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甘蔗3个育种性状与SSR标记的关联分析及优异等位变异发掘
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作者 田春艳 边芯 +6 位作者 郎荣斌 俞华先 桃联安 安汝东 董立华 张钰 经艳芬 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期310-324,共15页
株高、茎径和锤度是甘蔗产量和蔗糖分两大育种目标的主要构成因子,鉴定与其相关的分子标记、发掘优异等位变异及典型载体材料,可为甘蔗分子标记辅助育种提供依据。本试验以62份甘蔗种质资源为材料,于成熟期调查4个种植环境条件下甘蔗株... 株高、茎径和锤度是甘蔗产量和蔗糖分两大育种目标的主要构成因子,鉴定与其相关的分子标记、发掘优异等位变异及典型载体材料,可为甘蔗分子标记辅助育种提供依据。本试验以62份甘蔗种质资源为材料,于成熟期调查4个种植环境条件下甘蔗株高、茎径和锤度3个育种性状,对表型数据进行方差和遗传变异分析,并基于37对SSR标记的分子数据,利用MLM方法进行关联分析,鉴定出优异关联标记并进行表型效应解析,发掘优异等位变异及载体材料。结果表明,基因型、种植环境及其两者互作对株高、茎径和锤度具有极显著影响。3个性状的广义遗传力范围为0.68~0.76,说明具有较稳定的遗传特性,其表现型主要由基因型决定。表型数据统计分析表明, 3个性状均呈现出数量性状的正态分布特征,变异系数范围为6.73%~19.89%,具有较丰富的表型变异。37对SSR引物共检测到204个等位变异,平均每对扩增到5.5135个,基因多样性平均值为0.6779,PIC平均值为0.6252,高度多态性标记(PIC>0.5)占总量的89.19%。群体结构分析表明该群体可分为3个亚群。基于MLM模型,共检测到与株高、茎径和锤度相关的标记20个,表型变异解释率为5.04%~27.98%。其中7个标记在2个及以上环境中均检测到认为是优异关联标记,经表型效应解析共鉴定出8个具有增效效应的优异等位变异及携带优异等位变异的典型载体材料10份。该研究结果对甘蔗产量和糖分性状候选基因挖掘和杂交组合亲本选配具有重要指导意义。 展开更多
关键词 甘蔗 育种性状 SSR 关联分析 优异等位变异 等位变异效应
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小麦酰脲通透酶基因TaUPS2.1-D的克隆及等位变异分析
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作者 孟晓丹 苏秀荣 +6 位作者 程琳 郝世军 张俊辉 李荣荣 任江萍 李磊 王小纯 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期52-58,共7页
【目的】明确小麦酰脲转运蛋白TaUPS2.1-D的亚细胞定位及其在不同小麦品种中的等位变异。【方法】克隆了小麦TaUPS2.1-D基因,构建了TaUPS2.1-D与绿色荧光蛋白(GFP)的融合表达载体,通过转化烟草叶片阐明了TaUPS2.1-D的亚细胞定位。对TaUP... 【目的】明确小麦酰脲转运蛋白TaUPS2.1-D的亚细胞定位及其在不同小麦品种中的等位变异。【方法】克隆了小麦TaUPS2.1-D基因,构建了TaUPS2.1-D与绿色荧光蛋白(GFP)的融合表达载体,通过转化烟草叶片阐明了TaUPS2.1-D的亚细胞定位。对TaUPS2.1-D基因在几千个小麦品种中的变异位点及其变异频率进行分析。【结果】TaUPS2.1-D基因在细胞质膜和内质网上均有明显表达。TaUPS2.1-D基因的等位变异位点变异频率均较低,可见该基因在不同小麦品种中功能相对保守。【结论】小麦酰脲转运蛋白TaUPS2.1-D是一种跨膜转运蛋白,且功能较为保守。 展开更多
关键词 小麦 酰脲通透酶 亚细胞定位 等位变异 氮素利用
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小麦氮利用效率相关基因TaARE1的生物信息学分析及等位变异 被引量:1
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作者 王沙沙 黄绍敏 +4 位作者 宋晓 张珂珂 李杰 刘新浩 李艳 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第22期34-40,共7页
为进一步解析小麦氮素利用效率基因TaARE1的生物学功能,以14个小麦品种为试验材料,通过同源克隆、生物信息学分析以及PCR扩增、测序等方法分析该基因的序列特征、基因启动子区域的顺式作用元件以及该基因在13个小麦品种中的多态性情况... 为进一步解析小麦氮素利用效率基因TaARE1的生物学功能,以14个小麦品种为试验材料,通过同源克隆、生物信息学分析以及PCR扩增、测序等方法分析该基因的序列特征、基因启动子区域的顺式作用元件以及该基因在13个小麦品种中的多态性情况。结果表明,本研究从普通小麦中克隆了3个同源基因TaARE1-A、TaARE1-B和TaARE1-D。这3个基因均包含7个外显子和6个内含子,CDS全长均为1 266 bp,编码421个氨基酸;TaARE1蛋白分子量为48.8 ku,理论等电点pI为5.02;它具跨膜结构,无信号肽,为亲水性蛋白;其蛋白二级结构由4种形式构成,包括α-螺旋(52.73%)、延伸链(17.10%)、β转角(4.28%)、无规则卷曲(25.89%)。TaARE1的启动子区富含3-AF1 binding site、LAMP-element、GATA-motif等8种与光响应有关的顺式作用元件。通过对小麦TaARE1基因的多态性筛选,分别在其启动子上游-261、-421、-819、-887、-969、-1 530 bp位置发现了6个SNP,这些位点可能与小麦产量相关联。本研究可为揭示与TaARE1功能有关的调控机制提供有用的信息,并为进一步开发与氮素利用效率有关的功能标记以及分子标记辅助育种奠定基础。 展开更多
关键词 小麦 氮素利用效率 TaARE1基因 生物信息学 等位变异
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裸燕麦硬度相关基因AnVin-2的等位变异与表达分析
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作者 张文静 王轲 +4 位作者 安江红 秦海英 刘慧艳 杨燕 韩冰 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期417-426,共10页
Vromindolines(Vins)是一种燕麦属(Avena L.)特异的淀粉结合蛋白,能够与淀粉体膜脂相互作用,影响籽粒硬度。为了解Vin-2基因与裸燕麦籽粒硬度的关系,选用裸燕麦核心种质材料街棚莜麦对燕麦Vin-2(AnVin-2)基因进行克隆和等位变异检测,发... Vromindolines(Vins)是一种燕麦属(Avena L.)特异的淀粉结合蛋白,能够与淀粉体膜脂相互作用,影响籽粒硬度。为了解Vin-2基因与裸燕麦籽粒硬度的关系,选用裸燕麦核心种质材料街棚莜麦对燕麦Vin-2(AnVin-2)基因进行克隆和等位变异检测,发掘AnVin-2基因等位变异的检测标记,探究AnVin-2A、AnVin-2C和AnVin-2D基因在籽粒不同发育时期以及4种不同硬度裸燕麦材料(2份软质,2份硬质)成熟籽粒中的表达模式;并选择10份不同硬度裸燕麦材料(5份软质,5份硬质)对AnVin-2C4的等位变异进行鉴定。结果表明,AnVin-2基因在裸燕麦中存在14种等位变异,分别分布在4A、7C和4D染色体上,均无内含子,包含完整的开放阅读框444 bp,可编码147个氨基酸;根据序列差异开发出AnVin-2基因在A、C和D染色体组上的标记以及AnVin-2C1和AnVin-2C4基因的特异标记,且AnVin-2C4在10份不同硬度材料中存在5种等位变异。表达分析发现,AnVin-2C和AnVin-2D基因在籽粒不同发育时期的表达量总体均呈先升后降的变化趋势,但在4份不同硬度材料成熟籽粒中没有明显差异(除冀杂二号成熟籽粒中AnVin-2C基因的表达量显著低于73014-336、8399-3-4和7929-1-6成熟籽粒中的表达量外),AnVin-2A在籽粒不同发育时期均没有检测到表达。以上结果表明,裸燕麦AnVin-2基因以多拷贝形式存在,但其序列多态性与籽粒硬度没有明显关联。 展开更多
关键词 裸燕麦 籽粒硬度 Vromindolines 等位变异
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小麦氮素利用效率基因TaARE1-A等位变异与产量相关性状之间的关系分析
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作者 王沙沙 黄绍敏 +1 位作者 宋晓 张珂珂 《河南农业科学》 北大核心 2023年第12期14-21,共8页
以黄淮海麦区261个小麦品种为材料,分析TaARE1-A基因等位变异与小麦产量相关性状之间的关系,以期获得对提高氮素利用效率、增加小麦产量有重要作用的优异等位变异类型,为小麦分子标记辅助育种提供新的基因资源。结果表明,在67个地方品种... 以黄淮海麦区261个小麦品种为材料,分析TaARE1-A基因等位变异与小麦产量相关性状之间的关系,以期获得对提高氮素利用效率、增加小麦产量有重要作用的优异等位变异类型,为小麦分子标记辅助育种提供新的基因资源。结果表明,在67个地方品种中,59个品种为TaARE1-A-a基因型,其余8个品种为TaARE1-A-b基因型;在194个现代品种中,184个品种为TaARE1-A-a基因型,其余10个品种为TaARE1-A-b基因型。在261个小麦品种中,基因型为TaARE1-A-a的小麦品种的千粒质量、粒长、籽粒周长均显著高于基因型为TaARE1-A-b的小麦品种,穗长、每穗小穗数、穗粒数、粒宽、粒长/粒宽在2种基因型中均无显著差异。综上,TaARE1-A-a基因型可增加小麦粒长、籽粒周长和千粒质量,是一种优良的基因型。 展开更多
关键词 小麦 氮素利用效率 TaARE1-A基因 等位变异 产量相关性状
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黄淮麦区(南片)小麦粒重基因TaGS-D1和TaCwi-A1等位变异检测及效应分析 被引量:1
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作者 陈杰 冉午玲 +9 位作者 陈建辉 赵永涛 朱保磊 徐永贵 白冬 宋佳静 宋全昊 金艳 赵立尚 朱统泉 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期409-416,共8页
小麦粒重是影响小麦产量的重要因素,为了解小麦粒重基因TaGS-D1和TaCwi-A1及其等位变异在黄淮麦区(南片)新育成小麦品种(系)中的分布情况,以94份黄淮麦区(南片)新育成小麦品种(系)为试验材料,利用功能标记GS7D、CWI22和CWI21对试验材料... 小麦粒重是影响小麦产量的重要因素,为了解小麦粒重基因TaGS-D1和TaCwi-A1及其等位变异在黄淮麦区(南片)新育成小麦品种(系)中的分布情况,以94份黄淮麦区(南片)新育成小麦品种(系)为试验材料,利用功能标记GS7D、CWI22和CWI21对试验材料中TaGS-D1和TaCwi-A1位点的等位变异进行检测,并分析了不同等位基因以及等位基因组合与粒重之间的关系。结果表明,在TaGS-D1位点,共检测到TaGS-D1a和TaGS-D1b两种等位基因,分布频率分别为80.85%和19.15%,含有TaGS-D1a等位基因的小麦材料的粒重显著高于含有TaGS-D1b等位基因的材料;在TaCwi-A1位点,共检测到TaCwi-A1a和TaCwi-A1b两种等位基因,分布频率分别为67.02%和32.98%,含有TaCwi-A1a等位基因的小麦材料的粒重显著高于含有TaCwi-A1b等位基因的材料;在TaGS-D1和TaCwi-A1位点,共检测到TaGS-D1a/TaCwi-A1a、TaGS-D1a/TaCwi-A1b、TaGS-D1b/TaCwi-A1a和TaGS-D1b/TaCwi-A1b四种等位基因组合,分布频率分别为56.38%、24.47%、10.64%和8.51%,含有TaGS-D1a/TaCwi-A1a等位基因组合的小麦材料的粒重显著高于具有其余三种等位基因组合的材料,含有TaGS-D1b/TaCwi-A1b等位基因组合的小麦材料的粒重显著低于具有其余三种等位基因组合的材料。 展开更多
关键词 小麦 粒重 等位变异 功能标记
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新疆小麦籽粒SOD活性及TaSOD-A1位点等位变异的分布
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作者 孙玲 程宇坤 +3 位作者 刘鹏 马丽荣 王继庆 耿洪伟 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期427-433,共7页
为了解新疆小麦品种(系)籽粒超氧化物歧化酶(SOD)的活性及TaSOD-A1位点等位变异的分布,用两个功能标记SODA1和SODA11对117份新疆小麦品种(系)的TaSOD-A1位点(基因ID为TraesCS5A01G290800)进行等位变异检测,并结合SOD活性检测结果,分析Ta... 为了解新疆小麦品种(系)籽粒超氧化物歧化酶(SOD)的活性及TaSOD-A1位点等位变异的分布,用两个功能标记SODA1和SODA11对117份新疆小麦品种(系)的TaSOD-A1位点(基因ID为TraesCS5A01G290800)进行等位变异检测,并结合SOD活性检测结果,分析TaSOD-A1位点不同等位变异与SOD活性的相关性。结果表明,含有TaSOD-A1a等位变异材料的籽粒SOD活性显著高于含有TaSOD-A1b等位变异材料的籽粒,二者占比分别为50.4%和49.6%;新疆冬小麦品种(系)中,TaSOD-A1a等位变异的分布频率高低依次为引进品种(系)>自育品种(系)>地方品种;新疆春小麦品种(系)中,只有3份材料含有TaSOD-A1a等位变异,早期品种(系)中未发现含有TaSOD-A1a等位变异的材料。新疆冬小麦品种(系)的籽粒SOD活性平均值显著高于新疆春小麦品种(系),且新疆冬小麦引进品种(系)中含有TaSOD-A1a等位变异材料的籽粒SOD活性平均值也显著高于含有TaSOD-A1b等位变异材料的籽粒SOD活性。 展开更多
关键词 新疆小麦 TaSOD-A1 等位变异 SOD活性
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中国栽培和野生大豆农艺及品质性状与SSR标记的关联分析--Ⅱ.优异等位变异的发掘 被引量:54
8
作者 文自翔 赵团结 +4 位作者 郑永战 刘顺湖 王春娥 王芳 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1339-1349,共11页
在前文研究已检出与农艺品质性状显著关联的SSR位点的基础上,本文进一步对与性状关联位点的等位变异作解析,通过将携带某等位变异的所有材料表型均值与携带无效等位基因(null allele)材料表型均值做比较,估计等位变异的潜在表型效应增量... 在前文研究已检出与农艺品质性状显著关联的SSR位点的基础上,本文进一步对与性状关联位点的等位变异作解析,通过将携带某等位变异的所有材料表型均值与携带无效等位基因(null allele)材料表型均值做比较,估计等位变异的潜在表型效应增量(减量),进一步利用该信息估计位点增效(减效)等位变异的平均效应,鉴别出一批农艺品质性状优异位点、等位变异及携带优异等位变异的载体材料。发现在栽培及野生种质中检出的优异等位变异有同、有异、有互补性。发现关联位点正、负效应等位变异均值间有差异,可根据育种目标性状选择要求,选取适合的位点及相应等位变异。同一标记位点可与多性状关联,其等位变异在不同性状间各有其表型效应的方向和大小;等位变异在相关性状效应上方向、大小的异同解释了性状间正、负相关的遗传原因。关联作图得到的信息可以弥补家系连锁法QTL定位信息的不足,并直接利用等位变异信息进行亲本选拔、组合选配及后代等位条带辅助选择以提高育种成效。 展开更多
关键词 栽培大豆[Glycine max(L.)Merr.] 野生大豆(Glycine SOJA Sieb.et Zucc.) SSR 关联分析 优异等位变异 等位变异效应
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四川地方小麦品种产量与品质相关性状SSR标记位点的优异等位变异遗传解析 被引量:2
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作者 刘涛 权文彦 +5 位作者 吴雪莲 周露 程宇坤 姚方杰 叶雪玲 陈国跃 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期449-456,共8页
为发掘控制小麦产量及品质相关性状的优异等位变异和携带优异等位变异的基因资源,本研究采用与小麦产量及品质相关性状显著关联的13个SSR标记,利用Breseghello提出的无效等位变异(null allele)方法对64份四川地方小麦品种构成的自然群... 为发掘控制小麦产量及品质相关性状的优异等位变异和携带优异等位变异的基因资源,本研究采用与小麦产量及品质相关性状显著关联的13个SSR标记,利用Breseghello提出的无效等位变异(null allele)方法对64份四川地方小麦品种构成的自然群体的等位变异进行遗传解析。共鉴定出38个控制产量相关性状、18个控制品质相关性状的等位变异。其中,7份四川地方小麦品种携带有较多的等位变异(>50个)。优异等位变异分析显示,等位变异产生的表型效应值在方向和大小上均有所不同,在与产量性状关联的5个优异等位变异中,2个具有较大增效效应值(效应值>3.00),其余3个则具有较大的减效效应值(效应值>3.00);与品质性状关联的12个优异等位变异中,9个具有较大的增效效应值,3个具有较大的减效效应值。SSR标记Xgwm372的4个等位变异与产量和品质相关性状均显著关联。基于上述研究结果,这些与小麦产量与品质相关性状显著关联的SSR等位变异可为小麦育种杂交亲本的选择和分子辅助选择育种提供依据。 展开更多
关键词 四川地方小麦品种 SSR 产量和品质相关性状 优异等位变异 等位变异效应
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高、低分子量麦谷蛋白亚基等位变异对小麦加工品质性状的影响 被引量:79
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作者 刘丽 周阳 +3 位作者 何中虎 王德森 张艳 Pea R.J. 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期8-14,共7页
以面包加工品质差异较大的普通小麦DH群体 (Pavon×Avocet) ,其等位变异位点为Glu A1(N和 2 )、Glu B1(7+8和 17+18)、Glu D1(2 +12和 5 +10 )、Glu A3(a和b)和Glu B3(b和h) ,研究了HMW GS和LMW GS等位变异对小麦加工品质的影响。... 以面包加工品质差异较大的普通小麦DH群体 (Pavon×Avocet) ,其等位变异位点为Glu A1(N和 2 )、Glu B1(7+8和 17+18)、Glu D1(2 +12和 5 +10 )、Glu A3(a和b)和Glu B3(b和h) ,研究了HMW GS和LMW GS等位变异对小麦加工品质的影响。结果表明 ,HMW GS和LMW GS等位变异对籽粒蛋白质含量和SDS沉降值的影响未达显著水平 ,对和面时间与耐揉性的影响达 1%显著水平。按位点贡献大小排序 ,Glu D1>Glu B1>Glu B3>Glu A1>Glu A3;就单个亚基而言 ,在Glu A1位点N与 2 差异较小 ,在Glu B1位点 7+8>17+18,在Glu D1位点 5+10 >2 +12 ,Glu A3位点的GluA3a与GluA3b对小麦品质的效应差异不显著 ,在Glu B3位点GluB3b>GluB3h。亚基组合为 2 、7+8、5 +10、GluB3b和N、7+8、5 +10、GluB3b的DH系 ,其加工品质优良 ;亚基组合为 2 、17+18、2 +12和GluB3h的DH系 。 展开更多
关键词 分子量 麦谷蛋白亚基 等位变异 小麦加工 品质性状
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利用关联分析发掘小麦自然群体旗叶叶绿素含量的优异等位变异 被引量:27
11
作者 李玮瑜 张斌 +3 位作者 张嘉楠 昌小平 李润植 景蕊莲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期962-970,共9页
为揭示小麦自然群体干旱胁迫条件下旗叶叶绿素含量的变化,筛选相关标记的优异等位变异,以262份小麦种质资源组成的自然群体为材料,分别种植在北京的2个试验地点,均设雨养和灌溉处理,于开花期和灌浆期检测旗叶叶绿素含量。以分布于21条... 为揭示小麦自然群体干旱胁迫条件下旗叶叶绿素含量的变化,筛选相关标记的优异等位变异,以262份小麦种质资源组成的自然群体为材料,分别种植在北京的2个试验地点,均设雨养和灌溉处理,于开花期和灌浆期检测旗叶叶绿素含量。以分布于21条染色体的169个SSR标记检测所有材料的基因型,利用STRUCTURE2.3.2软件分析群体结构,用TASSEL软件的MLM(mixed linear model)方法对小麦自然群体的旗叶叶绿素含量进行关联分析。在此基础上,将携带某等位变异的所有材料表型均值与携带无效等位基因(null allele)材料表型均值比较,估计等位变异的表型效应,鉴别优异等位变异。共检测到2048个等位变异,每位点2~37个等位变异,平均12个。每位点的标记多态性信息量(PIC)为0.008~0.936,平均0.628。在22个标记位点共检测出40个(次)与旗叶叶绿素含量极显著的关联,其中11个标记位点有2次以上的关联,Xwmc419-1B和Xgwm501-2B分别有3次关联。在Xcfa2123-7A、Xgwm232-1D和Xgwm429-2B位点分别检测到效应值大于4.0的等位变异。 展开更多
关键词 小麦 叶绿素含量 SSR 关联分析 等位变异
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Glu-1和Glu-3等位变异及1BL/1RS易位与面包和面条品质关系的研究 被引量:26
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作者 刘丽 周阳 +2 位作者 刘建军 何中虎 杨金 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1265-1273,共9页
高分子量麦谷蛋白亚基(HMW-GS)和低分子量麦谷蛋白亚基(LMW-GS)组成和1BL/1RS易位是决定小麦加工品质的关键因素。将试验Ⅰ80份和试验Ⅱ78份国内外小麦品种分别在2种和4种环境条件下种植,研究了HMW-GS和LMW-GS的组成及1BL/1RS易位对面... 高分子量麦谷蛋白亚基(HMW-GS)和低分子量麦谷蛋白亚基(LMW-GS)组成和1BL/1RS易位是决定小麦加工品质的关键因素。将试验Ⅰ80份和试验Ⅱ78份国内外小麦品种分别在2种和4种环境条件下种植,研究了HMW-GS和LMW-GS的组成及1BL/1RS易位对面团流变学特性、面包和面条品质的影响。结果表明,Glu-B1、Glu-D1和Glu-B3位点对面团流变学特性、面包和面条品质的效应较大,而Glu-A3位点的效应较小。单个亚基对面筋强度和面包体积的贡献大小为,在Glu-A1位点,1>2*>N;在Glu-B1位点,7+8>7+9;在Glu-D1位点,5+10>4+12>2+12;在Glu-A3位点,Glu-A3d>Glu-A3c>Glu-A3a;在Glu-B3位点,Glu-B3d>Glu-B3f>Glu-B3b>Glu-B3j。单个亚基对延伸性和面条评分的贡献大小为,在Glu-A1位点,1>N;在Glu-B1位点,20>7+9>7+8;在Glu-D1位点,4+12>5+10≥2+12;在Glu-A3位点,Glu-A3c≥Glu-A3d>Glu-A3a;在Glu-B3位点,Glu-B3b≥Glu-B3f>Glu-B3d>Glu-B3j。1BL/1RS易位对面团流变学特性、面包和面条品质皆有极显著的负面影响。 展开更多
关键词 GLU-1 Glu-3 等位变异 1BL/1RS易位 面包 面条 品质 小麦
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小麦抗旱品种的遗传多样性分析及株高优异等位变异挖掘 被引量:41
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作者 魏添梅 昌小平 +1 位作者 闵东红 景蕊莲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期895-904,共10页
为了解北方冬麦区小麦抗旱品种的遗传多样性,筛选株高相关标记的等位变异,选用117个均匀分布于小麦各条染色体的SSR标记,对136份小麦抗旱品种进行分析。共检测到1484个等位变异,平均每个标记12.6个等位变异,变化范围为2~42个,供试材料... 为了解北方冬麦区小麦抗旱品种的遗传多样性,筛选株高相关标记的等位变异,选用117个均匀分布于小麦各条染色体的SSR标记,对136份小麦抗旱品种进行分析。共检测到1484个等位变异,平均每个标记12.6个等位变异,变化范围为2~42个,供试材料的多态性遗传信息含量(PIC)变化范围为0.016~0.941,平均为0.640。聚类分析把同一地区或育种单位育成的品种、具有共同亲本的姊妹品种聚为一类,部分相近年代选育的品种也分别聚在一类,国外材料的基因导入对育成品种的遗传基础产生了影响。关联分析表明,在旱地条件下与株高显著相关的标记有19个(P<0.01),其中6个极显著相关(P<0.001);在水地条件下与株高显著相关的标记也有19个,其中7个极显著相关。水、旱两种条件下共检测出与株高极显著相关的标记9个,分别是Xbarc125(7D)、Xbarc168(2D)、Xgwm126(5A)、Xgwm130(2B)、Xgwm212(5D)、Xgwm285(3B)、Xgwm495(4B)、Xgwm95(2A)和Xwmc396(7B),其中Xgwm285的220bp、Xgwm495的181bp、Xgwm212的99bp和Xbarc125的167bp等位变异是与矮秆关联的优异等位基因。 展开更多
关键词 遗传多样性 等位变异 株高 关联分析 小麦
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水稻纹枯病抗性关联分析及抗性等位变异发掘 被引量:18
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作者 孙晓棠 卢冬冬 +8 位作者 欧阳林娟 胡丽芳 边建民 彭小松 陈小荣 傅军如 贺晓鹏 贺浩华 朱昌兰 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期779-787,共9页
采用苗期微室接种鉴定法,用144个分布于水稻全基因组的多态性标记,利用TASSEL软件GLM(Q)、MLM(Q+K)和MLM(PCA+K)3种模型对456份水稻材料组成的自然群体进行纹枯病抗性关联分析。结果发现,有13个标记位点至少在2种模型中均被检测到与纹... 采用苗期微室接种鉴定法,用144个分布于水稻全基因组的多态性标记,利用TASSEL软件GLM(Q)、MLM(Q+K)和MLM(PCA+K)3种模型对456份水稻材料组成的自然群体进行纹枯病抗性关联分析。结果发现,有13个标记位点至少在2种模型中均被检测到与纹枯病抗性显著关联,单个位点可解释表型变异的1.84%~8.42%;其中10个标记位点位于以往报道的连锁定位的抗纹枯病QTL附近,3个标记位点(RM1036、RM5371和RM7585)是未曾报道的新的抗病相关位点。抗性等位变异RM7585-150对纹枯病发病病级减效效应最大;有259份材料携带抗性等位变异RM5371-129,占供试材料总数的56.8%,只有26份材料携带抗性等位变异RM1036-82,占供试材料总数的5.7%。水稻纹枯病发病病级与其含有的抗性等位变异数量呈极显著的负相关。本研究结果将为水稻抗纹枯病分子标记辅助育种提供理论依据。 展开更多
关键词 水稻 纹枯病 关联分析 抗性等位变异
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中国大豆种质抗SCN基因rhg1位点SSR标记等位变异特点分析 被引量:21
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作者 王文辉 邱丽娟 +3 位作者 常汝镇 马凤鸣 谢华 林凡云 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期246-250,共5页
利用与抗大豆胞囊线虫病主效基因rhg1紧密连锁的SSR标记Satt30 9分析 6 34份中国大豆种质 ,以 2 1份美国种质为对照 ,目的是明确我国抗大豆胞囊线虫病种质资源的特点 ,为大豆抗胞囊线虫病种质资源鉴定及抗线育种提供依据。 14 9份免疫... 利用与抗大豆胞囊线虫病主效基因rhg1紧密连锁的SSR标记Satt30 9分析 6 34份中国大豆种质 ,以 2 1份美国种质为对照 ,目的是明确我国抗大豆胞囊线虫病种质资源的特点 ,为大豆抗胞囊线虫病种质资源鉴定及抗线育种提供依据。 14 9份免疫或高抗种质和 4 95份感病种质共鉴定出 6个等位变异 ,其中介于 134bp和 14 9bp之间的Satt30 9- 5为新等位变异 ,具有该等位变异的陕西三股条黑豆和山西忻县小黑豆分别免疫和中抗 1号生理小种。对不同等位变异、不同抗性等级和抗不同生理小种种质的分析表明 :92 .13%的感病种质具有 12 5bp、131bp或 14 9bp等位变异 ,抗病种质在各等位变异都有分布 ,但以 12 8bp和 134bp为主 ,在具有这两个等位变异的种质中 ,有 72 .4 6 %表现为抗病 ,且 77.2 7%的免疫种质、87.6 9%的双抗种质和 10 0 %的三抗种质都具有这两个等位变异。16份具有 12 8bp等位变异的种质中有 14份来自山西省 ,另有 2份是黑龙江省和河北省的育成品种 ,推测山西省可能是Satt30 9位点 12 8bp等位变异种质的起源地。本研究结果可为大豆抗胞囊线虫病育种的抗源选择提供一定的参考依据。 展开更多
关键词 大豆 种质 抗SCN基因 胞囊线虫病 等位变异特点 SSR标记 抗线育种 抗源选择
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104份甘肃小麦品种脂肪氧化酶和多酚氧化酶活性基因等位变异的检测 被引量:14
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作者 曹东 张雪婷 +5 位作者 王世红 王东霞 赖勇 孟亚雄 王化俊 杨文雄 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期467-473,共7页
面粉和面制品的色泽是评价小麦品质的重要指标。小麦脂肪氧化酶(LOX)和多酚氧化酶(PPO)活性对面粉白度及面制品的色泽具有重要影响。为给甘肃省小麦品质育种提供参考依据,以104份甘肃省育成的小麦品种为材料,利用功能标记LOX16、LOX18、... 面粉和面制品的色泽是评价小麦品质的重要指标。小麦脂肪氧化酶(LOX)和多酚氧化酶(PPO)活性对面粉白度及面制品的色泽具有重要影响。为给甘肃省小麦品质育种提供参考依据,以104份甘肃省育成的小麦品种为材料,利用功能标记LOX16、LOX18、PPO18、PPO16和PPO29检测TaLox-B1、PpoA1及Ppo-D1位点的等位变异,分析甘肃小麦品种资源中LOX和PPO活性基因的组成和分布特点。结果表明,在甘肃小麦中,等位变异TaLox-B1a和TaLox-B1b的频率分别为22.12%和77.88%;其中,甘肃冬小麦品种高LOX活性等位变异TaLox-B1a的分布频率(30.56%)高于春小麦(3.13%)。等位变异Ppo-A1a、PpoA1b、Ppo-D1a和Ppo-D1b的频率分别为49.04%、50.96%、50.96%和49.04%;两个PPO基因的等位变异组合Ppo-A1a/Ppo-D1b、Ppo-A1a/Ppo-D1a、Ppo-A1b/Ppo-D1b和Ppo-A1b/Ppo-D1a的分布频率依次为28.85%、20.19%、20.19%和30.77%。说明在甘肃小麦品种中,低LOX活性等位变异(TaLox-B1b)品种比例较高;低PPO活性等位变异(Ppo-A1b、Ppo-D1a)品种分布比例略高于高PPO活性类型;其中,32份小麦品种在TaLox-B1、Ppo-A1和Ppo-D1三个位点同时含有高LOX活性和低PPO活性的等位变异。 展开更多
关键词 甘肃小麦 脂肪氧化酶 多酚氧化酶 等位变异 功能标记
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基于关联分析发掘烟草高钾优异等位变异 被引量:11
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作者 樊文强 孙鑫 +3 位作者 杨爱国 程立锐 张忠锋 任民 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第2期100-107,共8页
采用全基因组454个SSR位点对96份烤烟种质资源进行了群体分型,获得有效等位变异1038个。NJ聚类分析将供试材料分为3个类群,群体结构分析表明,当K=3时,ΔK值最大。同时对该供试材料在4个环境进行了烟叶钾含量测定,其频率符合正态分布。... 采用全基因组454个SSR位点对96份烤烟种质资源进行了群体分型,获得有效等位变异1038个。NJ聚类分析将供试材料分为3个类群,群体结构分析表明,当K=3时,ΔK值最大。同时对该供试材料在4个环境进行了烟叶钾含量测定,其频率符合正态分布。采用混合线性模型(MLM),进行了标记-性状关联分析,获得11个烟草钾含量的关联标记。通过不同基因型的钾含量对比,获得5个高钾优异等位变异。为验证这些优异等位变异,本研究又利用这5个关联标记扫描了其他130份烟草种质,获得了一致的结果。表明可以利用这5个高钾等位变异对烟草种质资源进行定性筛选,促进烟草高钾种质的利用和品种选育。 展开更多
关键词 烟草 高钾 关联分析 SSR标记 优异等位变异
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中国春小麦籽粒硬度puroindoline基因等位变异检测 被引量:9
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作者 陈锋 何中虎 +2 位作者 陈东升 张春利 夏先春 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期217-224,共8页
【目的】研究中国不同麦区春小麦籽粒硬度基因型分布规律,为小麦品质改良和各麦区间资源交流提供依据。【方法】以中国7个省、自治区的140份春小麦主栽品种、高代品系和主要亲本为材料,采用单籽粒谷物硬度测试仪、特异引物的PCR扩增、PC... 【目的】研究中国不同麦区春小麦籽粒硬度基因型分布规律,为小麦品质改良和各麦区间资源交流提供依据。【方法】以中国7个省、自治区的140份春小麦主栽品种、高代品系和主要亲本为材料,采用单籽粒谷物硬度测试仪、特异引物的PCR扩增、PCR产物的酶切(PvuII内切酶)和改进的SDS-PAGE凝胶电泳对其SKCS硬度及其基因型进行鉴定。【结果】中国春麦区以硬质类型为主,共有野生型、Pina-D1b、Pinb-D1b、Pinb-D1c(先前未曾在中国冬麦区发现)和Pinb-D1p共5种类型。其中,Pinb-D1b在硬质麦占据主导地位,为51.5%;其次是Pina-D1b,为37.9%;Pinb-D1c和Pinb-D1p类型分别为4.9%和5.8%。后二者分布具有明显的地域性,Pinb-D1c主要分布在青海,Pinb-D1p则主要分布在甘肃。各puroindoline突变型SKCS硬度值显著高于野生型,Pina-D1b和Pinb-D1c类型SKCS硬度值显著高于Pinb-D1b和Pinb-D1p类型。【结论】本试验明确了puroindoline基因在中国春麦区的分布规律,总体上虽然以Pinb-D1b类型为主,但Pina-D1b类型分布也较为广泛,尤其在黑龙江等地区,因其对品质加工有一定的负面影响,建议该类型分布比例较高的地区多引进一些其它相对优良的基因型,如Pinb-D1b类型等。 展开更多
关键词 春小麦 籽粒硬度 PUROINDOLINE基因 等位变异
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中国春小麦品种籽粒硬度等位变异的STS检测 被引量:9
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作者 郭世华 何中虎 +2 位作者 夏兰芹 王洪刚 张庆祝 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1797-1803,共7页
籽粒硬度是重要的小麦品质性状。采用单籽粒硬度仪(SKCS)和STS标记对春麦区主要推广品种和品系55份进行了籽粒硬度和Puroindoline等位变异类型检测,结果表明,全国春麦品种61.8%为硬质类型,混合和软质品种频率较低,分别为25.5%和12.7%,S... 籽粒硬度是重要的小麦品质性状。采用单籽粒硬度仪(SKCS)和STS标记对春麦区主要推广品种和品系55份进行了籽粒硬度和Puroindoline等位变异类型检测,结果表明,全国春麦品种61.8%为硬质类型,混合和软质品种频率较低,分别为25.5%和12.7%,SKCS硬度指数分布范围为11~84。共检测到6种Puroindoline基因类型,其中Pinb-D1b 分布范围最广,出现在29个品种(系)中;Pina-D1b有2份,Pinb-D1a为7份,Pinb-D1c、Pinb-D1d和Pinb-D1e分别为1、13和3份。Pinb-D1a(野生型)硬度低于突变型,差异达1%显著水平,Pinb-D1b和Pina-D1d无显著性差异。 展开更多
关键词 籽粒硬度 等位变异 春小麦品种 种籽 中国春 STS标记 春麦区 E基因 突变型 检测
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CIMMYT普通小麦籽粒硬度等位变异的检测 被引量:18
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作者 陈锋 何中虎 +1 位作者 Morten Lillemo 夏先春 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期1277-1283,共7页
籽粒硬度主要由5D染色体短臂的1对主效基因Ha控制,研究籽粒硬度等位变异有助于提高小麦的磨粉和食品加工品质。本试验对国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)的138份历史品种和代表性高代品系的硬度基因型进行了研究。在用SDS-PAGE鉴定Pina-D1 ... 籽粒硬度主要由5D染色体短臂的1对主效基因Ha控制,研究籽粒硬度等位变异有助于提高小麦的磨粉和食品加工品质。本试验对国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)的138份历史品种和代表性高代品系的硬度基因型进行了研究。在用SDS-PAGE鉴定Pina-D1 b/Pinb-D1 a时,用10%甘油代替水配制分离胶,用PDA代替甲叉配制分离胶和浓缩胶,增强了PINA和PINB两种蛋白带型的分辨率。结果表明,与其他国家硬质麦中Pina-D1 a/Pinb-D1 b类型偏多的特点明显不同,CIMMYT硬质小麦中puroindoline a(PINA)蛋白缺失类型(或称Pina-D1 b/Pinb-D1 a)较多,为118个,占85.5%;Pina-D1 a/Pinb-D1 a(野生型)为11个,占8.0%;Pina-D1 a/Pinb-D1 b类型有9个,占6.5%。其中,PINA缺失对小麦籽粒硬度的影响最大,与其他2种基因型硬度值之间差异达5%显著水平。先前研究结果表明,PINA蛋白缺失类型的磨粉品质和面包烘烤品质均劣于Pina-D1 a/Pinb-D1 b类型,因此建议CIMMYT多引进一些其他硬度变异类型的小麦种质,如Pina-D1 a/Pinb-D1 b类型等,以改善其硬度基因型过度单一的局面,从而减少PINA蛋白缺失带来的不利影响。同时,也提醒我国以其他用途如抗病、抗旱等为目的引种CIMMYT小麦时,还应充分考虑PINA蛋白缺失对磨粉和加工品质的不利影响,以更合理引进和有效利用CIMMYT种质资源。 展开更多
关键词 普通小麦 籽粒硬度 等位变异 puroindoline蛋白 STS标记
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