目的通过小样本外显子测序与公用数据库比对进行生物信息挖掘,探寻汉族人群高原红细胞增多症(high altitude polycythemia,HAPC)变异与发病的相关性。方法纳入汉族高原红细胞增多症男性患者4例和高原健康男性5例,采集静脉血并提取DNA进...目的通过小样本外显子测序与公用数据库比对进行生物信息挖掘,探寻汉族人群高原红细胞增多症(high altitude polycythemia,HAPC)变异与发病的相关性。方法纳入汉族高原红细胞增多症男性患者4例和高原健康男性5例,采集静脉血并提取DNA进行全外显子组测序;将测序数据进行功能学富集分析(gene ontology,GO&kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)构建突变基因蛋白质互作网络(protein protein interaction,PPI),选择显著性最高的基因,筛选潜在关键HAPC相关变异位点,初步探究相关变异与HAPC发病可能的机制。结果通过全外显子测序,发现HAPC相关的突变基因216个,其中表皮生长因子(epidemal growth farctor,EGF)基因在功能学富集分析(GO&KEGG),蛋白质互作网络(PPI)中具有高度显著性,初步筛选出5个潜在关键HAPC相关变异位点,通过生物信息学预测及分析,最终筛选出EGF基因上3个可能的变异c.2124G>A(p.Met708Ile)、c.2351A>T(p.Asp784Val)以及c.2759A>T(p.Glu920Val),可能是HAPC的突变位点,与HAPC发病相关。结论本研究表明汉族EGF基因的变异与HAPC发病存在相关性。EGF基因的变异可能通过干扰RNA剪接,改变RNA二级结构,影响蛋白质结构,进而影响EGF的生成及HAPC的发生发展。展开更多
文摘目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。
文摘目的通过小样本外显子测序与公用数据库比对进行生物信息挖掘,探寻汉族人群高原红细胞增多症(high altitude polycythemia,HAPC)变异与发病的相关性。方法纳入汉族高原红细胞增多症男性患者4例和高原健康男性5例,采集静脉血并提取DNA进行全外显子组测序;将测序数据进行功能学富集分析(gene ontology,GO&kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)构建突变基因蛋白质互作网络(protein protein interaction,PPI),选择显著性最高的基因,筛选潜在关键HAPC相关变异位点,初步探究相关变异与HAPC发病可能的机制。结果通过全外显子测序,发现HAPC相关的突变基因216个,其中表皮生长因子(epidemal growth farctor,EGF)基因在功能学富集分析(GO&KEGG),蛋白质互作网络(PPI)中具有高度显著性,初步筛选出5个潜在关键HAPC相关变异位点,通过生物信息学预测及分析,最终筛选出EGF基因上3个可能的变异c.2124G>A(p.Met708Ile)、c.2351A>T(p.Asp784Val)以及c.2759A>T(p.Glu920Val),可能是HAPC的突变位点,与HAPC发病相关。结论本研究表明汉族EGF基因的变异与HAPC发病存在相关性。EGF基因的变异可能通过干扰RNA剪接,改变RNA二级结构,影响蛋白质结构,进而影响EGF的生成及HAPC的发生发展。
