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开放的差异基因表达技术研究进展 被引量:8
1
作者 池晓菲 舒庆尧 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期259-264,共6页
自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 ... 自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 (SAGE)、表达序列标签串联排列连接(TALEST) ,和早期的DGE技术差异显示 (DD)、随机引物聚合酶链反应 (AP PCR) ,以及一项受专利保护的技术———GeneCalling .通过几项重要的参数对这些技术进行了比较 ,认为DD虽然有其致命的弱点 ,但在目前仍然应用得非常广泛 .cDNA RDA能有效富增特异片段 ,扣除共有序列 ,如能和SAGE结合 ,将能进一步促进其发展 .TALEST和GeneCalling操作较简便 ,一次试验能获得大量的数据 ,但是分析这些数据比较麻烦 ,须借助另外的分析软件 .最后介绍了应用DGE技术取得的最新成果 . 展开更多
关键词 差异基因表达技术 研究进展 基因芯片 SAGE cDNA-RDA 开放DGE技术
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肾阳虚证骨关节炎温针疗效的差异基因表达谱研究 被引量:5
2
作者 谭从娥 王米渠 陆明 《云南中医学院学报》 2011年第4期4-6,10,共4页
目的:探讨温针治疗肾阳虚证骨关节炎的分子机制,为其疗效提供科学依据。方法:根据肾阳虚证评定量表,选取典型肾阳虚证患者10名给予温针治疗两周,然后以其中疗效最好的4例治疗前后作基因芯片杂交测试,采用SAM基因芯片数据分析软件,筛选... 目的:探讨温针治疗肾阳虚证骨关节炎的分子机制,为其疗效提供科学依据。方法:根据肾阳虚证评定量表,选取典型肾阳虚证患者10名给予温针治疗两周,然后以其中疗效最好的4例治疗前后作基因芯片杂交测试,采用SAM基因芯片数据分析软件,筛选显著表达基因作进一步的基因功能分析。结果:4例患者皆为典型肾阳虚证,经温针治疗后效果明显。通过SAM软件筛选到32个显著表达基因,基因功能注释结果提示炎症反应、信号转导类基因显著表达;分子通路主要集中于免疫及信号转导通路。讨论:温针治疗肾阳虚证膝骨关节炎的疗效的分子机制是多方面的,涉及到炎症反应、免疫功能、信号系统等多方面的修复作用。 展开更多
关键词 肾阳虚证 骨关节炎 温针 差异基因表达
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花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文) 被引量:4
3
作者 单世华 严海燕 +1 位作者 李春娟 万书波 《花生学报》 2005年第4期21-24,共4页
黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异... 黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。 展开更多
关键词 花生 差异基因表达分析 基因芯片技术
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cDNA-AFLP分析不同发育时期蓖麻种子脂肪酸差异基因表达的关键技术 被引量:2
4
作者 陈晓凤 黄凤兰 +5 位作者 赵永 姜桐桐 李佳会 周婷婷 常旭丰 刘佳琪 《安徽农业科学》 CAS 2016年第6期177-178,187,共3页
在介绍cDNA-AFLP技术原理与操作步骤的基础上,分析了应用cDNA-AFLP分子标记技术分析蓖麻种子脂肪酸含量差异基因表达过程中的主要影响因素,以期为后续利用该标记技术分析不同发育时期蓖麻种子脂肪酸含量的差异表达提供技术支持。
关键词 CDNA-AFLP 蓖麻 差异基因表达
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小肠RNA对小鼠辐射损伤修复的差异基因表达 被引量:1
5
作者 崔大祥 曾桂英 +5 位作者 王枫 田芙蓉 闫小君 任东青 赵涛 苏成芝 《第四军医大学学报》 2000年第2期256-256,共1页
关键词 小鼠 辐射损伤 RNA 修复 差异基因表达 小肠
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冠心病急性心肌梗死患者外周血差异基因表达分析及功能 被引量:1
6
作者 苗文清 王宇 +2 位作者 赵晓丽 田倪妮 尤丽英 《昆明医科大学学报》 CAS 2022年第6期25-34,共10页
目的探讨冠心病急性心肌梗死患者外周循环血单核细胞中差异基因表达及功能。方法收集2020年9月至2021年9月在昆明市第一人民医院接受冠脉造影的患者,提取外周血单核细胞总RNA,使用DNBSEQ平台进行第2代高通量测序。检测并筛选差异表达基... 目的探讨冠心病急性心肌梗死患者外周循环血单核细胞中差异基因表达及功能。方法收集2020年9月至2021年9月在昆明市第一人民医院接受冠脉造影的患者,提取外周血单核细胞总RNA,使用DNBSEQ平台进行第2代高通量测序。检测并筛选差异表达基因,进行KEGG及GO富集分析。结果冠心病急性心肌梗死组与冠脉正常组对比,其中差异基因89个,上调基因67个,下调基因22个;其中差异lncRNA14个,差异mRNA72个,差异circRNA3个。完成KEGG pathway富集分析、KEGG disease富集分析、KEGG molecular富集分析。完成GO cell composition富集分析、GO cell function富集分析、GO biological process molecular富集分析。结论筛选出显著差异的10个mRNA、6个lncRNA、2个circRNA。富集分析中涉及感染、转录失调、PI3K-Akt信号通路、脂类合成、吞噬泡腔、细胞外基质、脂多糖结合等,与冠状动脉粥样硬化的发生与发展及急性血栓事件的发生可能相关。 展开更多
关键词 冠心病 急性心肌梗死 差异基因表达分析 mRNA、lncRNA、circRNA KEGG富集分析 GO富集分析
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慢性乙型肝炎证候差异基因表达谱分析 被引量:3
7
作者 管艳 苏式兵 《新中医》 CAS 2014年第9期58-60,共3页
目的:通过检测分析慢性乙型肝炎(乙肝)肝肾阴虚证和肝郁脾虚证患者的差异基因表达谱,探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。方法:采集乙肝患者和健康者的外周血样本,提取白细胞中的总RNA;运用基因芯片技术检测基因表达,并对其表... 目的:通过检测分析慢性乙型肝炎(乙肝)肝肾阴虚证和肝郁脾虚证患者的差异基因表达谱,探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。方法:采集乙肝患者和健康者的外周血样本,提取白细胞中的总RNA;运用基因芯片技术检测基因表达,并对其表达谱进行比较分析;使用实时定量RT-PCR验证部分基因表达。结果:在乙肝肝肾阴虚证和肝郁脾虚证者之间、乙肝患者与健康者之间,基因表达谱都存在明显的差异表达。肝肾阴虚证单独调变的基因主要与氮氧化合物合成酶调节物活性、RNA多聚酶III转录因子活性和神经递质转运体活性等相关;肝郁脾虚证单独调变的基因主要与细胞动力学过程、多器官过程的调节和cAMP依赖性蛋白激酶PKA的活化等相关。实时定量RT-PCR的结果与基因芯片检测结果趋势一致。结论:乙肝肝肾阴虚证和肝郁脾虚证患者白细胞中基因表达存在差异,提示乙肝中医临床辨证分型具有分子生物学基础,与基因差异表达密切相关。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 肝肾阴虚 肝郁脾虚 基因芯片技术 差异基因表达
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cDNA-AFLP技术在植物差异基因表达研究上的应用 被引量:2
8
作者 尚雨丝 罗蕊 +2 位作者 王文跃 王超 陈永胜 《内蒙古民族大学学报(自然科学版)》 2014年第3期319-322,共4页
cDNA-AFLP技术是能够对生物体转录组进行全面分析的新技术,因其具有多态性丰富、稳定性高、效率高等优点,被广泛应用于基因表达研究.随着科技发展,该技术不断得到完善与创新,并取得了很多研究成果.本文简单介绍了cDNA-AFLP技术的基本原... cDNA-AFLP技术是能够对生物体转录组进行全面分析的新技术,因其具有多态性丰富、稳定性高、效率高等优点,被广泛应用于基因表达研究.随着科技发展,该技术不断得到完善与创新,并取得了很多研究成果.本文简单介绍了cDNA-AFLP技术的基本原理及技术特点,概述了其在植物差异基因表达上的应用现状,并对其发展前景进行了展望. 展开更多
关键词 差异基因表达
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差异基因表达技术在心脏疾病研究中的应用
9
作者 李杨 陈沅 田杰 《国外医学(儿科学分册)》 2004年第2期59-62,共4页
细胞的发育和分化、细胞周期的调节、细胞衰老及死亡、一些疾病的发生和发展过程均与某些特殊基因的表达开放或者关闭有关。比较细胞在不同状态或不同分化阶段基因表达的差异 ,对细胞生命过程中的调节机制以及疾病发生机制的研究有着重... 细胞的发育和分化、细胞周期的调节、细胞衰老及死亡、一些疾病的发生和发展过程均与某些特殊基因的表达开放或者关闭有关。比较细胞在不同状态或不同分化阶段基因表达的差异 ,对细胞生命过程中的调节机制以及疾病发生机制的研究有着重要价值。该文对近年来发展的差异基因表达检测技术 ,包括mRNA差异显示、基因表达系列分析、抑制性消减杂交、DNA微阵列等在心脏疾病中的应用作一综述。 展开更多
关键词 差异基因表达技术 心脏疾病 抑制性消减杂交 DNA微阵列 基因表达系列分析 MRNA差异显示
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迟缓爱德华氏菌刺激对牙鲆转录组差异基因表达的影响
10
作者 周密 郑津辉 +4 位作者 李庆亚 耿绪云 潘宝平 孙金生 高虹 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2018年第2期21-28,共8页
为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸... 为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸多态性)分析、SSR(简单重复序列)分析等.结果表明,用Trinity软件对clean reads进行拼接后,聚类得到222 980条转录本,总长200 234 420 bp,平均长度898 bp,N50为1 886 bp.对组装的序列进行基因功能注释后,有99 808条序列得到了注释.筛选出2 502个差异表达比较显著的基因,表达量上调的有1 280个,下调的有1 222个.GOseq结果显示差异基因显著富集在38个GO terms上,包括6个细胞组分、12个生物学过程和20个分子功能.差异基因共获得277个KEGG通路富集,627个差异基因显著富集到20条信号通路上,其中,8个与信号通路有关,3个与发育有关,9个与相关疾病有关. 展开更多
关键词 牙鲆 转录组 迟缓爱德华氏菌 高通量 RNA测序 差异基因表达
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多精受精中人卵丘颗粒细胞差异基因表达分析
11
作者 王丽 赵杰 +4 位作者 陈秀娟 杜琛 刘芳 何江峰 梅步俊 《生殖医学杂志》 CAS 2022年第11期1554-1560,共7页
目的 筛选人卵丘颗粒细胞中影响卵母细胞多精受精的差异表达基因。方法 筛选3名因输卵管因素导致继发不孕的患者为研究对象,长方案促排卵后,在授精前10 min,对每个卵母细胞外围的卵丘颗粒细胞进行切割,分装无菌管保存。卵冠丘复合体(OC... 目的 筛选人卵丘颗粒细胞中影响卵母细胞多精受精的差异表达基因。方法 筛选3名因输卵管因素导致继发不孕的患者为研究对象,长方案促排卵后,在授精前10 min,对每个卵母细胞外围的卵丘颗粒细胞进行切割,分装无菌管保存。卵冠丘复合体(OCCC)进行微滴授精,受精后17~18 h,观察受精情况;并根据卵母细胞受精情况分为多精受精组和正常受精组,收集两组对应的颗粒细胞。提取颗粒细胞总mRNA,构建cDNA文库并进行测序,将得到的数据进行生物信息学分析,筛选出差异表达基因,并将差异表达基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)分析。结果 与正常受精组比较,多精受精组中显著上调的基因有106个,显著下调的基因有33个。上调的基因主要涉及P53信号通路、PI3K-AKT信号通路、肌动蛋白细胞骨架信号通路和HIPPO信号通路,其中基因BMP2、SESN3、CDK6、GRLF1(ARHGAP35)与多精受精有关。结论 与正常受精比较,多精受精时颗粒细胞存在差异表达的基因,对这些基因的进一步了解可能为后续开展异常受精的影响因素分析提供一定参考。 展开更多
关键词 卵丘颗粒细胞 卵母细胞 受精 差异基因表达
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川崎病患者白细胞中S100蛋白族的差异基因表达
12
作者 Ebihara T. Endo R. +1 位作者 Kikuta H. 韩浩 《世界核心医学期刊文摘(儿科学分册)》 2005年第12期27-28,共2页
S100 family proteins are calcium-binding proteins, some of which have been shown to have intracellular and extracellular functions associated with inflammation. The serum concentration of S100A12 has been reported to ... S100 family proteins are calcium-binding proteins, some of which have been shown to have intracellular and extracellular functions associated with inflammation. The serum concentration of S100A12 has been reported to increase in the acute phase of Kawasaki disease. The purpose of this study was to evaluate leukocyte gene expressions of S100 family proteins in the acute phase of Kawasaki disease. Ten paired blood samples were obtained from ten patients with Kawasaki disease in the acute phase and in the convalescent phase. We examined leukocyte expression levels of 18 S100 genes in the acute phase compared with those in the convalescent phase by using quantitative real-time polymerase chain reaction. Significantly elevated expression of seven S100 genes (S100A6, A8, A9, A11, A12, S100P, and S100Z) was observed in the acute phase. Conclusion:Of the upregulated S100 genes, calgranulin members of S100 genes (S100A8, S100A9, and S100A12) were most highly expressed in the acute phase. Only one S100 gene, the S100A13 gene, exhibited a significantly decreased expression level in the acute phase. 展开更多
关键词 川崎病 S100蛋白 差异基因表达 急性期 血清浓度 多聚酶链反应 表达 对比分析
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生物信息学分析揭示胃癌与肝癌共同差异基因表达研究
13
作者 杨晢铭 李佳荫 +3 位作者 刘丹 宋海旭 张效林 闫承慧 《临床军医杂志》 CAS 2024年第7期666-670,共5页
目的探究胃癌及肝癌中差异表达的基因,并分析其生物学功能及其在临床应用中的潜在价值。方法在基因表达综合数据库中选取胃癌相关数据集GSE79943及肝癌相关数据集GSE84402进行分析。通过对两个数据集的基因表达数据进行差异分析确定共... 目的探究胃癌及肝癌中差异表达的基因,并分析其生物学功能及其在临床应用中的潜在价值。方法在基因表达综合数据库中选取胃癌相关数据集GSE79943及肝癌相关数据集GSE84402进行分析。通过对两个数据集的基因表达数据进行差异分析确定共同差异表达的基因,进一步利用GO富集和KEGG途径富集分析揭示差异基因的主要生物学功能和通路参与情况。结果筛选出117个在胃癌和肝癌中共同差异表达的基因。采用GO富集分析软件进行117个基因的分析发现,这些基因在多种金属离子和无机物的发生及转运,如铜、锌、钙离子等,以及细胞对无机物的代谢过程中起着至关重要的作用。采用KEGG富集分析软件对117个差异基因的基因功能进行分析发现,这些基因中更多发挥着无机物吸收和代谢过程的功能。通过对GO和KEGG富集分析的结果进行分析,获得了8个与无机物代谢联系紧密的主要基因,分别为MT1G、MT2A、MT1E、MT1X、MT1F、MT1H、MT1M和MT1HL1,且在两种疾病中均有着显著的低表达。结论通过对胃癌和肝癌基因表达数据的差异分析,揭示了在这两种癌症中共同差异表达的基因群,并发现其在无机物代谢过程中的重要作用。这些差异基因可能参与调控肿瘤细胞对金属离子的吸收和代谢,从而影响肿瘤的发展,可以作为潜在的治疗靶点及胃癌和肝癌的预后评估指标。 展开更多
关键词 胃癌 肝癌 差异基因表达 无机物代谢
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NaCl胁迫下宁夏枸杞ABA代谢相关基因差异表达分析
14
作者 梁旺利 于雯静 +3 位作者 胡进红 宋繁 王玲霞 梁文裕 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期664-672,共9页
为解析宁夏枸杞响应NaCl胁迫的ABA代谢分子调控机制,检测NaCl胁迫下宁夏枸杞叶片脱落酸(ABA)含量变化,并利用RNA-seq和qRT-PCR技术研究NaCl胁迫下ABA代谢相关基因的差异表达规律。结果表明,不同浓度NaCl胁迫下,宁夏枸杞叶片中ABA含量随N... 为解析宁夏枸杞响应NaCl胁迫的ABA代谢分子调控机制,检测NaCl胁迫下宁夏枸杞叶片脱落酸(ABA)含量变化,并利用RNA-seq和qRT-PCR技术研究NaCl胁迫下ABA代谢相关基因的差异表达规律。结果表明,不同浓度NaCl胁迫下,宁夏枸杞叶片中ABA含量随NaCl浓度的增加呈现增加趋势;通过转录组测序筛选得到21个ABA代谢相关的差异表达基因,从100 mmol/L、200 mmol/L、300 mmol/L NaCl处理下的宁夏枸杞叶片中检测到ABA代谢相关的差异表达基因分别有17、11、9个,qRT-PCR检测结果与转录组测序结果基本一致。宁夏枸杞通过相关基因的差异表达调控ABA代谢和信号通路,从而参与调控其响应NaCl胁迫。 展开更多
关键词 宁夏枸杞 NACL胁迫 ABA 代谢 差异基因表达
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RNA测序观察低氧培养环境下卵巢癌细胞内管家基因表达的变化
15
作者 李晶 杜珍武 +1 位作者 李晨虹 祝贺 《中国实验诊断学》 2024年第6期727-731,共5页
卵巢癌是危害女性健康的主要恶性肿瘤之一。阐明卵巢癌发生和进展的分子机制有助于提升卵巢癌诊断与治疗水平。明确卵巢癌细胞在不同病理与生理条件下差异基因表达模式是研究其分子机制重要途径。实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)是一种... 卵巢癌是危害女性健康的主要恶性肿瘤之一。阐明卵巢癌发生和进展的分子机制有助于提升卵巢癌诊断与治疗水平。明确卵巢癌细胞在不同病理与生理条件下差异基因表达模式是研究其分子机制重要途径。实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)是一种快速有效的检测细胞内基因表达水平的技术^([1])。在基因表达分析中,需要控制不同样本之间总体转录活性差异的变量,使用内部控制(参考)基因是最常用的方法。 展开更多
关键词 实时定量聚合酶链反应 主要恶性肿瘤 差异基因表达 管家基因 卵巢癌细胞 女性健康 生理条件 基因表达分析
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冠心病差异基因表达谱的构建及目标基因的功能分析 被引量:10
16
作者 殷惠军 马晓娟 +2 位作者 蒋跃绒 史大卓 陈可冀 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第3期354-359,共6页
选择经冠脉造影证实的冠心病患者16例和健康对照者8例,抽提RNA,筛选冠心病相关差异基因,构建冠心病差异基因表达谱,并使用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)对目标基因进行鉴定.另按原标准筛选冠心病患者30例和健康对照者40例,... 选择经冠脉造影证实的冠心病患者16例和健康对照者8例,抽提RNA,筛选冠心病相关差异基因,构建冠心病差异基因表达谱,并使用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)对目标基因进行鉴定.另按原标准筛选冠心病患者30例和健康对照者40例,验证目标基因IL-8的临床相关性.在此基础上,以12例健康自愿者为对象,研究IL-8对血小板聚集率、血小板活化和血小板聚集形态学的影响.结果表明,冠心病相关的差异基因共有107个,其中分子功能和生物学途径涉及炎症免疫反应的有14个(13.1%);通路显著性分析发现,冠心病相关有意义通路共15个,其中有4个涉及炎症免疫反应.目标基因鉴定结果与基因芯片检测结果一致.冠心病患者血清IL-8水平(83.21±34.33pg/mL)显著高于健康对照者(63.34±36.36pg/mL)(P<0.05).血小板聚集率、血小板活化和血小板聚集形态学结果显示,IL-8具有诱导血小板活化的作用.本文从核酸水平揭示了冠心病与炎症免疫反应的相关性,目标基因IL-8可能通过影响血小板的活化程度而参与了冠心病的发病过程. 展开更多
关键词 冠心病 差异基因表达 炎症反应 免疫反应 白介素-8(IL-8)
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“肾应冬”睾丸差异基因表达的实验研究 被引量:5
17
作者 马淑然 刘晓燕 +2 位作者 郭霞珍 刘燕池 梁怡 《北京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期610-612,616,共4页
目的筛选出数个在冬夏季节变化中睾丸差异表达的基因片段。方法采用DDRT-PCR方法检测睾丸标本总RNA。结果①得到44条差异片段,测序10条片段,有7条与已知的基因有较高同源性。②发现了3个新基因,被基因库收录,收录号为CK743226,CK743227,... 目的筛选出数个在冬夏季节变化中睾丸差异表达的基因片段。方法采用DDRT-PCR方法检测睾丸标本总RNA。结果①得到44条差异片段,测序10条片段,有7条与已知的基因有较高同源性。②发现了3个新基因,被基因库收录,收录号为CK743226,CK743227,CK743228。结论①生理状态下,冬夏季节变化可以导致睾丸基因表达的变化。②松果腺对性腺的季节性调节是通过基因的差异表达而实现的。③经过Genebank检索所发现的3条新基因可能是动物自身应时而变调节的需要,也是动物自身进化的需要。④“肾应冬”具有物质基础,其调节机制涉及松果腺对睾丸差异基因表达的调节作用。 展开更多
关键词 肾应冬 松果腺 睾丸 差异基因表达 大鼠
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利用GEO数据库分析糖尿病患者冠心病易感相关基因表达差异的生物信息学分析 被引量:3
18
作者 王佳美 钱美琪 +3 位作者 魏军 王娅娜 韩宇 王艳红 《中国急救复苏与灾害医学杂志》 2023年第1期12-17,26,共7页
目的 应用GEO数据库分析单纯糖尿病患者与合并冠状动脉粥样硬化性心脏病(CAD)的糖尿病(DM)患者相关基因的表达差异。方法 检索基因表达数据库(GEO)并筛选DM患者合并CAD的DM患者相关基因表达谱数据。时间截点选择2021年5月,筛选条件选择... 目的 应用GEO数据库分析单纯糖尿病患者与合并冠状动脉粥样硬化性心脏病(CAD)的糖尿病(DM)患者相关基因的表达差异。方法 检索基因表达数据库(GEO)并筛选DM患者合并CAD的DM患者相关基因表达谱数据。时间截点选择2021年5月,筛选条件选择“Diabetes”及“Coronary Heart Disease”,物种类型选择“human”。使用GEO2R分析DM患者合并CAD的差异表达基因,并对单纯DM患者与合并CAD的DM患者间的通路富集情况做KEGG分析,而后使用PPI分析找出关键基因及其蛋白靶标;并以同期健康体检人群及单纯CAD患者作为参照组,对单纯DM、单纯CAD及合并CAD的DM患者差异基因表达情况进行比较。结果 从选定数据集共筛选出差异基因32 322个,设置筛选条件为组间表达量的比值Log2FC>2且P<0.05,共筛选出差异基因76个,其中上调基因23个,下调基因53个。DM与合并CAD的DM有10条显著差异性富集信号通路(P<0.05)。GO功能分析得到显著富集条目30个,其中10个(33.3%)与生物过程(BP)相关,10个(33.3%)与细胞组分(CC)相关,10个(33.3%)与分子功能(MF)相关。PTC与对照组显著差异基因共计42个,其中排名前10的分别是MYC、C3、AGTR1、PPARG、ADRB3、ACE、NOS3、MTHFR、UTS2、PON2;合并CAD组患者的MYC、C3、AGTR1、PPARG、ADRB3、ACE及UTS2基因表达水平明显高于单纯DM组,而NOS3、MTHFR及PON2基因表达水平明显低于单纯DM组(均P<0.05);单纯DM组与单纯CAD组间MYC、C3、AGTR1、PPARG、ADRB3、ACE、NOS3及MTHFR基因表达水平差异无统计学意义,而单纯CAD组的UTS2明显低于单纯DM组,PON2明显高于单纯DM组(均P<0.01)。结论 DM合并CAD发生的关键影响基因主要包括MYC、C3、AGTR1、PPARG、ADRB3、ACE、NOS3、MTHFR、UTS2、PON2,可能通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路(PI3K/AKT signaling pathway)、病毒致癌作用(Viral carcinogenesis)、黏着斑(Focal adhesion)、Wnt信号通路(Wnt signaling pathway)等对DM发生合并CAD的影响。 展开更多
关键词 糖尿病 冠心病易感性 GEO数据库 差异基因表达
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肝郁脾虚证大鼠模型肝脏的差异基因表达 被引量:4
19
作者 王玉杰 谢鸣 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期2660-2663,共4页
目的:研究肝郁脾虚证大鼠模型肝脏的差异基因表达。方法:大鼠随机分为正常对照组、肝郁脾虚证模型组2组,每组12只。采用慢性束缚+过度疲劳+饮食失节法,连续28d造模,正常对照组不予处理。于制模第29d,处杀2组大鼠,待测肝脏全基因探查。结... 目的:研究肝郁脾虚证大鼠模型肝脏的差异基因表达。方法:大鼠随机分为正常对照组、肝郁脾虚证模型组2组,每组12只。采用慢性束缚+过度疲劳+饮食失节法,连续28d造模,正常对照组不予处理。于制模第29d,处杀2组大鼠,待测肝脏全基因探查。结果:肝郁脾虚证模型大鼠肝脏差异表达的基因59个,其中上调基因27个,下调基因32个。在上调的27个基因中,目前已知的功能基因有Scd1、Dbp、Upp2、Slc28a2、Sds、Hpn、Gldc、Tm7sf2、Gcat。结论:肝郁脾虚证存在异常基因表达,涉及脂类代谢、糖代谢等多个方面。提示多个基因的异常表达可能是中医肝郁脾虚证的分子基础。 展开更多
关键词 肝郁脾虚证 肝脏 差异基因表达
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染矽尘大鼠毒理效应相关差异基因表达谱的研究
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作者 刘萍 陈蕾 +3 位作者 刘伟 孔海霞 王世鑫 涂植光 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期806-811,共6页
目的研究染矽尘大鼠毒理效应相关差异基因表达谱。方法应用气管暴露法对雄性Wistar大鼠进行二氧化硅(50mg/ml)染尘,对照组大鼠气管内灌注1ml灭菌生理盐水。染尘后第14天处死大鼠,取肺组织。应用Ⅲumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片... 目的研究染矽尘大鼠毒理效应相关差异基因表达谱。方法应用气管暴露法对雄性Wistar大鼠进行二氧化硅(50mg/ml)染尘,对照组大鼠气管内灌注1ml灭菌生理盐水。染尘后第14天处死大鼠,取肺组织。应用Ⅲumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片技术,研究大鼠肺组织差异基因表达谱,采用因注释、富集数据库(thedatabase for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)生物信息学分析工具,对差异基因的基因功能和生物学通路进行富集统计学分析。结果检测出的有效基因共22107个,筛选出染矽尘组与对照组的差异基因共1567个,其中上调基因为765个,下调基因为802个。与毒理效应相关的差异基因有461个,其中上调基因为285个,下调的有176个。Real—timePCR实验验证了血红素加氧酶(HMOX1)、过氧化物歧化酶(SOD1)基因上调的趋势和基因芯片结果是一致的。结论二氧化硅粉尘诱导的大鼠肺组织纤维化中起毒理效应的大量相关基因上调或下调,二氧化硅所致的肺纤维化可能存在复杂的基因网络调控系统,其中,毒理机制是肺纤维化发生发展过程中的重萼一环。 展开更多
关键词 矽尘 差异基因表达 大鼠
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