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整合性接合元件及其在猪链球菌中的作用
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作者 段慧慧 于瑞 +2 位作者 刘忠虎 杜向党 商艳红 《动物医学进展》 北大核心 2024年第1期110-114,共5页
猪链球菌是一种人兽共患病病原体,多重耐药猪链球菌的出现给养猪业及人类健康带来了很大的危害。细菌中抗菌药物抗性基因转移主要依赖可移动遗传元件(MGEs)。其中,整合性接合元件(ICEs)在猪链球菌遗传信息交换中占主要地位,它促进了猪... 猪链球菌是一种人兽共患病病原体,多重耐药猪链球菌的出现给养猪业及人类健康带来了很大的危害。细菌中抗菌药物抗性基因转移主要依赖可移动遗传元件(MGEs)。其中,整合性接合元件(ICEs)在猪链球菌遗传信息交换中占主要地位,它促进了猪链球菌毒性、耐药性等特性的传播,造成抗菌药物抗性基因可在相同/不同种属细菌间转移,导致细菌的耐药机制变得复杂多样,给临床治疗带来很大的困扰。为进一步了解ICEs在猪链球菌中的作用,论文从其发现、分类、存在形式和相互作用、转移途径和相关结构作用及与细菌耐药性和致病性等方面进行综述。 展开更多
关键词 猪链球菌 整合性接合元件 结构特征 转移途径 耐药性
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利用等效杠杆法分析自动变速器接合元件的布置 被引量:5
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作者 何国旗 李兴华 +1 位作者 罗智勇 曹咏梅 《机械科学与技术》 CSCD 北大核心 2007年第3期332-337,共6页
利用等效杠杆法对三自由度双行星排和三自由度三行星排行星齿轮变速器为了实现各种传动比时所需离合器、制动器的数目与安装位置进行了深入的研究。分析出自动变速器在换档过程中需要结合与分离离合器与制动器情况;可以方便地判断接合... 利用等效杠杆法对三自由度双行星排和三自由度三行星排行星齿轮变速器为了实现各种传动比时所需离合器、制动器的数目与安装位置进行了深入的研究。分析出自动变速器在换档过程中需要结合与分离离合器与制动器情况;可以方便地判断接合元件的布置方案是否使得自动变速器换档时方便;能够简单明了地表达接合元件在自动变速器中的布置情况,并通过实例验证了该方法的正确性。 展开更多
关键词 等效杠杆法 行星齿轮传动 接合元件
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携带SXT/R391家族整合接合元件多重耐药菌株的高效筛选与分析 被引量:3
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作者 孙凤娇 贺羽 陈兰明 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第13期79-83,共5页
本研究建立了一种抗生素平板与分子检测相结合的高效筛选水产品中携带SXT/R391家族整合接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)的多重耐药菌株的方法。采用美国临床与实验室标准研究所标准Kirby-Bauer纸片扩散法、需氧菌... 本研究建立了一种抗生素平板与分子检测相结合的高效筛选水产品中携带SXT/R391家族整合接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)的多重耐药菌株的方法。采用美国临床与实验室标准研究所标准Kirby-Bauer纸片扩散法、需氧菌液体微量稀释法,以及接合实验,对筛选、鉴定获得的携带SXT/R391家族ICEs的变形杆菌(Proteus vulgaris)进行了抗菌素、重金属抗性以及ICEs元件接合转移活性的分析。结果表明:运用本研究建立的筛选法可有效获得含有多重耐药基因的ICEs元件,其检出率为3%,远高于常规聚合酶链式反应技术的检测水平(<1‰)。受试菌株对六大类10种抗菌素均表现出抗性,并且对重金属镉、铜、锌和汞具有高度耐受性。接合实验证明了受试菌株所携带的ICEs元件在普通变形杆菌与大肠杆菌(Escherichia coli)MG1655之间的自我转移活性。 展开更多
关键词 整合接合元件 SXT/R391家族 多重耐药 重金属抗性
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一种新的猪链球菌整合性接合元件的鉴定及环化分析 被引量:2
4
作者 何培娟 潘子豪 +2 位作者 古其兵 张越 姚火春 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1125-1134,共10页
[目的]本试验以猪链球菌Chz型的2株临床分离株AH681和HN136为研究对象,通过分析鉴定其整合性接合元件(integrative and conjugative element,ICE)和检测其环化活性,探讨猪链球菌ICE与耐药基因转移的关系和多重耐药机制。[方法]采用最小... [目的]本试验以猪链球菌Chz型的2株临床分离株AH681和HN136为研究对象,通过分析鉴定其整合性接合元件(integrative and conjugative element,ICE)和检测其环化活性,探讨猪链球菌ICE与耐药基因转移的关系和多重耐药机制。[方法]采用最小抑菌浓度法测定猪链球菌AH681和HN136的耐药性。建立生物信息学方法预测细菌基因组中整合性接合元件,结合已报道猪链球菌ICE的位置特点对其进行定位;用环化试验和接合试验检测所预测ICE的活性;构建进化树分析猪链球菌中ICE的进化关系。[结果]AH681和HN136均为多重耐药菌株,其基因组中存在明显外源插入的基因岛,其中大小为73 kb和115 kb的基因岛具备整合性接合元件的典型特点,且这2个基因岛对应的ICE(ICESsuAH681和ICESsuHN136)属于ICESa2603家族。进一步分析发现,ICESsuAH681中存在四环素类抗生素耐药基因tet(O)、大环内酯类抗生素耐药基因erm(B)、氟喹诺酮类药物出口ATP接合蛋白基因、细菌素操纵子和砷酸盐还原酶基因等;ICESsuHN136中存在tet(O)、erm(B)和细菌素基因簇等。环化试验证实ICESsuAH681可自主地从基因组上切离并成环,但未在P1/7菌株上获得ICESsuAH681的接合子;未检测到ICESsuHN136的切离和成环。进化分析结果表明猪链球菌中已明确位置的ICE在进化关系上有6个大分支,ICESsuAH681与ICESa2603家族ICE的亲缘关系更近。[结论]猪链球菌Chz型多重耐药菌株AH681中存在1个73 kb的携带tet(O)、erm(B)和arsc等抗性基因的ICESsuAH681,它可从基因组上切除并环化,是一个有环化活性的ICE。 展开更多
关键词 猪链球菌 耐药性 整合性接合元件 进化分析
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副溶血性弧菌整合接合元件核心基因表达对温度变化的响应
5
作者 朱春花 李云霞 陈兰明 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第13期101-106,共6页
采用实时荧光定量聚合酶链式反应方法分析在1 5~4 2℃温度范围内副溶血性弧菌(Vi b r i o parahaemolyticus)CHN25整合接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)ICEVpa Chn1核心基因表达对温度变化的响应。结果表明:... 采用实时荧光定量聚合酶链式反应方法分析在1 5~4 2℃温度范围内副溶血性弧菌(Vi b r i o parahaemolyticus)CHN25整合接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)ICEVpa Chn1核心基因表达对温度变化的响应。结果表明:温度介导ICEVpa Chn1元件保守模块核心基因表达发生显著变化,其中,编码进入排斥蛋白Eex(entry exclusion)的基因对温度变化最为敏感,低于或高于37℃的温度条件均强烈抑制eex基因表达(〉10倍)。此外,在15~37℃范围内,温度的升高显著激活编码整合酶Int(integrase)、接合转移蛋白Tra I(transfer protein I)和Tra G、DNA修复蛋白Rum A基因的表达,且在37℃达到最大值;与其他检测基因明显不同,温度升高抑制转录抑制子Set R基因的表达,促进int等基因转录激活子Set C和Set D的积累,进而刺激切离,促进ICEVpa Chn1元件的接合转移。实验结果揭示了环境温度对ICEs元件核心基因表达的影响,发现低温(〈15℃)和高温(〉37℃)条件均可能阻遏ICEVpa Chn1元件及其携带基因信息在不同种属细菌间的接合转移。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 整合接合元件 实时荧光定量聚合酶链式反应 基因表达
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弧菌基因组中整合性接合元件(ICEs)的预测分析
6
作者 龚丽 陈兰明 《广东农业科学》 CAS 2015年第16期96-102,共7页
整合性接合元件(ICEs)是一种广泛存在于细菌中可以自主移动的遗传元件。ICEs通过水平移动整合到弧菌的染色体上,所携带的新基因有助于宿主在特定生存环境下获得生长优势。为考察ICEs在弧菌生长中发挥的作用,采用Prf C位点与核心基因相... 整合性接合元件(ICEs)是一种广泛存在于细菌中可以自主移动的遗传元件。ICEs通过水平移动整合到弧菌的染色体上,所携带的新基因有助于宿主在特定生存环境下获得生长优势。为考察ICEs在弧菌生长中发挥的作用,采用Prf C位点与核心基因相关的特征蛋白,进行了26株弧菌SXT/R391ICEs的预测。结果表明,在全测序的26株弧菌中,只有3株霍乱弧菌的较大染色体上存在SXT/R391ICEs,对这3株霍乱弧菌上SXT/R391ICEs的抗性基因和热点区域进行比较分析,结果表明,3株霍乱弧菌的SXT/R391ICE的抗性基因和热点区域虽然都拥有类似的骨架结构,但从获取基因的得失情况可以判断,这3株菌SXT/R391ICE的进化优先关系。 展开更多
关键词 弧菌 整合性接合元件 全基因组
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支原体整合性接合元件基因组分析
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作者 王文著 岳锐 郭志云 《军事医学》 CAS CSCD 2023年第7期500-507,514,共9页
目的 探讨支原体整合性接合元件(MICE)的传播特征及其为宿主支原体带来的影响,从基因组水平全面分析其结构、功能、进化、传播和泛基因组学、系统发生关系以及遗传差异的分子基础。方法 收集MICE序列共21条,利用OrthoFinder程序构建其... 目的 探讨支原体整合性接合元件(MICE)的传播特征及其为宿主支原体带来的影响,从基因组水平全面分析其结构、功能、进化、传播和泛基因组学、系统发生关系以及遗传差异的分子基础。方法 收集MICE序列共21条,利用OrthoFinder程序构建其直系同源基因/蛋白质组,并通过比对分析其结构与功能特征,充分利用MICE的基因组数据并综合多个现有基因注释数据库对收集到的MICE所包含的基因进行注释,使用PanGP构建MICE的泛基因组模型,基因含量法构建泛基因组的系统发生树,RDP4对MICE基因组进行重组事件分析,Datamonkey识别MICE基因组中正选择位点,I-TASSER预测蛋白的三维结构,从全基因组角度探讨MICE的进化关系。结果 在收集到的MICE原件419个蛋白中,对其中386个进行了注释,并识别了其核心模块的关键基因:T4SS四型分泌系统、SSB单链结合蛋白和TraE蛋白;对MICE的整合与剪切模块、复制模块、分泌模块进行了定义,使对同类MICE的结构功能进化等分析时更加有迹可循;发现其中有9个MICE携带毒力基因;MICE的泛基因组表现出封闭模式;核心基因树与泛基因树的拓扑结构差异显著;识别了8个直系同源基因组的重组信号,5个直系同源蛋白质组的正选择位点,蛋白质结构预测结果显示这些正选择位点与元件的转移运输相关。结论 普遍将MICE视作一类整合性接合元件(ICE)进行描述可能并不合适,而在泛基因组分析中无核心基因,在核心模块及骨架分析中也明显展示出数种模式。 展开更多
关键词 支原体整合性接合元件 水平基因转移 可移动遗传元件 泛基因组 直系同源蛋白家族
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细菌整合性接合元件SXT/R391研究进展 被引量:8
8
作者 罗鹏 何香燕 胡超群 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期471-479,共9页
SXT/R391家族是整合性接合元件中多样性最为丰富、成员最多的一个家族。SXT/R391包括保守的核基因以及可变区基因,SXT/R391保守的核心基因主要涉及SXT/R391的整合/剪切、自我接合转移、元件表达的调节。SXT/R391可变区基因的编码产物主... SXT/R391家族是整合性接合元件中多样性最为丰富、成员最多的一个家族。SXT/R391包括保守的核基因以及可变区基因,SXT/R391保守的核心基因主要涉及SXT/R391的整合/剪切、自我接合转移、元件表达的调节。SXT/R391可变区基因的编码产物主要负责宿主对抗生素的耐药性、重金属离子抗性、生物膜形成和细菌运动能力的调节,编码毒素-抗毒素系统以阻止SXT/R391从宿主丢失。一些SXT/R391也编码限制性修饰系统、解旋酶、核酸内切酶。SXT/R391受SetCD正性调控,受SetR负性调控。SXT/R391接合转移过程不会导致其在原供体菌基因组丢失。SXT/R391可以阻止细胞获得其它密切相关的同类SXT/R391但不排斥异质性ICE获得,在SXT/R391自身编码的重组系统作用下获得的异质性ICE导致杂合ICE的产生。SXT/R391具有相当高的转移频率和宽广宿主范围,目前已经有超过40个不同类型的SXT/R391在不同种属的细菌中被发现,以弧菌为最多。已知的SXT/R391集中出现在非洲和亚洲沿海地区,且来源多为海洋细菌,表明海洋环境很可能是SXT/R391主要的贮藏库,并且经由海洋环境株向临床株扩散。日益增加的选择压力很可能加速了SXT/R391的传播。鉴于SXT/R391的转移和盛行带来的风险,卫生部门以及医学微生物科学家应对其扩散保持充分警惕。 展开更多
关键词 SXT/R391 整合性接合元件 接合转移
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链霉菌基因组中放线菌型整合性接合元件的识别 被引量:2
9
作者 徐珍 毕德玺 +4 位作者 李鹏 谭之磊 邓子新 欧竑宇 贾士儒 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2259-2270,共12页
【目的】链霉菌染色体重组和外源DNA片段插入是影响其遗传多样性的主要因素。旨在考察放线菌型整合性接合元件(AICE)在链霉菌遗传多样性中所发挥的作用。【方法】基于AICE的特征性模块,采用隐马尔科夫模型预测链霉菌基因组序列中的AICE... 【目的】链霉菌染色体重组和外源DNA片段插入是影响其遗传多样性的主要因素。旨在考察放线菌型整合性接合元件(AICE)在链霉菌遗传多样性中所发挥的作用。【方法】基于AICE的特征性模块,采用隐马尔科夫模型预测链霉菌基因组序列中的AICEs。【结果】在已全测序的12条链霉菌染色体和35个质粒中,共识别出29个AICEs,其中12个为首次报道。Streptomyces coelicolor基因组中发现了4个AICEs,而其近缘的Streptomyces lividans却没有。【结论】AICEs都整合在链霉菌染色体的核心区,且都具有典型的整合环出、复制和接合转移等核心模块,这些可自行转移的元件在链霉菌基因组可塑性中扮演了重要角色。 展开更多
关键词 链霉菌基因组 放线菌型整合性接合元件 隐马尔科夫模型
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细菌中整合性接合元件的研究进展 被引量:2
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作者 别路垚 徐海 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2215-2222,共8页
整合性接合元件是近年来在细菌中发现的一种可移动的基因元件,它位于染色体上,可通过接合转移的方式介导细菌间基因的水平转移。这种基因的水平转移有助于细菌适应特定的环境条件,但许多整合性接合元件包含耐药基因,这些遗传元件的水平... 整合性接合元件是近年来在细菌中发现的一种可移动的基因元件,它位于染色体上,可通过接合转移的方式介导细菌间基因的水平转移。这种基因的水平转移有助于细菌适应特定的环境条件,但许多整合性接合元件包含耐药基因,这些遗传元件的水平转移极大地加速了耐药基因在同种及不同种属之间的传播,造成细菌的耐药以至多重耐药问题日益严重,耐药机制日趋复杂;同时整合性接合元件与基因岛有着密切的联系,因此对其特征及转移机制进行研究很有必要。 展开更多
关键词 整合性接合元件 基因的水平转移 抗生素耐药性 基因岛
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无乳链球菌中可接合性转移元件的检测及携带菌株的分子流行特征调查
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作者 朱东安 周凯鑫 +1 位作者 常东 孙景勇 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期154-159,共6页
目的了解临床分离的无乳链球菌中可接合性转移元件(ICE)的分布,分析其耐药和分子流行病学特征。方法对临床分离的无乳链球菌进行纸片扩散法药敏试验,通过PCR检测ICESa2603家族和类ICESa2603家族ICE不同的整合酶基因及插入位点基因筛选... 目的了解临床分离的无乳链球菌中可接合性转移元件(ICE)的分布,分析其耐药和分子流行病学特征。方法对临床分离的无乳链球菌进行纸片扩散法药敏试验,通过PCR检测ICESa2603家族和类ICESa2603家族ICE不同的整合酶基因及插入位点基因筛选可能携带ICE的菌株;对携带ICE的菌株进行多位点序列分型(MLST),了解其分子流行特征;对部分ICE阳性菌株进行接合试验,了解ICE及相关耐药基因的转移性并通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)、MLST及药敏试验证实。结果 178株无乳链球菌中检出携带ICE菌株27株(15.2%),其中ICESa2603家族14株,类ICESa2603家族19株,两类家族皆为阳性的有6株。27株携带ICE的无乳链球菌MLST结果显示:最多的为ST-12型10株(37.0%),其次为ST-27型4株(14.8%)、ST-24型3株(11.1%)、ST-19型3株(11.1%)。15株红霉素耐药ICE阳性的无乳链球菌中,10株(66.7%)检测到了ICE与红霉素耐药性的接合转移。ICE阳性的无乳链球菌对红霉素、克林霉素和四环素的耐药率明显高于ICE阴性的菌株,但对左氧氟沙星的耐药率前者明显低于后者。结论 ICE在临床分离的无乳链球菌中具有较高的检出率,且可能在红霉素、四环素等耐药基因的水平传播上起着一定作用,ICE阳性菌株中的主要克隆型为ST-12型。 展开更多
关键词 无乳链球菌 接合性转移元件 多位点序列分型 耐药性
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bla_(CMY-2)阳性禽源奇异变形杆菌的多重耐药特征 被引量:1
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作者 于丽洁 李学义 +4 位作者 马梦娟 王梦桃 贺丹丹 苑丽 潘玉善 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期239-248,共10页
【目的】研究bla_(CMY-2)阳性禽源奇异变形杆菌的多重耐药特征,并分析菌株CY32全基因组序列结构。【方法】对5株bla_(CMY-2)阳性禽源奇异变形杆菌进行氟苯尼考和质粒介导氟喹诺酮类耐药基因检测、接合试验和bla_(CMY-2)基因的Southern... 【目的】研究bla_(CMY-2)阳性禽源奇异变形杆菌的多重耐药特征,并分析菌株CY32全基因组序列结构。【方法】对5株bla_(CMY-2)阳性禽源奇异变形杆菌进行氟苯尼考和质粒介导氟喹诺酮类耐药基因检测、接合试验和bla_(CMY-2)基因的Southern杂交定位,对其中一株菌CY32进行全基因测序和生物信息学分析。【结果】5株奇异变形杆菌携带的bla_(CMY-2)位于染色体,其中,菌株CY12、CY32、S31和S52携带floR,菌株CY12和CY32携带qnrD。CY32的染色体同时含有SXT/R391型整合性接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)(ICEPmiJpn1)和PmGRI1共2种耐药基因岛。ICEs的可变区包含2个串联的复合型转座子(IS10构成),其中一个复合型转座子携带bla_(CMY-2);CY32的PmGRI1耐药岛含有12个耐药基因。与其他奇异变形杆菌携带的PmGRI1相比,多重耐药区差异最大的区域位于Tn21转座子。此外,CY32包含2个质粒,包括携带floR的IncQ质粒和携带qnrD的非接合质粒。奇异变形杆菌CY32携带15个耐药基因,呈现多重耐药的特性。【结论】奇异变形杆菌经基因岛和质粒获得多重耐药,使治疗奇异变形杆菌感染变得更加困难,应加强对动物源奇异变形杆菌耐药性监测。 展开更多
关键词 奇异变形杆菌 基因岛 整合性接合元件 C类头孢菌素酶 多重耐药
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自动变速器换档品质及其控制 被引量:12
13
作者 李兴华 何国旗 +1 位作者 焦建雄 朱银法 《机械传动》 CSCD 2004年第3期63-66,共4页
对自动变速器换档特性进行了系统地分析 ,找出了各种影响换档品质的因素 ,为换档过程中接合元件的搭接控制提供了理论依据。同时 ,提出了改善自动变速器换档品质的方法。
关键词 自动变速器 换档 接合元件 搭接控制 汽车
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等效杠杆法分析行星齿轮传动 被引量:13
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作者 李兴华 何国旗 《机械设计》 CSCD 北大核心 2004年第1期44-45,共2页
利用等效杠杆法[1] ,建立了行星机构的转速图 ,对行星齿轮机构在各种工况下 ,各基本构件和各行星轮的转速 ,以及接合元件的相对转速 。
关键词 行星齿轮传动 等效杠杆法 转速 接合元件
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专利信息
15
作者 王元荪 《焊接技术》 北大核心 2014年第1期72-72,共1页
专利名称:导电的螺柱焊接 专利申请号:CN200910166783.X 公开号:CN101653861 申请日:2009-08-18 公开日:2010-02-24 申请人:德国蒂森克虏伯钢铁股份公司 本发明涉及一种导电的螺柱焊接.具体而言是涉及用于焊接第一工件与接合元... 专利名称:导电的螺柱焊接 专利申请号:CN200910166783.X 公开号:CN101653861 申请日:2009-08-18 公开日:2010-02-24 申请人:德国蒂森克虏伯钢铁股份公司 本发明涉及一种导电的螺柱焊接.具体而言是涉及用于焊接第一工件与接合元件的方法,其中接合元件和第一工件都至少部分由金属组成.在焊接过程中所述接合元件相对于所述第一工件运动,并且同时被压靠到第一工件上。本发明的目的是提供一种焊接接合元件与材料的方法,其能使接合元件和工件之间形成工艺可靠的、牢固结合的连接,当工件由复合材料组成或者有低硬度时.这一点通过接合元件与第一工件机械接触期间在工件和接合元件间产生电流来实现。 展开更多
关键词 专利信息 接合元件 螺柱焊接 材料组成 专利申请号 专利名称 股份公司 焊接过程
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摩托车的离合器(一)
16
作者 马齐备 《摩托车信息》 1998年第3期40-41,共2页
初学摩托车驾驶的人可能都有这样的体会:当摩托车起步时,如果对油门和离合器操纵配合不当。
关键词 摩托车 发动机 操纵机构 离合器 接合元件
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Heat and Water Vapour Transfer Trough the Envelope of a Cold Chamber
17
作者 Clito Afonso 《Journal of Environmental Science and Engineering(A)》 2016年第7期362-370,共9页
The diffusion of water vapour in the atmospheric air through the elements of the envelope of a cold storage room, caused by the pressure gradient between the external and internal environment is inevitable in most sit... The diffusion of water vapour in the atmospheric air through the elements of the envelope of a cold storage room, caused by the pressure gradient between the external and internal environment is inevitable in most situations. In fact, if the conditions in the interior of an envelope element are such as to enable the vapour freezing of the migrant water, the increase in volume from the formation of ice will causes the deformation of this element with very serious consequences, which can go up to its partial or total destruction. In this scenario, readily note the importance ofvapour barriers associated with a properly designed insulation, tend to not only reduce the amount of water diffused, but also prevent the achievement of the conditions for freeze inside the engaging elements. The purpose of this work is to formulate the procedure for design of vapour barriers connected with the design of optimized thermal insulation, and then apply it to a cold chamber located in Portugal. Vapour barriers and the procedure for its design are both mandatory. The required thickness of the vapour barrier is relatively small, and the most appropriate insolation (maintaining the optimal thickness) is the black cork agglomerate. 展开更多
关键词 Ice formation Fick's Law vapour barriers cold chamber.
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链霉菌基因组岛和次生代谢物合成相关的生物信息学工具及数据库 被引量:8
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作者 欧竑宇 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1909-1919,共11页
随着DNA测序技术的进步,迄今为止已有12个链霉菌基因组被测序。面对海量组学的数据,急需采用生物信息学方法来大规模深度挖掘这些重要微生物资源,进而实现链霉菌资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动。围绕链霉菌基因组比较分析中菌株特有... 随着DNA测序技术的进步,迄今为止已有12个链霉菌基因组被测序。面对海量组学的数据,急需采用生物信息学方法来大规模深度挖掘这些重要微生物资源,进而实现链霉菌资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动。围绕链霉菌基因组比较分析中菌株特有的基因组岛和次生代谢物生物合成基因簇的识别及功能解析等两个常见问题,本文收集了近期开发的一些常用生物信息学工具和二级数据库。以链霉菌染色体核心区和两臂的划分、天蓝色链霉菌和变铅青链霉菌基因组岛的识别、卡特利链霉菌巨型质粒的鉴别为例,简介了这些生物信息学资源的使用方法。此外,还简述了我们课题组进行放线菌型整合性接合元件识别和开发硫肽生物合成基因簇预测新工具的一些尝试。生物信息学工具和二级数据库在链霉菌基因组比较分析中有重要作用,可将研究重点迅速地聚焦在某株菌的可移动遗传元件和次生代谢物生成基因簇上,确定其对应的菌株特有表型,及解析新型化合物生物合成和调控机理。 展开更多
关键词 生物信息学 链霉菌基因组岛 整合性接合元件 次生代谢物生物合成 硫肽基因簇
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多耐药B族链球菌基因组序列分析 被引量:2
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作者 王益青 朱亮 +7 位作者 孔德聪 高薇 姚开虎 董方 宋文琪 郑玉玲 姜永强 刘钢 《军事医学》 CAS 北大核心 2019年第1期63-67,共5页
目的研究中国B族链球菌种群结构并鉴定菌株携带的耐药基因。方法从患儿脑脊液样本中分离B族链球菌临床株,高通量测序获得菌株的全基因组序列。使用分子分型方法对菌株进行血清学分型和MLST分型;使用核心基因组系统演化分析构建种群结构... 目的研究中国B族链球菌种群结构并鉴定菌株携带的耐药基因。方法从患儿脑脊液样本中分离B族链球菌临床株,高通量测序获得菌株的全基因组序列。使用分子分型方法对菌株进行血清学分型和MLST分型;使用核心基因组系统演化分析构建种群结构;通过查询耐药数据库鉴定基因组中的耐药基因;序列比对分析耐药基因元件结构;药敏试验测试菌株耐药表型。结果该研究共收集102株B族链球菌基因组,划分为5个克隆群,其中50株B族链球菌携带多耐药基因元件。结论新生儿B族链球菌感染主要由ST17型菌株引起;携带多耐药基因整合接合元件的B族链球菌在中国广泛分布,在临床中应对感染要控制抗生素的使用。 展开更多
关键词 B族链球菌 新生儿感染 高通量测序 抗生素耐药基因 整合接合元件
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奇异变形杆菌中基因岛介导的多重耐药传播研究进展 被引量:7
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作者 李博洋 姚天歌 +2 位作者 栾仁栋 王红宁 雷昌伟 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期916-923,共8页
奇异变形杆菌是导致医院内感染的重要条件致病菌,广泛分布于自然环境及人和动物的肠道中。基因岛是细菌染色体上约10-200 kb独立的DNA片段,能促进宿主细菌适应复杂多变的环境,与细菌适应性进化密切相关。近年来在奇异变形杆菌基因组中... 奇异变形杆菌是导致医院内感染的重要条件致病菌,广泛分布于自然环境及人和动物的肠道中。基因岛是细菌染色体上约10-200 kb独立的DNA片段,能促进宿主细菌适应复杂多变的环境,与细菌适应性进化密切相关。近年来在奇异变形杆菌基因组中发现了多个与多重耐药密切相关的基因岛,包括沙门菌基因岛1及其相关基因岛、SXT/R391整合性接合元件、PmGRI1等,表明基因岛在奇异变形杆菌多重耐药形成和传播中具有重要作用。本文对奇异变形杆菌中与耐药相关基因岛的结构特征、传播机制、流行情况等进行综述,以期为奇异变形杆菌中多重耐药相关基因岛的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 奇异变形杆菌 基因岛 多重耐药 沙门菌基因岛1 整合性接合元件
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