氢键复合物自组装性质的研究 被引量：6

1

作者 朱亮亮 滕启文 +2 位作者 吴师 徐凌佳 陈小朋 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第6期707-714,共8页

超分子复合物体系因近年来发展较快及应用范围广而颇具吸引力。作为形成超分子复合物的主要手段,氢键自组装对于高分子聚合材料以及生命科学等领域有着重要的意义。本文根据氢键的多重性及不同氢键的缔合方式对氢键复合物进行分类,并对... 超分子复合物体系因近年来发展较快及应用范围广而颇具吸引力。作为形成超分子复合物的主要手段,氢键自组装对于高分子聚合材料以及生命科学等领域有着重要的意义。本文根据氢键的多重性及不同氢键的缔合方式对氢键复合物进行分类,并对氢键自组装复合物的性质和研究状况作了综述,同时介绍了本研究组在此方面的理论研究工作。 展开更多

关键词 氢键复合物 自组装性质 理论计算

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苯酚-酰胺系列氢键复合物从头计算研究 被引量：3

2

作者 毛淑才 余向阳 +1 位作者 沈勇 郑康成 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第2期243-247,共5页

运用G94W量子化学程序包,在HF/6-31G基组水平上对酰胺(DMF、DMA、HCONH_2、HCONHCH_3、CH_3CONH_2)与苯酚形成的系列氢键复合物(看作超分子)进行从头计算研究。根据计算结果探讨复合物的稳定性、施体和受体间的电荷转移及几何参数变化... 运用G94W量子化学程序包,在HF/6-31G基组水平上对酰胺(DMF、DMA、HCONH_2、HCONHCH_3、CH_3CONH_2)与苯酚形成的系列氢键复合物(看作超分子)进行从头计算研究。根据计算结果探讨复合物的稳定性、施体和受体间的电荷转移及几何参数变化等规律。结果表明苯酚与上述一系列酰胺都可形成稳定的氢键复合物,其稳定性次序为CH_3CONH_2～HCON-HCH_3>HCONH_2>DMA>DMF。结果还表明形成氢键复合物的过程包含着电荷转移,电荷由供体酰胺转移到受体苯酚中,酰胺中的C=O键长和苯酚中的O-H键长都明显有规律性地变长。计算结果与实验规律相符。 展开更多

关键词 氢键复合物 酰胺 苯酚 从头计算

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气相中开壳型(CH_3)_2S(O)…HOO红移氢键复合物的结构与性质 被引量：4

3

作者 袁焜 刘艳芝 吕玲玲 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第5期861-867,共7页

在DFT-B3LYP/6-311++G**水平上分别求得(CH3)2S…HOO和(CH3)2O…HOO开壳型氢键复合物势能面上的稳定构型.频率分析表明,与单体HOO自由基相比,复合物中H10-O11键伸缩振动频率发生显著的红移,红移值分别为424.21和374.22cm-1.在MP2/6-311+... 在DFT-B3LYP/6-311++G**水平上分别求得(CH3)2S…HOO和(CH3)2O…HOO开壳型氢键复合物势能面上的稳定构型.频率分析表明,与单体HOO自由基相比,复合物中H10-O11键伸缩振动频率发生显著的红移,红移值分别为424.21和374.22cm-1.在MP2/6-311++G**水平计算得到,含基组重叠误差(BSSE)校正和零点振动能(ZPVE)校正的相互作用能分别为-24.68和-31.01kJ·mol-1.自然键轨道(NBO)理论分析表明,在(CH3)2S…HOO复合物中,引起H10-O11键变长的因素包括两种电荷转移:(1)LP(S1)1→σ*(H10-O11);(2)LP(S1)2→σ*(H10-O11),其中LP(S1)2→σ*(H10-O11)占主要作用,总的结果是使σ*(H10-O11)的自然布居数增加了37.27me;在(CH3)2O…HOO中也有相似的电荷转移的超共轭作用.AIM理论分析表明,S1…H10间和O1…H10间都存在键鞍点,▽2ρ(r)分别为0.06196和0.03745,说明这种相互作用介于共价键和离子键之间,偏于静电作用. 展开更多

关键词 二甲基硫 氢过氧自由基 氢键复合物 自然键轨道理论 分子中原子理论

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氢键复合物中键长变化与振动频率移动相关性重访(英文) 被引量：4

4

作者 张愚 马宁 王伟周 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第3期499-503,共5页

X―H···Y(Y为电子供体)型氢键形成时,X―H键长伸长或缩短与相应的X―H伸缩振动频率红移或蓝移存在较强的相关性,这也是氢键光谱检测和研究的基础.但是,最近的理论研究却推翻了这一观点,认为X―H键长变化和相应的X―H伸... X―H···Y(Y为电子供体)型氢键形成时,X―H键长伸长或缩短与相应的X―H伸缩振动频率红移或蓝移存在较强的相关性,这也是氢键光谱检测和研究的基础.但是,最近的理论研究却推翻了这一观点,认为X―H键长变化和相应的X―H伸缩振动频率移动在有些氢键体系中并不存在相关性(McDowell,S.A.C.;Buckingham,A.D.J.Am.Chem.Soc.2005,127,15515.).本文中,我们采用更为可信的计算方法,对这一问题进行再研究.结果表明是错误的计算方法导致了McDowell和Buckingham得出错误的结论.在McDowell和Buckingham所研究的氢键体系中,X―H键长变化和相应的X―H伸缩振动频率移动仍存在较强的相关性. 展开更多

关键词 氢键复合物 相关 键长变化 振动频率移动 密度泛函理论

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含酰胺和尿嘧啶的氢键复合物的三体效应 被引量：3

5

作者 李书实 姜笑楠 王长生 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2403-2409,共7页

采用包含BSSE校正的MP2／aug—cc—pVTZ方法对酰胺、二肽、尿嘧啶和水分子形成的氢键复合物的三体效应进行了研究，分析了三体作用能对体系总作用能的贡献．结果表明，在这些氢键复合物中，三体作用能占体系总作用能的10％～20％，三体... 采用包含BSSE校正的MP2／aug—cc—pVTZ方法对酰胺、二肽、尿嘧啶和水分子形成的氢键复合物的三体效应进行了研究，分析了三体作用能对体系总作用能的贡献．结果表明，在这些氢键复合物中，三体作用能占体系总作用能的10％～20％，三体作用属于近程作用，因此在分子模拟中至少应考虑近处的三体效应． 展开更多

关键词 三体效应 氢键复合物 作用能 酰胺 尿嘧啶 团簇体系 凝聚相体系

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CH3SH…HOO开壳型氢键复合物的结构及其电子密度拓扑性质

6

作者 刘艳芝 施小宁 +3 位作者 李志锋 唐慧安 袁焜 张俊彦 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第10期2049-2054,共6页

在DFT-B3LYP/6-311++G**水平下求得CH3SH…HOO复合物势能面上的稳定构型.计算结果表明,在HOO以其O8—H7作为质子供体与CH3SH分子中的S5原子为质子受体形成的氢键复合物1和2中,O8—H7明显被"拉长",且其伸缩振动频率发生显著的... 在DFT-B3LYP/6-311++G**水平下求得CH3SH…HOO复合物势能面上的稳定构型.计算结果表明,在HOO以其O8—H7作为质子供体与CH3SH分子中的S5原子为质子受体形成的氢键复合物1和2中,O8—H7明显被"拉长",且其伸缩振动频率发生显著的红移,红移值分别为330.1和320.4 cm-1;在CH3SH分子以其S5—H6作为质子供体与HOO的端基O9原子为质子受体形成的氢键复合物3和4中,也存在类似的情况,但S5—H6伸缩振动频率红移不大.经MP2/6-311++G**水平计算的4种复合物含BSSE校正的相互作用能分别为-20.81,-20.10,-4.46和-4.52 kJ/mol.自然键轨道理论(NBO)分析表明,在CH3SH…HOO复合物1和2中,引起H7—O8键长增加的因素包括两种电荷转移,即孤对电子n1(S5)→σ*(H7—O8)和孤对电子n2(S5)→σ*(H7—O8),其中后者为主要作用.在复合物3和4中也有相似的电荷转移情况,但轨道间的相互作用要弱一些.AIM理论分析结果表明,4个复合物中的S5…H7间和O9…H6间都存在键鞍点,且其Laplacian量22ρ(r)都是很小的正值,说明这种相互作用介于共价键和离子键之间,偏静电作用为主. 展开更多

关键词 甲硫醇 氢过氧自由基 氢键复合物 自然键轨道理论 电子密度拓扑性质

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取代基对1-甲基尿嘧啶与N-甲基乙酰胺氢键复合物中氢键强度的影响 被引量：5

7

作者 刘冬佳 王长生 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2809-2816,共8页

使用密度泛函理论B3LYP方法和二阶微扰理论MP2方法对由1-甲基尿嘧啶与N-甲基乙酰胺所形成的氢键复合物中的氢键强度进行了理论研究,探讨了不同取代基取代氢键受体分子1-甲基尿嘧啶中的氢原子对氢键强度的影响和氢键的协同性.研究表明:... 使用密度泛函理论B3LYP方法和二阶微扰理论MP2方法对由1-甲基尿嘧啶与N-甲基乙酰胺所形成的氢键复合物中的氢键强度进行了理论研究,探讨了不同取代基取代氢键受体分子1-甲基尿嘧啶中的氢原子对氢键强度的影响和氢键的协同性.研究表明:供电子取代基使N-H…O=C氢键键长r(H…O)缩短,氢键强度增强;吸电子取代基使N-H…O=C氢键键长r(H…O)伸长,氢键强度减弱.自然键轨道(NBO)分析表明:供电子基团使参与形成氢键的氢原子的正电荷增加,使氧原子的负电荷增加,使质子供体和受体分子间的电荷转移量增多;吸电子基团则相反.供电子基团使N-H…O=C氢键中氧原子的孤对电子轨道n(O)对N-H的反键轨道σ*(N-H)的二阶相互作用稳定化能增强,吸电子基团使这种二阶相互作用稳定化能减弱.取代基对与其相近的N-H…O=C氢键影响更大. 展开更多

关键词 氢键复合物 取代基 氢键强度 自然键轨道分析 氢键协同性

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H_2C=S…HCl氢键复合物结构和性质的密度泛函及自然键轨道理论研究 被引量：5

8

作者 袁焜 吕玲玲 +1 位作者 王云普 刘艳芝 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1128-1135,共8页

在DFT-B3LYP/6-311++G^(**)水平上求得H_2C=S…HCl氢键复合物势能面上的唯一稳定构型,频率分析表明复合物中H—Cl键伸缩振动频率发生显著的红移,红移值为378.3cm?1,与实验值362.3cm^(-1)吻合.经MP2/6-311++G^(**)水平计算的含BSSE校正... 在DFT-B3LYP/6-311++G^(**)水平上求得H_2C=S…HCl氢键复合物势能面上的唯一稳定构型,频率分析表明复合物中H—Cl键伸缩振动频率发生显著的红移,红移值为378.3cm?1,与实验值362.3cm^(-1)吻合.经MP2/6-311++G^(**)水平计算的含BSSE校正的相互作用能为-13.59kJ·mol^(-1).自然键轨道理论(NBO)分析表明,引起H—Cl键变长的因素包括3种电荷转移:(1)n_1(S)(sp^(0.31))→σ*(H-Cl);(2)n_2(S)(sp^(40.46))→σ*(H-Cl);(3)σ(H-Cl)→RY*(3)(S)(sp^(3.22)d^(9.32)),其中n2(S)→σ*(H-Cl)的转移占主要作用,总的结果是σ*(H-Cl)的自然布居数增加了50.23me.NBO程序中自然共振理论(NRT)对复合物的键序分析表明H—Cl键被削弱,与红外光谱频率计算分析和电荷转移的结论一致.同时还计算并讨论了H_2C=O…HCl氢键复合物的结构和性质. 展开更多

关键词 硫代甲醛 氢键复合物 自然键轨道理论 密度泛函理论 键序分析

原文传递

HCCO自由基与水分子氢键复合物的从头算研究 被引量：1

9

作者 杨鑫 唐丹 邵宇飞 《分子科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期144-148,共5页

在MP2/aug-cc-pvdz水平下,对二体氢键复合物H2O…HCCO（Ⅰ）和HCCO…H2O（Ⅱ）以及三体氢键复合物（H2O）2…HCCO（Ⅲ）,H2O…H2O…HCCO（Ⅳ）和H2O…HCCO…H2O（V）的几何和相互作用能进行了计算.轨道分析表明Ⅲ中HCCO中的H（1）,C（2... 在MP2/aug-cc-pvdz水平下,对二体氢键复合物H2O…HCCO（Ⅰ）和HCCO…H2O（Ⅱ）以及三体氢键复合物（H2O）2…HCCO（Ⅲ）,H2O…H2O…HCCO（Ⅳ）和H2O…HCCO…H2O（V）的几何和相互作用能进行了计算.轨道分析表明Ⅲ中HCCO中的H（1）,C（2）通过2个氢键与2个水分子形成了环状复合物,而Ⅳ只有C（2）与2个水分子形成了环状复合物,并且C（2）与其中1个水分子间只有静电作用而不形成氢键,Ⅴ则是HCCO中所有原子都参与形成大环复合物.通过多体分析MBAC方法,分析了3种三体复合物的多体结合能.其中所有的三体能都是负值,二体能在总相结合能中占85%90%,三体能占10%15%.在二体能中,水分子之间的结合能强于水分子与HCCO之间的结合能.Ⅴ中的三体能最高,说明大环的复合物最不稳定. 展开更多

关键词 氢键复合物 结合能 相互作用能

原文传递

间二氮杂苯-水簇复合物氢键结构与性质 被引量：1

10

作者 黄方千 李强林 +3 位作者 葛含静 高丰琴 邓玲娟 李权 《咸阳师范学院学报》 2008年第4期39-43,共5页

用密度泛函理论在B3LYP/6-31++G**水平上对间二氮杂苯与水形成1:1,1:2和1:3复合物的氢键结构进行几何优化和性质计算,结果表明复合物之间存在较强的氢键作用。所有稳定复合物结构中形成一个N…H-O氢键并终止于O…H-C氢键的氢键水链构型... 用密度泛函理论在B3LYP/6-31++G**水平上对间二氮杂苯与水形成1:1,1:2和1:3复合物的氢键结构进行几何优化和性质计算,结果表明复合物之间存在较强的氢键作用。所有稳定复合物结构中形成一个N…H-O氢键并终止于O…H-C氢键的氢键水链构型最稳定。氢键的形成使复合物中水分子H-O键振动频率减小(红移)。NBO分析表明,最稳定的1:1,1:2和1:3复合物发生分子间电荷转移总量分别为0.0266 e,0.03298 e和0.03786 e。同时,用含时密度泛函理论方法在TD-B3LYP/6-31++G**水平计算了间二氮杂苯单体及其氢键复合物的第一1(n,π*)激发态的垂直激发能。 展开更多

关键词 间二氮杂苯 氢键复合物 密度泛函理论 NBO

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1,2,3-三氮杂苯-水簇复合物氢键结构与性质的理论研究 被引量：1

11

作者 黄辉 李权 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期808-811,共4页

在B3LYP/6-31++G**水平上对1,2,3-三氮杂苯和水形成1∶1,1∶2和1∶3复合物的基态氢键结构进行几何优化和性质计算,结果表明复合物之间存在较强的氢键作用。氢键的形成使水分子中H-O键振动频率减小(红移)。NBO分析表明,最稳定的1∶1,1∶2... 在B3LYP/6-31++G**水平上对1,2,3-三氮杂苯和水形成1∶1,1∶2和1∶3复合物的基态氢键结构进行几何优化和性质计算,结果表明复合物之间存在较强的氢键作用。氢键的形成使水分子中H-O键振动频率减小(红移)。NBO分析表明,最稳定的1∶1,1∶2和1∶3复合物发生分子间电荷转移总量分别为0.0222e,0.0261e和0.0273e。 展开更多

关键词 1 2 3-三氮杂苯 氢键复合物 密度泛函理论

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苯酚-水复合物氢键结构与性质

12

作者 秦硕 邱钱粮 +1 位作者 肖剑 赵云鹏 《广州化工》 CAS 2020年第19期10-14,共5页

利用密度泛函理论在B3LYP/6-311++G**水平上对苯酚-(H2O)n(n=1-3)复合物的氢键结构进行几何优化和性质计算。结果表明,复合物中苯酚与水之间存在较强的氢键作用,并且以酚羟基上形成一个O-H…O氢键并终止于O…H-O氢键的水链构型的复合物... 利用密度泛函理论在B3LYP/6-311++G**水平上对苯酚-(H2O)n(n=1-3)复合物的氢键结构进行几何优化和性质计算。结果表明,复合物中苯酚与水之间存在较强的氢键作用,并且以酚羟基上形成一个O-H…O氢键并终止于O…H-O氢键的水链构型的复合物最稳定。氢键的形成使复合物中苯酚及水分子的H-O伸缩振动红移。自然键轨道分析(NBO)分析表明,最稳定的苯酚-(H2O)、苯酚-(H2O)2和苯酚-(H2O)3复合物分子间电荷转移总量分别为0.01884,0.01497和0.01680 e。 展开更多

关键词 苯酚 氢键复合物 密度泛函理论 自然键轨道分析

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s-四嗪-水簇复合物的理论研究 被引量：7

13

作者 黄方千 李权 赵可清 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第16期1642-1648,共7页

用量子化学B3LYP方法和6-31++G**基函数研究了s-四嗪-水簇复合物基态分子间相互作用,并进行了构型优化和频率计算,分别得到无虚频稳定的s-四嗪-(水)2复合物、s-四嗪-(水)3复合物和s-四嗪-(水)4复合物6个、9个和12个.复合物存在较强的氢... 用量子化学B3LYP方法和6-31++G**基函数研究了s-四嗪-水簇复合物基态分子间相互作用,并进行了构型优化和频率计算,分别得到无虚频稳定的s-四嗪-(水)2复合物、s-四嗪-(水)3复合物和s-四嗪-(水)4复合物6个、9个和12个.复合物存在较强的氢键作用,复合物结构中形成一个N…H—O氢键并终止于O…H—C氢键的氢键水链构型最稳定.经基组重叠误差和零点振动能校正后,最稳定的1∶2,1∶3和1∶4(摩尔比)复合物的结合能分别是41.35,70.9和94.61kJ/mol.振动分析显示氢键的形成使复合物中水分子H—O键对称伸缩振动频率减小(红移).研究表明N…H键越短,N…H—O键角越接近直线,稳定化能越大,氢键作用越强.同时,用含时密度泛函理论方法在TD-B3LYP/6-31++G**水平计算了s-四嗪单体及其氢键复合物的第一1(n,π*)激发态的垂直激发能. 展开更多

关键词 s-四嗪 分子间相互作用 氢键复合物:密度泛函理论

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气相中HOCl和O_3分子间氯键和氢键的结构和性质(英文) 被引量：3

14

作者 刘艳芝 袁焜 +2 位作者 吕玲玲 李志锋 唐慧安 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期1132-1140,共9页

在DFT-B3LYP/6-311++G**水平上分别求得O3…ClOH氯键复合物和O3…HOCl氢键复合物势能面上的稳定构型.频率分析表明,与单体HOCl相比,分别在两种复合物中,Cl4-O5和H6-O5键伸缩振动频率发生红移,红移值分别为5.70和76.44 cm-1.经MP2/6-311+... 在DFT-B3LYP/6-311++G**水平上分别求得O3…ClOH氯键复合物和O3…HOCl氢键复合物势能面上的稳定构型.频率分析表明,与单体HOCl相比,分别在两种复合物中,Cl4-O5和H6-O5键伸缩振动频率发生红移,红移值分别为5.70和76.44 cm-1.经MP2/6-311++G**水平计算的含BSSE和零点振动能校正的气相中相互作用能分别为-2.102和-4.920 kJ.mol-1.NBO分析表明,在O3…ClOH氯键复合物中,引起Cl4-O5键变长的因素包括2种电荷转移:(1)LP(O1)1→σ*(Cl4-O5);(2)LP(O1)2→σ*(Cl4-O5),其中LP(O1)2→σ*(Cl4-O5)转移占主要作用,总的结果是使σ*(Cl10-O11)的自然布居数增加了14.44 me;在O3…HOCl氢键复合物中也存在类似的电荷转移,结果使σ*(H6-O5)的自然布居数增加了18.09 me.NRT理论进行键序分析表明,在氯键复合物和氢键复合物中,Cl4-O5和H6-O5键的键序都减小,与红外光谱频率计算分析和NBO分析的结论一致.AIM理论分析表明,分别在两种复合物中,O1…Cl4间和O1…H6间都存在键鞍点,而且O1…Cl4和O1…H6的ρ(r)都较小,分别为0.0111和0.0152 a.u.,说明复合物中的氯键和氢键相互作用较弱.另外,O1…Cl4氯键和O1…H6氢键的Lapla-cian量2ρ(r)分别为0.0479和0.0641 a.u.,都是较小的正值,说明这两种相互作用都以静电作用为主. 展开更多

关键词 O3 HOCL 氯键复合物 氢键复合物 NBO理论 AIM理论

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氢键键合对聚合物性能的影响 被引量：2

15

作者 徐僖 蔡燎原 王琪 《石油化工》 CAS CSCD 北大核心 1993年第9期630-636,610,共8页

高分子复合物(intermacromolecular complex)是两种完全不同的高分子链通过氢键、Coulomb力或电荷转移的相互作用而形成的聚集体。通过分子复合可以降低所含组份分子链的自由度,使高分子复合物具有与其组份不同的超分子结构。高分子复... 高分子复合物(intermacromolecular complex)是两种完全不同的高分子链通过氢键、Coulomb力或电荷转移的相互作用而形成的聚集体。通过分子复合可以降低所含组份分子链的自由度,使高分子复合物具有与其组份不同的超分子结构。高分子复合是在分子水平上控制高分子聚集态结构的物理方法,是更高结构层次上的分子设计。氢键是最强的分子间作用力,氢键的形成可使聚合物的构象。 展开更多

关键词 氢键复合物 高聚物 性能

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二氮杂苯与水分子复合物的DFT研究(英文) 被引量：2

16

作者 李权 黄方千 赵可清 《四川师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期648-653,共6页

在B3LYP/6-31++G**理论水平研究了二氮杂苯-(水)2簇复合物基态氢键相互作用.进行构型优化和频率计算分别得到无虚频稳定的邻二氮杂苯-(水)2复合物、间二氮杂苯-(水)2复合物和对二氮杂苯-(水)2复合物6个、6个和3个,复合物存在较强的氢键... 在B3LYP/6-31++G**理论水平研究了二氮杂苯-(水)2簇复合物基态氢键相互作用.进行构型优化和频率计算分别得到无虚频稳定的邻二氮杂苯-(水)2复合物、间二氮杂苯-(水)2复合物和对二氮杂苯-(水)2复合物6个、6个和3个,复合物存在较强的氢键作用,复合物结构中形成一个N…H—O氢键并终止于O…H—C氢键的氢键水链构型最稳定.经基组重叠误差和零点振动能校正后,最稳定复合物的相互作用能分别是-50.8,-43.4和-40.9 kJ/mol.振动分析显示N…H—O氢键的形成使复合物中水分子H—O键对称伸缩振动频率减小(红移). 展开更多

关键词 二氮杂苯 氢键复合物 密度泛函理论

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系列小分子与碱基尿嘧啶间氢键相互作用的理论研究 被引量：2

17

作者 王长生 汪宇嘉 王红娟 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2013年第1期54-61,共8页

核酸碱基尿嘧啶分子可以使用3个不同位点与其他分子形成多种类型的分子间氢键.笔者使用密度泛函理论B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到了系列小分子与尿嘧啶分子形成的31个氢键复合物的稳定结构,进而使用MP2/aug-cc-pVTZ方法计算了这些氢... 核酸碱基尿嘧啶分子可以使用3个不同位点与其他分子形成多种类型的分子间氢键.笔者使用密度泛函理论B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到了系列小分子与尿嘧啶分子形成的31个氢键复合物的稳定结构,进而使用MP2/aug-cc-pVTZ方法计算了这些氢键复合物的结合能.研究结果表明,尿嘧啶分子更倾向作为氢键给体与小分子形成氢键.尿嘧啶分子最易使用1号位点与小分子形成氢键复合物,最不易使用2号位点形成氢键复合物.甲基取代小分子氢键受体上的氢原子会使氢键强度变强.为了深入理解这些氢键复合物体系中氢键作用的本质,还使用B3LYP/6-31G(d,p)方法进行了自然键轨道(NBO)分析计算.自然键轨道(NBO)分析表明,大部分氢键复合物满足二阶相互作用稳定化能之和越大,结合能绝对值越大,结合得越稳定的原则,说明共价作用在这些氢键作用中起重要作用. 展开更多

关键词 尿嘧啶 氢键作用 氢键复合物 结合能 自然键轨道分析

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碱基对AT/GC与组氨酸/天冬酰胺侧链间氢键作用的优势位点

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作者 李书实 李赫 +1 位作者 王萌 黄翠英 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2019年第3期354-362,共9页

采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到18个由组氨酸(His)/天冬酰胺(Asp)侧链分别与2种Watson-Crick碱基对(AT/GC)形成稳定构型.对18个稳定构型使用M06-2X-D3/aug-cc-pVDZ方法计算得到氢键复合物的结合能.在此基础上,采用同样的量子化学计... 采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到18个由组氨酸(His)/天冬酰胺(Asp)侧链分别与2种Watson-Crick碱基对(AT/GC)形成稳定构型.对18个稳定构型使用M06-2X-D3/aug-cc-pVDZ方法计算得到氢键复合物的结合能.在此基础上,采用同样的量子化学计算方法加上极化连续介质(PCM)模型计算得到氢键复合物在水相中的结合能.结果表明,碱基对AT与组氨酸侧链/天冬酰胺侧链氢键作用的较稳定作用位点是site1与site3;碱基对GC的较稳定作用位点是site1与site4.分子中原子(AIM)与自然键轨道(NBO)分析计算所得的结果与结合能强弱顺序一致. 展开更多

关键词 碱基对 氨基酸侧链 氢键复合物 结合能 作用位点

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槲皮素与腺嘌呤氢键作用的最佳位点 被引量：1

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作者 王晓雯 李爽 +1 位作者 姜笑楠 王长生 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第5期932-938,共7页

本文优化得到了16个由槲皮素与腺嘌呤形成的氢键复合物的稳定结构,并计算了它们的结合能.研究发现,在气相和水相中,槲皮素均通过qu1位点与腺嘌呤作用形成稳定的氢键复合物.比较了腺嘌呤与槲皮素形成的氢键复合物、腺嘌呤与胸腺嘧啶形成... 本文优化得到了16个由槲皮素与腺嘌呤形成的氢键复合物的稳定结构,并计算了它们的结合能.研究发现,在气相和水相中,槲皮素均通过qu1位点与腺嘌呤作用形成稳定的氢键复合物.比较了腺嘌呤与槲皮素形成的氢键复合物、腺嘌呤与胸腺嘧啶形成的Watson-Crick碱基对的相对稳定性.在气相条件下Watson-Crick碱基对更稳定,在水相条件下腺嘌呤与槲皮素形成的氢键复合物更稳定,说明水相条件下腺嘌呤与槲皮素之间的相互作用强于与胸腺嘧啶之间的相互作用.基于标准反应Gibbs自由能变的计算结果估算了水相条件下腺嘌呤与槲皮素形成的氢键复合物和Watson-Crick碱基对的相对平衡浓度. 展开更多

关键词 槲皮素 腺嘌呤 氢键复合物 结合能 标准反应Gibbs自由能变

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