期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到78篇文章
< 1 2 … 4 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
产酸克雷伯菌核心基因组多位点序列分型方案 被引量：1
1
作者 陈胜林 康雨童 +5 位作者 梁一赫 徐帅 邱小彤 李芳 刘雪萍 李振军 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期912-919,926,共9页
目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集... 目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集群识别,以构建和验证产酸克雷伯菌的cgMLST方案。公开获得的21个完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的创建,386个不完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的验证。结果建立了一个针对3356个核心基因的cgMLST(简称3356-cgMLST)方案。提出的3356-cgMLST方案实现了针对98%以上(400/407)的产酸克雷伯菌分离株基因组序列的分型。根据提出的3356-cgMLST方案,最终纳入分型的400株产酸克雷伯菌基因组序列中共确定了130个CGs。基于3356-cgMLST方案获得的CGs分布情况可以看出产酸克雷伯菌呈现出明显的多国家多地区传播现象。结论本研究为产酸克雷伯菌提供一个公开的3356-cgMLST方案,并揭示产酸克雷伯菌基因组序列呈现高度的遗传多样性,CG26为优势克隆群。 展开更多
关键词 产酸克雷伯菌 核心基因组多位点序列分型 基因分型 克隆群
下载PDF
单核苷酸多态性与核心基因组多位点序列分型技术在宋内志贺菌暴发疫情调查中的应用研究
2
作者 郝潇 赵嘉咏 +2 位作者 宋威蓉 胡赢心 穆玉姣 《现代疾病预防控制》 2024年第12期940-943,共4页
目的对宋内志贺菌暴发菌株的全基因组聚类特征进行比较分析,为全基因组比对溯源分析算法的建立和优化提供参考。方法选取2017年8月河南省某寄宿制初中食物中毒事件中的17例腹泻病例,每个病例采集粪便拭子1份,提取细菌DNA进行全基因组测... 目的对宋内志贺菌暴发菌株的全基因组聚类特征进行比较分析,为全基因组比对溯源分析算法的建立和优化提供参考。方法选取2017年8月河南省某寄宿制初中食物中毒事件中的17例腹泻病例,每个病例采集粪便拭子1份,提取细菌DNA进行全基因组测序,测序数据经质控过滤、拼接组装后进行全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)和核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析。结果经分离培养、系统生化鉴定和血清学分型,共鉴定出17株宋内志贺菌。wgSNP分析将17株宋内志贺菌分为3个主要分枝,分枝3内对应病例的分枝事件频度和时空跨度都较大。cg MLST分析将17株宋内志贺菌暴发菌株归为同一分枝。结论wgSNP与cgMLST测序分析技术各有优劣,可以为肠道腹泻传染病日常监测和暴发控制提供参考依据。 展开更多
关键词 宋内志贺菌 全基因组 暴发 单核苷酸多态性 核心基因组多位点序列分型
下载PDF
细菌核心基因组多位点序列分型(cgMLST)与溯源评价 被引量：11
3
作者 朱丽萍 张文成 +2 位作者 颜世敢 陈蕾蕾 崔生辉 《畜牧与兽医》 北大核心 2021年第6期140-146,共7页
细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义。全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST... 细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义。全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)、全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)等为代表,具有分辨率高、重复性好的优点,能够实现精准溯源,逐渐成为细菌分型和溯源的主流技术。然而,wgMLST、wgSNP消耗巨大的计算资源,而且wgSNP对测序的准确性要求极高,推广难度大;相比之下,cgMLST需要较少的计算能力,应用性更强。本文重点介绍了细菌核心基因组的筛选、等位基因的赋值、cgMLST分型原理及操作步骤和细菌基因组溯源评价,为细菌的cgMLST分型与溯源提供了技术指导,有助于保证cgMLST分型结果的客观性和可比性。 展开更多
关键词 细菌 核心基因组多位点序列分型 溯源 评价
原文传递
柠檬酸杆菌基因组多位点序列分型(in silico MLST )研究 被引量：1
4
作者 刘亚暖 姜肇旭 颜世敢 《齐鲁工业大学学报》 CAS 2023年第4期55-60,共6页
对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silic... 对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silico MLST分析,并基于MLST分型构建遗传进化树,分析分离株的遗传进化关系。全基因组测序分析结果表明,柠檬酸杆菌的基因组大小介于4.771~5.477 Mb之间,平均为5.03 Mb;基因数量在4591~5334之间,平均为4871个。16s rRNA分析结果表明,4株柠檬酸杆菌分离菌中有3株为布雷氏柠檬酸杆菌,1株为沃克曼氏柠檬酸杆菌。MLST分析结果表明,4株柠檬酸杆菌均是新的ST型。该研究分析了4株柠檬酸杆菌的基因组,基因组MLST分型分析表明4株分离菌均为新ST型,丰富了柠檬酸杆菌的菌种资源和遗传信息,为柠檬酸杆菌的防控、溯源奠定了基础。 展开更多
关键词 柠檬酸杆菌 基因组测序 多位点序列分型
下载PDF
2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究
5
作者 柯自立 张小玄 +5 位作者 徐海滨 高亚东 罗朝晨 黄梦颖 邱玉锋 杨劲松 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期708-715,共8页
目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列... 目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析。结果福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源。产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致。泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率。结论福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 全基因组测序 生物信息学分析 核心基因组多位点序列分型 泛基因组
下载PDF
基于全基因组序列的弯曲菌特征分析 被引量：6
6
作者 孙磊 杨臻辉 +1 位作者 恽茜 黄金林 《生物信息学》 2020年第4期254-262,共9页
空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)和结肠弯曲菌(Campylobacter coli)是引起人类腹泻的主要致病菌。传统生化方法在鉴定弯曲菌时存在步骤多、耗时长、通量低等问题。本研究通过利用生物信息学方法对弯曲菌全基因组进行序列、基因注释、... 空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)和结肠弯曲菌(Campylobacter coli)是引起人类腹泻的主要致病菌。传统生化方法在鉴定弯曲菌时存在步骤多、耗时长、通量低等问题。本研究通过利用生物信息学方法对弯曲菌全基因组进行序列、基因注释、耐药基因、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等分析,挖掘能够有效区分空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的高分辨力特征。实验结果表明,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌在基因组序列长度、GC含量、基因数量、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等方面存在显著差异。同时,研究还发现了一段在空肠弯曲菌基因组中广泛存在的高分辨力CRISPR重复序列。这些特征可用于构建能够准确鉴别空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的生物信息学方法。 展开更多
关键词 弯曲菌 全基因组 多位点序列分型 CRISPR-Cas系统
下载PDF
江苏省2016—2021年临床分离铜绿假单胞菌耐药及基因组特征分析
7
作者 聂俊伟 周璐 +3 位作者 瞿志鹏 洪捷 鲍倡俊 谈忠鸣 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期467-474,共8页
目的了解江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况及基因特征。方法收集2016—2021年江苏地区各哨点医院临床分离的铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗菌药物的敏感性测定,对分离株行全基因组测序并多位点序列分型,综... 目的了解江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况及基因特征。方法收集2016—2021年江苏地区各哨点医院临床分离的铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗菌药物的敏感性测定,对分离株行全基因组测序并多位点序列分型,综合抗菌药物耐药性数据库(CARD)扫描分析耐药基因。结果2016—2021年通过致病菌识别网12个市的哨点医院收集患者分离的铜绿假单胞菌101株。药敏试验结果显示,全部菌株对共计6类8种抗菌药物全部耐药,包括酰胺醇类抗生素氯霉素、磺胺类的复方磺胺甲口恶唑、头孢菌素类的头孢噻肟和头孢唑林、四环素类的四环素、青霉素类的氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦以及β-内酰胺类的阿莫西林/克拉维酸;45.54%的分离株为碳青霉烯类耐药菌株,对亚胺培南、美罗培南两种碳青霉烯类抗生素的耐药率已分别达45.54%、39.60%;耐10种以上抗生素的菌株达63.36%;共发现35种耐药表型,其中1株菌对19种抗菌药物广泛耐药,耐药谱为AMC-AM-SAM-CZ-CTX-C-TE-SXT的菌株最多(31.69%,32株)。多位点序列分析发现75个ST型,聚类发现ST 262处于中心点,并遗传进化出11个亚型或分支。全基因组扫描发现6类18种抗菌药物耐药基因,crp P基因的携带情况与表型完全一致。结论2016—2021年江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况严重,两种碳青霉烯类抗生素的耐药率、耐10种以上抗生素的菌株比例高于国内其他省份,应引起高度重视。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 耐药性 全基因组测序 耐药基因 多位点序列分型
下载PDF
天津地区鸡源沙门氏菌的基因分型研究 被引量：3
8
作者 王骁 赵处敏 +4 位作者 康青 杜婷 李萍 杜欣军 王硕 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2022年第14期4487-4493,共7页
目的研究并评估几种分子分型方法对亲缘关系相近鸡源沙门氏菌的分辨能力。方法针对2015—2016年从天津市大型市场和超市中分离的106株沙门氏菌及其全基因组测序结果,分析了沙门氏菌的血清型、序列类型(sequence types,STs),并通过脉冲... 目的研究并评估几种分子分型方法对亲缘关系相近鸡源沙门氏菌的分辨能力。方法针对2015—2016年从天津市大型市场和超市中分离的106株沙门氏菌及其全基因组测序结果,分析了沙门氏菌的血清型、序列类型(sequence types,STs),并通过脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)以及一种基于59个基因的分型方法对沙门氏菌进行分子分型研究。结果106株沙门氏菌共分为8种血清型和8个ST型;PFGE分型方法将沙门氏菌分为7个集群;cgMLST将沙门氏菌分为8个集群;59个基因的分型方法将亲缘关系相近的分离株分为9个集群。结论肠炎沙门氏菌为这些沙门氏菌中的优势亚型;cgMLST具有最高的分辨率;基于59个基因的分型方法可以满足对亲缘关系相近沙门氏菌的分型研究。 展开更多
关键词 沙门氏菌 脉冲场凝胶电泳 核心基因组多位点序列分型 功能基因分型
原文传递
2017-2019年济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行病学和基因组学分析 被引量：2
9
作者 王珊 杜照中 +5 位作者 尹强 韩淑琪 赵剑 江亚娟 王胜男 温红玲 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期879-886,共8页
目的了解济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行情况及其基因组特征。方法采集2017-2019年流行前期、流行期、流行后期不同年龄组健康人群的咽拭子标本,进行菌株分离培养、生化试验、血清凝集试验,分离到的菌株进行基因测序,利用PubMLST数据... 目的了解济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行情况及其基因组特征。方法采集2017-2019年流行前期、流行期、流行后期不同年龄组健康人群的咽拭子标本,进行菌株分离培养、生化试验、血清凝集试验,分离到的菌株进行基因测序,利用PubMLST数据库进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、疫苗抗原分析,利用IQ-TREE和Splits Tree构建系统发育树。结果2017-2019年共检测1086份健康人群咽拭子标本,分离出21株脑膜炎奈瑟菌,健康人群平均带菌率为1.93%。其中流行前期带菌率为0.93%,流行期带菌率为2.30%,流行后期带菌率为1.83%。17~19岁人群带菌率较高,3~5岁儿童及≥20岁成人中未检出阳性菌株。检出的21株菌株中,B群15株,C群1株,不可分群5株。通过基因组分析,主要的ST型为ST-12301和ST-14655,ST-17464、ST-17465、ST-17466、ST-17467和ST-17468为本研究新发现的ST型。进行基因测序的19株菌株中,有8株属于4821克隆群,其余菌株不属于确定的克隆群,有3株血清型为不可分群的菌株但其基因型为B型。结论济宁市2017-2019年健康人群中脑膜炎奈瑟菌血清群以B群为主。本研究新发现5种MLST序列型,提示近几年菌株基因组存在微进化。MLST序列型的变迁有可能导致流行模式发生改变,有必要开展持续监测。17~20岁人群带菌率高,应密切关注菌株在人群中的扩散传播,以防引起流脑病例。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 健康人群 血清群 核心基因组多位点序列分型 系统发育树 4821克隆群
下载PDF
2014—2022年北京市肠道门诊分离的肠出血性大肠埃希菌分子分型特征分析
10
作者 张新 吕冰 +7 位作者 田祎 黄瑛 霍达 林长缨 曲梅 贾蕾 张代涛 王全意 《首都公共卫生》 2024年第3期144-149,共6页
目的 了解北京市肠出血性大肠埃希菌(enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)分子特征及流行趋势。方法 收集2014—2022年北京市肠道门诊分离到的肠出血性大肠埃希菌,通过药敏试验及全基因组测序及数据分析,以了解病原的药物敏感性... 目的 了解北京市肠出血性大肠埃希菌(enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)分子特征及流行趋势。方法 收集2014—2022年北京市肠道门诊分离到的肠出血性大肠埃希菌,通过药敏试验及全基因组测序及数据分析,以了解病原的药物敏感性及分子特征。结果 共收集到14株EHEC,其中4株为多耐药菌株;多位点序列分型(multi-locus sequence type, MLST)分析ST11型占比最高(5/14);血清分型O157:H7占比最高(6/14);全基因组单核苷酸分型(whole genome single nucleotide polymorphism, wgSNP)结果显示6株O157:H7菌株分成一簇,其他菌株分成一簇;14株北京分离到的EHEC和美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站下载的678株中国及周边国家分离的大肠埃希菌全基因组数据wgSNP分型,没有形成明显的地域性聚集,均以散发分布为主。结论 EHEC仍是北京市肠道传染病重要的病原菌,需要进一步加强EHEC监测。 展开更多
关键词 肠出血性大肠埃希菌 全基因组测序 多位点序列分型 全基因组单核苷酸分型
下载PDF
三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析 被引量：5
11
作者 李翠函 曲志娜 +12 位作者 高玉斌 李彦 王娟 段笑笑 王琳 张喜悦 赵格 黄秀梅 赵建梅 张青青 王君玮 黄保续 刘俊辉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1653-1662,共10页
【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131... 【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131份,利用选择性分离培养、质谱鉴定、PCR、微量肉汤稀释法、多位点序列分型(MLST)及全基因组测序(WGS)等方法进行CREC菌株鉴定与分析。【结果】共分离出364株bla NDM基因阳性的CREC菌株,分离率为32.18%,阳性场总体占比为76.32%,肉鸡场和个体阳性率均最高,分别为93.33%和55.56%。三类禽源菌株均多重耐药,83.65%菌株对8类及以上药物同时耐药,对多数测试药物耐药率在80%以上。肉鸡多重耐药问题最严重,水禽次之,蛋鸡相对较轻。45株全基因组测序的CREC菌株携带12类52种耐药基因,4种bla NDM变异体,以bla NDM-5(77.78%)为主,三类家禽对同类耐药基因的检出率存在差异。共检出46种ST型,多样性比为44.23%。三类家禽CREC菌株间单核苷酸多态性(SNPs)差异位点为82~71307个,且携带的优势型不同。【结论】携带bla NDM的CREC在不同家禽养殖场尤其是肉鸡场广泛存在,以bla NDM-5亚型最为常见,对多种抗菌药普遍耐药,且携带大量耐药基因,以质粒传播为主。CREC菌株在三类家禽中呈多样化分布,且多数菌株间亲缘关系相差较远。提示应针对不同动物群体,加强监测和影响因素研究,以降低CREC的潜在风险。 展开更多
关键词 家禽 碳青霉烯类耐药大肠杆菌(CREC) 群间分布 多位点序列分型(MLST) 全基因组测序(WGS)
下载PDF
多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用 被引量：4
12
作者 闫瑞 杨捷琳 +3 位作者 陈翠玲 钮冰 徐之雯 蒋原 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2019年第9期9-14,共6页
克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)中已包含超过2400多株克罗诺杆菌分离菌株的序列信息,阪崎克罗诺杆菌1774株,丙二酸盐阳性克罗诺杆菌295株是其中的优势菌种,这些菌株共分离自40多个国家和地区。通过将7个位点的多位点序列分型(7-loci multilocus sequence typing,7-lociMLST)方案应用于2438株克诺罗菌株,共揭示了591种可定义的序列型(sequencetype,ST),其中ST4(334株)、ST1(280株)、ST7(78株)和ST13(67株)为主要序列型。7-lociMLST对于克罗诺杆菌的致病型分型鉴定有很大帮助,但由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小,导致同一ST型中包含地理来源,分离时间,宿主等不相关的菌株,而对菌株溯源结果适得其反。为了解决这一问题,本研究进一步采用基于直系同源基因簇的多位点序列分析方法(Clusters of Orthologous Genes MLST, cogMLST(1865-loci)),对PubMLST中240株已完成全基因组测序的菌株,包括阪崎克罗诺杆菌ST1(67株),ST4(95株),ST13(43株)和丙二酸盐阳性克罗诺杆菌ST7(35株)进行了全基因组序列分析。结果显示,cogMLST可对ST型相同,但无相关性的菌株进行进一步分型,且不同聚类与菌株分离国家及来源之间存在一定相关性。这或许对于相同ST克罗诺杆菌属菌株的全球溯源分析及食源性疾病监测有较大帮助。 展开更多
关键词 克罗诺杆菌 多位点序列分型 全基因组分型 溯源分析
下载PDF
单核细胞增生李斯特菌LMXJ15全基因组测序及分析 被引量：1
13
作者 杜冬冬 钱晶 +5 位作者 李思琪 刘雯菲 魏向利 刘长勇 罗瑞峰 康立超 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期298-306,共9页
为了解新疆地区单核细胞增生李斯特菌LMXJ15菌株的的基因组特征和进化关系。采用PacBio和Illumina HiSeq测序对LMXJ15菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行预测、注释,并进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST... 为了解新疆地区单核细胞增生李斯特菌LMXJ15菌株的的基因组特征和进化关系。采用PacBio和Illumina HiSeq测序对LMXJ15菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行预测、注释,并进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)及共线性分析菌株间的同源性。结果显示单核细胞增生李斯特菌LMXJ15菌株基因组总长度为3017732 bp,平均GC含量为37.81%,预测到3154个编码基因,编码基因总长度为2734315 bp;包含6个rRNA操纵子和57个tRNA。编码基因通过CRT预测,发现一个CRISPR序列;通过GO数据库的对比分析,得到三类功能方面的2241个基因。预测到可能的毒力基因88个。MLST分析显示LMXJ15菌株为ST8型(sequence type,ST),属于CC8(clonal complex,CC)复合克隆系;进化分析显示其与意大利分离株IZSAM_Lm_15_17439_A144、瑞士分离株LmN1546和一株从熏鲑鱼分离菌株R479a在同一个进化分支上,具有相同的ST型和血清型(1/2a),并通过比较基因组分析显示4株LM的基因组之间的共线性较好。该研究初步分析了LMXJ15菌株基因组特征,毒力基因携带情况,为新疆地区单核细胞增生李斯特菌毒力和进化关系研究提供基础数据。 展开更多
关键词 单核细胞增生李斯特菌 全基因组 多位点序列分型
下载PDF
2株产IMP型碳青霉烯酶阴沟肠杆菌的耐药特点及全基因组测序分析 被引量：1
14
作者 王华 宿俊彪 +3 位作者 庞丹 胡志德 王俊瑞 郑文琪 《临床与病理杂志》 CAS 2022年第6期1275-1283,共9页
目的:了解产IMP型碳青霉烯酶阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae,ECL)的耐药性及分子遗传特点,为其抗感染防控及相关深入研究提供理论依据。方法:收集2017年7月至2021年5月内蒙古自治区呼和浩特市两家三级医院分离的2株IMP阳性耐碳青霉烯... 目的:了解产IMP型碳青霉烯酶阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae,ECL)的耐药性及分子遗传特点,为其抗感染防控及相关深入研究提供理论依据。方法:收集2017年7月至2021年5月内蒙古自治区呼和浩特市两家三级医院分离的2株IMP阳性耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(carbapenemresi stantEnterobac tercloacae,CR ECL),分别命名为F Y-1和Y-2,采用VITEK-2Compact全自微生物鉴定药敏分析仪和基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱仪(matrix-assisted laser desorption/ionisationtime-of-flightmassspectrometr y,MALDI-TOFMS)进行菌种鉴定及复核。应用琼脂稀释法进行药敏试验。采用全基因组测序技术进行耐药相关分子、质粒同源性及全基因组遗传进化分析。结果:FY-1对头孢他啶/阿维巴坦、磷霉素和大部分β-内酰胺类抗生素均耐药,对多黏菌素B表现为中介,仅对妥布霉素、庆大霉素、环丙沙星、氯霉素、氨曲南和阿米卡星敏感。Y-2对除多黏菌素B、磷霉素和阿米卡星外的其他抗生素均表现为耐药。F Y-1和Y-2均含有1条染色体和3个环状质粒。FY-1含有耐药基因fos A、ACT-7、TEM-1B与blaI M P-1,及外排泵系统相关基因mdf(A)。Y-2携带耐药基因fos A、ACT-16、aac(6’)-Ib-cr、CTX-M-3、TEM-1B与blaI MP-8,及外排泵相关基因OqxA、OqxB和mdf(A)。FY-1和Y-2的IMP型碳青霉烯酶亚型分别为IMP-1和IMP-8,两者的blaI M P基因均位于质粒上,且2个质粒高度同源。FY-1和Y-2序列型分别为ST175和ST114,全基因组同源性分析提示菌株FY-1和Y-2的亲缘关系较近,两者分别与捷克共和国和荷兰分离的CR ECL具有密切的亲缘关系。结论:CR ECL的耐药形势严峻且菌株间的遗传关系密切,应加强泛耐药CRECL的耐药监测及相关分子生物学研究。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌 全基因组测序 多位点序列分型 IMP型碳青霉烯酶
下载PDF
亲子鉴定中三例短串联重复序列STR位点遗传突变的观察
15
作者 张红岩 万加华 陈少恒 《中国优生与遗传杂志》 2006年第7期7-7,共1页
关键词 短串联重复序列 STR位点 遗传突变 亲子鉴定 STR基因座 人类基因组 分型方法 多态性
下载PDF
2019-2022年重庆市南岸区人源和食源性沙门菌分型及药敏特征分析
16
作者 李彩云 殷静 +4 位作者 龚玲玉 周思雨 罗益 冯莉 宗华 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第12期1442-1447,1452,共7页
目的了解重庆市南岸区从食品和腹泻患者粪便标本中分离的沙门菌血清型、分子分型及药敏特征。方法对重庆市南岸区2019-2022年分离自食品和腹泻患者粪便标本的71株沙门菌进行血清分型,用微量肉汤稀释法测定菌株的耐药性,对2株肯塔基沙门... 目的了解重庆市南岸区从食品和腹泻患者粪便标本中分离的沙门菌血清型、分子分型及药敏特征。方法对重庆市南岸区2019-2022年分离自食品和腹泻患者粪便标本的71株沙门菌进行血清分型,用微量肉汤稀释法测定菌株的耐药性,对2株肯塔基沙门菌进行多位点序列(MLST)分型,对鼠伤寒沙门菌(8株)及其单相变种(2株)进行全基因组测序。结果71株沙门菌包括13种血清型,腹泻患者粪便标本中检出沙门菌48株,以鼠伤寒沙门菌(56.25%,27/48)和肠炎沙门菌(18.75%,9/48)为主;食品中检出沙门菌23株,以里森沙门菌(26.09%,6/23)为主。71株沙门菌总耐药率为97.18%,耐药率最高的为氨苄西林(69.01%),其次是四环素(64.79%)、复方磺胺甲噁唑(43.66%)和氯霉素(43.66%)。多重耐药菌株所占比例为61.97%(44/71),其中腹泻患者粪便标本分离株多重耐药率为60.42%(29/48),食品分离株多重耐药率为65.22%(15/23)。食品和腹泻患者中检出的2株肯塔基沙门菌耐药种类数分别为7类和8类,在相应标本中耐药种类数最多,MLST分型均为ST198型。选择测序的8株鼠伤寒沙门菌MLST分型均是ST19,2株鼠伤寒沙门菌单相变种均是ST34,同一ST型的鼠伤寒沙门菌亲缘关系还是有差别。结论重庆市南岸区沙门菌血清型具有多样性,耐药现象严重,检出ST198型肯塔基沙门菌,应用全基因组数据分析遗传特征比MLST分型方法更为精准,应加强辖区沙门菌血清型、分子分型和耐药性监测。 展开更多
关键词 沙门菌 血清型 耐药性 多位点序列分型 全基因组测序
下载PDF
ICU碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的毒力基因分布及分子流行病学特征
17
作者 黄雅轩 蔡依含 +2 位作者 何婉霞 张莉滟 赵越 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期730-736,共7页
目的:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)携带的耐药基因会限制临床用药选择,其毒力基因也会严重影响患者预后。本研究旨在探讨重症监护室(intensive care unit,ICU)CRKP的毒力基因分布、荚膜... 目的:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)携带的耐药基因会限制临床用药选择,其毒力基因也会严重影响患者预后。本研究旨在探讨重症监护室(intensive care unit,ICU)CRKP的毒力基因分布、荚膜血清型及分子流行病学特征,了解ICU中CRKP的感染特点,为ICU有效监测和防控CRKP感染提供科学依据。方法:收集2021年1月至2022年12月广东省人民医院ICU所分离并已确定为CRKP的非重复菌株共40株。采用全基因组测序方法,分析待测菌株耐药基因、毒力基因、荚膜血清型的分布,同时将CRKP基因组7个管家基因序列上传至肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)数据库进行分析,以明确菌株的序列型(sequence typing,ST)。结果:40例ICU CRKP感染患者年龄为(69.03±17.82)岁,且伴有多种基础疾病,临床结局好转和死亡各20例。所分离菌株主要来源于中段尿、肺泡灌洗液等标本。全基因组测序结果显示其主要携带blaKPC-1(29株,72.5%)和blaNDM-1(6株,15.0%),另有5株同时携带blaKPC-1和blaNDM-1。所携带的毒力基因有多种,其中entA、entB、entE、entS、fepA、fepC、fepG、yag/ecp、ompA等基因的携带率达100%,entD、fimB、iroB、iroD、fes、pla等基因携带率较低。ICU所分离的CRKP以ST11型(27例,67.5%)为主,荚膜血清型以KL64型(29例,72.5%)为主。共检出23例ST11-KL64型CRKP,占57.5%。结论:ICU CRKP主要为ST11-KL64型,并携带多种毒力基因,其中以铁吸收类毒力基因为主;且blaKPC已由blaKPC-2转为blaKPC-1。因此,需密切监测CRKP的分子流行病学变化,同时制订严格的防控措施,有效遏制CRKP感染的发生。 展开更多
关键词 重症监护室 碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌 全基因组测序 毒力基因 荚膜血清型 多位点序列分型 分子流行病学
下载PDF
广州腹泻与健康非腹泻人群产气荚膜梭菌检出率及MLST分型
18
作者 姚淑雯 邹洁 +3 位作者 钟华敏 杨敏 龙燕 梁秉绍 《检验医学与临床》 2024年第3期289-293,共5页
目的比较广州地区腹泻和健康非腹泻人群粪便中产气荚膜梭菌的检出率和序列分型的差异。方法此项前瞻性研究共收集了广州医科大学附属妇女儿童医疗中心2021年10—12月诊断为腹泻和健康非腹泻人群的粪便标本和腹泻患者大便肛管保存液标本... 目的比较广州地区腹泻和健康非腹泻人群粪便中产气荚膜梭菌的检出率和序列分型的差异。方法此项前瞻性研究共收集了广州医科大学附属妇女儿童医疗中心2021年10—12月诊断为腹泻和健康非腹泻人群的粪便标本和腹泻患者大便肛管保存液标本296例,按照标本类型与人群的不同,分为腹泻儿童粪便组(104例)、腹泻儿童肛管组(68例)、非腹泻儿童粪便组(30例)和非腹泻成人粪便组(94例)。采用疱肉培养基增菌并转血平板厌氧培养,分离并鉴定产气荚膜梭菌。从各组中随机选取部分产气荚膜梭菌进行多位点序列分型(MLST)。结果腹泻儿童粪便组产气荚膜梭菌检出率为36.5%(38/104);腹泻儿童肛管组产气荚膜梭菌检出率为16.2%(11/68);非腹泻儿童粪便组产气荚膜梭菌检出率为46.7%(14/30);非腹泻成人粪便组产气荚膜梭菌检出率为53.2%(50/94)。非腹泻人群(包括成人和儿童)产气荚膜梭菌检出率[51.6%(64/124)]比腹泻人群高[23.8%(41/172)],差异有统计学意义(P=0.02)。34株产气荚膜梭菌共分为31种序列(ST)型,以ST210最多,占8.82%,共发现18种新ST型,占52.92%。结论广州地区产气荚膜梭菌在腹泻和非腹泻人群粪便的检出率较高,且检测出不溶血型菌株。MLST分型为产气荚膜梭菌病原学溯源提供可靠依据。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌 腹泻 食物中毒 检出率 多位点序列分型 全基因组测序
下载PDF
肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列分型与基因组系统学研究 被引量：2
19
作者 朱健铭 姜如金 +3 位作者 吴康乐 张烽 翁幸鐾 孔海深 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2861-2864,共4页
目的比较7株已完成全基因组测序的肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列(MLST)分型与基因组系统学研究的结果,研究其亲缘关系。方法采用Roche 454高通量测序技术对1株泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序(完成图),再与NCBI... 目的比较7株已完成全基因组测序的肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列(MLST)分型与基因组系统学研究的结果,研究其亲缘关系。方法采用Roche 454高通量测序技术对1株泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序(完成图),再与NCBI已完成全基因组测序的6株肺炎克雷伯菌9种看家基因进行单个基因分子进化分析,将该9个基因序列串联作MLST分型,并将7株肺炎克雷伯菌的全基因组序列作聚类分析(为Fast Minimum Evolutin法)。结果 JM45株测得一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列;因为不同的基因进化率不同,7株肺炎克雷伯菌9种看家基因单个基因序列的分子进化图并不一致;7株肺炎克雷伯菌MLST分型可见JM45株与HS11286株相同(即为同一型),1084株与NTUH-K2044株相同,但7株肺炎克雷伯菌基因组系统学分析可见,JM45株与HS11286株并不相同(即非为同一型),JM45株与HS11286株距离最近,与342株距离最远,其他各株介于二者之间。结论采用单个基因序列的分子进化分析法及MLST分型用作菌株亲缘性关系分析法并不可靠,本研究为国内首个单个看家基因分子进化分析及MLST分型与基因组系统学研究的比较报道。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 泛耐药 全基因组测序 多位点序列分型 基因组系统学
原文传递
7株肺炎克雷伯菌9种看家基因分子进化分析、多位点序列分型与基因组系统学研究初步报道 被引量：1
20
作者 朱健铭 姜如金 +5 位作者 吴康乐 吴晋兰 张烽 翁幸鐾 孔海深 张嵘 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期257-257,共1页
我们对β-1株内酰胺类、氨基糖苷类与喹诺酮类药物均耐药的肺炎克雷伯菌（JM45株）进行了全基因组测序（完成图）。美国国立生物信息中心NCBI已收录了6株肺炎克雷伯菌的全基因组序列（截止日2012年10月20日）。
关键词 肺炎克雷伯菌 全基因组测序 多位点序列分型 分子进化 看家基因 系统学 喹诺酮类药物 全基因组序列
原文传递
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 2 … 4 下一页 到第 页
使用帮助 返回顶部