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甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR检测人精浆游离DNA睾丸和附睾特异性甲基化启动子 被引量:2
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作者 官黄涛 吕金明 +3 位作者 吴春林 李红钢 朱长虹 熊承良 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 2013年第11期977-983,共7页
目的:建立检测精浆游离DNA(cfsDNA)启动子甲基化水平的甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR(MeDIP-qPCR)方法。方法:提取精液参数正常(6例)和输精管结扎(6例)男性的cfsDNA,将两组不同个体的cfsDNA分别进行混合,超声处理后形成DNA片段,通... 目的:建立检测精浆游离DNA(cfsDNA)启动子甲基化水平的甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR(MeDIP-qPCR)方法。方法:提取精液参数正常(6例)和输精管结扎(6例)男性的cfsDNA,将两组不同个体的cfsDNA分别进行混合,超声处理后形成DNA片段,通过MeDIP分离甲基化DNA片段,然后用qPCR方法检测启动子甲基化水平。结果:精液参数正常组的PRAME、PEG10、MORC1、GML、HOXA5、DNMT3L、SNURF、MSH4、DAZ1和CLPB启动子甲基化水平分别为14.93%、2.64%、0.69%、2.66%、17.50%、21.10%、5.98%、2.28%、13.50%和3.86%,明显低于输精管结扎组的121.25%、73.62%、16.25%、42.90%、76.74%、112.40%、59.79%、25.85%、91.90%和64.53%。其中,PRAME、MORC1、GML、HOXA5、DNMT3L、SNURF、MSH4和DAZ1等8个启动子MeDIP-qPCR的检测结果与启动子甲基化芯片结果一致。结论:通过MeDIP-qPCR方法可以定量检测到cfsDNA中的特异性启动子甲基化,为确定cfsDNA中睾丸和附睾特异性甲基化启动子提供了有效途径。 展开更多
关键词 精浆游离dna 甲基化dna免疫沉淀-荧光实时定量PCR 输精管结扎 睾丸 附睾 启动子
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应用磁珠法检测并提取尿液游离甲基化DNA
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作者 孙宁 张佳林 +3 位作者 周翔宇 张城硕 于瑞 赵博超 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期897-900,共4页
目的依据血浆中存在游离DNA的理论,采用磁珠作为固相吸附载体并使用特定设计的试剂体系及提取流程,建立一种简便、高效提取尿液样本中游离甲基化DNA的方法,评价其作为用于尿液样本的甲基化基因检测技术的可行性。方法使用磁珠法提取40... 目的依据血浆中存在游离DNA的理论,采用磁珠作为固相吸附载体并使用特定设计的试剂体系及提取流程,建立一种简便、高效提取尿液样本中游离甲基化DNA的方法,评价其作为用于尿液样本的甲基化基因检测技术的可行性。方法使用磁珠法提取40例成人尿液中游离甲基化DNA,进行甲基化修饰后,紫外分光光度计测定DNA的浓度和纯度。结果结果显示,提取50 m L尿液可得61~200 ng/μL的甲基化DNA,OD260/280为1.8±0.05。使用甲基化阳性对照DNA引物进行PCR及电泳后可见目的条带,说明其纯度可以满足后续甲基化基因检测和PCR等操作要求。结论尿液中确实存在游离甲基化DNA,同时磁珠法提取尿液游离DNA提取过程简单,且提取纯度高,是一种高效的提取方法。 展开更多
关键词 磁珠 甲基 尿液游离甲基化dna
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甲基化DNA对突变的alkA基因转录的影响
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作者 于成国 翟玲 +2 位作者 许懿 闻晓非 苏荣健 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期331-333,共3页
目的:认识在适应应答反应中alkA基因表达活性与mDNA的关系,研究mDNA对突变alkA基因体外转录的影响。方法:以突变的alkA基因启动子为模板,观察mDNA对其体外转录产生mRNA量的影响。结果:alkA基因启... 目的:认识在适应应答反应中alkA基因表达活性与mDNA的关系,研究mDNA对突变alkA基因体外转录的影响。方法:以突变的alkA基因启动子为模板,观察mDNA对其体外转录产生mRNA量的影响。结果:alkA基因启动子转录体系中加入mDNA,产生的alkAmRNA是未加mDNA的对照组的1~8倍;lac基因启动子转录体系中加入mDNA产生的lacmRNA与对照组基本相同。结论:mDNA对lac基因启动子转录无明显影响,而对突变型和野生型alkA基因启动子转录有明显促进作用。 展开更多
关键词 甲基化dna alkA基因 mdna 基因转录
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利用甲基化CpG结合域富集甲基化DNA 被引量:1
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作者 陈雅婷 张进 +2 位作者 杜颖颖 王慧君 马端 《中国产前诊断杂志(电子版)》 2008年第1期20-24,共5页
目的利用甲基化CpG结合蛋白(MBD)与甲基化CpG岛特异性结合并相互作用的特性,建立一种高效、简便富集甲基化DNA序列的方法。方法首先应用PCR扩增获得MeCP2基因的MBD编码序列,在大肠杆菌中诱导表达重组的GST-MBD,采用Glutathione Sepharos... 目的利用甲基化CpG结合蛋白(MBD)与甲基化CpG岛特异性结合并相互作用的特性,建立一种高效、简便富集甲基化DNA序列的方法。方法首先应用PCR扩增获得MeCP2基因的MBD编码序列,在大肠杆菌中诱导表达重组的GST-MBD,采用Glutathione Sepharose 4B(GSH-Beads)获得了高纯度的GST-MBD。并在不同盐浓度缓冲液体系中加入一定量用甲基化酶M.SssI处理过的DNA片段。结果不同NaCl盐浓度和pH值可以影响甲基化程度不同的DNA结合量,最佳结合条件是400~500mMNaCl,pH7.9。结合的甲基化DNA可以用高盐浓度(1M)进行有效洗脱。结论该方法能够充分区分甲基化与非甲基化DNA,可以用于无创性产前诊断。 展开更多
关键词 dna甲基 CPG岛 MeCP2蛋白
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基于甲基化DNA分离方法的甲基化DNA检测和全基因水平的甲基化分析 被引量:1
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作者 Young Ho Moon TaeJeong Oh +2 位作者 Na Young Kim Myung Soon Kim Sungwhan An 《生命科学仪器》 2010年第1期54-57,共4页
已知异常的DNA甲基化对基因表达有明显影响并且涉及包括癌症等的疾病以及正常状态,因此从非甲基化DNA中鉴定甲基化DNA的分析技术是非常必须的。本文介绍了一种利用甲基化DNA结合域对甲基化DNA的亲和性质将甲基化DNA从全基因中成功提取... 已知异常的DNA甲基化对基因表达有明显影响并且涉及包括癌症等的疾病以及正常状态,因此从非甲基化DNA中鉴定甲基化DNA的分析技术是非常必须的。本文介绍了一种利用甲基化DNA结合域对甲基化DNA的亲和性质将甲基化DNA从全基因中成功提取的甲基化DNA分离技术(MeDIA)。结合MeDIA的PCR和CpG芯片技术分别实现了局部位置甲基化DNA状态的评估以及全基因的甲基化分析。 展开更多
关键词 甲基分析 dna检测 基因水平 分离方法 dna甲基 dna结合域 分离技术 MeDIA
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miR-214-5p通过DNMT1介导的AXIN2基因DNA甲基化修饰在皮肤基底细胞癌中的作用机制 被引量:1
6
作者 熊斯颖 邵蕾 +2 位作者 杨艳 高爱莉 揭丽云 《新疆医科大学学报》 CAS 2024年第1期27-32,共6页
目的探讨皮肤基底细胞癌中轴抑制蛋白2(Axis inhibition protein 2,AXIN2)基因启动子甲基化对基因转录的影响及miR-214-5p通过靶向DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase1,DNMT1)对AXIN2甲基化率的调控机制。方法收集2022年1月-2023年6... 目的探讨皮肤基底细胞癌中轴抑制蛋白2(Axis inhibition protein 2,AXIN2)基因启动子甲基化对基因转录的影响及miR-214-5p通过靶向DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase1,DNMT1)对AXIN2甲基化率的调控机制。方法收集2022年1月-2023年6月在广州市皮肤病防治所就诊治疗的102例皮肤基底细胞癌(Cutaneous basal cell carcinoma,BCC)患者作为研究对象,提取癌组织和癌旁正常组织标本及基线资料。焦磷酸测序法检测AXIN2基因启动子区甲基化率。实时荧光定量PCR检测AXIN2、DNMT1基因mRNA和miR-214-5p的表达水平。将miR-214-5p模拟物(mimic)、抑制物(inhibitor)及其阴性对照(mimic NC和inhibitor NC)分别对基底细胞癌A431细胞进行转染,48 h后检测DNMT1基因mRNA表达水平和AXIN2基因甲基化率。结果BCC癌组织的AXIN2基因甲基化率显著高于癌旁正常组织(t=5.128,P<0.001),AXIN2基因mRNA相对表达水平显著低于癌旁正常组织(t=7.826,P<0.001),DNMT1基因mRNA表达水平显著高于癌旁正常组织(t=4.838,P<0.001),miR-214-5p表达水平显著低于癌旁正常组织(t=5.426,P<0.001)。BCC癌组织的AXIN2基因甲基化率与其mRNA表达水平呈负相关(r=-0.793,P<0.001),DNMT1基因mRNA水平与AXIN2基因甲基化率呈正相关(r=0.814,P<0.001),miR-214-5p表达水平与DNMT1基因mRNA水平呈负相关(r=-0.747,P<0.001)。双荧光素酶报告基因实验结果证实,DNMT1是miR-214-5p的靶基因。细胞转染后,与mimic NC、inhibitor和inhibitor NC比较,mimic的DNMT1基因mRNA水平、AXIN2基因甲基化率显著降低(P<0.001);而inhibitor的DNMT1基因mRNA水平和AXIN2基因甲基化率相较于其他三组明显上升(P<0.001)。结论miR-214-5p可通过调控下游靶蛋白DNMT1表达,影响AXIN2基因的DNA甲基化率,调控AXIN2基因的表达水平,参与皮肤基底细胞癌的发生机制。 展开更多
关键词 基底细胞癌 miR-214-5p dna甲基转移酶1 轴抑制蛋白2 启动子区甲基
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温和灸足三里穴对自然衰老大鼠肾组织p16 DNA甲基化的影响
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作者 刘文博 赵舒羽 +6 位作者 殷之光 杨秋红 崔云华 黄艳 焦丹丽 吴焕淦 赵琛 《上海针灸杂志》 CSCD 2024年第2期210-218,共9页
目的 观察温和灸足三里穴对自然衰老大鼠肾组织p16 DNA甲基化的调控作用及潜在机制。方法 将Sprague-Dawley(SD)大鼠随机分为12月龄组、24月龄组和艾灸组。24月龄组和艾灸组制备自然衰老模型。12月龄组和24月龄组大鼠不予治疗,待相应时... 目的 观察温和灸足三里穴对自然衰老大鼠肾组织p16 DNA甲基化的调控作用及潜在机制。方法 将Sprague-Dawley(SD)大鼠随机分为12月龄组、24月龄组和艾灸组。24月龄组和艾灸组制备自然衰老模型。12月龄组和24月龄组大鼠不予治疗,待相应时间取材;艾灸组采用温和灸足三里穴至24月龄取材。采用免疫荧光法观察3组大鼠肾组织衰老相关标志物β-半乳糖苷酶的表达。采用酶联免疫吸附法和免疫组织化学法检测3组大鼠肾组织衰老相关p16蛋白及甲基转移酶[甲基转移酶3a(DNA methyltransferase 3a,Dnmt3a)和甲基转移酶3b(DNA methyltransferase 3b,Dnmt3b)]蛋白的表达。采用定量反转录聚合酶连锁反应(quantitative real time-polymerase chain reaction,qRT-PCR)法检测3组大鼠肾组织端粒长度、肾组织衰老相关p16 mRNA及甲基转移酶(Dnmt3a和Dnmt3b) mRNA表达。采用重亚硫酸盐测序技术检测3组大鼠肾组织p16 DNA CpG岛甲基化程度。结果 与12月龄组比较,24月龄组大鼠肾组织β-半乳糖苷酶表达、端粒长度的损耗及衰老相关p16蛋白和mRNA表达水平升高(P<0.05),24月龄组大鼠肾组织Dnmt3a和Dnmt3b蛋白及mRNA表达水平降低(P<0.05)。与24月龄组比较,艾灸组大鼠肾组织β-半乳糖苷酶表达、端粒长度的损耗及肾组织衰老相关p16蛋白和mRNA表达显著降低(P<0.05),艾灸组大鼠肾组织Dnmt3a和Dnmt3b蛋白及mRNA表达显著升高(P<0.05)。结论温和灸可通过影响自然衰老大鼠肾组织衰老相关甲基转移酶的表达调控p16 DNA CpG岛整体甲基化水平,降低肾组织p16蛋白及mRNA在衰老机体肾组织的表达,延缓肾组织衰老进程。 展开更多
关键词 灸法 温和灸 艾条灸 衰老 dna甲基 大鼠
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硒对云南白灵芝生长、品质及DNA甲基化特征的影响
8
作者 姚春馨 梁明泰 +3 位作者 刘家迅 王晖 陈霞 田果廷 《山东农业科学》 北大核心 2024年第3期106-114,共9页
采用田间覆土栽培试验,设置6个Se浓度(0、50、100、200、300、400μg/g)处理,分别记为CK、Se50、Se100、Se200、Se300、Se400,研究外源硒对云南白灵芝生长发育、重金属积累、生物活性成分含量及其DNA甲基化特征的影响。结果表明,与CK相... 采用田间覆土栽培试验,设置6个Se浓度(0、50、100、200、300、400μg/g)处理,分别记为CK、Se50、Se100、Se200、Se300、Se400,研究外源硒对云南白灵芝生长发育、重金属积累、生物活性成分含量及其DNA甲基化特征的影响。结果表明,与CK相比,外源Se对子实体柄长和菌盖大小(横径、纵径)无显著影响,但能显著降低菌盖厚度;随着Se施用水平提高,菌丝生长速率和子实体硒含量均呈先增后降的趋势,生物量呈先降后增再降的趋势。子实体重金属含量(As、Cd、Pb、Hg)随Se浓度增加呈持续降低趋势,线性分析也表明,重金属含量与Se施用浓度均呈显著负相关。施Se增加了子实体多糖、粗蛋白、黄酮及总氨基酸含量,其中,多糖、黄酮含量在Se400处理下最高,总氨基酸、粗蛋白含量分别在Se200、Se300处理下最高。HPLC测定分析表明,与CK相比,Se300提高了灵芝酸A、灵芝酸DM、灵芝酸F及灵芝酮三醇为主的三萜酸组分,其总三萜酸含量较其他处理提高2.93%~25.54%。敏感扩增多态性分析(MSAP)结果显示,Se300较CK、Se400相比具有较高的未甲基化位点比例和较低的甲基化位点比例。综上,施用外源硒可促进早期菌丝生长,提高子实体生物量累积,改善子实体重金属安全性能和生物活性成分品质,改变DNA甲基化比例,且以300μg/g施用浓度的整体效果最佳,其子实体产量较对照显著提高11.36%。 展开更多
关键词 白灵芝 农艺性状 重金属含量 品质 dna甲基
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TET2重塑CXCR4 DNA甲基化对急性心肌梗死小鼠心肌组织自噬、炎症反应及凋亡的影响
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作者 毛山 周明 +2 位作者 段班燕 曹政 李军 《中西医结合心脑血管病杂志》 2024年第9期1579-1584,共6页
目的:探究急性心肌梗死(AMI)过程中内皮细胞tet甲基胞嘧啶双加氧酶2(TET2)对趋化因子受体4(CXCR4)DNA甲基化的影响以及对AMI小鼠心肌组织自噬、炎症反应及组织细胞凋亡的影响机制,为临床探究AMI发展的分子机制提供理论依据。方法:8周龄... 目的:探究急性心肌梗死(AMI)过程中内皮细胞tet甲基胞嘧啶双加氧酶2(TET2)对趋化因子受体4(CXCR4)DNA甲基化的影响以及对AMI小鼠心肌组织自噬、炎症反应及组织细胞凋亡的影响机制,为临床探究AMI发展的分子机制提供理论依据。方法:8周龄雄性C57/BL6小鼠50只,制备AMI模型,尾部注射TET2、CXCR4过表达质粒;蛋白免疫印迹(Western Blot)法检测心肌组织TET2、CXCR4、微管相关蛋白3(LC3)、P62、B细胞淋巴瘤/白血病-2基因(Bcl-2)关联X蛋白(Bax)、半胱氨酸蛋白酶3(Caspase-3)、Bcl-2表达;甲基化检测CXCR4 DNA甲基化水平;酶联免疫吸附法(ELISA)检测心肌组织内炎性因子白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)水平;原位末端转移酶标记技术(TUNEL)检测各组心肌组织细胞凋亡指数。结果:与假手术组比较,模型组心肌组织内TET2、CXCR4均表达上调,TET2、CXCR4均在心肌组织内过表达,TET2过表达促进CXCR4表达,差异有统计学意义(P<0.05);与模型组比较,TET2 mimic组CXCR4启动子区域DNA甲基化程度降低,CXCR4蛋白表达升高,差异有统计学意义(P<0.05);与假手术组比较,模型组小鼠心肌组织自噬蛋白LC3、抑制细胞凋亡蛋白Bcl-2表达下调,炎性因子IL-6、TNF-α、IL-1β水平、自噬蛋白P62、促细胞凋亡蛋白Bax、cleaved Caspase-3表达上调,差异有统计学意义(P<0.05);TET2、CXCR4过表达进一步下调LC3、Bcl-2蛋白表达,上调炎性因子IL-6、TNF-α、IL-1β水平,P62、Bax、cleaved Caspase-3蛋白表达;TET2、CXCR4二者联合体现出最低LC3、Bcl-2蛋白表达,最高炎性因子IL-6、TNF-α、IL-1β水平以及P62、Bax、cleaved Caspase-3蛋白表达,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:AMI发展中,TET2通过降低CXCR4 DNA甲基化,促进CXCR4基因表达,进而抑制AMI小鼠心肌组织自噬,上调炎症反应及细胞凋亡程度,促进疾病发展。 展开更多
关键词 急性心肌梗死 tet甲基胞嘧啶双加氧酶2 因子受体4 dna甲基 自噬 炎症反应 凋亡
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血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产患者预测价值分析
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作者 邱兰 熊琼英 蔡大芬 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第13期1580-1585,共6页
目的 分析血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产患者的预测价值。方法 随机选择2019年1-12月在该院产科病区产检的孕产妇480例,其中450例随访至分娩,将其中40例自发性早产的孕产妇作为早产组,410例足月产孕产妇作为健康组。比较... 目的 分析血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产患者的预测价值。方法 随机选择2019年1-12月在该院产科病区产检的孕产妇480例,其中450例随访至分娩,将其中40例自发性早产的孕产妇作为早产组,410例足月产孕产妇作为健康组。比较健康组、早产组、早产组不同孕周者的血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化水平。分析健康组、早产组的临床数据,采用Logistic回归分析早产的风险因素,绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度对早产的预测价值。结果 与健康组比较,早产组血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度明显增高(P<0.05);与早产组34~<37周妊娠期女性相比,孕周28~<34周妊娠期女性血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度明显增高(P<0.05);与健康组比较,早产组产次≥2次、妊娠期被动吸烟、阴道胎儿纤维连接蛋白(fFN)阳性、家庭平均月收入<1 000元的比例明显增加(P<0.05),宫颈长度明显缩短(P<0.05);Logistic回归分析结果显示,产次≥2次、妊娠期被动吸烟、宫颈长度短、阴道fFN阳性、家庭平均月收入<1 000元、血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度高均是早产的主要风险因素(P<0.05);ROC曲线分析结果表明,血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度预测早产的曲线下面积为0.868(95%CI:0.834~0.898),最佳截断值为51.43%,灵敏度、特异度、准确度分别为82.50%、84.63%、84.44%。结论 血清Wnt4基因启动子区的DNA甲基化程度高对于早产具有一定的临床预测价值。 展开更多
关键词 Wnt4基因 dna甲基程度 早产 预测
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DNA甲基化对急性髓系白血病作用的研究进展
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作者 李敏 《临床医学进展》 2024年第8期869-877,共9页
研究证实,在基因的表观遗传调控中DNA甲基化起着至关重要的作用。而DNA甲基转移酶(DNMT)催化DNA甲基化,这是DNA甲基化模式形成和保持的必要条件。在哺乳动物细胞中,有三种关键的DNMT负责着不同的任务。首先是DNMT1,负责维持DNA的甲基化... 研究证实,在基因的表观遗传调控中DNA甲基化起着至关重要的作用。而DNA甲基转移酶(DNMT)催化DNA甲基化,这是DNA甲基化模式形成和保持的必要条件。在哺乳动物细胞中,有三种关键的DNMT负责着不同的任务。首先是DNMT1,负责维持DNA的甲基化状态,保持细胞功能正常运转。而另外两种则是DNMT3a和DNMT3b,它们则负责推动DNA从头开始的甲基化过程。目前,急性髓系白血病(AML)的病因仍无法完全阐明。通过研究发现,异常的表观遗传学变化与AML的发病密切相关。深入探讨DNA甲基化与AML之间的联系,将为治疗这种疾病和开发新药物提供关键的分子靶点。这一领域的突破将为医学界带来新的希望,为患者提供更有效的治疗方案。Research has confirmed that DNA methylation plays a crucial role in the epigenetic regulation of genes. DNA methyltransferase (DNMT) catalyzes DNA methylation, which is a necessary condition for the formation and maintenance of DNA methylation patterns. In mammalian cells, there are three key DNMTs responsible for different tasks. Firstly, DNMT1 is responsible for maintaining the methylation status of DNA and ensuring the normal functioning of cells. The other two are DNMT3a and DNMT3b, which are responsible for driving the DNA methylation process from scratch. At present, the etiology of acute myeloid leukemia (AML) cannot be fully elucidated. Through research, it has been found that abnormal epigenetic changes are closely related to the onset of AML. Exploring the relationship between DNA methylation and AML in depth will provide key molecular targets for the treatment of this disease and the development of new drugs. Breakthroughs in this field will bring new hope to the medical community and provide more effective treatment options for patients. 展开更多
关键词 dna甲基 急性髓系白血病 dna甲基转移酶 表观遗传学
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DNA甲基化与肿瘤免疫逃逸:作用机制与治疗研究现状 被引量:1
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作者 任绍欣(综述) 任伟宏 王钰娜(审阅) 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期715-721,共7页
肿瘤免疫逃逸是肿瘤恶性进展的关键阶段,也是肿瘤免疫治疗所面临的一个主要挑战。研究表明,DNA甲基化可通过影响肿瘤抗原、MHCⅠ类分子、免疫检查点分子和免疫基因的表达,以及巨噬细胞的募集和极化介导肿瘤免疫逃逸的发生与进展,是肿瘤... 肿瘤免疫逃逸是肿瘤恶性进展的关键阶段,也是肿瘤免疫治疗所面临的一个主要挑战。研究表明,DNA甲基化可通过影响肿瘤抗原、MHCⅠ类分子、免疫检查点分子和免疫基因的表达,以及巨噬细胞的募集和极化介导肿瘤免疫逃逸的发生与进展,是肿瘤有前途的治疗靶点。目前,DNA去甲基化药物在肿瘤治疗领域的应用取得了新的进展,包括与免疫检查点抑制剂(ICI)、其他免疫药物和化疗药物等的联合应用,以及纳米药物和肿瘤疫苗等多种新型药物的开发等。为促进DNA去甲基化药物作为抗肿瘤药物的发展,本文探讨了DNA甲基化在肿瘤免疫逃逸中的作用机制及DNA去甲基化药物在实验室与临床相关试验研究现状,提出了改进措施和可能的研究方向。 展开更多
关键词 dna甲基 肿瘤免疫逃逸 dna甲基药物 免疫检查点抑制剂
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单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法 被引量:1
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作者 王艳妮 李佳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期807-819,共13页
单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与... 单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与结果的可靠性尤为关键。然而,目前尚未形成一套完整的数据分析流程来指导研究人员对现有数据进行挖掘。本文系统综述了单细胞甲基化数据预处理步骤和分析方法,简要介绍了相关算法和工具,并探讨了单细胞甲基化技术在脑科学、血细胞分化及癌症研究中的应用前景,旨在为研究人员分析数据时提供指导,推动单细胞甲基化测序技术的发展和应用。 展开更多
关键词 单细胞dna甲基测序 表观遗传学 预处理 数据分析
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DNA甲基化修饰对金钱鱼卵巢Cyp17a1表达水平的影响 被引量:1
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作者 周一帆 江政霆 +5 位作者 李雨 焦开智 潘书慧 许芮 李广丽 江东能 《广东海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期46-53,共8页
【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0(对照)、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,... 【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0(对照)、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,用MethPrimer软件分析其Cyp17a1基因CpG二核苷酸位点分布特征,并预测CpG岛;采用亚硫酸氢盐测序法检测不同发育时期卵巢以及投喂雌二醇个体卵巢中的Cyp17a1的DNA甲基化修饰水平,并用实时荧光定量PCR分析Cyp17a1基因表达水平。【结果】金钱鱼Cyp17a1翻译起始位点2000 bp后无CpG岛,取第1外显子含有5个CpG位点(翻译起始位点后106、116、129、148和203 bp处)的区域用于DNA甲基化水平检测。金钱鱼III期卵巢Cyp17a1外显子1的DNA甲基化修饰水平显著高于IV期卵巢(P<0.05),与其mRNA表达水平呈负相关。116、129和203 bp处DNA甲基化存在发育时期差异,但106和148 bp处差异不显著(P>0.05)。投喂雌二醇后,金钱鱼卵巢Cyp17a1 mRNA表达水平和第1外显子CpG富集区域整体DNA甲基化修饰水平无显著变化(P>0.05),但雌激素处理雌鱼翻译起始位点后148、203 bp处甲基化水平明显上升(P<0.05)。【结论】金钱鱼卵巢Cyp17a1第一个外显子CpG富集区的整体甲基化水平与基因表达呈负相关,饲料E2可上调Cyp17a1第一个外显子148、205 bp处甲基化水平,表明甲基化修饰参与金钱鱼Cyp17a1的表达调控。 展开更多
关键词 金钱鱼 Cyp17a1 基因表达 亚硫酸氢盐测序法 dna甲基
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猪MKRN 3基因的印记表达和DNA甲基化状态分析
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作者 陈南珠 李俊良 +4 位作者 余大为 周心仪 王晶 邹惠影 杜卫华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3853-3863,共11页
旨在探讨MKRN 3基因在野生型猪和克隆猪中的印记状态及其DNA甲基化水平。本研究利用西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪或荣昌猪)中存在的种间单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),检测MKRN 3基因在3只足月出生0天的... 旨在探讨MKRN 3基因在野生型猪和克隆猪中的印记状态及其DNA甲基化水平。本研究利用西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪或荣昌猪)中存在的种间单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),检测MKRN 3基因在3只足月出生0天的野生型杂交猪中的印记状态。利用MethPrimer网站预测MKRN3启动子区附近的CpG岛,并在卵母细胞和精子基因组中验证CpG岛是否为差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR)。对3只野生型杂交猪和两只克隆猪基因组DNA进行亚硫酸盐转化后测序,检测MKRN 3-DMR在野生型猪和克隆猪的甲基化状态,并分析其甲基化状态与基因表达的关系。结果表明,在MKRN 3基因的编码区域,西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪和荣昌猪)之间存在一个SNP:A/G;RT-PCR测序结果显示,MKRN 3在其中1只野生型个体(杜洛克猪与巴马猪杂交后代:DB2)的心脏组织呈双等位基因表达,在肝脏、脾脏、肺等器官和脑组织中均为单等位基因表达,且均表达父本来源的等位基因。MKRN 3-DMR在精子中表现为低甲基化(0%),在卵母细胞中表现为高甲基化(70.9%)。杂交猪6个组织中的MKRN 3-DMR平均甲基化水平分别为:心脏(43.1%)、肝脏(46.2%)、脾脏(48.4%)、肺(45.6%)、肾脏(48.5%)、脑(44.3%);在新生克隆猪的大部分组织中,MKRN 3表达父本来源等位基因,MKRN 3-DMR甲基化水平与野生型杂交猪相近。而在NT201和NT207脾脏中,其甲基化水平分别为79.0%和80.1%,SNP测序结果也表明在两个克隆猪脾脏中,MKRN 3不再维持印记状态,提示克隆猪脾脏组织中MKRN 3印记异常。综上所述,MKRN 3在野生型猪肝脏、脾脏、肺、肾和脑组织中呈母本印记、父本表达,在心脏为非印记状态;克隆猪部分组织中,MKRN 3印记表达和甲基化状态均为异常;启动子的DMR调控MKRN 3表达。 展开更多
关键词 dna甲基 DMR 基因组印记
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基于HOXA9 DNA甲基化的两位点联合预测模型可用于脑膜瘤进展风险的早期筛查
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作者 谭茹雪 包晓樟 +2 位作者 韩亮 李朝晖 田男 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2110-2120,共11页
目的探讨同源异形盒基因(HOXs)在脑膜瘤中的甲基化模式,筛选对脑膜瘤复发风险分层有临床指导意义的HOXs基因,建立预测模型并评估其预测效能。方法利用GEO数据库下载脑膜瘤相关数据集。通过甲基化差异分析和ROC曲线分析筛选有预后评估价... 目的探讨同源异形盒基因(HOXs)在脑膜瘤中的甲基化模式,筛选对脑膜瘤复发风险分层有临床指导意义的HOXs基因,建立预测模型并评估其预测效能。方法利用GEO数据库下载脑膜瘤相关数据集。通过甲基化差异分析和ROC曲线分析筛选有预后评估价值的HOXs基因,再通过Cox回归分析、分子特征分析对特征基因的临床应用价值进行验证。进一步筛选差异CpG位点并评估其预测效能,通过Lasso-cox回归分析建立预测模型,根据cut off值将患者分成高、低风险组并进行分析。最后通过甲基化特异性PCR(MS-PCR)在细胞和组织水平验证差异CpG位点的甲基化水平,并纳入脑膜瘤组织样本验证该模型的预测效能。结果HOXA9甲基化水平在脑膜瘤中显著上调(P<0.001),且具有较高诊断效能(AUC=0.884)。验证分析表明HOXA9甲基化是影响脑膜瘤患者总生存期的独立危险因素(P<0.01),与脑膜瘤恶性程度和不良预后正相关(P<0.05),且基于HOXA9甲基化水平的分组方法在预测患者复发和生存时间时比WHO分级精度更高。筛选出的CpG位点cg03217995和cg21001184对脑膜瘤诊断的AUC均大于0.8,预测脑膜瘤患者复发的AUC均大于0.6。构建的两位点联合预测模型cut off值为1.226,以此分组的患者临床特征均有显著性差异(P<0.001),并且该模型预测评分是脑膜瘤的独立预后因素(P<0.05)。MS-PCR结果显示,位点cg03217995和cg21001184甲基化水平在脑膜瘤细胞中升高(P<0.0001),在不同WHO分级患者间无统计学差异。临床样本分析表明联合模型有较高预测效能(AUC=0.857),预测状态与患者真实临床进展结果高度一致。结论HOXA9甲基化是脑膜瘤预后不良的有效预测指标,基于其CpG位点的联合预测模型有望成为恶性进展风险病例早筛的新方法。 展开更多
关键词 脑膜瘤 HOXA9 dna甲基 CpG位点 诊断 预后
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DNA甲基化测序技术研究进展
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作者 袁明波 叶国华 +1 位作者 杨丹 宋冬雪 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期58-65,共8页
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,在动植物生长发育、疾病发生、基因表达调控等方面发挥着关键作用。临床上,DNA甲基化肿瘤标志物可以作为肿瘤的诊断、预后和治疗的生物标志物。DNA甲基化的准确检测对于阐明生物生长发育、疾病发生... DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,在动植物生长发育、疾病发生、基因表达调控等方面发挥着关键作用。临床上,DNA甲基化肿瘤标志物可以作为肿瘤的诊断、预后和治疗的生物标志物。DNA甲基化的准确检测对于阐明生物生长发育、疾病发生等生命机理具有重要意义。DNA甲基化测序技术是研究DNA甲基化的有力工具,被广泛应用于DNA甲基化在基因组上的定位。近年来,为了更好地检测DNA甲基化位点信息,科学家提出了一系列DNA甲基化高通量测序技术方法,提高了测序检测灵敏度,降低了测序成本和实验花费,显著推动了表观基因组学的发展。本文综述了一系列DNA甲基化测序技术方法,重点介绍了WGBS、TAPS、EM-seq三种测序技术的技术原理及其应用场景,并介绍了在单细胞水平上定位DNA甲基化的测序方法,最后展望其未来发展的方向。 展开更多
关键词 dna甲基 WGBS TAPS EM-seq 单细胞 多组学
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干旱胁迫下披碱草属种间杂种F1的DNA甲基化MSAP分析
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作者 贾学宇 宗海龙 +3 位作者 李小雷 何瑞超 鲍红春 于卓 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期169-177,共9页
为了研究披碱草属种间杂种抗旱性优势的遗传机理,以加拿大披碱草(J1)、老芒麦(L1)及其种间杂种F1为试验材料,经干旱胁迫处理,采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法,探究干旱胁迫后亲本及种间杂种F1的DNA甲基化变化规律。结果表明,亲本材... 为了研究披碱草属种间杂种抗旱性优势的遗传机理,以加拿大披碱草(J1)、老芒麦(L1)及其种间杂种F1为试验材料,经干旱胁迫处理,采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法,探究干旱胁迫后亲本及种间杂种F1的DNA甲基化变化规律。结果表明,亲本材料L1和J1的DNA平均甲基化水平分别为45.41%和59.53%,杂种F1的DNA甲基化水平为44.24%,说明杂种在形成过程中发生了DNA去甲基化作用。全甲基化在杂交种的DNA甲基化模式中占主导地位。干旱胁迫前亲本L1、J1和杂种F1的DNA甲基化程度分别为32.73%、41.54%和28.00%,杂种F1甲基化水平为亲本材料的75.40%;干旱胁迫后各材料的DNA甲基化程度均增加,平均增幅分别为14.99、20.44和19.78个百分点,说明干旱胁迫对不同材料DNA甲基化水平均有明显影响,且具有特异性。杂种F1的抗旱性最强,其DNA甲基化水平低于亲本,说明杂交种的抗旱性与DNA甲基化水平存在一定的负相关。 展开更多
关键词 披碱草属 MSAP dna甲基 抗旱性 杂种优势
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小鼠血液中年龄相关的DNA甲基化微单倍型的筛选与验证
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作者 田艺博 吴雨静 +2 位作者 肖君华 周宇荀 李凯 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期592-599,共8页
目的DNA甲基化微单倍型是指极短范围内多个甲基化位点的组合,其单倍型具有丰富的多样性。筛选和验证小鼠血液中年龄相关的DNA甲基化微单倍型。方法首先,构建基于小鼠参考基因组的DNA甲基化微单倍型理论数据集。其次,利用网络数据库中小... 目的DNA甲基化微单倍型是指极短范围内多个甲基化位点的组合,其单倍型具有丰富的多样性。筛选和验证小鼠血液中年龄相关的DNA甲基化微单倍型。方法首先,构建基于小鼠参考基因组的DNA甲基化微单倍型理论数据集。其次,利用网络数据库中小鼠血液DNA甲基化高通量测序信息,采用Spearman秩相关分析方法筛选年龄相关的DNA甲基化微单倍型。最后,以验证数据集交叉验证。结果小鼠基因组中50 bp范围内的DNA甲基化微单倍型位点数量共计6787142个,由个位数的CpG位点所组成的DNA甲基化微单倍型占比98.64%。在58个小鼠血液样本中共筛选出5835个年龄相关的DNA甲基化微单倍型(Spearman秩相关检验,|rho|>0.5,P<0.01),在DNA甲基化微单倍型中占0.086%。最后,在95例独立的样本中对具有高相关性的前100个年龄相关的DNA甲基化微单倍型进行验证,最终得到44个位点。结论本研究筛选出的年龄相关的DNA甲基化微单倍型可以为后续小鼠血液表观年龄预测及衰老研究提供借鉴。 展开更多
关键词 血液 dna甲基微单倍型 Spearman秩相关系数 年龄 筛选
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DNA甲基化/去甲基化调控缺血性卒中的研究进展
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作者 李亚楠 韩非原 +2 位作者 王文 伍昊文(综述) 孙宏巍(审校) 《中风与神经疾病杂志》 CAS 2024年第1期47-51,共5页
卒中是我国首位的致死致残原因,其中急性缺血性卒中(ischemic stroke,IS)约占全部卒中的80%,是一种具有遗传背景的复杂疾病。脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)甲基化/去甲基化是表观遗传的重要方式之一,近年研究发现其在IS的发... 卒中是我国首位的致死致残原因,其中急性缺血性卒中(ischemic stroke,IS)约占全部卒中的80%,是一种具有遗传背景的复杂疾病。脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)甲基化/去甲基化是表观遗传的重要方式之一,近年研究发现其在IS的发病和复发中发挥重要作用,预示着DNA甲基化/去甲基化分子有望成为IS新的诊断标志物和药物治疗靶点。现将DNA甲基化/去甲基化在缺血性卒中的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 缺血性卒中 表观遗传学 dna甲基 dna甲基
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