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题名4种苹果属植物线粒体基因组的组装与比较分析
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作者
翟旭阳
王森
郑轶
姚允聪
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机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室/植物生产国家级实验教学示范中心
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出处
《北京农学院学报》
2023年第3期28-33,共6页
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基金
北京市教委科研计划一般项目(KM202310020010)。
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文摘
【目的】深入了解苹果属不同品种线粒体基因组之间的差异,并阐明其物种特异性。【方法】通过3代测序技术对4种苹果属植物进行测序,得到基因组原始数据,进而提取出线粒体基因组数据。通过生物信息技术手段进行组装和注释,分别从基因组组成和结构特征进行多方面比较分析。【结果】组装出了‘富士’、‘SH6’、‘火焰’、‘王族’4个品种的线粒体基因组,并且注释了其基因结构。另外对线粒体基因组的特征、重复序列、ORFs以及系统发育方面进行对比分析。【结论】苹果属线粒体基因组组装结果均在400 kb左右,并且在已经组装出的线粒体基因组中‘SH6’线粒体基因组最大。通过线粒体基因组特征比较发现,‘富士’的蛋白质编码基因区域最大并且注释到的基因最多。另外在‘火焰’中预测到的分散重复序列和简单重复序列数量最多,但是其中预测到的ORFs数量最少。4个供试品种与已发表的4个种或品种相比,其线粒体基因组大小、蛋白质编码基因区域具有特异性,且进化关系不同,为苹果属植物进化及新种质创制提供了理论依据。
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关键词
苹果属线粒体
线粒体基因组组装
比较分析
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Keywords
Malus mitochondria
mitochondria genome assembly
comparative analysis
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分类号
S661.1
[农业科学—果树学]
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