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难浮煤−极性捕收剂相互作用研究新视角:分子对接与诱导契合效应
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作者 蘧鹏程 夏阳超 +3 位作者 薛志刚 邢耀文 桂夏辉 田佳 《煤炭科学技术》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期283-290,共8页
研究煤泥与浮选药剂间的相互作用将是浮选过程强化的热点和难点,针对难浮煤表面强亲水的化学结构特性,将生物医药领域诱导契合效应引入到难浮煤−极性捕收剂的相互作用研究中。基于煤样性质检测结果,构建了3D煤分子结构,采用原型分子(Pro... 研究煤泥与浮选药剂间的相互作用将是浮选过程强化的热点和难点,针对难浮煤表面强亲水的化学结构特性,将生物医药领域诱导契合效应引入到难浮煤−极性捕收剂的相互作用研究中。基于煤样性质检测结果,构建了3D煤分子结构,采用原型分子(Protomol)技术搜索并表示煤分子活性口袋,在活性口袋中搜索极性捕收剂与难浮煤的分子对接最优构象,根据极性药剂与煤分子相互作用最优构象的结合能大小,分析分子对接和诱导契合效应研究结果与浮选结果之间的对应性关系。结果表明分子对接结果与难浮煤可燃体回收率均呈现出十二醇<十二醛<十二酸甲酯的规律,浮选可燃体回收率与分子对接结合能绝对值、煤分子诱导契合效应呈现明显的正相关关系,揭示了分子对接对浮选药剂筛选的指导作用。根据分子对接构型可知结合能存在差异性归因于π-CH作用和空间位阻作用的不同。进而将药剂分子的三维空间进行固定,采用分子力学模拟对三种极型捕收剂与煤分子间“诱导契合效应”进行探索,发现十二酸甲酯与煤分子活性区域能够产生更大的相互作用,煤分子活性区域对十二酸甲酯的诱导效应、包裹性更强,因而在浮选过程中效果更好。采用分子对接和诱导契合效应研究煤分子与药剂相互作用,可为浮选捕收剂的快速筛选提供技术途径和科学指导。 展开更多
关键词 难浮煤 极性捕收剂 分子对接 对接打分方法 诱导契合
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小浪底水库对接时机与对接水位的库区调控效应
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作者 杨飞 王若水 +1 位作者 王远见 江恩慧 《人民黄河》 CAS 北大核心 2024年第2期29-31,37,共4页
如何运用水库群联合调度发挥最大的排沙效益是水沙调控的关键技术难题。选择2023年汛前黄河调水调沙时期三门峡水库和小浪底水库联合调度运用为对象,分析两库不同对接时机与对接水位的小浪底水库进出库水沙过程,量化两库间不同对接时机... 如何运用水库群联合调度发挥最大的排沙效益是水沙调控的关键技术难题。选择2023年汛前黄河调水调沙时期三门峡水库和小浪底水库联合调度运用为对象,分析两库不同对接时机与对接水位的小浪底水库进出库水沙过程,量化两库间不同对接时机与对接水位的水沙调控效应。三门峡水库自身蓄水量较小、调水能力有限,通过改变三门峡泄流出库时机,产生的小浪底库区冲刷效果差异较大。随着对接水位的降低,库区冲刷量逐渐增加。随着三门峡水库相对起泄时间的推迟,库区冲刷量呈现先增加后减少的趋势。 展开更多
关键词 对接时机 对接水位 水沙调控 小浪底水库 三门峡水库
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多光谱法和分子对接模拟法研究茶碱和胃蛋白酶的相互作用
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作者 王晓霞 马力通 +4 位作者 孙吉盛 聂智华 赛华征 成建国 段建国 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期714-721,共8页
在模拟生理条件下,通过紫外可见吸收光谱法、傅里叶红外光谱、荧光光谱、三维荧光光谱、同步荧光光谱、圆二色谱等方法以及分子对接模拟法对茶碱(TPL)与胃蛋白酶(PEP)的结合机理进行了研究,在分子层面探讨TPL与PEP相互作用的机制,有助于... 在模拟生理条件下,通过紫外可见吸收光谱法、傅里叶红外光谱、荧光光谱、三维荧光光谱、同步荧光光谱、圆二色谱等方法以及分子对接模拟法对茶碱(TPL)与胃蛋白酶(PEP)的结合机理进行了研究,在分子层面探讨TPL与PEP相互作用的机制,有助于对TPL的药理毒性、药效进行深入研究。根据Stern-Volmer方程,计算在298、 303和308 K三种温度下TPL对PEP的动态荧光猝灭速率常数Kq远大于最大动态荧光猝灭常数2.0×10^(10)L·(mol·s)^(-1),证明TPL对PEP的猝灭方式为静态猝灭。随着TPL浓度的不断升高,PEP的动态猝灭常数Ksv呈规律性下降趋势,TPL可以有效对PEP的内源荧光进行猝灭,进一步判定作用机制为静态猝灭。三维荧光图谱分析表明,体系中随着TPL浓度的不断升高,PEP中代表色氨酸残基与酪氨酸残基以及肽链骨架结构的荧光强度峰值明显降低,且峰位发生红移,表明TPL对PEP的二级结构产生影响。同步荧光图谱分析表明TPL与PEP结合时,主要集中在色氨酸的残基上。红外光谱表明TPL引起PEP内官能团伸缩振动,使PEP的二级结构发生改变。紫外吸收光谱表明随着混合体系中TPL浓度增大,吸收峰峰值逐渐增大,表明TPL可以改变PEP的二级结构。分子对接模拟法表明,TPL与PEP中氨基酸残基GLU13、 VAL30、 TRP39、 GLY76、 GLY78、 PHE117的结合作用力为范德华力,与氨基酸残基THR77、 GLY217形成氢键,与氨基酸残基TYR75、 LEU112、 ILE120、PHE111之间存在疏水作用力,证明两者主要通过范德华力与氢键结合,进一步证明TPL改变了PEP的二级结构。圆二色谱分析显示PEP中β-折叠的占比从50.2%下降至48.8%, α-螺旋结构的占比从8.1%上升到8.4%;β-转角的占比从18.3%上升到18.7%;无规则结构的占比从29.1%上升到29.2%,表明TPL改变了PEP的二级结构。实验研究结果有助于了解TPL与PEP的结合作用机制,为TPL的使用及研究提供了数据依据。 展开更多
关键词 茶碱 胃蛋白酶 多光谱法 分子对接模拟
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基于网络药理学和分子对接探讨党参防治免疫性血小板减少症的分子机制
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作者 朱瑞芳 陈雨露 +5 位作者 王倩 张珺 张淑文 吕亚茹 韩世范 王宏伟 《护理研究》 北大核心 2024年第9期1505-1515,共11页
目的:采用网络药理学、差异基因分析、分子对接方法初步阐明党参治疗免疫性血小板减少症(ITP)的分子机制。方法:在传统中药系统药理学数据库(TCMSP)、传统中药综合数据库(TCMID)和中医药百科全书数据库(ETCM)中检索党参的主要成分和相... 目的:采用网络药理学、差异基因分析、分子对接方法初步阐明党参治疗免疫性血小板减少症(ITP)的分子机制。方法:在传统中药系统药理学数据库(TCMSP)、传统中药综合数据库(TCMID)和中医药百科全书数据库(ETCM)中检索党参的主要成分和相应的蛋白质靶标。在GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库收集ITP的靶点,构建韦恩图获得复合靶标和疾病的交集靶点,并将靶标导入STRING数据库,使用Cytoscape3.9.1构建PPI网络。接着对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以探索ITP与党参的相关信号通路,最后对关键靶点和活性化合物进行分子对接研究。结果:共获得党参的84种潜在活性化合物、2354个疾病靶点与257个药物靶点,并得到86个交集靶点。通过蛋白互相作用网络图(PPI)分析确定了15个关键靶点,Degree值排名前5位的靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、Src原癌基因(SRC)、白细胞介素2(IL2)、过氧化物酶体增殖激活受体γ(PPARG)、表皮生长因子受体(EGFR)。GO和KEGG分析表明,党参治疗ITP主要涉及ERK1和ERK2级联的正向调控、信号转导、蛋白质磷酸化等生物学过程,信号通路主要包括PI3K/Akt、癌症通路、T细胞信号通路。分子对接结果表明,SRC、PPARG与11-hydroxyrankinidine具有较高的结合活性。肉豆蔻酸、乙基α-d果糖呋喃糖苷、黄豆黄素是重要的活性化合物并通过分子对接模拟进行验证。结论:本研究从多个角度阐明党参可能通过调节多个靶点和多条途径对ITP产生治疗作用,可为进一步深入研究党参对ITP的作用提供科学依据。 展开更多
关键词 免疫性血小板减少症 党参 网络药理学 分子对接 分子机制
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基于网络药理学和分子对接技术探讨沙棘多酚治疗阿尔茨海默病的作用机制
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作者 田小平 罗郑 +5 位作者 夏军 淮文英 刘丹 熊鹰 陈云慧 何林熹 《海南医学》 CAS 2024年第7期982-990,共9页
目的基于网络药理学—分子对接技术的方法初步探讨沙棘多酚治疗阿尔兹海默症(Alzheimer’s disease,AD)的作用机制。方法检索中国知网、万方数据库查找目前报道的沙棘多酚化学成分,获得沙棘多酚有效活性成分及预测靶基因。通过Cytoscape... 目的基于网络药理学—分子对接技术的方法初步探讨沙棘多酚治疗阿尔兹海默症(Alzheimer’s disease,AD)的作用机制。方法检索中国知网、万方数据库查找目前报道的沙棘多酚化学成分,获得沙棘多酚有效活性成分及预测靶基因。通过Cytoscape 3.8.2软件构建中药—化合物—靶点(基因)网络;采用Gencards、OMIM、DisGeNET等数据库获取AD主要作用靶点,并与化合物基因靶点作韦恩图、明确交集靶点,运用String平台构建蛋白相互作用(PPI)网络模型并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块;通过Metascape平台进行基因本体(GO)功能富集分析及基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其生物过程及作用通路。应用Cytoscape3.8.2软件构建“药物成分-作用靶点-作用通路”网络,运用AutoDock vina软件对核心成分及关键靶点进行分子对接。结果共获得12个沙棘多酚候选化合物、142个成分靶点以及95个沙棘多酚与AD的共同靶点。网络分析结果显示,沙棘多酚调治AD的核心活性成分为阿魏酸、藜芦酸、咖啡酸等,核心靶点包括ALB、EGFR、PTGS2、STAT3、CTNNB1、MMP9、ESR1、TLR4、ICAM1和PPARA。GO和KEGG分析显示,沙棘多酚治疗AD的通路主要富集在化学致癌-受体活化、癌症的通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。其功能主要为氧化还原酶活性、丝氨酸水解酶活性和金属蛋白酶活性等。分子对接研究显示,沙棘多酚的5个关键治疗AD的化合物可与5个核心基因的对接口袋相匹配。结论沙棘多酚可通过多个化合物作用于多个分子靶点和通路发挥对AD的治疗作用。 展开更多
关键词 沙棘多酚 阿尔兹海默症 网络药理学 分子对接 作用机制
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分子对接技术在药物设计学教学中的应用
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作者 赵宏 高琪 +5 位作者 宋琳琳 王宇亮 王丽红 沈宇 平洋 马常友 《药学教育》 2024年第2期55-59,共5页
药物设计学是一门涉及新药研究开发程序、方法手段和要求的新兴学科,涵盖多门学科知识,在新药研发类综合型人才培养的知识体系中具有重要地位。本文采用模拟实操教学法,以人参皂苷抗阿尔茨海默病为例,将计算机辅助药物设计中的分子对接... 药物设计学是一门涉及新药研究开发程序、方法手段和要求的新兴学科,涵盖多门学科知识,在新药研发类综合型人才培养的知识体系中具有重要地位。本文采用模拟实操教学法,以人参皂苷抗阿尔茨海默病为例,将计算机辅助药物设计中的分子对接技术应用于实战演练,以提升理论教学的效果,加深学生对课堂理论知识的理解,提升学生的创新思维能力和实践运用能力。 展开更多
关键词 药物设计学 分子对接技术 模拟实战式 人参皂苷 阿尔茨海默病
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橄榄仁抗氧化肽的分离鉴定及分子对接
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作者 张迎阳 董亚云 +1 位作者 邹平 郑文武 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期189-198,共10页
该研究利用酶解法结合凝胶色谱柱从橄榄仁中分离纯化得到6个抗氧化肽,采用分子对接模拟6种抗氧化肽与超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)的结合机制。采用酶解法从橄榄仁中提取抗氧化活性肽,以水解度、DPPH自由基清除率为指标,... 该研究利用酶解法结合凝胶色谱柱从橄榄仁中分离纯化得到6个抗氧化肽,采用分子对接模拟6种抗氧化肽与超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)的结合机制。采用酶解法从橄榄仁中提取抗氧化活性肽,以水解度、DPPH自由基清除率为指标,从6种商用酶中筛选出最适蛋白酶为木瓜蛋白酶,以底物浓度、酶底比、酶解时间、温度进行单因素试验,选取影响酶解反应的3个因素(酶底比>温度>时间)进行响应面法优化得出最佳工艺条件为底物质量浓度50 g/L、酶底比为3.3%(质量分数)、温度20℃、时间88 min。对最优条件下的粗肽液进行SephadexG-25和SephadexG-15分离纯化得到6个具有良好活性的抗氧化肽,分别为WLSF、TSVLR、LVYLVR、AGGKPFQ、YYPFKGFA、AFNVDERLAR。TSVLR显示出最高的DPPH自由基清除活性81.07%和羟自由基清除能力42.48%。分子对接研究表明,纯化的肽通过疏水效应和氢键与抗氧化相关的关键蛋白SOD有效结合。结果表明,橄榄仁可作为天然食物来源制取功能性食品的一个新的探究方向。 展开更多
关键词 橄榄仁 抗氧化肽 响应面优化 分离鉴定 分子对接
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基于UPLC-Q-TOF-MS/MS联合网络药理学及分子对接研究五味清浊颗粒治疗腹泻药效物质基础和作用机制
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作者 李伟 孙佳 +4 位作者 李思雨 余秋香 王添敏 宋慧鹏 张慧 《中南药学》 CAS 2024年第2期423-432,共10页
目的基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定五味清浊颗粒中的化学成分,联合网络药理学、分子对接技术探讨其治疗腹泻药效物质基础和作用机制。方法采用Eclipsepius C18色谱柱(50 mm×2.1 mm,1.8μm),以0.1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)为流动相进... 目的基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定五味清浊颗粒中的化学成分,联合网络药理学、分子对接技术探讨其治疗腹泻药效物质基础和作用机制。方法采用Eclipsepius C18色谱柱(50 mm×2.1 mm,1.8μm),以0.1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)为流动相进行梯度洗脱,柱温为30℃,流速为0.4 mL·min^(-1)。质谱采用电喷雾离子源(ESI)正、负离子模式,扫描范围m/z 50~2000条件下采集多级质谱碎片信息。应用网络药理学构建“核心成分-作用靶点-通路”的网络,对其潜在药效物质基础进行预测。利用AutoDock Vina进行分子对接验证。结果共鉴定出86个主要化学成分,包括生物碱类25个、黄酮类23个、有机酸类12个、鞣质类16个、苯丙素类2个、其他类化合物8个。网络药理学分析结果显示,槲皮素、木犀草素、鞣花酸、胡椒碱、山柰酚、荜茇宁主要作用于IL-6、TNF、EGFR、IFNG、IL-10、IL-8等核心靶点,调节PI3K-Akt、HIF-1、JAK-STAT等关键信号通路来发挥治疗腹泻作用。分子对接结果显示核心成分与核心靶点间具有良好的结合性能。结论该研究成功采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术对五味清浊颗粒化学成分进行全面分析鉴定,初步阐明其治疗腹泻的作用机制,为其药效物质基础和质量控制奠定基础。 展开更多
关键词 五味清浊颗粒 UPLC-Q-TOF-MS/MS 网络药理学 分子对接 化学成分
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基于网络药理学和分子对接技术探究脑络欣通治疗缺血性脑卒中的机制
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作者 李佩佩 刘佳 +2 位作者 郜峦 吴元洁 胡建鹏 《安徽中医药大学学报》 CAS 2024年第1期74-80,共7页
目的采用网络药理学方法探究益气活血方脑络欣通治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的作用机制,并通过分子对接技术进行初步验证。方法通过TCMSP、ETCM、化学专业数据库及文献筛选脑络欣通活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、Ge... 目的采用网络药理学方法探究益气活血方脑络欣通治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的作用机制,并通过分子对接技术进行初步验证。方法通过TCMSP、ETCM、化学专业数据库及文献筛选脑络欣通活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、GeneCards以及Drugbank数据库挖掘IS相关靶点;将交集靶点导入STRING平台和Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络并通过拓扑分析获得核心靶点,同时构建“中药—活性成分—核心靶点—疾病”可视化网络图;运用R软件进行GO功能及KEGG通路富集分析。最后借助Auto Dock Tools软件以及PyMOL软件进行分子对接和可视化。结果脑络欣通的潜在活性成分78个,治疗IS的潜在作用靶点200个,核心靶点包括STAT3、JUN、MAPK1、TP53等;作用较突出的活性成分包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素等。进一步的生物功能分析获得150条信号通路,包括PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等关键通路。分子对接结果表明关键活性成分与核心靶点之间存在分子结合位点,并有较强的结合活性。结论益气活血方脑络欣通可能是通过多成分、多靶点协同作用于氧化应激、炎症反应、细胞凋亡、自噬等生理病理环节,从而发挥治疗IS的作用。 展开更多
关键词 脑络欣通 缺血性脑卒中 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于网络药理学和分子对接的半枝莲二萜类化合物抗肝癌作用机制
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作者 严绪华 梅格格 +1 位作者 梅凌 方振峰 《安徽医药》 CAS 2024年第3期475-482,I0003,I0004,共10页
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨半枝莲二萜类成分抗肝癌的作用机制。方法 根据文献调研(1987年1月至2022年7月)获得的155个半枝莲二萜类化合物,通过SwissADME平台筛选后得到符合条件的93种活性成分,并通过Swiss Target Predict... 目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨半枝莲二萜类成分抗肝癌的作用机制。方法 根据文献调研(1987年1月至2022年7月)获得的155个半枝莲二萜类化合物,通过SwissADME平台筛选后得到符合条件的93种活性成分,并通过Swiss Target Prediction网络平台预测得到其中65个化合物可能的作用靶点;通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank以及GEO、TCGA数据库获取与肝癌有关的靶点,利用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点-肝癌”网络作用图,并通过度值筛选主要活性成分;使用String平台进行蛋白质–蛋白质相互作用(PPI)网络功能富集分析,利用Cytoscape软件构建PPI可视化网络图,通过cytoHubba插件的评分规则筛选出核心靶点和关键靶点;采用R语言软件包对半枝莲二萜抗肝癌的作用靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析;使用AutoDock vina软件对主要活性成分与关键靶点进行对接分析。结果 筛选出半枝莲二萜中6种活性成分包括Scutebarbolide I、Scutebata O、Scutelinquanine D、Scutellone F、Scutellone H和Scutebarbatine J,预测得到10个抗肝癌核心靶点,其中蛋白STAT3、MAPK1、MAPK3、HSP90AA1、PIK3R1和PIK3CA为关键靶点。基因富集分析得到953个GO功能条目和137条通路(P<0.05);分子对接结果显示,半枝莲二萜活性成分与关键靶点间存在潜在结合位点;网络药理学分析表明半枝莲二萜成分可能通过肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰、磷酸酶结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性等生物学过程,作用于STAT3、MAPK1、MAPK3、PIK3R1、PIK3CA等关键蛋白的表达,进一步调控癌症中蛋白多糖、化学致癌受体激活、催乳素信号通路、癌症程序性死亡受体配体1(PD-L1)表达和程序性死亡受体1(PD-1)检查点通路等信号通路,发挥治疗肝癌作用。结论 半枝莲二萜类化合物能够通过多分子、多靶点、多通路、多作用机制达到治疗肝癌作用。 展开更多
关键词 半枝莲 二萜类 肝癌 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于网络药理学和分子对接技术探讨三七-淫羊藿治疗股骨头坏死的作用机制
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作者 丰哲 魏纪湖 +5 位作者 林泽宏 吕和 冯琳 陶奕孜 蒲张林 鲁世金 《广西医学》 CAS 2024年第1期112-121,共10页
目的运用网络药理学和分子对接技术探究三七-淫羊藿治疗股骨头坏死(ONFH)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选三七-淫羊藿的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards®数据库、OMIM®数据库筛选ONFH的相关靶点... 目的运用网络药理学和分子对接技术探究三七-淫羊藿治疗股骨头坏死(ONFH)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选三七-淫羊藿的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards®数据库、OMIM®数据库筛选ONFH的相关靶点,取交集后获得三七-淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点。通过Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络,筛选关键活性成分。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络,筛选核心靶点。使用DAVID数据库对潜在作用靶点进行功能富集分析和通路富集分析。最后,对关键活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果最终获得三七-淫羊藿活性成分30个及其作用靶点214个,ONFH的相关靶点2112个。取交集后得到三七-淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点131个。槲皮素、木犀草素、山柰酚、脱水淫羊藿素为三七-淫羊藿治疗ONFH的关键活性成分,蛋白激酶B1、血管内皮生长因子A、原癌基因c-Jun、肿瘤蛋白p53、白细胞介素1β为三七-淫羊藿治疗ONFH的核心靶点。三七-淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点主要涉及对脂多糖的反应、对外来刺激的反应、细胞缺氧反应等生物过程,以及白细胞介素17信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路等信号通路。分子对接结果显示,关键活性成分与核心靶点蛋白均具有较好的结合活性(结合能≤-5 kcal/mol)。结论三七-淫羊藿治疗ONFH的作用机制可能与调控免疫-炎症反应、调控破骨细胞与成骨细胞的凋亡和分化、改善血运等有关。 展开更多
关键词 股骨头坏死 三七 淫羊藿 网络药理学 分子对接 作用机制
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网络药理学联合分子对接探究大丁草治疗类风湿关节炎的作用机制
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作者 高长久 张朝立 +3 位作者 李文超 王春辉 才玉婷 孟令锴 《中医临床研究》 2024年第10期1-6,共6页
目的:通过网络药理学联合分子对接技术探究大丁草治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。方法:选用化学专业数据库、HERB本草组鉴查找大丁草化学成分,经Swiss ADME数据库筛选出有效成分,应用Swiss Target Prediction预测有效成分的潜在靶点,... 目的:通过网络药理学联合分子对接技术探究大丁草治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。方法:选用化学专业数据库、HERB本草组鉴查找大丁草化学成分,经Swiss ADME数据库筛选出有效成分,应用Swiss Target Prediction预测有效成分的潜在靶点,从Gene Cards、OMIM等数据库查筛类风湿关节炎的靶点,应用Venny 2.1.0数据库获得大丁草与类风湿关节炎交集靶点和韦恩图,采用Cytoscape 3.8.2构建大丁草-有效成分-靶点-类风湿关节炎网络并筛选核心成分,利用Cytoscape插件Biso Genet构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,经2次筛选获得核心靶点,应用Metascape平台对核心靶点进行富集分析,运用Auto Dock vina将5种核心成分与10个核心靶点进行对接。结果:大丁草治疗类风湿关节炎活性成分有大丁草酚、大丁苷等13种,靶点448个,类风湿关节炎靶点618个,交集靶点101个,核心靶点有雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、生长因子受体结合蛋白2(Growth Factor Receptor-Bound Protein 2,Grb2)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)等;通过基因本体论(GO)分析获得调节先天免疫反应等条目,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析获得磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)、破骨细胞分化、白细胞介素-17(Interleukin 17,IL-17)等92条通路;核心成分与核心靶点有较好的结合活性。结论:大丁草中大丁草酚、大丁苷等核心成分可能通过ESR1、Grb2、EGFR等靶点,调控PI3K-Akt、MAPK等信号通路来治疗类风湿关节炎。 展开更多
关键词 大丁草 类风湿关节炎 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制
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作者 党文军 聂宏 +2 位作者 刘爽 孔祥颖 姜雨微 《现代医药卫生》 2024年第6期923-929,共7页
目的基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果筛选出八珍汤有... 目的基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果筛选出八珍汤有效成分2336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。 展开更多
关键词 八珍汤 乳腺癌 网络药理学 机制预测 分子对接
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基于网络药理学及分子对接探讨柴胡注射液退热的分子机制
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作者 张雨洁 胡珊珊 +2 位作者 史元元 朱青梅 李东锋 《中国医药科学》 2024年第5期63-67,共5页
目的采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液(CI)退热作用的潜在机制。方法使用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库(OMMI)... 目的采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液(CI)退热作用的潜在机制。方法使用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库(OMMI)数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。 展开更多
关键词 柴胡注射液 发热 网络药理 分子对接 PTGS2 TP53
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川党参的化学成分及其与磷酸二酯酶4D2的分子对接研究
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作者 刘新桥 胡贝 +3 位作者 袁桥玉 宋炜 杨中正 吴娅 《中南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第2期175-180,共6页
采用硅胶柱色谱、葡聚糖凝胶以及反相高效液相色谱法等对川党参的乙酸乙酯和石油醚部位进行分离纯化,并通过^(1)H NMR和^(13)C NMR等波谱技术进行结构鉴定.利用Sybyl X 2.1.1软件,以Total score值为评价标准,评价川党参化学成分与磷酸... 采用硅胶柱色谱、葡聚糖凝胶以及反相高效液相色谱法等对川党参的乙酸乙酯和石油醚部位进行分离纯化,并通过^(1)H NMR和^(13)C NMR等波谱技术进行结构鉴定.利用Sybyl X 2.1.1软件,以Total score值为评价标准,评价川党参化学成分与磷酸二酯酶4D2(PDE4D2)的结合作用.利用Pymol和Discovery Studio 2017 R2 Client软件分析PDE4D2与化合物之间的相互作用力.结果从乙酸乙酯和石油醚部位分离出12个化合物,分别鉴定为mangnostellin D(1)、(7S,8S)-3-methoxy-3',7-epoxy-8,4'-oxyneoligna-4,9,9,'-triol(2)、isolariciresinol(3)、curcasinlignan B(4)、(4E,12Z)-threo-tetradeca-4,12-diene-8,10-diyne-1,6,7,14-tetraol(5)、(-)-(7R,8S,7'E)-3',4-dihydroxy-3-methoxy-8,4'-oxyneoligna-7'-ene-7,9,9'-triol(6)、tetradeca-4E,8E,12E-triene-10-yne-1,6,7-triol(7)、lobetyol(8)、1-α-linoleoylglycerol(9)、glycerol 1-(9,12,15-octadecatrienoate)(10)、3,5-二甲氧基-4-羟基-苯丙酮(11)、syringic acid ethyl ester(12);其中化合物1、4、10、11和12为首次从该植物中分离得到;分子对接结果表明化合物1、2、5和化合物6与PDE4D2有较好的结合活性. 展开更多
关键词 川党参 化学成分 分子对接 磷酸二酯酶4D2 抗炎
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基于网络药理学和分子对接探讨中药芫花治疗原发性痛经的作用机制
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作者 李思蒙 田荣 +1 位作者 殷明婧 谷巍 《亚热带植物科学》 CAS 2024年第1期31-39,共9页
通过网络药理学和分子对接技术预测芫花治疗原发性痛经的功效物质基础及其潜在的作用机制。基于TCMSP数据库预测获得芫花的活性成分和作用靶点,同时借助DisGeNET等数据库获得与原发性痛经相关的靶点,基于获得的芫花与原发性痛经的交集靶... 通过网络药理学和分子对接技术预测芫花治疗原发性痛经的功效物质基础及其潜在的作用机制。基于TCMSP数据库预测获得芫花的活性成分和作用靶点,同时借助DisGeNET等数据库获得与原发性痛经相关的靶点,基于获得的芫花与原发性痛经的交集靶点,使用STRING数据库构建交集靶点蛋白互作网络,并采用Cytoscape3.7.2构建芫花–活性成分–靶点–原发性痛经网络。采用DAVID数据库进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Autodock tools将核心靶点与对应的活性成分进行分子对接。结果表明,中药芫花治疗原发性痛经的核心活性成分为芫花素、柚皮素、7-羟基-6-甲氧基-3,7’-双香豆素、龙胆山酮酚、羟基芫花素、山奈酚、木犀草素、谷甾醇、羟光刺苞菊内酯;关键靶点包括ESR1、PTGS1、PTGS2、GSTM1、CYP1A1、OPRM1、NTRK2和NR1H2;涉及的生物学过程主要与老化、一氧化氮生物合成过程的正向调节、细胞质和ATP酶结合等有关;KEGG通路主要富集在癌症的发病途径、化学致癌作用–受体激活、化学致癌作用-DNA加合物等。此外,分子对接显示核心活性成分芫花素与关键靶点蛋白之间的对接能量值均小于–7.0kcal·mol–1,具有强烈的结合活性,能形成稳定的结构构象。运用网络药理学和分子对接方法从“中药–成分–靶点–疾病”的思路初步探究芫花治疗原发性痛经的活性物质基础,为深入研究该类成分治疗痛经的作用机制奠定基础。 展开更多
关键词 芫花 原发性痛经 网络药理学 分子对接 物质基础
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基于网络药理学与分子对接探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的作用机制
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作者 徐洁 陈竞纬 《中国中医药图书情报杂志》 2024年第1期83-90,共8页
目的 利用网络药理学和分子对接方法探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的潜在作用机制。方法 利用TCMSP筛选山茱萸、菟丝子活性成分,并预测潜在靶点,从UniProt数据库获得药物成分对应靶点,通过TTD、GeneCards和OMIM数据库获取认知障碍相关... 目的 利用网络药理学和分子对接方法探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的潜在作用机制。方法 利用TCMSP筛选山茱萸、菟丝子活性成分,并预测潜在靶点,从UniProt数据库获得药物成分对应靶点,通过TTD、GeneCards和OMIM数据库获取认知障碍相关靶点,利用R4.2.2软件获取山茱萸-菟丝子与认知障碍的共同靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,通过STRING11.5数据库构建共有靶点蛋白相互作用网络,利用R4.2.2软件进行GO功能及KEGG通路富集分析,利用AutoDock1.5.6、PyMoL2.4.0软件进行分子对接验证。结果 经过筛选共得到30个药物活性成分,184个药物-疾病交集靶点,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 678个GO条目和179条信号通路。共同靶点的通路富集分析显示主要与PI3K-Akt、HIF-1α/VEGF等信号通路相关,分子对接结果显示,认知障碍核心靶点与山茱萸-菟丝子主要成分亲和力较好,可能有效自由结合。结论 山茱萸-菟丝子中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇、四氢鸭脚木碱等成分可能通过抗氧化应激、抗炎及免疫调节、糖脂调节等作用治疗认知障碍。 展开更多
关键词 认知障碍 山茱萸 菟丝子 补肾填髓 网络药理学 分子对接
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套筒灌浆搭接及对接接头高应力反复拉压试验
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作者 余琼 白汶鑫 +4 位作者 唐子鸣 郭霖 范宝秀 张志 陈振海 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期151-164,共14页
为比较套筒灌浆搭接及对接接头间力学性能差异,进行了41个搭接接头和20个对接接头的单拉及高应力反复拉压试验。结果表明:单拉及高应力反复拉压时,两种接头均能实现最大力下总伸长率大于6%、延性系数大于4,强度基本满足规范要求;高应力... 为比较套筒灌浆搭接及对接接头间力学性能差异,进行了41个搭接接头和20个对接接头的单拉及高应力反复拉压试验。结果表明:单拉及高应力反复拉压时,两种接头均能实现最大力下总伸长率大于6%、延性系数大于4,强度基本满足规范要求;高应力反复拉压后单拉时,两种接头承载力均有所提高,但接头初始刚度和延性下降;防偏转措施可减少搭接接头残余变形,但其约束刚度有限,搭接接头残余变形略大于对接接头,防偏转搭接接头及对接接头残余变形基本满足规范要求;高应力反复拉压后单拉时,搭接接头套筒中部截面在加载前期纵向受拉、环向受压,加载后期纵向受压、环向受拉,对接接头套筒加载过程中均为纵向受拉、环向受压;高应力反复拉压结束后单拉时,防偏转、不防偏转搭接接头套筒中部截面近钢筋侧最大纵向拉应变分别为对接接头的0.10~0.39倍、0.13~0.18倍,最大环向压应变分别为对接接头的0.09~0.49倍、0.02~0.32倍,搭接接头对套筒材性要求较低;钢筋直径相同时搭接接头材料成本较对接接头降低约35%。 展开更多
关键词 搭接接头 对接接头 单向拉伸 高应力反复拉压 防偏转
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技术转移对接信息传递模式研究
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作者 豆洪青 张圆 +1 位作者 李明 林宏权 《中国发明与专利》 2024年第3期62-68,共7页
梳理现有技术转移对接过程中平台传播型、第三方介入型、供需双方直接对话型以及基于智能匹配的供需双向信息传递模式等四种信息传递模式。构建基于智能匹配与社交网络技术的精准、高效信息传递模式,需要提高技术供需双方画像、科技中... 梳理现有技术转移对接过程中平台传播型、第三方介入型、供需双方直接对话型以及基于智能匹配的供需双向信息传递模式等四种信息传递模式。构建基于智能匹配与社交网络技术的精准、高效信息传递模式,需要提高技术供需双方画像、科技中介画像的精准性。并融合现有智能匹配模式的优点,提出基于兴趣触发,科技中介由被动介入向主动、精准介入转变的线上对接交流信息传递新模式,以进一步提升技术转移对接效率。 展开更多
关键词 信息传递 技术转移 技术对接 全面画像 科技中介
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钢桥面板对接焊缝表面多缺陷疲劳效应研究
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作者 赵秋 唐琨 +2 位作者 李英豪 林铮哲 陈鹏 《铁道标准设计》 北大核心 2024年第3期133-140,162,共9页
为探明钢桥面板对接焊缝焊趾区域共面及异面表面多缺陷在裂纹扩展过程中的形态变化及相互作用机制,以钢桥面板U肋下翼缘对接焊缝简化后的基本焊接构造为研究对象,探明对接焊缝焊接区域的应力强度因子KI分布,并在验证ABAQUS与FRANC3D数... 为探明钢桥面板对接焊缝焊趾区域共面及异面表面多缺陷在裂纹扩展过程中的形态变化及相互作用机制,以钢桥面板U肋下翼缘对接焊缝简化后的基本焊接构造为研究对象,探明对接焊缝焊接区域的应力强度因子KI分布,并在验证ABAQUS与FRANC3D数值模拟方法可靠性的基础上,对焊趾区域植入的共面或异面多裂纹进行多裂纹扩展分析。研究结果表明:含余高对接焊缝在轴拉荷载作用下,焊趾线附近存在应力强度因子KI的峰值点;相邻共面裂纹在扩展至临界深度的过程中存在裂纹融合前、裂纹融合时及裂纹融合后3个典型的扩展阶段,不同阶段裂纹前沿形态及扩展速率da/dN变化可通过等效应力强度因子幅值ΔK_(eff)的分布来体现;共面裂纹融合前,单裂纹靠近另一裂纹长轴端点的裂纹相互作用比例因子随净间距s1与裂纹深度a比值呈幂次负相关性;对接焊缝异面裂纹中焊趾处裂纹对热影响区裂纹存在抑制作用,并随着裂纹尺寸差异的累计增加,焊趾处裂纹对热影响区的抑制作用呈线性扩大,最终使得热影响区裂纹ΔK_(eff)低于门槛值ΔKth而失去活性停止扩展,上述抑制作用随异面净间距s2的增加而减弱。 展开更多
关键词 钢桥 桥面板 对接焊缝 多缺陷 断裂力学 等效应力强度因子
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