海菜花是我国的特有种质,利用高通量转录组测序技术对海菜花叶片进行测序,共获得clean data reads 26497174条,Q30%达96.19%,GC含量占比50.57%,获得了较高质量的转录组数据。进一步拼接得到了27040个unigene,并进行数据库比对,共计18910...海菜花是我国的特有种质,利用高通量转录组测序技术对海菜花叶片进行测序,共获得clean data reads 26497174条,Q30%达96.19%,GC含量占比50.57%,获得了较高质量的转录组数据。进一步拼接得到了27040个unigene,并进行数据库比对,共计18910(69.93%)条序列得到注释。在NR注释中,与植物同源性最高的为油棕,占比10.92%;在COG、GO、KEGG、SWISS数据库中分别比对到13531、10505、7552、14020个unigene。SSR特征分析中共检测到4217个位点,其中A/T重复占比最高,其次为AG/CT重复类型。该研究对海菜花转录组数据进行分析,获得了大量的基因序列信息和注释信息,为挖掘海菜花的功能基因、遗传多样性分析和分子育种奠定了基础。展开更多
文摘海菜花是我国的特有种质,利用高通量转录组测序技术对海菜花叶片进行测序,共获得clean data reads 26497174条,Q30%达96.19%,GC含量占比50.57%,获得了较高质量的转录组数据。进一步拼接得到了27040个unigene,并进行数据库比对,共计18910(69.93%)条序列得到注释。在NR注释中,与植物同源性最高的为油棕,占比10.92%;在COG、GO、KEGG、SWISS数据库中分别比对到13531、10505、7552、14020个unigene。SSR特征分析中共检测到4217个位点,其中A/T重复占比最高,其次为AG/CT重复类型。该研究对海菜花转录组数据进行分析,获得了大量的基因序列信息和注释信息,为挖掘海菜花的功能基因、遗传多样性分析和分子育种奠定了基础。
