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人感染H7N9禽流感病毒全基因组扩增与测序方法的建立 被引量：4
1
作者 谢剑锋 赵琳 +10 位作者 张炎华 翁育伟 陈炜 王金章 何文祥 吴冰珊 黄萌 黄枝妙 朱颖 郑奎城 严延生 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期795-799,共5页
目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段... 目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段,纯化PCR产物后测定核苷酸序列,利用生物信息学软件拼接各节段序列并初步分析其特征。结果本研究中的引物能特异地扩增各基因的目的片段,通过序列拼接可以获得H7N9禽流感全基因组序列。经分析8个节段序列与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒序列高度同源。结论该方法能有效地获得人感染H7N9禽流感病毒全基因组序列,可为进一步分析其基因特征奠定基础。 展开更多
关键词 H7N9禽流感 全基因组 扩增与测序 方法
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ITS片段作为轮枝菌DNA条形码的评价研究 被引量：5
2
作者 段维军 张慧丽 +4 位作者 郭立新 顾建锋 陈先锋 张祥林 夏侯阳 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期72-77,89,共7页
以轮枝菌属中的重要植物病原性轮枝菌及其近似种共13种35个菌株为材料,探讨ITS片段作为轮枝菌DNA条形码的可行性。结果表明,ITS成功区分了研究涉及的10个种,其PCR扩增和测序成功率为97.1%,序列鉴定成功率为94.5%,但对个别亲缘关系较近... 以轮枝菌属中的重要植物病原性轮枝菌及其近似种共13种35个菌株为材料,探讨ITS片段作为轮枝菌DNA条形码的可行性。结果表明,ITS成功区分了研究涉及的10个种,其PCR扩增和测序成功率为97.1%,序列鉴定成功率为94.5%,但对个别亲缘关系较近种的物种鉴别能力较弱。 展开更多
关键词 轮枝菌属 种内与种间差异 PCR扩增与测序成功率 邻接树
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COI基因作为丛赤壳科真菌DNA条形码的测试 被引量：7
3
作者 赵鹏 罗晶 庄文颖 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期243-250,共8页
以丛赤壳科33种76个菌株为材料,探讨COI基因作为该科DNA条形码的可能性。结果表明,该DNA片段存在较多内含子,为了获取某些种的短片段,需设计许多引物,PCR扩增与测序成功率低,难以达到便捷、快速的物种鉴定的目的。因此,COI不宜作为丛赤... 以丛赤壳科33种76个菌株为材料,探讨COI基因作为该科DNA条形码的可能性。结果表明,该DNA片段存在较多内含子,为了获取某些种的短片段,需设计许多引物,PCR扩增与测序成功率低,难以达到便捷、快速的物种鉴定的目的。因此,COI不宜作为丛赤壳科的DNA条形码。对已获得的少数片段进行分析表明,该基因对丛赤壳科部分种具有较强的物种鉴别力。 展开更多
关键词 种内与种间差异 PCR扩增与测序成功率 邻接树
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基于DNA条形码技术对镰刀菌属的检测鉴定 被引量：25
4
作者 雷娅红 况卫刚 +3 位作者 郑春生 李秀璋 高文娜 李春杰 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期544-551,共8页
为筛选合适的基因序列对镰刀菌属Fusarium真菌进行检测鉴定,以从不同寄主分离获得的11种57株镰刀菌为材料,选择nr DNA-ITS、EF-1α、mt SSU和β-tubulin作为候选基因,将序列获得的难易程度和种内与种间遗传距离频率分布作为评价指标,对... 为筛选合适的基因序列对镰刀菌属Fusarium真菌进行检测鉴定,以从不同寄主分离获得的11种57株镰刀菌为材料,选择nr DNA-ITS、EF-1α、mt SSU和β-tubulin作为候选基因,将序列获得的难易程度和种内与种间遗传距离频率分布作为评价指标,对测序获得的有效序列进行研究,筛选出该属的DNA条形码。结果表明:EF-1α基因具有较高的PCR扩增与测序成功率,为98.2%,较mt SSU和β-tubulin基因更容易获得序列片段;且种内与种间遗传距离重叠部分较少,除木贼镰刀菌F.equiseti种内遗传距离为0.029,大于黄色镰刀菌F.culmorum和禾谷镰刀菌F.graminearum种间遗传距离0.021外,种间差异明显大于种内差异,优于其它基因,能更好地区分镰刀菌;利用EF-1α基因序列构建的系统发育树显示,相同种聚集在同一分支,不同种划分在不同分支,鉴别能力较好;EF-1α基因不能扩增出其它6株非镰刀菌属的主要植物病原真菌,而对镰刀菌的PCR扩增效果很好,电泳检测结果条带单一、明亮。表明EF-1α基因可作为镰刀菌属鉴定的DNA条形码。 展开更多
关键词 镰刀菌 序列分析 PCR扩增与测序成功率 遗传距离 DNA条形码
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木霉属补充DNA条形码筛选(英文) 被引量：7
5
作者 朱兆香 曾昭清 庄文颖 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1253-1262,共10页
木霉属真菌是一类重要的生物资源,在工农业、环境保护等方面具有较高经济价值,对其进行快速、准确的物种鉴定兼具理论意义和应用前景。以木霉属35个概念清晰的种为材料,选择I TS、rpb2和tef1作为候选基因序列,利用T axon Gap对231个序... 木霉属真菌是一类重要的生物资源,在工农业、环境保护等方面具有较高经济价值,对其进行快速、准确的物种鉴定兼具理论意义和应用前景。以木霉属35个概念清晰的种为材料,选择I TS、rpb2和tef1作为候选基因序列,利用T axon Gap对231个序列片段进行分析,将种内与种间序列差异以及序列获取难易程度作为评价指标,筛选该属的补充条形码片段。结果表明,r pb2具有适宜的种内与种间序列差异,其最小的种间差异(2.48%),大于最大种内差异(1.8%),种内、种间遗传距离存在明显的间隔区,并且该基因序列具有较高的P CR扩增与测序成功率(94.4%);I TS和t ef1基因序列的种内与种间序列差异之间存在交叉重叠。因此建议r pb2作为木霉属的补充D NA条形码序列。 展开更多
关键词 种内与种间序列差异 PCR扩增与测序成功率 rpb2
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从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码 被引量：6
6
作者 曾昭清 赵鹏 +2 位作者 罗晶 庄文颖 余知和 《中国科学：生命科学》 CSCD 北大核心 2012年第1期55-63,共9页
将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列,从中选择Hsp90,AAC,CDC48和EF3作为候选基因,以丛赤壳科(Nectriaceae)13个属34个概念清晰的种为材料,对215个序列片段采用不同方法... 将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列,从中选择Hsp90,AAC,CDC48和EF3作为候选基因,以丛赤壳科(Nectriaceae)13个属34个概念清晰的种为材料,对215个序列片段采用不同方法进行分析,筛选适合于该科的DNA条形码.将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标.结果表明,Hsp90和AAC基因虽然具有较高的PCR扩增与测序成功率,但种内、种间距离频率分布存在重叠,可能导致部分种的鉴定错误;CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异,但扩增与测序成功率相对较低;EF3基因不存在种内、种间遗传距离重叠,序列容易获得,适合作为该科真菌的DNA条形码. 展开更多
关键词 E值同源基因序列PCR扩增与测序成功率序列分析
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