单细胞RNA测序已成为研究生物学重要特征的强大高分辨率工具。然而,其测序条件苛刻,价格成本高昂。目前细胞类型反卷积能够很好地解决这些限制问题,SMCTD(Sparse Model Cell Type Deconvolution)使用稀疏自编码器优化TAPE(Tissue-AdaPti...单细胞RNA测序已成为研究生物学重要特征的强大高分辨率工具。然而,其测序条件苛刻,价格成本高昂。目前细胞类型反卷积能够很好地解决这些限制问题,SMCTD(Sparse Model Cell Type Deconvolution)使用稀疏自编码器优化TAPE(Tissue-AdaPtive autoEncoder),使其在直肠癌和PBMC模拟数据上预测细胞类型比列具有更高的灵敏度、准确性和整体性能,同时在预测细胞类型特异性基因表达上表现更优。展开更多
2023年5月,上海交通大学基础医学院组织胚胎学与遗传发育学系李令杰课题组在Briefings in Bioinformatics在线发表题目为InferLoop:leveraging single-cell chromatin accessibility for the signal of chromatin loop的研究论文。该研...2023年5月,上海交通大学基础医学院组织胚胎学与遗传发育学系李令杰课题组在Briefings in Bioinformatics在线发表题目为InferLoop:leveraging single-cell chromatin accessibility for the signal of chromatin loop的研究论文。该研究开发了一款用于分析单细胞染色质可及性测序(single cell assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq)数据的新型计算工具InferLoop。该工具通过构建数学模型计算皮尔逊(Pearson)相关系数的扰动,进而预测细胞类型特异的染色质三维结构信号。该研究不但开发出更加准确并且适用广泛的单细胞分析新工具,还进一步加深了人们对于细胞类型特异的染色质三维结构的认识。展开更多
据Brivio E 2023年7月29日[Cell Rep,2023,42(8):112874-112874.]报道,德国马普研究所等机构的研究人员通过研究发现两性在压力反应差异背后的生物学过程或机制,同时研究人员还识别出男性和女性对压力暴露做出反应的特定细胞类型。众所...据Brivio E 2023年7月29日[Cell Rep,2023,42(8):112874-112874.]报道,德国马普研究所等机构的研究人员通过研究发现两性在压力反应差异背后的生物学过程或机制,同时研究人员还识别出男性和女性对压力暴露做出反应的特定细胞类型。众所周知,高强度的压力会导致多种精神和医学状况的发生。展开更多
文摘单细胞RNA测序已成为研究生物学重要特征的强大高分辨率工具。然而,其测序条件苛刻,价格成本高昂。目前细胞类型反卷积能够很好地解决这些限制问题,SMCTD(Sparse Model Cell Type Deconvolution)使用稀疏自编码器优化TAPE(Tissue-AdaPtive autoEncoder),使其在直肠癌和PBMC模拟数据上预测细胞类型比列具有更高的灵敏度、准确性和整体性能,同时在预测细胞类型特异性基因表达上表现更优。
文摘2023年5月,上海交通大学基础医学院组织胚胎学与遗传发育学系李令杰课题组在Briefings in Bioinformatics在线发表题目为InferLoop:leveraging single-cell chromatin accessibility for the signal of chromatin loop的研究论文。该研究开发了一款用于分析单细胞染色质可及性测序(single cell assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq)数据的新型计算工具InferLoop。该工具通过构建数学模型计算皮尔逊(Pearson)相关系数的扰动,进而预测细胞类型特异的染色质三维结构信号。该研究不但开发出更加准确并且适用广泛的单细胞分析新工具,还进一步加深了人们对于细胞类型特异的染色质三维结构的认识。
文摘据Brivio E 2023年7月29日[Cell Rep,2023,42(8):112874-112874.]报道,德国马普研究所等机构的研究人员通过研究发现两性在压力反应差异背后的生物学过程或机制,同时研究人员还识别出男性和女性对压力暴露做出反应的特定细胞类型。众所周知,高强度的压力会导致多种精神和医学状况的发生。
