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纳米孔测序技术在动物疫病中应用的研究进展
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作者 李鑫 沈海潇 +6 位作者 葛菲菲 杨德全 鞠厚斌 王建 白艺兰 桂亚萍 赵洪进 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第9期119-124,共6页
第三代纳米孔测序是一种便携、方便、相对快速且经济有效的技术,具有长读长、高通量、实时提供测序数据等特点,在现场检测、临床诊断、流行病学调查和微生物鉴别等方面都有巨大的发展潜力。本文主要比较了下一代测序技术和第三代测序技... 第三代纳米孔测序是一种便携、方便、相对快速且经济有效的技术,具有长读长、高通量、实时提供测序数据等特点,在现场检测、临床诊断、流行病学调查和微生物鉴别等方面都有巨大的发展潜力。本文主要比较了下一代测序技术和第三代测序技术的优缺点,讨论了纳米孔测序数据的相关分析,以及该技术在动物疫病临床应用的例子,展望了纳米孔测序技术的发展以及在动物疫病诊断与防控领域的潜在前景。 展开更多
关键词 纳米孔测序 数据分析 动物疫病
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纳米孔测序技术在感染性疾病病原微生物鉴定中的研究进展
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作者 贾继民(综述) 段蕾 +1 位作者 董路宁 杜子玥(审校) 《检验医学与临床》 CAS 2024年第S01期136-139,共4页
感染性疾病是严重威胁人类健康的重大疾病之一。当前,全球感染性疾病的发病率有所上升,而病原微生物呈现多样化、复杂化。随着近年来快速发展的全基因组测序技术,可直接对病原微生物进行鉴定,比传统的病原微生物的鉴定有微生物鉴定中具... 感染性疾病是严重威胁人类健康的重大疾病之一。当前,全球感染性疾病的发病率有所上升,而病原微生物呈现多样化、复杂化。随着近年来快速发展的全基因组测序技术,可直接对病原微生物进行鉴定,比传统的病原微生物的鉴定有微生物鉴定中具有独特的优势。因此,本文概述了纳米孔测序技术在病毒、细菌病原鉴定、抗药性基因分析以及宏基因组中的应用。 展开更多
关键词 纳米孔测序 病原微生物鉴定 宏基因组
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纳米孔测序检测嗜麦芽窄食单胞菌重症肺炎1例报告
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作者 黄虎翔 梁超越 吴向春 《中国医药科学》 2024年第12期188-191,共4页
嗜麦芽窄食单胞菌肺炎是一种因嗜麦芽窄食单胞菌感染所致的肺炎。采用传统病原菌培养法检测,阳性率低,假阴性率高、周期长,病原学证据短期内无法正确获得,影响预后。本文探讨一种较为快速准确的检测方法。纳米孔测序(NTS)是一种第三代... 嗜麦芽窄食单胞菌肺炎是一种因嗜麦芽窄食单胞菌感染所致的肺炎。采用传统病原菌培养法检测,阳性率低,假阴性率高、周期长,病原学证据短期内无法正确获得,影响预后。本文探讨一种较为快速准确的检测方法。纳米孔测序(NTS)是一种第三代测序技术,相比传统方法优点是它的成本和时间效益,吞吐量高。本文检测了1例由嗜麦芽窄食单胞菌引起的重症肺炎。结果表明,该病是由嗜麦芽窄食单胞菌引起的感染。本文提供了NTS可以快速识别病原体的证据,这对临床诊断和治疗具有重要意义。 展开更多
关键词 细菌培养 肺炎 纳米孔测序 嗜麦芽窄食单胞菌
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纳米孔测序技术在实蝇类害虫检疫鉴定中的应用
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作者 姜帆 丁新华 +3 位作者 梁亮 付开赟 郭文超 朱水芳 《生物安全学报(中英文)》 CSCD 北大核心 2024年第1期93-98,共6页
【目的】纳米孔测序技术是单分子实时测序技术的一种,正在被广泛应用于临床快速诊断及微生物检测等领域。本研究以实蝇这一类重要的检疫性有害生物为例,探究该技术在昆虫检疫鉴定中应用的可行性,为昆虫检疫鉴定提供新方法。【方法】分... 【目的】纳米孔测序技术是单分子实时测序技术的一种,正在被广泛应用于临床快速诊断及微生物检测等领域。本研究以实蝇这一类重要的检疫性有害生物为例,探究该技术在昆虫检疫鉴定中应用的可行性,为昆虫检疫鉴定提供新方法。【方法】分别采用一代测序技术和纳米孔测序技术,对14种经形态学鉴定的实蝇成虫进行DNA条形码测序,通过BOLD和NCBI数据库对测序结果进行比对分析,并比较2种测序技术所得序列结果准确性的差异。【结果】通过纳米孔测序,14个实蝇样品在44 min内获得181Mb bases,每个样品平均得到11280条reads,单个reads的准确度为92.10%~94.53%;经一致性序列校正,所有实蝇样品均可得到与一代测序结果完全一致的序列,序列分析结果与形态学鉴定结果完全一致。【结论】采用本研究的实验流程和数据分析方法,纳米孔测序技术可以应用于实蝇类害虫的检疫鉴定,测序结果准确、高效;本研究提供的实验方案同样适用于基于扩增子测序的物种鉴定,满足大规模样品的高通量精准鉴定需求。 展开更多
关键词 纳米孔测序 实蝇 昆虫 鉴定 扩增子
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纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识
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作者 张述耀 侯铁英 +6 位作者 黎小妍 钟诗龙 伍俊妍 黄彬 中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会 广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会 《纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识》编写组 《中国药房》 CAS 北大核心 2024年第14期1673-1682,共10页
目的提高危重症感染性疾病的诊断及救治水平,规范纳米孔测序的临床应用,促进该技术的良性发展。方法由中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会和广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会发起并组织多学科专家,采用名义群体法讨论... 目的提高危重症感染性疾病的诊断及救治水平,规范纳米孔测序的临床应用,促进该技术的良性发展。方法由中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会和广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会发起并组织多学科专家,采用名义群体法讨论确定共识编写大纲,形成共识初稿;采用德尔菲法进行专家咨询,对专家意见进行分析和修订,形成共识。结果与结论最终制定的《纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识》涵盖了靶向测序、宏基因组测序和全基因组测序等方向,对纳米孔测序的样本采集与保存、检测过程、生物信息学分析、报告解读等全流程进行了规范,并对其中的关键问题给出了推荐意见。 展开更多
关键词 第三代 纳米孔测序 病原微生物 危重症感染 临床检验 微生物学诊断
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纳米孔测序检测痰液样本在肺结核诊断中的应用
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作者 赵春艳 宋畅 +5 位作者 宋树林 林艳荣 黄爱春 韦小英 奚少勇 朱庆东 《中国临床医生杂志》 2024年第4期413-416,共4页
目的探讨纳米孔测序检测痰液样本对肺结核的诊断价值。方法收集2021年10月至2023年8月在南宁市第四人民医院接受诊疗的75例疑似肺结核患者为研究对象,以临床综合诊断为标准,最终诊断为肺结核的68例患者为病例组,7例未诊断为肺结核的患... 目的探讨纳米孔测序检测痰液样本对肺结核的诊断价值。方法收集2021年10月至2023年8月在南宁市第四人民医院接受诊疗的75例疑似肺结核患者为研究对象,以临床综合诊断为标准,最终诊断为肺结核的68例患者为病例组,7例未诊断为肺结核的患者为对照组。收集患者痰液样本,进行纳米孔测序、抗酸染色涂片、结核分枝杆菌(TB)-DNA检测、基因结核分枝杆菌/利福平耐药实时荧光定量核酸扩增(gene Xpert MTB/RIF,简称X-pert)和分枝杆菌固体培养。结果纳米孔测序的灵敏度(52.90%)、阴性预测值(17.90%)、准确率(57.33%)、Kappa系数(0.174)及曲线下面积(area under the curve,AUC)值(0.77,95%CI:0.64~0.89)显著优于其余4种病原学检测手段。结论纳米孔测序检测痰液样本对肺结核的诊断能力优于抗酸染色涂片、TB-DNA检测、X-pert、分枝杆菌固体培养等传统病原学检测,但其与其他几种检测方法一样,单独使用时仍然存在漏诊率较高,诊断结果与实际结果的一致性较低的不足,因此应结合临床特征、影像学检查及实验室检测进行综合诊断。 展开更多
关键词 纳米孔测序 肺结核 痰液 诊断
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重叠延伸PCR生成长重复DNA序列及其在纳米孔测序中的应用
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作者 宋子婷 程冰晓 +2 位作者 胡坤灵 安然 梁兴国 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期157-164,共8页
短链DNA的纳米孔测序存在孔道利用率低、数据质量差等问题。因此,亟需建立一种用纳米孔测序技术准确测定短链DNA序列的方法。本研究以1 nmol/L完全互补的序列为引物,以短链DNA为模板,在72℃退火温度下进行PCR,实现了短链DNA的重叠延伸,... 短链DNA的纳米孔测序存在孔道利用率低、数据质量差等问题。因此,亟需建立一种用纳米孔测序技术准确测定短链DNA序列的方法。本研究以1 nmol/L完全互补的序列为引物,以短链DNA为模板,在72℃退火温度下进行PCR,实现了短链DNA的重叠延伸,最终生成长串联重复序列,其产物长度为原始长度的5~20倍。生成的长链DNA可直接测序,仅需对齐单个或少数几个Reads进行简单分析即可获得精确的序列信息。本研究所开发的重叠延伸法将纳米孔One read精确度提高至99.28%,这对提高纳米孔测序的精度具有重要作用。 展开更多
关键词 短链DNA 重复 纳米孔测序 重叠延伸 高精度
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纳米孔测序技术在马铃薯繁育中的应用研究进展
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作者 康博洋 崔丽光 +7 位作者 包珺玮 杜二小 梁红伟 谢锐 郭斌煜 姜兰剑 关潇滢 韩志刚 《北方农业学报》 2024年第4期29-37,共9页
纳米孔测序是基于单分子的第三代基因测序(third generation sequencing,TGS)技术,具备无须扩增、便于携带、实时测序、超长读长、可直接测序RNA、检测碱基修饰等特点。近年来,纳米孔测序技术发展迅速,在植物基因组重测序、全基因组学... 纳米孔测序是基于单分子的第三代基因测序(third generation sequencing,TGS)技术,具备无须扩增、便于携带、实时测序、超长读长、可直接测序RNA、检测碱基修饰等特点。近年来,纳米孔测序技术发展迅速,在植物基因组重测序、全基因组学、转录组学、细胞器基因组学、表观转录组学等分子植物育种领域得到广泛应用。文章就纳米孔测序技术在国内外马铃薯繁育中的研究现状和应用前景进行阐述,以期为我国马铃薯产业高质量发展提供新思路。 展开更多
关键词 纳米孔测序技术 马铃薯 繁育 应用 基因
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纳米孔测序技术在血流感染病原学诊断中的应用和展望 被引量:2
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作者 郭伟 范帅华 +1 位作者 杜鹏程 郭军 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期317-321,共5页
血流感染(BSI)是由细菌、真菌和病毒等微生物引起的血液播散性疾病,可导致菌血症、败血症、感染性休克,严重危及人类生命健康。明确病原体是精准治疗BSI的重要核心。传统血培养是病原体诊断的金标准,其不足是耗时长,会产生假阴性结果等... 血流感染(BSI)是由细菌、真菌和病毒等微生物引起的血液播散性疾病,可导致菌血症、败血症、感染性休克,严重危及人类生命健康。明确病原体是精准治疗BSI的重要核心。传统血培养是病原体诊断的金标准,其不足是耗时长,会产生假阴性结果等,在临床实践中具有一定的局限性。纳米孔测序作为新一代测序技术,能快速检测病原体,完成耐药基因、毒力基因检测,可优化临床治疗。本文就纳米孔测序技术在BSI中的应用现状进行综述。 展开更多
关键词 纳米孔测序 血流感染 高通量核苷酸
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纳米孔测序在肿瘤并发感染中的应用
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作者 刘熙 刘馨 +3 位作者 蔡静静 杜亚茜 李鸿生 周永春 《昆明医科大学学报》 CAS 2023年第7期9-15,共7页
目的评估纳米孔测序在肿瘤患者并发感染性疾病中的临床应用价值,为肿瘤患者感染性疾病的快速、灵敏诊断提供新的检测方法。方法收集2022年7月至8月云南省肿瘤医院36例疑似感染的肿瘤患者样本46份,利用纳米孔测序鉴定样本中的病原微生物... 目的评估纳米孔测序在肿瘤患者并发感染性疾病中的临床应用价值,为肿瘤患者感染性疾病的快速、灵敏诊断提供新的检测方法。方法收集2022年7月至8月云南省肿瘤医院36例疑似感染的肿瘤患者样本46份,利用纳米孔测序鉴定样本中的病原微生物。结果纳米孔测序细菌检出率72.22%,真菌检出率31.48%,病毒检出率42.59%。细菌和真菌检出率均较微生物培养法(23.91%和10.87%)明显升高(χ^(2)=23.19,P<0.0001;χ^(2)=13.14,P=0.0003)。纳米孔测序结果与微生物培养结果比较,检出的细菌和真菌种属明显增多。结论纳米孔测序鉴定病原微生物具有检出率高,检测病原菌种属广,诊断快速的优势,在肿瘤并发感染性疾病的诊断中具有潜在的临床应用价值。 展开更多
关键词 纳米孔测序 肿瘤 感染 病原微生物 微生物培养
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纳米孔测序技术及其在病原学诊断中的应用进展 被引量:2
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作者 庄子 孟雨桐 +6 位作者 刘润旸 焦馨怡 芦娟 尹军 张文 杨世兴 沈权 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2023年第6期502-508,共7页
在病原学诊断中,基因测序扮演着重要的角色,测序技术也在不断地更新发展,其中牛津纳米孔科技(Oxford Nanopore Technologies,ONT)公司所推出的纳米孔测序技术近年来发展迅速,并凭借其超长读长、快速实时测序、简单便携以及能够读取蛋白... 在病原学诊断中,基因测序扮演着重要的角色,测序技术也在不断地更新发展,其中牛津纳米孔科技(Oxford Nanopore Technologies,ONT)公司所推出的纳米孔测序技术近年来发展迅速,并凭借其超长读长、快速实时测序、简单便携以及能够读取蛋白质序列等诸多优势在医学领域获得了广泛的关注和应用。本文将主要介绍纳米孔测序技术的原理、特点以及在病原学诊断中的应用,并对该技术的未来发展进行展望。 展开更多
关键词 纳米孔测序 基因 高通量 第三代技术 单分子
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纳米孔测序技术在核酸修饰检测中的应用
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作者 陈佳璐 黄硕 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第3期119-129,共11页
DNA和RNA上广泛存在着多种化学修饰.这些核酸修饰参与基因表达的调控,影响生长发育等生理过程,并可能会引发癌症等疾病.对核酸修饰的精准识别与定位有助于理解其功能机制,帮助相关疾病的诊断与治疗.纳米孔测序是一种新兴的单分子测序技... DNA和RNA上广泛存在着多种化学修饰.这些核酸修饰参与基因表达的调控,影响生长发育等生理过程,并可能会引发癌症等疾病.对核酸修饰的精准识别与定位有助于理解其功能机制,帮助相关疾病的诊断与治疗.纳米孔测序是一种新兴的单分子测序技术,可以根据修饰碱基与天然碱基之间阻孔信号的差异实现核酸序列中多种修饰的同时检测,是目前检测核酸修饰最直接的方法.本文简要介绍了纳米孔测序技术的发展和原理以及识别核酸修饰的算法工具,总结了纳米孔测序技术在核酸修饰检测中的应用,并对其发展前景进行了展望. 展开更多
关键词 纳米孔测序 MinION 核酸修饰 碱基识别
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纳米孔测序技术鉴定陕西省首例马尔尼菲青霉菌感染病例 被引量:2
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作者 马琳 刘东立 +3 位作者 毛凌峰 王益群 丁龙 王安礼 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期851-857,共7页
目的对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据。方法调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测。提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS... 目的对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据。方法调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测。提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS通用引物、马尔尼菲青霉菌PCR以及利什曼原虫、组织荚膜胞浆菌PCR引物进行鉴别;对患者血样进行真菌双相培养确诊。结果患者曾有不洁同性及异性性交史,常去东南亚地区旅行,临床症状及体征符合HIV感染表现,HIV初筛及确证实验为阳性,利什曼原虫抗体阴性。利用纳米孔测序仪MinION实际测序时间3.5 h,共获得84000条Reads,序列长度均值7088.7 base,最长为87471 base,最短为562 base,总数据量为495 Mb。将basecalling所获数据上传EPI2Me,以WIMP workflow分析,有63617条为人类基因组数据,13条马尔尼菲青霉菌序列;真菌ITS扩增测序结果鉴定为马尔尼菲青霉菌,马尔尼菲青霉菌PCR结果阳性,组织荚膜胞浆菌PCR阴性;真菌双相培养在25℃为霉菌样菌落,37℃为酵母样菌落,经鉴定均为马尔尼菲青霉菌。结论该患者为中国陕西省首次报道的HIV合并马尔尼菲青霉菌感染病例,基于纳米孔测序的宏基因组分析技术可做为临床疑难感染性疾病快速诊断的一种指示方法。 展开更多
关键词 感染性疾病 纳米孔测序 马尔尼菲青霉菌
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纳米孔测序技术在2019冠状病毒病重型患者继发感染诊断中的应用
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作者 贾小芳 张小楠 +5 位作者 凌云 张欣宇 田棣 廖怡馨 易志刚 卢洪洲 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期748-754,共7页
目的:探讨纳米孔测序技术在2019冠状病毒病(COVID-19)重型患者继发感染诊疗中的应用价值。方法:共入组了来自3例COVID-19重型患者的77份临床标本,所有标本均经过热灭活后进行基于磁珠富集的总核酸抽提,构建DNA文库,通过纳米孔测序技术... 目的:探讨纳米孔测序技术在2019冠状病毒病(COVID-19)重型患者继发感染诊疗中的应用价值。方法:共入组了来自3例COVID-19重型患者的77份临床标本,所有标本均经过热灭活后进行基于磁珠富集的总核酸抽提,构建DNA文库,通过纳米孔测序技术进行病原体检测。测序数据采用Centrifuge软件进行病原体数据库比对和R语言差异分析,以获得病原微生物的鉴定结果。比较纳米孔测序结果与呼吸道病原体筛查多重定量聚合酶链反应(PCR)检测及同一时期临床微生物检验结果,以验证纳米孔测序技术的有效性。结果:纳米孔测序结果显示,44份标本检出病原体(阳性率为57.1%),包括肺炎克雷伯菌、表皮葡萄球菌、屎肠球菌和狡诈菌等。其中,肺炎克雷伯菌、表皮葡萄球菌和屎肠球菌均在基于微生物培养的临床微生物检验中检出;肺炎克雷伯菌同时在呼吸道病原体筛查多重定量PCR检测中检出;狡诈菌仅在纳米孔测序中检出,综合考虑患者的临床症状进行抗菌药物治疗,患者的感染情况得到控制。结论:纳米孔测序可快速鉴定临床标本中的潜在病原体,辅助COVID-19重型患者的临床诊断和治疗方案的制订。 展开更多
关键词 2019冠状病毒病 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 纳米孔测序 宏基因组 病原体检
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基于纳米孔测序技术对兔腹泻病原的鉴定 被引量:4
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作者 董浩 刘洋 +9 位作者 冯育芳 邢进 许中衎 李楠 邢壮壮 王吉 李晓波 陈玲玲 付瑞 梁春南 《畜牧与兽医》 北大核心 2022年第6期126-131,共6页
为了探索纳米孔测序技术在动物传染病病原快速诊断中的应用价值,采集1只发生腹泻实验兔的肝脏和脾脏进行核酸提取、建库和纳米孔测序分析,同时对该腹泻的实验兔分别进行细菌分离鉴定和腹泻相关病毒的血清学检测。结果显示:纳米孔测序方... 为了探索纳米孔测序技术在动物传染病病原快速诊断中的应用价值,采集1只发生腹泻实验兔的肝脏和脾脏进行核酸提取、建库和纳米孔测序分析,同时对该腹泻的实验兔分别进行细菌分离鉴定和腹泻相关病毒的血清学检测。结果显示:纳米孔测序方法运行3 h后,获得1.9 GB的数据量,检出756521条序列,平均序列长度为2549.9个碱基。根据对测序数据的生物信息学分析表明,引起实验兔腹泻的病原可能为大肠杆菌。对同批送检的6只实验兔采用常规细菌分离鉴定方法在实验兔的心脏血样品、肝脏、肺脏和回盲部内容物中只分离到了大肠杆菌。对腹泻相关病毒的血清学检测结果显示6只送检的兔均为兔轮状病毒阴性。本研究采用纳米孔测序技术对发生腹泻的实验兔进行诊断,其结果与常规实验室检测方法获得的结果相符合,表明纳米孔技术在动物传染病病原快速检测中具有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 纳米孔测序 细菌分离 大肠杆菌 腹泻
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纳米孔测序技术在疾病检测中的研究进展 被引量:4
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作者 张皓博 樊晓旭 +5 位作者 刘蒙达 迟庆安 刘婷婷 亓菲 孙淑芳 范伟兴 《中国动物检疫》 CAS 2021年第6期82-89,共8页
近几年兴起的纳米孔测序技术(nanopore sequencing)为新一代测序技术,又称第三代测序技术,已开始应用于细菌、病毒、抗生素耐药及动物疫病等多个领域的检测。虽然在实际应用中仍存在一些瓶颈,包括测序精度不高、样品制备过程需要优化等... 近几年兴起的纳米孔测序技术(nanopore sequencing)为新一代测序技术,又称第三代测序技术,已开始应用于细菌、病毒、抗生素耐药及动物疫病等多个领域的检测。虽然在实际应用中仍存在一些瓶颈,包括测序精度不高、样品制备过程需要优化等,但该技术在疾病检测方面存在明显优势,包括可直接检测碱基修饰,超长读长、高分辨率和实时测序以及强大的生物信息学支持。未来,随着准确性的提高和性能的不断改进,加之在成本、测序时间和生物信息学分析方面的明显优势,纳米孔测序技术有望在临床实验室成为疾病检测的重要选择。本文通过综述该技术的原理、应用及在疾病检测中的优势,以期为纳米孔测序技术的进一步应用研究提供支持。 展开更多
关键词 纳米孔测序 疾病诊断 原理 应用 优势
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基于第三代纳米孔测序技术的东方蜜蜂微孢子虫全长转录组构建及注释 被引量:16
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作者 陈华枝 杜宇 +10 位作者 范小雪 祝智威 蒋海宾 王杰 范元婵 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 陈大福 郭睿 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1461-1472,共12页
【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴... 【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr,Swiss-Prot,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库,获得相应注释信息。分别利用蛋白结构域分析方法CPC,CNCI,CPAT和Pfam对长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)进行预测,获得高可信度lncRNA。利用CPM(counts per million)法计算每一条全长转录本的表达量。【结果】利用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫转录组测序共测得6988795条raw reads,经质控获得6953469条clean reads,其中包含5143999条全长转录本。共鉴定到10243条非冗余全长转录本,N50和平均读长分别为1042 bp和894 bp,最大读长为4855 bp。有9342,4038,4283,2569,4859和3450条全长转录本分别注释到Nr,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库。注释到东方蜜蜂微孢子虫、蜜蜂微孢子虫Nosema apis和家蚕微孢子虫Nosema bombycis的全长转录本数量最多。共鉴定到87条高可信度lncRNA,包含49条正义链lncRNA(sense lncRNA)、25条反义链lncRNA(anti-sense lncRNA)和13条基因间区lncRNA。本研究的测序量足以检测到全部表达的全长转录本,全长转录本的表达量(CPM)范围在0.1到10000以上。【结论】本研究构建和注释了东方蜜蜂微孢子虫的高质量全长转录组数据,可为病原的比较转录组分析、转录本的可变剪接和可变腺苷酸化分析、简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘、基因结构优化以及基因全长序列克隆及功能研究提供关键基础。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 全长转录组 长链非编码RNA 第三代技术 纳米孔测序
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纳米孔测序技术在动物疫病防控中的应用 被引量:1
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作者 白永明 巴依尔塔 +7 位作者 李晓艳 姜永玲 李瑞刚 赵雷增 杜晨光 姜兰剑 郭宇 乌日罕 《中国动物检疫》 CAS 2022年第10期79-86,共8页
纳米孔测序是基于单分子的第三代基因测序技术,具有便于携带、实时测序、超长读长等技术优势。近年来,纳米孔测序技术发展迅速,在动物疫情现场处置、流行病学调查监测、动物疫病临床快速诊断、病原体基因组学研究等动物疫病防控领域得... 纳米孔测序是基于单分子的第三代基因测序技术,具有便于携带、实时测序、超长读长等技术优势。近年来,纳米孔测序技术发展迅速,在动物疫情现场处置、流行病学调查监测、动物疫病临床快速诊断、病原体基因组学研究等动物疫病防控领域得到广泛应用。通过综述可以发现纳米孔测序具有如下应用方面的特点:可及时准确鉴别病原体,给出精准检测结果,有助于基层有效应对突发、新发、外来动物疫情;可与PCR联合应用,快速获得病原体全基因组序列,为病毒遗传变异和流行病学分析提供重要参考和理论依据;可用其探索建立灵敏可靠、灵活机动、快速反应的病原体监测预警网;可利用其优势建立较全面的病原体基因库,为后续的临床耐药性分析及用药指导提供建议。随着纳米孔测序技术的不断发展,其在测序通量、准确度和自动化程度,测序成本与周期,数据分析软件的丰富性和易用性等方面有望进一步改善。 展开更多
关键词 纳米孔测序 动物疫病 应用
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纳米孔测序技术在病原体现场快速确认中的应用与挑战 被引量:5
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作者 叶福强 张锦海 汪春晖 《中华卫生杀虫药械》 CAS 2019年第4期374-378,共5页
国外暴发的埃博拉出血热、寨卡病毒病和拉萨热疫情表明,我们亟需一种快速、有效的病原体现场检测技术来应对新发和烈性传染病。现有的二代测序平台能实现病原体快速鉴别,但对运行环境要求比较苛刻,样本制备过程相对复杂,测序运行时间较... 国外暴发的埃博拉出血热、寨卡病毒病和拉萨热疫情表明,我们亟需一种快速、有效的病原体现场检测技术来应对新发和烈性传染病。现有的二代测序平台能实现病原体快速鉴别,但对运行环境要求比较苛刻,样本制备过程相对复杂,测序运行时间较长,数据分析也依赖高性能计算设备,限制了其在非实验室环境下的现场检测应用。而作为三代测序技术代表之一的Oxford Nanopore Technologies(ONT)纳米孔测序平台具有实时、长读长、测序通量高、流转时间短、文库制备流程简易等优势,而ONT测序平台MinION更是以便携、低成本的特性而独具病原体现场快速确认的能力。本文主要对纳米孔测序技术在病原体现场快速确认中的应用与挑战进行综述。 展开更多
关键词 纳米孔测序 MinION 病原体快速确认 现场检
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1例染色体结构变异无精症患者的纳米孔测序临床应用
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作者 王亚 黄明涛 +4 位作者 刘安 周冉 张沁欣 胡平 许争峰 《临床检验杂志》 CAS 2022年第3期220-224,共5页
目的评价牛津纳米孔测序技术(oxford nanopore technologies,ONT)在诊断复杂结构变异中的临床应用价值。方法采集1例复杂结构变异的非梗阻性无精症患者外周血样本,以染色体G显带核型分析(karyotype analysis)与染色体微阵列分析(Chromos... 目的评价牛津纳米孔测序技术(oxford nanopore technologies,ONT)在诊断复杂结构变异中的临床应用价值。方法采集1例复杂结构变异的非梗阻性无精症患者外周血样本,以染色体G显带核型分析(karyotype analysis)与染色体微阵列分析(Chromosomal microarray analysis,CMA)为参考,进行纳米孔测序寻找致病原因,评价纳米孔测序对变异的检出能力。结果在该患者的基因组中发现,CMA检测出4个缺失,5个重复,共计9个临床意义不明的染色体拷贝数变异(VOUS),3例纯合子状态区段(regions of homozygosity,ROH)以及15q15.3区段缺失,内含PPIP5K1、CKMT1B、STRC、CATSPER2基因;纳米孔测序共检测出6260个缺失、5624个插入、115个重复、22个倒位、32个易位,共计12053个结构变异,能够注释5559个结构变异影响2406个基因;纳米孔测序鉴定出平衡易位46,XY,t(1;3)(q22;q28)与染色体核型结果46,XY,t(1;3)(q21;q27)基本一致,在Chr1:156359988-156363186区域存在3198 bp缺失,该区域影响的基因有TSACC、RHBG和FGF12。结论纳米孔测序技术可快速、高效、准确检测人外周血标本中染色体复杂结构变异和受影响的基因,可检测出传统检测方法无法检出的缺失片段,是常规方法的补充,具有重要的临床应用价值。 展开更多
关键词 纳米孔测序 结构变异 基因
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