期刊文献+
共找到4,004篇文章
< 1 2 201 >
每页显示 20 50 100
双孢蘑菇中一种4R型MYB转录因子的基因克隆和生物信息学分析
1
作者 刘翔 赵紫璇 +5 位作者 赵月盈 赵诗睿 贾子怡 姜含越 袁帅 孟德梅 《食品研究与开发》 CAS 2024年第2期185-194,共10页
MYB转录因子广泛存在于真核生物中,在植物的生长发育、逆境胁迫等过程中发挥重要作用。与植物相比,对食用菌中MYB转录因子的研究有限。为探究MYB转录因子在食用菌中的生物学功能,对前期转录组发现的一个编码双孢蘑菇(Agaricus bisporus)... MYB转录因子广泛存在于真核生物中,在植物的生长发育、逆境胁迫等过程中发挥重要作用。与植物相比,对食用菌中MYB转录因子的研究有限。为探究MYB转录因子在食用菌中的生物学功能,对前期转录组发现的一个编码双孢蘑菇(Agaricus bisporus)MYB转录因子的基因进行克隆和生物信息学分析。结果表明,该基因编码区长1209 bp,翻译402个氨基酸;编码的蛋白分子量为45.95 kDa,等电点9.17,是一种不存在跨膜结构、不含信号肽的亲水性蛋白,具有4个高度保守的SANT结构域,属于4R型MYB转录因子,与白环蘑(Leucoagaricus)中的4RMYB转录因子亲缘关系最近;二级结构预测显示以无规则卷曲和α-螺旋结构为主;亚细胞定位分析显示该转录因子位于细胞核中;此外启动子序列分析表明,该基因启动子区域含有多个与生物抗逆应答、激素响应等相关的顺式作用元件。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 MYB转录因子 基因克隆 生物信息学分析 保守结构域
下载PDF
茶花鸡2号IFN-α基因克隆及生物信息学分析
2
作者 刘琛 何永江 +5 位作者 豆腾飞 杨明华 潘洪彬 赵素梅 李永能 黄英 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期217-222,共6页
本研究旨在克隆茶花鸡2号α干扰素基因(IFN-α)CDS区序列并进行生物信息学分析,为后续研究IFN-α基因对茶花鸡2号免疫功能的影响提供参考。以茶花鸡2号为实验对象设计IFN-α引物,提取总RNA,反转录PCR扩增并克隆其编码区序列,进行生物信... 本研究旨在克隆茶花鸡2号α干扰素基因(IFN-α)CDS区序列并进行生物信息学分析,为后续研究IFN-α基因对茶花鸡2号免疫功能的影响提供参考。以茶花鸡2号为实验对象设计IFN-α引物,提取总RNA,反转录PCR扩增并克隆其编码区序列,进行生物信息学分析。结果显示茶花鸡2号IFN-α基因CDS序列全长582 bp,IFN-α蛋白等电点5.05,平均疏水指数-0.514,为酸性亲水蛋白,且存在信号肽和1个跨膜区,主要定位于细胞核。IFN-α蛋白被4个N糖基化位点、5个O糖基化位点和20个磷酸化位点修饰,主要由α-螺旋与无规卷曲构成。茶花鸡2号与固始鸡、海兰鸡、惠阳胡须鸡、罗曼鸡和乌骨鸡的氨基酸同源性分别为95.9%、97.9%、97.9%、97.9%和95.9%。IFN-α蛋白与IRF7、IFNAR1、IFNAR2和IFNK等蛋白存在互作关系。本研究结果可为进一步探讨IFN-α基因在茶花鸡2号病毒疾病防治中的作用提供理论依据。 展开更多
关键词 茶花鸡2号 IFN-α基因 基因克隆 生物信息学分析
下载PDF
黄牛源产气荚膜梭菌分离株基因组的生物信息学分析
3
作者 田睿 徐思翔 +10 位作者 谢烽 刘广锦 王刚 李庆霞 代蕾 谢国信 张琼文 陆亚警 王光文 王金秀 张炜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1707-1715,共9页
本研究自猝死海南黄牛的组织器官中分离到2株A型产气荚膜梭菌,命名为ZWCP209和ZWCP210。基因组拼接结果显示其基因组大小处于3.4~3.5 Mb之间,tRNA和CDS数量稳定。多位点序列分析(MLST)显示,测序菌株属于同种新ST型。从NCBI数据库中获取2... 本研究自猝死海南黄牛的组织器官中分离到2株A型产气荚膜梭菌,命名为ZWCP209和ZWCP210。基因组拼接结果显示其基因组大小处于3.4~3.5 Mb之间,tRNA和CDS数量稳定。多位点序列分析(MLST)显示,测序菌株属于同种新ST型。从NCBI数据库中获取27株牛源产气荚膜梭菌的基因组,与测序分离株共同进行生物信息学分析:共检测到13种耐药基因,其中四环素类耐药基因tetA(P)和tetB(P)的携带率最高(79.4%),值得关注的是,本研究中2株海南黄牛分离株均携带了7种以上的耐药基因,其中包括非兽用抗生素噁唑烷酮的耐药基因optrA。泛基因组分析结果显示以上菌株的基因组中共含有7 345个基因,核心基因数量占比22.94%;在核心基因组和plc基因的系统进化分析中,两海南黄牛分离株处于同一分支,并具有相同的毒力因子,具有极高的同源性。本研究为国内首次对海南黄牛产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定与生物信息学分析,对牛产气荚膜梭菌病的防治与基因组研究具有参考价值。 展开更多
关键词 海南黄牛 产气荚膜梭菌 分离鉴定 全基因组测序 生物信息学分析
下载PDF
生物信息学分析鉴定循环肿瘤细胞APOH基因作为结直肠癌肝转移核心基因的研究
4
作者 郝文德 郭家豪 +2 位作者 翟志伟 韩加刚 王振军 《中国医学前沿杂志(电子版)》 CSCD 北大核心 2024年第1期36-44,共9页
目的 循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)是结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移的关键环节,目前对CTCs进行检测和再培养仍存在局限性,迫切需要新的标志物来提高CRC患者血液中CTCs的检出率。方法 经综合生物信息学分析获得... 目的 循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)是结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移的关键环节,目前对CTCs进行检测和再培养仍存在局限性,迫切需要新的标志物来提高CRC患者血液中CTCs的检出率。方法 经综合生物信息学分析获得由CTCs分泌的在CRC肝转移中起重要作用的血液蛋白,并通过蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析和外部高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据集对核心基因进行筛选和验证。结果 共鉴定出由CTCs分泌的在CRC肝转移中起重要作用的4个核心基因,其中载脂蛋白H (apolipoprotein H,APOH)最为重要,其在CTCs和肝转移灶中的表达水平显著高于CRC原发灶和其他转移部位,且在血液中CTCs的APOH表达水平显著高于白细胞。受试者操作特征曲线分析显示APOH对CRC肝转移具有较佳的诊断效能。基于APOH预测的EHT1864、Lisitinib和Oxaliplatin可能是CRC患者的潜在治疗药物。结论APOH是由CTCs分泌且在CRC肝转移中起重要作用的核心基因。 展开更多
关键词 结直肠癌 肝转移 循环肿瘤细胞 载脂蛋白H 生物信息学分析
下载PDF
脓毒症潜在相关基因的生物信息学分析及功能预测
5
作者 杨梦霞 赵春铭 +2 位作者 陈腾飞 徐霄龙 刘清泉 《中国急救医学》 CAS CSCD 2024年第3期233-238,共6页
目的 通过生物信息学方法筛选并分析与脓毒症相关的差异表达基因及关键(Hub)基因,以期为临床诊疗提供潜在靶点和生物标志物。方法 使用基因表达综合数据库(GEO)筛选脓毒症基因表达数据集,运用GEO自带在线分析工具(GEO2R)分析差异表达基... 目的 通过生物信息学方法筛选并分析与脓毒症相关的差异表达基因及关键(Hub)基因,以期为临床诊疗提供潜在靶点和生物标志物。方法 使用基因表达综合数据库(GEO)筛选脓毒症基因表达数据集,运用GEO自带在线分析工具(GEO2R)分析差异表达基因(DEGs);并结合STRING 12.0和DAVID数据库对DEGs进行富集分析;再通过Cytoscape 3.9.1软件筛选出Hub基因,并对其进行功能分析。结果 筛选出328个DEGs,其中上调基因2个,下调基因326个。富集结果显示,DEGs的功能主要与蛋白质修饰、分解代谢、蛋白酶复合物、线粒体及酶活性等有关。通过CytoHubba插件筛选出了核因子κB亚基1(NFKB1)、NEDD8、人NADH-泛醌氧化还原酶A8(NDUFA8)、POLR2F、延伸蛋白B(ELOB)、PSMB6、SEC61A1、COX4I1、人NADH-泛醌氧化还原酶B8(NDUFB8)及ATP5PD 10个Hub基因,经生物过程(BP)可视化发现这些Hub基因在生物过程中相互作用。结论 NFKB1、NEDD8、NDUFA8、POLR2F、ELOB、PSMB6、SEC61A1、COX4I1、NDUFB8及ATP5PD等10个Hub基因可能是脓毒症诊疗的潜在靶点和新型生物标志物,但部分基因对脓毒症发生发展的作用机制研究相对不足,仍需后续进一步验证。 展开更多
关键词 脓毒症 生物信息学分析 差异表达基因(DEGs) Hub基因 生物标志物
下载PDF
工业大麻类受体激酶基因家族生物信息学分析
6
作者 曹焜 孙宇峰 +4 位作者 赵越 朱浩 王盼 孙凯旋 王晓楠 《黑龙江科学》 2024年第6期5-8,共4页
工业大麻RLK基因家族在碱性盐胁迫响应过程中有重要的调控作用。为探究工业大麻RLK基因家族响应NaHCO_(3)胁迫的信号转导机制,利用生物信息学方法对工业大麻63个RLK基因家族成员进行分析,结果表明,工业大麻的RLK基因家族可分为12个亚组... 工业大麻RLK基因家族在碱性盐胁迫响应过程中有重要的调控作用。为探究工业大麻RLK基因家族响应NaHCO_(3)胁迫的信号转导机制,利用生物信息学方法对工业大麻63个RLK基因家族成员进行分析,结果表明,工业大麻的RLK基因家族可分为12个亚组。分析了RLK基因家族在不同盐碱耐受性品种中的表达模式及潜在的生物学功能,此试验结果为进一步研究工业大麻RLK基因家族在逆境响应和生长发育过程中的分子功能提供重要依据。 展开更多
关键词 工业大麻 RLK基因家族 盐碱胁迫 生物信息学分析
下载PDF
合作猪SIRT 3基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
7
作者 闫尊强 梁毓豪 +2 位作者 宋科林 滚双宝 王鹏飞 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1390-1399,共10页
【目的】克隆合作猪沉默信息调节因子3(silence information regulator 3,SIRT3)基因CDS区序列,并对其进行生物信息学分析,探究SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达水平,为研究SIRT 3基因功能奠定基础。【方法】试验选择3月龄合作猪公猪... 【目的】克隆合作猪沉默信息调节因子3(silence information regulator 3,SIRT3)基因CDS区序列,并对其进行生物信息学分析,探究SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达水平,为研究SIRT 3基因功能奠定基础。【方法】试验选择3月龄合作猪公猪3头,采集心脏、睾丸、肺脏等组织,采用PCR扩增、Sanger测序等方法获取SIRT 3基因CDS区序列,并通过Mega 7.0软件构建系统进化树;通过生物信息学在线软件分析SIRT3蛋白结构和功能;采用实时荧光定量PCR检测SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达量。【结果】合作猪SIRT 3基因CDS区长774 bp,共编码257个氨基酸。系统进化树结果显示,合作猪与家猪亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。SIRT3蛋白的分子质量为28.68 ku,理论等电点为5.81,不稳定系数为37.92,为稳定性亲水蛋白;该蛋白不存在跨膜区域,无信号肽,但存在2个低复杂度结构域,主要分布于内质网中;SIRT3蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,三级结构模型预测结果与二级结构基本一致。实时荧光定量PCR结果显示,SIRT 3基因在合作猪不同组织中均有表达,在心脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01),其次是睾丸、肺脏、肝脏组织。【结论】本研究成功克隆合作猪SIRT 3基因CDS区序列,探究了SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达水平并初步分析了其编码蛋白的生物学功能,为进一步研究合作猪SIRT 3基因功能提供了参考。 展开更多
关键词 合作猪 SIRT 3基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
下载PDF
小麦SUS基因家族鉴定与生物信息学分析
8
作者 孔斌雪 李娜 +5 位作者 马靖福 窦佳欣 陈涛 张沛沛 刘媛 杨德龙 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-8,共8页
【目的】对小麦蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS)基因家族进行鉴定和生物信息学分析,为探究小麦SUS(TaSUS)基因家族的作用机制提供理论参考。【方法】采用生物信息学方法在小麦全基因组上鉴定TaSUS基因家族成员,并对其系统进化关系、... 【目的】对小麦蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS)基因家族进行鉴定和生物信息学分析,为探究小麦SUS(TaSUS)基因家族的作用机制提供理论参考。【方法】采用生物信息学方法在小麦全基因组上鉴定TaSUS基因家族成员,并对其系统进化关系、染色体位置、基因结构、保守结构域、启动子顺式作用元件和基因表达模式进行分析。【结果】在小麦基因组中共鉴定到分布于14条染色体上的24个TaSUS基因,可分为3个亚组。TaSUS基因含有多个外显子,但部分基因缺失非翻译区结构。TaSUS基因家族成员启动子区域包含45种顺式作用元件,涉及植物生长发育和逆境胁迫响应。大多数TaSUS基因在小麦穗中显著表达,在叶、茎和根中的相对表达量较低。【结论】研究结果有助于了解小麦SUS基因家族的进化,为后期小麦SUS基因家族的生物功能研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 小麦 蔗糖合成酶(SUS) 生物信息学分析 基因表达
下载PDF
荷斯坦奶牛GlyRS基因的克隆、组织表达及生物信息学分析
9
作者 何茹月 刘壮 +3 位作者 吴海军 李晖 胡圣伟 倪伟 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期284-291,共8页
本文旨在通过克隆荷斯坦奶牛GlyRS(Glycyl-tRNA Synthetase 1)CDS区并进行生物信息学分析,探究GlyRS基因在奶牛多组织中的表达规律,为后续分析该基因对奶牛泌乳性能的作用奠定基础。以荷斯坦奶牛乳腺组织cDNA为模板,PCR扩增得到GlyRS基... 本文旨在通过克隆荷斯坦奶牛GlyRS(Glycyl-tRNA Synthetase 1)CDS区并进行生物信息学分析,探究GlyRS基因在奶牛多组织中的表达规律,为后续分析该基因对奶牛泌乳性能的作用奠定基础。以荷斯坦奶牛乳腺组织cDNA为模板,PCR扩增得到GlyRS基因,通过测序拼接获得荷斯坦奶牛GlyRS基因序列。利用在线工具对GlyRS蛋白进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR检测GlyRS基因在荷斯坦奶牛心脏、脂肪、乳腺、肾脏、背最长肌组织中的表达量,并比较差异。结果发现:荷斯坦奶牛GlyRS基因CDS区长度为1599 bp,编码522个氨基酸。相似性比对结果表明,荷斯坦奶牛的GlyRS氨基酸序列与牛、瘤牛、野牛、牦牛、山羊、绵羊、海豚、田鼠、野猪、人的氨基酸序列的相似性分别为99.62%、99.62%、99.64%、99.44%、98.87%、99.06%、97.36%、97.18%、95.48%和94.92%。系统进化树分析表明,荷斯坦奶牛GlyRS的氨基酸在进化上与牛的亲缘关系最近,与人的亲缘关系最远。GlyRS蛋白分子式为C_(2687)H_(4198)N_(726)O_(798)S_(27),分子质量为60.31 ku,属于不稳定酸性蛋白,无信号肽和跨膜结构域,具有40个磷酸化位点、无N-糖基化位点、58个O-糖基化位点。GlyRS蛋白二级结构预测中α-螺旋占比41.65%、延伸链占比20.26%、β-转角占比6.94%,无规则卷曲占比31.14%。蛋白互作网络图谱构建发现,GlyRS蛋白可能与DARS、KARS、EPRS、TARS、SARS、AARS2、IARS、MARS和AARS等蛋白存在潜在互作。qPCR结果表明GlyRS基因在荷斯坦奶牛心脏、脂肪、乳腺、肾脏、背最长肌组织中均有表达,在乳腺中的相对表达量最高,且与其他组织差异显著。本研究结果为探究GlyRS基因在荷斯坦奶牛乳腺分泌中的功能提供了理论参考。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 GlyRS基因 生物信息学分析 组织表达
下载PDF
女贞叶中一条糖基转移酶的基因克隆、生物信息学分析及原核表达
10
作者 周洛兵 申甲一 +4 位作者 曾碧容 袁希伟 谭朝阳 蒋情 徐德宏 《化学与生物工程》 CAS 北大核心 2024年第4期31-39,共9页
女贞叶化学成分复杂,糖苷类物质是其发挥药理活性的关键成分,糖苷的形成离不开糖基转移酶。利用cDNA末端快速扩增技术,对女贞叶中一条糖基转移酶编码基因LlUGT3进行了克隆;根据基因和蛋白质序列进行了生物信息学分析;通过基因工程技术使... 女贞叶化学成分复杂,糖苷类物质是其发挥药理活性的关键成分,糖苷的形成离不开糖基转移酶。利用cDNA末端快速扩增技术,对女贞叶中一条糖基转移酶编码基因LlUGT3进行了克隆;根据基因和蛋白质序列进行了生物信息学分析;通过基因工程技术使LlUGT3基因在大肠杆菌体内进行了异源表达。结果表明,LlUGT3基因cDNA全长1684 bp,由85 bp 5′-UTR、159 bp 3′-UTR、1440 bp ORF组成,其中ORF编码一条含479个氨基酸残基的酶蛋白,其相对分子质量、理论等电点和亲水性平均系数分别为54.8 kDa、5.86和-0.381;在LlUGT3酶蛋白一级结构中含有一段糖基转移酶高度保守的PSPG盒,但不含信号肽且无跨膜片段,在二级结构中含有α螺旋(42.59%)、β折叠(12.73%)和无规卷曲(44.68%),在三级结构中由肽链折叠形成α/β/α类Rossmann折叠区域,并且两者之间夹着一个底物结合腔;同源建模结果显示,LlUGT3酶蛋白与模板分子PaGT3序列相似度很高,而且系统发育树分析也表明两者亲缘关系最近;分子对接分析表明,LlUGT3酶蛋白的His17-Asp116对发挥催化功能,PSPG盒主要涉及结合UDPG,而LIUGT酶与辣椒素的结合方式与PaGT3相似;通过基因工程技术,实现了LlUGT3基因在大肠杆菌体内的异源表达。该研究为进一步深入研究LlUGT3酶蛋白的结构与功能奠定了基础。 展开更多
关键词 糖基转移酶 女贞叶 基因克隆 生物信息学分析 原核表达
下载PDF
半枝莲种素抗结直肠癌作用机制的生物信息学分析与实验验证
11
作者 齐少冲 王紫静 +1 位作者 邓昭敏 杨锦林 《成都医学院学报》 CAS 2024年第2期201-208,共8页
目的 结合生物信息学分析与体内、外实验探索半枝莲种素抗结直肠癌的作用及机制。方法 利用药物与疾病相关公共数据库分别获得半枝莲种素和结直肠癌的相关靶点,对二者交集靶点进行蛋白相互作用分析和功能富集分析以构建“药物-疾病”调... 目的 结合生物信息学分析与体内、外实验探索半枝莲种素抗结直肠癌的作用及机制。方法 利用药物与疾病相关公共数据库分别获得半枝莲种素和结直肠癌的相关靶点,对二者交集靶点进行蛋白相互作用分析和功能富集分析以构建“药物-疾病”调控网络;利用机器学习算法筛选核心基因,并进行分子对接验证;利用人结肠癌细胞系(HCT116)开展细胞实验,验证半枝莲种素体外抗结直肠癌的作用;利用裸鼠皮下瘤模型验证半枝莲种素体内抗结直肠癌作用并探索相关分子机制。结果 共获得246个半枝莲种素药物靶点和3 658个结直肠癌相关靶点,利用50个交集基因构建了蛋白相互作用网络和“药物-疾病”调控网络。通过机器学习算法筛选出5个半枝莲种素抗结直肠癌的核心靶点。分子对接结果显示,所有核心靶点与半枝莲种素间的结合能均低于-5 kcal/mol。细胞实验显示,半枝莲种素处理组HCT116细胞的增殖、迁移及侵袭能力较对照组更弱。动物实验显示,半枝莲种素处理组裸鼠的皮下异种移植瘤生长速度较对照组更慢,且肿瘤组织中MET和磷酸化AKT的表达水平更低(P<0.05)。结论 半枝莲种素可通过下调MET的表达,影响PI3K/AKT通路的磷酸化状态,从而发挥抗结直肠癌作用。 展开更多
关键词 结直肠癌 半枝莲种素 生物信息学分析 实验验证
下载PDF
类风湿关节炎活动期患者血浆外泌体miRNAs差异表达筛选与生物信息学分析及验证
12
作者 陆健 冯萍 +1 位作者 吴静 杨欢 《现代检验医学杂志》 CAS 2024年第2期62-67,共6页
目的筛选类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)活动期患者和健康体检者血浆外泌体(exosomes)中差异表达的微小核糖核酸(microRNAs,miRNAs),并进行生物信息学分析,以探讨血浆外泌体miRNAs在RA致病中的作用及其潜在临床应用价值。方法选... 目的筛选类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)活动期患者和健康体检者血浆外泌体(exosomes)中差异表达的微小核糖核酸(microRNAs,miRNAs),并进行生物信息学分析,以探讨血浆外泌体miRNAs在RA致病中的作用及其潜在临床应用价值。方法选取2023年01~04月就诊于苏州大学附属第二医院风湿免疫科的39例RA患者作为研究对象,同时选取39例健康体检者作为正常对照。利用Illumina高通量测序技术检测血浆外泌体中miRNAs的表达水平,以log2(Fold Change)绝对值>1和P值<0.05为条件获得差异表达的miRNAs。按照P值从小到大的顺序挑选6条miRNAs进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time fluorescence PCR,qRT-PCR)验证。结果与对照组相比,RA患者血浆外泌体中存在22条异常表达的miRNAs,4条上调,18条下调。其中,miR-30b-5p,miR-144-3p,miR-20a-5p,miR-223-5p,miR-425-3p和miR-589-5p的水平变化显著。GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达的miRNAs可能通过调节转化生长因子-β(TGF-β)和PI3K/AKT信号通路参与疾病进展,涉及Th17细胞分化、细胞间相互作用和蛋白磷酸化等生物学过程。qRT-PCR验证结果显示,与对照组相比,RA患者血浆外泌体miR-144-3p和miR-425-3p的表达水平明显降低,差异具有统计学意义(t=3.617,3.595,均P<0.001),而miR-30b-5p,miR-223-5p,miR-589-5p和miR-20a-5p的表达差异均无统计学意义(t=1.956,1.331,1.662,1.861,均P>0.05)。结论RA患者血浆外泌体的miRNAs表达谱发生改变,可能通过TGF-β等信号通路参与疾病进展,外泌体miR-144-3p和miR-425-3p是RA疾病诊断的潜在血清学标志物。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 外泌体 微小核糖核酸 生物信息学分析
下载PDF
甜菜小G蛋白BvRab基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
13
作者 付荻 刘赫 +1 位作者 于冰 李海英 《中国糖料》 2024年第1期1-12,共12页
【目的】在全基因组范围内鉴定甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员,为研究甜菜小G蛋白BvRab基因家族功能奠定基础。【方法】本研究利用生物信息学手段对甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员进行筛选鉴定并进行理化性质、基因结构、蛋白保守基序、... 【目的】在全基因组范围内鉴定甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员,为研究甜菜小G蛋白BvRab基因家族功能奠定基础。【方法】本研究利用生物信息学手段对甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员进行筛选鉴定并进行理化性质、基因结构、蛋白保守基序、系统进化、染色体定位及共线性、启动子顺式作用元件和蛋白质互作预测分析。【结果】共鉴定到58个甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员。同一类型中的不同基因具有较为一致的外显子和内含子结构,家族成员共有5个蛋白保守基序;甜菜小G蛋白BvRab基因家族包含8个亚家族;家族成员不均匀地分布在甜菜的9条染色体上;BvRab基因家族成员与番茄、拟南芥中的小G蛋白Rab基因家族亲缘关系较近,与水稻中的小G蛋白Rab基因家族亲缘关系较远;BvRab基因家族成员启动子中含有多个激素应答元件和逆境应答元件;BvRab蛋白与参与植物生长发育及逆境应答相关的多种转录因子相互作用。【结论】本研究鉴定出58个BvRab基因家族成员,该基因家族成员可能在植物生长发育及逆境应答方面发挥重要作用。 展开更多
关键词 甜菜 小G蛋白 Rab基因家族 生物信息学分析
下载PDF
巨桉GRF基因家族生物信息学分析及其在不同氮水平下的组织表达模式
14
作者 杨雪芮 陈少雄 +1 位作者 王建忠 何沙娥 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第3期62-72,共11页
【目的】从全基因组水平上鉴定巨桉生长调节因子(growth-regulating factor,GRF)基因家族成员,分析其在不同氮素水平下的组织表达模式,为巨桉GRF基因功能研究及氮高效利用桉树品种的培育奠定基础。【方法】在NCBI网站中选择巨桉基因组,... 【目的】从全基因组水平上鉴定巨桉生长调节因子(growth-regulating factor,GRF)基因家族成员,分析其在不同氮素水平下的组织表达模式,为巨桉GRF基因功能研究及氮高效利用桉树品种的培育奠定基础。【方法】在NCBI网站中选择巨桉基因组,用拟南芥和毛果杨的GRF蛋白序列与巨桉基因组数据库进行BLAST蛋白序列同源比对,并通过InterPro和SMART数据库进行保守结构域分析,获得巨桉GRF基因。利用在线网站Ex-pasy protparam、SignalP-5.0、WoLF PSORT和SOPMA,对巨桉GRF蛋白进行基本理化性质分析、信号肽预测、亚细胞定位及二级结构预测。利用MEGA7.0软件构建系统进化树,使用MEME在线平台分析EgrGRF蛋白的保守结构域和基序,用Plant CARE预测基因上游的顺式作用元件,并使用TBtools软件将结果可视化。以2年生巨桉苗为供试材料,浇灌氮素浓度分别为45(高氮)、15(常规氮)和1.5(低氮)mmol/L的营养液,4 d后取样,采用实时荧光定量PCR技术检测EgrGRF基因在3种氮素水平下的叶片、茎和根中的表达情况。【结果】鉴定得到6个巨桉GRF基因家族成员(EgrGRF1~EgrGRF6),分布于4条染色体上;6个EgrGRF蛋白的氨基酸数目为296~605个,分子质量为33415.86~64630.89 u,理论等电点为7.29~8.85,脂溶指数为39.93~64.79,均为亲水性蛋白;无规则卷曲和α-螺旋为主要二级结构元件,均定位于细胞核上,未检测到信号肽存在。系统进化树分析表明,巨桉、毛果杨和拟南芥的GRF家族成员可分为4组,各组中EgrGRF蛋白数量分别为0,3,1和2个,多数EgrGRF成员与毛果杨亲缘关系较近。基因结构及蛋白基序分析结果显示,巨桉GRF基因家族成员具有2~4个内含子;6个EgrGRF蛋白均具有CX_(9)CX_(10)CX_(2)H和QX_(3)LX_(2)Q保守基序。顺式作用元件分析表明,EgrGRF基因启动子区含有茉莉酸甲酯、脱落酸、分生组织表达及低温等响应元件。实时荧光定量PCR结果显示,EgrGRF2和EgrGRF6基因在低氮处理的巨桉叶片中优势表达,EgrGRF2、EgrGRF3、EgrGRF5和EgrGRF6基因在低氮处理根中的表达量较高氮和常规氮处理显著升高,EgrGRF4基因在常规氮处理茎中的表达量最高。【结论】鉴定获得6个巨桉GRF基因家族成员,其中EgrGRF4基因可能参与茎生长发育的调控,EgrGRF2、EgrGRF3、EgrGRF5和EgrGRF6基因可能参与了巨桉对低氮胁迫的响应。 展开更多
关键词 巨桉 GRF基因家族 生物信息学分析 基因表达 氮响应
下载PDF
柳杉毛虫JHBP家族基因鉴定及生物信息学分析
15
作者 叶淑婷 陈祯鸿 +3 位作者 赵真辉 何欢 林孝春 梁光红 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期95-104,共10页
研究我国林业重要食叶害虫——柳杉毛虫保幼激素结合蛋白(JHBP),对于揭示其生长发育、化蛹、摄食、交配生殖及抗药性等生命活动具有重要意义。参照模式昆虫家蚕的41条JHBP蛋白序列,构建系统进化树,并对这些基因所编码的蛋白质二级结构... 研究我国林业重要食叶害虫——柳杉毛虫保幼激素结合蛋白(JHBP),对于揭示其生长发育、化蛹、摄食、交配生殖及抗药性等生命活动具有重要意义。参照模式昆虫家蚕的41条JHBP蛋白序列,构建系统进化树,并对这些基因所编码的蛋白质二级结构、疏水性、蛋白质序列基序和三级结构等生物学特性进行分析,利用heatmap可视化工具分析柳杉毛虫JHBP在不同发育时期的表达水平。结果表明,柳杉毛虫JHBP基因共有JHBPa、JHBPc、JHBPd 3个亚家族,分别包含6、26、15个JHBP基因;蛋白序列至少含有1个JHBP结构域,且其中Dho05G001220蛋白序列不仅含有JHBP结构域,还含有Grp allergen结构域,各蛋白序列的疏水性区域呈明显的聚集分布,亲水性区域的聚集分布则不明显;JHBP基因在柳杉毛虫的低龄和中龄幼虫、蛹和成虫中显著表达,表明JHBP明显参与调控不同虫态的发育或变态过程。研究结果可为进一步明确柳杉毛虫JHBP基因家族的生物学功能提供参考。 展开更多
关键词 柳杉毛虫 基因家族 JHBP 生物信息学分析
下载PDF
油茶IDD基因家族鉴定与生物信息学分析
16
作者 陈健鑫 吴峰婧琳 +4 位作者 魏玉倩 杨娅琳 马焕成 杨红玉 伍建榕 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期247-258,共12页
油茶(Camellia oleifera)是山茶科(Theaceae)的一种特有的油料植物,具有重要的观赏价值和经济价值,随着油茶的集约化种植,病虫害大量发生,加之良种选育滞后,严重制约着油茶产业的发展。INDETERMINATE DOMAIN(IDD)家族是高等植物中一类... 油茶(Camellia oleifera)是山茶科(Theaceae)的一种特有的油料植物,具有重要的观赏价值和经济价值,随着油茶的集约化种植,病虫害大量发生,加之良种选育滞后,严重制约着油茶产业的发展。INDETERMINATE DOMAIN(IDD)家族是高等植物中一类保守的转录因子,通过介导植物内源激素进而调控植物的基础免疫反应。为鉴定油茶中IDD基因家族成员,本研究以油茶全基因组信息为参考,通过IDD基因家族保守结构域鉴定了29个油茶CoIDD基因家族成员,进一步明确了各基因的结构、理化性质、系统进化关系、亚细胞定位。通过RT-PCR克隆到1个与AtIDD4/5/6同源的CoIDD4基因,明确了其理化性质、表达模式及核定位信号,同时分析了其启动区顺式作用元件的类型。研究结果表明,29个CoIDD基因家族成员分为4个亚组,平均亲水系数均小于0,属于亲水性蛋白,且亚细胞定位均位于细胞核内;克隆到CoIDD4基因的全长ORF框包含1620bp碱基,编码539个氨基酸,主要在叶片和花器官中表达;该基因启动子区顺式作用元件主要是参与光响应和植物激素响应元件两大种类。综上所述,本研究在油茶中鉴定了29个IDD基因家族成员,其中CoIDD4基因与AtIDD4/5/6亲缘关系较近,推测其可能参与油茶激素信号转导和基础免疫反应调节等进程,为油茶IDD转录因子功能解析提供理论基础,也为油茶的抗性优良品种选育及分子育种提供参考依据。 展开更多
关键词 油茶 IDD基因家族 生物信息学分析 植物激素 抗性调控
下载PDF
通过生物信息学分析肾移植后慢性排斥反应差异表达基因
17
作者 靳帅 余一凡 +2 位作者 宋佳华 李涛 王毅 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第2期120-128,共9页
目的:通过利用生物信息学技术分析肾移植后慢性排斥反应的差异表达基因,可以筛选出与该疾病发展相关的潜在致病靶点,为寻找新的治疗靶点提供了理论依据。方法:从基因表达谱综合数据库下载基因微阵列数据,并进行交叉计算以确定差异表达基... 目的:通过利用生物信息学技术分析肾移植后慢性排斥反应的差异表达基因,可以筛选出与该疾病发展相关的潜在致病靶点,为寻找新的治疗靶点提供了理论依据。方法:从基因表达谱综合数据库下载基因微阵列数据,并进行交叉计算以确定差异表达基因(DEGs)。将DEGs与基因本体(GO)分析是用来研究基因在不同条件下的表达差异以及其功能和相互关系的方法,而京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析则是用来探索基因在特定生物过程中的功能和通路的工具。通过对免疫细胞浸润的分布进行计算,可以将排斥组的免疫浸润结果作为性状,在加权基因共表达网络分析(WGCNA)中进行分析,以获得与排斥相关的基因。然后,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),以识别枢纽基因标记。结果:从3个数据集(GSE7392、GSE181757、GSE222889)共获得60个整合后的DEGs。通过GO及KEGG分析,GEDs主要集中在免疫应答的调节、防御反应、免疫系统过程的调节、刺激反应等。通路主要富集在抗原处理和呈递、EB病毒感染、移植物抗宿主、同种异体移植排斥、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等。再利用WGCNA和PPI网络筛选后,HLA-A、HLA-B、HLA-F、TYROBP被鉴定为枢纽基因(Hub基因)。选择带有临床信息的数据GSE21374构建4个枢纽基因的诊断效能及风险预测模型图,结果认为4个Hub基因均具有良好诊断价值(曲线下面积在0.794-0.819)。从推理上可以得出结论,HLA-A、HLA-B、HLA-F和TYROBP这4种基因可能在肾移植后慢性排斥反应的发生和进展中具有重要作用。结论:DEGs在研究肾移植后慢性排斥反应的发病机制中起到重要作用,可以通过富集分析和枢纽基因筛选,以及相关诊断效能和疾病风险预测的推断分析,为进一步研究肾移植后慢性排斥反应的发病机制和发现新的治疗靶点提供理论支持。 展开更多
关键词 肾脏疾病 肾移植 慢性排斥反应 生物信息学分析 GEO数据库 Hub基因
下载PDF
动脉粥样硬化中差异表达铁死亡相关基因的鉴定:生物信息学分析
18
作者 邹志毅 彭垒 +1 位作者 王昆 王士忠 《临床医学进展》 2024年第4期1514-1528,共15页
目的:铁死亡在动脉粥样硬化的发生和发展中起着至关重要的作用。本研究旨在已有研究的基础上,通过生物信息学分析进一步筛选鉴定与动脉粥样硬化中铁死亡相关的差异表达基因。材料方法:首先,mRNA表达谱数据集GSE100927从基因表达综合数... 目的:铁死亡在动脉粥样硬化的发生和发展中起着至关重要的作用。本研究旨在已有研究的基础上,通过生物信息学分析进一步筛选鉴定与动脉粥样硬化中铁死亡相关的差异表达基因。材料方法:首先,mRNA表达谱数据集GSE100927从基因表达综合数据库中筛选,并使用R软件(4.0.0版)分析与动脉粥样硬化和铁死亡相关的潜在差异表达基因。随后,对选定的候选基因进行蛋白质–蛋白质相互作用分析、基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析等研究,最终构建受试者工作曲线,来预测其功能。结果:我们通过差异性分析确定了23个可能的与动脉粥样硬化铁死亡相关的潜在靶点。进一步通过基因本体富集分析发现这些候选基因的功能可能主要与氧化应激有关。蛋白质–蛋白质相互作用网络展示出绝大多数候选靶点存在密切的相互作用。最终我们再次从23个候选的潜在靶点中筛选了2个基因作为关键基因,即HMOX1和NOX4。结论:生物信息学分析鉴定了23个潜在的动脉粥样硬化铁死亡相关差异表达基因,而HMOX1和NOX4这2个基因可能作为关键基因在动脉粥样硬化过程中发挥更关键的作用。本研究结果可能有助于进一步了解动脉粥样硬化的发病机制,并为进一步指导临床治疗提供重要依据。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 铁死亡 NOX4 生物信息学分析 氧化应激
下载PDF
大豆GmHSF21基因的生物信息学分析
19
作者 宋勇泽 刘汝翠 +5 位作者 朱永胜 李月 姜妍 佟晓红 王绍东 王遂 《大豆科技》 2024年第1期13-20,58,共9页
植物热激转录因子(Heat shock transcription factor,HSFs)在参与高温、干旱及盐碱等逆境胁迫方面发挥重要作用。为探究大豆GmHSF21基因在盐胁迫应答中的作用,文章以大豆品种中黄13前期盐胁迫处理下的转录组差异基因数据为研究对象,对大... 植物热激转录因子(Heat shock transcription factor,HSFs)在参与高温、干旱及盐碱等逆境胁迫方面发挥重要作用。为探究大豆GmHSF21基因在盐胁迫应答中的作用,文章以大豆品种中黄13前期盐胁迫处理下的转录组差异基因数据为研究对象,对大豆HSF基因家族中的候选基因GmHSF21进行生物信息学分析。结果表明,GmHSF21属大豆HSF基因家族中的A亚族,共编码341个氨基酸,其编码区存在4处多态性位点,具有保守的HSF和HSF DNA-binding基序。系统发育分析表明,AT3G22830与GmHSF21亲缘关系近。顺式作用原件分析表明该基因启动子区具有响应多种生物及非生物胁迫的作用元件。荧光定量PCR结果显示该基因在盐胁迫条件下表达量上调,与转录组结果基本一致。 展开更多
关键词 大豆 HSF家族 盐胁迫 生物信息学分析
下载PDF
GPR176 mRNA与胃癌预后及免疫治疗反应关系的生物信息学分析
20
作者 朱怡臻 王迎 汤有才 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2024年第2期181-186,共6页
目的:基于生物信息学技术探讨G蛋白偶联受体176(GPR176)在胃癌中的表达水平,挖掘其预测胃癌预后和免疫检查点阻断剂应答的潜力。方法:利用R软件比较TCGA-STAD和GEO数据集中胃癌组织和正常胃组织中GPR176 mRNA的表达,调取Human Protein A... 目的:基于生物信息学技术探讨G蛋白偶联受体176(GPR176)在胃癌中的表达水平,挖掘其预测胃癌预后和免疫检查点阻断剂应答的潜力。方法:利用R软件比较TCGA-STAD和GEO数据集中胃癌组织和正常胃组织中GPR176 mRNA的表达,调取Human Protein Atlas中免疫组化图谱,比较胃癌组织和正常胃组织中GPR176蛋白的表达。利用TCGA-STAD数据集分析不同临床特征胃癌患者GPR176 mRNA表达的差异。利用TCGA-STAD和GEO数据集分析GPR176 mRNA表达水平预测胃癌预后及免疫检查点阻断剂应答的价值。结果:与正常胃组织比较,胃癌组织中GPR176 mRNA和蛋白表达水平均上调,且与胃癌患者的不良临床特征有关。GPR176 mRNA高表达患者总生存期短于低表达者;ROC曲线分析表明,GPR176 mRNA对胃癌1、3、5 a生存率具有较高的预测价值。GPR176 mRNA高表达患者免疫细胞(未激活NK细胞和M2巨噬细胞)的浸润丰度高,免疫表型评分低。结论:GPR176在胃癌组织中高表达,可作为潜在的预测胃癌预后和免疫检查点阻断剂应答的新型分子标志物。 展开更多
关键词 G蛋白偶联受体176 胃癌 预后 免疫检查点阻断剂 生物信息学分析
下载PDF
上一页 1 2 201 下一页 到第
使用帮助 返回顶部