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LHCGR胞外结构域蛋白的生信分析、原核表达及纯化
1
作者 王蒙蒙 刘雨然 +7 位作者 杨慧莹 张梦圆 王燕 朱晓庆 罗燕 邵永斌 连科迅 谷新利 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第2期150-158,共9页
目的为获得小鼠LHCGR胞外结构域蛋白(LHCGR-1),分析其结构及理化性质,为今后研究该蛋白功能及筛选与之相互作用的小分子化合物奠定基础。方法根据NCBI中小鼠LHCGR氨基酸序列合成目的基因Lhcgr-1,经生物信息学分析后,将该基因插入至表达... 目的为获得小鼠LHCGR胞外结构域蛋白(LHCGR-1),分析其结构及理化性质,为今后研究该蛋白功能及筛选与之相互作用的小分子化合物奠定基础。方法根据NCBI中小鼠LHCGR氨基酸序列合成目的基因Lhcgr-1,经生物信息学分析后,将该基因插入至表达载体pET-28a(+),并转化至BL21(DE3)感受态细胞中;经IPTG诱导,表达重组蛋白pET-28a-LHCGR-1,利用SDS-PAGE和Western Blot进行鉴定,之后对该蛋白进行纯化,并通过分子对接技术预测该蛋白与LH、CG的相互作用。结果预测LHCGR-1蛋白分子量为40749.08,由367个氨基酸组成,等电点理论值为5.47;氨基酸序列中有29个丝氨酸位点、10个苏氨酸位点和5个酪氨酸位点;成功构建了表达载体pET-28a-LHCGR-1并获得纯化的目的蛋白;分子对接结果表明目的蛋白可以与LH、CG通过多种相互作用,形成稳定的复合物,有利于其发挥原有的生物学功能。结论成功构建了小鼠胞外结构域蛋白LHCGR-1在大肠杆菌内的原核表达体系并获得了纯化蛋白,分子对接预测该蛋白具有生物学功能,提示该蛋白可以用于后续研究。 展开更多
关键词 LHCGR 原核表达 蛋白质纯化 生信分析 分子对接
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基于生信分析探索KIN17表达对非小细胞肺癌的影响
2
作者 彭盘俐 韦文姜 +2 位作者 李旭开 吕俊宏 苏湛峰 《中国医药指南》 2024年第1期10-14,共5页
目的探讨KIN17在体内的表达对非小细胞肺癌及肿瘤微环境的影响。方法从公共数据库中获取相关数据,分析KIN17在肿瘤组织与正常肺组织中的表达差异,并通过生存分析,评估KIN17表达量对非小细胞肺癌患者预后的影响。整理分析与KIN17表达高... 目的探讨KIN17在体内的表达对非小细胞肺癌及肿瘤微环境的影响。方法从公共数据库中获取相关数据,分析KIN17在肿瘤组织与正常肺组织中的表达差异,并通过生存分析,评估KIN17表达量对非小细胞肺癌患者预后的影响。整理分析与KIN17表达高度相关的基因,并进行进一步富集分析。对KIN17表达与免疫细胞浸润水平进行相关性预测,以评价KIN17表达水平对肿瘤微环境的影响。结果与正常肺组织相比,在非小细胞肺癌肿瘤组织中KIN17表达增加(P<0.01)。富集分析结果显示,在肺腺癌和肺鳞癌中与KIN17高度相关的差异性基因在多个影响肿瘤细胞增殖和转移的通路上高度富集。通过免疫细胞浸润分析结果得出,KIN17在肺腺癌中和肺鳞癌中与多种免疫细胞呈正相关。结论KIN17与其相关基因在非小细胞肺癌中可能存在协同作用,从而影响非小细胞肺癌的发展和肿瘤细胞的转移,在非小细胞肺癌的早期诊断和治疗中有一定的临床价值。 展开更多
关键词 KIN17 非小细胞肺癌 预后推测 免疫浸润 生信分析
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小胶质细胞核心基因参与脑缺血损伤的生信分析
3
作者 孙珠珠 仇伯珏 +2 位作者 刘佳 赵洋 王士雷 《临床医学进展》 2024年第2期4714-4725,共12页
目的:探讨小胶质细胞参与脑缺血损伤的核心基因。方法:在R语言中,对GEO数据库中的数据集GSE174574中的单细胞测序数据进行读取、质控、聚类、分群及注释,得到缺血性脑卒中组与假手术组小鼠小胶质细胞的差异表达基因(DEG),并进行秩和检验... 目的:探讨小胶质细胞参与脑缺血损伤的核心基因。方法:在R语言中,对GEO数据库中的数据集GSE174574中的单细胞测序数据进行读取、质控、聚类、分群及注释,得到缺血性脑卒中组与假手术组小鼠小胶质细胞的差异表达基因(DEG),并进行秩和检验、GO富集分析。利用“Seurat”包对小胶质细胞的单细胞测序数据进行再聚类及小胶质细胞拟时序分析。最后使用string网站构建相关mark基因的互作网络图,发现该网络的核心基因。结果:根据缺血性脑卒中单细胞图谱,我们发现小胶质细胞在缺血性脑卒中发挥重要作用,在对小胶质细胞进行二次聚类后,我们鉴定出8种细胞类型,分别为Mic 0、Mic 1、Mic 2、Mic 3、Mic 4、Mic 5、Mic 6、Mic 7。由小胶质细胞拟时序分析结果可知,缺血性脑卒中组的小鼠小胶质细胞向Mic 2亚群发育。进一步鉴定Mic 2的mark基因的互作网络图发现,SPP1在该网络中处于核心地位。结论:小胶质细胞的基因SPP1在脑缺血再灌注损伤中发挥重要作用,可能是治疗缺血性脑卒中的重要靶点。 展开更多
关键词 小胶质细胞 SPP1 脑缺血再灌注损伤 生信分析
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新冠病毒受体蛋白ACE2结构与功能的生信分析及原核表达 被引量：1
4
作者 徐本锦 陈晓聪 +7 位作者 宣焱 杜淼 范蕾 李卓禧 李璟 刘玲 宋彬妤 侯艳香 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1230-1237,共8页
目的:构建ACE2原核表达载体并对其进行结构与功能的生物信息学分析,探究其介导SARS-CoV-2入侵人体的分子机制。方法:采用Protparam、ProtScale、NetPhos3.1、SignaIP 4.1、YinOYang 1.2 Server、NetNGlyc 1.0 Server、SOPMA、SWISS-MODE... 目的:构建ACE2原核表达载体并对其进行结构与功能的生物信息学分析,探究其介导SARS-CoV-2入侵人体的分子机制。方法:采用Protparam、ProtScale、NetPhos3.1、SignaIP 4.1、YinOYang 1.2 Server、NetNGlyc 1.0 Server、SOPMA、SWISS-MODEL、Blast、Clustal X2和MEGA7.0等对ACE2的生物学特性、同源性及进化性进行系统分析。采用分子克隆技术构建pET-22b-ACE2,在大肠杆菌中进行表达。结果:ACE2全长805个残基,呈酸性,分子量为92.5 kD,pI=5.36,共含77个潜在的磷酸化位点和14个糖基化位点,是一种亲水性较强的跨膜蛋白。ACE2主要散布于内质网膜、高尔基体和胞质膜,二级结构组成以α-螺旋为主。原核表达结果显示,细菌裂解后,沉淀中ACE2表达多于上清与全菌,为疫苗研发提供了理论依据。多序列比对和进化分析显示,倭黑猩猩与智人亲缘关系最近。结论:本研究为ACE2蛋白的纯化及研究奠定了基础,有助于阐明ACE2介导SARS-CoV-2入侵人体的分子机制,对SARS-CoV-2感染治疗和跨物种传播提供了新的见解,为研究广谱抗病毒药物、治疗SARS-CoV-2和其他致命冠状病毒株的有效分子靶点提供了依据。 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 载体构建 ACE2蛋白 生信分析 原核表达
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基于生信分析对阿尔茨海默病炎症相关关键基因的筛选及鉴定
5
作者 司蕊豪 刘羽茜 +3 位作者 朱仲康 王旭 侯文晓 赵丹玉 《天津医科大学学报》 2023年第5期486-493,共8页
目的:筛选并鉴定阿尔茨海默病(AD)神经炎症相关关键基因。方法:用R语言limma包分别筛选GEO数据库中的数据集GSE144459(Healthy=16,AD=16)和GSE135999(Healthy=6,AD=7)中的差异基因(DEGs);用在线韦恩图工具对上述获得的差异表达基因(DEG1... 目的:筛选并鉴定阿尔茨海默病(AD)神经炎症相关关键基因。方法:用R语言limma包分别筛选GEO数据库中的数据集GSE144459(Healthy=16,AD=16)和GSE135999(Healthy=6,AD=7)中的差异基因(DEGs);用在线韦恩图工具对上述获得的差异表达基因(DEG1、DEG2)与NCBI数据库获得(IRGs)取交集,以获得差异表达的IRGs;用R语言clusterProfiler包对其进行功能富集分析;通过STRING数据库(https://string-db.org)和Cytoscape软件对差异表达IRGs进行PPI网络构建,并用cytoHubba插件来筛选PPI中的关键节点作为候选基因。后续用于LASSO回归分析进一步筛选特征基因并构建分类器,用数据集GSE122063(AD=56,Control=44)验证特征基因的表达并绘制箱线图。结果:本研究共获得106个差异表达的IRGs。富集分析与金黄色葡萄球菌感染、中性粒细胞外陷阱形成、Toll样受体、FcγR介导吞噬作用等功能及信号通路相关。经过PPI网络的构建、LASSO回归分析、分类器构建及受试者工作特征(ROC)曲线绘制以及特征基因的表达验证,最终得出Fcgr2b、Cd14、Fcgr1、Fcgr3、Ly86在AD中具有较强的预测诊断能力。结论:Fcgr2b、Cd14、Fcgr1、Fcgr3、Ly86在AD中起着关键作用,可以作为AD潜在的诊断和治疗靶点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 炎症 生信分析
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基于生信分析筛选胃癌与正常组织的差异基因及中草药治疗胃癌的初探
6
作者 戴倩倩 李学军 《中医临床研究》 2023年第28期9-15,共7页
目的:探究胃癌与正常组织的差异基因,发掘具有临床指导意义的中药。方法:首先,在TCGA数据库下筛选胃癌与正常组织的基因数据,以P<0.05及|logFC|>1的标准对数据进行筛选,得到相关差异基因。其次,通过DrugBank和DisGeNET筛选胃癌靶... 目的:探究胃癌与正常组织的差异基因,发掘具有临床指导意义的中药。方法:首先,在TCGA数据库下筛选胃癌与正常组织的基因数据,以P<0.05及|logFC|>1的标准对数据进行筛选,得到相关差异基因。其次,通过DrugBank和DisGeNET筛选胃癌靶点基因,并构建差异表达基因蛋白质-蛋白质相互作用网络,找出关键基因,再开展富集分析,得到关键基因所参与的生物过程和通路。最后,在本草组鉴中找到作用于关键基因的较高频次中药并做分析。结果:得出胃癌与正常组织的差异基因91个,高表达基因47个,低表达基因44个。上皮型钙粘素(E-cadherin,CDH1)、趋化因子8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8,CXCL8)、基质金属蛋白酶(Matrix Metalloprotein,MMP)9等是胃癌的关键基因。生物富集分析得到的通路主要有p53信号通路、微小RNA与癌症、缺氧诱导因子-1(Hypoxia Inducible Factor-1,HIF-1)信号通路等。本草组鉴分析得出治疗胃癌的前三味中药有白果、虎杖和茶叶,文章选择虎杖为研究中药。结论:研究发现胃癌与正常组织的差异基因主要体现在细胞增殖与凋亡、细胞周期负调控等方面,为后续临床科研实验提供了思路。中药筛选出虎杖为治疗胃癌的可能用药,为中医药治疗胃癌的临床用药提供了新方向。 展开更多
关键词 胃癌 差异基因 中药 虎杖 生信分析
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基于数据库对子宫内膜浆液性癌的生信分析
7
作者 周佟俊男 沈谷群 《中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生》 2023年第5期0041-0045,共5页
正生物信息学(Bioinformatics) 起源于上个世纪的50年代,其发展至今已逐渐成长为一门涉及到生命科学、统计学、信息学、计算生物学和数学的多种学科汇总的交叉学科。生物信息学的应用主要是通过生物大数据的计算和分析,同时关联基... 正生物信息学(Bioinformatics) 起源于上个世纪的50年代,其发展至今已逐渐成长为一门涉及到生命科学、统计学、信息学、计算生物学和数学的多种学科汇总的交叉学科。生物信息学的应用主要是通过生物大数据的计算和分析,同时关联基础生物学方面的研究,从而获得更多的研究内容。研究人员使用编程工具来完成具体、精细的生信分析和可视化,常用的编程语言有R、Perl和Python等。其中R的编程语言逻辑性强,且更加接近于自然语言,这降低了学习和操作的难度。本文通过总结近年来国内外相关研究成果,对生信分析在子宫内膜癌的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 子宫内膜浆液性癌 子宫内膜样腺癌 细胞通路 生信分析 临床信息数据库
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油莎豆粕精酿啤酒后发酵期代谢物生信分析
8
作者 张育宁 潘骏伟 +5 位作者 杨思琦 李鸿月 钱召影 罗雅萌 翟巧茹 张雷 《中国食品添加剂》 CAS 北大核心 2023年第12期91-97,共7页
本研究通过非靶向代谢组学技术对油莎豆粕精酿啤酒后发酵期呈味物质进行生物信息学模型构建。分析结果显示,最小二乘法分析与主成分分析表明试验结果的可信度高;层次聚类分析结果显示,平行样本具有相似的代谢物合成模式,且能够聚为同类... 本研究通过非靶向代谢组学技术对油莎豆粕精酿啤酒后发酵期呈味物质进行生物信息学模型构建。分析结果显示,最小二乘法分析与主成分分析表明试验结果的可信度高;层次聚类分析结果显示,平行样本具有相似的代谢物合成模式,且能够聚为同类;啤酒后发酵期差异代谢物分析共鉴定到417种显著差异表达的代谢物,其中有3种上调差异代谢物、30种下调代谢物。京都百科通路分析(KEGG)结果表明,差异代谢物定位到18条代谢通路中,半乳糖代谢、色氨酸代谢、味觉转导、淀粉和蔗糖代谢以及苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成等生物学功能的呈味物质代谢途径在后发酵期发挥了重要作用。本研究可为揭示油莎豆粕精酿啤酒的风味与口感形成机理提供参考。 展开更多
关键词 油莎豆粕 精酿啤酒 后发酵期 代谢组 生信分析
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基于生信分析的脑胶质瘤预后模型的构建与验证
9
作者 夏天 金志勇 于如同 《中国临床神经外科杂志》 2023年第8期504-507,512,共5页
目的探讨脑胶质瘤预后模型的构建方法及预测效果。方法从CGGA数据库获得脑胶质细胞瘤的样本数据,进行差异表达基因(DEGs)分析及加权基因共表达网络分析(WGCNA),获得关键基因,采用Lasso-Cox方法分析有效关键基因并计算风险评分,生存曲线... 目的探讨脑胶质瘤预后模型的构建方法及预测效果。方法从CGGA数据库获得脑胶质细胞瘤的样本数据,进行差异表达基因(DEGs)分析及加权基因共表达网络分析(WGCNA),获得关键基因,采用Lasso-Cox方法分析有效关键基因并计算风险评分,生存曲线分析风险评分与脑胶质瘤生存预后的关系,多因素Cox回归和列线图分析构建预后模型,并使用TCGA数据库验证。结果共发现5463个DEGs,其中4697个显著上调,766个显著下调。WGCNA分析筛选出261个关键基因,LassoCox分析得到11个有效关键基因,并计算风险评分。根据风险评分中位数将脑胶质瘤分为高、低风险组,生存曲线分析显示,高风险组脑胶质瘤病人中位生存期较低风险组明显缩短(P<0.001)。多因素Cox回归分析显示风险评分是脑胶质瘤预后危险因素。利用WHO级别、复发状态、IDH情况、年龄、化疗及风险评分构建预后模型预测1、3、5年生存预后ROC曲线下面积分别为0.76、0.82、0.84,预后模型的C-Index值为0.778,风险评分的C-Index值为0.74。结论采用CGGA数据库中脑胶质瘤样本数据成功构建了预后模型,为临床判断脑胶质瘤预后具有一定的价值。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 生信分析 差异表达基因 WGCNA 预后模型
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胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因与中药治疗的生信分析及系统评价 被引量：9
10
作者 杨柳 李泽 +5 位作者 高云霄 郭榆西 郭彤 李博林 杨倩 张彤 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1649-1655,共7页
目的探究胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因,发掘具有潜在治疗作用的中药。方法在GEO数据库下载包含慢性萎缩性胃炎与胃癌基因的芯片数据GSE116312和GSE55696,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选,得到相关差异基因;通... 目的探究胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因,发掘具有潜在治疗作用的中药。方法在GEO数据库下载包含慢性萎缩性胃炎与胃癌基因的芯片数据GSE116312和GSE55696,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选,得到相关差异基因;通过蛋白互作图的绘制找出关键基因,富集分析得到关键基因所参与的生物过程和通路;在本草组鉴中找到作用于关键基因的最高频次中药并做Meta分析。结果得出慢性萎缩性胃炎较胃癌低表达的基因36个,高表达的基因23个。生物富集分析这些差异基因主要参与转录调控、炎症反应、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、胃酸分泌等方面。FCER 1 G、FCGR 2 A、FCGR 3 A、MNDA、NCF 2、S 100 A 9、AGT、SAA 1、SSTR 1、VAV 3等是慢性萎缩性胃炎向胃癌转化的关键基因。本草组鉴分析得出治疗慢性萎缩性胃炎的中药有沙苑子、丹参、甘草,其中丹参具有活血祛瘀、通行血脉功效,符合慢性萎缩性胃炎发生发展的病机,且临床常用于脘腹疼痛、症瘕积聚等疾病的治疗,故选以丹参为君药的方剂(丹参饮)进行系统评价。经过分析可知丹参饮加减治疗慢性萎缩性胃炎具有确切疗效,且具备统计学意义。结论该研究发现慢性萎缩性胃炎和胃癌的差异基因主要体现在调控免疫、炎症、细胞增殖与凋亡方面,为后续临床科研实验提供了思路,对治疗慢性萎缩性胃炎中药的系统评价为临床用药提供了依据。 展开更多
关键词 慢性萎缩性胃炎 胃癌 生信分析 差异基因 META分析
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不停跳冠脉搭桥术后差异基因的生信分析
11
作者 陈远翔 林斌 +2 位作者 陈东杰 林先东 翁国星 《福建医药杂志》 CAS 2022年第6期6-8,共3页
目的通过生信分析探讨不停跳冠脉搭桥(OPCAB)术后基因变化,并筛选关键(Hub)基因.方法通过纳入数据集GSE12485(心肌)和GSE4386(心房),使用R包对OPCAB术前术后心脏组织进行差异分析,筛选差异基因(DEGs).两组DEGs交集得到共同DEGs进一步分... 目的通过生信分析探讨不停跳冠脉搭桥(OPCAB)术后基因变化,并筛选关键(Hub)基因.方法通过纳入数据集GSE12485(心肌)和GSE4386(心房),使用R包对OPCAB术前术后心脏组织进行差异分析,筛选差异基因(DEGs).两组DEGs交集得到共同DEGs进一步分析,然后进行GO和KEGG功能富集分析.最后使用STRING进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,通过Cytoscape软件中cytoHubba的Degree算法筛选Hub基因.结果共获得36个共同上调DEGs.GO和KEGG分析结果显示,OPCAB术后主要与炎症反应相关.PPI网络分析,并得到4个Hub基因.结论炎症反应在OPCAB术后起重要作用,而4个Hub基因均具有重要的价值,将为后续研究提供依据. 展开更多
关键词 不停跳冠脉搭桥 生信分析 差异基因
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基于生信分析筛选脓毒症相关基因及通路的研究
12
作者 张晓菲 《中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生》 2022年第11期0262-0266,共5页
研究脓毒症相关基因及通路的机制。研究方法 利用公共资料库(Gene Expression Omnibus(GEO))收集脓毒症基因集,使用DAVID数据库实现生物学特性和通路的研究,利用STRING数据库发现了差异基因蛋白互作网络,并利用Cytascape软件形成了蛋白... 研究脓毒症相关基因及通路的机制。研究方法 利用公共资料库(Gene Expression Omnibus(GEO))收集脓毒症基因集,使用DAVID数据库实现生物学特性和通路的研究,利用STRING数据库发现了差异基因蛋白互作网络,并利用Cytascape软件形成了蛋白质一蛋白质相互作用科学计算的可视化图像,利用cytoH u bba软件发现H u b基因。研究结论 利用差异分析已获得了一百二十八个差异基因,包括四十五个下降差异基因,以及八十三个上升差异基因;功能富集研究表明,DEG在生物学过程中富集并在炎症中明显;KEGG的研究则表明富集在TH一细胞和TH二细胞的分化通路中明显;CD8A,IL2RB,LCK是发病的关键基因。结果 在脓毒症发生过程中,T细胞的功能至关重要。CD8A,IL2RB,LCK表达下降下降是脓毒症的重要原因。Th1和TH2分化异常是脓毒症发生的重要调节因子。 展开更多
关键词 脓毒症 生信分析 通路
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新冠病毒相关蛋白TMPRSS2结构与功能的生信分析及表达载体构建 被引量：1
13
作者 徐本锦 李卓禧 +13 位作者 范蕾 李璟 严荣荣 杜淼 宣焱 门杰 陈晓聪 汤文婷 侯艳香 宋彬妤 杨娅男 刘晓梁 余骏骁 刘玲 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1218-1226,共9页
目的人源TMPRSS2是一种跨膜丝氨酸蛋白酶,本文对该蛋白结构与功能进行系统生物信息学分析,优化密码子并构建原核表达载体,以探究其参与SARS-CoV-2侵染宿主细胞的分子机制。方法利用分子克隆技术构建重组表达载体pET-22b-TMPRSS2;采用Pro... 目的人源TMPRSS2是一种跨膜丝氨酸蛋白酶,本文对该蛋白结构与功能进行系统生物信息学分析,优化密码子并构建原核表达载体,以探究其参与SARS-CoV-2侵染宿主细胞的分子机制。方法利用分子克隆技术构建重组表达载体pET-22b-TMPRSS2;采用Protparam、NetPhos3.1、Blast、Clustal X2和MEGA7.0等分析工具对TMPRSS2蛋白的同源性、功能位点、亚细胞定位、三维结构和进化特点等进行生信分析。结果原核表达质粒构建正确;TMPRSS2蛋白属于中等分子量蛋白,由492个氨基酸残基构成,理论等电点为8.12,分子消光系数为118145 L·mol^(-1)·cm^(-1),半衰期30 h;TMPRSS2有15个潜在的糖基化位点,49个可能的磷酸化位点,无信号序列,是一种跨膜的亲水性蛋白。此外,该蛋白有13个潜在的B细胞表位及7个T细胞表位。二级结构分析显示,Random coil在TMPRSS2蛋白中占比最高(0.4533),其次是Extended strand(0.2520)。序列对比和进化分析显示,与人源TMPRSS2序列一致性最高且亲缘关系最近的是Pan troglodytes,其次是Gorilla。结论人源TMPRSS2蛋白在进化上保守,功能重要。本研究结果有助于揭示TMPRSS2蛋白的结构和作用机理,为新冠肺炎的诊疗提供思路,加速了靶向TMPRSS2蛋白的新型药物研发进程。 展开更多
关键词 新冠病毒 TMPRSS2 生信分析 载体构建 结构与功能 进化分析
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新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白靶位的生信分析 被引量：1
14
作者 赵子雨 刘畅 +2 位作者 沈纪辰 李文硕 李欣 《生物信息学》 2022年第1期35-45,共11页
目前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情仍在全球肆虐,但尚无针对该病毒的治疗特效药。在此背景,以美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service, CAS)提供的SARS-CoV-2病毒及宿主蛋白靶标为研究对象,运用基因功能富集、蛋白网络等方法进行... 目前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情仍在全球肆虐,但尚无针对该病毒的治疗特效药。在此背景,以美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service, CAS)提供的SARS-CoV-2病毒及宿主蛋白靶标为研究对象,运用基因功能富集、蛋白网络等方法进行生物信息分析。结果发现,人网格蛋白介导型内吞和依赖型内吞是病毒进入宿主细胞的重要途径;病毒ORF6(Open Reading Frame, ORF)蛋白可影响细胞内核定位信号(Nuclear Localization Signal, NLS)介导蛋白入核的生物学过程。这些研究结果可为抗新型冠状病毒药物和疫苗的研发提供更多的可能性和思路。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 蛋白靶标 生信分析
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基于生信分析、分子对接及分子动力学研究枸杞子中活性成分改善胰岛素抵抗的作用机制
15
作者 于嘉祥 张瀚文 +5 位作者 曲超 郑一 郭鹤 张文顺 杨宇峰 石岩 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第11期3997-4008,共12页
目的 通过生信分析、分子对接及分子动力学技术研究枸杞子中活性成分改善胰岛素抵抗的作用机制。方法 通过网站、数据库及文献检索获取枸杞子种有效成分及胰岛素抵抗的疾病靶点,并进行整理与筛选,预测枸杞子经筛选后活性成分改善胰岛素... 目的 通过生信分析、分子对接及分子动力学技术研究枸杞子中活性成分改善胰岛素抵抗的作用机制。方法 通过网站、数据库及文献检索获取枸杞子种有效成分及胰岛素抵抗的疾病靶点,并进行整理与筛选,预测枸杞子经筛选后活性成分改善胰岛素抵抗可能的作用靶点并进行生信分析。从CTD数据库选择5个胰岛素抵抗的重要蛋白受体,确定结合位点后分别与枸杞子符合筛选标准的有效成分用Auto Dock Vina进行分子对接,将对接结果中结合能低且具有继续研究意义的构象应用分子动力学技术进行进一步分析。结果 槲皮素、豆甾醇、谷甾醇、酸浆苦素A等27个化合物可能是枸杞子改善胰岛素抵抗的重要活性成分,涉及对化学,内源性物质的反应、神经元,细胞投射、蛋白质结合,G蛋白偶联受体活性等多个生物过程及钙离子、IL17、PI3K/Akt等多个信号通路;CCL2、INSR、NOS3、SIRT1、TNF是胰岛素抵抗的重要蛋白受体。某些枸杞子中经筛选的活性成分与重要蛋白受体的结合程度强,甚至优于罗格列酮。StigmasterolINSR、Lantadene A-NOS3作为有继续研究意义的构象进一步进行分子动力学模拟,结果均可以稳定地结合,是范德华势能和静电、氢键作用的共同结果。结论 枸杞子改善胰岛素抵抗是通过多成分、多靶点、多生物过程、多通路等多种途径实现的;枸杞子中活性成分与胰岛素抵抗重要蛋白受体的结合能力较强,改善胰岛素抵抗理论依据充足;生信分析、分子对接及分子动力学技术可以成为阐释单味药物作用机制的一种方便、普适、高效的方法,但需要结合一定的动物、临床或者细胞实验才能增强说服力。 展开更多
关键词 枸杞子 胰岛素抵抗 生信分析 分子对接 分子动力学 重要蛋白受体
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M1型巨噬细胞参与炎症反应的生信分析
16
作者 张颖超 米焱 王彩丽 《包头医学院学报》 CAS 2022年第5期50-54,共5页
目的:利用生物信息学预测与M1型巨噬细胞参与炎症反应有关的关键基因,以及调控该基因的miRNA。方法:NCBI-GEO数据库筛选人源单核巨噬细胞表达谱,使用GEO2R筛选差异表达基因,通过WebGestalt数据库对上述基因进行GO和KEGG功能富集分析,STR... 目的:利用生物信息学预测与M1型巨噬细胞参与炎症反应有关的关键基因,以及调控该基因的miRNA。方法:NCBI-GEO数据库筛选人源单核巨噬细胞表达谱,使用GEO2R筛选差异表达基因,通过WebGestalt数据库对上述基因进行GO和KEGG功能富集分析,STRING 11.0数据库构建蛋白质相互作用网络,并应用Cytoscape 3.7.2软件进行可视化分析,采用Cyto Hubba插件最终圈定HUB基因,利用mirWalk数据库和miRcode数据库预测靶向调控HUB基因的miRNA。结果:(1)GEO数据库共筛选出123个高表达差异基因,7个低表达基因;(2)经Cytoscape分析得到前20个最关键的枢纽基因,并圈定与炎症相关的基因STAT1;(3)mirWalk和mirCode数据库预测miRNAs并进行交集分析,得出STAT1受miR-23a靶向调控。结论:miR-23a靶向调控STAT1抑制M1型巨噬细胞参与的炎性反应。 展开更多
关键词 M1型巨噬细胞 炎症反应 生信分析
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STK40在脑胶质瘤中的表达及其临床意义的生信分析
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作者 马壮 张万宏 +2 位作者 刘关政 吴恒浩 张圣旭 《中国临床神经外科杂志》 2022年第4期274-277,共4页
目的探讨丝氨酸/酸酸蛋白激酶40(STK40)在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法计算机检索GEPIA数据库,运用生物信息学方法分析STK40在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达差异;同时,检索CGGA数据库中693例脑胶质瘤的基因信息及临床资料,运用... 目的探讨丝氨酸/酸酸蛋白激酶40(STK40)在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法计算机检索GEPIA数据库,运用生物信息学方法分析STK40在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达差异;同时,检索CGGA数据库中693例脑胶质瘤的基因信息及临床资料,运用Kaplan-Meier生存曲线分析STK40表达水平与脑胶质瘤生存预后的关系;采用多因素Cox比例回归风险模型分析脑胶质瘤生存预后的影响因素。结果GEPIA数据库分析显示,胶质母细胞瘤组织STK40表达水平较正常脑组织明显增高(P<0.05)。STK40表达水平与胶质瘤病理级别呈正相关,随胶质瘤病理级别增高,STK40表达水平明显增高(P<0.0001)。多因素Cox风险比例回归模型分析结果显示,STK40高表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素(P<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,STK40高表达组中位总生存期较低表达组明显缩短(P<0.0001);而且STK40高表达明显降低胶质瘤放/化疗的效果(P<0.0001)。Pearson相关性分析显示,ERK下游产物SRF与STK40呈明显正相关(r=0.45;P<0.0001),JNK下游产物ATF2与STK40表达水平呈明显负相关(r=-0.167;P<0.0001)。结论胶质瘤STK40呈高表达,与病人生存预后不良有关,其作用机制可能与ERK/MAPK及JNK/MAPK信号通路有关。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 丝氨酸/酸酸激酶40 基因表达 生信分析
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草菇sod基因的生信分析及其在继代培养过程中的表达变化
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作者 孙万合 谭强飞 +3 位作者 朱嘉宁 雷元曦 贠建民 赵风云 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期58-66,共9页
超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)是抗氧化系统中的核心酶。本研究通过生物信息学分析预测了草菇sod基因编码蛋白的理化性质、保守结构域和进化关系,并测定了草菇继代培养过程中的菌丝生理性状和sod基因的相对表达量。结果表... 超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)是抗氧化系统中的核心酶。本研究通过生物信息学分析预测了草菇sod基因编码蛋白的理化性质、保守结构域和进化关系,并测定了草菇继代培养过程中的菌丝生理性状和sod基因的相对表达量。结果表明,草菇基因组中含有1个Cu/Zn-sod基因和3个Mn-sod基因,其编码蛋白均具有SOD的典型特征,属于SOD家族成员,并且草菇4个SOD分别与不同真菌的SOD具有较高的同源性。随着草菇继代培养次数的增加,菌落直径和菌丝生长速度都呈现先增加后降低的趋势;Cu/Zn-sod和Mn-sod3基因的相对表达量在继代过程中呈现先增加后降低的趋势,Mn-sod1基因在继代菌株的相对表达量均高于T0,而Mn-sod2均低于T0。本研究为揭示草菇sod基因的生物学功能和菌种继代退化机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 草菇 超氧化物歧化酶 生信分析 继代培养 基因表达
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生信分析筛选多囊卵巢颗粒细胞相关关键基因及候选药物预测
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作者 任崇阳 翁若欣 +2 位作者 戴雨晴 吴文波 郑月慧 《中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生》 2024年第3期0117-0124,共8页
探讨颗粒细胞相关基因在多囊卵巢综合征发生发展中的作用,筛选关键基因进行靶基因药物预测。从GEO数据库下载GSE193123、GSE34526基因芯片,通过 GEO2R筛选差异表达基因,R软件对差异表达基因进行GO 及KEGG分析,利用Cytoscape进行PPI网络... 探讨颗粒细胞相关基因在多囊卵巢综合征发生发展中的作用,筛选关键基因进行靶基因药物预测。从GEO数据库下载GSE193123、GSE34526基因芯片,通过 GEO2R筛选差异表达基因,R软件对差异表达基因进行GO 及KEGG分析,利用Cytoscape进行PPI网络的模块及关键基因筛选。之后在GSE102293基因芯片验证关键基因的表达,采用Coremine Medical、DGIdb数据库筛选与关键基因相关的药物。最终筛选出82个差异表达基因,在此基础上,筛选出MMP-9、ICAM-1、IL-10、CD44共4个关键基因,在GSE102293基因芯片中验证后,针对4个关键基因预测了29个西药和8个中药。总之,MMP-9、ICAM-1可能通过流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路对PCOS的发生发展产生影响,有望成为PCOS新的治疗靶点。 展开更多
关键词 关键基因 动脉粥样硬化 多囊卵巢综合征颗粒细胞 生信分析
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基于生信分析探索FOSL1对肝癌索拉非尼治疗抵抗的影响
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作者 范绮雨 赵文静 +4 位作者 刘继斌 刁迅 马娜 吴江熙 朱卫华 《交通医学》 2024年第1期15-20,共6页
目的:探究FOS样抗原1(FOS-like antigen 1,FOSL1)在肝癌组织中的表达及其对索拉非尼治疗抵抗的影响。方法:从公共数据库中获取数据进行WGCNA分析,对获取的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行GO功能富集和KEGG通路... 目的:探究FOS样抗原1(FOS-like antigen 1,FOSL1)在肝癌组织中的表达及其对索拉非尼治疗抵抗的影响。方法:从公共数据库中获取数据进行WGCNA分析,对获取的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。选取血管生成通路差异表达基因,采用STRING数据库建立PPI网络,使用MCODE插件提取排名前7位的关键基因。在人类蛋白质图谱网站对这7个关键基因在肝癌血管内皮细胞表达情况进行筛选。采用Western blot法检测人微血管内皮细胞-1(human microvascular endothelial cells-1,HMEC-1)及肝癌血管内皮细胞(tumor-derived endothelial cells,TEC)中FOSL1的表达,CCK-8法检测HMEC-1及TEC细胞对索拉非尼敏感性,免疫组化检测肿瘤组织及正常肝组织中FOSL1表达。结果:GO功能富集分析图和KEGG通路富集分析图显示“索拉非尼抵抗”和“索拉非尼不抵抗”患者DEGs主要富集在管腔形成和血管生成等通路,KEGG通路主要富集在Wnt信号通路和VEGF信号通路。WGCNA分析得到关键模块,通过对关键模块基因筛选,最终得到JUND、JUNB、IL17RC、IL17RA、IL17F、IL1B、FOSL17个关键基因,其中FOSL1在血管生成中发挥重要作用。通过人类蛋白质图谱网站,发现FOSL1在肝脏各类细胞中表达,但在内皮细胞中表达较高。Western blot检测显示,FOSL1在TEC细胞中的表达水平明显高于HMEC-1细胞。免疫组化染色发现,肿瘤组织中FOSL1高表达,正常肝组织中FOSL1表达水平较低。CCK-8法检测显示,HMEC-1细胞对索拉非尼较敏感,而TEC细胞对索拉非尼不敏感。结论:FOSL1在肝癌血管内皮细胞中高表达,可能与促进血管内皮细胞增殖及索拉非尼治疗抵抗相关。 展开更多
关键词 FOS样抗原1 肝癌 索拉非尼 生信分析 药物抵抗
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