为研究木薯(Manihot esculenta)内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Gen...为研究木薯(Manihot esculenta)内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎(韧皮部)内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且在茎(韧皮部)中的多样性最高;木薯含有多种活性成分,这些活性物质的代谢相关通路同样在功能预测中有所体现。展开更多
为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性,以‘砂蜜豆’甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象,对其16S rRNA V3~V4区进行高通量测序。结果表明,‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异。不同组织...为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性,以‘砂蜜豆’甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象,对其16S rRNA V3~V4区进行高通量测序。结果表明,‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异。不同组织中共获得有效序列9665813条,聚类为1386个OTU(operational taxonomic units),隶属于20个门、43个纲、79个目、162个科和346个属。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)在各组织中的丰度均最高,是最优势菌门。在属水平,根部内生细菌的优势菌属为链霉菌属(Streptomyces)、类固醇杆菌属(Steroidobacter)和乳酸杆菌属(Lactobacillus);枝条内生细菌中鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)的相对丰度较高;主干树皮内生细菌的优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)。PICRUSt(phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states)基因预测表明,内生细菌功能主要涉及多糖、萜类和酮类、酶及维生素等次生代谢产物的生物合成。综上所述,甜樱桃内生细菌具有丰富的种群多样性,为今后开发利用甜樱桃内生细菌资源奠定了基础。展开更多
文摘为研究木薯(Manihot esculenta)内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎(韧皮部)内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且在茎(韧皮部)中的多样性最高;木薯含有多种活性成分,这些活性物质的代谢相关通路同样在功能预测中有所体现。
文摘为探明甜樱桃内生细菌种群结构及多样性,以‘砂蜜豆’甜樱桃根、主干树皮和枝条3个组织的内生细菌为研究对象,对其16S rRNA V3~V4区进行高通量测序。结果表明,‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌群落多样性及功能存在较大差异。不同组织中共获得有效序列9665813条,聚类为1386个OTU(operational taxonomic units),隶属于20个门、43个纲、79个目、162个科和346个属。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)在各组织中的丰度均最高,是最优势菌门。在属水平,根部内生细菌的优势菌属为链霉菌属(Streptomyces)、类固醇杆菌属(Steroidobacter)和乳酸杆菌属(Lactobacillus);枝条内生细菌中鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)的相对丰度较高;主干树皮内生细菌的优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)。PICRUSt(phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states)基因预测表明,内生细菌功能主要涉及多糖、萜类和酮类、酶及维生素等次生代谢产物的生物合成。综上所述,甜樱桃内生细菌具有丰富的种群多样性,为今后开发利用甜樱桃内生细菌资源奠定了基础。
