基础与临床研究。 展开更多
关键词 细胞培养 毛细血管 内皮细胞 寡核苷酸序列分析
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胶质瘤干细胞与神经干细胞基因表达差异的微阵列基因芯片分析 被引量：7
14
作者 尹丰 张剑宁 +4 位作者 赵明明 周春辉 王淑为 郭欣如 刘爽 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期800-803,共4页
目的利用基因芯片技术筛选人脑胶质瘤干细胞(GSCs)和正常神经干细胞(NSCs)中差异表达的基因。方法利用人类HOA5.1 OneArray表达谱芯片(包括29 186个基因),与GSCs和NSCs的总RNA生成的探针进行杂交,通过寡核苷酸芯片ScanArray 4000筛选两... 目的利用基因芯片技术筛选人脑胶质瘤干细胞(GSCs)和正常神经干细胞(NSCs)中差异表达的基因。方法利用人类HOA5.1 OneArray表达谱芯片(包括29 186个基因),与GSCs和NSCs的总RNA生成的探针进行杂交,通过寡核苷酸芯片ScanArray 4000筛选两者之间的差异基因,并选择其中的部分差异表达基因(DCX、PTGS2、SCGN、GAD2、OTX2、PEG10、NRXN3)进一步行qRT-PCR验证。结果与正常NSCs相比,GSCs中1372个基因表达下调,1501个基因表达上调,功能富集分析显示,这些差异基因主要参与了神经轴突导向、细胞周期、细胞黏附、免疫炎症反应及癌症相关的信号路径。qRT-PCR检测结果与芯片检测结果相符。结论多类基因在胶质瘤的发生发展中发挥着重要作用,该结果可为胶质瘤的靶向治疗提供新的线索。 展开更多
关键词 神经胶质瘤 肿瘤干细胞 神经干细胞 寡核苷酸序列分析
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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析 被引量：13
15
作者 洪创跃 杨婷婷 +4 位作者 李金莉 李霜君 吴利凯 杨争 谭卫国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第6期583-589,共7页
目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 基因组 细菌 高通量核苷酸测序 基因型 寡核苷酸序列分析 深圳
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129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析 被引量：8
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作者 刘佳文 吕红艳 +1 位作者 丁北川 张治国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第9期999-1004,共6页
目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3... 目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非典型性 生物学鉴定法 芯片分析技术 分子探针技术 寡核苷酸序列分析 结果与过程评价(卫生保健)
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年龄相关性白内障晶体上皮细胞的基因表达谱变化的初步分析 被引量：4
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作者 吴明星 吴开力 +3 位作者 卞庆宁 姬红培 王忠浩 刘奕志 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1429-1434,共6页
目的:探讨年龄相关性白内障与正常透明晶状体前囊上皮细胞基因表达差异,为年龄相关性白内障发病机制的研究及治疗提供理论依据。方法:提取年龄相关性白内障病人晶状体和正常透明晶状体前囊中央上皮细胞RNA,分别用cy3、cy5标记,再与含806... 目的:探讨年龄相关性白内障与正常透明晶状体前囊上皮细胞基因表达差异,为年龄相关性白内障发病机制的研究及治疗提供理论依据。方法:提取年龄相关性白内障病人晶状体和正常透明晶状体前囊中央上皮细胞RNA,分别用cy3、cy5标记,再与含8064个基因点的芯片杂交,筛选两个样本间表达差异的基因,并对这些基因进行初步功能分析。按不同功能类型分别选择9个存在显著表达差异的基因,应用实时荧光定量PCR技术验证基因芯片可靠性。结果:年龄相关性白内障前囊中央上皮细胞中有724个差异表达基因,包括438个表达下调基因和286个表达上调基因。进行初步功能分类分析发现这些表达差异基因主要涉及晶状体结构蛋白基因、细胞骨架蛋白基因、细胞增殖及细胞凋亡以及细胞应激反应等方面。结论:年龄相关性白内障与透明晶状体前囊上皮细胞存在基因表达差异,其中多数基因呈表达下调。表达下调基因功能涉及的生物学过程导致晶状体维持内环境稳定的能力下降,形成白内障。 展开更多
关键词 晶体 白内障 基因表达 寡核苷酸序列分析
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中国汉族人群17个心血管疾病易感基因位点基因型和基因频率分析 被引量：6
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作者 唐敏 戴勇 +3 位作者 蔡晓钟 吕天羽 田小园 涂植光 《第四军医大学学报》 北大核心 2007年第17期1609-1612,共4页
目的:调查中国汉族人群中17个心血管疾病易感基因位点的基因型和基因频率.方法:运用基因芯片技术同时检测138例来自中国大部分省市的汉族人的13个心血管易感基因的17个SNPs.结果:国内未曾见报道的4个基因位点基因型频率分别为:ET-2985AA... 目的:调查中国汉族人群中17个心血管疾病易感基因位点的基因型和基因频率.方法:运用基因芯片技术同时检测138例来自中国大部分省市的汉族人的13个心血管易感基因的17个SNPs.结果:国内未曾见报道的4个基因位点基因型频率分别为:ET-2985AA∶AG∶GG为2.2%(3)∶22.2%(30)∶75.6%(102);NPRC(-55)AA∶AC∶CC为8.1%(11)∶23.0%(31)∶68.9%(93);KCNQ1140则只发现了SS基因型;CYP46rs754203CC∶CT∶TT为55.0%(66)∶20.0%(24)∶25.0%(30).ApoBMsp1+∶-为92%(232)∶8%(20),而Hap-map公布的则为100%(90)∶0%(0),两者比较,差异有统计学意义(χ2=7.587,P=0.000).MTHFR677C∶T为70%(168)∶30%(72),与Hapmap中中国北京汉族人(CHB)公布的结果48.9%(44)∶51.1%(46),以及ALFRED中公布的中国香港汉族(SA0008510)77.8%(322)∶22.2%(92)比较,差异具有统计学意义(χ2和P分别为12.70,0.000;4.89,0.027).其他位点的调查结果与Hapmap计划中CHB(ANP2238,ApoBXbaⅠ,NOS3298,ApoBEcorⅠ和ApoE112)和AL-FRED网站的SA0008510的基因频率(AGT235,ACEAlu,ApoCⅢ3175,ApoCⅢ3206,ApoE158和SerpinA3rs4934)有较好的吻合.结论:SNPs频率分布具有种族和地区差异,中国汉族人群中ANP2238C,ApoBEcorⅠ(-)和KCNQ1140G,是少见的等位基因(<5%),可能不是心血管疾病的主要原因.用基因芯片检测多个心血管疾病易感基因SNPs结果可靠. 展开更多
关键词 心血管疾病 易感基因 单核苷酸多态性 寡核苷酸序列分析
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拉米夫定耐药的HBV反转录酶区基因突变模式分析 被引量：4
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作者 陈星 秦红波 +1 位作者 黄钰君 邝燕玲 《检验医学与临床》 CAS 2014年第2期157-159,162,共4页
目的分析慢性乙型肝炎(CHB)患者在拉米夫定(LAM)治疗过程中出现耐药的HBV反转录酶区基因的突变模式及临床特征,指导临床用药。方法采用巢式聚合酶链反应(PCR)方法对2009年1月至2011年12月广州市第八人民医院肝病门诊或住院治疗的LAM初... 目的分析慢性乙型肝炎(CHB)患者在拉米夫定(LAM)治疗过程中出现耐药的HBV反转录酶区基因的突变模式及临床特征,指导临床用药。方法采用巢式聚合酶链反应(PCR)方法对2009年1月至2011年12月广州市第八人民医院肝病门诊或住院治疗的LAM初治发生耐药的105例CHB患者血清HBV聚合酶基因反转录酶区进行扩增,对PCR产物进行测序,分析LAM耐药时HBV聚合酶基因的不同突变模式及患者临床特征。结果105例患者诊断为LAM耐药,98例患者检测到LAM相关的HBV聚合酶基因突变,总体突变模式共8种,其中95例患者存在YMDD基因突变,占96.9%。rtM204I单点突变患者42例,占43.9%;rtM204V单点突变患者3例,占3.1%,二者比较差异有统计学意义(χ2=21.899,P<0.05),提示rtM204位点(YMDD)点突变模式以rtM204I点突变为主。rtM204V以联合rtL180M组合突变的模式为主。LAM耐药时,3种主要突变模式rtM204I、rtL180M+rtM204I、rtL180M+rtM204V患者的年龄、性别比例、血清HBV DNA载量、ALT水平、肝硬化发生率及HBeAg阳性率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。HBV聚合酶区基因突变患者与伴生化学突破患者的HBV DNA载量明显高于HBV-P-RT区基因未突变和未发生生化学突破的患者,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 YMDD基因突变是LAM耐药后HBV聚合酶基因突变的主要模式,且突变患者的HBV DNA载量明显增高,检查耐药患者基因序列,可指导临床合理用药。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 耐药 寡核苷酸序列分析 拉米夫定
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长沙某医院结核分枝杆菌耐药基因分布情况分析 被引量：2
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作者 潘建华 石国民 +1 位作者 马小华 向延根 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第1期34-36,共3页
目的了解长沙某医院结核分枝杆菌(MTB)耐药基因的分布情况。方法分析长沙市中心医院2014年7月至2017年3月分离的1 981株MTB耐药基因ropB、KatG和inhA的分布情况。结果 1 981例MTB感染患者中共检出ropB基因突变型335株,突变率为16.91%(33... 目的了解长沙某医院结核分枝杆菌(MTB)耐药基因的分布情况。方法分析长沙市中心医院2014年7月至2017年3月分离的1 981株MTB耐药基因ropB、KatG和inhA的分布情况。结果 1 981例MTB感染患者中共检出ropB基因突变型335株,突变率为16.91%(335/1 981)。ropB基因位点突变率由高至低依次为531[50.75%(170/335)]、516[21.19%(71/335)]、526[17.0%(157/335)]、511[14.33%(48/335)]、513[2.69%(9/335)]、533[2.39%(8/335)];检出KatG突变株310株,突变率为15.65%(310/1 981);inhA突变型68株,突变率为3.43%(68/1 981),合计耐异烟肼基因突变率为18.6%(369/1 981)。其中KatG AGC→ACC突变型占79.95%(295/369)。结论 ropB基因531、516、526和511位点突变和KatG AGC→ACC突变是导致长沙某院结核病利福平和异烟肼耐药的主要因素,基因芯片技术可作为该院MTB耐药基因的快速筛选方法。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 抗药性 基因 突变 寡核苷酸序列分析
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