克隆合作猪神经营养因子3基因(Neurotrophin3,NTF3)的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能,并检测基因在不同组织中的表达量,构建组织表达谱。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使...克隆合作猪神经营养因子3基因(Neurotrophin3,NTF3)的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能,并检测基因在不同组织中的表达量,构建组织表达谱。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使用生物信息学方法分析其结构,并使用RT-qPCR技术检测其在不同组织中的表达水平。结果显示,合作猪NTF3基因CDS区长774 bp,编码257个氨基酸;等电点(pI)为9.46,属于碱性蛋白;合作猪与猪、牛亲缘关系较近;二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,三级结构主要由β-折叠、α-螺旋等组成;整条链中亲水性氨基酸残基数量多于疏水性氨基酸残基数量,是亲水性蛋白;无跨膜区域,是非跨膜蛋白;在37~58位氨基酸残基有一个线圈结构域、64~79位有一个低复杂度结构域和144~249位有一个神经生长因子结构域;存在信号肽,推测是分泌蛋白;NTF3基因在合作猪脾脏的表达量最高,回肠表达量最低。展开更多
B淋巴细胞瘤-2基因相关启动子(Bcl-X_L/Bcl-2 associated death promoter,Bad)是麝鼠(Ondatra zibethicus)香腺miRNA测序筛选出的显著差异miRNA靶基因之一。为了解麝鼠Bad基因的基因结构和生物学功能,探讨其在麝鼠香腺发育和泌香中的作...B淋巴细胞瘤-2基因相关启动子(Bcl-X_L/Bcl-2 associated death promoter,Bad)是麝鼠(Ondatra zibethicus)香腺miRNA测序筛选出的显著差异miRNA靶基因之一。为了解麝鼠Bad基因的基因结构和生物学功能,探讨其在麝鼠香腺发育和泌香中的作用,通过比对麝鼠的全基因组获得麝鼠Bad基因的CDS区序列,并利用多种在线预测软件进行生物信息学分析。结果表明:麝鼠Bad基因的CDS区全长为615 bp,编码204个氨基酸;编码的蛋白相对分子质量为22087.40,等电点为9.63,不稳定系数为72.03,平均亲水系数为-0.885,是不稳定的亲水蛋白;无跨膜结构,无信号肽,有26个潜在的磷酸化结合位点。亚细胞定位结果显示,该蛋白主要定位于线粒体。二级结构主要由α-螺旋(32.84%)、无规则卷曲(56.86%)、β-转角(4.90%)和延伸链(5.39%)构成。构建系统发育进化树结果显示,麝鼠与仓鼠科(Cricetidae)亲缘关系最近,说明Bad基因在进化过程中相对保守。蛋白质互作预测结果显示,Bad蛋白与Bcl-2、Akt、Ywhaq、Ywhaz和Ywhab等蛋白相互作用,提示Bad蛋白与这些蛋白间的相互作用可能促进麝鼠香腺萎缩;与Mapk8等互作提示在香腺发育时具有抑制凋亡的作用。研究结果为进一步探究麝鼠Bad基因在香腺周期性发育中的功能提供参考。展开更多
【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK...【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK4的长链非编码RNA和小RNA(miRNA)调控网络。【结果】PCSK4编码序列长2505 bp,编码834个氨基酸。蛋白质功能分析表明:PCSK4具有较多无规则卷曲和磷酸化位点。进化及邻近基因分析表明:PCSK4在进化过程中保守性较高。功能富集分析表明PCSK4与多个参与精子获能、受精、精卵识别的蛋白(如ACRBP、ACR、ADAM2等)存在互作关系,这些蛋白对应基因的表达量表明:PCSK4与MBTPS1、ACRBP、CDKN2A、DPY19L2显著相关。竞争性内源RNA调控网络分析表明5个miRNA可靶向调控PCSK4,功能注释显示其在生殖过程、蛋白质加工、受精等功能中发挥重要作用。【结论】本研究为进一步探讨PCSK4在保山猪精子发生过程,特别是受精与精子成熟阶段等重要生物学过程提供了基础资料。展开更多
文摘克隆合作猪神经营养因子3基因(Neurotrophin3,NTF3)的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能,并检测基因在不同组织中的表达量,构建组织表达谱。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使用生物信息学方法分析其结构,并使用RT-qPCR技术检测其在不同组织中的表达水平。结果显示,合作猪NTF3基因CDS区长774 bp,编码257个氨基酸;等电点(pI)为9.46,属于碱性蛋白;合作猪与猪、牛亲缘关系较近;二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,三级结构主要由β-折叠、α-螺旋等组成;整条链中亲水性氨基酸残基数量多于疏水性氨基酸残基数量,是亲水性蛋白;无跨膜区域,是非跨膜蛋白;在37~58位氨基酸残基有一个线圈结构域、64~79位有一个低复杂度结构域和144~249位有一个神经生长因子结构域;存在信号肽,推测是分泌蛋白;NTF3基因在合作猪脾脏的表达量最高,回肠表达量最低。
