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基于机器学习算法和生物信息学技术构建的肺癌与肺结核鉴别诊断模型及其初步评价 被引量：2
1
作者 夏文俊 于斐 +6 位作者 胡鹏远 张晓旭 张燕 包亮亮 毛宏凯 玛依沙·达肯 曹明芹 《山东医药》 CAS 2023年第5期11-14,共4页
目的采用机器学习算法结合生物信息学构建肺癌与肺结核鉴别诊断模型,并对其诊断准确度进行初步评价。方法通过GEO数据库筛选并下载肺癌与肺结核数据集GSE42834,运用R软件的limma包筛选肺癌与肺结核差异表达基因(DEGs),对筛选出的DEGs进... 目的采用机器学习算法结合生物信息学构建肺癌与肺结核鉴别诊断模型,并对其诊断准确度进行初步评价。方法通过GEO数据库筛选并下载肺癌与肺结核数据集GSE42834,运用R软件的limma包筛选肺癌与肺结核差异表达基因(DEGs),对筛选出的DEGs进行GO生物过程和KEGG作用通路分析。使用STRING工具和Cytscape软件构建蛋白质相互作用网络(PPI),筛选肺癌与肺结核核心DEGs并使用t检验验证;将筛选出的核心DEGs输入R软件caret包,使用留一交叉验证法(LOOCV)结合8种机器学习算法构建肺癌与肺结核的鉴别诊断模型,包括支持向量机(SVM)、自适应提升算法(Ada Boost)、C5.0决策树(C5.0)、随机森林(RF)、朴素贝叶斯(NB)、神经网络(NN)、线性判别分析(LDA)及逻辑回归(LR)模型,筛选模型的最优参数。使用Bootstrap法对模型进行内部验证,采用准确率、Kappa值、敏感度及特异度初步评价鉴别诊断模型的诊断准确度。结果GSE42834数据集中共筛选出325个DEGs,其中上调基因205个,下调基因120个。GO生物过程分析结果显示,肺癌与肺结核DEGs主要富集的生物过程为对病毒的反应、对病毒的防御反应、干扰素γ反应等;KEGG作用通路分析结果显示,肺癌与肺结核DEGs主要富集的作用通路为甲型流感、EB病毒感染、抗原处理和呈递等。PPI网络显示,具有最高连通性的前10个核心DEGs分别为STAT1、CXCL10、MX1、ISG15、IFIH1、OASL、IFIT3、GBP1、IFI44和IFIT1,经验证10个核心DEGs在肺癌患者中的表达水平均低于肺结核患者(P均<0.05)。8种肺癌与肺结核鉴别诊断模型的最优参数分别为SVM(Sigma=0.157,C=0.25)、Ada Boost(nIter=50,method=Real adaboost)、C5.0(trials=10,model=rules,winnow=TRUE)、RF(mtry=2)、NB(laplace=0,usekernel=FALSE,adjust=1)、NN(size=1,decay=0.1)、LDA(dimen=1)、LR(NA);内部验证结果显示,所有鉴别诊断模型准确率、Kappa值、灵敏度及特异度均较高,其中Ada Boost、RF、NN和LR准确率为1.000。结论通过机器学习算法结合生物信息学方法建立了8个肺癌与肺结核早期鉴别诊断模型,其中Ada-Boost、RF、NN和LR准确性较高,具有良好的鉴别诊断能力。 展开更多
关键词 诊断模型 肺癌 肺结核 机器学习算法 生物信息学技术
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基于生物信息学技术的中药治疗代谢相关脂肪性肝病的用药规律及其机制研究
2
作者 张云坤 姚蓉 +4 位作者 李林 李文莉 李长青 潘宇 李顺祥 《Digital Chinese Medicine》 CAS CSCD 2023年第3期257-271,共15页
目的分析中药治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要证型、用药规律和核心处方特征,预测核心药方抗MAFLD作用机理,为中医药临床应用及新药研发提供参考。方法检索中国知网、维普、万方数据库自建库至2022年7月关于中医药治疗MAFLD的期刊... 目的分析中药治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要证型、用药规律和核心处方特征,预测核心药方抗MAFLD作用机理,为中医药临床应用及新药研发提供参考。方法检索中国知网、维普、万方数据库自建库至2022年7月关于中医药治疗MAFLD的期刊文献;运用Excel 2019及中医传承计算平台(V3.0)对有效处方进行频数分析、关联规则分析及聚类分析,通过网络药理学方法预测核心药方抗MAFLD关键成分、靶点及作用通路;最后,通过分子对接技术对关键成分与核心靶点进行反向验证。结果共筛选出文献218篇,涉及方剂352首,中药270味,药物使用总频次3901次,共收集病例10915例,其中男性患病率更高;中医证型主要包括痰瘀互结证、肝郁脾虚证和肝胆湿热证,其中山楂、丹参、茯苓、泽泻、柴胡和白术使用频次最高;四气以寒、温为主;五味以苦、甘为主;主要归脾、肝经;功效以健脾补虚、利水渗湿、活血化瘀和清热为主。关联规则运算得到核心药对及组合20个,聚类分析获得核心药方3组。网络药理学研究表明,核心药方“山楂-丹参-泽泻-柴胡-茯苓”治疗MAFLD主要成分为槲皮素、芹菜素、葛根素、木犀草素、熊果酸、山柰酚、丹参酮IIA、大黄素、丹皮酚等,涉及丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、肿瘤蛋白p53基因(TP53)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)等关键靶点;分子对接实验显示其可能通过调节脂质与动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)等信号通路相关靶点发挥作用。结论中医治疗MAFLD的原则以“疏肝健脾、化痰祛湿、清热利湿、活血化瘀”为主,核心药方可能通过多成分、多靶点、多条信号通路介导产生抗MAFLD效应。本研究为中医药治疗MAFLD临床用药提供了理论依据,为进一步挖掘抗MAFLD新药提供了参考。 展开更多
关键词 代谢相关脂肪性肝病 生物信息学技术 用药规律 核心组方 作用机理
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生物信息学技术与新基因的研究 被引量：45
3
作者 成军 刘妍 +2 位作者 陆荫英 李克 王琳 《世界华人消化杂志》 CAS 2003年第4期474-477,共4页
0引言 新基因的克隆化无异是生物医学领域创新知识源泉的重要组成部分.这一任务,不仅是人类基因组计划(HGP)的核心内容,同时也是后基因组计划(post-HGP)的重要内容.
关键词 生物信息学技术 克隆化 氨基酸残基序列 蛋白质 基因序列 同源性比对 转录因子 细胞凋亡 新基因
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中药资源研究常用生物信息学技术 被引量：5
4
作者 谢腾 王升 +1 位作者 马炯 郭兰萍 《中国现代中药》 CAS 2012年第8期21-29,共9页
生物信息学的兴起和快速发展在全球取得的巨大进展和成就,为中药资源研究提供了新的研究方法技术和思路,并且极大地推动了中药资源的研究和产业发展。综述中药资源研究常用的生物信息学技术,以期为中药资源研究提供基础信息和方法。
关键词 中药资源 生物信息学技术 综述
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在医学检验专业讲授生物信息学技术的几点思考 被引量：2
5
作者 黄海 张小蕾 +1 位作者 黄韵祝 王良宏 《中国实验诊断学》 2008年第7期940-941,共2页
关键词 生物信息学技术 医学检验专业 人类基因组计划 讲授 新兴学科 生物医学 生命科学 医学发展
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生物信息学技术预警番泻叶用于乳腺癌便秘患者的用药风险 被引量：3
6
作者 毛秋月 林志健 +2 位作者 王雨 张冰 萨翼 《中国药物警戒》 2021年第1期30-37,共8页
目的基于生物信息学技术,探讨番泻叶对于乳腺癌便秘患者的可能作用机制及潜在不良反应,预警相关用药风险,为临床合理用药研究提供参考。方法采用生物信息学技术,从高通量基因表达数据库中下载基因表达谱数据芯片GSE85871,筛选番泻叶泻... 目的基于生物信息学技术,探讨番泻叶对于乳腺癌便秘患者的可能作用机制及潜在不良反应,预警相关用药风险,为临床合理用药研究提供参考。方法采用生物信息学技术,从高通量基因表达数据库中下载基因表达谱数据芯片GSE85871,筛选番泻叶泻下主要成分番泻苷A干预人乳腺癌细胞MCF7后的差异表达基因,并对其进行基因本体论数据库功能注释、京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析、蛋白网络互作分析。结果番泻叶应用于乳腺癌便秘患者时可能导致结肠黑变病,伴随中枢性食欲减弱及细胞间信息传递、糖代谢、炎症反应、心肌收缩和情绪异常,可能影响乳腺癌的发生与发展。结论应用番泻叶时应密切关注该类患者的消化、神经、免疫、心血管系统及糖代谢相关机体状态,并在使用过程中持续关注患者原患疾病乳腺癌的发展情况。 展开更多
关键词 番泻叶 番泻苷A MCF7 风险预警 生物信息学技术
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基于流式细胞术和生物信息学技术的AML患者骨髓细胞代谢分析研究 被引量：1
7
作者 王浩雨 付伟超 +1 位作者 于文颖 梁昊岳 《医疗卫生装备》 CAS 2021年第12期53-59,共7页
目的:探讨急性髓细胞白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者骨髓细胞中的细胞类型分布和代谢情况,从代谢相关基因的表达水平角度对AML患者和健康者骨髓细胞的代谢特征进行对比分析。方法:使用流式细胞分析仪对AML患者的骨髓进行流式... 目的:探讨急性髓细胞白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者骨髓细胞中的细胞类型分布和代谢情况,从代谢相关基因的表达水平角度对AML患者和健康者骨髓细胞的代谢特征进行对比分析。方法:使用流式细胞分析仪对AML患者的骨髓进行流式细胞分析,从美国国立生物技术信息中心数据库获取健康者和AML患者骨髓细胞的表达谱数据,应用t-分布邻域嵌入(t-distributed stochastic neighbor embedding,t-SNE)算法、统一流形逼近与投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)算法和基于快速傅里叶变换加速插值的t-SNE(about fast Fourier transform-accelerated interpolation-based t-SNE,Flt-SNE)算法3种生物信息学方法对流式数据进行降维分析,并使用SeqGeq^(TM)测序软件分析代谢相关基因的表达情况。结果:t-SNE算法、UMAP算法和Flt-SNE算法可将AML患者的骨髓细胞分为淋巴细胞、单核细胞、粒细胞和AML细胞4个类群。与健康者相比,AML患者的醛缩酶B(ALDOB)、异柠檬酸脱氢酶(IDH)、苹果酸脱氢酶2(MDH2)和琥珀酸脱氢酶B(SDHB)等糖代谢相关基因的表达水平偏高,脂代谢相关基因脂蛋白脂肪酶(LPL)、髓过氧化物酶(MPO)和视黄酸受体α(RARA)的表达水平明显偏低,肿瘤相关基因RET的表达水平偏高。结论:流式细胞术结合生物信息学技术可以很好地识别AML患者骨髓细胞的类群,揭示AML患者和健康者骨髓细胞的代谢相关基因表达水平的差异,为探索AML发病机制和研发以代谢为靶点的相关药物奠定基础。 展开更多
关键词 流式细胞术 生物信息学技术 急性髓细胞白血病 骨髓细胞代谢 基因表达
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生物信息学技术在病原生物学中的应用分析
8
作者 员建武 《热带农业工程》 2020年第5期25-27,共3页
从生物信息学技术以及病原生物学的角度出发,对生物信息学技术在病原生物学中的详细应用进行介绍,从教学层面提出生物信息学技术在病原生物学中的应用对策,以期为有关部门、人员提供可靠参考。
关键词 生物信息学技术 病原生物学 疫苗研发 致病机制
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基于肺腺癌组织中可变剪接数据构建剪接因子-可变剪接调控网络的生物信息学分析
9
作者 唐吴月 李硕杰 庞丽娟 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期139-149,共11页
目的:利用生物信息学方法筛选与肺腺癌(LUAD)患者生存相关的可变剪接(AS)事件,构建剪接因子(SF)-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。方法:由癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶... 目的:利用生物信息学方法筛选与肺腺癌(LUAD)患者生存相关的可变剪接(AS)事件,构建剪接因子(SF)-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。方法:由癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶点(SpliceAid2)数据库中下载LUAD患者AS数据。对LUAD患者生存相关AS事件进行单因素Cox回归分析。采用LASSO回归分析和多因素Cox回归分析构建LUAD患者预后风险模型,基于该模型计算每种AS事件的风险评分,采用Kaplan-Meier(K-M)生存分析和受试者工作特征曲线(ROC)评价模型的可靠性。通过Cox回归分析风险模型、临床参数与LUAD患者独立预后的关系。采用Pearson检验对SF和与预后相关的AS事件进行相关性分析,并通过Cytoscape软件构建SF-AS互作网络。结果:筛选获取与生存相关的AS事件43948个,共7种类型,主要以外显子活跃(ES)事件和可变终止子(AT)事件为主。构建AS事件预后风险模型,基于该模型风险评分将LUAD患者分为高风险组和低风险组,K-M生存分析,高风险组LUAD患者总生存(OS)率较低风险组低(P<0.05)。ROC曲线分析,LUAD患者预后风险模型预测性良好,曲线下面积(AUC)为0.824。SF-AS调控网络,12个与预后相关SFs正向或负向调节AS事件,可预测LUAD患者的不良预后。结论:筛选了与LUAD患者预后相关的AS事件和上游的调控因子SF,构建了SF-AS网络,为进一步研究AS事件与LUAD患者预后的相关性提供理论依据。 展开更多
关键词 生物信息学技术 肺腺癌 可变剪接 剪接因子 癌症基因组图谱数据库
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生物信息学技术对寄生虫的影响 被引量：1
10
作者 沈雅婧 柳建发 《地方病通报》 2009年第2期66-68,71,共4页
关键词 生物信息学技术 寄生虫 综述
原文传递
OBE理念下基因组学与生物信息学分析技术教学改革探索 被引量：4
11
作者 秦加阳 王秀文 +2 位作者 姚庆收 张小华 赛思翔 《基础医学教育》 2021年第3期155-157,共3页
基因组学与生物信息学分析技术是一门多学科交叉的工具类课程,致力于培养学生获取、分析和利用生物信息数据的能力。文章将成果导向型教学(OBE)理念应用在基础医学专业基因组学与生物信息学分析技术课程教学改革中,在OBE理念指导下进行... 基因组学与生物信息学分析技术是一门多学科交叉的工具类课程,致力于培养学生获取、分析和利用生物信息数据的能力。文章将成果导向型教学(OBE)理念应用在基础医学专业基因组学与生物信息学分析技术课程教学改革中,在OBE理念指导下进行了课程的重新设计和实施,并对教学改革的实施效果进行了调研。 展开更多
关键词 基因组学与生物信息学分析技术 教学改革 成果导向教育
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基于生物信息学技术探讨灯盏乙素作用的分子机制
12
作者 张梦 李想 刘根 《热带医学杂志》 CAS 2021年第4期443-447,I0001,共6页
目的探讨灯盏乙素治疗心脑血管疾病以及抗病毒的分子机制。方法利用Pharm Mapper数据库计算灯盏乙素在人体内的作用靶点;以R语言为工具,使用基因本体论数据库(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)探讨灯盏乙素的作用通路;通过String数据... 目的探讨灯盏乙素治疗心脑血管疾病以及抗病毒的分子机制。方法利用Pharm Mapper数据库计算灯盏乙素在人体内的作用靶点;以R语言为工具,使用基因本体论数据库(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)探讨灯盏乙素的作用通路;通过String数据库预测蛋白与蛋白之间的作用关系;通过Cytoscape软件(3.7.2)将灯盏乙素-靶点以及靶点-靶点之间的相互作用关系可视化,使用分子对接的方法明确灯盏乙素与其核心靶点AKT1结合的关键氨基酸。结果通过生物信息学分析发现灯盏乙素在体内的作用靶点有300个,其主要是通过丝氨酸/苏氨酸激酶(PI3K/Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路、Ras信号通路、叉头转录因子(FoxO)通路发挥作用;进一步分析得到了27个关键靶点,主要包括AKT1、SRC、PTPN11、HSP90AA1、ESR1、RHOA等;分子对接结果显示灯盏乙素与其核心靶点AKT1结合的关键氨基酸分别是295位亮氨酸(LEU295),293位苯丙氨酸(PHE293),279位天冬酰胺(ASN279)。结论AKT1是灯盏乙素作用的核心靶点,其相互作用的关键氨基酸有潜力作为药物设计的靶点。 展开更多
关键词 灯盏乙素 心脑血管疾病 生物信息学技术
原文传递
卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药和化疗敏感组织中的miRNAs差异表达谱检测及生物信息学分析 被引量：6
13
作者 曾勇 李娜 +3 位作者 王福花 柳晓肃 郭勇峰 魏丽军 《现代肿瘤医学》 CAS 2017年第12期1870-1875,共6页
目的:寻找卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药及化疗敏感组织中microRNA的差异表达,为研究上皮性卵巢癌化疗耐药产生的分子机制及逆转其化疗耐药提供理论基础和依据。方法:首先,应用microRNA表达谱基因芯片寻找卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药及化疗敏... 目的:寻找卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药及化疗敏感组织中microRNA的差异表达,为研究上皮性卵巢癌化疗耐药产生的分子机制及逆转其化疗耐药提供理论基础和依据。方法:首先,应用microRNA表达谱基因芯片寻找卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药及化疗敏感组织中差异表达的microRNAs;其次,选取部分差异表达的microRNAs应用RT-PCR实验检测技术在扩大的组织样本中进行验证;最后,运用生物信息学技术对符合要求的microRNAs进行相关生物信息学分析。结果:在microRNA表达谱基因芯片中筛选出与卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药相关的miR-27a-3p、miR-141-3p、miR-200b-3p等17个表达上调的miRNAs和miR-93-3p、miR-497-5p、miR-675-3p等15个表达下调的miRNAs。上调miRNAs预测的靶基因GO(BP模块)分析结果显示凋亡信号通路、Notch信号通路和凋亡过程,KEGG Pathway分析结果显示Wnt信号通路、PI3K-Akt信号通路和Erb B信号通路可能与化疗耐药存在相关性。下调miRNAs预测的靶基因GO(BP模块)分析结果显示负调控凋亡过程、Wnt信号通路生物学过程,KEGG Pathway分析结果显示PI3K-Akt信号通路、细胞循环可能与化疗耐药存在相关性。结论:MicroRNA表达谱基因芯片及生物信息学技术能为研究上皮性卵巢癌化疗耐药产生机制提供新的思路。miR-27a-3p、miR-141-3p、miR-200b-3p、miR-93-3p、miR-497-5p、miR-675-3p可能分别通过调控靶基因PRKCB、MAP2K4、PAK2、PRKAA1、CCNE1、IGF1R参与卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药。 展开更多
关键词 microRNA表达谱基因芯片 上皮性卵巢癌 化疗耐药 生物信息学技术
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HLA-G基因转录因子的生物信息学分析 被引量：2
14
作者 廖贵益 钟金彪 +1 位作者 赵飞 丁汉东 《山东医药》 CAS 北大核心 2016年第30期37-39,共3页
目的分析人白细胞抗原-G(HLA-G)基因的转录调控因子。方法利用生物信息学技术,从UCSC基因组数据库获取HLA-G基因的启动子区序列,登陆JASPAR数据库,在线预测HLA-G基因的转录调控因子,将得分阈值设定为≥95%并对涉及的转录因子进行分析。... 目的分析人白细胞抗原-G(HLA-G)基因的转录调控因子。方法利用生物信息学技术,从UCSC基因组数据库获取HLA-G基因的启动子区序列,登陆JASPAR数据库,在线预测HLA-G基因的转录调控因子,将得分阈值设定为≥95%并对涉及的转录因子进行分析。结果成功获得了长度为2 kb的HLA-G基因启动子区序列。该启动子区涉及11个家族22种转录因子,其中8个转录因子家族的生物学功能涉及胚胎发育,4个转录因子家族的生物学功能涉及免疫阻遏、免疫耐受。结论 HLA-G基因的表达调控是多种转录因子作用的复杂网络过程。HLA-G转录因子在调控胚胎发育、诱导免疫耐受等过程中具有重要作用。 展开更多
关键词 白细胞抗原-G 启动子 转录因子 生物信息学技术
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生物信息学分析CysC特异性肽段及质谱验证 被引量：1
15
作者 沈蕾 王惠民 +2 位作者 季伙燕 沈培 王建新 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2017年第6期444-447,共4页
目的用生物信息学技术分析半胱氨酸蛋白酶抑制剂C(Cys C)的特异性肽段及其性质,并用质谱技术验证预测结果。方法用在线软件工具分析胰蛋白酶水解Cys C产生的肽段和同源性,预测特异性肽段质谱扫描离子化碎片信息;对人工合成的特异性多肽... 目的用生物信息学技术分析半胱氨酸蛋白酶抑制剂C(Cys C)的特异性肽段及其性质,并用质谱技术验证预测结果。方法用在线软件工具分析胰蛋白酶水解Cys C产生的肽段和同源性,预测特异性肽段质谱扫描离子化碎片信息;对人工合成的特异性多肽样品进行母离子扫描和子离子扫描,人重组Cys C和血清样品经胰蛋白酶水解后分析质谱,比较分析结果与预测结果。结果选择T3(ALDFAVGEYNK)肽段作为Cys C的特异性肽段,用串联质谱对T3样品[M+2H]^(2+)进行子离子扫描,几乎可发现Skyline软件预测的所有b离子和y离子。人重组Cys C和血清样品经胰蛋白酶水解出的肽段与T3*在同一时间出峰。结论用生物信息学技术快速准确地筛选出了Cys C特异性肽段并准确预测该肽段质谱扫描离子化碎片。 展开更多
关键词 半胱氨酸蛋白酶抑制剂C 生物信息学技术 特异性肽段 质谱
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幽门螺杆菌oipA基因的克隆及其生物信息学分析
16
作者 陈阳 李健峰 +3 位作者 姬秋彦 闫玲梅 龙海亭 徐维明 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2005年第7期867-870,共4页
目的:克隆幽门螺杆菌(Helicobacterprlori,Hpylori)前炎症外膜蛋白基因oipA,并对其进行生物信息学分析.方法:利用GenBank已公布序列设计引物,用PCK进行扩增后,酶切,连入载体pGEX-5X-1,并进行序列测定.用数据库Blast,NCBICDD,Swiss—mode... 目的:克隆幽门螺杆菌(Helicobacterprlori,Hpylori)前炎症外膜蛋白基因oipA,并对其进行生物信息学分析.方法:利用GenBank已公布序列设计引物,用PCK进行扩增后,酶切,连入载体pGEX-5X-1,并进行序列测定.用数据库Blast,NCBICDD,Swiss—model,Propred以及生物学软件Omigav2.0和Antheprotv5.0分析其生物学特性.结果:克隆片段与GenBank公布序列完全一致.经Blast比对未发现与oipA同源的其他种属基因,通过NCBICDD未找到已知保守区域和oipA编码氨基酸序列相关.应用Omigav2.0,Antheprotv5.0软件预测显示该蛋白具有良好的疏水性和抗原性,将该分析结果和Propred结果比对得到预测的抗原表位.结论:应用生物信息学技术,对幽门螺杆菌基因oipA进行分析,将为Hpylori与相关致病发生机制研究,Hpy-lori疫苗的开发等工作奠定一定基础. 展开更多
关键词 生物信息学分析 幽门螺杆菌 克隆 HPYLORI A基因 生物信息学技术 OIPA 外膜蛋白基因 NCBI 生物学特性 设计引物 序列测定 序列相关 抗原表位 分析结果 机制研究 CDD PCR 数据库 未发现 氨基酸 抗原性 疏水性 软件 预测
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基于生物信息学挖掘糖尿病心肌病表达谱芯片 被引量：1
17
作者 石磊 李万鹏 +5 位作者 安军钰 刘怡 吴鹏 吴文宇 曹云山 黄晏 《中国医药导报》 CAS 2019年第24期19-23,共5页
目的基于生物信息学技术挖掘糖尿病心肌病(DC)相关差异表达基因及其功能。方法应用生物信息学方法分析基因表达谱数据集GSE4547。结果挖掘原始芯片数据,筛选到79个差异表达基因。基于基因本体论功能注释和相关通路分析,以及通过构建差... 目的基于生物信息学技术挖掘糖尿病心肌病(DC)相关差异表达基因及其功能。方法应用生物信息学方法分析基因表达谱数据集GSE4547。结果挖掘原始芯片数据,筛选到79个差异表达基因。基于基因本体论功能注释和相关通路分析,以及通过构建差异共表达基因蛋白质互作网络及模块分析后,最终获得Hk2、Col1a2、Col1a1、Col3a1、Slc2a1、Cpt1a、Slc2a4、Cd36、Ucp3、Pdk4 10个关键基因为链脲佐菌素诱导DC的关键基因。结论最终获得的10个关键基因可能成为未来治疗糖尿病心肌病的潜在治疗靶点,为今后探究与DC相关基因和信号通路的功能变化提供新的视角和导向。 展开更多
关键词 糖尿病心肌病 GEO数据库 差异表达基因 基因芯片 生物信息学技术
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基于生物信息学分析硬皮病的发病机制 被引量：1
18
作者 郭嘉 卞华 +2 位作者 陈爽 单雨 卞博 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期776-782,共7页
目的通过生物信息学技术探讨硬皮病发病的相关分子机制。方法通过基因表达图谱数据库获取GSE117928芯片数据。使用R软件,|logFC|>1,调整P<0.05为过滤条件,筛选出硬皮病差异基因,然后将差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI... 目的通过生物信息学技术探讨硬皮病发病的相关分子机制。方法通过基因表达图谱数据库获取GSE117928芯片数据。使用R软件,|logFC|>1,调整P<0.05为过滤条件,筛选出硬皮病差异基因,然后将差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析及基因本体(GO)功能富集分析。GSE117928芯片数据进行基因集富集分析(GSEA)通路分析和免疫细胞浸润分析,获取富集通路和免疫细胞相对含量。结果获得硬皮病差异基因722个,其中上调基因298个,下调基因424个;核心靶点包括RPS27A、BTRC、FBXO32、ZBTB16、FBXO21、VHL、ATG7、CBLB、ANAPC1、COMMD9、CSNK1E、RPS8、MPHOSPH10、KRR1、RPL5。GO富集生物功能包括中性粒细胞活化参与免疫反应、嗜中性粒细胞脱颗粒、髓系细胞分化、对脂多糖反应、积极调节防御反应等。GSEA富集通路中硬皮病组排名前五位通路包括氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体、谷胱甘肽代谢、糖酵解糖异生和半乳糖代谢通路;正常对照组排名前五位通路为自然杀伤细胞介质细胞毒性、剪接体、泛素介导的蛋白水解、小细胞肺癌、T细胞受体信号通路。免疫浸润结果显示正常对照组CD8+T细胞、幼稚CD4+T细胞相对含量明显增加,而硬皮病组单核细胞相对含量明显增加。结论硬皮病的发病机制可能是通过调节RPS27A、BTRC、FBXO32、ZBTB16、FBXO21、VHL、ATG7、CBLB、ANAPC1等基因,参与中性粒细胞活化参与免疫反应、嗜中性粒细胞脱颗粒等生物过程,上调氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体、谷胱甘肽代谢、糖酵解糖异生和半乳糖代谢等通路来完成的。硬皮病发病与单核细胞增多密切相关。 展开更多
关键词 硬皮病 发病机制 生物信息学技术
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基于网络药理学及系统生物信息学探讨治疗重症哮喘的潜在机制
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作者 包婷婷 姚晓彬 张忠德 《中国中医急症》 2021年第6期977-981,1019,共6页
目的基于网络药理学及系统生物信息学探讨治疗重症哮喘的潜在机制。方法利用NCBI GENE数据库查找重症哮喘相关的靶点,将重症哮喘-靶点导入STRING11.0在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用,分析并筛选出核心模块与核心靶点,利用UniProt... 目的基于网络药理学及系统生物信息学探讨治疗重症哮喘的潜在机制。方法利用NCBI GENE数据库查找重症哮喘相关的靶点,将重症哮喘-靶点导入STRING11.0在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用,分析并筛选出核心模块与核心靶点,利用UniProt获取核心靶点的详细信息,并使用DAVID v6.8数据库对重症哮喘-靶点行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书分析,使用柱状图与气泡图对GO和KEGG结果进行可视化。结果得出80个与重症哮喘相关的靶点,在STRING11.0数据库获取蛋白相互作用关系的网络图共涉及74个节点,并获得核心基因14个,核心模块一个,核心基因包括肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-8(IL-8)、白细胞介素-4(IL-4)、白细胞介素-13(IL-13)、γ-干扰素(IFNG)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素-17A(IL-17A)、C反应蛋白(CRP)、酪氨酸蛋白激酶2(JAK2)、叉头框蛋白P3(FOXP3)、瘦素(LEP)、核因子-κB1(NF-κB1)、白细胞介素-33(IL-33)。GO分析提示与重症哮喘相关的靶点主要富集在炎症反应、免疫反应、调节γ干扰素、调节蛋白激酶B信号转导等生物过程。KEGG分析得出14条信号通路,包括Jak-STAT信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路、NF-κB信号通路、T细胞受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、HIF-1信号通路等。结论TNF、IL-8、IL-10、IL-4、IL-13等是治疗重症哮喘的潜在核心靶点,通过调节Jak-STAT信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路等具有治疗重症哮喘的潜在作用。 展开更多
关键词 重症哮喘 网络药理学 生物信息学技术 机制
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新时期我国农业信息技术发展方向 被引量：15
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作者 段韶芬 郑国清 《农业图书情报学刊》 2003年第3期20-23,26,共5页
文中分析了我国农业信息技术的发展现状及发展趋势 ,提出了 2 1世纪初期我国农业信息技术应优先发展的领域 :农业信息资源数据库建设和应用技术 ,科技信息的电子化传播技术 ,农业生物信息学技术 ,精确农业支持技术 ,高附加值农产品的生... 文中分析了我国农业信息技术的发展现状及发展趋势 ,提出了 2 1世纪初期我国农业信息技术应优先发展的领域 :农业信息资源数据库建设和应用技术 ,科技信息的电子化传播技术 ,农业生物信息学技术 ,精确农业支持技术 ,高附加值农产品的生产管理和市场信息化技术 ,农业多媒体制作技术和声象技术 ,“信息落地” 展开更多
关键词 中国 农业信息技术 发展方向 发展现状 农业信息资源数据库 农业生物信息学技术 精确农业支持技术
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