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受体相互作用蛋白质激酶3通过上调整合素β3促进骨关节炎相关病变 被引量:3
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作者 程锦 蒋艳芳 +4 位作者 段小宁 傅欣 张继英 胡晓青 敖英芳 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期391-400,共10页
骨关节炎(osteoarthritis,OA)是最常见的慢性致残性关节疾患,目前尚无针对病因的有效治疗手段。程序性坏死在多种疾病中扮演关键角色,受体相互作用蛋白质激酶3(receptor-interacting protein kinase 3,RIP3)是程序性坏死进程的关键调控... 骨关节炎(osteoarthritis,OA)是最常见的慢性致残性关节疾患,目前尚无针对病因的有效治疗手段。程序性坏死在多种疾病中扮演关键角色,受体相互作用蛋白质激酶3(receptor-interacting protein kinase 3,RIP3)是程序性坏死进程的关键调控因子。有研究显示,RIP3在人与鼠骨关节炎退变软骨组织中表达水平显著上调,提示程序性坏死的发生,但RIP3在软骨中的具体病生理角色仍不明确。本研究拟对过表达RIP3前后的软骨细胞转录物组进行测序分析,探索RIP3在骨关节炎进程中发挥作用的具体机制。RNA测序结果显示,RIP3的过表达诱发软骨细胞中244个基因表达上调,277个表达下调。通过进一步构建基因间共表达作用网络,筛选出16个候选靶基因在mRNA水平进行验证,证实RIP3对磷脂酰肌醇3激酶调节亚单位5(phosphoinositide-3-kinase,regulatory subunit 5,Pik3r5)、整合素β3(integrin subunit beta 3,Itgb3)及成髓细胞瘤转录因子第2亚型(MYB proto-oncogene like 2,Mybl2)的表达上调作用最为显著。CCK-8以及乳酸脱氢酶活性检测结果表明,利用siRNA沉默Itgb3的表达可显著抑制RIP3诱发的软骨细胞活力下降及程序性坏死,同时也抑制了RIP3对软骨细胞中分解代谢相关基因Mmp1、Mmp13与Il6的表达上调作用,以及其对合成代谢相关基因Acan、Col2a1与Sox9的下调作用。本研究证实,RIP3通过上调软骨细胞中Itgb3的表达诱发软骨细胞坏死与软骨基质代谢紊乱,并最终导致软骨退变,为骨关节炎的临床治疗提供了新靶点,同时进一步明确了程序性坏死的病理生理学意义。 展开更多
关键词 骨关节炎 软骨细胞 程序性坏死 受体相互作用蛋白质激酶3 整合素Β3
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冷胁迫条件下拟南芥Rubisco相互作用蛋白质的比较分析(英文) 被引量:1
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作者 安佰义 刘小雨 +2 位作者 谭化 林卫红 孙立文 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第5期455-463,共9页
1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)在生物适应环境变化的过程中起到重要的作用.位于叶绿体中与冷胁迫密切相关的非常重要的复合酶——Rubisco,其相互作用的蛋白质至今没有系统的研究.对拟南芥进行4种处理:a.持续在20... 1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)在生物适应环境变化的过程中起到重要的作用.位于叶绿体中与冷胁迫密切相关的非常重要的复合酶——Rubisco,其相互作用的蛋白质至今没有系统的研究.对拟南芥进行4种处理:a.持续在20℃生长(对照);b.4℃4 h冷胁迫;c.4℃24 h冷胁迫;d.4℃24 h冷胁迫后放入20℃恢复24 h.然后利用免疫共沉淀、十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术,在冷胁迫条件下研究了拟南芥光合抑制与Rubisco相互作用蛋白质解聚之间的关系.在鉴定出的5个与冷胁迫相关的Rubisco相互作用蛋白质中,AAA-型ATP酶家族蛋白和糖基转移酶对Rubisco活性及植物适应冷胁迫起着重要的作用.研究结果表明,Rubisco复合酶体系的解聚可能是低温胁迫下拟南芥光合速率降低的主要原因. 展开更多
关键词 拟南芥 冷胁迫 Rubisco相互作用蛋白质 光合作用
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乳腺癌细胞中p27^(kip1)分子相互作用蛋白质谱的改变 被引量:2
3
作者 何玮玮 管晓翔 陈龙邦 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期637-642,共6页
p27kip1是细胞周期重要的负性调控因子,在乳腺癌等多种肿瘤发生发展过程中发挥重要作用.乳腺癌细胞中p27kip1蛋白通常是低丰度表达和错位分布,导致这种分布和表达改变的确切机制并不明确.已有研究表明,p27kip1磷酸化是重要的调节途径之... p27kip1是细胞周期重要的负性调控因子,在乳腺癌等多种肿瘤发生发展过程中发挥重要作用.乳腺癌细胞中p27kip1蛋白通常是低丰度表达和错位分布,导致这种分布和表达改变的确切机制并不明确.已有研究表明,p27kip1磷酸化是重要的调节途径之一,细胞内外信号分子通过多种途径调节p27kip1的分布和表达.为了进一步阐明肿瘤细胞内调节p27kip1功能的分子机制,必须首先明确p27kip1在肿瘤细胞与正常细胞中相互作用蛋白质谱的差异.包括细胞周期素、周期素依赖性激酶、CRM1、jab1、Skp2等在内的多种分子可以与p27kip1发生相互作用.在乳腺癌细胞中还有几种特异的作用分子.在不同细胞周期和不同细胞内分布状态下,p27kip1蛋白有不同的相互作用蛋白质谱.因此,我们推断在乳腺癌细胞内p27kip1分子相互作用蛋白质谱的差异可能是导致其低表达和错位分布的主要机制. 展开更多
关键词 乳腺癌 P27^KIP1 低丰度表达和细胞内错位分布 磷酸化 信号传导途径 相互作用蛋白质
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串联亲和纯化技术在研究细胞内相互作用蛋白质中的应用 被引量:1
4
作者 刘侠 韦薇 《医学综述》 2014年第7期1153-1156,共4页
为了进一步研究蛋白质功能并建立蛋白质在细胞内的相互作用网络,各种研究相互作用蛋白质的方法应运而生,串联亲和纯化(TAP)技术就是其中之一。TAP利用基因重组技术将标签基因融合入靶蛋白基因,转入细胞系后表达带标签的靶蛋白,使用标签... 为了进一步研究蛋白质功能并建立蛋白质在细胞内的相互作用网络,各种研究相互作用蛋白质的方法应运而生,串联亲和纯化(TAP)技术就是其中之一。TAP利用基因重组技术将标签基因融合入靶蛋白基因,转入细胞系后表达带标签的靶蛋白,使用标签的特异性对靶蛋白进行纯化和相关研究,而该技术在实际运用会遇到标签选择、标签位置的选择和重组表达等一系列问题,该文介绍TAP技术在实际使用中的技术要点。 展开更多
关键词 串联亲和纯化 相互作用蛋白质 蛋白质组学
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血管生成素相互作用蛋白质的筛选与鉴定 被引量:2
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作者 高向伟 许正平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1289-1293,共5页
血管生成素(angiogenin,ANG)在肿瘤、神经退行性疾病和先天免疫过程中均发挥作用,但对其具体生理病理功能和作用机制的了解并不深入全面.蛋白质-蛋白质相互作用调控着细胞内的各个生物学过程,可以为目标蛋白质功能和机制的探索提供信息... 血管生成素(angiogenin,ANG)在肿瘤、神经退行性疾病和先天免疫过程中均发挥作用,但对其具体生理病理功能和作用机制的了解并不深入全面.蛋白质-蛋白质相互作用调控着细胞内的各个生物学过程,可以为目标蛋白质功能和机制的探索提供信息.本文利用酵母双杂交技术,分别从人心肌和肝c DNA文库中筛选了ANG的可能相互作用蛋白质.对筛选获得的20个候选蛋白质进行生物信息学分析,显示10个蛋白质含有EGF结构域;有5个蛋白质在KEGG数据库已有记录,主要参与细胞黏附、通讯和迁移等过程.在以往的研究中,我们已经验证α-辅肌动蛋白2(α-actinin 2)、卵泡抑素(follistatin)、磷脂混杂酶1(phospholipid scramblase 1)和腓骨蛋白1(fibulin1)与ANG作用的真实性.本文的蛋白质沉降实验显示,ANG与腓骨蛋白2、3、4之间也存在相互作用. 展开更多
关键词 血管生成素 酵母双杂交 蛋白质-蛋白质相互作用
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酵母双杂交筛选类固醇激素合成急性调节蛋白的相互作用蛋白质
6
作者 杨晓扬 于淼 +7 位作者 王建 唐刘君 陈慧 金超智 张卜兮 詹轶群 王晓辉 杨晓明 《生物技术通讯》 CAS 2012年第1期6-10,共5页
目的:利用酵母双杂交技术筛选人肝cDNA文库中与类固醇激素合成急性调节蛋白(STAR)相互作用的蛋白质。方法:将全长STAR基因克隆到酵母表达载体pDBLeu中,形成诱饵;将构建好的诱饵质粒转化至AH109酵母感受态中,利用酵母双杂交技术筛选人肝c... 目的:利用酵母双杂交技术筛选人肝cDNA文库中与类固醇激素合成急性调节蛋白(STAR)相互作用的蛋白质。方法:将全长STAR基因克隆到酵母表达载体pDBLeu中,形成诱饵;将构建好的诱饵质粒转化至AH109酵母感受态中,利用酵母双杂交技术筛选人肝cDNA文库中与其相互作用的蛋白质,并进行相互作用的回转验证。结果:构建了酵母诱饵蛋白表达质粒pDBLeu-STAR,并筛选到6个猎物,其中有5对相互作用回转验证阳性。结论:为进一步研究STAR的功能和作用机制提供了新的线索。 展开更多
关键词 酵母双杂交 蛋白质相互作用 类固醇激素合成急性调节蛋白
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非变性质谱和紫外激光解离在蛋白质结构和相互作用分析中的应用
7
作者 薛洁滢 刘哲益 王方军 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期681-692,共12页
蛋白质结构及相互作用的动态变化与其生物学功能密切相关,对蛋白质结构及相互作用进行精准探测和分析面临着巨大挑战。非变性质谱(nMS)是一种能够在近生理条件下将蛋白质及其复合物通过电喷雾离子化引入气相离子并进行质谱分析的方法。... 蛋白质结构及相互作用的动态变化与其生物学功能密切相关,对蛋白质结构及相互作用进行精准探测和分析面临着巨大挑战。非变性质谱(nMS)是一种能够在近生理条件下将蛋白质及其复合物通过电喷雾离子化引入气相离子并进行质谱分析的方法。通过直接测定溶液中蛋白质及其复合物的组成或整合多种质谱解离技术,nMS可获取蛋白质及其复合物的计量关系、组装形式、解离常数、构象变化、结合界面及作用位点等关键信息,以揭示蛋白质相互作用与生物学功能之间的关系。紫外激光解离(UVPD)技术,特别是采用了193 nm准分子激光的UVPD是近年来迅速发展起来的质谱解离技术,其可以高效解离非变性蛋白质骨架,并保留碎片离子中的氢键等非共价相互作用力,从而实现单氨基酸位点分辨的蛋白质动态结构和相互作用质谱解析。本综述主要介绍了nMS和UVPD技术在蛋白质动态结构和相互作用分析中的应用和最新进展,包括由位点突变及配体结合等引起的蛋白质动态结构和相互作用变化,最后对蛋白质nMS表征的未来发展方向做出了展望。 展开更多
关键词 非变性质谱 紫外激光解离 蛋白质结构 蛋白质相互作用 综述
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睾丸酮丛毛单胞菌激素降解关键酶3,17β-HSD蛋白质相互作用研究
8
作者 于璇 史翔予 +2 位作者 赵艳阳 高乐 张昊 《长春理工大学学报(自然科学版)》 2024年第2期84-91,共8页
为研究睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas Testosteroni,C.T.)ATCC11996降解甾体类激素过程中关键蛋白质的相互作用关系,本文利用基因同源重组及移码突变原理构建睾丸酮降解关键酶3,17β-HSD基因敲除突变株,在回收率95%条件下高效液相检测野... 为研究睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas Testosteroni,C.T.)ATCC11996降解甾体类激素过程中关键蛋白质的相互作用关系,本文利用基因同源重组及移码突变原理构建睾丸酮降解关键酶3,17β-HSD基因敲除突变株,在回收率95%条件下高效液相检测野生株与突变株睾丸酮降解率,突变株对睾丸酮降解能力明显低于野生株;原核表达3,17β-HSD获得浓度2.4 mg/mL纯化蛋白,制备特异性鼠源多克隆抗体,ELISA检测抗体效价1∶320000;将多克隆抗体与经睾丸酮诱导的野生型C.T.细胞裂解液蛋白质复合物进行免疫共沉淀,质谱测定蛋白质相互作用组,结果表明短链脱氢酶SDRy(WP_003078287.1)为睾丸酮降解过程中关键酶3,17β-HSD的主要相互作用蛋白。 展开更多
关键词 睾丸酮丛毛单胞菌 甾体类激素降解 3 17β-HSD 免疫共沉淀 蛋白质相互作用
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核酸条形码技术:扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法
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作者 李林鑫 秦晓红 米立志 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期281-294,共14页
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation ... 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 核酸条形码检测技术 下一代测序技术
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邻近标记技术在蛋白质-蛋白质相互作用中的研究进展
10
作者 董娜 张文峰 《广东药科大学学报》 CAS 2024年第3期141-151,共11页
蛋白邻近标记(proximity labeling,PL)技术是指通过融合特定的催化酶,实现对目标蛋白相互作用蛋白的原位标记,再采用质谱或测序分析鉴定标记蛋白。该技术能够在瞬时动态条件下精确识别蛋白质相互作用,是传统分析手段的重要补充,在蛋白... 蛋白邻近标记(proximity labeling,PL)技术是指通过融合特定的催化酶,实现对目标蛋白相互作用蛋白的原位标记,再采用质谱或测序分析鉴定标记蛋白。该技术能够在瞬时动态条件下精确识别蛋白质相互作用,是传统分析手段的重要补充,在蛋白质相互作用研究中具有广阔应用前景。本文介绍了各类PL酶的工作原理、分类及优缺点;论述了该技术在研究蛋白质与蛋白质相互作用中的应用;讨论了PL技术的优势、目前存在的问题和发展趋势,以期为该技术的应用提供参考。 展开更多
关键词 蛋白邻近标记 蛋白质-蛋白质相互作用 工具酶 研究进展
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蛋白质相互作用技术在分子水平的应用
11
作者 韩镌竹 杨文腰 高铎 《品牌与标准化》 2024年第6期181-183,共3页
基于蛋白复合物在钠离子通道相关疾病中的调控作用,本文综述了蛋白质相互作用构建蛋白质关系的网络和生物学通路中涉及的体内和体外相关检测方法,如酵母双杂交系统、双分子荧光互补、免疫共沉淀技术、融合蛋白Pull-Down技术、单分子下... 基于蛋白复合物在钠离子通道相关疾病中的调控作用,本文综述了蛋白质相互作用构建蛋白质关系的网络和生物学通路中涉及的体内和体外相关检测方法,如酵母双杂交系统、双分子荧光互补、免疫共沉淀技术、融合蛋白Pull-Down技术、单分子下拉、高通量蛋白质芯片、微生物质谱、串联亲和蛋白纯化,以及以生物信息学为主的研究方法,并通过相关检测技术在大分子蛋白复合物中的应用获得新的靶点。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 酵母双杂交系统 双分子荧光互补 免疫共沉淀技术 串联亲和蛋白纯化
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基于自注意力机制的蛋白质-RNA相互作用预测方法
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作者 李大伟 胡春玲 +3 位作者 邵鸣义 朱冠雨 胡瑞捷 胡昭龙 《合肥大学学报》 2024年第5期102-109,共8页
尽管已有利用lncRNA和蛋白质的信息来预测lncRPI的方法,但仅利用蛋白质和RNA的序列特征来进行预测相互作用仍然是一个挑战,并且模型预测的准确性有待提高。因此,本文提出了一种融合卷积神经网路和自注意力机制的预测模型LPI-Attention(L... 尽管已有利用lncRNA和蛋白质的信息来预测lncRPI的方法,但仅利用蛋白质和RNA的序列特征来进行预测相互作用仍然是一个挑战,并且模型预测的准确性有待提高。因此,本文提出了一种融合卷积神经网路和自注意力机制的预测模型LPI-Attention(Long non-coding RNA based on self-attention mechanism),该模型采用了k-mer方法来编码RNA和蛋白质序列特征作为模型的输入,这种方法可以同时考虑两种序列的信息,从而提高了预测的准确性。此外,在密集型卷积模块中,使用两种尺度的特征提取,更好地捕捉局部和全局的信息。最后,将得到的特征输入自注意力循环网络层中,更好地处理序列数据的长期依赖关系,将得到的RNA、蛋白质二者特征信息融合成新的特征放入全连接层进行预测。实验结果表明,该模型不仅扩展了生物特征预测领域,而且可以学习RNA序列与蛋白质序列之间更多的相互作用关系,在预测RPIs方面表现优于大多数同类方法,在数据集RPIs1446、RPIs1807、RPIs488上的准确率分别达到91.7%、96.6%、91.6%。 展开更多
关键词 蛋白质-RNA相互作用 序列特征 自注意力机制 卷积神经网络 特征融合
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阿尔茨海默病中蛋白质相互作用对β-分泌酶的调节机制 被引量:2
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作者 刘聪聪 王培昌 王亚琦 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期54-61,共8页
阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一种慢性神经退行性疾病,目前尚无有效的治疗方案。AD发病机制十分复杂,学说众多,目前较为公认的仍然是淀粉样蛋白级联假说。该学说认为,淀粉样斑块在脑组织的沉积是AD发病的关键病理机制。β-... 阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一种慢性神经退行性疾病,目前尚无有效的治疗方案。AD发病机制十分复杂,学说众多,目前较为公认的仍然是淀粉样蛋白级联假说。该学说认为,淀粉样斑块在脑组织的沉积是AD发病的关键病理机制。β-分泌酶(β-site APP cleaving enzyme 1,BACE1)是淀粉样前体蛋白(amyloid precursor protein,APP)淀粉样降解途径中的限速酶,其降解产物β-淀粉样蛋白(β-amyloid protein,Aβ)是淀粉样斑块(amyloid plaques)的主要成分。AD患者大脑BACE1浓度和活性增加,是引起AD的重要因素。因此,探究BACE1生成及活性调节的影响因素不仅对于理解AD的发病机制至关重要,而且对于开发AD的新治疗靶点也有重要意义。蛋白质之间的相互作用在蛋白质参与的各种生物学过程中发挥着重要的作用,因而被广泛研究。BACE1的相互作用蛋白质可以通过直接结合、间接结合和参与各种细胞信号转导通路等方式直接或间接地在BACE1的转录、翻译、修饰与胞内运输等各个环节对BACE1进行调节,从而影响AD的发生与疾病的进程。本文将从BACE1的生物学功能,以及相互作用蛋白质对BACE1的转录、翻译、细胞内转运及其活性与降解的调节作用进行综述,探讨BACE1生理功能与活性的影响因素,以及BACE1互作蛋白质调控BACE1的作用机制,旨在为理解AD的发病机制以及药物研发提供新的思考。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 Β-分泌酶 相互作用蛋白质 调节机制
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蛋白质与蛋白质相互作用预测模型综述 被引量:3
14
作者 钱冰 马宝山 刘玉 《广州大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第1期25-32,共8页
蛋白质作为生命活动的物质基础,通过彼此之间的相互作用来参与生物信号传递、能量和物质代谢及细胞周期调控等,因此,预测蛋白质与蛋白质相互作用(PPIs)有助于从系统角度理解生命过程,同时为细胞机制的研究奠定重要基础。目前,高通量测... 蛋白质作为生命活动的物质基础,通过彼此之间的相互作用来参与生物信号传递、能量和物质代谢及细胞周期调控等,因此,预测蛋白质与蛋白质相互作用(PPIs)有助于从系统角度理解生命过程,同时为细胞机制的研究奠定重要基础。目前,高通量测序技术的进步使研究人员获取了海量的蛋白质相互作用数据。面对大量具有潜在可用性的PPIs数据,国内外研究人员提出了多种PPIs预测模型。文章综述了现有的基于计算的PPIs预测方法,并进行分类,讨论了其各自优缺点。最后对PPIs预测方法进行总结和展望,提出了未来可以深入研究的方向。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 预测方法 计算模型
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LPI-MAM:以miRNAs为中介基于深度学习预测lncRNA-蛋白质相互作用
15
作者 屈文燕 颜静 +1 位作者 李晓毅 谭建军 《计算生物学》 2023年第2期11-21,共11页
长链非编码RNA (Long non-coding RNAs, lncRNAs)是细胞增殖和死亡的重要调控因子,它的失调可能会导致多种疾病发生。LncRNAs主要是通过与蛋白质相互作用(lncRNA-protein interactions, lncRPIs)来发挥生物学功能。因此,研究lncRPIs对了... 长链非编码RNA (Long non-coding RNAs, lncRNAs)是细胞增殖和死亡的重要调控因子,它的失调可能会导致多种疾病发生。LncRNAs主要是通过与蛋白质相互作用(lncRNA-protein interactions, lncRPIs)来发挥生物学功能。因此,研究lncRPIs对了解lncRNAs的功能及相关疾病至关重要。目前,多数计算方法依赖于已知的验证过的lncRPIs构建模型,但经过实验验证的样本是有限的。MiRNAs主要是与mRNAs结合导致基因沉默,而lncRNAs可作为竞争性内源性RNA,竞争性的结合miRNAs来间接地调节基因表达。本文提出LPI-MAM方法,使用miRNAs作为中间体来扩大lncRPIs的预测范围。该方法将序列、结构和组成转换分布特征融合,输入卷积神经网络和独立循环神经网络的集成深度学习框架中。结果表明,LPI-MAM在基准数据集上取得了良好的性能。并且通过构建可视化交互网络发现该模型具有预测未知lncRPIs的能力。 展开更多
关键词 卷积神经网络 循环神经网络 深度学习 蛋白质相互作用 特征融合 细胞增殖 可视化交互 MIRNAS
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融合互作网络和多模态信息的化合物-蛋白质相互作用预测模型(INMI)
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作者 刘宏生 于笑雪 张力 《辽宁大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第2期126-133,共8页
化合物-蛋白质相互作用(Compound-protein interaction,CPI)预测是药物研发领域的一个重大课题.随着生物科学的飞速发展,各种科学实验产生了大量的生物数据,通过计算方法能够快速有效地提取和利用这些信息.已有方法未能将相互作用网络... 化合物-蛋白质相互作用(Compound-protein interaction,CPI)预测是药物研发领域的一个重大课题.随着生物科学的飞速发展,各种科学实验产生了大量的生物数据,通过计算方法能够快速有效地提取和利用这些信息.已有方法未能将相互作用网络中的信息显式地进行提取并加以利用,且多模态信息的融合方式未能抓住蛋白质和化合物之间的联系.为了解决上述问题,本文提出了一个二分类深度学习模型.该模型使用交叉注意力模块整合分子图和蛋白质序列信息,并从相互作用网络中显式提取节点的中心性和相关性信息,作为模型编码.实验表明,本文所提出的模型可以准确预测蛋白质和化合物之间的相互作用,而且节点中心性编码能够大大提高模型性能. 展开更多
关键词 化合物 蛋白质 注意力 化合物与蛋白质相互作用
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基于特征的深度学习预测化合物-蛋白质相互作用的研究进展
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作者 荣丹琪 王倩 +2 位作者 唐丽 司婉雨 赵鸿萍 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期305-313,共9页
药物研发过程中,化合物-蛋白质相互作用(compound-protein interaction,CPI)预测是发现苗头化合物、药物重定位等研究的关键技术手段。近年来,深度学习被广泛应用于CPI研究,加速了药物发现中CPI预测的发展。本文重点讨论基于特征的CPI... 药物研发过程中,化合物-蛋白质相互作用(compound-protein interaction,CPI)预测是发现苗头化合物、药物重定位等研究的关键技术手段。近年来,深度学习被广泛应用于CPI研究,加速了药物发现中CPI预测的发展。本文重点讨论基于特征的CPI预测模型,首先,介绍了CPI预测中常见的数据库、化合物和蛋白质的典型特征表示方法。根据建模中的关键问题,从多模态和注意力机制两个方面,对基于特征的CPI预测模型展开论述。在此基础上,选取其中12个模型,在3个经典数据集上评估了模型在分类任务和回归任务中的性能。本文总结当前该领域面临的挑战,对未来的发展方向进行展望,为CPI预测方法进一步研究提供思路。 展开更多
关键词 深度学习 化合物-蛋白质相互作用 药物重定位 苗头化合物筛选
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促进或抑制α-synuclein蛋白异常聚集的相互作用蛋白质 被引量:4
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作者 曹赞霞 王吉华 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期783-789,共7页
α-synuclein蛋白的异常聚集在共核蛋白病的发病过程中起到了关键性作用。与α-synuclein相互作用的蛋白质对其异常聚集起着不同的调节作用,有的蛋白质(如:蛋白synphilin-1、微管蛋白、A-β肽等)会促进α-synuclein蛋白的异常聚集,而另... α-synuclein蛋白的异常聚集在共核蛋白病的发病过程中起到了关键性作用。与α-synuclein相互作用的蛋白质对其异常聚集起着不同的调节作用,有的蛋白质(如:蛋白synphilin-1、微管蛋白、A-β肽等)会促进α-synuclein蛋白的异常聚集,而另外一些蛋白质(如:膜联蛋白A5、基于自识别元素设计的小肽等)却能够抑制α-synuclein蛋白的异常聚集。认识与α-synuclein相互作用的蛋白,并研究其作用位点,是从分子水平上理解α-synuclein蛋白质异常聚集、揭示共核蛋白病致病机制,以及设计新药物的基础。分子动力学模拟为开展这方面研究开辟了新的途径。文章对该领域的研究进展进行了综述。 展开更多
关键词 α-synuclein蛋白 异常聚集 分子动力学模拟 相互作用蛋白质
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基于蛋白质相互作用网络的肺癌骨转移基因识别方法
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作者 杨天濠 王新赠 《计算机与数字工程》 2023年第5期1108-1112,共5页
肿瘤转移通常发生在癌症晚期,是一个复杂且致命的过程,发现与肿瘤转移相关的基因对肿瘤的治疗和预后有着至关重要的作用。通过计算方法发现肿瘤转移基因,相对于昂贵且耗时的生物学方更加高效。基于蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIN),论... 肿瘤转移通常发生在癌症晚期,是一个复杂且致命的过程,发现与肿瘤转移相关的基因对肿瘤的治疗和预后有着至关重要的作用。通过计算方法发现肿瘤转移基因,相对于昂贵且耗时的生物学方更加高效。基于蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIN),论文提出了一种结合随机游动重启(RWR)算法的模型来识别肺癌骨转移相关基因。此外,通过置换检验规则、交互得分规则和富集分析三种方法对基因进一步筛选,最终获得了12个与肺癌骨转移有关的关键基因。文献挖掘的结果证明大部分基因直接或间接参与了肺癌骨转移过程,验证了该计算方法的有效性。这一项工作有望为肿瘤转移的临床试验提供靶标基因。 展开更多
关键词 肿瘤细胞转移 肺癌骨转移 蛋白质相互作用网络 随机游走重启算法
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蛋白质聚集在白内障发病中的作用研究进展
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作者 郭昭兴 万修华 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2024年第1期76-81,共6页
蛋白质聚集在白内障发病过程中扮演着重要角色。近年来,基因测序技术和其他分子生物学技术广泛应用于蛋白质聚集现象的研究,其内在机制被逐渐阐明。基因突变、异构化与共价修饰、化合物和离子作用、蛋白质相互作用均是蛋白质聚集发生的... 蛋白质聚集在白内障发病过程中扮演着重要角色。近年来,基因测序技术和其他分子生物学技术广泛应用于蛋白质聚集现象的研究,其内在机制被逐渐阐明。基因突变、异构化与共价修饰、化合物和离子作用、蛋白质相互作用均是蛋白质聚集发生的原因。本文围绕上述四点对蛋白质聚集在白内障发病中的作用研究进展进行综述,以期为后续研究提供资料和参考。 展开更多
关键词 晶状体蛋白 白内障 基因突变 共价修饰 蛋白质相互作用
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