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非小细胞肺癌微卫星(GT/CA)_(n)重复序列多态性的研究进展
1
作者 杨汶峻 傅雨婷 +2 位作者 袁叶琴 刘达 蒋斌元 《肿瘤防治研究》 CAS 2024年第3期195-202,共8页
非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌最主要的组织学类型,患者数量庞大且晚期患者疗效差,现有治疗手段虽取得巨大进展但仍面临挑战。肿瘤的发生伴随大量基因组序列的不稳定,(GT/CA)_(n)重复序列是一种常见的微卫星序列,参与了基因转录和DNA甲基... 非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌最主要的组织学类型,患者数量庞大且晚期患者疗效差,现有治疗手段虽取得巨大进展但仍面临挑战。肿瘤的发生伴随大量基因组序列的不稳定,(GT/CA)_(n)重复序列是一种常见的微卫星序列,参与了基因转录和DNA甲基化等调控过程。现有研究表明,NSCLC中(GT/CA)_(n)重复序列的多态性与EGFR、HO-1和HIF-1α基因的表达密切相关,可作为探索NSCLC发生发展的分子机制、开发诊疗预后分子标志物及相关表观遗传学研究的切入点。本文总结了NSCLC中微卫星(GT/CA)_(n)重复多态性的相关研究,希望能为NSCLC的相关研究提供参考。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 微卫星 (GT/CA)_(n)重复序列 EGFR
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脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析
2
作者 黄秋岚 田程飘 +3 位作者 刘功德 毛立彦 邓小红 龙凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期583-591,共9页
【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转... 【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序,高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后,使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索,并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp;经MISA搜索,鉴定出22447个SSR位点,分布在11119条Unigenes上,SSR发生频率为34.47%,平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中,以单核苷酸重复类型数量最多(14002个),占62.38%;其次是二核苷酸重复类型(3949个)和三核苷酸重复类型(3980个),分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类,且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势(合计占73.99%);A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元,占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元,占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元,占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布,以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多(10395个,占46.31%),其次是出现频次为10次的SSR重复基元(4997个,占22.26%)。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63 bp,以基序长度在12~20 bp的SSR位点数量最多(12692个,占56.54%),呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物,共有17118个SSR位点可设计出引物,成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大,基元类型丰富,呈中度以上多态性,可用于开发SSR分子标记,为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。 展开更多
关键词 脆蜜金柑 转录组 简单重复序列(ssr) 序列特征 重复基元
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中国李简单重复序列(SSR)反应体系的建立 被引量：30
3
作者 乔玉山 章镇 +2 位作者 沈志军 房经贵 郭洪 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2004年第1期83-86,共4页
探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明，引物对中国李有通用性，25μ LSSR反应体系中，Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板... 探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明，引物对中国李有通用性，25μ LSSR反应体系中，Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板DNA和dNTPs等5种成分的适宜浓度分别是：1．5U、2．0mmol·L^-1、0．8μmol·L^-1、30～40ng和0．16～0．24mmol·L^-1。 展开更多
关键词 中国李 ssr 反应体系 简单重复序列
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简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选 被引量：153
4
作者 余艳 陈海山 葛学军 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期15-19,共5页
以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。 展开更多
关键词 简单重复序列 基因组 豆科 Issr 引物筛选 沙冬青
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杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发 被引量：5
5
作者 万志兵 王小龙 +3 位作者 管宏伟 仰皖旭 尹佟明 张新叶 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期76-80,88,共6页
通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复... 通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高。杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力。杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07%。针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0%。扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7%。 展开更多
关键词 表达序列标签 ssr标记 杨树锈菌 微卫星变异
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红树植物海桑简单重复序列区间(ISSR)条件的优化 被引量：55
6
作者 李海生 陈桂珠 《广东教育学院学报》 2004年第2期80-83,共4页
海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海... 海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海桑ISSR PCR分析的最适条件:10μLPCR反应体积中,10×buffer(100mmol·L-1KCl,80mmol·L-1(NH4)2SO4,100mmol·L-1Tris HCl,pH9.0,0.5%NP 40)1μL,0.35UTaq酶,2～3.75mmol·L-1Mg2+,300μmol·L-1dNTP,0.3μmol·L-1引物,10ng模板DNA. 展开更多
关键词 红树植物 海桑 遗传多样性 Issr “简单重复序列区间扩增多态DNA” 分子标记技术
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多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较 被引量：1
7
作者 李贞 董丹凤 +2 位作者 章黎华 江岑 彭奕冰 《检验医学》 CAS 2015年第10期1017-1020,共4页
目的比较多态性微卫星标记（PMM）技术与重复序列聚合酶链反应（PCR）在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析（ITS）进一步鉴定菌种,共有狭... 目的比较多态性微卫星标记（PMM）技术与重复序列聚合酶链反应（PCR）在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析（ITS）进一步鉴定菌种,共有狭义近平滑念珠菌43株,之后采用重复序列PCR和PMM技术进行基因分型,比较2种分型方法的结果和效率。结果 43株狭义近平滑念珠菌经重复序列PCR分型只有1种基因型;经PMM技术分型有22种基因型,以Ⅰ型（10株）、Ⅱ型（6株）为主,Ⅲ~Ⅶ型见于2或3株菌,其余15种基因型均只有1株菌。结论 PMM技术用于狭义近平滑念珠菌的基因分型,分辨率高、重复性好,适用于狭义近平滑念珠菌基因组微进化的监测,而重复序列PCR不适用于狭义近平滑念珠菌的基因分型。 展开更多
关键词 近平滑念珠菌 基因分型 多态性微卫星标记技术 重复序列聚合酶链反应
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卫星、小卫星和微卫星DNA——真核生物基因组的串状重复序列 被引量：9
8
作者 姜运良 《生命的化学》 CAS CSCD 1998年第3期29-31,共3页
卫星、小卫星和微卫星ＤＮＡ——真核生物基因组的串状重复序列姜运良（山东农业大学动物科技学院，山东泰安２７１０１８）关键词卫星小卫星微卫星串状重复序列真核生物基因组中编码蛋白质（酶）的结构基因只占很少的一部分（１０％～... 卫星、小卫星和微卫星ＤＮＡ——真核生物基因组的串状重复序列姜运良（山东农业大学动物科技学院，山东泰安２７１０１８）关键词卫星小卫星微卫星串状重复序列真核生物基因组中编码蛋白质（酶）的结构基因只占很少的一部分（１０％～２０％），其余大部分是重复序列。根... 展开更多
关键词 真核生物 基因组 微卫星 DNA 串状重复序列
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简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用 被引量：24
9
作者 李汝玉 《山东农业科学》 1999年第4期45-49,共5页
ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类... ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类、数量、分布、分离及特性分析方法，ＳＳＲ多态性的检测，ＳＳＲ在品种鉴定与检测、种质资源及育种、基因组作图等方面的研究现状作了简要叙述，并对该技术的未来发展进行了预测。 展开更多
关键词 分子标记 基因组作图 PCR 农作物 简单序列重复
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IDE基因5’-端侧翼微卫星重复序列的多态性与阿尔茨海默病的相关性研究 被引量：1
10
作者 赵斌 陈煜森 +2 位作者 许志恩 山県英久 三木哲郎 《神经疾病与精神卫生》 2006年第3期165-168,共4页
目的 研究人群中胰岛素降解酶基因（IDE）5’一端侧翼的微卫星重复序列多态性与阿尔茨海默病（AD）的相关性。方法采用病例一对照方法研究IDE基因5’—端侧翼的微卫星重复序列多态性、载脂蛋白E（ApoE）基因多态性与AD相关性。选择IDE基... 目的 研究人群中胰岛素降解酶基因（IDE）5’一端侧翼的微卫星重复序列多态性与阿尔茨海默病（AD）的相关性。方法采用病例一对照方法研究IDE基因5’—端侧翼的微卫星重复序列多态性、载脂蛋白E（ApoE）基因多态性与AD相关性。选择IDE基因5’端侧翼4个微卫星重复序列位点（CA）n、（AC）nC（GT）n、（CA）n（CT）n、（CA）n，按其基因图谱上的顺序分别给予A、B、D10S583、C为其编号；微卫星片段重复序列多态性的分型是用荧光标记引物PCR法，APOE的基因分型是PCR—RFLP法。结果本研究人群中IDE基因5’端侧翼的4个位点的微卫星片段重复序都有多态性；LOAD病例组和正常对照组中等位基因的分布频率有显著性差别；A208bp与EOAD显著性相关（P=0．0138）；APOEe4携带者的频率在LOAD组和对照组分别为52．5％、16．1％（x^2=36．2，P〈0．0001，RR=5．76，95％CI=3．17～10．47）；APOEe4携带者的频率与EOAD呈显著性相关（P=0．0135）；二项逻辑回归分析胰岛素降解酶基因的微卫星重复序列多态性与ApoE基因无显著性意义的相互作用。结论IDE基因5’—端侧翼的微卫星重复序列多态性与晚发型AD的呈显著性相关，支持在染色体10q23—25区域有LOAD候选相关基因的论点，对此区域进行深入研究很有价值。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 胰岛素降解酶基因 遗传的相关性 微卫星重复序列 载脂蛋白E
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染色体10q24区域微卫星重复序列多态性与阿尔茨海默病的相关性研究
11
作者 陈煜森 许志恩 +2 位作者 赵斌 山县英久 三木哲郎 《神经疾病与精神卫生》 2006年第3期169-171,共3页
目的 研究染色体10q24微卫星重复序列多态性与晚发型阿尔茨海默病（1ate—onset Alzheimer＇s disease，LOAD）的相关性。方法我们采用病例一对照方法研究染色体10q24区域微卫星重复序列的多态性、载脂蛋白E（APOE）基因多态性与LOAD相... 目的 研究染色体10q24微卫星重复序列多态性与晚发型阿尔茨海默病（1ate—onset Alzheimer＇s disease，LOAD）的相关性。方法我们采用病例一对照方法研究染色体10q24区域微卫星重复序列的多态性、载脂蛋白E（APOE）基因多态性与LOAD相关性，病例组82人，健康对照组168人。结果在LOAD病例组和正常对照组中D10S583微卫星重复序列等位基因199bp携带者的频率分别是31．0%（53／171）和12．2％（10／82），其差别有显著性（x^2=10．8，P=0．001，RR=0．30，95％CI=0．15～0．64）；APOEe4携带者的频率在LOAD组中是52．4％（43／82），对照组16．1％（27／168），其差别有显著性（x^2=36．2，P〈0．0001，RR=5．76，95％CI=3．17～10．47）。结论D10S583重复序列等位基因199bp的频率与LOAD呈负相关，而APOEe4携带者的频率与LOAD呈正相关，这个结果支持在10q24区域有LOAD候选相关基因的论点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 D10S583 遗传的相关性 微卫星重复序列 载脂蛋白E
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基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发 被引量：3
12
作者 徐志军 赵胜 +3 位作者 胡小文 孔冉 苏俊波 刘洋 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期722-729,共8页
分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。... 分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。在2个基因组序列中,优势重复单元均为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,各重复单元均以AT富集的基元为主。割手密和甘蔗基因组序列中分别有472117和89748个位点可以开发SSR标记。对割手密、甘蔗与高粱基因进行同源性分析,分别鉴定出16691个和13271个对应到高粱1~10号染色体上的同源基因,利用基因序列中的SSR位点,开发出13224和7624对SSR引物。对开发的引物分别以割手密和甘蔗基因组为模板进行e-PCR检测,这些引物在割手密基因组中以多位点扩增为主,在2个基因组中的有效标记比例分别为79.35%和36.13%、79.01%和93.36%。部分SSR引物在基因组中表现出特异性扩增,有1368对仅在AP85-441中单扩增,有1420对仅在R570序列中单扩增,共有752对SSR引物可在2个基因组中单扩增,且这些SSR的扩增位点和来源基因均分布于所在基因组的全部染色体上。在禾本科作物基因组中e-PCR检测表明,开发的单扩增SSR标记具有较好的特异性。本研究鉴定的SSR位点,有助于进一步丰富甘蔗的分子标记;开发的3540对SSR引物对于栽培种甘蔗遗传图谱构建中遗传来源区分和同源连锁群确定具有重要的参考意义。 展开更多
关键词 甘蔗 微卫星序列 同源基因 ssr标记 特异扩增
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油菜简单重复序列SSR(simple sequence repeat)研究进展 被引量：19
13
作者 刘列钊 林呐 《生命科学》 CSCD 2004年第3期173-176,共4页
简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)是重复单元少于6个核苷酸重复序列,广泛分布于动植物基因组中,呈孟德尔遗传,已被作为一种理想的共显性标记应用于动植物遗传研究中。本文重点介绍了SSR分类、特点,及近几年来油菜SSR标记的开... 简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)是重复单元少于6个核苷酸重复序列,广泛分布于动植物基因组中,呈孟德尔遗传,已被作为一种理想的共显性标记应用于动植物遗传研究中。本文重点介绍了SSR分类、特点,及近几年来油菜SSR标记的开发和SSR技术在油菜基因定位、品种鉴定中的应用,并对SSR标记在油菜中的应用进行了探讨。 展开更多
关键词 简单重复序列 分子标记 油菜
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微卫星多态性和重复序列PCR分析技术在热带假丝酵母菌基因分型中的应用 被引量：2
14
作者 汪国庆 李贞 彭奕冰 《诊断学理论与实践》 2019年第1期77-81,共5页
目的:评估微卫星多态性分析技术和重复序列PCR分析技术在临床热带假丝酵母菌基因分型中的应用。方法:收集2014年8月到2015年11月来自上海4家医院临床分离的热带假丝酵母菌共50株,分别以Ca21、Ca22、Com21两两组合为引物,选用最合适的引... 目的:评估微卫星多态性分析技术和重复序列PCR分析技术在临床热带假丝酵母菌基因分型中的应用。方法:收集2014年8月到2015年11月来自上海4家医院临床分离的热带假丝酵母菌共50株,分别以Ca21、Ca22、Com21两两组合为引物,选用最合适的引物组合进行重复序列聚合酶链反应(repetitive extragenic palindromic polymerase chain reaction,REP-PCR)后电泳获得REP-PCR分型。采用Ctrm1、Ctrm10、Ctrm12这3种微卫星标记进行微卫星多态性分析。比较2种基因分型方法的结果和分辨力。结果:REP-PCR以Ca21-Com21引物组合的分型效果最好,50株热带假丝酵母菌经REP-PCR分型得到共7种REP-PCR型,鉴别力指数(index of discriminatory power, DP)为0.75。经多态性分型得30种基因型,DP为0.97。结论:微卫星多态性分析简便、快捷,分辨力高于REP-PCR检测,可作为实验室基因分型的首选方法。 展开更多
关键词 热带假丝酵母菌 基因分型 重复序列PCR 微卫星多态性技术
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桉树EST序列中微卫星含量及相关特征 被引量：41
15
作者 李淑娴 张新叶 +1 位作者 王英亚 尹佟明 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期363-371,共9页
通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度... 通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。 展开更多
关键词 桉树 微卫星重复序列 微卫星丰度 微卫星长度变异 微卫星引物设计
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松树、杨树及桉树表达基因序列微卫星比对分析 被引量：30
16
作者 阎毛毛 戴晓港 +1 位作者 李淑娴 尹佟明 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期103-109,共7页
微卫星是生物基因组中变异频率最快的序列,结构基因中微卫星重复数的变化会引起基因的框移突变,导致基因表达完全不同或截短的蛋白。因此在进化过程中,基因区微卫星会受到强烈选择的影响。为研究基因区微卫星在不同树种中的变化情况,在... 微卫星是生物基因组中变异频率最快的序列,结构基因中微卫星重复数的变化会引起基因的框移突变,导致基因表达完全不同或截短的蛋白。因此在进化过程中,基因区微卫星会受到强烈选择的影响。为研究基因区微卫星在不同树种中的变化情况,在本研究中,利用SPUTNIK程序分析了NCBI数据库中松树(Pinus spp.)、杨树(Populus spp.)及桉树(Eucalyptus spp.)的表达序列标签(express sequence tag,EST)序列各3万条。结果显示,桉树和杨树EST序列含有微卫星的比例比较接近,分别为18.7%和15.3%,而在松树中则发生了较大分化,只有8.2%。研究发现,三碱基重复单元是这3个树种编码序列中微卫星的主要重复类型。除三碱基重复微卫星外,桉树和杨树EST序列中其它类型微卫星的丰度随着重复单元长度的增加而减少,而在松树中则呈相反现象。同时值得注意的是松树EST序列中变异频率快的微卫星(>20bp)数量明显比桉树及杨树少。研究还发现,3个树种中微卫星获得或丢失重复单元的速率都随着重复单元的增加而降低。本研究首次报道了不同树种基因区微卫星比较研究,发现了一些松树与杨树、桉树相比较EST序列中所含微卫星在丰度及变异频率方面存在的异同。基因所含微卫星序列对基因的功能有重要影响,本研究的结果将为了解不同树种中基因区微卫星的特征提供重要参数,同时也将为利用所研究树种的EST序列开发多态性高的微卫星标记提供有益的生物信息学参考。 展开更多
关键词 微卫星 表达序列标签 重复单元 基因组进化
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灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成 被引量：12
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作者 刘林 李成云 +5 位作者 杨静 业艳芬 李进斌 周晓罡 王云月 朱有勇 《西南农业学报》 CSCD 2006年第1期131-135,共5页
本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹... 本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。 展开更多
关键词 微卫星或简单重复序列 频率 分布 分子标记
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简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较 被引量：9
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作者 忻雅 方献平 +4 位作者 王淑珍 童建新 来文国 汪建荣 余红 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期278-287,共10页
利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态... 利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多
关键词 草莓 简单重复序列 序列相关扩增多态性 遗传多样性
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核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析 被引量：7
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作者 李伟 陈怀谷 +2 位作者 张爱香 陈丽华 姜伟丽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1154-1160,共7页
利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magna... 利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和黑粉菌(Ustilago maydis)等几种植物病原真菌基因组中的SSRs进行了比较。结果表明:核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富,分别为6539和8627个,并且在结构类型和分布规律上具有一定的相似性;与其他几种病原真菌相比,核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时,我们发现真菌基因组中SSRs的丰度与基因组的大小及GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs引物提供了有益的信息。 展开更多
关键词 核盘菌 灰葡萄孢 简单重复序列 群体遗传学
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川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究 被引量：9
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作者 陈要臻 王岚 +3 位作者 马逾英 张正银 樊哲仁 唐琳 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1422-1424,共3页
目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特... 目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条,扩增片段长度多态性特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数AFLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显著的相关性(r=0.6975,p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性,AFLP更有效于ISSR。 展开更多
关键词 川芎 简单序列重复间区多态性 扩增片段长度多态性
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