目的研究我国石斛属植物问的亲缘关系。方法从55个ISSR引物中筛选出14个多态性好的引物对石斛属（Dendrobium）植物基因组DNA进行简单重复问序列（ISSR）分析。利用POPGENE32软件计算ISSR扩增产物的Neig基因多样性指数（H）和Shannon信...目的研究我国石斛属植物问的亲缘关系。方法从55个ISSR引物中筛选出14个多态性好的引物对石斛属（Dendrobium）植物基因组DNA进行简单重复问序列（ISSR）分析。利用POPGENE32软件计算ISSR扩增产物的Neig基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I），标记系统的有效等位基因数（effective number of alleles，NE）。应用NTSYS（3．0）软件计算Neig遗传距离和遗传相似系数。按照非加权平均距离法（UPGMA）构建聚类关系图。结果14条引物共扩增出123条带，多态性带112条，约占总数的91．06％，平均每个引物扩增的DNA带数为8．79条。Neig基因多样性指数（H）为0．3519，Shannon信息指数（I）为0．5282，有效等位基因数（NE）为1．5945，种间的相似系数介于0．0909～0．6957，平均为0．3779。结论我国石斛品种的遗传基础比较丰富，ISSR分子标记构建的亲缘关系树状图与经典分类系统基本一致．展开更多
目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研...目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。展开更多
文摘目的研究我国石斛属植物问的亲缘关系。方法从55个ISSR引物中筛选出14个多态性好的引物对石斛属（Dendrobium）植物基因组DNA进行简单重复问序列（ISSR）分析。利用POPGENE32软件计算ISSR扩增产物的Neig基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I），标记系统的有效等位基因数（effective number of alleles，NE）。应用NTSYS（3．0）软件计算Neig遗传距离和遗传相似系数。按照非加权平均距离法（UPGMA）构建聚类关系图。结果14条引物共扩增出123条带，多态性带112条，约占总数的91．06％，平均每个引物扩增的DNA带数为8．79条。Neig基因多样性指数（H）为0．3519，Shannon信息指数（I）为0．5282，有效等位基因数（NE）为1．5945，种间的相似系数介于0．0909～0．6957，平均为0．3779。结论我国石斛品种的遗传基础比较丰富，ISSR分子标记构建的亲缘关系树状图与经典分类系统基本一致．
文摘目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。
