目的:建立可提示高活性5-HT重摄取抑制剂分子结构信息的三维定量构效关系模型,深入研究结构-活性间的关系,指导新化合物的设计。方法和结果:通过确定分子的药效构象,与选定的模板分子(sertraline)进行atom to atom叠合,采用比较分子立...目的:建立可提示高活性5-HT重摄取抑制剂分子结构信息的三维定量构效关系模型,深入研究结构-活性间的关系,指导新化合物的设计。方法和结果:通过确定分子的药效构象,与选定的模板分子(sertraline)进行atom to atom叠合,采用比较分子立场分析法建立67个5-HT重摄取抑制剂的3D-QSAR模型,模型的交叉验证相关系数Rcv2=0.614,传统相关系数R2=0.988,F=456.172,标准偏差SEE=0.134。结论:该模型在一定程度上反映了结合部位的性质要求,解释了已有的构效关系,并对同类化合物的预测能力较好,系数等势图映射的受体结合部位的性质对新化合物的设计具有一定的指导意义。展开更多
【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET（避蚊胺）具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分（L-乳酸、羧酸等）缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一...【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET（避蚊胺）具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分（L-乳酸、羧酸等）缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一组43个酰胺类驱避化合物,计算了它们与蚊虫引诱物氨之间的双分子缔合作用,以及该缔合作用对驱避活性的影响,从而为驱避机理研究提供帮助。【方法】用Gaussian 03软件优化驱避化合物单体和双分子缔合体的三维结构式;通过Ampac和Codessa软件建立结构与驱避活性之间的定量构效关系模型。【结果】驱避化合物与氨分子的缔合距离、角度和缔合能量分别是2.2-3.0,128-180°和14-25 k J/mol;最佳四参数模型中R2为0.8987,其中2个参数来自驱避化合物单体,分别是（1/6）X GAMMA polarizability（DIP）和ESPminimum net atomic charge for an H atom,另外2个参数来自双分子缔合体,分别是ESP-DPSA-2 difference in CPSAs（PPSA2-PNSA2）[Quantum-Chemical PC]和Minimum valency of a C atom。模型检验中训练集和测试集的相关系数平方的平均值分别为0.9013和0.8666。【结论】驱避化合物与氨分子之间存在弱氢键力缔合作用,驱避化合物分子的极化度及其与氨分子之间的极性相互作用、缔合体中分子间键相互作用及其电荷分布均对驱避活性产生显著影响,说明双分子缔合对驱避活性具有显著影响。模型检验表明最佳四参数模型具有良好的稳定性和预测能力。本研究可为寻找新型蚊虫驱避剂和揭示蚊虫驱避剂的作用机理提供参考。展开更多
Available model of 3D-quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR, the method of TopomerCoMFA) has been used to establish relationship between antioxidant performances of lubricating oil (trimethylolpropane ...Available model of 3D-quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR, the method of TopomerCoMFA) has been used to establish relationship between antioxidant performances of lubricating oil (trimethylolpropane trioleate, TMPTO) with 15 kinds of amine additives and its molecular structure. Correlation coefficient of the cross-validation (include internal q2 and external qpred 2 ) and conventional correlation coefficient showed the model to be both stable and good predictive. The electron-donating group and larger steric effects group are adopted at the para-position or meta-position of amido on the benzene ring, and suitably decreasing the branch chain near the para-position, these indicate that the antioxidant performance of amine additives can be enhanced. The results not only can help us understanding the rule of antioxidant performance, but also providing guidance(s) to predict antioxidant performance of existing amine additives and to design or modify new amine additives in lubricating oil.展开更多
文摘目的:建立可提示高活性5-HT重摄取抑制剂分子结构信息的三维定量构效关系模型,深入研究结构-活性间的关系,指导新化合物的设计。方法和结果:通过确定分子的药效构象,与选定的模板分子(sertraline)进行atom to atom叠合,采用比较分子立场分析法建立67个5-HT重摄取抑制剂的3D-QSAR模型,模型的交叉验证相关系数Rcv2=0.614,传统相关系数R2=0.988,F=456.172,标准偏差SEE=0.134。结论:该模型在一定程度上反映了结合部位的性质要求,解释了已有的构效关系,并对同类化合物的预测能力较好,系数等势图映射的受体结合部位的性质对新化合物的设计具有一定的指导意义。
文摘【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET（避蚊胺）具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分（L-乳酸、羧酸等）缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一组43个酰胺类驱避化合物,计算了它们与蚊虫引诱物氨之间的双分子缔合作用,以及该缔合作用对驱避活性的影响,从而为驱避机理研究提供帮助。【方法】用Gaussian 03软件优化驱避化合物单体和双分子缔合体的三维结构式;通过Ampac和Codessa软件建立结构与驱避活性之间的定量构效关系模型。【结果】驱避化合物与氨分子的缔合距离、角度和缔合能量分别是2.2-3.0,128-180°和14-25 k J/mol;最佳四参数模型中R2为0.8987,其中2个参数来自驱避化合物单体,分别是（1/6）X GAMMA polarizability（DIP）和ESPminimum net atomic charge for an H atom,另外2个参数来自双分子缔合体,分别是ESP-DPSA-2 difference in CPSAs（PPSA2-PNSA2）[Quantum-Chemical PC]和Minimum valency of a C atom。模型检验中训练集和测试集的相关系数平方的平均值分别为0.9013和0.8666。【结论】驱避化合物与氨分子之间存在弱氢键力缔合作用,驱避化合物分子的极化度及其与氨分子之间的极性相互作用、缔合体中分子间键相互作用及其电荷分布均对驱避活性产生显著影响,说明双分子缔合对驱避活性具有显著影响。模型检验表明最佳四参数模型具有良好的稳定性和预测能力。本研究可为寻找新型蚊虫驱避剂和揭示蚊虫驱避剂的作用机理提供参考。
基金supported by the National Basic Research Program of China(Grant No.2013CB632303)the National Natural Science Foundation of China(Grant No.51505341)
文摘Available model of 3D-quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR, the method of TopomerCoMFA) has been used to establish relationship between antioxidant performances of lubricating oil (trimethylolpropane trioleate, TMPTO) with 15 kinds of amine additives and its molecular structure. Correlation coefficient of the cross-validation (include internal q2 and external qpred 2 ) and conventional correlation coefficient showed the model to be both stable and good predictive. The electron-donating group and larger steric effects group are adopted at the para-position or meta-position of amido on the benzene ring, and suitably decreasing the branch chain near the para-position, these indicate that the antioxidant performance of amine additives can be enhanced. The results not only can help us understanding the rule of antioxidant performance, but also providing guidance(s) to predict antioxidant performance of existing amine additives and to design or modify new amine additives in lubricating oil.
