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大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验
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作者 唐雪梅 周彦锋 +6 位作者 方弟安 罗宇婷 张敏莹 蒋书伦 张希昭 彭飞 尤洋 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期413-423,共11页
利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 ... 利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 803 017 bp,占全基因组长度的2.53%;在6种重复类型的微卫星中,二核苷酸数量最多(401 585个,占比68.35%)。针对微卫星位点设计的99对引物中,有39对具有多态性,选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验,结果表明,多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现,洄游型群体(崇明岛群体)遗传变异丰富(平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576),与淡水群体[太湖群体(陆封型)和连环湖群体(移植型)]分属于2个不同的遗传群组,两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平(遗传分化指数高于0.25,P<0.05);淡水群体(太湖和连环湖群体)的遗传变异相对匮乏,2个群体间的遗传距离较小,虽存在显著的遗传分化,但遗传分化水平较低(遗传分化指数为0.102,P<0.05)。本研究结果表明,洄游型群体具有潜在的种质资源保护价值,可为后续大银鱼全基因组微卫星标记开发和遗传图谱构建等提供依据,并为后续更大范围的群体种质资源评估与管理提供参考。 展开更多
关键词 大银鱼 基因组简单重复序列 生态型群体 遗传分化
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马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发
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作者 葛健辉 关文志 +7 位作者 任晋东 牛宝龙 胡金春 王伟 翁旭东 楼宝 于瑾 许晓军 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2584-2593,共10页
为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选... 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为0.339~0.830,其中12对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 马口鱼 全基因组 简单重复序列 多态性
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简单重复序列标记荧光染料检测和银染显影技术的比较
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作者 孙祺 张倩 +5 位作者 柳依 梁芬 邓译婷 程丽莎 汤文浩 张毅 《中南农业科技》 2023年第4期58-61,共4页
简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)标记具有数量丰富、多态性、共显性等优点,在遗传育种研究中被广泛应用。传统的SSR标记检测为聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染显影,该方法操作步骤繁琐且对环境造成较大污染,已逐渐被淘汰。开发... 简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)标记具有数量丰富、多态性、共显性等优点,在遗传育种研究中被广泛应用。传统的SSR标记检测为聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染显影,该方法操作步骤繁琐且对环境造成较大污染,已逐渐被淘汰。开发新的银染显影替代技术具有很好的实用价值。利用抗稻瘟病SSR标记Pi2检测48份水稻材料,分别采用荧光染料和银染显影技术显示SSR结果,基于相同的材料和引物对2种方法的检测结果进行比较,建立并优化了荧光染料检测技术。结果表明,与传统的银染显影法相比,荧光染料检测的灵敏度与银染显影法相当,但荧光染料检测技术克服了银染显影技术的不足,具有高效率、综合成本低、操作简便、可靠及环境友好等优点,减小了对人体、环境的毒害。与传统银染法相比,荧光染料检测技术在不危害人体健康,不威胁环境的情况下,应用更广泛。 展开更多
关键词 简单重复序列(Simple Sequence Repeat SSR) 荧光染料检测 银染显影技术 聚丙烯酰胺凝胶电泳 水稻
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简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选 被引量:152
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作者 余艳 陈海山 葛学军 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期15-19,共5页
以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。 展开更多
关键词 简单重复序列 基因组 豆科 ISSR 引物筛选 沙冬青
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中国李简单重复序列(SSR)反应体系的建立 被引量:29
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作者 乔玉山 章镇 +2 位作者 沈志军 房经贵 郭洪 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2004年第1期83-86,共4页
探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明,引物对中国李有通用性,25μ LSSR反应体系中,Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板... 探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明,引物对中国李有通用性,25μ LSSR反应体系中,Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板DNA和dNTPs等5种成分的适宜浓度分别是:1.5U、2.0mmol·L^-1、0.8μmol·L^-1、30~40ng和0.16~0.24mmol·L^-1。 展开更多
关键词 中国李 SSR 反应体系 简单重复序列
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简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较 被引量:8
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作者 忻雅 方献平 +4 位作者 王淑珍 童建新 来文国 汪建荣 余红 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期278-287,共10页
利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态... 利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多
关键词 草莓 简单重复序列 序列相关扩增多态性 遗传多样性
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核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析 被引量:7
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作者 李伟 陈怀谷 +2 位作者 张爱香 陈丽华 姜伟丽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1154-1160,共7页
利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magna... 利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和黑粉菌(Ustilago maydis)等几种植物病原真菌基因组中的SSRs进行了比较。结果表明:核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富,分别为6539和8627个,并且在结构类型和分布规律上具有一定的相似性;与其他几种病原真菌相比,核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时,我们发现真菌基因组中SSRs的丰度与基因组的大小及GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs引物提供了有益的信息。 展开更多
关键词 核盘菌 灰葡萄孢 简单重复序列 群体遗传学
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羌活和宽叶羌活简单重复序列区间扩增反应体系的正交优化 被引量:5
8
作者 古松 蒋舜媛 +3 位作者 唐学芳 孙辉 杨志荣 孙群 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期2892-2894,共3页
目的通过探讨羌活和宽叶羌活ISSR实验中各种因素的影响,以建立羌活和宽叶羌活的简单重复序列区间扩增(ISSR—PCR)最佳反应体系。方法利用正交实验设计L9(3^4)对羌活和宽叶羌活ISSR-PCR反应体系的4因素(Mg^2+,dNTP,引物,Taq酶... 目的通过探讨羌活和宽叶羌活ISSR实验中各种因素的影响,以建立羌活和宽叶羌活的简单重复序列区间扩增(ISSR—PCR)最佳反应体系。方法利用正交实验设计L9(3^4)对羌活和宽叶羌活ISSR-PCR反应体系的4因素(Mg^2+,dNTP,引物,Taq酶)在3个水平上进行优化实验,PCR结果用SPSS13.0统计软件分析,并设置梯度PCR进行引物退火温度筛选。结果在20μl ISSR—PCR反应体系中,各组分的最适浓度为:2.0mmol/L Mg^2+,250μmol/L dNTPs,0.50μmol/L引物,1U Taq酶,40ng DNA模板;模板DNA 40—90μg,不同引物有不同的最佳退火温度,范围在48—52℃。结论该优化体系的建立为进一步进行羌活和宽叶羌活种群间遗传多样性研究提供了参考。 展开更多
关键词 羌活 宽叶羌活 简单重复序列区间扩增 正交实验设计
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甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测 被引量:5
9
作者 吴静 丁勇 刘成友 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期42-47,共6页
目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970~2... 目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970~2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008~2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008~2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。 展开更多
关键词 时间序列 ARIMA模型 简单重复序列 甲型H1N1流感病毒 预测
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甜槠种群遗传多样性的简单重复序列区间初步分析 被引量:3
10
作者 金则新 李钧敏 潘冠琼 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期672-678,共7页
应用简单重复序列区间(ISSR)分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究.从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物,在9个种群179个个体中共检测到202个位点,其中198个是多态位点,多态位点百分率(P)为9... 应用简单重复序列区间(ISSR)分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究.从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物,在9个种群179个个体中共检测到202个位点,其中198个是多态位点,多态位点百分率(P)为98.02%.各种群多态位点百分率在60.40%~70.30%,平均为65.29%.甜槠物种水平的Shannon信息指数(I)为0.5322、Nei指数(h)为0.3597.各种群J平均为0.3635、h平均为0.2468.AMOVA分子差异分析表明,65.96%的变异存在于种群内,34.04%的变异存在于种群间,种群间的基因分化系数(GST)为0.3138.甜槠种群间的基因流(Nm)为1.0933.9个种群的平均遗传距离为0.1849,遗传距离与地理距离呈显著正相关.利用UPGMA法对9个种群进行聚类,结果显示浙江省内的8个种群聚成一类,庐山种群单独成一类. 展开更多
关键词 甜槠 遗传多样性 遗传分化 简单重复序列区间(ISSR)
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梨属植物收录序列中简单重复序列的分析 被引量:2
11
作者 易芍文 胡忠荣 +2 位作者 陈伟 高正清 李坤明 《西南农业学报》 CSCD 2004年第1期65-70,共6页
植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析,又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列,共挖掘出30... 植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析,又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列,共挖掘出300个简单重复序列。其中231个是从以EST为主的收录序列中挖掘的。这些分析为梨属资源的遗传变异、品种鉴别、基因标记及进化研究提供了重要的信息依据。 展开更多
关键词 简单重复序列 基因库 收录序列
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水稻白叶枯病菌基因组简单重复序列分析 被引量:4
12
作者 樊颖伦 吕山花 刘立科 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第20期9387-9390,共4页
[目的]分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。[方法]利用开放的基因组数据库资源,对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10... [目的]分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。[方法]利用开放的基因组数据库资源,对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10331、MAFF311018和PXO99^A进行系统的比较分析,包括基因组中SSR的结构类型、分布、丰度等;并以实例解读了在应用中可能遇到的问题。[结果]在这3个白叶枯病菌菌株的基因组中,由1~6个核苷酸为基序的SSR序列分别有940、926和1 035个;平均每隔5.26、5.34和5.06 kb的距离就有1个大于15 bp的SSR序列。在1~6个核苷酸为基序的SSR序列中,数量最多的是6碱基重复,其次分别是3、5、4、2碱基重复序列,而单碱基重复数目极少。在这3个菌株的基因组中,种类丰富、变异性高的是4、5、6个核苷酸的重复基序,但等位序列上3种菌株间的基序可能不同。[结论]3种白叶枯病菌菌株的SSR在结构类型和分布规律上均具有一定的相似性。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 基因组 简单重复序列
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玉米简单重复序列不对等交换的热点区域定位 被引量:1
13
作者 汤继华 马西青 +3 位作者 滕文涛 严建兵 戴景瑞 李建生 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期958-961,共4页
生物基因组中简单重复序列的多态性是同源染色体不对等交换的结果之一,因此明确不对等交换的热点区域具有重要的理论意义。利用来源于优良玉米杂交种豫玉22的一套重组近交系(RIL)群体,对其遗传组成进行了SSR标记分析,发现40个不对等交换... 生物基因组中简单重复序列的多态性是同源染色体不对等交换的结果之一,因此明确不对等交换的热点区域具有重要的理论意义。利用来源于优良玉米杂交种豫玉22的一套重组近交系(RIL)群体,对其遗传组成进行了SSR标记分析,发现40个不对等交换的SSR标记,不对等交换在群体间发生的概率介于0.34%~14.63%之间,每世代发生的频率为10-2~10-1,其中(AG)n重复的标记占发生不对等交换总标记的58.3%。有31个不对等交换标记分布于染色体上的11个热点区域,位于第9染色体以外的其他染色体上,其中第3和第5染色体上各分布2个不对等交换的热点区域。 展开更多
关键词 玉米 简单重复序列(SSR) 不对等交换 热点区域
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丁香假单胞菌基因组内简单重复序列的比较分析 被引量:2
14
作者 连玲丽 洪旭鸿 +3 位作者 郑璐平 黄碧芳 谢荔岩 林奇英 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2012年第2期150-155,共6页
【目的】分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息。【方法】基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成... 【目的】分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息。【方法】基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成类型等进行分析。【结果】3个菌株完全重复SSR的分布规律较为相似,其中单碱基的短重复SSR均占绝对优势,多碱基和长重复SSR则较少;菌株B728a、1448A和DC3000的不完全重复SSR总数也较相近,分别为562、529和567,其中数量最多的均为六碱基重复。但3个菌株以四、五和六碱基为基序的SSR在基序组成和数量上则表现出较高的变异性,完全重复SSR中,除AGCC、ACCTGC等基序在两个菌株中同时出现,绝大多数基序仅在单个菌株基因组内出现;不完全重复SSR中,部分基序如CCCTG、ACGCA等的出现频率在不同菌株间存在明显差异。【结论】3个菌株的不完全重复SSR在数量和结构类型上均具有较大的相似性,而菌株间的完全重复SSR在数量和组成上则存在一定差异。 展开更多
关键词 丁香假单胞菌 简单重复序列 基因组
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红树植物海桑简单重复序列区间(ISSR)条件的优化 被引量:55
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作者 李海生 陈桂珠 《广东教育学院学报》 2004年第2期80-83,共4页
海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海... 海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海桑ISSR PCR分析的最适条件:10μLPCR反应体积中,10×buffer(100mmol·L-1KCl,80mmol·L-1(NH4)2SO4,100mmol·L-1Tris HCl,pH9.0,0.5%NP 40)1μL,0.35UTaq酶,2~3.75mmol·L-1Mg2+,300μmol·L-1dNTP,0.3μmol·L-1引物,10ng模板DNA. 展开更多
关键词 红树植物 海桑 遗传多样性 ISSR 简单重复序列区间扩增多态DNA” 分子标记技术
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基于表达序列标签的简单重复序列标记开发策略 被引量:3
16
作者 闫学兵 阙友雄 +1 位作者 许莉萍 李国印 《生物技术通讯》 CAS 2011年第1期118-121,共4页
作为一种新型分子标记,表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记... 作为一种新型分子标记,表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记的开发策略、方法及其应用进展,总结了其中存在的一些问题,目的是为今后该领域的研究提供一定的参考。 展开更多
关键词 表达序列标签 简单重复序列 标记开发 策略
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玉米基因组的简单重复序列遗传研究进展 被引量:9
17
作者 铁双贵 郑用琏 《生物工程进展》 CSCD 2001年第5期59-62,共4页
Maize contains about 3X109base pairs of DNA per haploid genome,of which approximately 80% is repetitive,highly repetitive DNA sequence could be found within either 3 or 5 to the structure gene.These highly repetitive ... Maize contains about 3X109base pairs of DNA per haploid genome,of which approximately 80% is repetitive,highly repetitive DNA sequence could be found within either 3 or 5 to the structure gene.These highly repetitive regions were each composed of unique combinations of different short repetitive sequence.5—methelation of cytosine in sequence 5—CG—3 and 5—CNG—3 were localized within or near highly repetitive DNA.Simple sequence repeat(SSR) are genomic regions which are comprised of highly variable tandem repeat of two to six DNA nucleotides.SSRs have been found throughout the genomes of many eukaryotes and constitute an abundant source of DNA marker. The level of polymorphim studied thus far has been high and has been greater than that found with RFLPs in maize.several efforts are being made to utilize SSR markers for studies of genetic diversity,germplasm identification,population dynamic and mapping projects.SSRs were abundant in the maize genome and be developed as the second useful molecular marker.\; 展开更多
关键词 玉米 基因组 简单重复序列
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天麻简单重复序列与天麻素相关性初探 被引量:4
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作者 王晓丽 宋聚先 +2 位作者 李宝忠 何国栋 郑伟耀 《世界科学技术-中医药现代化》 2009年第6期880-884,共5页
目的:探讨天麻遗传变异与其品质的关系、为天麻优良种质的选育提供科学途径。方法:采用简单重复序列标记技术和高效液相检测不同种质的天麻,进行相关性分析。结果:本研究特异引物产生的特异带型与天麻素含量具有一定的关系,扩增最大片段... 目的:探讨天麻遗传变异与其品质的关系、为天麻优良种质的选育提供科学途径。方法:采用简单重复序列标记技术和高效液相检测不同种质的天麻,进行相关性分析。结果:本研究特异引物产生的特异带型与天麻素含量具有一定的关系,扩增最大片段为520bp最小片段为320bp,出现单上带及双带的样品天麻素含量≥0.20%,出现单下带的样品天麻素含量约为0.20%或<0.20%。结论:本研究初步显示出现高分子量条带类型的样品天麻素含量较高,天麻SSR特异带型与天麻素含量的相关性具有进一步探讨的价值。 展开更多
关键词 天麻苷含量 简单重复序列
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简单重复序列(AAG)_5在百萨偃麦草染色体上的分布 被引量:3
19
作者 温辉芹 裴自友 任永康 《山西农业科学》 2011年第6期505-507,511,共4页
百萨偃麦草是小麦亲缘物种之一,对环境胁迫和生物胁迫具有很强的抗性,是小麦遗传改良的重要资源。为了对导入的外源染色体及片段进行有效鉴定,利用荧光原位杂交方法,研究了合成的简单重复序列(AAG)5在百萨偃麦草染色体上的分布情况。结... 百萨偃麦草是小麦亲缘物种之一,对环境胁迫和生物胁迫具有很强的抗性,是小麦遗传改良的重要资源。为了对导入的外源染色体及片段进行有效鉴定,利用荧光原位杂交方法,研究了合成的简单重复序列(AAG)5在百萨偃麦草染色体上的分布情况。结果表明,(AAG)5在百萨偃麦草上有多个位点,利用(AAG)5作探针可以将百萨偃麦草的各条染色体区分开来。 展开更多
关键词 简单重复序列 百萨偃麦草 荧光原位杂交(FISH)
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简单重复序列TTC调控AtHip1基因表达初探
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作者 张利达 刘诗薇 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2017年第5期64-68,94,共6页
拟南芥AtHip1基因启动子含有一个保守的TTC重复位点,序列预测该TTC位点与水杨酸应答元件相似。定量PCR分析表明AtHip1表达受水杨酸诱导,处理4h后表达量达峰值,随后表达水平逐渐降低。构建5′端启动子系列缺失载体并转化拟南芥分析启动... 拟南芥AtHip1基因启动子含有一个保守的TTC重复位点,序列预测该TTC位点与水杨酸应答元件相似。定量PCR分析表明AtHip1表达受水杨酸诱导,处理4h后表达量达峰值,随后表达水平逐渐降低。构建5′端启动子系列缺失载体并转化拟南芥分析启动子功能。GUS染色和转基因表达分析显示AtHip1启动子-399至-184碱基(base pair,bp)位置的序列片段缺失导致启动子活性降低并丧失水杨酸应答功能。上述结果表明携带有TTC重复位点的启动子区段属AtHip1基因转录调控核心区且具有响应水杨酸信号的功能。 展开更多
关键词 简单重复序列 拟南芥 水杨酸 基因表达 调控元件
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