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题名蔷薇科小G蛋白ROP的鉴定、分类及特征分析
被引量：1
- 1
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作者
刘礼瑶
熊仁次
何璐
马思洁
杨叔青
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机构
塔里木大学农学院
南疆农业有害生物综合治理兵团重点实验室
塔里木大学园艺与林学学院
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出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023年第S01期8-17,共10页
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基金
国家自然科学基金项目(32160644)
塔里木大学校长基金项目(TDZKBS202101)。
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文摘
为全面系统地挖掘蔷薇科小G蛋白ROP,在分子水平上为蔷薇科抗病育种提供候选基因。物种系统进化关系分析、ROP蛋白全基因组筛查、Rho功能域分析、蛋白聚类分析及理化性质分析分别运用了NCBI、iTOLv6、GDR、SMART、MEGA 11.0和Maximum-likelihood algorithm1及Protparam和Expasy等数据库及生物信息学在线软件。11种蔷薇科植物聚为6个亚支;11种蔷薇科植物中筛查到80个ROP蛋白;80个蔷薇科ROP蛋白和11个拟南芥ROP蛋白聚为6个进化分支;蛋白长度、等电点、分子量、脂肪指数及不稳定指数分别为143~215 aa、5.59~9.63、15.73599~23.87859 ku、85.28~94.95和27.96~57.14。80个蔷薇科ROP蛋白在草莓中数量最多,甜樱桃最少;蔷薇科ROP蛋白分布于第Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ分支中,拟南芥ROP蛋白分布于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分支中,即分支Ⅵ为蔷薇科特异性分支,分支Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ为拟南芥特异性分支。
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关键词
蔷薇科
小g蛋白rop
全基因组筛查
Rho功能域
系统进化关系
蛋白理化特征
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Keywords
Rosaceae
Small g protein rop
genome-wide screening
Rho functional domain
Phylogenetic relationship
Physicochemical characteristics of protein
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分类号
S685.12
[农业科学—观赏园艺]
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题名辣椒小G蛋白CaROP的生物信息学分析
- 2
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作者
马思洁
朱天生
何璐
杨叔青
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机构
塔里木大学农学院
南疆农业有害生物综合治理兵团重点实验室
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出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期165-175,共11页
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基金
国家自然科学基金项目(32160644)
塔里木大学校长基金项目(TDZKBS202101)
塔里木大学大学生创新训练计划项目(2022039)。
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文摘
【目的】研究辣椒内小G蛋白CaROP的生物学功能、蛋白理化性质、蛋白结构及系统发育关系。【方法】运用ProtParam、ProtScale、SignalP5.0、TMHMM、NetPhos3.1和NetCGlyc1.0等生物信息学软件分析9个CaROP蛋白的蛋白理化特性;运用SOPMA和SWISS-MODEL等生物信息学软件预测分析9个CaROP蛋白的结构;运用生物信息学软件MEGA11分析9个CaROP蛋白的系统发育关系。【结果】9个CaROP蛋白的亲水性总平均值均小于0,均为亲水蛋白,其中6个为稳定的亲水蛋白;9个CaROP蛋白均无信号肽,即均为非分泌性蛋白;9个CaROP蛋白无跨膜结构域,即均非膜蛋白;9个CaROP蛋白均存在磷酸化位点,均无糖基化位点。9个CaROP蛋白的主要二级结构原件为无规则卷曲和α-螺旋,其次是β-折叠,最后是β-转角。9个CaROP蛋白聚为4个分支,其中分支Ⅰ和分支Ⅲ各包括1个CaROP蛋白。分支Ⅱ包括2个CaROP蛋白,其余5个CaROP蛋白均聚于分支Ⅳ中。【结论】9个CaROP蛋白具有完整的Rho功能域,均为非分泌性亲水蛋白。9个CaROP蛋白在系统进化树中共聚为了4个分支,其三级结构建模的预测结果也均较为理想,9个CaROP蛋白结构较稳定。
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关键词
辣椒
小g蛋白rop
蛋白理化特性
蛋白结构
系统发育关系
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Keywords
pepper
small g protein rop
physical and chemical properties of protein
protein structure
phylogenetic relationship
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分类号
S641.3
[农业科学—蔬菜学]
S188
[农业科学—农业基础科学]
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题名ROP信号途径在细胞极性发育中的研究进展
被引量：1
- 3
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作者
吕畅
周利明
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机构
华北理工大学生命科学学院
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出处
《农业与技术》
2023年第6期10-13,共4页
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基金
河北省自然科学基金(项目编号:C2018209112)
国家重点实验室开放课题(项目编号:SKLECRA2013OFP15)。
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文摘
细胞极性生长机理研究主要围绕极性生长区域的建立和维持、胞内外信号对该区域的时空调控等核心问题而展开。目前已知多个信号分子,如钙离子、ROP小G蛋白和活性氧等在植物细胞极性发育中发挥重要作用,调控胞内细胞骨架的动态重组、囊泡的极性运输和胞吐作用等多方面。本文主要对植物特有的小G蛋白家族ROP在极性发育模式系统(花粉管、根毛与铺板细胞)中的相关研究进展进行了系统的归纳总结,并在此基础之上对可能的调控机制进行了初步的展望。
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关键词
细胞极性
花粉管
根毛
铺板细胞
rop小g蛋白
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分类号
S-3
[农业科学]
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题名百脉根结瘤因子受体NFR5及其相互作用蛋白的研究
被引量：1
- 4
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作者
陈春芬
朱辉
杨绮
朱浩
张忠明
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机构
华中农业大学农业微生物学国家重点实验室
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出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第4期372-376,共5页
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基金
国家自然科学基金(30570056)
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文摘
以豆科植物百脉根的mRNA为模板,利用RT-PCR方法,扩增到1.0kb结瘤因子受体5(nod factorreceptor NFR5)蛋白激酶结构域的DNA片段(nfr5-pk),并将该片段克隆到酵母双杂交BD载体pGBKT7上。通过酵母双杂交技术,筛选接种根瘤菌的百脉根AD-cDNA酵母双杂交文库,从文库中分离到与nfr5-pk相互作用的221个阳性克隆。从这些阳性克隆酵母中分离AD质粒经反复验证,对26个确定阳性克隆的外源片段进行测序和同源性分析。通过NCBI数据库比对分析鉴定出小G蛋白Rop6等6个与NFR5-PK相互作用的不同蛋白,为进一步研究NFR5基因的功能和调控机制提供了材料。
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关键词
酵母双杂交
NFR5
小g蛋白rop6
百脉根
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Keywords
Yeast two-hybrid system
NFR5
Small g-protein rop 6
Lotus japonicus
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
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