【目的】挖掘与种子硫苷含量显著关联的SNP位点及候选基因,有助于油菜品质改良和培育高品质油菜品种。【方法】以300份甘蓝型油菜自交系为材料,考察了江西农业大学试验地和江西省红壤及种质资源研究所试验地2种环境下种子硫苷含量,采用...【目的】挖掘与种子硫苷含量显著关联的SNP位点及候选基因,有助于油菜品质改良和培育高品质油菜品种。【方法】以300份甘蓝型油菜自交系为材料,考察了江西农业大学试验地和江西省红壤及种质资源研究所试验地2种环境下种子硫苷含量,采用前期开发的201817个SNP(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记对油菜种子硫苷含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),搜寻显著位点两侧100 kb范围内的候选基因并进行功能注释。【结果】300份甘蓝型油菜种子硫苷含量在两地均表现出表型差异;基于一般线性模型和混合线性模型检测到209个硫苷含量显著关联SNP位点,其中两地两种方法重复检测到41个SNP位点,分别在A05(1个)、A09(36个)、C09(4个)3条染色体上。候选基因功能注释结果显示,有8个候选基因参与硫苷生物合成途径(GO:0019761),包含调控硫苷合成相关基因MYB28(BnaC09g05290D、BnaC09g05300D)、MYB34(BnaA09g05480D)和编码硫苷转运蛋白2相关基因(BnaA09g06180D、BnaA09g06190D)。【结论】通过两种方法在两地检测到多个与硫苷显著关联的SNP位点,并在显著性位点附近挖掘到相关候选基因,研究结果有助于解析甘蓝型油菜硫苷含量的遗传变异,为低硫苷含量油菜新品种的遗传改良提供基础。展开更多
基金国家重点研发计划项目(2021YFD160014101-02)湖北省重点研发计划项目(2020BBB061)资助+1 种基金supported by the National Key Research and Development Program of China(2021YFD160014101-02)the National Key Research and Development Program of Hubei Province(2020BBB061)。
文摘【目的】挖掘与种子硫苷含量显著关联的SNP位点及候选基因,有助于油菜品质改良和培育高品质油菜品种。【方法】以300份甘蓝型油菜自交系为材料,考察了江西农业大学试验地和江西省红壤及种质资源研究所试验地2种环境下种子硫苷含量,采用前期开发的201817个SNP(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记对油菜种子硫苷含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),搜寻显著位点两侧100 kb范围内的候选基因并进行功能注释。【结果】300份甘蓝型油菜种子硫苷含量在两地均表现出表型差异;基于一般线性模型和混合线性模型检测到209个硫苷含量显著关联SNP位点,其中两地两种方法重复检测到41个SNP位点,分别在A05(1个)、A09(36个)、C09(4个)3条染色体上。候选基因功能注释结果显示,有8个候选基因参与硫苷生物合成途径(GO:0019761),包含调控硫苷合成相关基因MYB28(BnaC09g05290D、BnaC09g05300D)、MYB34(BnaA09g05480D)和编码硫苷转运蛋白2相关基因(BnaA09g06180D、BnaA09g06190D)。【结论】通过两种方法在两地检测到多个与硫苷显著关联的SNP位点,并在显著性位点附近挖掘到相关候选基因,研究结果有助于解析甘蓝型油菜硫苷含量的遗传变异,为低硫苷含量油菜新品种的遗传改良提供基础。
