期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到9篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
肺腺癌组织B细胞中乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2(WFDC2)的表达与患者生存率的相关性分析 被引量：7
1
作者 张浩轩 陆进 +1 位作者 杨月 王黎源 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期425-433,共9页
目的探讨乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2/人附睾蛋白4(WFDC2/HE4)在肺腺癌(LUAD)中的表达及临床意义。方法分别利用BioGPS数据库、 GEPIA数据库、 Oncomine数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析WFDC2在正常肺组织与LUAD中的表达及... 目的探讨乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2/人附睾蛋白4(WFDC2/HE4)在肺腺癌(LUAD)中的表达及临床意义。方法分别利用BioGPS数据库、 GEPIA数据库、 Oncomine数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析WFDC2在正常肺组织与LUAD中的表达及对LUAD患者生存预后的意义;利用癌症细胞系百科全书(CCLE)分析WFDC2在癌组织T细胞与B细胞中的表达。利用String数据库分析WFDC2相关基因及其基因本体(GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集。利用cBioPortal数据库分析WFDC2相关基因在LUAD中的共表达关系、相关性和显著性。肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库用于分析WFDC2在免疫浸润物中的表达及对LUAD患者生存预后的意义。结果BioGPS数据库分析结果显示WFDC2在正常肺组织中低表达,而在人体正常组织的T细胞和B细胞中不表达。GEPIA数据库分析结果显示WFDC2在LUAD组织中较正常肺组织高表达。Oncomine数据库检索出WFDC2差异表达的结果414项。其中, WFDC2表达增高19项, LUAD有4项;WFDC2表达降低15项, LUAD有1项;对符合设定条件的4项高表达研究结果进行Meta分析,发现WFDC2在LUAD组织中呈高表达状态;Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示WFDC2高表达组的LUAD患者总体生存(OS)较低表达组显著延长。CCLE分析结果显示WFDC2在癌组织T细胞和B细胞中的表达较正常组织显著增高。String数据库分析显示与WFDC2相关联的基因30个,参与4条信号通路, GO注释分类结果表明富集于8类细胞学组分、4类分子功能和27类生物学过程。cBioPortal数据库分析显示分泌性白细胞蛋白酶抑制物(SLPI)与WFDC2在LUAD中相关性和差异最显著。TIMER数据库分析显示在免疫微环境中高表达WFDC2的B细胞可显著延长LUAD患者1年、3年、5年和10年生存预后时间。结论 WFDC2在LUAD组织中高表达,具有抗肿瘤免疫抑制作用,可显著延长LUAD患者的OS,可作为LUAD临床预后的候选标志物。 展开更多
关键词 乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2/人附睾蛋白4(WFDC2/HE4) 肺腺癌 肿瘤 总体生存 生物信息学
原文传递
鼠伤寒沙门菌效应蛋白SteC核心结构域及其激酶活性研究
2
作者 张敏 戴元吉 +7 位作者 谢荣现 王书涵 王玮玮 贾海红 李翠玲 宋楠楠 李冰清 岳盈盈 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第6期650-656,661,共8页
目的鼠伤寒沙门菌效应蛋白SteC是沙门菌Ⅲ型分泌系统分泌的具有丝氨酸/苏氨酸激酶活性的蛋白,在蛋白磷酸化修饰中发挥重要作用。然而关于SteC催化磷酸化的机制尚不清楚。本研究通过分析SteC核心结构域的组成并构建原核表达体系,了解表... 目的鼠伤寒沙门菌效应蛋白SteC是沙门菌Ⅲ型分泌系统分泌的具有丝氨酸/苏氨酸激酶活性的蛋白,在蛋白磷酸化修饰中发挥重要作用。然而关于SteC催化磷酸化的机制尚不清楚。本研究通过分析SteC核心结构域的组成并构建原核表达体系,了解表达蛋白的性状并进行酶活性测定,为揭示SteC作为沙门菌激酶催化磷酸化的机制奠定基础。方法以生物信息学分析和液相色谱-质谱(LC-MS)联用分析技术为基础,通过基因克隆技术构建SteC蛋白原核表达体系,表达目的蛋白,使用Ni^(2+)亲和层析柱纯化SteC全长蛋白SteC-fl及C端蛋白SteC-C。采用蛋白酶裂解法,用不同浓度的胰蛋白酶对纯化的SteC-C蛋白进行酶切,选择稳定表达的区域进行LC-MS及DNAstar软件肽段序列鉴定及比对,确定SteC蛋白的核心结构域,进而构建核心结构域原核表达体系,探究蛋白的性状。使用Phos-tagSDSPAGE胶对SteC核心结构域蛋白进行酶活性验证,以确定SteC的核心区域是否具有活性。结果成功构建SteC-fl、SteC-C原核表达体系并获得目的蛋白,但SteC-fl蛋白得率低,因而选择SteC-C利用蛋白酶裂解法确定SteC稳定表达的区域。利用LM-MS方法及DNAstar软件分析SteC核心结构域(即227aa-305aa)并成功构建SteC_(227-305)原核表达体系。表达的SteC_(227-305)蛋白经Ni 2+亲和层析纯化后进行分析,其稳定性高于SteC-fl、SteC-C端,但可溶性差;使用Phostag复合胶对SteC_(227-305)蛋白进行酶活性验证,显示此结构域具有较弱的自磷酸化功能。结论成功构建鼠伤寒沙门菌效应蛋白SteC不同区域的原核表达体系(SteC-fl、SteC-C、SteC_(227-305))。利用LM-MS确定SteC核心结构域为227aa305aa,生物信息学分析显示SteC_(227-305)含有PKc_like保守结构域,稳定系数为29.23,即为稳定蛋白。SteC_(227-305)经Ni 2+亲和层析纯后其可溶性差而稳定性符合预期;Phos-tag复合胶验证其具有较弱的自磷酸化功能,为研究SteC蛋白催化磷酸盐转移的机制奠定了基础。 展开更多
关键词 STEC 蛋白磷酸化 蛋白激酶 核心结构域 鼠伤寒沙门菌
原文传递
p53活性四聚体全原子分子动力学分析 被引量：1
3
作者 周晗 耿轶钊 晏世伟 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期300-313,共14页
p53是一种肿瘤抑制蛋白,对阻碍癌症发展、维持遗传完整性起着至关重要的作用.在细胞核内,4个p53分子通过高度协同的方式、通过DNA结合域与DNA结合,形成稳定的四聚体活性结构,并转录激活或抑制其靶向基因.然而,大多数肿瘤细胞中存在大量... p53是一种肿瘤抑制蛋白,对阻碍癌症发展、维持遗传完整性起着至关重要的作用.在细胞核内,4个p53分子通过高度协同的方式、通过DNA结合域与DNA结合,形成稳定的四聚体活性结构,并转录激活或抑制其靶向基因.然而,大多数肿瘤细胞中存在大量p53的突变,其中绝大部分突变发生在p53的DNA结合域,而p53的DNA结合域又是p53形成四聚体活性结构、调控下游靶基因转录的重要区域.本文通过全原子分子动力学模拟,研究了野生型p53四聚体内分子间的相互作用机制.结果表明,位于DNA两侧的对称二聚体是一个稳定的二聚体,在与DNA结合前后都能维持稳定的结构.位于DNA同侧的两个单体依靠两个接触面提供的蛋白-蛋白相互作用和DNA的骨架作用使四聚体活性结构保持稳定,这些相互作用为四聚体的形成机制提供了重要支撑.该工作厘清了p53四聚体在动力学过程中的内部相互作用机制和关键残基,揭示了四聚化过程中各个相互作用界面的关键位点,对于理解p53的抑癌机制、探索有效治癌策略、发展治癌药物具有重要意义. 展开更多
关键词 p53核心四聚体 p53核心结构域 蛋白-蛋白相互作用 分子动力学模拟
下载PDF
拟南芥TAK蛋白激酶的结构预测与功能分析 被引量：3
4
作者 蒋佳宏 王东 +1 位作者 胡源 杜林方 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期610-614,共5页
TAK1、TAK2和TAK3属于TAK蛋白激酶家族,由拟南芥核基因编码,其中TAK1参与了主要捕光色素复合物LHCⅡ蛋白磷酸化调控与光系统的状态转移.本文使用生物信息学手段对TAK1、TAK2和TAK3蛋白进行了较为系统的分析,发现TAK1、TAK2和TAK3为单次... TAK1、TAK2和TAK3属于TAK蛋白激酶家族,由拟南芥核基因编码,其中TAK1参与了主要捕光色素复合物LHCⅡ蛋白磷酸化调控与光系统的状态转移.本文使用生物信息学手段对TAK1、TAK2和TAK3蛋白进行了较为系统的分析,发现TAK1、TAK2和TAK3为单次跨膜蛋白,具有保守的激酶活性域、疏水性强的N端跨越类囊体膜、亲水性高的C端处于基质中等特点.在PDB中找到了不少与TAK1、TAK2和TAK3同源性大于30%的蛋白序列,其中大部分也带有酪氨酸激酶保守域,使用同源建模的方法,建立了拟南芥蛋白激酶TAKs核心结构域的三维结构,围绕蛋白激酶的结构和作用机制关系进行了探讨,设计出多肽抗体,并进行蛋白印迹检测抗体的专一性,为TAKs蛋白激酶进一步的功能研究奠定了基础. 展开更多
关键词 TAK 磷酸化 LHCII 核心结构域 同源建模 抗体
下载PDF
拟南芥STN7和STN8蛋白激酶的结构预测和功能分析 被引量：3
5
作者 胡源 杜林方 蒋佳宏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期99-106,共8页
STN7和STN8蛋白激酶分别参与了LHCⅡ蛋白和PSⅡ核心蛋白的磷酸化。作者用折叠识别的方法建立了拟南芥蛋白激酶STN7和STN8核心结构域的三维结构,同时结合其他生物信息学方法对STN7和STN8蛋白的结构和作用机制进行了探讨,选择特异位点合... STN7和STN8蛋白激酶分别参与了LHCⅡ蛋白和PSⅡ核心蛋白的磷酸化。作者用折叠识别的方法建立了拟南芥蛋白激酶STN7和STN8核心结构域的三维结构,同时结合其他生物信息学方法对STN7和STN8蛋白的结构和作用机制进行了探讨,选择特异位点合成多肽,并制备抗体。结果表明STN7和STN8蛋白激酶活性区域的电荷和形状互补性决定了两者作用底物蛋白的差异,蛋白印迹结果显示分别制备得到了STN7特异抗体和STN8特异抗体,证实结构预测的正确。 展开更多
关键词 光系统Ⅱ 蛋白磷酸化 STN7 STN8 核心结构域
下载PDF
基于生物信息学对NAD(P)H辅酶氧化酶的结构识别
6
作者 王世珍 王雅丽 +2 位作者 李红春 李昊 方柏山 《生物物理学》 2014年第3期30-37,共8页
辅酶再生是推动氧化还原酶大规模工业化应用的关键。辅酶氧化酶(NOX)是工业上用于NADH和NADPH再生的理想用酶。基于序列比对等生物信息学手段,分析NOX的氨基酸序列和蛋白质高级结构特点,为今后对辅酶氧化酶的识别和改造研究奠定基础。... 辅酶再生是推动氧化还原酶大规模工业化应用的关键。辅酶氧化酶(NOX)是工业上用于NADH和NADPH再生的理想用酶。基于序列比对等生物信息学手段,分析NOX的氨基酸序列和蛋白质高级结构特点,为今后对辅酶氧化酶的识别和改造研究奠定基础。基于生物信息学的方法,利用ClustalX 2.0、PyMOL 1.0等相关软件,对来源于粪肠球菌(Enterococcus faecalis),乳酸链球菌(Lactococcus lactis),詹氏甲烷球菌(Methanocaldococcus jannaschii),生殖支原体(Mycoplasma genitalium),肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae),化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)中的辅酶氧化酶(已知型或推断型)进行序列比对、同源建模,分析其催化活性位点、活性位点的氨基酸残基保守性特点及反应机理,识别辅基及周围重点氨基酸残基。大量的比对分析结果表明,NOX的催化活性位点存在重点作用残基Cys42和辅基FAD,周围存在高度保守性残基His10,Leu40或Ser40和Gly43。研究结果可用于今后指导酶的筛选,在分子层面修饰和酶结构的改造。 展开更多
关键词 辅酶氧化酶 生物信息学 核心结构域 构效关系 活性位点
下载PDF
橡胶树HbFCA启动子在转基因烟草中的功能缺失分析
7
作者 李季 戴雪梅 +3 位作者 孙芳 黄天带 华玉伟 黄华孙 《热带农业科学》 2017年第7期62-66,74,共6页
利用5′缺失设计一系列引物,扩增HbFCA启动子质粒,获得5个启动子缺失片段,用这些片段分别替换PBI121载体中的CaMV35S启动子,得到5个HbFCA的5′缺失表达载体,即pA、pB、pC、pD和pE。利用农杆菌介导叶盘法进行烟草遗传转化,对组培瓶内生... 利用5′缺失设计一系列引物,扩增HbFCA启动子质粒,获得5个启动子缺失片段,用这些片段分别替换PBI121载体中的CaMV35S启动子,得到5个HbFCA的5′缺失表达载体,即pA、pB、pC、pD和pE。利用农杆菌介导叶盘法进行烟草遗传转化,对组培瓶内生根较好的烟草叶片GUS染色,结果发现,长度为最小片段的276 bp的pE可以较好地实现HbFCA启动子的功能。对橡胶树体细胞胚瞬时表达检测发现,pE片段也能启动表达,有较好的GUS活性,可以实现HbFCA启动子的功能。 展开更多
关键词 橡胶树 HbFCA 启动子 5′端缺失分析法 核心结构域
下载PDF
拟南芥蛋白磷酸酶PPH1的结构预测与功能分析
8
作者 韩永光 骆玥 +2 位作者 魏徵霄 唐秋菊 杜林方 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期69-73,共5页
拟南芥PPH1属于蛋白磷酸酶2C(PP2C)家族,主要参与捕光色素复合物LHCⅡ蛋白去磷酸化调控与光系统的状态转移,与STN7蛋白激酶共同参与调控LHCⅡ的磷酸化与去磷酸化.为了解此酶的具体的催化机制和空间结构,使用生物信息学的方法对PPH1的疏... 拟南芥PPH1属于蛋白磷酸酶2C(PP2C)家族,主要参与捕光色素复合物LHCⅡ蛋白去磷酸化调控与光系统的状态转移,与STN7蛋白激酶共同参与调控LHCⅡ的磷酸化与去磷酸化.为了解此酶的具体的催化机制和空间结构,使用生物信息学的方法对PPH1的疏水性、跨膜区、膜体和二级结构进行分析,构建系统进化树并通过同源建模的方法建立其核心结构域的三级结构,围绕蛋白磷酸酶的结构和可能的作用机制关系进行探讨.在以上分析的基础上选择特异位点合成多肽后,免疫家兔并成功制备抗体.蛋白印迹结果显示制备得到了PPH1特异抗体,证实此磷酸酶结构得以正确地预测.研究为今后进一步研究其结构和功能以及突变体的设计提供了理论基础. 展开更多
关键词 PPH1 去磷酸化 PP2C 核心结构域 抗体
原文传递
苹果NF-YA转录因子家族的生物信息学和表达分析 被引量：4
9
作者 王寻 冯资权 +3 位作者 由春香 韩月彭 王小非 郝玉金 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期69-84,共16页
NF-YA是植物中一类保守的转录因子,广泛参与调控植物生长发育与响应胁迫。苹果(Malus pumila)GDDH13高质量参考基因组的释放,为本文NF-YA的全基因组分析提供了基础。基于蛋白同源比对与结构域模型扫描2种生物信息学方法,共筛选出11个苹... NF-YA是植物中一类保守的转录因子,广泛参与调控植物生长发育与响应胁迫。苹果(Malus pumila)GDDH13高质量参考基因组的释放,为本文NF-YA的全基因组分析提供了基础。基于蛋白同源比对与结构域模型扫描2种生物信息学方法,共筛选出11个苹果NF-YA (MpNF-YA)成员,它们均包含CBFBNF-YA核心保守结构域,亚细胞定位预测都位于细胞核中。MpNF-YA分布于10条染色体上,具有相似的基因组结构与内含子相位组成。结构域序列比较发现,它们的保守域由2个典型区段(A1和A2)构成。遗传进化与保守基序分析表明, 11个MpNF-YA分为3组,且都具有motif 1和motif 2。顺式元件扫描、miRNA预测及表达模式分析暗示MpNF-YA基因受多种调控因素影响,呈现组织差异表达的特点,并且在果实发育与氮饥饿响应等环节起到重要作用。 展开更多
关键词 苹果 NF-YA 生物信息学 核心保守结构域 遗传进化 表达模式
原文传递
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 下一页 到第 页
使用帮助 返回顶部