目的基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库探索miR-148a-3p在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和预后价值。方法从TCGA数据库HCC数据集中下载患者的临床病理资料和组织标本的微RNA(microRNA,miRNA)...目的基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库探索miR-148a-3p在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和预后价值。方法从TCGA数据库HCC数据集中下载患者的临床病理资料和组织标本的微RNA(microRNA,miRNA)测序数据。比较miR-148a-3p在肿瘤组织与癌旁组织中的表达差异,采用受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)评估miR-148a-3p表达对HCC的诊断价值;采用Kaplan-Meier生存分析探讨不同miR-148a-3p表达水平HCC患者的总生存(overall survival,OS)时间和疾病特异生存(disease special survival,DSS)时间;采用单因素和多因素Cox回归分析评估影响HCC患者生存结局的预后因子;采用基因本体论(gene ontology,GO)/京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析miR-148a-3p的潜在靶基因。结果共375例HCC患者纳入研究,49例同时检测了肿瘤组织与癌旁组织的miR-148a-3p表达,肿瘤组织miR-148a-3p表达显著低于癌旁组织(16.54∶17.22,P=0.010)。ROC曲线结果显示,miR-148a-3p表达对HCC具有较好的诊断价值(曲线下面积为0.751,95%CI:0.699~0.804)。Kaplan-Meier分析发现,miR-148a-3p高表达的患者OS时间(104.2个月∶46.2个月,P=0.001)和DSS时间(104.2个月∶59.7个月,P=0.026)均更长。多因素Cox回归分析发现,miR-148a-3p高表达是HCC患者良好OS时间的独立预后因子(HR=0.546,95%CI:0.373~0.799,P=0.002),但与DSS时间无显著相关性(HR=1.024,95%CI:0.520~2.014,P=0.946)。GO/KEGG富集分析发现miR-148a-3p的潜在靶基因富集于FOXO信号通路、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路,与泛素连接复合物、细胞内吞、内皮细胞增殖、细胞周期停滞等功能相关。结论miR-148a-3p低表达于HCC肿瘤组织,其表达可作为HCC患者生存的可靠预测因子,该分子生物学功能可能参与调控FOXO、TGF-β信号通路,与泛素连接复合物、细胞内吞、内皮细胞增殖、细胞周期停滞等功能相关。展开更多
目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,观察钠激活钾通道蛋白基因KCNT(potassium sodium-activated channel subfamily T member 2,KCNT2)在肺腺癌癌组织中的表达及临床意义。方法从TCGA数据库中下载肺腺癌组织的RNASeq数据以及临床数据...目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,观察钠激活钾通道蛋白基因KCNT(potassium sodium-activated channel subfamily T member 2,KCNT2)在肺腺癌癌组织中的表达及临床意义。方法从TCGA数据库中下载肺腺癌组织的RNASeq数据以及临床数据,分析KCNT2 mRNA在肺腺癌组织和正常组织中的表达差异;以KCNT2表达水平的中位值(0.143)为界限将肺腺癌患者分为KCNT2高表达组和KCNT2低表达组,应用单因素及多因素COX回归分析癌组织中KCNT2表达与患者临床病理特征的关系及预后的相关性。应用基因集富集分析(GSEA)软件分析预测KCNT2在肺腺癌中可能的调控信号通路。结果肺腺癌组KCNT2表达水平低于正常对照组(P<0.05);肺腺癌组织中KCNT2的表达水平与患者Stage分期相关(P<0.05);Stage分期(HR=1.947,95%CI:1.236~3.066,P=0.004)可以作为肺腺癌的独立预后因素;KCNT2低表达组生存率低于KCNT2高表达组(P=0.035);KCNT2主要参与氧化磷酸化信号通路、核糖体、嘧啶代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、谷胱甘肽代谢、RNA聚合酶等信号通路。结论KCNT2在肺腺癌组织中呈低表达,与肺腺癌患者的预后相关,并通过参与多种信号通路促进肺腺癌的发生发展,可能是肺腺癌诊断和治疗的潜在生物标志物。展开更多
文摘目的基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库探索miR-148a-3p在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和预后价值。方法从TCGA数据库HCC数据集中下载患者的临床病理资料和组织标本的微RNA(microRNA,miRNA)测序数据。比较miR-148a-3p在肿瘤组织与癌旁组织中的表达差异,采用受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)评估miR-148a-3p表达对HCC的诊断价值;采用Kaplan-Meier生存分析探讨不同miR-148a-3p表达水平HCC患者的总生存(overall survival,OS)时间和疾病特异生存(disease special survival,DSS)时间;采用单因素和多因素Cox回归分析评估影响HCC患者生存结局的预后因子;采用基因本体论(gene ontology,GO)/京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析miR-148a-3p的潜在靶基因。结果共375例HCC患者纳入研究,49例同时检测了肿瘤组织与癌旁组织的miR-148a-3p表达,肿瘤组织miR-148a-3p表达显著低于癌旁组织(16.54∶17.22,P=0.010)。ROC曲线结果显示,miR-148a-3p表达对HCC具有较好的诊断价值(曲线下面积为0.751,95%CI:0.699~0.804)。Kaplan-Meier分析发现,miR-148a-3p高表达的患者OS时间(104.2个月∶46.2个月,P=0.001)和DSS时间(104.2个月∶59.7个月,P=0.026)均更长。多因素Cox回归分析发现,miR-148a-3p高表达是HCC患者良好OS时间的独立预后因子(HR=0.546,95%CI:0.373~0.799,P=0.002),但与DSS时间无显著相关性(HR=1.024,95%CI:0.520~2.014,P=0.946)。GO/KEGG富集分析发现miR-148a-3p的潜在靶基因富集于FOXO信号通路、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路,与泛素连接复合物、细胞内吞、内皮细胞增殖、细胞周期停滞等功能相关。结论miR-148a-3p低表达于HCC肿瘤组织,其表达可作为HCC患者生存的可靠预测因子,该分子生物学功能可能参与调控FOXO、TGF-β信号通路,与泛素连接复合物、细胞内吞、内皮细胞增殖、细胞周期停滞等功能相关。
文摘目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,观察钠激活钾通道蛋白基因KCNT(potassium sodium-activated channel subfamily T member 2,KCNT2)在肺腺癌癌组织中的表达及临床意义。方法从TCGA数据库中下载肺腺癌组织的RNASeq数据以及临床数据,分析KCNT2 mRNA在肺腺癌组织和正常组织中的表达差异;以KCNT2表达水平的中位值(0.143)为界限将肺腺癌患者分为KCNT2高表达组和KCNT2低表达组,应用单因素及多因素COX回归分析癌组织中KCNT2表达与患者临床病理特征的关系及预后的相关性。应用基因集富集分析(GSEA)软件分析预测KCNT2在肺腺癌中可能的调控信号通路。结果肺腺癌组KCNT2表达水平低于正常对照组(P<0.05);肺腺癌组织中KCNT2的表达水平与患者Stage分期相关(P<0.05);Stage分期(HR=1.947,95%CI:1.236~3.066,P=0.004)可以作为肺腺癌的独立预后因素;KCNT2低表达组生存率低于KCNT2高表达组(P=0.035);KCNT2主要参与氧化磷酸化信号通路、核糖体、嘧啶代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、谷胱甘肽代谢、RNA聚合酶等信号通路。结论KCNT2在肺腺癌组织中呈低表达,与肺腺癌患者的预后相关,并通过参与多种信号通路促进肺腺癌的发生发展,可能是肺腺癌诊断和治疗的潜在生物标志物。
