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用于微生物多样性分析的棉田土壤总DNA的提取 被引量：2
1
作者 张静文 罗明 +1 位作者 徐文修 肖正群 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期34-37,共4页
目的:探讨适用于微生物多样性研究的棉田土壤微生物总DNA提取方法。方法:采用4种方法提取不同连作和轮作处理的棉田土壤微生物总DNA,比较其纯度、产率、片段大小,并应用ARDRA技术验证其质量。结果:其中3种方法均可获得23kb的DNA片段,但... 目的:探讨适用于微生物多样性研究的棉田土壤微生物总DNA提取方法。方法:采用4种方法提取不同连作和轮作处理的棉田土壤微生物总DNA,比较其纯度、产率、片段大小,并应用ARDRA技术验证其质量。结果:其中3种方法均可获得23kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产率和纯度上有明显差异。改良CTAB-SDS法提取的DNA完整性好,得率为24.20μg.g-1干土,纯化后A260/A280和A260/A230为分别为1.80和1.70,纯化回收率可达70.1%,完全适用于后续的PCR分析。结论:采用该法提取棉田土壤总DNA简便而高效。对该法提取获得的棉田土壤微生物总DNA进行ARDRA和DGGE分析,所得图谱能较全面地反映不同处理间微生物多样性及群落结构的差别,为不同栽培体系下棉田土壤微生物的分子生态学研究提供了基础。 展开更多
关键词 棉田 土壤微生物 DNA提取 扩增性rdna限制性酶切片段分析(ardra)
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湖南岳阳洞庭湖3个样点的表层水体细菌多样性研究 被引量：2
2
作者 杨宇 钱林 +4 位作者 代沁芸 万民熙 黄芝英 师舞阳 邱冠周 《生命科学研究》 CAS CSCD 2008年第4期333-339,共7页
从湖南岳阳南湖、同联药业和城陵矶等3个洞庭湖样点采集表层水样,分别编号为NH、TL和CL.在进行水样元素成分分析的同时,采用扩增rDNA限制性酶切片段分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,ARDRA),对上述水样中的细菌多样性... 从湖南岳阳南湖、同联药业和城陵矶等3个洞庭湖样点采集表层水样,分别编号为NH、TL和CL.在进行水样元素成分分析的同时,采用扩增rDNA限制性酶切片段分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,ARDRA),对上述水样中的细菌多样性进行研究.3个样品共挑出234个克隆子进行酶切,得到135个可操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),并对其中14个优势克隆子进行测序.系统发育分析显示洞庭湖岳阳段水样中微生物群落具有丰富的多样性,其中:NH样品中的优势菌是Flavobacteriumsp和Pseudomonas sp,分别占22.4%和11.2%;CL样品中的优势菌为Catellibacterium和Acinetobacter,分别占9.6%和8.2%;而样品TL中的优势菌则为属于β-Proteobacteria的一个新菌株,占11.1%. 展开更多
关键词 洞庭湖 扩增性rdna限制性酶切片段分析 水体细菌 细菌多样性
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大庆油田油藏采出水的细菌群落结构 被引量：22
3
作者 艾明强 李慧 +4 位作者 刘晓波 史荣久 韩斯琴 李娜娜 张颖 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期1014-1020,共7页
采用ARDRA(扩增性rDNA限制性酶切片段多态性分析)技术对大庆油田聚驱、水驱和过渡带3种油藏采出水中的细菌群落的基因组总DNA的16SrDNA克隆文库进行分析,研究了细菌群落结构.结果表明:随机挑取的596个阳性克隆可分为85个操作分类单元(OT... 采用ARDRA(扩增性rDNA限制性酶切片段多态性分析)技术对大庆油田聚驱、水驱和过渡带3种油藏采出水中的细菌群落的基因组总DNA的16SrDNA克隆文库进行分析,研究了细菌群落结构.结果表明:随机挑取的596个阳性克隆可分为85个操作分类单元(OTUs),其中聚驱、水驱和过渡带文库分别含有28、41和33个.通过对优势OTUs测序,并与GenBank进行序列比对,发现油藏采出水中的优势菌群为不动杆菌属、弓形杆菌属、厚壁菌门、假单胞菌属和硫磺单胞菌属.聚驱样品中细菌群落组成最简单,优势菌群为不动杆菌属,占库容的85%,假单胞菌属占7%;水驱样品中的优势菌群也是不动杆菌属,占库容的62%,假单胞菌属和硫磺单胞菌属各占20%和6%;过渡带文库的细菌群落的优势菌群为弓形杆菌属,占库容的50%,不动杆菌属和厚壁菌门各占19%和18%. 展开更多
关键词 油藏 细菌群落结构 16S rdna 克隆文库 扩增性rdna限制性酶切片段多态性分析
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