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基于系统进化树的重大工程复杂性动态演化研究
1
作者 罗岚 刘钰洋 +2 位作者 薄秋实 杨晨曦 王建望 《工程管理学报》 2023年第6期86-91,共6页
通过文献析出重大工程影响因素形成重大工程复杂系统,并移植生物进化生态理论于重大工程研究领域中,结合“情境-策略”的适应性等特征,探索了复杂程度影响因素在重大工程发展过程中的变化程度和演化过程。研究发现,随着复杂性的增强,战... 通过文献析出重大工程影响因素形成重大工程复杂系统,并移植生物进化生态理论于重大工程研究领域中,结合“情境-策略”的适应性等特征,探索了复杂程度影响因素在重大工程发展过程中的变化程度和演化过程。研究发现,随着复杂性的增强,战略、价值、文化、跨组织、信息等相关影响因素得到了强烈进化,并凸显出高度复杂性。53个影响因素中有26个因素达到了5次进化,占比达到49.06%,表明系统总体进化水平高。该研究可以丰富重大工程复杂性的理论维度与影响因素,解释重大工程复杂性的来源,预测复杂性影响因素的未来走向,了解复杂性维度与影响因素之间的相关性。 展开更多
关键词 重大工程复杂性 系统进化树 系统科学理论
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基于DNA序列的系统进化树构建 被引量：10
2
作者 董安国 高琳 +1 位作者 赵建邦 呼加路 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第10期221-226,共6页
【目的】利用生物DNA序列构建系统进化树,以分析生物的进化过程。【方法】利用最大似然估计原理,给出了构建系统发生树的模型和算法。分别建立了确定父节点的ML模型、确定进化时间的ML模型以及保守概率与相似度关系模型;并通过递推,逐... 【目的】利用生物DNA序列构建系统进化树,以分析生物的进化过程。【方法】利用最大似然估计原理,给出了构建系统发生树的模型和算法。分别建立了确定父节点的ML模型、确定进化时间的ML模型以及保守概率与相似度关系模型;并通过递推,逐步恢复生物进化的原过程。【结果】给定一系列生物的DNA序列,通过本算法可以建立这些生物的系统进化树,以及生物各自父辈的DNA序列和进化时间。【结论】由本研究构建算法得到的生物进化关系合理、算法复杂度低,可以用于大规模生物群体的系统进化树构建。 展开更多
关键词 DNA序列 系统进化树 最大似然估计 进化时间
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鸡传染性法氏囊病病毒超强毒上海株SH95基因组B片段的克隆与分子系统进化树分析 被引量：6
3
作者 孙建和 陆苹 +1 位作者 蒋静 赵渝 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期138-143,共6页
分离、纯化了鸡传染性法氏囊病病毒超强毒(vvIBDV)上海株(SH95)的病毒核酸dsRNA,应用随机引物将RNA反转录成cDNA,以此为模板一步扩增出全长基因组B片段,将其克隆入pGEM-T载体,并进行序列分析。克隆的B片段全长2827个核苷酸,其编码的氨... 分离、纯化了鸡传染性法氏囊病病毒超强毒(vvIBDV)上海株(SH95)的病毒核酸dsRNA,应用随机引物将RNA反转录成cDNA,以此为模板一步扩增出全长基因组B片段,将其克隆入pGEM-T载体,并进行序列分析。克隆的B片段全长2827个核苷酸,其编码的氨基酸与超强毒株HK46的同源性达98 18%(863/879)。分子系统进化树分析表明,SH95超强毒株与美国变异株E的亲缘关系最近,但与基于基因组A片段的系统进化分析完全不同,表明该毒株在发生过程中基因重配比基因重组发挥了更重要的作用。通过对14株IBDV编码氨基酸序列的分析、比较,推测B片段上11个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。 展开更多
关键词 鸡传染性法氏囊病病毒 基因组 克隆 分子系统进化树 序列分析
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2001-2016年广州市登革3型病毒E基因序列及系统进化树分析 被引量：2
4
作者 刘远 蒋力云 +4 位作者 景钦隆 苏文哲 蔡文锋 狄飚 杨智聪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期487-491,共5页
目的了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统... 目的了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统进化树。结果 2001-2016年共分离到登革3型病毒24株,从基因型上分类属于基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅴ型,基因亚型Ⅲ在流行年份和分离毒株数上稍占优势。流行病学调查和序列分析均显示与东南亚国家流行的登革热相关度较高。结论广州市登革3型病毒以输入为主,随着输入压力增大、基因亚型增多和转换,可能会使广州市登革热流行传播更为复杂,流行风险进一步增高。 展开更多
关键词 登革3型病毒 E基因 系统进化树
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浙江省SARS冠状病毒分离与系统进化树分析 被引量：5
5
作者 李兰娟 卢亦愚 +16 位作者 翁景清 严菊英 吴南屏 沃健儿 史雯 龚黎明 朱函坪 葛琼 李敏红 陆群英 程苏云 张严峻 姚苹苹 梅玲玲 王志刚 冯燕 茅海燕 《中国病毒学》 CSCD 2004年第1期14-17,共4页
从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变。从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床... 从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变。从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床样本中分离到2株SARS冠状病毒株。对其中1株病毒的基因组进行了全序列测定并作系统进化树分析显示浙江省SARS冠状病毒株与新加坡2774株和台湾TW1株最为接近。 展开更多
关键词 SARS冠状病毒 分离 系统进化树 序列 传染性非典型肺炎
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深圳献血人群隐匿性乙型肝炎病毒全基因序列系统进化树分析 被引量：4
6
作者 叶贤林 郑欣 杜鹏 《中国输血杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期324-327,共4页
目的了解深圳献血人群隐匿性乙型肝炎B和C基因型及亚型的分布规律,研究不同毒株全基因序列进化关系。方法对30例HBsAg(-)/HBV DNA(+)标本进行基本核心启动子/前C区(BCP/PC,295 bp)、HBV全基因(3 162 bp)巢式PCR扩增,PCR产物克隆后测序。... 目的了解深圳献血人群隐匿性乙型肝炎B和C基因型及亚型的分布规律,研究不同毒株全基因序列进化关系。方法对30例HBsAg(-)/HBV DNA(+)标本进行基本核心启动子/前C区(BCP/PC,295 bp)、HBV全基因(3 162 bp)巢式PCR扩增,PCR产物克隆后测序。2者均为阳性的5份标本合成3 215 bp长的全基因序列,与GenBank中已发表的HBV A～H基因型23株的全序列进行系统进化树分析确定基因型,将所属基因型B和C亚型再作系统进化树分析,以确定基因亚型。结果获得5例全基因序列,4例为C型,1例为B型。分属于C2,C2,C2,C1和B2亚型。3例C2亚型与日本、马来西亚基因亚型的进化距离最近,C1株与马来西亚和泰国2例携带者的病毒株进化距离最近。B2株与印度尼西亚华裔基因亚型的病毒株进化距离最近。结论深圳献血人群隐匿性乙型肝炎感染病毒基因亚型有C2,C1,B2,以C2亚型为主。 展开更多
关键词 系统进化树分析 隐匿性乙型肝炎病毒 献血者
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构建微生物分子分类系统进化树的快速运算法与数据结构 被引量：4
7
作者 陆正福 徐丽华 +1 位作者 姜成林 许宗雄 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第1期22-26,共5页
本文介绍了构建系统进化树的NJ方法（NeighborJoiningMethod）所涉及的算法与数据结构。文中给出了基于数据复用性的算法改进，获得了快速算法──FNJ算法，从而将算法的时间复杂度由（N5）降低为（N3）；并给出了自动绘制进化分枝图的... 本文介绍了构建系统进化树的NJ方法（NeighborJoiningMethod）所涉及的算法与数据结构。文中给出了基于数据复用性的算法改进，获得了快速算法──FNJ算法，从而将算法的时间复杂度由（N5）降低为（N3）；并给出了自动绘制进化分枝图的算法。 展开更多
关键词 微生物 分子分类 算法 数据结构 系统进化树
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野生乌苏里貉18S rDNA全序列的克隆测序及系统进化树分析 被引量：3
8
作者 刘诚刚 杜智恒 白秀娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第2期117-120,共4页
试验采用聚合酶链式反应方法,从野生乌苏里貉耳部肉中提取DNA,扩增出18SrDNA的全序列,并对其进行克隆测序,获得长度为1831bp的序列,并将序列提交到GenBank上,经BLAST分析结果表明,测序得到的乌苏里貉18SrDNA与其他物种同源性均在90%以上... 试验采用聚合酶链式反应方法,从野生乌苏里貉耳部肉中提取DNA,扩增出18SrDNA的全序列,并对其进行克隆测序,获得长度为1831bp的序列,并将序列提交到GenBank上,经BLAST分析结果表明,测序得到的乌苏里貉18SrDNA与其他物种同源性均在90%以上,说明18SrDNA基因具有较高的保守性,可以作为分类学当中系统进化分析的重要参考依据。 展开更多
关键词 野生乌苏里貉 克隆测序 18SrDNA 系统进化树
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系统进化树分析慢性丙型肝炎患者HCV基因分型 被引量：2
9
作者 王美霞 徐斌 +1 位作者 段瑾 金铭 《医学研究杂志》 2012年第4期76-78,共3页
目的了解浙江省慢性丙型肝炎患者HCV基因型分布情况。方法参考Ohno的分型方法,采用巢式RT-PCR法扩增抗HCV抗体阳性患者的血清样品HCV核心(core)基因部分区段(-12nt～+343nt),克隆并测序[1];以Clustalw软件对所克隆片段进行系统进化树分... 目的了解浙江省慢性丙型肝炎患者HCV基因型分布情况。方法参考Ohno的分型方法,采用巢式RT-PCR法扩增抗HCV抗体阳性患者的血清样品HCV核心(core)基因部分区段(-12nt～+343nt),克隆并测序[1];以Clustalw软件对所克隆片段进行系统进化树分析并分型。结果在60份HCV抗体阳性血清中,HCV检出率为55%(33例);系统进化树分析提示共有1b、2a、3a、3b、6a 5个不同的基因型,以1b、3b和2a基因型为主,其中1b阳性率为52%(17例)。结论浙江省慢性HCV感染者中HCV基因型呈现出以1b、3b和2a为主、多基因型存在的特点。 展开更多
关键词 肝炎病毒 丙型 基因型 系统进化树
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系统进化树在行维持性血液透析患者丙型肝炎病毒感染的基因型及同源性分析中的应用 被引量：1
10
作者 陈嘉 何永成 +1 位作者 栾韶东 丁小强 《上海医学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期223-228,共6页
目的明确行维持性血液透析(MHD)患者丙型肝炎病毒(HCV)感染的基因型及同源性,为血液透析中心HCV感染的防治提供依据。方法选择1995年1月—2013年2月在深圳市第二人民医院规律行MHD的患者183例,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)测定抗-HCV... 目的明确行维持性血液透析(MHD)患者丙型肝炎病毒(HCV)感染的基因型及同源性,为血液透析中心HCV感染的防治提供依据。方法选择1995年1月—2013年2月在深圳市第二人民医院规律行MHD的患者183例,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)测定抗-HCV阳性并行MHD患者的HCV-RNA定量。对HCV-RNA定量≥1×106U/L的MHD患者,通过巢氏反转录(RT)-PCR对5’UTR及NS5B区进行扩增,扩增产物通过Sequence Scannerv1.0导出峰图,Muscle进行序列比对,MEGA5.1构建进化树以确定基因分型,Bootstrap1000检测进化树的可靠性,Blat进行序列同源性分析,以同源性>95%认为有来自同一传染源的可能。结果 183例行MHD患者中,抗-HCV阳性13例,HCV感染率为7.1%。HCV-RNA定量≥1×106U/L9例:1b型7例(患者分别记录为PC1、PC2、PBC17、PC29、PBC31、PC34、PC32),6a型2例(患者分别记录为PC11、PC20)。1b型中,PC1与PC2间的遗传距离为0.000,PC2与PBC17间的遗传距离为0.008,PC29与PBC31间的遗传距离为0.035;6a型中,PC11与PC20间的遗传距离为0.068。PC1与PC2的同源性为100%,PC2与PBC17的同源性为99.23%,PC29与PBC31同源性为96.63%,PC11与PC20同源性为93.63%。9例患者的平均感染时间为(7.9±6.1)年,平均透析时间为(7.0±3.1)年。其中,PC1、PC2、PC11、PBC17和PC20均否认有输血史,行透析治疗1～3年间发现HCV感染;PC29、PBC31、PC32和PC34均有输血史;PC2和PC11在入住深圳市第二人民医院血液透析中心前、PC29和PBC31在进行MHD前均已证实为HCV感染。结论 1b型为深圳市第二人民医院血液透析中心行MHD的患者HCV感染最常见的基因型,其次为6a型。PC1、PC2和PBC17的HCV感染为同一流行株,同源性达99%以上,确定PC2为输入性传染源。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 基因型 血液透析 系统进化树
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基于神经网络的多叉系统进化树构造 被引量：1
11
作者 蒋宗礼 许光俊 《哈尔滨工程大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第B07期27-31,共5页
力求解决困扰传统进化树构造中只能生成二叉树、精度低和Tie Tree的问题。采用自组织神经网络对序列进行分类，生成进化树过程中允许扩展当前非叶子节点，并通过设置适当的参数优化进化树的分层。使用此方法，获得了精度更高的多叉进化... 力求解决困扰传统进化树构造中只能生成二叉树、精度低和Tie Tree的问题。采用自组织神经网络对序列进行分类，生成进化树过程中允许扩展当前非叶子节点，并通过设置适当的参数优化进化树的分层。使用此方法，获得了精度更高的多叉进化树，表明基于神经网络的方法对解决进化树构造中的问题是有效的。 展开更多
关键词 系统进化树 聚类 SOM 神经网络
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昆虫AQPs系统进化树构建及分析 被引量：1
12
作者 滕飞翔 崔玉宝 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第6期2642-2647,共6页
应用CLUSTALX 2.1、Mega 5.05、DNAMAN 6.0等软件,构建昆虫纲AQPs的系统进化树,以明确不同昆虫AQPs在进化中的亲缘关系,并找出进化树中聚类在一起的AQPs特异性序列。结果表明,进化树中的55个AQPs聚类成4大簇,聚类情况与昆虫分类基本一致... 应用CLUSTALX 2.1、Mega 5.05、DNAMAN 6.0等软件,构建昆虫纲AQPs的系统进化树,以明确不同昆虫AQPs在进化中的亲缘关系,并找出进化树中聚类在一起的AQPs特异性序列。结果表明,进化树中的55个AQPs聚类成4大簇,聚类情况与昆虫分类基本一致。4簇AQPs共有8段特异性序列,每1段特异性序列中都含有保守的NPA序列,但NPA两侧的氨基酸种类不同,可能影响AQPs的结构、功能及分类。此研究为昆虫AQPs序列进一步比对、AQPs结构和功能预测等问题提供了一定的基础依据。 展开更多
关键词 昆虫 AQPS 系统进化树 NPA
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大麦黄花叶病毒属成员UTR系统进化树分析及编码蛋白跨膜结构推测 被引量：2
13
作者 陈炯 陈剑平 《中国病毒学》 CSCD 2002年第4期344-349,共6页
对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明 ,同一病毒RNA1和 2基因组 5′ UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系 ,而 3′ UTR则相反。蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和 14K蛋白存在跨膜结构。BaMMVA... 对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明 ,同一病毒RNA1和 2基因组 5′ UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系 ,而 3′ UTR则相反。蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和 14K蛋白存在跨膜结构。BaMMVALS1分离物P3蛋白跨膜结构在大肠杆菌中原核表达时有致死作用。类比Potyviridae科其它属成员功能 ,此 2个蛋白可能与膜附着功能相关。RNA2编码的P2蛋白存在两个结构保守的跨膜区域 ,一些摩擦接种保存的大麦和性花叶病毒 (BaMMV)分离物和燕麦花叶病毒 (OMV)P2蛋白此两个结构(或一个 )缺失后 ,不能由介体禾谷多粘菌 (P .graminis)传播 。 展开更多
关键词 大麦黄花叶病毒属成员 UTR系统进化树分析 编码蛋白 跨膜结构
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基于归一化编辑距离的系统进化树重构
14
作者 李玉鉴 王方圆 《北京工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1211-1215,共5页
为了克服传统距离法在构建进化树时需要进行多序列比对所带来的计算复杂度问题,提出了利用两两序列之间的归一化编辑距离矩阵来构造进化树的方法.通过对11种脊椎动物和20种哺乳动物的Nd5、Nd4和cytb的基因序列以及线粒体全基因组序列数... 为了克服传统距离法在构建进化树时需要进行多序列比对所带来的计算复杂度问题,提出了利用两两序列之间的归一化编辑距离矩阵来构造进化树的方法.通过对11种脊椎动物和20种哺乳动物的Nd5、Nd4和cytb的基因序列以及线粒体全基因组序列数据,分别计算归一化编辑距离矩阵,并使用Neighbor-Joining法,重建了一些已被多种方法验证过的进化树。 展开更多
关键词 归一化编辑距离 系统进化树 多序列比对 计算复杂性
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虾肝肠胞虫感染病理特征、18S rRNA基因序列及系统进化树分析
15
作者 周颖 祝波 +10 位作者 钱冬 卢先东 李小冰 李政 刘艳红 蔡惠凤 吴仲宁 袁思平 张崇虎 叶乐平 马荣荣 《宁波大学学报（理工版）》 CAS 2022年第2期8-14,共7页
为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列... 为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显示,所采病虾均为EHP阳性,采样地区EHP 18S rRNA基因具有高度同源性,为98.5%~100%.对国内外EHP基因序列进行同源性分析,其同源性为86.2%~100%,所采EHP与印度EHP聚为一个分支. EHP 18S rRNA基因序列与其他水生生物微孢子虫18S rRNA均处于不同分支,表明18S rRNA可作为EHP的主要鉴别序列.将本研究所采EHP与NCBI中同源性较高的比氏肠胞虫和金头鲷微孢子虫比较分析,结果表明微孢子虫基因序列同源性与宿主进化发育程度有关,宿主之间进化距离越近,则微孢子虫基因序列同源性相聚越近. 展开更多
关键词 虾肝肠胞虫 凡纳对虾 病理特征 18S rRNA 系统进化树
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基于DNA序列LZ复杂性距离的系统进化树重构 被引量：4
16
作者 李斌 何红波 李义兵 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期506-510,共5页
根据LZ复杂性的原理,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了非空序列间的LZ复杂性距离.选取20种有胎盘哺乳动物,以它们的全线粒体基因组作为分子数据,计算两两之间的LZ复杂性距离,得出距离矩阵.根据计算出的LZ复杂性... 根据LZ复杂性的原理,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了非空序列间的LZ复杂性距离.选取20种有胎盘哺乳动物,以它们的全线粒体基因组作为分子数据,计算两两之间的LZ复杂性距离,得出距离矩阵.根据计算出的LZ复杂性距离矩阵重构了20种有胎盘哺乳动物的系统进化树.基于LZ复杂性距离所得的系统进化树支持有胎盘哺乳动物中的灵长动物（Primates）、原蹄动物（Ferungulate）和啮齿动物（Rodents）三者之间灵长动物与原蹄动物之间亲缘关系更近一些的观点. 展开更多
关键词 生物信息学 系统进化树重构 条件LZ复杂性 LZ复杂性距离
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一种基于NJ的高效构建系统进化树算法 被引量：5
17
作者 谭严芳 金人超 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2004年第21期84-85,97,共3页
在分析和证明了构建进化树的Neighbor-joining算法存在的不足后,提出了一种新的改进算法。算法主要有以下两点改进采用Kimura两参数模型,根据此模型来计算DNA序列距离,并且定义了新的校正距离。计算机模拟结果表明,改进算法的效率明显... 在分析和证明了构建进化树的Neighbor-joining算法存在的不足后,提出了一种新的改进算法。算法主要有以下两点改进采用Kimura两参数模型,根据此模型来计算DNA序列距离,并且定义了新的校正距离。计算机模拟结果表明,改进算法的效率明显地优于NJ算法。 展开更多
关键词 Neighbor-joining算法 系统进化树 Kimura两参数模型
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武汉地区丙型肝炎病毒基因型分布及其少见基因亚型系统进化树分析
18
作者 姜树朋 童永清 李艳 《检验医学》 CAS 2017年第10期30-35,共6页
目的研究武汉地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,构建HCV少见基因亚型系统进化树。方法收集武汉地区258例慢性丙型肝炎患者血浆样本,采用基于HCV非结构蛋白5B(NS5B)区的Sanger测序法对患者HCV进行基因分型,将HCV NS5B区测序结果与NCB... 目的研究武汉地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,构建HCV少见基因亚型系统进化树。方法收集武汉地区258例慢性丙型肝炎患者血浆样本,采用基于HCV非结构蛋白5B(NS5B)区的Sanger测序法对患者HCV进行基因分型,将HCV NS5B区测序结果与NCBI Genotyping tool中HCV基因型数据库进行比对,得到受检患者的HCV基因亚型,采用MEGA5.0软件对武汉地区HCV少见基因亚型进行系统进化树分析。结果 258例丙型肝炎患者样本均被成功分型,共检出6种基因亚型:1b型(71.32%)、2a型(20.16%)、6a型(3.49%)、3b型(2.71%)、3a型(1.16%)、1a型(1.16%)。武汉地区HCV少见基因亚型系统进化树被成功构建。结论武汉地区HCV优势基因亚型为1b型和2a型,6a型、3a型、3b型、1a型较少见。武汉地区3例3a型HCV可能由日本传入;大部分3b型HCV可能由越南传入,NO.379样本出现较大变异;6a型HCV可能由越南传入。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 Sanger测序 基因亚型 系统进化树
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原生动物AQPs系统进化树的构建以及结构分析
19
作者 季梦玮 滕飞翔 +1 位作者 周敏 张小蒙 《江苏科技信息》 2019年第13期46-51,共6页
文章应用Mega7,DNAMAN6等生物信息学软件,以检索并经过筛选的原生动物的AQPs为基础构建系统进化树,明确原生动物在进化中的亲缘关系,并找出聚类在一起的原生动物AQPs中的特异性序列。结果表明,70个原生动物AQPs聚类成4个大簇。聚成的4... 文章应用Mega7,DNAMAN6等生物信息学软件,以检索并经过筛选的原生动物的AQPs为基础构建系统进化树,明确原生动物在进化中的亲缘关系,并找出聚类在一起的原生动物AQPs中的特异性序列。结果表明,70个原生动物AQPs聚类成4个大簇。聚成的4簇刚好覆盖原生动物门的4个纲,但是4个纲在特异性序列上并不完全相同,这为进一步研究AQPs的结构、分类及进行进一步比对和特异性功能预测提供基础依据。 展开更多
关键词 原生动物 AQPS 系统进化树
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系统进化树构建在临床病原微生物分析中应用的研究进展
20
作者 王晶 刘峰 《现代医学》 2024年第3期510-514,共5页
各类病原体在全世界范围内影响人类健康。对病原体准确识别并获取其进化、传播等信息,有助于尽早采取适宜的防治措施。DNA测序技术的发展突破了传统病原体检测方法的局限性,可获取更多的病原体信息,有助于深入了解病原体的性质。基因序... 各类病原体在全世界范围内影响人类健康。对病原体准确识别并获取其进化、传播等信息,有助于尽早采取适宜的防治措施。DNA测序技术的发展突破了传统病原体检测方法的局限性,可获取更多的病原体信息,有助于深入了解病原体的性质。基因序列构建的系统进化树凭借高效而准确的进化关系呈现,已成为病原学研究的重要方法。本文介绍了基于距离矩阵、序列、多位点序列分型和单核苷酸多态性算法的进化树分析和构建方法,以及在细菌、病毒、真菌和非典型病原体研究中的应用。系统进化树作为一种直观反映微生物相互关系的工具,可在物种鉴定和分型、耐药性分析、流行病学研究、微生物起源和进化、疫苗研制、病原学体监测和预警等方面为临床病原学研究提供新思路,促进对病原微生物更深层次的认知。 展开更多
关键词 系统进化树 临床病原微生物 进化分析 综述
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