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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量rt-pcr方法
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帕利亚姆病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 杨恒 李占鸿 +5 位作者 宋子昂 高林 李卓然 廖德芳 肖雷 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期395-400,共6页
本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,... 本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,对方法的特异性、灵敏性与重复性进行评估;以我国分离的28株PALV和90份核酸阳性血液样本评估检测方法的可靠性;利用建立的方法对采集库蠓样本中携带的PALV进行血清型鉴定。结果显示,建立的PALV血清型qRT-PCR检测方法具有良好的特异性与灵敏性,可检出核酸拷贝数下限在22至28 copies·μL^(-1)。对28株PALV的qRT-PCR检测结果与病毒测序鉴定结果一致;对PALV不同感染阶段哨兵动物血液(90份)中的qRT-PCR鉴定结果与分离病毒的血清型鉴定结果一致;建立的方法可准确鉴定库蠓中携带PALV的血清型。本研究建立的PALV血清型qRT-PCR定型方法具有良好的特异强、敏感性与重复性,可用于PALV感染动物与媒介中PALV血清型的鉴定,具有良好的应用价值。 展开更多
关键词 帕利亚姆病毒 血清型鉴定 实时荧光定量rt-pcr 检测方法
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实时荧光定量RT-PCR在麻疹和风疹病毒检测中的应用
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作者 张博奇 《智慧健康》 2024年第24期16-18,共3页
目的探讨实时荧光定量RT-PCR在麻疹和风疹病毒检测中的应用效果。方法选取2021年12月—2022年12月盘锦市疾病预防控制中心接收的麻疹与风疹患者76例为研究对象,入院后所有研究对象均接受酶联免疫吸附试验法和实时荧光定量RT-PCR法检测,... 目的探讨实时荧光定量RT-PCR在麻疹和风疹病毒检测中的应用效果。方法选取2021年12月—2022年12月盘锦市疾病预防控制中心接收的麻疹与风疹患者76例为研究对象,入院后所有研究对象均接受酶联免疫吸附试验法和实时荧光定量RT-PCR法检测,以检测患者恢复期血免疫球蛋白G(IgG)抗体水平(相对急性期是否4倍升高)为麻疹诊断金标准,对比两种检测方法的检测准确率、不同检测时间的阳性检出率。结果实时荧光定量RT-PCR法总诊断准确率为97.37%;酶联免疫吸附试验法中总诊断准确率为88.16%,比较两种方法的诊断准确率差异有统计学意义(P<0.05)。第1d,实时荧光定量RT-PCR法阳性检出率高于酶联免疫吸附试验法,差异有统计学意义(P<0.05)。第5d,实时荧光定量RT-PCR法阳性检出率低于酶联免疫吸附试验法,差异有统计学意义(P<0.05)。第2d、第3d、第4d实时荧光定量RT-PCR法和酶联免疫吸附试验法阳性检出率对比差异无统计学意义(P>0.05)。结论实时荧光定量RT-PCR对麻疹、风疹检测有一定诊断作用,可以有效提高检测准确率,同时操作简单,灵敏性较高,值得在麻疹与风疹病毒检测中推广。 展开更多
关键词 麻疹 实时荧光定量rt-pcr 风疹 检测价值 检测准确率
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柑桔衰退病毒RB和VT基因型实时定量PCR检测方法建立和应用
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作者 周俊 韩镕琰 +3 位作者 张晓男 方书洁 杨欣悦 易龙 《中国南方果树》 北大核心 2024年第4期18-24,共7页
为定量检测样品中柑桔衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)RB和VT基因型含量,以RB基因型的p33基因、VT基因型的ORF1a基因为靶标,建立了RB和VT基因型的特异性实时定量PCR方法。该方法检测RB和VT基因型质粒浓度下限均为2×10^(1) cop... 为定量检测样品中柑桔衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)RB和VT基因型含量,以RB基因型的p33基因、VT基因型的ORF1a基因为靶标,建立了RB和VT基因型的特异性实时定量PCR方法。该方法检测RB和VT基因型质粒浓度下限均为2×10^(1) copies/μL,灵敏度为普通PCR的1000倍;对RB和VT基因型进行检测,质粒拷贝数对数(x)与Ct值(y)的标准曲线方程分别为y=-3.3255 x+37.8453和y=-3.2737 x+36.2839,R^(2)分别为0.9991和0.9954,扩增效率分别为99.85%和102.05%;方法的重复性良好,组内和组间Ct值变异系数均小于2.07%。对田间样品检测发现,不同样品之间RB基因型含量差异和VT基因型含量差异均较大。该方法特异性强,灵敏度高,适用于田间样品检测。 展开更多
关键词 柑桔衰退病毒 RB基因型 VT基因型 实时定量rt-pcr
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一种新颖简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法的建立 被引量:129
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作者 张驰宇 徐顺高 黄新祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期883-888,共6页
为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成... 为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成比例增减标准品各个稀释度的具体拷贝数时,标准曲线的斜率并不改变,说明标准曲线斜率与标准品的具体拷贝数无关.因此,新的相对定量方法可以用任何一个待测样品的总RNA(或cDNA),经系列稀释后作为标准品,来构建相对定量标准曲线,获得斜率.与绝对定量法比较,新方法获得了基本相同的斜率和非常一致的定量结果(差异小于4%),而传统的2-#$CT法却表现出较大的定量误差.这些结果表明,新的相对定量方法是一种简便、准确和高效的定量基因表达的方法. 展开更多
关键词 荧光实时定量rt-pcr 相对定量 绝对定量 标准曲线 mRNA定量 斜率
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实时RT-PCR基因表达相对定量REST~软件分析与2^((-ΔΔCT))法比较 被引量:22
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作者 庾蕾 刘建平 +4 位作者 庄志雄 杨淋清 张仁利 叶小明 程锦泉 《热带医学杂志》 CAS 2007年第10期956-958,共3页
目的利用实时RT-PCR技术建立一种简便、准确的基因表达相对定量方法。方法以正常的人支气管上皮细胞株(16HBE)cDNA为模板5倍系列稀释,分别作DNA聚合酶K(POLK)和磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因标准曲线。以不同剂量反式二羟环氧笨并芘(anti... 目的利用实时RT-PCR技术建立一种简便、准确的基因表达相对定量方法。方法以正常的人支气管上皮细胞株(16HBE)cDNA为模板5倍系列稀释,分别作DNA聚合酶K(POLK)和磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因标准曲线。以不同剂量反式二羟环氧笨并芘(anti-BPDE)诱导的16HBE、anti-BPDE转化的16HBE及肺癌细胞株(H1299)cDNA为模板,进行实时定量RT-PCR。以GAPDH基因作为内参照,进行POLK基因表达相对定量。实验数据分别采用2(-ΔΔCT)法及REST软件分析。结果5倍系列稀释法制作的标准曲线,呈现较好的线型关系(Rsq0.997)。POLK及GAPDH基因扩增效率分别为117.5%和103.5%。采用2(-ΔΔCT)法计算出的表达比值均比REST软件分析高。结论实时RT-PCR技术结合REST软件分析是一种简便、准确的基因表达相对定量分析手段。 展开更多
关键词 实时RT—PCR 相对定量 标准曲线 基因表达
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赤羽病病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 李超 王素春 +5 位作者 隋金钰 潘俊慧 魏世萌 祁倩 周凯钰太 王楷宬 《中国动物检疫》 CAS 2024年第9期111-117,共7页
为建立一种快速、灵敏的赤羽病病毒(Akabanediseasevirus,AKAV)核酸检测方法,以AKAV S基因为靶基因,设计特异性引物和Taq Man探针,通过优化反应体系和条件,建立了AKAV荧光定量RT-PCR检测方法,随后开展了敏感性、特异性及重复性评估,并... 为建立一种快速、灵敏的赤羽病病毒(Akabanediseasevirus,AKAV)核酸检测方法,以AKAV S基因为靶基因,设计特异性引物和Taq Man探针,通过优化反应体系和条件,建立了AKAV荧光定量RT-PCR检测方法,随后开展了敏感性、特异性及重复性评估,并利用该方法与AKAV检疫行业标准推荐方法同时对临床采集的80份牛羊血液样品进行检测,以检验方法的临床应用效果。结果显示:本研究建立的检测方法敏感性较高,最低检测限为13.4 copies/μL;特异性良好,与口蹄疫病毒、牛冠状病毒、牛结节性皮肤病病毒、牛病毒性腹泻病毒、传染性牛鼻气管炎病毒、蓝舌病病毒、牛白血病病毒等均无交叉反应;组内试验变异系数为0.93%~2.47%,组间试验为1.25%~2.76%,重复性良好;利用建立的方法从80份临床样品中检出AKAV阳性样品21份,该检测结果与AKAV检疫行业标准推荐方法的符合率为98.75%。结果表明,本研究建立的AKAV荧光定量RT-PCR检测方法敏感性高,特异性及重复性好,适用于赤羽病临床检测,为赤羽病病原学监测和诊断技术标准开发提供了技术支撑。 展开更多
关键词 赤羽病病毒 实时荧光定量rt-pcr 方法建立 初步应用
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利用实时定量RT-PCR测定肉鸡组织中CaBP基因的相对表达 被引量:5
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作者 冯永淼 闫素梅 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2007年第8期27-30,共4页
试验旨在利用实时定量RT—PCR技术建立肉鸡组织钙结合蛋白(CaBP)基因相对表达量的测定方法.为进一步研究肉鸡钙吸收和利用的分子生物学机理以及骨骼的发育奠定技术基础。根据GenBank中鸡的CaBP基因序列,设计合成引物,进行SYBR Gre... 试验旨在利用实时定量RT—PCR技术建立肉鸡组织钙结合蛋白(CaBP)基因相对表达量的测定方法.为进一步研究肉鸡钙吸收和利用的分子生物学机理以及骨骼的发育奠定技术基础。根据GenBank中鸡的CaBP基因序列,设计合成引物,进行SYBR Green Ⅰ实时定量RT—PCR。以管家基因B—Actin为内参基因,对组织Total RNA进行均一化处理,利用循环阈值(Ct值)的变化计算CaBP基因的相对表达量。结果表明,肉鸡十二指肠及胫骨组织CaBP基因相对表达量分别在2^7.78~2^-4.60和2^-2.46~2^-17.20范围。表明利用实时定量RT—PCR技术对肉鸡组织CaBP基因相对表达水平进行检测是可行的。 展开更多
关键词 CaBP基因 实时定量RT—PCR 相对表达 肉鸡
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BVDV-1型实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 周思佳 韩佃刚 +5 位作者 董俊 杨云庆 叶玲玲 李静 张冲 信吉阁 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第3期423-430,共8页
【目的】建立特异针对牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1)的实时荧光定量RT-PCR检测方法。【方法】通过比对分析近5年流行的BVDV-1毒株全基因序列,基于保守序列5′-UTR设计特异性引物和探针,优化反应体系和反应条件,并进行特异性、敏感性... 【目的】建立特异针对牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1)的实时荧光定量RT-PCR检测方法。【方法】通过比对分析近5年流行的BVDV-1毒株全基因序列,基于保守序列5′-UTR设计特异性引物和探针,优化反应体系和反应条件,并进行特异性、敏感性、重复性及临床样品检测试验。【结果】BVDV-1检测的最佳探针浓度为0.25μmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,对阳性质粒标准品的最低检测限为1.7 copies/μL。特异性试验显示:建立的方法仅能特异性扩增BVDV-1,对蓝舌病、口蹄疫、水泡性口炎、小反刍兽疫和猪瘟等病毒不发生交叉反应,特异性良好,变异系数小于1%。采用建立的方法对172份临床血液样本进行BVDV核酸检测,结果检出BVDV阳性样本33份,阳性率为19.19%,与《牛病毒性腹泻/粘膜病诊断技术规范》(GB/T 18637—2018)中实时荧光定量RT-PCR检测结果一致。【结论】本研究建立的BVDV基因1型实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于临床样本的检测,为BVDV-1的检测及监测提供了有力的技术手段。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1) 实时荧光定量rt-pcr 病毒检测
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传染性胰脏坏死病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 张文 徐立蒲 +5 位作者 吕晓楠 王小亮 曹欢 王姝 王静波 王澎 《中国动物检疫》 CAS 2023年第4期106-113,共8页
传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)是一种严重危害鲑鳟鱼类的重要传染性病原。为建立IPNV快速检测方法,根据IPNV VP2蛋白编码基因保守序列,设计并筛选出特异性引物和Taq Man探针,并优化筛选引物以及探针... 传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)是一种严重危害鲑鳟鱼类的重要传染性病原。为建立IPNV快速检测方法,根据IPNV VP2蛋白编码基因保守序列,设计并筛选出特异性引物和Taq Man探针,并优化筛选引物以及探针检测浓度、退火温度和退火时间,建立了一种实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对方法进行了评价。结果显示:该方法灵敏度高,对IPNV的检测限为5 copies/μL;特异性强,对传染性造血器官坏死病毒、鲤春病毒血症病毒、病毒性出血性败血症病毒、草鱼呼肠孤病毒、流行性造血器官坏死病毒等其他病毒核酸扩增均呈阴性;重复性良好,组内与组间重复平均变异系数均小于3%;用本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法,对40份经病毒分离鉴定的样品进行IPNV检测,符合率为100%。结果表明,本研究建立的方法具有快速、特异、敏感等优点,可检测病毒含量较低的组织样品,对于IPNV的快速检测更具优势。 展开更多
关键词 传染性胰脏坏死病毒 实时荧光定量rt-pcr TAQMAN探针
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实时定量RT-PCR的原理及方法 被引量:34
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作者 阳成波 印遇龙 +3 位作者 黄瑞林 李铁军 单计光 唐志如 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第S1期145-150,共6页
实时定量RT-PCR广泛应用于定量检测mRAN表达水平,为基础研究、分子药物学和生物技术研究提供了一种有力的方法。该法具有易操作、高通量、敏感性高和特异性强的特点,随着新酶、新探针和新仪器的发展而得到快速的发展。本文将对实时定量R... 实时定量RT-PCR广泛应用于定量检测mRAN表达水平,为基础研究、分子药物学和生物技术研究提供了一种有力的方法。该法具有易操作、高通量、敏感性高和特异性强的特点,随着新酶、新探针和新仪器的发展而得到快速的发展。本文将对实时定量RT-PCR的定量原理、仪器应用、探针种类的研究进展以及细胞因子mRNA表达水平检测上的应用作一综述。 展开更多
关键词 细胞因子 定量 实时定量rt-pcr
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四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响 被引量:47
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作者 张驰宇 张高红 +1 位作者 杨敏 贲昆龙 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期387-392,共6页
为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法... 为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法的延伸步骤之后 ,增加一个短暂的 (5s)恒温和荧光检测步骤 ,使这个步骤的温度高于PDs的Tm,但低于扩增产物的Tm,简称该法为四步法 .PDs的Tm 通常高于 72℃ ,但低于扩增产物的Tm .将四步法第四步的温度设置在高于PDs的Tm ,但低于扩增产物的Tm 时 ,四步法能够有效地消除PDs的影响 .对三步法和四步法SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR进行了比较 ,发现三步法根本不能用于RNA的实时定量 ,而四步法能够实现包括低丰度RNA在内的RNA的定量 .选择Tm 值尽可能小的引物 ,使PDs与扩增产物Tm 值之间有足够的差距 ,将更有利于四步法的应用 。 展开更多
关键词 引物二聚体 荧光实时定量rt-pcr SYBR green 四步法 RNA定量
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实时荧光定量RT-PCR分析非小细胞肺癌SATB1的表达和临床病理意义 被引量:32
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作者 周来勇 刘芳 +3 位作者 童健 陈群请 张福伟 郭琳琅 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期534-537,共4页
目的检测非小细胞肺癌组织中SATB1 mRNA的表达,探讨SATB1表达与非小细胞肺癌发生、发展的关系及其临床病理意义。方法用TRIZOL提取非小细胞肺癌组织和正常肺组织总RNA后,将其反转录为cDNA,以实时荧光定量RT-PCR方法检测非小细胞肺癌组... 目的检测非小细胞肺癌组织中SATB1 mRNA的表达,探讨SATB1表达与非小细胞肺癌发生、发展的关系及其临床病理意义。方法用TRIZOL提取非小细胞肺癌组织和正常肺组织总RNA后,将其反转录为cDNA,以实时荧光定量RT-PCR方法检测非小细胞肺癌组织及正常肺组织中SATB1 mRNA的表达,分析SATB1基因表达与临床病理参数的相关性。结果癌组织中SATB1 mRNA表达量为正常组织13倍,两者差异显著(P<0.001),其中有、无转移组分别为正常组织23.63倍和5.57倍。结论SATB1 mRNA的表达水平可能与非小细胞肺癌发生发展及淋巴转移有关,有望成为判断非小细胞肺癌预后的一个指标。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 SATB1 mRNA 实时荧光定量rt-pcr
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利用不同实时定量PCR方法分析相对基因表达差异 被引量:48
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作者 余舜武 刘鸿艳 罗利军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期1214-1218,共5页
利用实时荧光定量PCR方法分析目标基因转录本之间的表达差异,目前常用的分析实验数据的有绝对定量和相对定量方法。为了克服绝对定量方法的繁琐和简化相对定量的分析方法,分别利用2-ΔΔCt、2-ΔCt和标准曲线法对水稻OsRDB1基因在不同... 利用实时荧光定量PCR方法分析目标基因转录本之间的表达差异,目前常用的分析实验数据的有绝对定量和相对定量方法。为了克服绝对定量方法的繁琐和简化相对定量的分析方法,分别利用2-ΔΔCt、2-ΔCt和标准曲线法对水稻OsRDB1基因在不同化学试剂和激素处理下的表达差异进行了分析,发现2-ΔΔCt必须引入标准的看家基因作为参考,计算方法繁琐,计算结果受扩增效率影响;而利用2-ΔCt和标准曲线法计算方便,节省定量PCR试剂,但其结果易受到RNA浓度测量准确率的影响,其中标准曲线法引入斜率消除扩增效率的影响,最能测得实际的原始拷贝数差异。 展开更多
关键词 相对定量 标准曲线 实时荧光定量PCR OsRDB1
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SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR测定猴免疫缺陷病毒RNA拷贝数方法的建立 被引量:29
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作者 丛喆 李兆忠 +5 位作者 魏强 许琰 蒋虹 佟巍 卢圣栋 涂新明 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2006年第4期271-275,共5页
目的建立SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。方法巢式RT-PCR扩增SIV病毒RNAgag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEMT载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经限制性... 目的建立SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。方法巢式RT-PCR扩增SIV病毒RNAgag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEMT载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经限制性内切酶NotⅠ酶切后,进行体外转录,转录出的RNA产物(RS)纯化后10倍系列稀释,作出标准曲线,作为SIV病毒RNA荧光定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR GREEN RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100 copies/μL。结论制备的RS外标准品纯度高,SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。 展开更多
关键词 SIV 病毒载量 实时荧光定量rt-pcr SYBR GreenⅠ
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应用实时荧光定量TaqManRT-PCR检测口蹄疫病毒 被引量:18
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作者 花群义 金宁一 +3 位作者 周晓黎 董俊 杨云庆 徐自忠 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期116-119,共4页
按照口蹄疫病毒 (FMDV )聚合酶 3D基因序列 ,设计合成了引物和探针 ,经各反应条件的优化 ,建立了实时荧光定量 RT- PCR技术 ,对细胞培养物、水泡液、水泡皮及分泌物、血液中的 FMDV进行了特异性检测和敏感性试验。结果 ,用 30 0 nmol/ L... 按照口蹄疫病毒 (FMDV )聚合酶 3D基因序列 ,设计合成了引物和探针 ,经各反应条件的优化 ,建立了实时荧光定量 RT- PCR技术 ,对细胞培养物、水泡液、水泡皮及分泌物、血液中的 FMDV进行了特异性检测和敏感性试验。结果 ,用 30 0 nmol/ L 的引物浓度和 2 0 0 nmol/ L 探针浓度 ,获得的 CT值较小 ,而 ΔRn最大 ;可检测到相当于 0 .1 TCID50 的病毒 RNA;与 VSV和其他水泡性病毒不发生交叉反应 ;制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系 ,且线性范围宽 ,相关系数为 0 .984 ;组内和组间试验重复性的变异系数 (CV)分别为 5 .4 %和 6 .7% ;与常规 RT- PCR相比较 ,该方法具有快速、特异、敏感、可定量 。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 荧光定量rt-pcr 实时检测 口蹄疫
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褐色橘蚜中柑橘衰退病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:12
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作者 李玲娣 周常勇 +5 位作者 李中安 田晓 王永江 唐科志 周彦 刘金香 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期525-533,共9页
【目的】建立SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR方法,测定褐色橘蚜(Toxoptera citricida)中柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)含量。【方法】根据CTV CP25保守序列,设计特异性引物HD-F/R,通过优化得到最佳反应条件建立橘蚜中CTV实... 【目的】建立SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR方法,测定褐色橘蚜(Toxoptera citricida)中柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)含量。【方法】根据CTV CP25保守序列,设计特异性引物HD-F/R,通过优化得到最佳反应条件建立橘蚜中CTV实时荧光定量RT-PCR,并进行灵敏性、重复性检验,评价该方法的可行性。应用该方法测定单头橘蚜中CTV含量。【结果】该实时荧光定量RT-PCR方法最低检测限为9.0拷贝/μL,其灵敏度是常规RT-PCR的100倍。标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关性系数为0.998,扩增效率达104.7%。批内和批间变异系数均小于3.24%,表明该方法重现性好。获毒24 h单头橘蚜中CTV最低含量为2.5×103拷贝,最高含量为1.24×106拷贝。【结论】本研究建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法能够准确检测褐色橘蚜中的CTV,可用于研究褐色橘蚜-CTV-寄主互作关系及CTV的流行。 展开更多
关键词 褐色橘蚜 柑橘衰退病毒 实时荧光定量rt-pcr
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猪嵴病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:9
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作者 修金生 陈小权 +1 位作者 王斌 李涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期922-926,共5页
目的本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法检测PKV的3D基因在6.42×102~6.42×108拷贝/μL范围... 目的本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法检测PKV的3D基因在6.42×102~6.42×108拷贝/μL范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为(84.94±0.24)℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。结论本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染水平和确定感染靶器官提供新的检测方法。 展开更多
关键词 猪嵴病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量rt-pcr
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实时荧光定量RT-PCR内参基因的选择 被引量:58
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作者 陈凤花 王琳 胡丽华 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期393-395,共3页
关键词 实时荧光定量rt-pcr 内参基因
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鸡γ-干扰素实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:9
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作者 王群 刘光亮 +2 位作者 童铁钢 肖一红 吴东来 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期631-635,共5页
为建立一种检测鸡γ干扰素的实时荧光定量RT-PCR方法,采用RT-PCR方法从ConA诱导活化的鸡脾淋巴细胞的总RNA中扩增得到鸡γ干扰素(ChIFN-γ)和鸡的28 S rRNA(Ch28 S)基因,将其分别克隆至体外转录载体后经体外转录获得了ChIFN-γ和Ch2... 为建立一种检测鸡γ干扰素的实时荧光定量RT-PCR方法,采用RT-PCR方法从ConA诱导活化的鸡脾淋巴细胞的总RNA中扩增得到鸡γ干扰素(ChIFN-γ)和鸡的28 S rRNA(Ch28 S)基因,将其分别克隆至体外转录载体后经体外转录获得了ChIFN-γ和Ch28 S的RNA,采用各自的特异性引物及Taqman探针,以Ch28 S RNA作为内参进行一步法实时荧光定量RT-PCR,检测ChIFN-γ.结果表明:ChIFN-γ和内参Ch28 S的Ct值与标准品稀释梯度在1×102~1×107拷贝/μL范围分别呈良好的线性关系,γ2均大于0.99.此方法用于检测ChIFN-γ,具有简便、高效、敏感、特异的特点. 展开更多
关键词 鸡-γ干扰素 实时荧光定量rt-pcr 检测方法
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