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江苏地区一株鲤浮肿病毒的检测和系统进化分析
1
作者 袁锐 方苹 +6 位作者 郭闯 吴亚锋 陈静 王晶晶 唐嘉荩 金承玲 刘肖汉 《江苏海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第1期9-15,共7页
为及时掌握江苏省水生动物重大疫病流行趋势以便采取控制措施,应用国标或行标方法对江苏地区某养殖场的健康鲤鱼样品进行水生动物重大疫病监测,检测了锦鲤疱疹病毒(koi herpes virus, KHV)、鲤春病毒血症病毒(spring viremia of carp vi... 为及时掌握江苏省水生动物重大疫病流行趋势以便采取控制措施,应用国标或行标方法对江苏地区某养殖场的健康鲤鱼样品进行水生动物重大疫病监测,检测了锦鲤疱疹病毒(koi herpes virus, KHV)、鲤春病毒血症病毒(spring viremia of carp virus, SVCV)和鲤浮肿病毒(carp edema virus, CEV)。结果显示CEV阳性,系江苏省首次检出CEV。基于CEV P4a基因进行系统进化分析,结果显示该病毒与NCBI序列号为KY024583.1的CEV亲缘关系最近。该研究可为江苏省鲤浮肿病毒的流行传播规律探寻、疾病诊断和防控提供重要依据。 展开更多
关键词 鲤鱼 鲤浮肿病毒 系统进化分析 流行情况
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缩骨鲫Cyt b基因和控制区序列克隆及系统进化分析
2
作者 李强 郑鹏 +5 位作者 黄文炜 彭苏汉 周江伟 詹华伟 蓝昭军 桂林 《湖南农业科学》 2023年第10期7-10,25,共5页
研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫(Carassius auratus var. Suogu)线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序,并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析,探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明:... 研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫(Carassius auratus var. Suogu)线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序,并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析,探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明:缩骨鲫线粒体DNA中Cyt b基因和控制区全序列分别长1 141和924 bp;其中,Cyt b基因的碱基含量为29.1%(T)、27.9%(C)、28.7%(A)和14.3%(G),控制区序列的碱基含量为32.6%(T)、20.7%(C)、32.6%(A)和14.1%(G);2种序列中G+C含量均明显低于A+T含量,且G含量偏低,显示了与其他脊椎动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征;控制区序列可以分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,均识别到了对应的保守序列;基于邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建缩骨鲫与其他鲫属鱼类Cyt b基因的系统进化树表明,缩骨鲫与红鲫和淇河鲫的亲缘关系最近,而缩骨鲫与野鲫、淇河鲫和红鲫分布在同一个姐妹支系,进一步说明缩骨鲫可能起源于野鲫,是野鲫的一个地方种群。 展开更多
关键词 缩骨鲫 细胞色素B基因 控制区 系统进化分析
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帚状江蓠质体UPA和线粒体COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析
3
作者 徐瑞 陈素文 +4 位作者 段亚飞 张文文 王珺 周传朋 王芸 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2023年第3期302-313,共12页
为研究海南省帚状江蓠(Gracilaria edulis)野生群体的种质资源、遗传多样性状况及红藻门物种间亲缘关系,采集海南省文昌和莺歌海潮间带的野生帚状江蓠,采用PCR扩增获得帚状江蓠质体UPA基因片段(质体23S rRNA V区域)和线粒体COⅠ基因片段... 为研究海南省帚状江蓠(Gracilaria edulis)野生群体的种质资源、遗传多样性状况及红藻门物种间亲缘关系,采集海南省文昌和莺歌海潮间带的野生帚状江蓠,采用PCR扩增获得帚状江蓠质体UPA基因片段(质体23S rRNA V区域)和线粒体COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。结果表明,UPA基因片段T、C、A、G的含量分别为26.2%、16.2%、30.3%、27.3%;COⅠ基因片段T、C、A、G的含量分别为39.2%、15.1%、27.6%、18.1%;UPA和COⅠ基因片段的A+T的平均含量分别为56.5%和66.8%。UPA基因片段长度为370bp,共检测出1种单倍型,无多态性位点;COⅠ基因片段长度为664bp,共检测出2种单倍型,3个多态性位点,均为简约信息位点。与UPA基因相比,COⅠ基因具有更高的变异度,更适合用于帚状江蓠遗传多样性的分析。基于UPA和COⅠ基因片段对帚状江蓠进行系统进化分析,两者结果一致,结合形态学分析表明,帚状江蓠应是江蓠属内独立的分支。 展开更多
关键词 帚状江蓠 UPA基因 COⅠ基因 序列分析 系统进化分析
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宁夏野生岩羊PPRV全基因组测定与系统进化分析
4
作者 阚龙飞 孟宪踊 +10 位作者 闫飞虎 李元果 王铁成 徐钰 初冬 王卫东 李岳城 赵永坤 高玉伟 冯娜 夏咸柱 《野生动物学报》 北大核心 2023年第3期556-564,共9页
为探究宁夏野生岩羊(Pseudois nayaur)小反刍兽疫病毒(Peste des petits rumi-nants virus,PPRV)的分子遗传特征,根据Gen Bank公布的PPRV基因组序列设计并合成13对全基因组扩增引物,通过RT-PCR和DNA测序及拼接获取毒株(wild-bharal/Chin... 为探究宁夏野生岩羊(Pseudois nayaur)小反刍兽疫病毒(Peste des petits rumi-nants virus,PPRV)的分子遗传特征,根据Gen Bank公布的PPRV基因组序列设计并合成13对全基因组扩增引物,通过RT-PCR和DNA测序及拼接获取毒株(wild-bharal/China-NXYH/2021株)全基因组序列,借助DNASTAR和MEGA 7.0软件进行序列分析。结果显示:该毒株属于基因Ⅳ系,基因组全长为15954 nt;在系统进化上,与2013年以来中国流行株和2016—2017年蒙古流行株亲缘关系较近,共同组成一个小的进化分支;在全基因组一致性分析中,与国内新疆流行株goat/China-XJYL/2013一致性最高(99.4%),与国内其他野生动物PPRV株wild-bharal/China-Tibet/2008、Ibex/China-XJBZ/2015和Procapra-przewalskii/China-GS/2018的一致性分别为96.8%、98.8%和99.0%。在H和F蛋白氨基酸多态性分析中,发现该毒株H和F蛋白中均出现了独特的氨基酸突变,分别为H蛋白的R285Q、S421R和F蛋白的R/K/T3W、Q305R。结果表明,小反刍兽疫病毒已传入宁夏野生动物种群,为我国小反刍兽疫根除工作带来新的困难和挑战,需加强对宁夏野生动物PPRV感染情况的追踪和监测,以便及时从传染源和传播途径方面阻断PPRV的传播。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 野生岩羊 宁夏 全基因组测定 系统进化分析
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家蚕核型多角体病毒lef-8基因克隆及系统进化分析
5
作者 张永红 杨大平 +3 位作者 许珍娣 邵榆岚 李玲利 张宏瑞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2126-2134,共9页
【目的】了解云南省德宏州陇川县蚕区家蚕核型多角体病毒(BmNPV)株系的遗传地位和多样性,为厘清云南蚕区BmNPV的起源及科学防控家蚕血液型脓病提供参考依据。【方法】对分离自云南省德宏州陇川县蚕区的BmNPV进行lef-8基因克隆,通过ExPAS... 【目的】了解云南省德宏州陇川县蚕区家蚕核型多角体病毒(BmNPV)株系的遗传地位和多样性,为厘清云南蚕区BmNPV的起源及科学防控家蚕血液型脓病提供参考依据。【方法】对分离自云南省德宏州陇川县蚕区的BmNPV进行lef-8基因克隆,通过ExPASy、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NetOGlyc 4.0、NetPhos 2.0及SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,并基于lef-8基因核苷酸序列相似性,采用MEGA7.0中的邻接法(NJ)构建系统发育进化树。【结果】云南省德宏州陇川县蚕区BmNPV-YNLC株的lef-8基因序列全长2631 bp,共编码876个氨基酸残基;其编码蛋白(LEF-8)无信号肽序列,也不存在跨膜结构域,蛋白分子量为101.63 kD,理论等电点(pI)为8.8;在第750~800位氨基酸残基区域具有较高的疏水性,部分氨基酸位点表现为亲水性,且具有较高抗原指数和表面可及性;存在6个潜在的N-糖基化位点,62个磷酸化位点(25个丝氨酸磷酸化位点,23个苏氨酸酸化位点,14个酪氨酸磷酸化位点),但不存在O-糖基化位点。BmNPV-YNLC株与BmNPV-T3株的lef-8基因核苷酸序列相似性为99.7%,BmNPV-YNLC株lef-8基因在第96~98位核苷酸序列上存在3个碱基(CAA)缺失;此外,还存在2个非同义突变(^(646)T→A和^(1895)C→G)和7个同义突变。基于lef-8基因核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树显示,BmNPV-YNLC株与日本和韩国地区的BmNPV亲缘关系较近,而与我国流行的BmNPV遗传关系较远。【结论】lef-8基因在不同地区来源的BmNPV株系中高度保守,BmNPV-YNLC株与日本和韩国地区的BmNPV亲缘关系较近,但其LEF-8蛋白N端存在氨基酸缺失突变,说明BmNPVYNLC株为云南蚕区的新流行株系。 展开更多
关键词 家蚕 家蚕核型多角体病毒(BmNPV) lef-8基因 遗传多样性 系统进化分析
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重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药基因型及系统进化分析
6
作者 胡小骞 王琴 《安徽医药》 CAS 2023年第8期1605-1610,I0011,共7页
目的通过分析某三甲医院重症监护病房(ICU)的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药基因及系统进化关系,为耐药菌防控的管理提供参考依据。方法收集安徽医科大学第二附属医院2018年3―7月ICU住院病人分离的19株CRKP,使用VITEK-2 Compac... 目的通过分析某三甲医院重症监护病房(ICU)的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药基因及系统进化关系,为耐药菌防控的管理提供参考依据。方法收集安徽医科大学第二附属医院2018年3―7月ICU住院病人分离的19株CRKP,使用VITEK-2 Compact系统进行细菌鉴定及药敏试验,应用Illumina Hiseq 2500平台进行全基因组测序(WGS),应用MLST软件测定ST型,应用Kaptive软件检测荚膜型,应用Staramr软件筛查菌株的耐药基因,应用Ridom SeqSphere+软件进行cgMLST分型及最小生成树(MST)的构建,并应用CSI Phylogeny 1.4软件及FigTree v1.4.4软件构建最大似然树(MLT),以分析其系统进化关系。结果19株CRKP除了对替加环素敏感,对其他常用抗菌药物均呈现耐药,19株CRKP均携带blaKPC-2耐药基因,均属于ST11-KL64型,MST图中以AY7007、AY7003为中心聚集为一簇,cgMLST分型均为CT1774型,MLT图显示分为四组克隆型,组内亲缘性关系相近。结论该院ICU分离的CRKP以ST11-KL64-CT1774型为主,并具有多重耐药性,存在医院内播散的风险。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯类 抗药性 细菌 重症监护病房 耐药基因型 系统进化分析
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中国柯萨奇病毒A组16型部分VP1区序列测定及系统进化分析 被引量：19
7
作者 卫灿东 李琳琳 +3 位作者 何雅晴 徐星晔 薛颖 金奇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期223-227,共5页
利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同... 利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同源性均较高,相互间核苷酸同源性为94.5%～98.0%,氨基酸同源性为97.8%～100%.6株中国分离株与Cox.A16国际参考株相比,部分VP1区核苷酸同源性高于78.2%,氨基酸同源性高于为93.3%.基因系统进化分析表明,中国大陆分离的6株Cox.A16与中国台湾流行株Tainan-5079-98(AF177911),与4株日本分离株、瑞典株及美国株GA95-2095(AF081613)、PA94-5753(AF081628)的关系均较近,核苷酸同源性大于93.3%.了解我国Cox.A16流行株的遗传学背景和种系进化关系,对有效地预防和控制Cox.A16流行有重要意义. 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 系统进化分析 VP1区 序列测定 中国分离株 儿童
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2007-2008年北京地区CA16VP1区系统进化分析 被引量：22
8
作者 王娟 罗珍 +3 位作者 范东瀛 高娜 朱俊萍 安静 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第23期2342-2346,共5页
目的了解2007-2008年北京地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CA16)流行情况及其种系进化规律和基因分型。方法收集北京地区2007-2008年133例手足口病病例临床标本,从中筛选CA16毒株,扩增部分毒株VP1区并进行序列测定和分析。结... 目的了解2007-2008年北京地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CA16)流行情况及其种系进化规律和基因分型。方法收集北京地区2007-2008年133例手足口病病例临床标本,从中筛选CA16毒株,扩增部分毒株VP1区并进行序列测定和分析。结果共筛选得到39例45份CA16阳性标本,测定其中16株病毒的VP1区核苷酸序列,其同源性为91.43%～98.65%,氨基酸同源性为97.98%～100%。该16株病毒与GenBank中选取的24株CA16参考株的核苷酸同源性为78.13%～98.65%,氨基酸同源性为89.9%～100%。16株北京分离株中的9株与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,其余7株与我国台湾及周边国家的一系列分离株亲缘关系较近。结论CA16为北京地区手足口病的主要致病原之一,本地区毒株同源性较高,同GenBank中24株CA16参比毒株序列进行系统进化分析显示其属于B基因群,16株北京分离株在系统进化树上有分别归属于两支的趋势。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 系统进化分析
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一株好氧反硝化菌的特征及系统进化分析 被引量：29
9
作者 张光亚 方柏山 +1 位作者 闵航 陈美慈 《华侨大学学报（自然科学版）》 CAS 2004年第1期75-78,共4页
从土壤中分离出一株好氧反硝化菌 ,命名为菌株HN ,分离菌株呈革兰氏染色阳性 ,为球状或杆状 ,菌落颜色显橙红色 .该菌株以硝酸钠为氮源时 ,进行好氧反硝化作用 ,能以乙酰胺为唯一碳源和氮源进行生长 .它的部分长度 1 6SrDNA序列分析表... 从土壤中分离出一株好氧反硝化菌 ,命名为菌株HN ,分离菌株呈革兰氏染色阳性 ,为球状或杆状 ,菌落颜色显橙红色 .该菌株以硝酸钠为氮源时 ,进行好氧反硝化作用 ,能以乙酰胺为唯一碳源和氮源进行生长 .它的部分长度 1 6SrDNA序列分析表明 ,分离菌株HN与Rhodococcusruber的 1 6SrDNA序列具有 99%相似性 . 展开更多
关键词 好氧反硝化菌 系统进化分析 16SRDNA序列 生物脱氮 废水处理
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一株芽孢杆菌16SrRNA的基因序列测定和系统进化分析 被引量：11
10
作者 李瑞芳 赵玉峰 +2 位作者 薛雯雯 田泱源 张长付 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期121-122,125,共3页
从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌。为进一步确定其分类学地位,扩增了BS501基因组的16S rDNA,并将测序结果提交GenBank... 从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌。为进一步确定其分类学地位,扩增了BS501基因组的16S rDNA,并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787)。利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细菌及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对。系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌在进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远。同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16SrDNA 基因测序 系统进化分析
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滁州鲫线粒体细胞色素b基因和控制区序列比较及其系统进化分析 被引量：9
11
作者 胡玉婷 胡王 +3 位作者 凌俊 江河 段国庆 潘庭双 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期101-108,共8页
采用PCR产物直接测序法测定了14尾滁州鲫（Carassius auratus gibelio in Chuzhou）的线粒体细胞色素b（Cytochrome b,Cyt b）基因和控制区（D-loop）全序列,长度分别为1 141 bp和924 bp,且均无核苷酸变异位点。Cyt b基因的T、C、A和G... 采用PCR产物直接测序法测定了14尾滁州鲫（Carassius auratus gibelio in Chuzhou）的线粒体细胞色素b（Cytochrome b,Cyt b）基因和控制区（D-loop）全序列,长度分别为1 141 bp和924 bp,且均无核苷酸变异位点。Cyt b基因的T、C、A和G含量分别为29.2%、27.8%、28.5%和14.5%;D-loop的T、C、A和G含量分别为33.2%、20.1%、32.6%和14.1%。2种序列中A＋T含量（57.7%,65.8%）均明显大于G＋C含量（42.3%,34.2%）,且G含量偏低,显示了与其他水生动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征。通过对滁州鲫的控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。滁州鲫与其他鲫属鱼类的Cyt b和D-loop序列均具有高度的相似性,分别为93%-100%和94%-99%。基于2种序列的分子系统进化树分析均表明,滁州鲫与方正鲫（C.auratus gibelio in Fangzheng）亲缘关系最近,而与来自日本的鲫类群亲缘关系最远。 展开更多
关键词 滁州鲫 细胞色素B 控制区 系统进化分析
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广西1985年～2008年IBV分离株S1基因高变区Ⅰ和N基因的序列和系统进化分析 被引量：16
12
作者 磨美兰 李孟 +6 位作者 韦正吉 陈秋英 范文胜 郎亚辉 黄柏成 韦平 韦天超 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期761-765,799,共6页
为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年～2008年的21株IBV的S1基因HVRⅠ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析。... 为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年～2008年的21株IBV的S1基因HVRⅠ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析。结果发现:广西存在着多种基因型IBV流行;广西IBV分离株S1基因存在广泛的点突变和插入现象;N基因序列存在氨基酸替代现象。21株IBV中12株在S1基因HVRⅠ和N基因遗传进化树中均归属相同群,其余毒株却归属不同的群。2005年分离的GX-NN5存在基因重组现象。以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象,S1和N基因的变异不完全平行,有些毒株间的S1和N基因差异很大。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因高变区Ⅰ N基因 系统进化分析 基因突变 基因重组
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10株绿僵菌菌株分类地位的多基因系统进化分析 被引量：10
13
作者 王萌 殷幼平 +2 位作者 王中康 刘娟娟 廖玉凤 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期14-21,共8页
为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上... 为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上较单基因更为准确,结合多基因系统进化分析结果和形态学特征,将CQMa114、CQMa117、CQMa125、CQMa126、CQMa128归为大孢绿僵菌,CQMa102归为蝗绿僵菌,CQMa132、CQMa135归为贵州绿僵菌,菌株CQMa138、CQMa140与其他绿僵菌亲缘关系较远,有可能为绿僵菌属的新种或新的分类单位。 展开更多
关键词 绿僵菌 分类鉴定 多基因系统进化分析 形态学
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鸡源奇异变形杆菌的分离鉴定及系统进化分析 被引量：10
14
作者 周芳 冉丹丹 +2 位作者 刘飞 汤承 岳华 《动物医学进展》 北大核心 2015年第7期29-32,共4页
从四川成都某大型养鸡场发病雏鸡的肝脏中分离到2株细菌,并对其进行细菌形态学观察、生化反应、16SrRNA扩增和药敏试验等。结果显示,该分离菌为奇异变形杆菌;药敏试验证实该菌对多种抗菌药物具有抗性,并且呈现多重耐药性;人工感染试验... 从四川成都某大型养鸡场发病雏鸡的肝脏中分离到2株细菌,并对其进行细菌形态学观察、生化反应、16SrRNA扩增和药敏试验等。结果显示,该分离菌为奇异变形杆菌;药敏试验证实该菌对多种抗菌药物具有抗性,并且呈现多重耐药性;人工感染试验复制出与自然感染相同的病例,主要表现为腹泻和脑炎,并从肝、脑等实质器官回收到奇异变形杆菌,证明该菌是引起雏鸡发病的主要原因。系统发育分析表明国内鸡源的奇异变形杆菌分为不同的两大支,本试验从同一鸡场分离的2株菌聚在两个不同的分支,表明同一鸡场的奇异变形杆菌分离株也存在着遗传多样性,同时与人、牛、鹅等其他来源的奇异变形杆菌存在密切的遗传关系,其公共卫生学意义值得注意。 展开更多
关键词 鸡 奇异变形杆菌 分离鉴定 系统进化分析
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基于ITS-1序列的5种兔球虫系统进化分析 被引量：5
15
作者 顾小龙 孙秀梅 +3 位作者 刘红彬 崔平 索勋 方素芳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1123-1128,共6页
利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩... 利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩增ITS-1区后克隆、测序。将测序结果与GenBank发布的兔球虫ITS-1序列进行比对和遗传距离分析,绘制系统进化树。结果显示:大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫河北株ITS-1序列分别长320、330、351、336和341bp。5种兔球虫河北株与GenBank中同种兔球虫ITS-1序列相似性分别为96.9%、97.3%、96.9%、99.1%和99.4%。兔球虫形成单系群,该单系群分为2个姐妹谱,与卵囊残体有无相对应,其它形态学和生物学特征与系统进化无相关性。研究结果表明外残体的有无可作为兔球虫进化分类的特征。 展开更多
关键词 兔 艾美耳球虫 核糖体DNA 内转录间隔区1(ITS-1) 系统进化分析
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多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其系统进化分析 被引量：10
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作者 曹瑞勇 张振兴 +6 位作者 聂鑫 李宝宝 黄海峰 杨小健 朱姝 杜丽 王凤阳 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第10期55-58,130,共5页
海南某养殖场的黑山羊出现体温升高、咳嗽、呼吸困难、偶尔伴有腹泻症状。为了诊断,采集病死羊肺脏组织,进行细菌的分离培养。对分离得到的细菌进行形态学观察、生化反应鉴定、细菌16S rRNA测序、特异性引物PCR鉴定、小鼠攻毒试验以及... 海南某养殖场的黑山羊出现体温升高、咳嗽、呼吸困难、偶尔伴有腹泻症状。为了诊断,采集病死羊肺脏组织,进行细菌的分离培养。对分离得到的细菌进行形态学观察、生化反应鉴定、细菌16S rRNA测序、特异性引物PCR鉴定、小鼠攻毒试验以及系统进化分析。结果确定该患病黑山羊感染了D型多杀性巴氏杆菌,并确定该菌对甲氧苄啶-磺胺甲噁唑、左氧氟沙星、四环素、庆大霉素、阿莫西林敏感。系统进化分析发现,该株多杀性巴氏杆菌与河北、湖北、重庆等地分离菌株的亲缘关系较近。本试验为海南黑山羊流行性疾病诊断提供了重要的资料。 展开更多
关键词 海南黑山羊 多杀性巴氏杆菌 细菌分离鉴定 系统进化分析
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药用野生稻复合体ITS1和ITS2序列变异及其系统进化分析 被引量：6
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作者 龚汉雨 刘如亮 +3 位作者 董正伟 刘虹 覃瑞 李刚 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期442-447,共6页
通过PCR扩增并测序分析稻属药用野生稻复合体5个野生稻种基因组完整的ITS区及5.8S区,并与栽培稻ITS序列进行比较,构建分子系统进化树,探讨了稻属药用野生稻复合体内不同种间的亲缘关系和系统进化。结果表明,ITS1和ITS2均有较高的G/C含量... 通过PCR扩增并测序分析稻属药用野生稻复合体5个野生稻种基因组完整的ITS区及5.8S区,并与栽培稻ITS序列进行比较,构建分子系统进化树,探讨了稻属药用野生稻复合体内不同种间的亲缘关系和系统进化。结果表明,ITS1和ITS2均有较高的G/C含量,ITS1序列的长度多态性相对较高,ITS2序列的碱基突变频率较高。药用野生稻和高秆野生稻亲缘关系很近,而与栽培稻亲缘关系较远;短药野生稻、斑点野生稻、澳洲野生稻与药用野生稻亲缘关系渐近,处于进化的过渡阶段。 展开更多
关键词 药用野生稻复合体 系统进化分析 ITS序列
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猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析 被引量：21
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作者 张浩吉 谢明权 +3 位作者 张健騑 覃宗华 顾万军 蔡建平 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期596-601,共6页
从确诊为猪附红细胞体感染的猪场,无菌采集血样,抽提猪附红细胞体基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增,对扩增产物进行克隆和测序。从3 个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1 469 bp的核苷酸序列。系统进化分析表... 从确诊为猪附红细胞体感染的猪场,无菌采集血样,抽提猪附红细胞体基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增,对扩增产物进行克隆和测序。从3 个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1 469 bp的核苷酸序列。系统进化分析表明,3个猪场样品所测序列一致性达99 52%以上,具有相同的基因型,但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95%,属于同一基因群,但基因型不同;所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支,这类血营养菌与支原体科,支原体属的病原最靠近(75%),而与立克次氏体目的病原较远(70%)。上述研究证实,广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体,建议命名为猪附红细胞体广东株型;为反映进化关系,猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。 展开更多
关键词 猪附红细胞体 系统进化分析 rRNA基因 16S 序列测定 附红细胞体感染 基因组DNA 核苷酸序列 立克次氏体 支原体 基因型 通用引物 基因扩增 扩增产物 地理位置 进化关系 猪场 真细菌 分析表 一致性 同源性 基因群 体组成
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四川地区一株锦鲤疱疹病毒的分离鉴定及系统进化分析 被引量：4
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作者 陈俊杰 李媛瑗 +5 位作者 阳瑞雪 汪开毓 耿毅 黄小丽 陈德芳 欧阳萍 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期141-148,共8页
2015年5月,四川某鲤养殖场暴发一种传染性疾病,导致鲤大面积死亡,死亡率高达80%。为研究此次疾病病因和流行规律,将病料进行解剖、细菌学检查、病理组织观察、PCR鉴定、病毒分离和系统进化分析。结果显示,发病鱼眼球凹陷,胸鳍及腹鳍出... 2015年5月,四川某鲤养殖场暴发一种传染性疾病,导致鲤大面积死亡,死亡率高达80%。为研究此次疾病病因和流行规律,将病料进行解剖、细菌学检查、病理组织观察、PCR鉴定、病毒分离和系统进化分析。结果显示,发病鱼眼球凹陷,胸鳍及腹鳍出现出血斑,病鱼鳃严重坏死,肾脏肿大。细菌检查为阴性。组织病理学观察,病变最明显的是鳃和肾脏。病鱼鳃丝血管扩张充血,鳃小片呼吸上皮细胞肿胀、脱落。鳃丝基部的上皮细胞大量增生,层次增多。肾小管上皮细胞组织结构紊乱,细胞肿胀,管腔变狭小,有崩裂和坏死现象。提取病鱼的肾脏和鳃组织DNA为模板,针对世界动物卫生组织(OIE)推荐的检测锦鲤疱疹病毒(KHV)的Sph基因进行PCR检测,出现特异性扩增产物。将病鱼的肾脏和肝脏组织研磨过滤灭菌后,腹腔注射20尾健康鲤,实验组表现为急性死亡(累积死亡率为90%),出现与自然发病鱼相同的症状。将组织匀浆接种到普通鲤脑细胞系(CCB),盲传3代后可稳定地观察到典型的细胞病变。细胞培养物染色超薄切片电镜观察结果显示,病毒为有囊膜的球状,病毒粒子直径为180~200 nm。对分离株的TK基因全长序列进行系统发育分析,证实该毒株属于KHV亚洲1型毒株。本研究首次报道我国西南地区养殖鲤中KHV感染引起大面积死亡,为KHV起源进化、分类以及疾病诊断和防控提供重要依据。 展开更多
关键词 鲤 鲤疱疹病毒 鲤疱疹病毒III型(Cy HV-3) 分离鉴定 系统进化分析
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63株IBV分离株M基因的遗传变异与系统进化分析 被引量：4
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作者 郑俏伟 龚军 +6 位作者 刘大伟 何琴 王建华 郭露铰 徐成刚 廖明 任涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第1期122-127,共6页
对1993-2010年从中国不同地区分离的63株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)野毒株,采用RT-PCR方法克隆测定所分离野毒株的M基因核苷酸序列,并与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究中国IB... 对1993-2010年从中国不同地区分离的63株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)野毒株,采用RT-PCR方法克隆测定所分离野毒株的M基因核苷酸序列,并与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究中国IBV的分子流行病学特点和分子遗传变异规律。结果显示,所测毒株M基因具有6种不同长度的开放阅读框,这些长度的差异是由于5′端的核苷酸插入或缺失造成的;N端含有1～2个N-糖基化位点,其中1个糖基化位点"Asn-Cys-Thr"(NCT)是高度保守的。63个IBV分离株间氨基酸序列相似性为88.9%～100%,分离株与参考株间相似性为87.2%～100%。系统进化分析结果显示,本研究的63个IBV分离株可分为9个基因型,2005-2010年IBV中国流行株大部分与Mass型疫苗株处于不同的基因型,而且氨基酸序列相似性都小于94%。 展开更多
关键词 IBV M基因 遗传变异 系统进化分析
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