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不同产地甘草中核苷和碱基类成分分析与评价
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作者 谢明霞 朱正清 +4 位作者 陈思 杜可 王芷 郭东卫 王汉卿 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期78-85,共8页
为揭示不同产地甘草物质基础不同,本研究采用UPLC-TQ/MS测定153批不同产地甘草样品中12种核苷、碱基类成分含量,并利用主成分分析(PCA)和偏最小二乘判别分析(PLS-DA)进行不同产地质量特征分析。研究结果显示,不同产地总核苷、碱基类成... 为揭示不同产地甘草物质基础不同,本研究采用UPLC-TQ/MS测定153批不同产地甘草样品中12种核苷、碱基类成分含量,并利用主成分分析(PCA)和偏最小二乘判别分析(PLS-DA)进行不同产地质量特征分析。研究结果显示,不同产地总核苷、碱基类成分含量宁夏>甘肃>内蒙古>新疆,产地之间存在显著差异(P<0.05)。甘草核苷类成分以胞苷和鸟苷含量较高,二者占总核苷和碱基含量的26.2%~47.8%;碱基类成分以腺嘌呤和鸟嘌呤较高,二者占总核苷和碱基含量的19.3%~38.7%。基于测定的12种核苷、碱基类成分,PLS-DA判别分析可以将不同产地的甘草分为两组,一组为宁夏和内蒙古产甘草,另外一组为甘肃和新疆产甘草,主要差异成分为鸟嘌呤、腺嘌呤、尿苷、胞苷和鸟苷。进一步采用PLS-DA分别分析两个组内不同产地的甘草质量特征显示,甘肃和新疆产甘草可以明确区分,宁夏和内蒙古产甘草不能准确区分。以上研究结果表明,不同产地甘草中核苷、碱基类成分存在差异,进而影响其质量特征。基于核苷、碱基类成分分析,宁夏和内蒙古产甘草质量一致度较高。本研究为揭示不同产地甘草质量存在差异提供了理论支持,为其合理开发利用奠定了基础。 展开更多
关键词 甘草 核苷 碱基 产地 质量评价
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DNA碱基编辑技术的研究进展及在猪基因修饰中的应用
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作者 杨帅朋 屈子啸 +1 位作者 朱向星 唐冬生 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期127-144,共18页
碱基编辑技术起源于CRISPR/Cas系统,是目前最新的基因定点修饰技术。根据碱基编辑器的功能特点,可将碱基编辑器分为胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor,CBE)、腺嘌呤碱基编辑器(adenine base editor,ABE)、糖基化酶碱基编辑器(glyco... 碱基编辑技术起源于CRISPR/Cas系统,是目前最新的基因定点修饰技术。根据碱基编辑器的功能特点,可将碱基编辑器分为胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor,CBE)、腺嘌呤碱基编辑器(adenine base editor,ABE)、糖基化酶碱基编辑器(glycosylase base editor,GBE)、腺嘌呤碱基颠换编辑器(adenine transversion base editor,AYBE)、双碱基编辑器(dual base editor,DBE)和引导编辑器(prime editor,PE)。自碱基编辑系统诞生以来,已经广泛运用于动植物的研究中,并且已经证明了它在动植物遗传改良和疾病治疗中具有巨大应用价值。猪作为一种重要的农业经济动物和优良的动物疾病模型,对其进行遗传改良则变得十分重要。碱基编辑技术因其操作便利、高效、副产物少以及性价比高等特点,被迅速应用于动植物的遗传改良,并为人类的基因治疗提供技术支持。本文着重介绍了碱基编辑技术的开发、优化、应用特点、存在的问题以及对未来的展望,并总结了其在猪中的应用。以期为相关科研工作者了解碱基编辑技术提供参考。 展开更多
关键词 基因编辑 碱基编辑 遗传改良 疾病模型
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激发态DNA碱基对分子间相互作用的理论研究
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作者 邵博孝 吴玮 苏培峰 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期24-33,共10页
[目的]利用本课题组发展的定量分析方法研究激发态DNA碱基对分子间相互作用的本质,以及不同类型的电子跃迁对DNA碱基对分子间相互作用的影响.[方法]采用广义Kohn-Sham能量分解分析方法(generalized Kohn-Sham based energy decompositio... [目的]利用本课题组发展的定量分析方法研究激发态DNA碱基对分子间相互作用的本质,以及不同类型的电子跃迁对DNA碱基对分子间相互作用的影响.[方法]采用广义Kohn-Sham能量分解分析方法(generalized Kohn-Sham based energy decomposition analysis,GKS-EDA),对两种Waston-Crick构型和两种stacked构型的DNA碱基对分子间相互作用本质进行理论研究.[结果]对于Waston-Crick构型的碱基对,n→π^(*)跃迁削弱了轨道极化作用但加强了电子相关作用,激发态分子间相互作用由电子相关作用主导,而π→π^(*)跃迁对分子间氢键影响较小;对于stacked构型的碱基对,π→π^(*)跃迁削弱了静电相互作用但增强了电子相关作用.[结论]Waston-Crick构型碱基对分子间相互作用本质受电子激发跃迁影响较大,而电子激发跃迁基本不改变stacked构型碱基对分子间相互作用本质. 展开更多
关键词 激发态 DNA碱基 分子间相互作用 能量分解分析
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基于LC-MS/MS技术的水蛭配方颗粒中7种碱基和核苷成分分析方法的建立
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作者 姜俊 程春雷 杨昊 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期359-362,共4页
本文建立了一种使用岛津超高效液相色谱仪Nexera X2和三重四极杆质谱仪LCMS-8050联用测定水蛭配方颗粒中7种碱基和核苷成分的分析方法.水蛭配方颗粒以10%甲醇50℃超声提取30 min,MRM正负模式同时检测.以Discovery■HS F5-3色谱柱进行分... 本文建立了一种使用岛津超高效液相色谱仪Nexera X2和三重四极杆质谱仪LCMS-8050联用测定水蛭配方颗粒中7种碱基和核苷成分的分析方法.水蛭配方颗粒以10%甲醇50℃超声提取30 min,MRM正负模式同时检测.以Discovery■HS F5-3色谱柱进行分离,流动相为0.15%甲酸水溶液和甲醇,10 min内完成梯度洗脱.本方法采用外标法定量,7种化合物在相应的浓度范围内线性关系良好,判定系数(R^(2))均大于0.996,定量限在0.42—3.94μg·g^(-1)之间. 10 ng·mL^(-1)的混合标准品溶液连续进样6次,待测化合物峰面积RSD均小于6%,精密度良好.平行6份加标回收试验,7种化合物平均回收率在87.09%—105.81%之间,RSD%在1.35%—4.70%之间.残留实验结果为阴性.该方法准确可靠,可为水蛭配方颗粒的质量控制提供参考依据. 展开更多
关键词 LC-MS/MS 水蛭 配方颗粒 碱基 核苷
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不同AM真菌处理滇重楼中9种核苷和碱基含量分析
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作者 张兰胜 郭冬琴 +1 位作者 黄小兰 周浓 《中国野生植物资源》 CSCD 2024年第1期58-63,92,共7页
目的:研究不同丛枝菌根(AM)真菌对滇重楼产量和品质的影响,为筛选滇重楼的优良AM真菌株提供科学依据。方法:以灭菌土壤为生长基质,于室温盆栽条件下对滇重楼新鲜根茎与28种AM真菌共同培养后采样,选取浸泡于FAA固定液中滇重楼根系30条,采... 目的:研究不同丛枝菌根(AM)真菌对滇重楼产量和品质的影响,为筛选滇重楼的优良AM真菌株提供科学依据。方法:以灭菌土壤为生长基质,于室温盆栽条件下对滇重楼新鲜根茎与28种AM真菌共同培养后采样,选取浸泡于FAA固定液中滇重楼根系30条,采用Philips J M等的方法染色、制片、镜检,根据Trouvelot等的方法统计菌根侵染率,以及用HPLC测定和比较分析各处理组滇重楼根茎中核苷(胞苷、尿苷、鸟苷、胸苷、腺苷、2′-脱氧腺苷)和碱基(尿嘧啶、鸟嘌呤、腺嘌呤)的含量。结果:多数处理组滇重楼AM真菌侵染率均有所提高,其中Ga、Asc和Asp处理组的浸染率最显著(P<0.05);不同AM真菌对滇重楼根茎中核苷和碱基含量的影响有所差异;滇重楼根茎中核苷和碱基的积累可能同时存在协同和竞争2种效应。结论:施加外源AM真菌对滇重楼根内AM真菌的侵染率具有调控(增减)作用,在人工栽培过程中接种Sde、Gd、Sca、Spe、Svi、Pb等6种优势AM真菌,能有效促进滇重楼的品质。 展开更多
关键词 滇重楼 AM真菌 侵染率 核苷 碱基
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碱基吸收剂脱除SO_(3)试验研究
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作者 宋玉宝 谢新华 +5 位作者 何川 宋友亚 虢德军 赵雪成 马云龙 方朝君 《热力发电》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期122-126,共5页
燃煤机组选择性催化还原(SCR)烟气脱硝系统在运行过程中,烟气中的NH3与SO_(3)在特定温度下生成液态硫酸氢铵(ABS),易在0~40%低负荷造成脱硝催化剂ABS失活和加剧空气预热器冷端换热元件ABS灰垢堵塞。碱粉喷射脱除SO_(3)是控制ABS的重要方... 燃煤机组选择性催化还原(SCR)烟气脱硝系统在运行过程中,烟气中的NH3与SO_(3)在特定温度下生成液态硫酸氢铵(ABS),易在0~40%低负荷造成脱硝催化剂ABS失活和加剧空气预热器冷端换热元件ABS灰垢堵塞。碱粉喷射脱除SO_(3)是控制ABS的重要方法,但现有的格栅式多喷嘴装置存在喷射不均、SO_(3)脱除效率低等问题。研发了立式气固流态化混合分配装置,改善了烟道截面的粉体喷射均匀性。中试试验结果显示:SCR脱硝系统上游烟气中的SO_(3)脱除效率达到55.6%,催化剂ABS结露温度降低8.6℃,最低连续喷氨运行温度降低11.9℃,可拓展催化剂安全运行温度下限,并减轻对机组调峰负荷下限的制约;空气预热器上游SO_(3)脱除效率达到84.3%,ABS沉积影响系数降低86.9%,可延缓空气预热器冷端的ABS灰垢堵塞;烟囱SO_(3)排放浓度约为2.5~3.4 mg/m^(3),可消除蓝色烟羽。 展开更多
关键词 燃煤机组 SO_(3) 碱基吸收剂 气固流态化 CFD模拟 中试试验
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应用ABEEM极化力场研究核酸碱基和氨基酸侧链的相互作用
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作者 卢丽男 杨忠志 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第1期56-63,共8页
对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很... 对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很好体现了体系极化效应.在碱基和氨基酸之间的相互作用中氢键起到了很重要的关键作用.ABEEMPFF通过氢键拟合函数对氢键相互作用区域进行特殊的考虑和处理.研究结果表明,应用ABEEM电荷模型计算得到4个碱基模型、5个氨基酸侧链模型和20个相互作用模型的电荷分布以及偶极矩,计算结果与量子力学方法(QM)相媲美.应用ABEEMPFF对29个模型分子进行结构的优化得到稳定结构,与QM计算的结果以及实验的构象有很好的一致性.应用ABEEMPFF和QM方法计算20个碱基和氨基酸相互作用模型的相互作用能,计算结果表明带电的氨基酸侧链与碱基的相互作用能大于不带电氨基酸侧链.氨基酸侧链与碱基的相互作用能的顺序为:Lys>Asp/Glu>Arg>Asn/Gln>Ser/Thr.ABEEMPFF研究碱基和氨基酸侧链的相互作用,为研究和揭示蛋白质和核酸的相互识别机理奠定了良好的基础. 展开更多
关键词 ABEEM极化力场 电荷分布 氢键 碱基和氨基酸侧链相互作用
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基于DFRI碱基理论的传统村落景观基因推演与修复 被引量:3
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作者 彭科 刘沛林 +1 位作者 杨立国 邓运员 《地理科学》 CSCD 北大核心 2023年第6期981-991,共11页
采用对比与类别的方法,定义了景观基因的4种功能“碱基”,解析其遗传表达机制,并以汝城县永丰村的景观基因修复为例开展实证研究。研究结论如下:①景观基因由分异、形态、响应、迭代4种碱基排列组合而成,其排列顺序决定了村落景观的遗... 采用对比与类别的方法,定义了景观基因的4种功能“碱基”,解析其遗传表达机制,并以汝城县永丰村的景观基因修复为例开展实证研究。研究结论如下:①景观基因由分异、形态、响应、迭代4种碱基排列组合而成,其排列顺序决定了村落景观的遗传信息。②景观基因序列在横向上满足碱基的两两配对规律,在纵向上能体现村落演化的时序性与过程性。③通过景观基因的测序推演,总结了永丰村文化载体的分异特征,以此修补缺失的分异碱基。④通过形成场所依恋和建立场所认同可以恢复文化环境,重新建立永丰村的“响应-环境”平衡,以此激活响应碱基。⑤在传统村落景观破碎化严重的情况下,可以通过DFRI碱基理论推演与修复景观基因。 展开更多
关键词 传统村落 景观基因 景观基因碱基 景观基因序列 景观基因修复
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功能性人造碱基分子的修饰及动力学研究
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作者 孟庆田 《山东师范大学学报(自然科学版)》 2023年第4期289-303,共15页
概述了近些年来功能性人造碱基分子的修饰及动力学研究方面的国内外现状,并结合本团队近几年在碱基分子的修饰和功能调控研究方面所做的相关工作,在理论分析碱基分子的光电磁性质的同时,进一步阐述对人造碱基分子进行修饰的策略,探讨理... 概述了近些年来功能性人造碱基分子的修饰及动力学研究方面的国内外现状,并结合本团队近几年在碱基分子的修饰和功能调控研究方面所做的相关工作,在理论分析碱基分子的光电磁性质的同时,进一步阐述对人造碱基分子进行修饰的策略,探讨理论计算在功能性碱基分子设计与合成中所发挥的作用,以期能从生物物理和化学的角度为功能性分子的调控研究提供一些有意义的参考。 展开更多
关键词 功能性人造碱基 量子化学计算 光电磁性质 取代基和扩环修饰
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DNA结构中碱基比率的计算规律
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作者 侯国湘 张立文 《六盘水师范学院学报》 1994年第4期68-70,共3页
DNA是生物界的主要遗传物质,它的空间结构最大特点之一是碱基互补配对,而且A只能与T配对或T与A配对;G只能与C配对或C与G配对。因此,组成DNA分子的碱基虽有四种,但其配对方式只有两种,故不能用数学中的排列组合法去任意配对,这也是由碱... DNA是生物界的主要遗传物质,它的空间结构最大特点之一是碱基互补配对,而且A只能与T配对或T与A配对;G只能与C配对或C与G配对。因此,组成DNA分子的碱基虽有四种,但其配对方式只有两种,故不能用数学中的排列组合法去任意配对,这也是由碱基本身分子结构及配对时的氢键数目,决定了DNA分子空间结构的横挡必须一样长(20)所致。 展开更多
关键词 DNA 碱基互补配对 碱基 互补链 排列组合 RNA 互补碱基 碱基 题干 碱基顺序
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D18S51基因座等位基因侧翼序列四碱基缺失3例
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作者 韩晓龙 刘宏 +2 位作者 徐曲毅 徐际超 刘超 《刑事技术》 2023年第3期324-326,共3页
3例无关人员口腔拭子经DNA提取后采用AGCU EX20、AGCU EX30、VeriFiler Plus和PowerPlex?21四种试剂盒检测,同一样本在D18S51基因座获得了相差1个重复单元的两种等位基因分型。本文利用Sanger测序法分别对上述3例人员样本的D18S51基因... 3例无关人员口腔拭子经DNA提取后采用AGCU EX20、AGCU EX30、VeriFiler Plus和PowerPlex?21四种试剂盒检测,同一样本在D18S51基因座获得了相差1个重复单元的两种等位基因分型。本文利用Sanger测序法分别对上述3例人员样本的D18S51基因座及上下游区域进行检测。经序列比对,发现3个样本的基因组中D18S51基因座下游chr18:63281892-63281895位置均存在[GTTT]的四碱基缺失。建议针对D18S51基因座设计引物时,应选择在上述碱基缺失位置上游区域进行。 展开更多
关键词 法医遗传学 D18S51基因座 Sanger测序 侧翼序列 碱基缺失
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谷氨酸棒杆菌中胞嘧啶碱基编辑工具的PAM拓展
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作者 刘佳慧 刘叶 +1 位作者 花尔并 王猛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期49-57,共9页
碱基编辑是一种新兴的基因组编辑技术,具有不产生双键断裂、不依赖同源重组且不需要添加外源模板的优势,在真核及原核生物中得到了广泛的开发与应用。为了进一步扩展碱基编辑技术在谷氨酸棒杆菌中的基因组覆盖范围,本研究将3种PAM限制... 碱基编辑是一种新兴的基因组编辑技术,具有不产生双键断裂、不依赖同源重组且不需要添加外源模板的优势,在真核及原核生物中得到了广泛的开发与应用。为了进一步扩展碱基编辑技术在谷氨酸棒杆菌中的基因组覆盖范围,本研究将3种PAM限制较为宽松的新型Cas9突变体应用于胞嘧啶碱基编辑工具中,分别为近乎PAMless的SpRY突变体(NRN>NYN PAM)、SpG突变体(NGN PAM),以及ScCas9^(++)蛋白(NNG PAM),实现对碱基编辑工具的PAM拓展。结合SpRY突变体的碱基编辑系统展示出了更宽松的PAM识别,除对CAT、CAC、TAA PAM的位点完全没有编辑外,对其他NRN种类的PAM位点均出现了不同程度的识别,但整体编辑效率低,难以推广应用;结合SpG突变体的碱基编辑系统可实现对所有NGN种类PAM位点的编辑,且编辑效率优于SpRY突变体,但对NGG PAM位点的编辑,相比原始Cas9蛋白,编辑效率下降9.3%-55.9%;结合ScCas9^(++)蛋白的碱基编辑系统,除对TCG、CTG PAM的基因组位点没有编辑外,可实现对其他测试NNG PAM的基因组位点编辑,大部分位点基因组编辑效率均较高,最高可达100%。本研究的开展不仅有助于碱基编辑工具在谷氨酸棒杆菌中覆盖更多的基因组位点,同时也为其他基于CRISPR/Cas系统的基因组编辑工具的PAM拓展提供有力的参考。 展开更多
关键词 胞嘧啶碱基编辑 谷氨酸棒杆菌 PAM拓展 CRISPR/Cas系统
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单碱基多态性与单碱基多态性分析 被引量:3
13
作者 陈琳玲 廖端芳 李凯 《南华大学学报(医学版)》 2003年第2期138-139,共2页
关键词 碱基多态性 碱基序列 基因多态性 神经性耳聋 临床检测 高保真DNA聚合酶 错配碱基
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基于注意力机制的RNA碱基关联图预测方法
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作者 曹一航 黄强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第3期657-667,共11页
目的长链非编码RNA在遗传、代谢和基因表达调控等方面发挥着重要作用。然而,传统的实验方法解析RNA的三级结构耗时长、费用高且操作要求高。此外,通过计算方法来预测RNA的三级结构在近十年来无突破性进展。因此,需要提出新的预测算法来... 目的长链非编码RNA在遗传、代谢和基因表达调控等方面发挥着重要作用。然而,传统的实验方法解析RNA的三级结构耗时长、费用高且操作要求高。此外,通过计算方法来预测RNA的三级结构在近十年来无突破性进展。因此,需要提出新的预测算法来准确的预测RNA的三级结构。所以,本文发展可以用于提高RNA三级结构预测准确性的碱基关联图预测方法。方法为了利用RNA理化特征信息,本文应用多层全卷积神经网络和循环神经网络的深度学习算法来预测RNA碱基间的接触概率,并通过注意力机制处理RNA序列中碱基间相互依赖的特征。结果通过多层神经网络与注意力机制结合,本文方法能够有效得到RNA特征值中局部和全局的信息,提高了模型的鲁棒性和泛化能力。检验计算表明,所提出模型对序列长度L的4种标准(L/10、L/5、L/2、L)碱基关联图的预测准确率分别达到0.84、0.82、0.82和0.75。结论基于注意力机制的深度学习预测算法能够提高RNA碱基关联图预测的准确率,从而帮助RNA三级结构的预测。 展开更多
关键词 深度学习 RNA碱基关联图 结构预测 注意力机制
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欧拉藏绵羊MSTN基因单碱基编辑体系的建立
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作者 赵若琳 张成图 +2 位作者 张迎冰 陈永忠 苏建民 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期274-277,283,共5页
肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因突变时会导致肌纤维增粗,肌肉细胞增多,表现出双肌性状。为敲除欧拉藏绵羊MSTN基因以获得产肉性状更优的欧拉藏绵羊,利用胞嘧啶碱基编辑系统(CBE)在欧拉藏绵羊MSTN基因编码区提前引入终止密码子。在M... 肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因突变时会导致肌纤维增粗,肌肉细胞增多,表现出双肌性状。为敲除欧拉藏绵羊MSTN基因以获得产肉性状更优的欧拉藏绵羊,利用胞嘧啶碱基编辑系统(CBE)在欧拉藏绵羊MSTN基因编码区提前引入终止密码子。在MSTN基因3个外显子区域上各设计1条sgRNA,分别连接至pEF1a-BE4max-NG-mU6-gRNA-blast质粒并转染欧拉藏绵羊耳成纤维细胞,通过Sanger测序和T-A克隆检测,成功筛选出1条靶向外显子I的符合预期的sgRNA,编辑效率20%。本研究成功通过单碱基编辑技术在欧拉藏绵羊耳成纤维细胞MSTN基因编码区进行定点编辑,为通过分子育种培育产肉性状更佳的欧拉藏绵羊新品种奠定基础。 展开更多
关键词 欧拉藏绵羊 碱基编辑 BE4max MSTN
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利用胞嘧啶碱基编辑技术创制耐草甘膦水稻 被引量:1
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作者 卢振万 李雪琪 +1 位作者 黄金光 周焕斌 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期63-69,共7页
草甘膦是目前使用最广泛的广谱灭生性除草剂,培育耐草甘膦基因编辑水稻将有助于改善稻田杂草化学防控效果、减少用药量和简化防控措施。本研究利用胞嘧啶碱基编辑技术对水稻内源草甘膦靶标蛋白基因OsEPSPS的第177位脯氨酸密码子进行碱... 草甘膦是目前使用最广泛的广谱灭生性除草剂,培育耐草甘膦基因编辑水稻将有助于改善稻田杂草化学防控效果、减少用药量和简化防控措施。本研究利用胞嘧啶碱基编辑技术对水稻内源草甘膦靶标蛋白基因OsEPSPS的第177位脯氨酸密码子进行碱基定向替换,通过农杆菌介导的遗传转化获得了靶碱基C定向替换为T的OsEPSPS(P177L)编辑材料,在其自交后代中分离鉴定获得了无外源转基因成分的纯合编辑水稻材料OsEPSPS(P177L)。载药平板试验和喷雾塔喷施试验结果表明OsEPSPS(P177L)纯合编辑水稻材料对草甘膦具有明显的抗性,可耐受四倍的草甘膦田间推荐剂量浓度。进一步调查发现P177L突变并不会对株高和发芽率等经济性状造成干扰。本研究获得的耐草甘膦水稻碱基编辑新种质OsEPSPS(P177L)为水稻的草甘膦抗性改良和稻田的杂草防治开辟了一条新的途径。 展开更多
关键词 水稻 OsEPSPS 胞嘧啶碱基编辑 草甘膦抗性 农艺性状
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基于迁移学习和多视图特征融合提高RNA碱基相互作用预测
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作者 王晓飞 樊学强 李章维 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2023年第3期164-172,共9页
RNA碱基相互作用对维持其三维结构的稳定具有重要作用,准确地预测碱基相互作用可以辅助RNA三维结构的预测。然而,用于预测RNA碱基相互作用的数据量少,导致模型未能充分地学习到数据的特征分布,以及数据存在的特性(对称特性和类别不平衡)... RNA碱基相互作用对维持其三维结构的稳定具有重要作用,准确地预测碱基相互作用可以辅助RNA三维结构的预测。然而,用于预测RNA碱基相互作用的数据量少,导致模型未能充分地学习到数据的特征分布,以及数据存在的特性(对称特性和类别不平衡),都影响了模型的性能。针对模型不充分学习和数据特性问题,在深度学习的基础上,提出了一种高性能的RNA碱基相互作用预测方法tpRNA。tpRNA首次在RNA碱基相互作用预测任务中引入迁移学习以改善因数据量少而产生的模型不充分学习问题,并提出高效的损失函数和特征提取模块,充分发挥迁移学习和卷积神经网络在特征学习方面的优势,以缓解数据特性问题。结果表明,引入迁移学习能减小数据量少导致的模型偏差,提出的损失函数能优化模型的训练,特征提取模块能提取到更有效的特征。与最先进的方法相比,tpRNA在低质量输入特征的情形下具有显著的优势。 展开更多
关键词 RNA碱基相互作用 迁移学习 数据特性 损失函数 卷积神经网络
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柴达木枸杞中8种核苷与碱基类成分分析及产地差异研究
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作者 张国英 赵晓辉 +1 位作者 杨凤梅 张炜 《中国食品添加剂》 CAS 北大核心 2023年第2期237-245,共9页
为了明确柴达木枸杞优势及产地差异,本研究建立高效液相色谱法(HPLC)同时测定柴达木枸杞中8种核苷和碱基类成分的方法,并比较分析柴达木地区不同产地样品中核苷与碱基的组成和含量差异。结果显示:8种核苷与碱基类成分得到较好分离,线性... 为了明确柴达木枸杞优势及产地差异,本研究建立高效液相色谱法(HPLC)同时测定柴达木枸杞中8种核苷和碱基类成分的方法,并比较分析柴达木地区不同产地样品中核苷与碱基的组成和含量差异。结果显示:8种核苷与碱基类成分得到较好分离,线性关系良好,平均加标回收率在96.8%~98.9%之间,RSD均小于1.75%(n=6)。24批柴达木枸杞中均含有8种核苷和碱基类成分,其中:含量最高的为尿苷和鸟苷,其平均值分别为1.686 mg/g和1.614 mg/g;含量最低的为尿嘧啶,其平均值仅为0.014 mg/g,主成分分析和正交偏最小二乘判别分析结果显示德令哈、格尔木、都兰以及乌兰产地的枸杞具有较明显的差异;聚类分析将样品分为德令哈-乌兰分支和格尔木-都兰分支。主成分分析、正交偏最小二乘判别分析以及聚类分析较好地阐释了柴达木枸杞不同产地间的差异。该方法简单,重复性好,准确可靠。 展开更多
关键词 柴达木枸杞 核苷 碱基 主成分分析 正交偏最小二乘判别分析
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碱基编辑技术及其在微生物合成生物学中的应用 被引量:1
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作者 王雁南 孙宇辉 《合成生物学》 CSCD 2023年第4期720-737,共18页
CRISPR/Cas系统的发现与发展对生命科学领域产生了革命性的影响,借助CRISPR/Cas系统研发出的一系列工具为相关领域的研究带来了极大的便利。碱基编辑器便是其中一类基于CRISPR/Cas系统开发的可实现碱基转换和颠换的基因编辑工具,其通过... CRISPR/Cas系统的发现与发展对生命科学领域产生了革命性的影响,借助CRISPR/Cas系统研发出的一系列工具为相关领域的研究带来了极大的便利。碱基编辑器便是其中一类基于CRISPR/Cas系统开发的可实现碱基转换和颠换的基因编辑工具,其通过将胞苷或腺苷脱氨酶以及其他功能元件与失去双链切割活性的Cas蛋白相融合,由sgRNA引导,实现对基因组上目标位置胞嘧啶或腺嘌呤的碱基转换。碱基编辑器一经开发便在生物学、医学等领域展现出巨大的应用潜力,虽然经过不断优化,但目前在使用时仍然存在着许多制约因素。本文简述了几种主要碱基编辑器的发展,并介绍了碱基编辑器存在的靶向范围受限和脱靶编辑的问题以及现有的优化措施。同时列举了我国部分科研工作者将碱基编辑技术运用于微生物合成生物学领域的进展,并展望了碱基编辑技术的发展及其在微生物合成生物学领域的应用前景。 展开更多
关键词 碱基编辑器 特异性优化 靶向范围拓展 微生物 合成生物学
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2023年诺贝尔生理学或医学奖——核苷酸碱基修饰与mRNA疫苗
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作者 鲍昱卉 金容 《生理科学进展》 CAS 2023年第5期415-416,共2页
2023年10月2日,诺贝尔生理学或医学奖授予匈牙利-美国生物学家Katalin Karikó和美国生物学家Drew Weissman,以表彰二人在核苷酸碱基修饰方面的开创性发现,使得针对COVID-19的有效信使核糖核酸(messenger ribonucleic acid,m RNA)... 2023年10月2日,诺贝尔生理学或医学奖授予匈牙利-美国生物学家Katalin Karikó和美国生物学家Drew Weissman,以表彰二人在核苷酸碱基修饰方面的开创性发现,使得针对COVID-19的有效信使核糖核酸(messenger ribonucleic acid,m RNA)疫苗的开发成为可能。Katalin Karikó目前担任德国生物技术公司Bio NTech的高级副总裁,她于1978年在塞格德大学(Szegedi Tudományegyetem,University of Szeged)获得博士学位,后进入塞格德生物研究中心主要从事RNA研究,她是历史上第13位获得诺贝尔生理学或医学奖的女性科学家。 展开更多
关键词 诺贝尔生理学或医学奖 博士学位 生物技术公司 美国生物学家 副总裁 信使核糖核酸 核苷酸碱基 女性科学家
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